4YZ1A

Crystal structure of streptococcus pneumoniae nanc, apo structure.
Total Genus 190

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
190
sequence length
657
structure length
656
Chain Sequence
TPVLEKNNVTLTGGGENVTKELKDKFTSGDFTVVIKYNQSSEKGLQALFGISNSKPGQQNSYVDVFLRDNGELGMEARDTSSNKNNLVSRPASVWGKYKQEAVTNTVAVVADSVKKTYSLYANGTKVVEKKVDNFLNIKDIKGIDYYMLGGVKRAGKTAFGFNGTLENIKFFNSALDEETVKKMTTNAVTGHLIYTANDTTGSNYFRIPVLYTFSNGRVFSSIDARYGGTHDFLNKINIATSYSDDNGKTWTKPKLTLAFDDFAPVPLEWPREVGGRDLQISGGATYIDSVIVEKKNKQVLMFADVMPAGVSFREATRKDSGYKQIDGNYYLKLRKQGDTDYNYTIRENGTVYDDRTNRPTEFSVDKNFGIKQNGNYLTVEQYSVSFENKKTEYRNGTKVHMNIFYKDALFKVVPTNYIAYISSNDHGESWSAPTLLPPIMGLNRNAPYLGPGRGIIESSTGRILIPSYTGKESAFIYSDDNGASWKVKVVPLPSSWSAEAQFVELSPGVIQAYMRTNNGKIAYLTSKDAGTTWSAPEYLKFVSNPSYGTQLSIINYSQLIDGKKAVILSTPNSTNGRKHGQIWIGLINDDNTIDWRYHHDVDYSNYGYSYSTLTELPNHEIGLMFEKFDSWSRNELHMKNVVPYITFKIEDLKKN
100200300400500600600500400300200100
050100150Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Transferase
source organism Streptococcus pneumoniae serotype 4
publication title Streptococcus pneumoniae NanC: STRUCTURAL INSIGHTS INTO THE SPECIFICITY AND MECHANISM OF A SIALIDASE THAT PRODUCES A SIALIDASE INHIBITOR.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Putative neuraminidase
total genus 190
structure length 656
sequence length 657
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2015-03-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4yz1A03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4yz1A01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4yz1A02
1FYUA 4Y20A 2ZGLA 4MWLA 3ALWA 4UW6A 2AGSA 1XOEA 3RRDA 4KS1A 4YW4A 5DUWA 3FLRA 1B9TA 1F31A 4M4UA 1QDCA 5DG1A 2DWRA 2F0ZA 1AX0A 4NC5A 4D69A 3O5SA 3BTAA 4U36A 6NN9A 4GA9A 4TZDA 2YV8A 4XMIA 2GNTA 1Z0HA 2ZHKA 1HQLA 2ZHLA 1AVBA 3TI3A 1I3HA 3WHUA 1DQ4A 2AENA 2D3RA 5JMCA 5JDBA 1LU2A 5T54A 2V5YA 1S0GA 2W38A 3VUOA 2P34A 1LOFA 2B7YA 1V0ZA 5HCFA 2BATA 3M3OA 4MWVA 1ZM1A 4GWMA 5LK5A 1JXNA 1V6IA 1LOGA 3OGGA 2YA4A 3GVKA 3ATGA 3ZSMA 1EUTA 1YXWA 4GEZA 1INYA 2D3PA 2WSVA 1JUIA 1V6MA 2PELA 3IM0A 4Y1ZA 3C2UA 3WDTA 4MWJA 3VKNA 1GBGA 1INFA 1FV3A 2DVBA 1TEIA 4CTEA 1Q8OA 1LOCA 3O0VA 3INAA 2PHRA 3PMEA 4XJZA 2UWBA 4GB1A 4XXPA 1YI7A 2KM2A 5CAZA 1Z4YA 4Y26A 4YM0A 1CVNA 1IVFA 3FBYA 2NM1A 2WLQA 3K39A 1B09A 4P14A 3VKFC 2NMOA 1CQ9A 5CA6A 4GZXA 2WSUA 3AYCA 4X47A 1CPNA 3MW2A 2HT8A 1SCRA 2XB6C 2VVZA 3LSDA 3ENRA 4MWYA 2CYFA 4XDQA 5EWSA 2ZGUA 3CKZA 1ONAA 3O12A 4GKXA 4FOWA 2ZABA 3SILA 2R49A 2ZGSA 5GLUA 1USXA 1NSCA 4C1XA 2VWDA 1DLLA 4YLZA 4XJRA 5T52A 3WDYA 2YDTA 5DZGA 1E8UA 2VH9A 4M01A 3UL2A 2F26A 4XJ8A 1NMCA 2XZKA 5KXCA 4QN6A 1MZ5A 5GJ6A 2A70A 1S0EA 3NN9A 2JE7A 3KM5A 2EXJA 3VV1A 3NSSA 2EAKA 3ASIA 1NNCA 4MWXA 3HN1A 3WOGA 3HR9A 4P9YA 4YW5A 4YGCA 1A4QA 1IVDA 3AZXA 1Z4ZA 3RQ0A 1V6JA 4XIOA 3OPZA 2CY6A 4Q27A 3WNXA 2SBAA 4K1ZA 4XJWA 1FNYA 4YZ2A 2OUJA 3AP5A 3ZPYA 1N3OA 2QWBA 2QWHA 4BOWA 2ZGTA 3AYAA 3PVOA 4YGDA 5NN9A 2OUHA 4QN5A 4GJTA 4BMEA 1UMZA 1LHNA 3UK9A 2P2KA 4GZSA 5EYXA 3H0OA 4HZYA 5GZGA 2EALA 3PVNA 5HUKA 1AXZA 2GN3A 2UWAA 2YA6A 1MS9A 4Y20B 1A4GA 1WLCA 4MWQA 1NSDA 5T5OA 4KS4A 1EURA 2R1BA 3WDWA 2F12A 4BMBA 1KDMA 5IK5A 2EXHA 1UX6A 4Z8BA 2HT7A 3QLQA 1V3CA 2ARXA 2DURA 1XQNA 2DV9A 2JKBA 1FATA 1L7HA 3Q9OA 2EIGA 4HZZA 1W6QB 5JOYA 4Q1PA 2A5ZA 5JOWA 3K3AA 4CRQA 1YIFA 1DZQA 5JOZA 1GLHA 2ZBJA 1JYIA 5DG2A 4QNPA 1SLBA 1AZDA 1WW4A 2PHUA 1C1FA 3MPPG 5DZEA 1V2IA 2YZ4A 4QN4A 5KXBA 2ZMKA 1G8WA 1MR5A 3H6JA 1QKQA 2GNMA 4YGBA 4JCKA 1C4RA 2ZGNA 3SNMA 1W20A 3SANA 3OBRA 1QU0A 1QF3A 1LCLA 2D6MA 3O0WA 3BEQA 1QDOA 2YXSA 4BLJA 4XBNA 2HU0A 4AWDA 3HMYA 2DYCA 3W59A 2ZACA 4K21A 2AH2A 2HT5A 1V3EA 4HANA 4HIZA 2UWCA 1B9SA 2ENRA 4Q26A 4SLIA 3N7MA 3CL0A 4B7JA 4R9BA 2E7QA 4Q2FA 2PHWA 4YGEA 3PVEA 3WVJA 4WA5A 1LTEA 3D11A 4LBMA 2DVFA 1AXYA 1MS0A 4CZSA 1A3KA 3RS6A 1Q56A 3USUB 2VK5A 4H52A 4HL0A 1APNA 3AJZA 3W09A 4FOVA 1UZZA 2A6XA 3VKMA 1G9CA 4K1KA 1BZWA 1CONA 1AX1A 1NCDN 5F5QA 4WEGA 1FX5A 3JU4A 3ZYRA 2AR6A 3WCRA 4X49A 3A72A 1W6OB 1DQ1A 3NV2A 4QN3A 3N7JA 4FPOB 1GZWB 4W65A 1ULDA 1NLSA 1LOAA 4YZ5A 5HCBA 4FPCA 4FPEA 3AFKA 2ERFA 3POYA 2DUOA 3GALA 2A75A 2VW2A 2A6ZA 2F25A 4DGRA 1MVEA 1FV2A 1N1VA 4FPKA 2AREA 2P3KA 5IT6A 3B9CA 5H9QA 2ZGQA 4YW3A 2GN7A 4R9CA 1CIWA 2F24A 3ZXKA 2DTWA 1MS8A 4AVTA 2NMNA 2QWAA 3FUQA 1BYHA 4FP2A 5DXDA 4XMAA 2A71A 1BQPA 2E53A 1W8NA 4PQ9A 4ATFA 1DYPA 3QCWA 1W6QA 3ZSLA 4XILA 3D5OA 2XCYA 2PHFA 2UURA 2ZGKA 4JF7A 3O9JA 2R0FA 5JLVA 2DVDA 4P9XA 4YZ3A 1DYKA 1WW6A 1G9AA 1SLIA 2GMMA 1IKPA 4NN9A 2ZB6A 5AVAA 1HLCA 5DUXA 4M3CE 2QWIA 2A6YA 1O4YA 1O4ZA 3TI4A 2HTUA 4XBLA 2DVAA 2F10A 4KS2A 1AX2A 1INVA 4YM1A 1N47A 4YG0A 1GICA 1IS3A 2DVGA 5KXDA 4M3CB 2ZGRA 1L7FA 2D7FA 1GNHA 4LBNA 1CJPA 3VKLA 1GSLA 2QWJA 2ZGOA 3TICA 1LODA 3R05A 2CTVA 1DIMA 1WCSA 1NXD1 1V00A 3WG1A 2E7TA 4FP3A 2W52A 5GLWA 3FUOA 2SILA 1JYCA 1NNAA 1CPMA 4Q8KA 2SIMA 3RMXA 4R9AA 4HZWA 1Z4VA 4KS3A 1XOGA 5DUVA 3AZWA 1N1YA 2C4AA 4M4NA 4GXLA 2ZZJA 3USUA 4ISRA 3TI6A 4GALA 4LBOA 2HYKA 2F29A 4BPZA 5IK4A 1DHKB 2C5DA 2A3WA 3D4KA 4WZFA 4GWNA 4L8QA 3SH3A 1HKDA 1W6OA 2GDFA 4HZXA 2GNBA 1LHVA 4FVVA 1H30A 1GZWA 2PHTA 3T1EA 3WG4A 4CPNA 3MW3A 2G4IA 3MW4A 2WNEA 2GNDA 3ILFA 3K36A 3FLPA 1IVGA 1QNWA 2NP0A 5GM0A 1IVEA 1S0BA 3M3CA 2DU1A 4CPMA 1Q8SA 4XXAA 1FAYA 3WDVA 2WT0A 5T50A 1SBFA 5E8AA 3WZ1A 1G9BA 1DILA 1AJKA 2ZGPA 2GALA 1R1ZA 1EUUA 2B8HA 4ASMB 4MZEA 1U0AA 1JN2P 1GZ9A 4B7NA 1YYNA 2QWDA 2WT2A 4UF7A 4FQZA 2WJSA 4MJVA 1MVQA 3IPVB 1CN1A 1W8OA 3A4UA 2F27A 1LULA 1WUVA 2XZJA 2X9MA 2ZAAA 4ATEA 1S0FA 5T5JA 4FPFA 4YZ1A 2VY0A 3ZXFA 4Y1VA 2ZGMA 2R0HA 2EXIA 1CESA 2A3YA 1KDKA 2WQZC 3AX4A 3PJQA 3MEPA 1DGLA 3WCSA 5JOXA 4YW2A 1KITA 1LOBA 4C1WA 1W1XA 3JUUA 2CL2A 4XHXA 1NSBA 4FQ4A 2Q5TA 3V0BB 2W39A 2CNAA 2GMPA 2D6PA 3OYWB 2ZHMA 2W5NA 4Q1RA 3NV4A 4UW5A 3AXEA 5IK8A 5HUGA 2C4LA 1IS5A 1SBDA 3M3QA 5GZFA 1LGNA 2W08A 1JBCA 4CPZA 3BIWE 2AEQA 1IVBA 3M2MA 3A71A 1UN1A 4OZXA 2ZKNA 4I30A 4WV8A 4M3CA 3OBTA 3CYEA 2E51A 2P3IA 1F5FA 4Y1UA 4CPLA 1YRZA 1QMJA 1LOEA 3H72A 5EYYA 2VSKA 4XTMA 1YO8A 3B01A 1SLCA 1SFYA 4K3YA 2D6LX 3LSEA 3V64A 2WKKA 2QWEA 1NN2A 3ZXLA 1UKGA 1E8TA 2P37A 2YROA 1DQ2A 1GKBA 2RHPA 2VK6A 3B3QE 1W0OA 1RINA 2A7AA 5CBLA 4PBOA 5M1ZA 1V3BA 1LENA 4GZOA 3D6EA 2OVUA 3WDXA 5F9TA 4B7QA 1PZ7A 3ZSKA 1MZ6A 5E89A 1Z4XA 4B7MA 2ZHNA 2HTYA 1J1TA 1NCBN 1V6OA 2UU8A 3WG3A 2W20A 4Y22A 2VU9A 5H9PA 5L73A 4M4VA 3N3HA 4TYSA 1WBFA 4XBQA 4ITCA 1SLLA 2FHRA 5HUNA 2BQPA 1W0PA 1WD3A 3T1LA 3UJOA 3SLIA 2JD4A 3ZXJA 1NMBN 1JOJA 4YZ4A 1WW5A 1LHWA 2VSMA 4AVVA 2RKCA 3B69A 2F11A 3INBA 1W6NB 1N3QA 1G7YA 3RSJA 1SCSA 3TI5A 1NMAN 3I4IA 1IKQA 3A0NA 1WBLA 1N3PA 4GZWA 3T1MA 2ARBA 1EUSA 1LECA 2A3XA 4LBJA 1SBEA 4PCRA 3AK0A 2D6OX 2D6KA 4HZVA 2VW1A 1DBNA 1BXHA 1UAIA 1GANA 4QN7A 1QGLA 3WV6A 4FPYA 2JE9A 3TIBA 1BJQA 3H71A 5CNAA 3WLUA 2ZMNA 3ILNA 2CMLA 2VW0A 3W58A 2CWSA 3IPVA 4JRAA 5B2DA 1GZCA 3ZXEA 4LBKA 2LALA 3ZVXA 4BM8A 3AYEA 2Z42A 2BZDA 4AGVA 1C1LA 4J9TA 4X4AA 2LTNA 3AYDA 4XZPA 3SH5A 1PZ9A 5GLVA 4WVWA 2VK7A 1AF9A 3H73A 3V0BA 2FMDA 1N1SA 5T55A 3OYWA 1N1TA 1WCQA 4BBWA 4BQ1A 2H0BA 4ZXKA 2AEPA 1AJOA 2NN8A 1D0HA 1GNZA 4AGRA 1S1AA 2W68A 1LESA 2A6WA 2R1DA 1BKZA 1KJLA 3A0KA 4X6KA 4DFSA 3DGTA 1S0CA 1C57A 3R4UA 1LJ7A 1Q8QA 4MZAA 4P9WA 3M1HA 1V6NA 2DTYA 2YA8A 4K1IA 1OFSA 1DIWA 3TI8A 3IMNA 4I00A 1W6MB 4JC1A 3AP7A 1VCJA 3K37A 4FJ6A 2JDZA 4B7RA 1SNTA 4XJAA 1ULCA 4Y1XA 5IUQA 1S0IA 4Y1YA 4KBBA 5T5PA 4FOQA 1GV9A 2D44A 1W21A 4GDIA 1X50A 1DQ0A 1A8DA 4YG6A 1DQ6A 1A78A 1Z4WA 1WLWA 4FPJA 4BLIA 4D8SA 4ZKTB 1D2SA 4YW1A 4XIKA 1IS6A 4FPGA 4XJUA 3V65A 3ZSJA 1B9VA 4K1JA 1PZ8A 4K20A 4XYXA 3L2YA 4IQPA 3ALXA 2NZ9A 2EF6A 3LCPA 2HTRA 3RG0A 3NV1A 4GZTA 4XHBA 2VXRA 4AYUA 1BJIA 2HTVA 3GVLA 4LBQA 1JHNA 1LHOA 2XZIA 1Z50A 2DUPA 4UW4A 5GZEA 5GZDA 1VLNA 3TIAA 5KXEA 1NNBA 2HTQA 1V6LA 4M3MA 4Y22B 1W6NA 1W6PA 4K1HA 1LOFC 3POSA 1UZYA 1IS4A 4MX0A 2QWGA 4WA4A 3CL2A 2BERA 4AGGA 3BODA 4LBLA 4WVVA 3NWKA 2HU4A 4RA0A 3O9KA 1HQWA 2EXKA 1Q8PA 4FPHA 2TEPA 2C9AA 3GVJA 3N7LA 2ZA9A 1V6KA 1URXA 4M00A 5HX0A 1OKQA 1LU1A 4CPYA 4KS5A 3AP4A 2E6VA 4DRVA 2XG3A 4YG3A 4Q8LA 2YDPA 3K38A 3AXDA 4AVSA 4MYEA 3IN9A 2QWKA 1LGCA 3KQRA 2ZMLA 1UPSA 1VIWB 3AZVA 1USRA 1ULFA 1IVCA 3OY8B 1F8BA 5HCAA 5GALA 3BOPA 4YM2A 1SACA 3FLTA 3V0AA 5EXOA 5JVVA 1F8EA 3SH4A 4GDJA 1G86A 1IOAA 3ILRA 4GZPA 3WG2A 1SLTA 2YMZA 4U2AA 5HUMA 3SALA 4MWRA 4XE9A 5DUUA 1KRIA 2YA5A 4ISQA 4NO4A 5JYYA 2CWMA 1WD4A 2OW4A 5FRAA 1Z78A 3B7EA 5CB7A 1OQ1A 2D3SA 1ULGA 2YA7A 1S0JA 3M3EA 3N7KA 1G9FA 1QOTA 3AP6A 1MS4A 2BF6A 4DRRA 1H9PA 1JW6A 3FFZA 1SLAA 4H55A 1F8CA 3WUDA 5FREA 1W6MA 1VCUA 3ZYPA 4MC7A 1RIRA 3OJBA 1ENSA 1I1EA 1LEMA 1LEDA 2F13A 3SISA 2YY1A 1VAMA 4UW3A 2R16A 1HDKA 1LHUA 2GMEA 1NCAN 1ULEA 1VAVA 4MWUA 4PF5A 2W5OA 1INWA 3JU9A 4R9DA 1FNZA 1S0DA 3WHTA 4FOYA 4Q6KA 3APBA 3N36A 1RITA 3D12A 3N35A 3B00A 2QWFA 1KQRA 2JECA 4YFWA 1VALA 1F8DA 3SITA 1E8VA 4GKYA 5BYNA 1DFQA 1KJRA 1ZA4A 1INXA 4F83A 3T2TA 2I2SA 3IKWA 2DU0A 1L7GA 4XTPA 3UJQA 1H9WA 1QOOA 5GZCA 4XJQA 2SLIA 4FVKA 2VUAA 1UL9A 2QWCA 1Y7BA 1QNYA 5GLZA 4NOTA 1QOSA 2ES3A 3RMYA 4LBQB 1LGBA 2AYHA 4YFZA 1MS3A 1MWEA 1EPWA 4LBQD 4MWWA 2P3JA 4FPLA 1ENQA 1W6PB 4Y24A 1SO7A 4PBPA 3TB0A 2V73A 3WDUA 3AP9A 4H53A 3WUCA 1CR7A 2A6VA 2PHXA 3AZYA 1Q8VA 7NN9A 4DQAA 4CPOA 4NCSA 5B2CA 5H9SA 3I8TA 3U4XA 5H9RA 1INHA 4DPNA 4XJ9A 4K1YA 3TAYA 3AZZA 1WLDA 4YM3A 3OY8A 3O0XA 5IK7A 1MS1A 1ENRA 4RL7A 4WA3A 5T5LA 4XOGA 3R4SA 5SV8A 4GZQA 4MJUA 2D6NA 3POWA 1V0EA 1GYKA 3VKOA 2F28A 3NV3A 1A14N 1INGA 3CNAA 2AUYA 1V0FA 2WT1A 1V3DA 1MACA 2JJ6A 5E88A 5DZFA 3V0AB 5GLTA 4FZHA 2DUQA 1AXKA 2HTWA 1MS5A 1NCCN 1WW7A 2NYYA 1F9KA 3DUIA 4DS0A 1G9DA 1DQ5A 2ZB5A 2D43A 4M3CF 4WEFA 3AJYA 3GNEA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2DF7A 1FYUA 1MQTC 4Y20A 5F7UA 2ZGLA 3CIHA 5JXIA 4MWLA 1ZBE3 3WP5A 5CYYA 3ALWA 1SPPB 5EJ1B 4BJ0A 2FQPA 4I0AA 1UQXA 3IAPA 4UW6A 1RL3A 2AGSA 1YFWA 2X29A 4Y4YA 2WWSA 3RRDA 1XOEA 3IAXA 3KGGA 4KS1A 4H3WA 4Q4X2 4YW4A 1HRV1 1YFUA 1XC6A 3B94A 1NQJA 1F31A 3FLRA 3G6JB 1AYM2 2QVSB 3N9OA 4J6GA 4E8CA 4D7YA 5ACA1 2RDQA 1JMUB 4M4UA 3PUAA 3VBUC 4YVSC 1QDCA 5DG1A 4QKFA 3U11A 4CDXB 4CXXA 1REDA 2DWRA 3JBG2 2F0ZA 4Y5SA 1JOBA 5CGJA 1AX0A 2VAUA 3OCPA 5A3WA 4NC5A 4D69A 3O5SA 1CZTA 3BTAA 4U36A 6NN9A 2QQIA 1O91A 3ZFEB 4GA9A 4TZDA 2EIEA 3ZFGA 2YV8A 3NKGA 5IVJA 4XMIA 4AF9A 1CX4A 4BISA 1ZREA 2P6CA 1CAWB 2X10A 3NJZA 4HPKB 3N9MA 2GNTA 1O8SA 1Z0HA 2Y0OA 1BK0A 4QPGB 4RHV1 4B4PA 2BWCA 2ZHKA 3O1UA 3POJA 1HQLA 2ZHLA 4GMP0 1AVBA 2WBKA 3TI3A 3U78A 5LBCA 5A7PA 1I3HA 5FZAA 1KFUL 1L7QA 2WFF1 4HMZA 3WHUA 5JSPA 4KGGA 2XJSA 1DQ4A 1F15A 2AENA 2D3RA 3QBQA 4NHYA 4IEPA 5BNQA 5HI0A 3HN3A 3I2JA 4FBFA 4XFGA 2HWD2 5JDBA 5JMCA 3AKSA 3A9GA 2IWGB 1DGRN 2XQXA 1LU2A 5T54A 2V5YA 5FNTA 1H8TA 1S0GA 2Y6FA 5JPNB 2W38A 2XDVA 4LUMA 3O7OA 4XF1A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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