4YZ2A

Crystal structure of streptococcus pneumoniae nanc, in complex with 2-deoxy-2,3-didehydro-n-acetylneuraminic acid.
Total Genus 194
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
194
sequence length
657
structure length
655
Chain Sequence
TPVLEKNNVTLTGGGENVTKELKDKFTSGDFTVVIKYNQSSEKGLQALFGISNSKPGQQNSYVDVFLRDNGELGMEARDTSSNKNNLVSRPASVWGKYKQEAVTNTVAVVADSVKKTYSLYANGTKVVEKKVDNFLNIKDIKGIDYYMLGGVKRAGKTAFGFNGTLENIKFFNSALDEETVKKMTTNAVTGHLIYTANDTTGSNYFRIPVLYTFSNGRVFSSIDARYGGTHDFLNKINIATSYSDDNGKTWTKPKLTLAFDDFAPVPLEWPREVGGRDLQISGGATYIDSVIVEKKNKQVLMFADVMPAGVSFREATRKDSGYKQIDGNYYLKLRKQGDTDYNYTIRENGTVYDDRTNRPTEFSVDKNFGIKQNGNYLTVEQYSVSFEKKTEYRNGTKVHMNIFYKDALFKVVPTNYIAYISSNDHGESWSAPTLLPPIMGLNRNAPYLGPGRGIIESSTGRILIPSYTGKESAFIYSDDNGASWKVKVVPLPSSWSAEAQFVELSPGVIQAYMRTNNGKIAYLTSKDAGTTWSAPEYLKFVSNPSYGTQLSIINYSQLIDGKKAVILSTPNSTNGRKHGQIWIGLINDDNTIDWRYHHDVDYSNYGYSYSTLTELPNHEIGLMFEKFDSWSRNELHMKNVVPYITFKIEDLKKN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Streptococcus pneumoniae NanC: STRUCTURAL INSIGHTS INTO THE SPECIFICITY AND MECHANISM OF A SIALIDASE THAT PRODUCES A SIALIDASE INHIBITOR.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Sialidase NanC
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae
total genus 194
structure length 655
sequence length 657
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2015-03-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4yz2A03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4yz2A01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4yz2A02
4JF7A 1F5FA 2W68A 5HUGA 1DBNA 1AXZA 2GALA 2D3RA 3RS6A 2DURA 1YYNA 5IK7A 5CAZA 1A4QA 5HUNA 1LODA 4MZEA 3D4KA 4PCRA 2W08A 1IVBA 4QN4A 1V6LA 3USUB 5JVVA 5B2DA 2DWRA 3WVJA 1EPWA 4UW3A 2XG3A 4H55A 3B69A 3OJBA 3O5SA 1SACA 2AUYA 3FLPA 1V6KA 1NCBN 2GMEA 4DRVA 4M4NA 5FRAA 2ZMKA 1Z4XA 1AF9A 2F27A 2HTQA 5H9PA 4ISRA 2OW4A 4DRRA 1DQ6A 1QDOA 4GKXA 1MS4A 4YM0A 1GZ9A 4AVSA 3FLTA 2YV8A 1L7FA 1NCAN 2GMPA 5CNAA 3JUUA 5GLZA 4Y1YA 4M4VA 2D3SA 3WG3A 5H9SA 2OVUA 1FNYA 1V6OA 1FAYA 1N3QA 1LGCA 2ZMLA 1CR7A 4XMAA 4LBKA 1LU1A 3H0OA 1S0IA 4MWJA 1QKQA 1KDKA 2YY1A 4Y20B 4TZDA 3HR9A 3OBRA 4YW2A 2HU0A 3UK9A 5GZEA 2LTNA 1WLDA 2YA4A 4XILA 3ZSKA 5EYXA 4CPZA 3INAA 3AZYA 4LBMA 1QNWA 2AH2A 2W5NA 3MEPA 2PELA 2XZIA 3T1EA 1LEDA 2D6OX 1YRZA 1YI7A 2VVZA 3ZXJA 4XYXA 1X50A 1W1XA 2WT0A 4BMEA 3PVNA 4RL7A 4GKYA 4Y1XA 4MC7A 2QWDA 4FPJA 2CL2A 4GZOA 1EUSA 3LSDA 2D44A 2E7TA 4Y22A 1SBFA 4BPZA 3RSJA 3FUOA 1WBFA 3AP4A 1VLNA 2EXKA 4XIOA 1DQ0A 2F29A 1A3KA 2PHWA 5H9RA 1GKBA 1YIFA 3MPPG 5GM0A 1NSDA 1FYUA 4M3MA 1N3PA 1W8OA 4YW1A 2WT1A 1W8NA 5HUKA 3RQ0A 3V64A 4XZPA 4ASMB 3O0VA 4HANA 5JOYA 1N1VA 5AVAA 2YDTA 5L73A 1CIWA 2ZABA 1IVCA 3TI3A 3H71A 2PHFA 5KXCA 2B7YA 2Z42A 3V65A 4XJRA 2AEPA 2ZA9A 3M2MA 5GZDA 4Y1UA 4QN7A 1D0HA 1MS9A 1W6NA 4YM3A 1O4ZA 2ES3A 2QWJA 5DZGA 1Q8OA 2JDZA 4DFSA 4P9YA 2AREA 2DU1A 3B00A 1BZWA 5JOXA 1I3HA 3PVOA 3UJQA 2ZBJA 1JW6A 1QMJA 2QWBA 4NO4A 4Y20A 2R1BA 4ATFA 1NCCN 1KQRA 3AP5A 1W6QB 2V73A 3AZWA 3OYWB 1E8VA 3B3QE 1DIMA 4WVWA 2WT2A 2NMOA 3T1LA 4YFWA 1H9WA 2EIGA 2C4AA 2ZGOA 5DG2A 5GLWA 3N7JA 2A3WA 2ZGNA 4KBBA 3AK0A 1Z0HA 2ARXA 3CKZA 2BQPA 4HZYA 1QGLA 2QWEA 2NP0A 2C5DA 2VW1A 1NNCA 4HZVA 2F26A 1SCRA 3K39A 1Z4VA 1HQLA 3SH5A 1V6MA 4MWUA 1YO8A 2VW0A 1JHNA 2RHPA 3INBA 3NV2A 2ZHKA 1V0ZA 2W52A 1WLCA 1FATA 3NN9A 3O0WA 2ZHMA 2ZGTA 5LK5A 4FPLA 3SALA 2H0BA 4BM8A 3FBYA 4M01A 1DZQA 1LOBA 2SLIA 1G9BA 3IKWA 4KS3A 1I1EA 5JYYA 1O4YA 2WLQA 4K1KA 4XDQA 4NC5A 2F10A 1FV3A 3APBA 3WUDA 5GZGA 1N1YA 2VK6A 5E89A 2UWCA 3POSA 4CPMA 2GN7A 4HZXA 3IM0A 1DHKB 2P2KA 3RG0A 4WV8A 4KS2A 1NSCA 3D6EA 2VWDA 4Q1RA 4WEGA 2VK7A 4GJTA 1F8BA 1W0PA 4B7NA 3LCPA 1MS8A 3M3EA 4BBWA 5KXEA 1SLIA 4Q26A 5GZFA 5DUUA 1URXA 2VUAA 4XXPA 1W0OA 4WA4A 1LULA 1W6MA 2A71A 3B01A 4ATEA 4K1JA 3WG2A 3WDWA 1LGNA 1IS3A 1SLCA 2F11A 2XZKA 1S0DA 1F9KA 1W6QA 5H9QA 2NMNA 3OYWA 2W38A 4CZSA 1JYIA 5T5PA 3TICA 2A6ZA 3A0NA 3GVLA 2CMLA 2LALA 1DYKA 4P9WA 3GVJA 1LTEA 2E7QA 2ZGMA 1UL9A 1APNA 3NV4A 4XBQA 1CONA 3A72A 5CA6A 1BKZA 2VU9A 1C57A 2JD4A 1OKQA 4P14A 4K1ZA 1OFSA 5T5LA 4XHBA 5IK8A 4X6KA 2DV9A 2QWFA 1EUTA 1V3BA 3ZVXA 1MVEA 5IT6A 2AEQA 4CPLA 2JJ6A 4DGRA 3WDYA 4UF7A 1LEMA 1SLAA 4BLJA 1GYKA 1MZ5A 4YZ2A 4H53A 1CESA 1GNHA 3OBTA 1AJKA 1Q56A 4R9AA 3K36A 1ENQA 3AZZA 5T5OA 1A8DA 3V0AA 1OQ1A 1CVNA 3U4XA 1DILA 4XTPA 3SH4A 4YGCA 4JCKA 4YZ5A 2HTWA 1B9VA 3GNEA 1KJLA 4GZWA 4XMIA 1LGBA 1GZWB 1C4RA 1WD4A 4L8QA 3K3AA 1WD3A 3H73A 1S0CA 1Z4ZA 1MACA 1ENSA 2QWHA 2UWAA 2GMMA 4XJQA 4U2AA 4YM2A 4BMBA 4WA3A 3TIBA 3I4IA 1N1SA 1XQNA 3VUOA 2D6NA 2NYYA 3ALXA 2GN3A 2NM1A 5IK5A 3POYA 4YFZA 1BJIA 3AP6A 1SLLA 3LSEA 2JECA 1W6OB 4CPYA 3CL0A 1L7HA 1FV2A 2YZ4A 2ENRA 4M3CB 1ULEA 4LBQB 2EXJA 1Q8PA 1GANA 5M1ZA 1IKPA 5EXOA 1WW7A 4Y24A 1V0EA 1GLHA 1LENA 4W65A 3CL2A 4X47A 3MW3A 4ZKTB 3OY8A 3FFZA 3N36A 1N1TA 1HQWA 4FP2A 4XJWA 3WG1A 5DG1A 2BERA 1EUUA 3ZSJA 1ZA4A 5F5QA 1NXD1 2RKCA 1LHWA 3V0BB 1NN2A 2WQZC 1GNZA 4MWXA 4WA5A 2ZKNA 3FLRA 1VCUA 1V6IA 2ZMNA 4PBPA 2YMZA 1HLCA 3Q9OA 1B9TA 3N35A 4R9DA 1WLWA 2HTUA 4YW3A 2DU0A 1MS0A 5KXBA 4LBJA 2PHXA 3ALWA 3SNMA 1WW5A 4GDJA 4MJVA 1MS3A 1JN2P 2YA8A 2GDFA 1AJOA 1LHUA 4KS1A 1BXHA 3AP9A 5IK4A 3W09A 3OPZA 3ZXKA 4K1IA 2WSVA 2UU8A 5GZCA 3ATGA 3USUA 3IPVB 3RMYA 3IMNA 1KRIA 1AX2A 4FQZA 2XZJA 4XHXA 1GZWA 2V5YA 1PZ9A 2I2SA 4CTEA 1SLBA 3SH3A 1Q8VA 2HTRA 3O0XA 3UL2A 4P9XA 2HT8A 1UKGA 4Z8BA 4FOYA 4ISQA 1DLLA 2HT5A 2WJSA 3VV1A 1DIWA 2NN8A 1ULCA 3R4SA 2B8HA 3WV6A 3A4UA 3ZXLA 4XBNA 1SFYA 4I30A 4GXLA 2W5OA 4MWYA 5T55A 1LHNA 2AENA 3AYAA 4XIKA 2KM2A 1Z4YA 3AJYA 3NV3A 2A6XA 1H30A 2A6YA 1V6JA 1LOCA 4FPCA 5JMCA 3N3HA 2TEPA 3AYDA 5EWSA 1NNBA 3O9KA 1UPSA 3BOPA 4YGEA 4I00A 4AGGA 1LOFA 1VCJA 1CPNA 2WKKA 2ZGUA 1INGA 4Q27A 4DQAA 4JRAA 4Q8LA 3V0BA 2E53A 1RINA 3IN9A 2A3XA 1YXWA 3NSSA 3NWKA 4YGBA 1JUIA 3SITA 3UJOA 1VAVA 2YROA 2ZGKA 2VW2A 2VY0A 2DUQA 1MS1A 2DVDA 3N7MA 3TI6A 1LU2A 1G9FA 3BIWE 4GZQA 3SANA 4XTMA 3WDVA 4R9CA 4XJZA 3AZXA 4MYEA 4GZXA 3AXDA 2HTVA 3ENRA 2DVAA 2CYFA 1A4GA 4K21A 1ONAA 2C4LA 3CYEA 4SLIA 1PZ7A 1NSBA 2ZB5A 3IPVA 1Z4WA 4B7RA 3N7LA 1JBCA 4R9BA 4AVTA 1DFQA 2AGSA 1IS4A 4GA9A 2A70A 3TI8A 1NNAA 1AZDA 1AX0A 1QU0A 5IUQA 4MWRA 1ENRA 4FJ6A 4Q6KA 3ZPYA 1NMAN 4C1XA 1USRA 3QLQA 2EXIA 3ILNA 1LOAA 2VXRA 3ZSLA 3JU9A 3JU4A 2DTWA 4ITCA 1JXNA 5DZFA 4XE9A 2DTYA 4FPHA 2CWMA 5NN9A 2ZGSA 3WOGA 4MWLA 4GZSA 4MWVA 2Q5TA 5KXDA 1DQ4A 4FVKA 1QDCA 5GLTA 3TAYA 4LBLA 2BZDA 4FPGA 3TI5A 2P3KA 1V00A 1C1FA 3HN1A 3TIAA 4FZHA 2A7AA 3WCRA 2HYKA 4CPNA 3OGGA 4QN6A 4YW4A 3ZSMA 1SCSA 2P3IA 1WW4A 2EF6A 4K20A 2R16A 3NV1A 2P3JA 4FPYA 1C1LA 4NCSA 1BJQA 4JC1A 5BYNA 5FREA 1NLSA 1FX5A 3ILRA 4Q2FA 1DGLA 4GWNA 3W58A 1WBLA 4Y1VA 1DQ5A 5T50A 1H9PA 2A75A 1G86A 1J1TA 3L2YA 1Z78A 2ZGQA 1S0BA 4HL0A 2F13A 3WNXA 1XOGA 4H52A 1CN1A 3MW4A 1S0JA 3WDUA 1GV9A 1INVA 1G7YA 1SO7A 1AXYA 1CJPA 4YG0A 4FP3A 1GZCA 2JE7A 4ZXKA 2W39A 2QWKA 4NN9A 4YZ3A 3AP7A 4NOTA 1A14N 1Y7BA 1G9CA 2DUOA 3M3CA 1VIWB 1WW6A 1LOGA 3N7KA 3HMYA 1WCSA 4B7QA 2DVBA 2JKBA 4QNPA 1JOJA 1FNZA 2F12A 4XJ9A 4GEZA 2PHTA 1G9AA 1V6NA 4Y22B 1ZM1A 1S0FA 4AGRA 4QN5A 3M1HA 1LHVA 4WVVA 2ZGRA 2SBAA 4F83A 3ASIA 1AXKA 4XXAA 1SNTA 1G9DA 3D12A 4M00A 2ZHNA 3AFKA 3AXEA 1USXA 3D11A 1BQPA 2R0HA 1UZZA 1N47A 1KITA 5T52A 1W6PB 1F8DA 5E88A 1LOFC 2E6VA 3WHTA 1INHA 4WEFA 4LBNA 1Q8SA 4FOQA 2EALA 5JLVA 1SBDA 2ZHLA 3R4UA 1W6NB 4XBLA 1SBEA 2QWIA 1GSLA 4RA0A 1R1ZA 1V2IA 2UWBA 2CTVA 4FOWA 1ULFA 5T5JA 3B9CA 4PQ9A 2AYHA 2QWGA 3QCWA 3WDXA 4XJAA 2ARBA 3SLIA 2AR6A 1WUVA 1RIRA 3PJQA 2WSUA 2YA5A 5E8AA 3RRDA 4MWQA 2F0ZA 4YLZA 1LHOA 2A5ZA 1MVQA 1GBGA 1F8EA 1VALA 1INWA 1L7GA 1JYCA 1E8UA 2HTYA 1IVEA 2CY6A 2DVFA 2ERFA 1INXA 4YM1A 2HT7A 4FQ4A 1AX1A 2YXSA 4Y26A 2PHRA 1MR5A 4PF5A 5HUMA 2SIMA 3ZYRA 3VKNA 4AGVA 4MWWA 5GJ6A 3MW2A 3H6JA 5F9TA 2QWAA 3H72A 4DPNA 1LJ7A 1IVGA 4B7MA 1IS6A 1NMBN 1V3CA 3D5OA 6NN9A 4XJUA 1V0FA 2A6WA 1QOOA 4K1YA 2GNTA 2E51A 4WZFA 4AVVA 4X4AA 4GALA 4AWDA 3POWA 4DS0A 4LBOA 4MJUA 2ZACA 4QN3A 4YZ4A 3B7EA 2R1DA 2D6LX 1NMCA 4OZXA 1BYHA 1LCLA 4HIZA 4MX0A 1S0EA 1W6OA 1W6PA 4XJ8A 3T1MA 4YG6A 4M4UA 1UAIA 2UURA 4M3CA 5HX0A 1QF3A 2CNAA 1UN1A 2P34A 4LBQA 1UMZA 3RMXA 1F8CA 1WCQA 3AZVA 1SLTA 5HCAA 2NZ9A 5JDBA 5DUXA 3WLUA 4FOVA 5DXDA 5JOZA 2F24A 1MZ6A 3M3QA 3AJZA 2D43A 2CWSA 2G4IA 1N3OA 1CPMA 3W59A 1ULGA 4GB1A 1W6MB 4GWMA 1QOSA 4FPFA 4U36A 2FHRA 1UZYA 1Q8QA 2D6KA 5JOWA 7NN9A 4GZPA 1IKQA 2EXHA 1B9SA 3ZXFA 1G8WA 3O9JA 3K38A 4FPKA 1KDMA 3WG4A 2WNEA 5CBLA 2YA7A 3TI4A 1NCDN 4D8SA 1IVDA 4HZZA 4IQPA 4FPEA 1D2SA 2ZB6A 2XB6C 1S1AA 2W20A 3R05A 3BODA 3BTAA 4FVVA 1MS5A 2GNBA 2A3YA 2GNMA 1IOAA 2VK5A 1A78A 4YW5A 5HCFA 2D7FA 1DYPA 3T2TA 2XCYA 4HZWA 4CPOA 4UW5A 1LECA 1LOEA 4Y1ZA 3DGTA 1CQ9A 2OUHA 5GALA 4Q1PA 2FMDA 2HU4A 4UW4A 2GNDA 5DZEA 3SISA 2VSKA 3PMEA 5HCBA 3I8TA 3PVEA 2BF6A 2P37A 3KQRA 3VKOA 2DYCA 3A0KA 1Z50A 1DQ2A 3WZ1A 4X49A 3CNAA 1E8TA 1QNYA 2R0FA 4M3CE 2VH9A 4K3YA 1TEIA 5GLUA 3V0AB 2VSMA 2EAKA 4GZTA 1W20A 1QOTA 3VKMA 2R49A 1HDKA 3O12A 3ZXEA 2C9AA 2ZAAA 3ILFA 3DUIA 4KS4A 1KJRA 4J9TA 1PZ8A 1AVBA 4UW6A 3WUCA 4C1WA 2JE9A 2F25A 2YDPA 1W21A 4D69A 4TYSA 4B7JA 3WHUA 1IVFA 4YG3A 2A6VA 2ZGLA 4KS5A 2F28A 2SILA 2ZGPA 2D3PA 1RITA 3ZYPA 4Q8KA 1U0AA 1V3DA 3AYCA 3VKLA 3TB0A 1XOEA 3A71A 3M3OA 3BEQA 2OUJA 2X9MA 1INFA 1ULDA 2ZZJA 1S0GA 4YZ1A 3AYEA 3OY8B 1DQ1A 2DUPA 1HKDA 4YGDA 1F31A 1B09A 1V3EA 1EURA 4BLIA 1VAMA 3GVKA 4XOGA 4K1HA 5DUWA 5EYYA 2QWCA 4CRQA 2YA6A 4FPOB 2BATA 5DUVA 4GDIA 3FUQA 4PBOA 4AYUA 1INYA 3VKFC 5GLVA 3KM5A 4LBQD 1MWEA 4BQ1A 3WDTA 3K37A 4M3CF 3GALA 2PHUA 3C2UA 1LESA 4BOWA 1IS5A 4MZAA 1UX6A 5B2CA 3SILA 2D6MA 2DVGA 5T54A 3WCSA 2D6PA 5CB7A 5SV8A 3AX4A 1GICA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3OGSA 1F5FA 4JF7A 2XVLA 4QGLA 2VTXJ 1GP6A 2ZKLA 4IEUA 5FY8A 2W68A 3SQOA 5A6YA 2DG0A 3ZFEB 2VZVA 1J84A 4H7LA 3FE5A 1CAXB 4DIQA 4B4RA 1DBNA 5HUGA 1AXZA 3U14A 5D8AA 4OI0A 2GALA 3I3QA 1FPN3 2D3RA 3RS6A 2WFF1 4FTBA 2DURA 5KBFA 1YYNA 2FPCA 4CSWA 5IK7A 4A6SA 3N4MA 2Q0AA 3IT8A 4HVOA 5CAZA 5K7PA 4BB3A 5JXJA 1LODA 3EYPA 1JU3A 2D98A 4J1WA 4QAWA 1MQTB 5F32A 5IW0A 3BB6A 3D4KA 4PCRA 1AR63 4AQSA 1XE8A 2W08A 4JGZA 3VD4A 5EO7A 2MPFA 4MZUA 1IVBA 1BBT3 3I2HA 1RUG1 1V6LA 3ES1A 4KGGA 4QN4A 3NW4A 3USUB 5SV5A 4Y5TA 4QB1A 4P9LA 4PDWC 1X7NA 1RWIA 4QX1A 5JVVA 5B2DA 1GR3A 2L9LA 2DWRA 3WVJA 2IAQA 2VVFA 1EPWA 4PT6A 3S5AA 1BK0A 4UW3A 4CHBA 2XG3A 5A6XA 4H55A 1ZZ8A 3I2OA 5FYCA 5GX5A 3B69A 3NKTA 4BQ4A 3S2KA 5GX1A 1AR71 3OJBA 1AYN3 4WM8B 3WNOA 4LKEA 1W8TA 1WCKA 3O5SA 1XPWA 1YJLA 1SACA 2AUYA 3AMQA 3FLPA 3KVBA 1C5KA 3KGGA 4INDA 3GZTB 1V6KA 1NCBN 2GMEA 4NAOA 4DRVA 3KMHA 4M4NA 2MNGA 4Q0VA 5FO9B 5FRAA 2ZMKA 3KF5A 1CGPA 2JENA 1Z4XA 4AVAA 1X2JA 1AF9A 2F27A 2HTQA 2YDEA 5H9PA 4XUPA 4IV1A 3N9LA 4AEDB 2QJVA 3WQ1A 3TEXA 4ISRA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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