4YZ2 | Genus

Total Genus 194

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	194
sequence length	657
structure length	655
Chain Sequence	TPVLEKNNVTLTGGGENVTKELKDKFTSGDFTVVIKYNQSSEKGLQALFGISNSKPGQQNSYVDVFLRDNGELGMEARDTSSNKNNLVSRPASVWGKYKQEAVTNTVAVVADSVKKTYSLYANGTKVVEKKVDNFLNIKDIKGIDYYMLGGVKRAGKTAFGFNGTLENIKFFNSALDEETVKKMTTNAVTGHLIYTANDTTGSNYFRIPVLYTFSNGRVFSSIDARYGGTHDFLNKINIATSYSDDNGKTWTKPKLTLAFDDFAPVPLEWPREVGGRDLQISGGATYIDSVIVEKKNKQVLMFADVMPAGVSFREATRKDSGYKQIDGNYYLKLRKQGDTDYNYTIRENGTVYDDRTNRPTEFSVDKNFGIKQNGNYLTVEQYSVSFEKKTEYRNGTKVHMNIFYKDALFKVVPTNYIAYISSNDHGESWSAPTLLPPIMGLNRNAPYLGPGRGIIESSTGRILIPSYTGKESAFIYSDDNGASWKVKVVPLPSSWSAEAQFVELSPGVIQAYMRTNNGKIAYLTSKDAGTTWSAPEYLKFVSNPSYGTQLSIINYSQLIDGKKAVILSTPNSTNGRKHGQIWIGLINDDNTIDWRYHHDVDYSNYGYSYSTLTELPNHEIGLMFEKFDSWSRNELHMKNVVPYITFKIEDLKKN

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

molecule tags	Hydrolase
source organism	Streptococcus pneumoniae
publication title	Streptococcus pneumoniae NanC: STRUCTURAL INSIGHTS INTO THE SPECIFICITY AND MECHANISM OF A SIALIDASE THAT PRODUCES A SIALIDASE INHIBITOR. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Sialidase NanC
total genus	194
structure length	655
sequence length	657
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date	2015-03-24

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF02012	BNR	BNR/Asp-box repeat
A	PF02973	Sialidase	Sialidase, N-terminal domain
A	PF13088	BNR_2	BNR repeat-like domain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
2.40.220.10	Mainly Beta	Beta Barrel	Intramolecular trans-sialidase; domain 3	Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3	4yz2A03
2.60.120.200	Mainly Beta	Sandwich	Jelly Rolls	Jelly Rolls	4yz2A01
2.120.10.10	Mainly Beta	6 Propeller	Neuraminidase	Neuraminidase	4yz2A02

2LALA 1AXYA 2AUYA 2VWDA 2DVGA 1V6LA 4CPLA 2YXSA 4ITCA 2VXRA 4FZHA 1NLSA 1DQ6A 1JN2P 4JC1A 3NWKA 4XBLA 2F11A 4MX0A 1GZWA 1YO8A 1G8WA 3OPZA 1V6IA 4X6KA 2R49A 5GZFA 1LOGA 4I30A 2DURA 2UWCA 3AP4A 1NSDA 1DQ5A 2QWIA 2YDTA 4Q8KA 5JMCA 1OFSA 2HYKA 1IVCA 2KM2A 3K38A 4SLIA 2HU4A 3SALA 1W6OA 4HL0A 1A14N 2VU9A 4LBQD 3VKNA 2R16A 2AYHA 5SV8A 2DUOA 3W59A 3T2TA 4DPNA 4WVVA 2F12A 1FV3A 4GZQA 2AEPA 1NMCA 1D0HA 4CPMA 4P9XA 2ZHKA 1VCJA 2W52A 4YZ2A 1IS6A 2VSMA 4XZPA 4Y26A 4XMAA 1B09A 2C4LA 1LHNA 3CL2A 4R9DA 1NCBN 2F27A 2YA5A 2WT1A 2CMLA 1YXWA 1EURA 4C1XA 4XJUA 5IT6A 1MS3A 5JOYA 2GN3A 1JOJA 2OUJA 1AF9A 2NN8A 4GKXA 3NN9A 2ZHMA 5HCBA 4UW5A 2GNMA 3TI3A 1NCAN 4ISQA 2LTNA 4UW6A 1Z4XA 2YY1A 3RRDA 5F9TA 1QOOA 2P2KA 3WOGA 3ILFA 1AJOA 1O4ZA 3FLTA 2CY6A 2ZGLA 3KQRA 4ASMB 1IVGA 4M3CB 3CYEA 4FPCA 4Q27A 2WLQA 4U2AA 3VKFC 1LOFC 1DQ1A 1L7GA 2VK6A 5CNAA 4YZ1A 3WDUA 4NO4A 3USUB 2TEPA 3R4UA 3RMXA 4TYSA 1KQRA 3V0BB 3AXDA 3AFKA 1W0OA 1W0PA 4LBQA 2D3PA 3CL0A 1SCSA 1PZ9A 4NN9A 4WEGA 2DVDA 3QLQA 1EUSA 2R1BA 4Y22A 3AX4A 1LOAA 4QNPA 2XZKA 1NMAN 3ZSKA 1W6QA 1ULDA 2ZBJA 1GBGA 5EYYA 1S0DA 3AZVA 2ZZJA 2AEQA 4GDJA 3I8TA 3WDXA 1LGBA 5T55A 4L8QA 5T5PA 3UK9A 4FVVA 5L73A 3VKMA 1DILA 3T1MA 4WV8A 2EXKA 2WQZC 4UF7A 4K3YA 4Z8BA 3WG3A 5CA6A 3WCRA 1YIFA 2EXIA 4FPKA 1W6MA 3D6EA 4YGBA 2GN7A 2E51A 4BLJA 1V6JA 1E8UA 2A71A 3OGGA 3FLRA 4FPJA 2PHFA 3H72A 4MWYA 2NYYA 1G9BA 3K36A 2ZGQA 5H9PA 4Y20B 1F31A 2CWSA 2QWHA 1ENRA 2FHRA 1DLLA 3CNAA 2OVUA 4BPZA 1RINA 1W6NA 2OW4A 3N7MA 5DZFA 1AZDA 3D4KA 1G9DA 2C5DA 5JDBA 2VW1A 3FBYA 3RMYA 1WCQA 1C1LA 2D6MA 3PVEA 4YZ4A 1XQNA 3SILA 4PF5A 1SLBA 1INYA 1UZYA 5T5LA 4M00A 2ZGNA 2WT0A 4GZWA 1AJKA 1LJ7A 1DGLA 1LOCA 4XILA 4KS5A 2EIGA 1LEMA 1B9VA 3MEPA 4XOGA 2A5ZA 2JE7A 1G9AA 2F13A 4D8SA 4I00A 5F5QA 3H73A 1CPMA 2D3RA 5DZGA 1N1YA 1RITA 2ZGOA 3DUIA 4FOYA 2EF6A 5T52A 1DYKA 2F0ZA 3AYAA 4AGGA 4MWWA 1ENQA 5B2DA 5DG2A 3TI4A 2NM1A 4ZKTB 1NCCN 1IS4A 4XXPA 1IKPA 2SBAA 1LTEA 1H30A 3SANA 1V3EA 4GWNA 3NV2A 4AGRA 4FPGA 1GV9A 3GVLA 1SFYA 1G9FA 3PVOA 3M3QA 2ARXA 2VVZA 1SLTA 2JD4A 4YZ5A 4YW5A 1CIWA 2UWAA 3C2UA 2QWDA 4Y1VA 1D2SA 1GSLA 2ZGPA 4Y1YA 3B01A 3TI6A 3NV1A 3ZXLA 1FNZA 5LK5A 3ZXKA 1E8TA 2XCYA 4XJAA 1V0EA 3AYCA 3A72A 4GZSA 5IK7A 2BERA 1IVBA 4F83A 4LBNA 4BLIA 2AH2A 2AGSA 1MS5A 1QMJA 5JYYA 1DBNA 3O0XA 4CTEA 1V6OA 2XZIA 1WW6A 1LHUA 3SNMA 2ZMLA 5KXDA 1E8VA 4Q26A 3N7JA 2F25A 2JKBA 4XBQA 4Y1UA 1G7YA 2D7FA 4GZPA 2HTRA 4MWXA 2JJ6A 4GZOA 1S1AA 1XOGA 4B7NA 1APNA 5KXBA 4XJWA 3M2MA 3MW3A 1YYNA 2HTYA 2DUPA 2NP0A 1VIWB 2D3SA 3D12A 1UPSA 4CPOA 3ZVXA 4Q2FA 2BF6A 2SILA 5FRAA 2UWBA 3IPVA 2YV8A 2PELA 2HT8A 1LOEA 4XJZA 5DG1A 2YA4A 1BQPA 1CR7A 2V73A 2C9AA 4KBBA 4XIKA 3AZXA 4K1HA 4P9YA 1QF3A 3HMYA 3HN1A 4K1KA 3SH4A 2EAKA 1LHOA 5GALA 2ZGKA 4FPOB 1GKBA 1A4GA 1FV2A 1KJRA 1INHA 4X4AA 1MACA 4YGCA 3R05A 1LOFA 1LGCA 2DTWA 2F26A 2W5NA 1WW4A 1INXA 1AXKA 2UU8A 1LGNA 1Q8SA 3A71A 4Q1PA 4BMBA 2ZB6A 1GANA 3ZSLA 5GLVA 2A3YA 1S0JA 3WG2A 1IS5A 2ENRA 2XB6C 4PCRA 5EYXA 1G9CA 1HQWA 4MC7A 3WLUA 4MYEA 1Z4WA 1GNHA 1A78A 3U4XA 4XTPA 3WNXA 5JOXA 3H71A 4PQ9A 1NXD1 3O9KA 4TZDA 2YA7A 2GMEA 1MS0A 1W20A 1JXNA 3WDVA 2NMOA 5HUGA 3IN9A 4XJQA 2VK7A 1LOBA 3H0OA 3POYA 2A6VA 1MS1A 2P3KA 4WA3A 4HANA 4YW3A 5H9QA 4XHXA 3ZXEA 1GZWB 4HZZA 3FLPA 2CYFA 1BJIA 3WG4A 5GZGA 1DQ2A 5DXDA 4GKYA 1S0BA 4H55A 1MR5A 3BOPA 4FOWA 2DVFA 3ALWA 2CNAA 3M3CA 1IVDA 3INBA 4WVWA 1W6OB 1MZ5A 1KDMA 2SIMA 1NCDN 2VSKA 4W65A 2W38A 1Z50A 4GB1A 2JE9A 5T54A 4K1ZA 1V6MA 2D6KA 3AZZA 4R9AA 5JOZA 4Y1XA 1UKGA 1BYHA 2ZMNA 5AVAA 2BZDA 2XG3A 4X49A 2EXJA 4B7RA 3N7KA 1VCUA 2E53A 4UW3A 1NNAA 4MWJA 3AYDA 3TB0A 2B8HA 4BBWA 1W8NA 4B7MA 4ZXKA 2HTWA 5GZCA 4Y24A 1SBEA 1DQ0A 1ULCA 2A6WA 1DYPA 3R4SA 4H52A 4XDQA 4QN6A 3O12A 1A4QA 2QWCA 4CPZA 5T50A 1YI7A 2PHWA 4M3CF 1LODA 1QNYA 4Q8LA 3RQ0A 1CQ9A 1JYIA 3BODA 4YM0A 3B9CA 3POSA 1G86A 2G4IA 1V2IA 1SLIA 1WUVA 1WLDA 3K3AA 2W20A 3TI5A 1C57A 1H9PA 4XMIA 4XHBA 5HUMA 1AX2A 2PHUA 5GLZA 4JF7A 2QWEA 2GDFA 2GMPA 5GLTA 4LBQB 3IM0A 2B7YA 1KDKA 1LULA 3FUOA 1Q8VA 5JVVA 2W5OA 2PHTA 4YFWA 2A6XA 4RL7A 4K1JA 3NV3A 3AZYA 1V3BA 4DRVA 4Y22B 1AX1A 3MPPG 1KITA 2A7AA 2ZKNA 1UL9A 4FQZA 1W6QB 3PMEA 3AJYA 5IK8A 3POWA 5IUQA 4GZTA 1DIMA 5GM0A 1F8CA 4P14A 2DU0A 1SLLA 3WDYA 4NOTA 1I3HA 2NMNA 4QN7A 4HZWA 1FATA 1FYUA 2NZ9A 1Z4ZA 2R1DA 1USXA 1JHNA 1Z4VA 4XIOA 4YG0A 1GNZA 1W6MB 5HUNA 5DUWA 1ONAA 2ZGMA 3H6JA 2ZGTA 1V6KA 2A75A 4AGVA 1HKDA 4GEZA 5KXEA 4MJUA 2WT2A 3OJBA 3ENRA 4FP2A 3FUQA 4H53A 1QOSA 4GZXA 4YGDA 3AP7A 1R1ZA 2P3JA 1SBFA 2QWAA 3KM5A 2W68A 2QWGA 3M3OA 3IKWA 1U0AA 2D6NA 3TIAA 1URXA 1VLNA 4GXLA 3MW4A 1ULGA 4WA4A 3ZYRA 2BQPA 1W6NB 3WHUA 4DQAA 4IQPA 2DYCA 3O0VA 3UJOA 1IOAA 3NV4A 1GZCA 3FFZA 4MWUA 1QDOA 3BTAA 1Z0HA 2F29A 1PZ8A 2I2SA 3GALA 5GLWA 1SCRA 5DZEA 3OYWA 2V5YA 5EXOA 3ZXFA 3QCWA 2RKCA 1CONA 4YGEA 4AVTA 3VKOA 2ZA9A 3N7LA 4QN3A 1EPWA 4FP3A 2YA6A 2DVBA 4FPFA 1Y7BA 3AZWA 1MS9A 2VH9A 1BJQA 2HT5A 3OBRA 1LESA 4FJ6A 3OBTA 3ILNA 3INAA 5KXCA 4U36A 4WEFA 4YZ3A 1WW5A 2D6LX 1CPNA 1S0CA 2ZGRA 3M3EA 2Z42A 3W58A 1AVBA 3I4IA 3M1HA 1TEIA 2QWFA 4MJVA 3OYWB 4RA0A 4GWMA 2HT7A 1JUIA 1FNYA 4LBJA 3CKZA 1S0EA 5FREA 1AXZA 1F5FA 1W6PA 2HTQA 3RS6A 3LSDA 3VV1A 1ZA4A 2JDZA 3N3HA 1OQ1A 2VY0A 1VAVA 3K39A 4YW2A 1N3PA 2W08A 2WJSA 4R9BA 2UURA 5GZDA 1SO7A 2DTYA 1S0GA 1INFA 4YM2A 1N1VA 1PZ7A 1MWEA 1Z4YA 4J9TA 4K20A 1V6NA 3WUCA 2F10A 4B7JA 1V00A 7NN9A 2GNTA 3HR9A 3B7EA 4GJTA 3RG0A 3ZYPA 3ASIA 1WW7A 4GDIA 4YG3A 1S0IA 1BXHA 2AR6A 3OY8A 1W6PB 1A8DA 4C1WA 2ZAAA 5CAZA 2ZACA 1Q8OA 2SLIA 2P37A 1LU2A 4MWLA 3IPVB 1Z78A 1MS4A 2JECA 5CB7A 2HU0A 4DRRA 3SITA 1N1TA 2GNBA 4M4VA 3AK0A 3ILRA 1SLAA 1IS3A 1N47A 3N36A 4KS4A 1A3KA 2DV9A 1QOTA 2QWKA 3APBA 4HZXA 4DGRA 4CRQA 1C4RA 2VK5A 3MW2A 1B9SA 1WBFA 3A0NA 3GNEA 2VW2A 1VAMA 1N1SA 4QN4A 1X50A 4CPYA 1LU1A 3ALXA 1GZ9A 3A4UA 1NSCA 3V0AA 3D5OA 4XYXA 3D11A 2D44A 1VALA 6NN9A 1IVEA 1F9KA 3OY8B 4WZFA 2VW0A 3UL2A 4XBNA 5H9RA 5E8AA 5DUXA 4Q6KA 3AP6A 2A3WA 4FPLA 4HZVA 4K21A 2W39A 1WD4A 1F8BA 2C4AA 1V3DA 3WCSA 1QNWA 2P34A 2ZHNA 4FOVA 3V65A 4QN5A 5E88A 1RIRA 3WVJA 5JOWA 1IKQA 4XJ8A 4M3CA 1DIWA 3LCPA 2QWJA 2ZB5A 1CESA 1QDCA 3USUA 3V0AB 2DU1A 4B7QA 2PHXA 2ES3A 3V0BA 2YA8A 1BZWA 1HQLA 2P3IA 2F24A 1V0FA 1INWA 4FPEA 1OKQA 4OZXA 4FPYA 1NNCA 4WA5A 4M4UA 1NNBA 4DFSA 1LHVA 2A6ZA 4FVKA 4ATFA 4GALA 2E7QA 4CPNA 2ARBA 1F8DA 3T1EA 1SBDA 1CJPA 4FQ4A 1GYKA 4PBOA 1GLHA 1N3OA 1Q8QA 2GMMA 4CZSA 5HCAA 4Q1RA 1WCSA 2CTVA 3PVNA 3AP5A 2ZGSA 4M4NA 3GVJA 4JCKA 2ZGUA 1J1TA 1QKQA 1DZQA 3VUOA 1DFQA 4YW4A 1UMZA 2R0FA 1NMBN 3BEQA 5BYNA 1WBLA 1DHKB 3GVKA 1N3QA 3B00A 2D6OX 1UZZA 5GJ6A 2FMDA 3TAYA 1ZM1A 2H0BA 1B9TA 3A0KA 3LSEA 4Y20A 4YW1A 1ULFA 1XOEA 2R0HA 2WSUA 1MVEA 2WNEA 3B3QE 3WDWA 4LBLA 1WLCA 4NCSA 5T5OA 5IK5A 4MZEA 1V0ZA 2ZMKA 2HTUA 2YZ4A 3AP9A 3ZSJA 4LBOA 2YDPA 4R9CA 1INGA 5IK4A 4JRAA 4KS2A 1HLCA 2BATA 3O5SA 3IMNA 1I1EA 2GNDA 4KS3A 2WSVA 1NN2A 4MWQA 2OUHA 4LBMA 5NN9A 2YROA 2E7TA 1UX6A 2HTVA 5T5JA 2E6VA 1JYCA 2X9MA 1INVA 2AENA 4ISRA 2D43A 4HIZA 3ATGA 3NSSA 5M1ZA 3V64A 4FPHA 1NSBA 2A6YA 5JLVA 3JUUA 1QU0A 4K1YA 3SH3A 4D69A 3WZ1A 1KJLA 2GALA 3AXEA 1MZ6A 1V3CA 5DUVA 3ZSMA 1SNTA 1KRIA 2QWBA 4XXAA 4M01A 4K1IA 2D6PA 1WD3A 3JU9A 5GLUA 1S0FA 1F8EA 4XTMA 4YG6A 2ZABA 3N35A 3RSJA 3TICA 4AWDA 3WG1A 5EWSA 2ERFA 1L7FA 4XJ9A 1UN1A 3WDTA 4AVVA 2CL2A 4ATEA 2DVAA 1FAYA 4YM3A 4XJRA 2VUAA 3PJQA 2F28A 1JBCA 1FX5A 3BIWE 1IVFA 5HX0A 2YMZA 1LECA 4NC5A 3K37A 5B2CA 4M3MA 4YLZA 3DGTA 3UJQA 3SLIA 1EUTA 1H9WA 1LENA 5HUKA 2DWRA 3L2YA 1O4YA 4LBKA 5H9SA 3VKLA 4UW4A 1ULEA 4HZYA 3WV6A 1EUUA 2AREA 2CWMA 5DUUA 3TI8A 1W8OA 1DQ4A 1CVNA 1MVQA 2Q5TA 5CBLA 1Q8PA 1LCLA 3ZXJA 1ENSA 3W09A 4GA9A 1SACA 4BMEA 3O0WA 2EALA 4YM1A 4YFZA 3O9JA 3WHTA 1BKZA 1C1FA 2PHRA 1QGLA 3WUDA 2EXHA 1MS8A 1YRZA 4XE9A 2XZJA 3JU4A 1GICA 1W21A 4AYUA 4FOQA 4Y1ZA 2DUQA 1CN1A 1LHWA 4P9WA 1USRA 4MWRA 4M3CE 4MWVA 3AYEA 4DS0A 1HDKA 4BOWA 1W1XA 1LEDA 1SLCA 4KS1A 1JW6A 1Q56A 1WLWA 3SH5A 2WKKA 3SISA 3B69A 5E89A 2A3XA 3TIBA 4PBPA 4MZAA 5GZEA 2A70A 2RHPA 3ZPYA 3AJZA 1AX0A 5HCFA 4BQ1A 3T1LA 4X47A 2ZHLA 4AVSA 3Q9OA 1UAIA 4BM8A 1L7HA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

1S4CA 4GH4A 5JPNB 1IG3A 4CVUA 5FOJB 2MEV2 2LALA 3KT7A 2DCTA 1AXYA 2VNVA 2XQRA 2YFZA 1C8NA 1RUI3 3CEWA 3LPGA 4W6XA 4XF3A 2VZOA 2AUYA 1QIQA 2JDAA 3ZO0B 3H8XA 1CX4A 3RZHA 2WYFA 3FMGA 3WDZA 3J8F3 3LEGA 1PGW1 3AMNA 3D0JA 5F6LB 3J9SA 3JCIA 5CU1A 2VWDA 4MGIE 4CXYA 1YCIA 1XSQA 2DVGA 4D6SA 4OI2A 3RYPA 1BEV3 1V6LA 1QJU2 3U07A 1SG3A 2JDHA 5CISA 1K45A 5JXGA 1W05A 3AVRA 3NNGA 3N9OA 5A7PA 4CPLA 2YXSA 4I02A 3FWEA 4ITCA 1W04A 3ACHA 2VMGA 4DUVA 4XMBA 1HRV2 1S2EA 3BI3A 2VXRA 4FZHA 1NLSA 3ZGDA 1DQ6A 1JN2P 1IPJA 1RUH3 4JC1A 4XAEA 3WSOA 1O3QA 3NWKA 4L99A 2FP8A 4NHLA 2IFRA 2XUEA 4XBLA 1GQGA 2F11A 5FP7A 1OH3A 2IWGB 4MX0A 1GZWA 1YO8A 1RUD3 4BXFA 1RUC1 2A73B 4CPBA 4YARA 4HG6B 1G8WA 4A7YA 4CDWA 3OPZA 3T4VA 4B7KA 4BQ5A 3T4HB 4OQ8A 2H6CA 1V6IA 5IVFA 4X6KA 1UPIA 2R49A 5GZFA 1QBIA 4JMLA 1B35C 2ARCA 4M4RA 4CDUC 3RZLA 5GX2A 1EV13 4GQ7A 3NAPC 1LOGA 2WZEA 4I30A 3VNGA 2DURA 2UWCA 3AP4A 1NSDA 1ACCA 1DQ5A 2QQIA 3GJBA 4UBHA 4B4PA 2QWIA 3HPNA 1O8SA 4W6YA 2VOVA 2YDTA 3WWAA 4YVWC 3RYRA 4Q8KA 4I2OA 3CF6E 4HT1T 5JMCA 3UGFA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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4YZ2A

Total Genus

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