4YZ2A

Crystal structure of streptococcus pneumoniae nanc, in complex with 2-deoxy-2,3-didehydro-n-acetylneuraminic acid.
Total Genus 194

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
194
sequence length
657
structure length
655
Chain Sequence
TPVLEKNNVTLTGGGENVTKELKDKFTSGDFTVVIKYNQSSEKGLQALFGISNSKPGQQNSYVDVFLRDNGELGMEARDTSSNKNNLVSRPASVWGKYKQEAVTNTVAVVADSVKKTYSLYANGTKVVEKKVDNFLNIKDIKGIDYYMLGGVKRAGKTAFGFNGTLENIKFFNSALDEETVKKMTTNAVTGHLIYTANDTTGSNYFRIPVLYTFSNGRVFSSIDARYGGTHDFLNKINIATSYSDDNGKTWTKPKLTLAFDDFAPVPLEWPREVGGRDLQISGGATYIDSVIVEKKNKQVLMFADVMPAGVSFREATRKDSGYKQIDGNYYLKLRKQGDTDYNYTIRENGTVYDDRTNRPTEFSVDKNFGIKQNGNYLTVEQYSVSFEKKTEYRNGTKVHMNIFYKDALFKVVPTNYIAYISSNDHGESWSAPTLLPPIMGLNRNAPYLGPGRGIIESSTGRILIPSYTGKESAFIYSDDNGASWKVKVVPLPSSWSAEAQFVELSPGVIQAYMRTNNGKIAYLTSKDAGTTWSAPEYLKFVSNPSYGTQLSIINYSQLIDGKKAVILSTPNSTNGRKHGQIWIGLINDDNTIDWRYHHDVDYSNYGYSYSTLTELPNHEIGLMFEKFDSWSRNELHMKNVVPYITFKIEDLKKN
100200300400500600600500400300200100
050100150Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae
publication title Streptococcus pneumoniae NanC: STRUCTURAL INSIGHTS INTO THE SPECIFICITY AND MECHANISM OF A SIALIDASE THAT PRODUCES A SIALIDASE INHIBITOR.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Sialidase NanC
total genus 194
structure length 655
sequence length 657
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2015-03-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4yz2A03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4yz2A01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4yz2A02
2JE7A 5DUVA 4CPOA 1WCQA 3SITA 3AZVA 3WHUA 2ZHLA 1H9WA 5H9PA 1JYIA 2VK7A 2FHRA 3B7EA 1W20A 1NLSA 3SH3A 1V0ZA 4H53A 5T5OA 2A71A 1QDCA 3OPZA 4M3CF 4K1JA 1URXA 2W5OA 4I00A 4MZEA 4ISQA 2D44A 4YM3A 3FUOA 2ZGLA 1W0OA 1CJPA 2P3JA 4DQAA 3N7LA 4X4AA 3O9KA 2OVUA 4R9AA 3NSSA 1NCAN 2H0BA 1LESA 2ARXA 3UL2A 4XJAA 2EIGA 1FATA 1MS5A 1YI7A 1WLWA 2F24A 5EYXA 2ZGSA 2D6KA 3V0AB 2YA4A 2QWBA 3K38A 1F5FA 1GZCA 2WJSA 1QOSA 1CVNA 1EUTA 3CNAA 2B8HA 2SBAA 3SISA 3OGGA 4BLIA 4WZFA 1S0IA 2QWKA 3W58A 3ILFA 1AJKA 1LU2A 5CAZA 5FRAA 3W59A 4GZTA 2HTRA 3MEPA 1X50A 2A6YA 4QN7A 1V3DA 2PHUA 2A75A 2DVFA 5L73A 1H9PA 1WCSA 4CPLA 4XTMA 1INYA 3IKWA 1MS9A 1SCRA 5HUGA 2VSKA 4WA3A 4OZXA 1Z78A 1EPWA 2VSMA 1TEIA 1QNWA 2A7AA 3SLIA 1HQWA 3VUOA 3VKFC 4LBMA 4MWRA 1BXHA 1LHVA 3M3CA 4Y1ZA 4HL0A 2AENA 1F8DA 1G9BA 1W6MB 5T54A 1ONAA 2P34A 1G9DA 5GLWA 4GXLA 4Y24A 2QWDA 4GA9A 3PVEA 1LTEA 3RMXA 3ILRA 4Y20B 3ATGA 1MS8A 2EXIA 3AP4A 2R0FA 2AREA 2JECA 3AP7A 3ZSLA 2ZZJA 2W52A 1WLDA 4BMBA 3HN1A 2W08A 4YM1A 4LBQA 2OUHA 4M3MA 4C1XA 4H55A 3BIWE 2WSUA 1SACA 4K20A 5DXDA 2BERA 1HQLA 4DS0A 4GDJA 1FV2A 5GZDA 2CWSA 1GZWB 3TI8A 1NCDN 3K3AA 2YA5A 1E8TA 1IOAA 1V6OA 2QWHA 2ES3A 2SIMA 1QOOA 3M3OA 2VK6A 3LCPA 4NN9A 4FPKA 2XG3A 1INVA 3TICA 1DGLA 4P9YA 5T5JA 4FPLA 4R9CA 1PZ8A 2QWCA 2XZJA 4AVVA 1UKGA 4AGRA 4Q2FA 2XZKA 1NNBA 2EXJA 3CL2A 3CKZA 1A14N 1INWA 1XOGA 1CQ9A 4GWNA 4Y1YA 1O4YA 1NNCA 1MS1A 1I1EA 1VCJA 4CPZA 3ZXFA 4ZXKA 1GANA 2DTYA 5HUMA 3WDTA 3WOGA 1QNYA 2D3PA 4R9BA 5GZFA 2CL2A 5CA6A 4WA4A 2P3KA 3WHTA 1AX1A 3ZYPA 4GB1A 1WW5A 5JLVA 1LOFA 4YW3A 2NMOA 3R05A 1V6JA 5FREA 4YG6A 1CPNA 2HU0A 3CL0A 2QWAA 2F29A 2ZKNA 2ZHKA 4QN3A 4CPNA 4GJTA 3U4XA 1JOJA 1MVQA 1W6OA 4FPOB 1UX6A 1EUSA 5IK5A 1W6QB 1HDKA 1V6IA 4W65A 1MWEA 3NV4A 4JRAA 3USUB 1NMBN 4YZ4A 4XOGA 2LTNA 2GN3A 1WW6A 2F28A 1A8DA 1NCCN 1VLNA 2NP0A 3GVKA 3TAYA 1Q8SA 3N7JA 1S0DA 4YFWA 1DQ0A 2PHRA 4BPZA 2ZGTA 5EWSA 3PVNA 1KITA 4XILA 2R16A 5DUXA 3V0BB 2XCYA 1R1ZA 2GN7A 2YA7A 3T1LA 3ZYRA 4HZZA 4FPYA 2QWIA 2YA6A 1G9AA 3FBYA 4P14A 2W39A 5HUKA 1INXA 2JDZA 4UW4A 5HCFA 3B01A 4YZ2A 1KJRA 4Y22A 1N1TA 4DPNA 1ZM1A 4XJUA 4KS4A 3FLTA 4XXPA 1LOAA 1B9VA 1JYCA 3AX4A 1F9KA 1O4ZA 2YV8A 1S0EA 5T55A 1CONA 3D12A 1YIFA 1BQPA 3T1EA 1LGCA 4MWQA 3AXEA 5IK8A 2HT5A 1FNYA 1BZWA 1Q56A 3N36A 4Q27A 1W0PA 3D11A 2QWFA 1VAVA 4UW6A 1SO7A 4D69A 3OYWA 1FX5A 1A4GA 4TYSA 4FVKA 4MWYA 1OQ1A 2AGSA 4R9DA 4JF7A 4YG0A 4LBJA 3I4IA 1LU1A 1PZ9A 4JCKA 1LOEA 4GZWA 4BLJA 1AVBA 1W6NB 4FOWA 3MW3A 1G86A 1IS4A 1IKPA 5M1ZA 2BATA 3O0XA 2ZGMA 4B7RA 1LHWA 2D43A 3H6JA 4MWJA 1N1YA 4BOWA 4PF5A 2UWBA 1MZ6A 3AYEA 4P9WA 2ZGPA 4M3CB 4XYXA 3INBA 1S0JA 4RA0A 5JMCA 2F12A 1GNZA 4FOYA 2D3SA 3ZSJA 2ZBJA 2VH9A 1G8WA 1C1FA 1W8NA 2ZACA 1GV9A 3H72A 3K39A 3K36A 2CTVA 2GNMA 1Z4YA 4AVSA 1ULFA 2AH2A 4XIKA 1S1AA 3AZXA 2P37A 2GNBA 4GDIA 4D8SA 5LK5A 3WG4A 2YY1A 2KM2A 4LBLA 1SBDA 1IVGA 4XJ9A 3RMYA 2BQPA 4CTEA 1SBEA 1NCBN 3WLUA 4XIOA 4GZSA 4MWVA 1AJOA 4PQ9A 3B3QE 2YZ4A 1UAIA 4PCRA 1Q8OA 1MZ5A 1MVEA 4C1WA 2PELA 1HKDA 2EAKA 2R1DA 1LHUA 4XBLA 3WZ1A 1DBNA 5E89A 1VALA 4MC7A 2YDPA 4Q8KA 2YXSA 3ILNA 3VKOA 2W20A 1W6PA 1Y7BA 2A70A 3VV1A 2UURA 5EYYA 3D6EA 1RINA 3H0OA 4FPHA 5GZGA 1Q8PA 3N7MA 5AVAA 3IN9A 1SLBA 3BOPA 3OBRA 1NXD1 4MYEA 2NMNA 4XXAA 4BMEA 1ENQA 4AGGA 2SILA 2CWMA 1WW4A 2DVAA 3A72A 3JUUA 3WCSA 3N35A 5GLVA 1SCSA 3ZXJA 2BF6A 4UW3A 4LBNA 2DUQA 1V3EA 1F8BA 1Z4WA 3ALWA 3UK9A 5GJ6A 2D6OX 2OUJA 5GZCA 1S0GA 2HTYA 2F25A 1KQRA 3SNMA 1CIWA 3AYAA 5JOWA 3O9JA 4U36A 5GLUA 4K21A 1Z0HA 5DG1A 3UJOA 2A6XA 4SLIA 3TIAA 3VKMA 3RSJA 4M3CE 2X9MA 5SV8A 3O0WA 3RQ0A 1IVBA 4NC5A 2PHTA 4ATEA 4FOVA 2VY0A 1JHNA 5DZFA 4CPMA 1LOFC 2ENRA 3NN9A 4MWXA 2DUPA 4M4VA 1W1XA 4K1KA 4M00A 4WVWA 3ZXKA 3USUA 3V65A 2ZB5A 1WW7A 1IS3A 2HU4A 1VCUA 4BQ1A 1B9SA 4YW1A 1WUVA 3M1HA 1DLLA 1LODA 4QN6A 4FPJA 1V6NA 3V0BA 4AWDA 1IVFA 4JC1A 4AYUA 4GZQA 3L2YA 2A3WA 3WDVA 1U0AA 1DHKB 4YFZA 1V6LA 1AX0A 4GKYA 4HIZA 2QWJA 4PBPA 4FQZA 3IMNA 1LHNA 2DTWA 4Y26A 3INAA 3MPPG 4Y1XA 2F11A 1C1LA 3POWA 1DYKA 4XJ8A 2CYFA 3JU4A 1BJQA 1IVCA 1J1TA 3SALA 3ZVXA 3N3HA 3CYEA 2JKBA 1AXKA 4YGEA 2RHPA 1FV3A 2ZAAA 1KRIA 4ITCA 1N47A 2CNAA 1GICA 1MS3A 2C4LA 2AR6A 1SLCA 2DV9A 3W09A 5KXEA 5JDBA 4B7QA 2P2KA 5T5PA 4MJVA 2GMEA 1DZQA 4HZWA 4DRVA 3M3EA 3OBTA 2ZABA 4HZVA 1QMJA 2CY6A 2GMPA 3C2UA 1E8VA 1KJLA 4YW5A 3D4KA 1QU0A 1GNHA 1NSBA 1JW6A 2RKCA 1S0BA 4Y1UA 3SH4A 1Q8VA 1W6NA 2EALA 4P9XA 2AEPA 3WDXA 3BEQA 2ZGKA 5HCAA 3KM5A 1QKQA 3TIBA 4FQ4A 1HLCA 2DURA 3AFKA 1BKZA 4M4UA 3NV2A 4K3YA 3TI4A 1AZDA 1N3QA 4YZ3A 4XBQA 4MWUA 5KXCA 1SLTA 2ZGRA 3IPVA 4WEFA 1ULCA 1DQ4A 4ATFA 2E6VA 2HTWA 1FYUA 2NYYA 4IQPA 1DQ1A 5T52A 4BM8A 2F27A 5GLZA 4CPYA 2VW2A 1EURA 2XZIA 1MR5A 4MZAA 2ZGQA 1LENA 4YGCA 1GLHA 4NO4A 1UPSA 1YXWA 1YYNA 3DGTA 1WBLA 4QN4A 5H9SA 1USXA 4MWWA 4LBQB 2GALA 4YZ1A 4Z8BA 4KBBA 4J9TA 3Q9OA 1NNAA 2DUOA 1JBCA 3TB0A 3WG3A 3POSA 2WSVA 2AYHA 5KXBA 3H73A 4XHXA 1UL9A 5HCBA 1YO8A 3TI5A 2ZHNA 1JXNA 3HR9A 4HANA 2ARBA 1F31A 3NV3A 1L7FA 2E51A 4YGBA 5EXOA 4MWLA 4GZXA 1EUUA 3M2MA 2P3IA 3V0AA 3WUCA 4M4NA 2Q5TA 1QOTA 3V64A 1BJIA 4FZHA 1UZYA 4RL7A 1ENSA 4F83A 4DGRA 3ASIA 3AZWA 1WD4A 1QF3A 4MJUA 2VVZA 3FUQA 1XOEA 1L7HA 2JJ6A 2A6ZA 3MW4A 2G4IA 3FLRA 1G9FA 1LEDA 2D6PA 2Z42A 4GWMA 1L7GA 1MACA 3AYCA 4B7MA 1C4RA 2OW4A 1N1VA 5IK7A 2VW0A 4Q1RA 3AJZA 5E88A 4XHBA 4L8QA 4XJZA 4LBQD 2GNTA 3ZSKA 4FPFA 1AX2A 1B09A 1W6OB 3QLQA 1S0CA 2D7FA 2DU0A 4M01A 1W6MA 1V0EA 1OFSA 2VWDA 2ZGOA 3A4UA 3RG0A 2ZHMA 5E8AA 1ZA4A 4K1HA 2W68A 3WNXA 1DQ5A 4YM2A 1APNA 4Y20A 4I30A 2AUYA 1CESA 1V6KA 4FP3A 1DQ2A 2A5ZA 3GVJA 2NZ9A 1ULEA 1AXYA 1CN1A 2E7QA 1ULDA 4WEGA 2PHXA 3WDYA 1SNTA 2GNDA 4LBOA 3O0VA 1Z50A 6NN9A 3BODA 1D0HA 1JUIA 2F10A 2VXRA 3POYA 4UF7A 1KDKA 1GZWA 4FPCA 3ZPYA 5F5QA 1H30A 1A78A 1GKBA 5JVVA 5CB7A 4Y22B 3RS6A 2ZB6A 2QWGA 1MS0A 4WVVA 2W5NA 3SILA 1USRA 1PZ7A 3WCRA 3OY8B 2UWAA 1F8CA 4LBKA 1IS5A 4GZPA 3GNEA 1GZ9A 3MW2A 1A4QA 4XMIA 3AK0A 1DFQA 4KS2A 1INHA 1ENRA 4YLZA 2WKKA 3A71A 1DQ6A 1N1SA 1AXZA 1QGLA 3ZXLA 1LULA 1E8UA 2UWCA 3R4UA 4UW5A 3OYWB 4YM0A 2ZMKA 3KQRA 1INFA 2WT0A 1N3PA 4B7NA 3O12A 2WLQA 2GDFA 1V3CA 4NOTA 1B9TA 2C9AA 5JYYA 2F26A 1LOBA 1Z4VA 2WQZC 4XTPA 3WDUA 4ASMB 4X47A 2A6WA 4KS3A 1UN1A 1LHOA 4YG3A 3WDWA 2EF6A 1IKQA 1WLCA 1D2SA 1QDOA 2SLIA 1VIWB 4XDQA 5F9TA 2A6VA 3O5SA 3SANA 3WG1A 3K37A 5JOXA 1W6QA 5KXDA 2JD4A 4Q8LA 4MX0A 3PVOA 1GBGA 2VU9A 1UZZA 1LJ7A 2EXKA 4PBOA 5IUQA 2B7YA 1NMAN 1DIMA 4FPEA 2CMLA 1I3HA 2C4AA 3AP6A 2PHFA 1BYHA 1NSDA 5H9QA 3IM0A 3PJQA 1V6MA 5DZEA 4WA5A 4CZSA 2DVBA 4KS1A 4FP2A 4K1IA 4XBNA 1MS4A 2YMZA 4H52A 3M3QA 1LGBA 3RRDA 1V3BA 2HT8A 5GALA 3ALXA 2R0HA 3AP9A 2WT1A 1Z4ZA 2VUAA 5T50A 2A3XA 1IVEA 1W6PB 4XZPA 2DWRA 3ZSMA 2XB6C 2DYCA 1VAMA 1OKQA 4DRRA 2I2SA 2YROA 5CNAA 2AEQA 4FJ6A 1SLAA 5BYNA 1NSCA 5HUNA 1INGA 2D3RA 3BTAA 3LSDA 4K1ZA 4BBWA 3B69A 1LOCA 2W38A 3T2TA 1IVDA 2HTVA 3A0KA 3B9CA 1SLLA 2HTQA 2JE9A 5CBLA 3APBA 2VW1A 2E53A 2ZMLA 3NWKA 5DG2A 4YW2A 1W8OA 1DYPA 1YRZA 3A0NA 4KS5A 4X49A 1AF9A 4Q6KA 1N3OA 2C5DA 2DU1A 4Q26A 3WVJA 1IS6A 4M3CA 3UJQA 2ZGUA 3H71A 5GLTA 3ZXEA 4HZXA 1G7YA 1W21A 3AXDA 2V5YA 3TI3A 3TI6A 3WV6A 1RIRA 2ZA9A 4NCSA 3AZYA 1FNZA 3T1MA 2EXHA 1F8EA 2WT2A 4XJWA 4Y1VA 1JN2P 5H9RA 4AGVA 1C57A 1A3KA 3GALA 1WD3A 3I8TA 3AJYA 3B00A 3DUIA 4FPGA 2D6LX 2WNEA 1ULGA 4ZKTB 1V0FA 5JOYA 4GALA 2BZDA 2A3YA 2R1BA 3FFZA 2TEPA 4XMAA 3LSEA 1G9CA 1V00A 5IK4A 2F13A 4FOQA 4GZOA 5GM0A 7NN9A 5T5LA 2DVGA 3AP5A 5HX0A 4B7JA 3FLPA 3OJBA 1LOGA 1SLIA 2PHWA 4GKXA 4QNPA 1DILA 3OY8A 5GZEA 3SH5A 3D5OA 4DFSA 1SFYA 1Q8QA 1CR7A 5B2DA 4Q1PA 2NN8A 2F0ZA 5DUWA 1NN2A 1V2IA 1RITA 2QWEA 2ZMNA 5DUUA 2VK5A 2LALA 4HZYA 3WG2A 3R4SA 2D6MA 3PMEA 2GMMA 3GVLA 4K1YA 5IT6A 4FVVA 4XJRA 3AZZA 5B2CA 2YA8A 1DIWA 3VKNA 4XE9A 3QCWA 1NMCA 1FAYA 1GYKA 2DVDA 4WV8A 1GSLA 5JOZA 1LEMA 4TZDA 5NN9A 3NV1A 4X6KA 2YDTA 1LECA 4AVTA 1LGNA 1KDMA 2HTUA 1Z4XA 4U2AA 4QN5A 1SBFA 4YW4A 4XJQA 2NM1A 4YGDA 3HMYA 2FMDA 4GEZA 2ZGNA 3N7KA 3JU9A 2ERFA 3WUDA 1CPMA 4CRQA 2HT7A 2R49A 1XQNA 2D6NA 4ISRA 3AYDA 3IPVB 2V73A 2E7TA 2UU8A 1UMZA 4YZ5A 3ENRA 1LCLA 2HYKA 1WBFA 5DZGA 1S0FA 3VKLA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1NOVA 2CDOA 4JRLA 1UOBA 2V09A 2RDSA 1F5JA 4MV2A 2X53S 1UO9A 2YBPA 3ZYHA 4S2FA 4D52C 1UXXX 3UETA 5FZJA 1BK0A 1DGWX 2JE7A 2VULA 3ZYBA 1XPWA 4QXHA 3ZR5A 1RMU2 4KMQA 4UF0B 1YJLA 5DUVA 1UIKA 1J1LA 4MOAA 1A34A 1WCQA 2H2UA 4CPOA 3SITA 3HNYM 5L7OA 3K77A 4LUMA 2WABA 4CP0A 3AZVA 1UOGA 3WHUA 2IAVA 2ZHLA 3B7MA 3GGLA 1H9WA 2VMCA 5H9PA 1JYIA 3MIEA 1W2UA 1L7RA 5BNNA 4Q4V3 2VK7A 4QDQA 2FHRA 2E31A 1E5HA 1YWKA 2WA3A 5F3CA 1W20A 1NLSA 3RI9A 1X2JA 3B7EA 3LI3A 2VXJA 2QFEA 3I54A 5EFUA 5FZKA 4AG4A 4BXFA 1RUNA 3SH3A 4AE2A 1V0ZA 1RJ8A 2HBTA 4H53A 5IVYA 2F4LA 2X05A 1ZBA1 5T5OA 2A71A 3D0SA 1UYZA 1W9SA 1QDCA 2ADEA 1WMXA 1QJY2 3OPZA 1ZYBA 2YUEA 3E5XA 3OF1A 1VBE1 4J1WA 4M3CF 5D2AA 4CXYA 4K1JA 1NCQA 1URXA 5A6ZA 4HPKA 4BQXA 2Y6LA 4MUVA 2MEV1 3THCA 1ZZ9A 1AR91 3MYXA 2XJQA 5JSRA 1RUJ1 5A3PA 2Y0OA 5FY8A 2FPCA 2W5OA 4I00A 4ISQA 4MZEA 1I6XA 1PGW2 2P6CA 3FHQA 3C3VA 1WZXA 2Y33A 2D44A 3LA7A 4Q4Y3 4M4RA 1L7QA 1H4GA 1RUH2 4YM3A 3FUOA 4A3ZA 2ZGLA 4DXZA 1W0OA 2JICA 1HB2A 3ZN4A 2OQ6A 4ZU7A 1CJPA 1TME1 3LOBA 2AZ5A 3GZEA 2JG9A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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