4YZ2A

Crystal structure of streptococcus pneumoniae nanc, in complex with 2-deoxy-2,3-didehydro-n-acetylneuraminic acid.
Total Genus 194
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
194
sequence length
657
structure length
655
Chain Sequence
TPVLEKNNVTLTGGGENVTKELKDKFTSGDFTVVIKYNQSSEKGLQALFGISNSKPGQQNSYVDVFLRDNGELGMEARDTSSNKNNLVSRPASVWGKYKQEAVTNTVAVVADSVKKTYSLYANGTKVVEKKVDNFLNIKDIKGIDYYMLGGVKRAGKTAFGFNGTLENIKFFNSALDEETVKKMTTNAVTGHLIYTANDTTGSNYFRIPVLYTFSNGRVFSSIDARYGGTHDFLNKINIATSYSDDNGKTWTKPKLTLAFDDFAPVPLEWPREVGGRDLQISGGATYIDSVIVEKKNKQVLMFADVMPAGVSFREATRKDSGYKQIDGNYYLKLRKQGDTDYNYTIRENGTVYDDRTNRPTEFSVDKNFGIKQNGNYLTVEQYSVSFEKKTEYRNGTKVHMNIFYKDALFKVVPTNYIAYISSNDHGESWSAPTLLPPIMGLNRNAPYLGPGRGIIESSTGRILIPSYTGKESAFIYSDDNGASWKVKVVPLPSSWSAEAQFVELSPGVIQAYMRTNNGKIAYLTSKDAGTTWSAPEYLKFVSNPSYGTQLSIINYSQLIDGKKAVILSTPNSTNGRKHGQIWIGLINDDNTIDWRYHHDVDYSNYGYSYSTLTELPNHEIGLMFEKFDSWSRNELHMKNVVPYITFKIEDLKKN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Streptococcus pneumoniae NanC: STRUCTURAL INSIGHTS INTO THE SPECIFICITY AND MECHANISM OF A SIALIDASE THAT PRODUCES A SIALIDASE INHIBITOR.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Sialidase NanC
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae
total genus 194
structure length 655
sequence length 657
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2015-03-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4yz2A03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4yz2A01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4yz2A02
5H9RA 2F27A 5JYYA 2QWFA 1GANA 1LHWA 5DUXA 1HKDA 1Z4ZA 3H72A 4LBOA 2YROA 1V0FA 2Z42A 2GMMA 3NV1A 1V6LA 4MWJA 4H52A 4W65A 1W20A 3GNEA 4Q26A 1VCJA 2D6KA 3CL2A 1APNA 4MWYA 1CN1A 4FJ6A 2E6VA 1LCLA 3VV1A 2TEPA 1J1TA 2R0FA 2BATA 4XJ8A 2A3YA 3A4UA 2AEQA 1SBEA 3WG3A 2AH2A 5DZEA 3RSJA 2ZA9A 2DUPA 1SLLA 2Q5TA 5DUVA 4WEGA 2CL2A 4Q27A 3ZXFA 3M3QA 1AJKA 1WCQA 1INVA 5EYXA 4WEFA 3AP7A 1Z0HA 1UN1A 1GICA 1G7YA 1ENQA 1V6MA 2F10A 2D3SA 1YIFA 3NV4A 1O4YA 4XXPA 3OBRA 3ZSMA 1G9FA 2D43A 2I2SA 3SNMA 4DS0A 4FPKA 4R9DA 4XYXA 2ZHLA 1LGCA 4CPMA 1DQ0A 4FPGA 4P14A 2ZHKA 1B09A 4RA0A 3AK0A 4DRVA 3IKWA 5CNAA 4Y1UA 1ENRA 1UPSA 2W52A 1JXNA 1S1AA 4FOYA 4YFZA 1CR7A 3KM5A 3LSEA 4I30A 2XZKA 4GEZA 2ZGSA 4PCRA 1BZWA 4M3CB 1F8EA 1NSDA 2LTNA 2CWSA 3WDTA 1IVDA 3AP6A 3WVJA 4Y1XA 3LCPA 1SLAA 4GDJA 1V3CA 3CYEA 1W6OA 2HT7A 1AZDA 2ZKNA 1VAMA 3D12A 3AFKA 3ZYPA 4QN5A 2DUOA 3TI8A 4Y22A 5T5JA 1NSCA 3ZSKA 4JCKA 4BM8A 3RMYA 5JOWA 2F0ZA 3TI6A 3GVLA 5IK4A 2DVGA 1URXA 4GZWA 3TICA 5CB7A 4QN6A 2AUYA 5F9TA 1WLCA 4YW2A 1NNAA 2QWHA 2W68A 4FOWA 1E8TA 4ISRA 5B2CA 4K1IA 2F25A 5JOXA 4YM1A 3AXDA 3A71A 1AX2A 1LOFC 1F8DA 4NN9A 5E88A 1QGLA 3WOGA 4CPYA 3B69A 4CPLA 4MWLA 2E51A 2PHTA 1QDCA 1E8VA 5M1ZA 1V6KA 3MEPA 3SISA 3VKNA 4FPEA 4YW5A 4FOQA 3POSA 4YZ2A 1YRZA 4XJAA 1GNHA 1WW6A 2A3WA 2ZGLA 1KRIA 4K3YA 4H55A 4HZWA 2QWKA 4HZYA 2P37A 4GWMA 2CYFA 4KBBA 1A4GA 3BOPA 4LBLA 4GKYA 3AP4A 3PMEA 1MS9A 3WUDA 4XBLA 4LBNA 1LULA 2H0BA 4YG0A 4Y20B 2C4LA 5DG2A 2ZABA 4NC5A 1WW5A 4GXLA 2EALA 3IN9A 1CQ9A 4AYUA 4HZZA 3DUIA 1D2SA 4P9YA 5GLVA 1BJIA 3ZXEA 1DQ2A 3K3AA 3R4SA 4P9XA 2NMOA 3B00A 1EURA 3TB0A 4NO4A 2CTVA 2VH9A 1E8UA 4YW1A 3WZ1A 1FV3A 4R9AA 1CPMA 3T2TA 2PHRA 1L7FA 1G9BA 2CMLA 1NCDN 1SBDA 5KXDA 4MWXA 3IM0A 3W58A 4MZEA 4YZ3A 4FP2A 2BQPA 1S0IA 2WLQA 1NLSA 4XMIA 1NCAN 2W5OA 2EXJA 4K1ZA 3ALXA 4K1HA 1BQPA 1OKQA 5IK7A 2HYKA 1MS4A 1Y7BA 2WQZC 4UW5A 1INGA 5H9PA 1KDKA 3TI4A 1MVEA 3R05A 2B7YA 1V3EA 1N47A 3U4XA 1N1YA 1H30A 1LHOA 4CRQA 2A70A 1IVFA 1JUIA 3D4KA 2WJSA 1BKZA 2CY6A 2YDTA 1JHNA 1PZ9A 1INHA 4FPLA 2ZGPA 4DPNA 2YDPA 2ZZJA 2SLIA 4B7MA 2DUQA 1V6JA 3NV2A 5IK8A 4CZSA 1LOFA 4AGVA 4TZDA 1KDMA 1NXD1 2DVBA 1UX6A 5T5LA 1G9AA 2JE7A 1GKBA 1RITA 4ZKTB 1PZ8A 2R1BA 4XHBA 2AYHA 1IS4A 4M3CA 1AXYA 4YM3A 1SLBA 2DTWA 3AZVA 5IK5A 1FV2A 1LHUA 2DURA 5GZCA 3WHTA 3K37A 1IVGA 5LK5A 4MWVA 1VAVA 2E7TA 4KS2A 3ZSJA 4GKXA 2ZHNA 2F26A 2YXSA 3VUOA 2VW0A 1YXWA 3IMNA 1FAYA 6NN9A 2F24A 1MS5A 3N36A 4OZXA 2ZGKA 1UKGA 4HIZA 3AYCA 4AVSA 3MPPG 1QNWA 4GZPA 2BZDA 4HL0A 3O0WA 3JU9A 1ULDA 4Q2FA 1DBNA 2DU1A 2ES3A 2P34A 1KITA 1SCSA 1IS3A 5T50A 3ILRA 3O9JA 4MC7A 2VU9A 1N1VA 4Y1ZA 3SLIA 3VKOA 1RIRA 3T1EA 4JF7A 4YZ4A 2A5ZA 5GLWA 1LEDA 2A71A 4M01A 3AZZA 2WT2A 4U2AA 4Y1YA 1A14N 3T1LA 2YA6A 2E53A 1QU0A 1G8WA 4BBWA 4BLJA 1WCSA 5E89A 2F28A 4UF7A 2NN8A 4XJ9A 1MVQA 4YFWA 2ZGNA 4PF5A 2QWBA 4XHXA 3SH5A 1IKPA 3FUOA 1G9DA 4M3MA 2D44A 3Q9OA 4BQ1A 4Y20A 2HTQA 2BERA 3AYEA 2AGSA 3V64A 1NSBA 5GZFA 2D3PA 3H73A 4YW3A 2OVUA 1QOTA 2R16A 2ZMKA 1MS1A 4FP3A 1DQ6A 2D6NA 4C1XA 4XIKA 1NNCA 2F11A 3AZYA 1LTEA 2YY1A 2JJ6A 5L73A 3HR9A 3B01A 2W08A 1DIMA 1YO8A 1QMJA 1G86A 1NCBN 4QN4A 3WG4A 1L7HA 4LBMA 5JVVA 2QWJA 4Q1RA 1B9VA 3ZXJA 3D11A 3AJZA 4AVVA 1OQ1A 2HTYA 3CNAA 4XJRA 3N7LA 4B7NA 1EUSA 3WCSA 1UZYA 2WKKA 4R9CA 3PVEA 1Z4VA 4WA4A 1WD3A 3WG2A 4WA3A 2WSUA 3M1HA 3OGGA 3WDXA 1FNYA 4MJUA 1V6OA 1NCCN 3AXEA 3WG1A 1LGBA 2CWMA 2QWIA 1QNYA 3SANA 4B7RA 3N7MA 2NM1A 1LOGA 1F9KA 5GLZA 5EYYA 3ASIA 3AZWA 1S0GA 1XQNA 1MWEA 5T54A 4DQAA 2XZIA 1OFSA 3L2YA 2JD4A 4FVKA 2DV9A 4FPCA 3AX4A 4GALA 2PELA 2VXRA 5KXBA 1A3KA 2ZAAA 4XJZA 4B7QA 2EXKA 3SITA 4DRRA 2YA8A 3NSSA 1AVBA 3K39A 1Q8PA 2A6WA 3RRDA 4GZSA 1INYA 2PHXA 1SBFA 1SFYA 2SILA 5BYNA 4F83A 3WUCA 2AR6A 3CKZA 1RINA 1GYKA 3OPZA 2EXIA 2DWRA 1LU2A 4ATEA 4B7JA 1IOAA 3FFZA 3B9CA 1S0EA 4TYSA 1W6PB 1JBCA 3V0BB 4LBQD 1B9TA 2QWGA 1I3HA 1MS0A 1FATA 4YZ5A 3UL2A 2ZGUA 5EXOA 3UK9A 1V00A 1W6QB 1C1LA 3INBA 1A78A 1WBFA 2P3JA 1AF9A 5DXDA 4LBQB 2ZHMA 2VY0A 1JYCA 2NZ9A 3DGTA 4XMAA 1O4ZA 4K21A 3WV6A 2YA7A 1Z50A 2WT0A 5DZFA 2DVFA 3GALA 4C1WA 5AVAA 1EUTA 1SCRA 2D6OX 1UZZA 3R4UA 1GZCA 1L7GA 3AP9A 3HN1A 4GZXA 2BF6A 3JU4A 1MR5A 1GNZA 2YZ4A 1KJRA 3M2MA 2F12A 1INWA 1G9CA 5KXCA 1A4QA 7NN9A 1W1XA 2C4AA 2X9MA 4PBPA 1DQ4A 3MW3A 1JYIA 3TIBA 3WCRA 2UU8A 2VUAA 4HANA 2ENRA 1V2IA 2HT8A 5DG1A 4XZPA 3I8TA 2AEPA 3H71A 1BYHA 4DFSA 1H9PA 2HU4A 5GZEA 4HZVA 4D8SA 4YG6A 5JOZA 1DFQA 2JE9A 1AX0A 1SNTA 1ULCA 1Q8VA 3O9KA 3TIAA 4X4AA 2YA5A 2EF6A 5IT6A 4M4VA 1S0FA 4XE9A 3ZSLA 2XG3A 4YGDA 2HT5A 3UJOA 2D7FA 4Q1PA 1W0PA 1W8OA 2XCYA 4XJQA 3W59A 3BEQA 3VKLA 1V3BA 2P3KA 1LGNA 2A6ZA 3A0NA 1NMCA 4YW4A 2QWEA 2YA4A 1MACA 4Q8LA 4PBOA 1N1TA 3T1MA 5JLVA 5JOYA 3ZPYA 1LENA 4D69A 1JN2P 4XBNA 4JC1A 1V0EA 2R1DA 1CIWA 1IVEA 4P9WA 3WDUA 4YGBA 3SH3A 1GZWB 2EXHA 2FHRA 2GALA 5GLUA 3K36A 1Q8OA 4M3CE 1F8CA 5T52A 5DZGA 3ZXLA 1USXA 2R49A 4Z8BA 1LESA 4MZAA 2GDFA 3AZXA 5F5QA 5DUWA 2B8HA 3MW4A 3TAYA 5GZDA 4BPZA 5NN9A 4XIOA 1A8DA 1JOJA 2VK6A 3O0XA 5JMCA 3WDWA 4FPYA 1NMAN 3OYWB 2WNEA 3TI3A 2W39A 2VK5A 3OBTA 5HCAA 3GVJA 1QF3A 2ZB6A 1LODA 5HCFA 1QKQA 4WV8A 3FLTA 3IPVB 5CAZA 4SLIA 4MJVA 2DYCA 2SBAA 4BLIA 3SALA 4XOGA 4YLZA 4AGGA 4M4UA 2A6XA 1W6PA 3BTAA 2A7AA 3V0BA 3AYAA 1IS5A 2ZGMA 2QWDA 5HUNA 3WLUA 4GA9A 1ENSA 1S0DA 1W6QA 4LBKA 1LOCA 4MX0A 1UAIA 1UL9A 1HQWA 2ZB5A 1BXHA 2D3RA 1NMBN 4K20A 5JDBA 2A6VA 1W6MB 3BODA 2GNTA 2YV8A 4L8QA 4LBQA 2GN3A 2QWAA 2ZGTA 4WZFA 1DYKA 4FQ4A 1PZ7A 2ZMLA 1LOBA 5B2DA 1FX5A 1WW4A 3GVKA 4K1KA 4YM0A 5KXEA 1INXA 2QWCA 4MYEA 1FNZA 2C5DA 4R9BA 1W6NB 1S0JA 3ALWA 1ZA4A 2OW4A 3PJQA 5IUQA 1GLHA 2KM2A 2W20A 1DLLA 1V3DA 1DQ1A 2JKBA 1Z4YA 1N1SA 3D5OA 2SIMA 5H9QA 2HU0A 4XILA 2VK7A 2F13A 4FVVA 3VKMA 1Z4WA 1VLNA 3OY8B 4GZQA 2DU0A 4LBJA 3NN9A 2OUJA 3CL0A 5FRAA 3SH4A 4M3CF 1X50A 2YMZA 3PVNA 3D6EA 1Q56A 4XTPA 4GZOA 2UWBA 2AENA 4FQZA 2NP0A 2FMDA 4DGRA 2V5YA 2C9AA 3B7EA 1ZM1A 1BJQA 2VVZA 3RG0A 4J9TA 2HTWA 1SLIA 1IVBA 3INAA 1W8NA 2LALA 2D6PA 3QCWA 4YM2A 2P3IA 1W21A 2PHUA 3WHUA 3NWKA 1EPWA 1DHKB 4XJWA 5HUMA 3V65A 5GJ6A 1DILA 1LOEA 3POWA 1EUUA 1ULFA 3PVOA 2VW1A 4WA5A 4WVWA 5GZGA 1MS8A 4FPFA 2W5NA 1C1FA 3H6JA 3M3EA 4UW6A 4GJTA 1LU1A 4KS4A 2A75A 1F31A 3APBA 5GM0A 3USUB 4X6KA 3N3HA 1SACA 4QN3A 1LJ7A 1GZWA 1GV9A 2DVDA 2VWDA 4K1JA 4PQ9A 1AXZA 2HTUA 3ILNA 4ZXKA 1IKQA 4IQPA 2V73A 2ZACA 5DUUA 1R1ZA 1MS3A 2P2KA 2A6YA 4YGCA 1V0ZA 1GBGA 3TI5A 4GDIA 4JRAA 1WBLA 1N3OA 4YGEA 1FYUA 3V0AB 2W38A 1U0AA 2XB6C 4KS3A 2R0HA 2RKCA 4AGRA 4HZXA 1F5FA 1DZQA 1V6NA 2NMNA 5HUGA 2G4IA 1INFA 3O12A 3OYWA 4U36A 5HX0A 1SO7A 1NN2A 4I00A 3ZXKA 4BMEA 1ULGA 1CVNA 3W09A 2DVAA 2GNBA 4CPOA 3FUQA 4UW3A 4CPZA 3H0OA 3IPVA 4YG3A 4ATFA 2JECA 3BIWE 3JUUA 1D0HA 4ASMB 1KQRA 2VSKA 3QLQA 4KS5A 3LSDA 2D6LX 3UJQA 1MZ6A 4GB1A 4Y26A 1CONA 1CESA 5HCBA 3WDYA 1N3PA 1JW6A 2ZMNA 2UWCA 1Z4XA 1HQLA 4XDQA 3RQ0A 1ONAA 2VW2A 2XZJA 4Q6KA 4NCSA 4NOTA 3NV3A 4H53A 5GLTA 5H9SA 3A72A 3RS6A 1QOOA 1IVCA 1W6MA 1ULEA 1MZ5A 4FOVA 3SILA 1N3QA 1B9SA 4QNPA 3MW2A 5T5OA 2WT1A 1Z78A 2UURA 5HUKA 1VIWB 2GMPA 3K38A 3VKFC 1LHVA 4GWNA 3M3CA 4Q8KA 1W6NA 2EIGA 2GNMA 4MWUA 2D6MA 3AP5A 3N7JA 4X47A 5GALA 4M00A 4X49A 1LOAA 2ZBJA 3OJBA 5T5PA 1GSLA 2ZGQA 3N35A 4MWRA 1WW7A 3POYA 1VALA 1DGLA 2UWAA 5CA6A 1Q8SA 3FLRA 2HTVA 4QN7A 3OY8A 1S0CA 5FREA 1VCUA 2F29A 1UMZA 1WUVA 3FLPA 2ZGRA 1GZ9A 2EAKA 3A0KA 3AJYA 1S0BA 4RL7A 4WVVA 1SLTA 3HMYA 3B3QE 1SLCA 1W6OB 1WLDA 4AWDA 4M4NA 1HDKA 1TEIA 2E7QA 3ILFA 1AJOA 4Y1VA 2VSMA 2WSVA 3ZYRA 2NYYA 1AXKA 1USRA 3WNXA 3C2UA 4Y22B 1XOEA 4XBQA 3KQRA 5E8AA 5SV8A 1H9WA 3FBYA 2JDZA 5T55A 1IS6A 3AYDA 4XXAA 4K1YA 2CNAA 1NNBA 1LEMA 1QDOA 4YZ1A 1YYNA 4CTEA 1HLCA 4ITCA 1WLWA 4MWWA 2ARXA 2GNDA 2AREA 2ARBA 1QOSA 2DTYA 2PHFA 1V6IA 2OUHA 4BOWA 4GZTA 1AX1A 4ISQA 3ATGA 4Y24A 4KS1A 1YI7A 1WD4A 2RHPA 1C4RA 3O5SA 2GN7A 1DYPA 2GMEA 3RMXA 4BMBA 4XTMA 4FPOB 4FPJA 4MWQA 1CJPA 1W0OA 3USUA 1KJLA 4FZHA 1LHNA 5CBLA 2PHWA 2ZGOA 1I1EA 4CPNA 4XJUA 3I4IA 1DIWA 1Q8QA 2HTRA 4UW4A 4FPHA 2ERFA 3O0VA 1F8BA 3N7KA 3V0AA 5EWSA 1CPNA 3ENRA 1LECA 1XOGA 1DQ5A 2A3XA 4AVTA 3M3OA 1C57A 3ZVXA 3WDVA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4QX1A 4Q29A 4D0QA 5TSWA 2WNOA 2Y34A 1Z7S2 1TVGA 2WNVA 1O3SA 2RJ2A 5H9RA 2F27A 3GBWA 5JYYA 2W91A 1GANA 2QWFA 4UF0A 1OD3A 1LHWA 3GF6A 2Q1ZB 4H14A 4COUA 1O8SA 3HBKA 5E6HA 5JR2A 5CU1A 5DUXA 1H1MA 3H3ZA 5D8AA 1ZBE3 4COWA 1RC6A 1HRI3 1HKDA 1Z4ZA 2RJKA 1MQTB 4LHKA 2YGLA 2QKDA 5F8PA 2RG4A 3VLBB 2BVBA 3H72A 2W1QA 1IJQA 4LBOA 4IFNX 4A3XA 2YROA 1VP6A 4O9EA 1V0FA 2RV9A 2MEV3 3RI9A 2Z42A 4BDVB 1AR83 2GMMA 2VMGA 3NV1A 1NA1A 2VVEA 4LUKA 5J48A 1V6LA 2C4XA 3ZIWA 1ZZ8A 2VCAA 4I09A 4RS5C 4AEMA 5KHIA 4H52A 4MWJA 4LA3A 4W65A 2DSOA 4LE3A 1C9UA 1W20A 3GNEA 4Q26A 2VL4A 1VCJA 2QTWB 1OVSA 2D6KA 3GJBA 1P8JA 2RE9A 3WQBA 3CL2A 1APNA 3PTRB 1UZ0A 3I3BA 2PA7A 2B4KA 4MWYA 3SRGA 1CN1A 5LCWL 1O91A 4BXFA 4FJ6A 2Y6FA 4ES8A 1JZ6A 2E6VA 3NQHA 3SC7X 4A42A 4D6QA 1LCLA 3H3UA 5EHDA 1U6DX 2K0GA 1CAUA 2XJUA 2KR2A 4CU8A 5GX4A 3VV1A 3S2KA 2TEPA 1JH5A 2VZSA 4K7JA 1REFA 1JYWA 2RS13 1J1TA 2OPWA 3AKPA 4Q4X1 2VZTA 2PAKA 2R0FA 2TNFA 2BATA 4XJ8A 4UAPA 4EQVA 1Q7FA 5FZ8A 4Q4X2 3RZMA 2A3YA 3IZOA 3A4UA 2AEQA 1SBEA 5KC6A 3WG3A 2O8QA 4BQ4A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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