4YZ3A

Crystal structure of streptococcus pneumoniae nanc, in complex with oseltamivir.
Total Genus 194
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
194
sequence length
657
structure length
654
Chain Sequence
TPVLEKNNVTLTGGGENVTKELKDKFTSGDFTVVIKYNQSSEKGLQALFGISNSKPGQQNSYVDVFLRDNGELGMEARDTSSNKNNLVSRPASVWGKYKQEAVTNTVAVVADSVKKTYSLYANGTKVVEKKVDNFLNIKDIKGIDYYMLGGVKRAGKTAFGFNGTLENIKFFNSALDEETVKKMTTNAVTGHLIYTANDTTGSNYFRIPVLYTFSNGRVFSSIDARYGGTHDFLNKINIATSYSDDNGKTWTKPKLTLAFDDFAPVPLEWPREVGGRDLQISGGATYIDSVIVEKKNKQVLMFADVMPAGVSFREATRKDSGYKQIDGNYYLKLRKQGDTDYNYTIRENGTVYDDRTNRPTEFSVDKNFGIKQNGNYLTVEQYSVSFKKTEYRNGTKVHMNIFYKDALFKVVPTNYIAYISSNDHGESWSAPTLLPPIMGLNRNAPYLGPGRGIIESSTGRILIPSYTGKESAFIYSDDNGASWKVKVVPLPSSWSAEAQFVELSPGVIQAYMRTNNGKIAYLTSKDAGTTWSAPEYLKFVSNPSYGTQLSIINYSQLIDGKKAVILSTPNSTNGRKHGQIWIGLINDDNTIDWRYHHDVDYSNYGYSYSTLTELPNHEIGLMFEKFDSWSRNELHMKNVVPYITFKIEDLKKN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystal Structure of Streptococcus pneumoniae NanC.
rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae serotype 4
molecule keywords Neuraminidase
total genus 194
structure length 654
sequence length 657
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2015-03-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4yz3A03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4yz3A01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4yz3A02
2ZGTA 1QOOA 4MJUA 2F10A 2ZGNA 2VUAA 1JN2P 4BMEA 1UZZA 2JDZA 1LODA 4YGCA 1NLSA 3PVOA 4KBBA 1SLIA 1ZA4A 1ULEA 4MWJA 2W38A 3HMYA 3H6JA 4MZAA 1CONA 5DZEA 4ATFA 2D6MA 4WVVA 5H9PA 3K36A 4AVSA 2CL2A 3B3QE 5B2DA 1Q56A 1LHWA 1EUSA 4HL0A 1WW7A 3VKFC 4Y20A 2CNAA 2ZKNA 3OGGA 3B00A 2DURA 1CQ9A 3D5OA 5DZGA 2ERFA 1MS9A 4Y1XA 4LBKA 2HTYA 3KQRA 2QWAA 2F12A 4PF5A 2ZGRA 2ZGSA 2PHFA 2ES3A 3DUIA 3PVNA 2BERA 1NMCA 3NV1A 2EAKA 4U36A 3GVLA 1WD4A 1SBDA 2QWIA 4GKYA 2GMPA 1W0OA 2DVGA 5GZGA 3AP6A 3O0XA 2F28A 1OFSA 2HT7A 4ASMB 2EF6A 1IKQA 1VIWB 3V0BA 3IPVB 1WW5A 3WOGA 3MW4A 4JF7A 1NSDA 4YGEA 1W20A 3N7KA 2YA4A 1RIRA 3TB0A 4FPHA 2P2KA 3N7JA 2F29A 1IVEA 1EUUA 3OBRA 1Z50A 3BOPA 3WDVA 2VK7A 4KS4A 4JC1A 5IK8A 3SNMA 1JOJA 2DVAA 4CPNA 2DUOA 1MS0A 3AP9A 2JE7A 4R9AA 4LBMA 2E51A 3POSA 1V3EA 4CPLA 4YW2A 4FOVA 1R1ZA 5LK5A 1MS1A 2R49A 1SLBA 3FFZA 2D3SA 4UW3A 2ZMLA 1JYIA 2P3KA 1FV2A 2A6ZA 4YM2A 1LULA 4Q1PA 4Y1YA 3AX4A 3PMEA 4K1ZA 3WCSA 4XMAA 1INFA 4P9XA 3AJYA 2H0BA 4GA9A 4XYXA 3VKLA 4Y1VA 1KQRA 4YFZA 4XJQA 2VSMA 1LHVA 1YXWA 1XOEA 1IS4A 5CA6A 1Z78A 1C1FA 4GZSA 1GSLA 5JOWA 4XJZA 1GV9A 2W5NA 3CNAA 3ZPYA 2VW2A 1V2IA 3QLQA 3BODA 5T5LA 2P34A 3O9JA 1SCRA 1KJRA 4GEZA 1XQNA 1GLHA 2P3JA 4XJAA 1W6OB 2AYHA 4FOYA 3TAYA 1DQ0A 3ZYRA 2W20A 1LHUA 1ENSA 2XG3A 2PHRA 1HLCA 3DGTA 4H55A 2D6NA 5GM0A 5H9QA 4B7QA 1S0FA 1LESA 3IMNA 2FMDA 1H9WA 4CZSA 1E8VA 2ARBA 4XHBA 3AYDA 3WVJA 3GVJA 2DUPA 1FNZA 2WQZC 4BM8A 4P9YA 1S0EA 2D7FA 1Q8QA 2EXIA 4B7NA 3H72A 3WDYA 1MS4A 4FQ4A 1WUVA 4TYSA 3UK9A 1PZ7A 2WT0A 3ZXLA 1B09A 5CBLA 3AK0A 1UL9A 1IVDA 5HCAA 4TZDA 2D6OX 1A14N 2D6LX 2R1DA 4W65A 5T5OA 1Z4VA 1IVGA 1D2SA 2QWDA 4Q1RA 2OVUA 5GJ6A 2R0HA 3ZSJA 5GLVA 3RG0A 1S0GA 2UU8A 3LSDA 3K37A 1HKDA 1G9BA 4YW1A 1WCSA 5BYNA 5IK7A 3O5SA 5DG2A 4K1HA 4Q6KA 2GNBA 3AJZA 5GLTA 3N36A 2VK6A 4M4UA 1IVCA 4FPEA 4YGBA 3JU4A 1W6PA 1S0DA 2OUJA 5HUKA 4AGRA 4MWYA 2A75A 4YFWA 4DGRA 1Z4XA 2AENA 1USXA 4FP3A 4BOWA 4DS0A 4K3YA 4NO4A 4F83A 1AJKA 1W6OA 1OKQA 5HUMA 2PHUA 1GNZA 4C1XA 3BEQA 2YZ4A 1LOAA 4PCRA 3O0VA 4GKXA 4MWXA 3FUOA 1AXKA 4HZWA 4C1WA 2GN7A 1LHNA 4RL7A 1W8NA 4P9WA 2EXHA 3ILFA 3VUOA 1BZWA 3FLPA 2XZJA 3NN9A 2DYCA 4DRVA 1V0EA 4HIZA 1CJPA 3R4SA 4H53A 1YRZA 2CY6A 3D12A 4NN9A 2DU1A 4MWRA 1SLCA 1JYCA 5M1ZA 4KS5A 2W08A 2YMZA 1B9SA 4FP2A 2GDFA 1YYNA 4XBQA 1NMAN 2VW0A 1VCUA 1LGCA 3VKOA 4Q8LA 2EALA 1NMBN 5EWSA 5JOZA 5H9SA 3M3OA 3JU9A 4NOTA 3A71A 3M2MA 2ZGLA 3ASIA 2Q5TA 3USUA 3W09A 1WD3A 2G4IA 2AUYA 1DGLA 3V0BB 4DFSA 2SBAA 3R05A 2E6VA 2BQPA 2D6PA 4B7RA 4X49A 5AVAA 1MACA 1V6KA 4YG3A 3WZ1A 2F25A 1FAYA 3N7MA 1FATA 2E53A 2ZZJA 2FHRA 3N3HA 4XHXA 2WLQA 4DQAA 2VK5A 2BATA 2HU4A 3K3AA 1RITA 1W0PA 3WDWA 1V6IA 5IK4A 4MYEA 4YW3A 2DVFA 2DVDA 2F13A 3OJBA 2X9MA 3AP7A 2GNDA 4M00A 2VWDA 1FNYA 1IVFA 1CVNA 2A7AA 4FVKA 1GZ9A 1H9PA 5F9TA 2E7QA 2YY1A 4Q8KA 1W1XA 3SISA 1F8EA 5HCFA 5JVVA 4I30A 3MW3A 3OBTA 3SH5A 5JMCA 3TI5A 5JOYA 2R16A 3IKWA 3H73A 1DQ1A 5JLVA 1N1SA 2QWFA 1G9FA 3V0AA 2P37A 3AP5A 1SBFA 4AGVA 1AJOA 3W59A 4GZTA 4FOWA 2C9AA 2CYFA 4WA3A 1INVA 2VW1A 5EXOA 1QU0A 5DUXA 4X4AA 1G8WA 3R4UA 4FPOB 1G9AA 2JE9A 3NWKA 4XJUA 2GNTA 1AX2A 4R9DA 4XXAA 2WKKA 3FBYA 1CPNA 3PJQA 4M3CB 5CAZA 2PELA 3TICA 3MEPA 2HT8A 1DQ4A 5GZCA 3WLUA 2YROA 1PZ9A 4FJ6A 1LOEA 1MZ6A 3LCPA 1VLNA 3M3EA 1V6NA 1O4YA 3NSSA 2F11A 1ZM1A 3VKMA 2HTWA 3SANA 2C4LA 3WDXA 4K1IA 1AX1A 1RINA 3M3CA 3SITA 2ZGOA 1GZWA 1DIWA 5JDBA 4MWVA 1N3PA 2ZB6A 5HUGA 1B9TA 4YM1A 1WLCA 4I00A 1G86A 5CB7A 3FLTA 3RMYA 4Y22B 2HTVA 3AXDA 4XIOA 1UN1A 2A6WA 2DVBA 1UAIA 1H30A 1UKGA 3M1HA 2JKBA 5JOXA 3A4UA 1Z4YA 3AZZA 3SLIA 3TIBA 4CPMA 3H0OA 1NNBA 2A6XA 2XZKA 4HZZA 4YZ5A 4MWQA 1IVBA 3WUDA 4GJTA 1NNCA 4YZ3A 4WVWA 1S0CA 1VCJA 2D43A 1J1TA 1NN2A 1APNA 4J9TA 4XZPA 1V0FA 2NM1A 4XJWA 3T1MA 1W6NA 1Y7BA 4Y24A 3T1EA 1LEMA 2YA7A 3ZSMA 1Z4ZA 1W6PB 1PZ8A 2OW4A 1Q8VA 4XMIA 3HN1A 2LTNA 1A4QA 4XXPA 4LBJA 4FPYA 3BTAA 2YDPA 3D4KA 3ZVXA 2W52A 2DTYA 1S0IA 3WV6A 4CPZA 2ZHLA 1Q8PA 4H52A 5T5JA 4M3CE 4M3CA 1LHOA 1UPSA 2DUQA 2ZAAA 4ZKTB 4KS2A 1LOCA 3K38A 1DFQA 3AYCA 4XILA 2GMEA 1ENRA 4GDJA 1BJIA 2F27A 2SIMA 4WA4A 4DRRA 3SALA 1JHNA 1QDCA 1LENA 3H71A 3ENRA 1ENQA 1HDKA 3PVEA 4M3MA 2AEQA 2A71A 2UURA 1DIMA 1V0ZA 2NMOA 4GDIA 1ULFA 3A0KA 1Z4WA 4FVVA 4JRAA 1KITA 1IS6A 1GKBA 1WW4A 4L8QA 1D0HA 3WHUA 4Y1ZA 2HTUA 4Y22A 1DLLA 3KM5A 1KDKA 2AR6A 5L73A 1QF3A 4MWUA 1W6QB 2A3WA 3USUB 4QN3A 4XTMA 1EUTA 3ILRA 5EYYA 1LGNA 1MS5A 4XBLA 2HT5A 4LBLA 1C4RA 2NMNA 3MW2A 1G9CA 1WBLA 2CTVA 1SO7A 4HANA 2V5YA 2XCYA 2CMLA 1YO8A 2RKCA 4UW5A 1N3OA 2QWEA 4MC7A 5E89A 4MZEA 1V3CA 2V73A 1IS5A 4GZWA 4YG6A 2BZDA 4HZYA 5KXBA 3LSEA 4FPFA 4LBQA 1NCCN 5DUUA 4K21A 1Q8OA 3WHTA 4WEFA 4XDQA 4WEGA 4AYUA 2A3YA 2WT1A 1NSCA 3VKNA 4HZVA 4K20A 1LOGA 1BXHA 2BF6A 4XJRA 1INHA 3INAA 1DHKB 3ZYPA 3UJOA 2YV8A 2CWMA 2W68A 3T2TA 1UZYA 1USRA 4XTPA 2ZGPA 2NN8A 3QCWA 1V3DA 1L7GA 1F8DA 1MS3A 2JECA 1FYUA 5B2CA 1DQ2A 2DWRA 2ENRA 5F5QA 2ZACA 2B8HA 3V0AB 2QWHA 1MS8A 1N1TA 1VAVA 1QOSA 2JJ6A 4XBNA 4YLZA 5DUWA 5GZDA 1F9KA 5CNAA 1AF9A 1DQ6A 5GLWA 1A78A 3BIWE 5GLZA 4CPYA 4ISRA 4NC5A 1SCSA 2PHXA 2D3PA 5T55A 3WG4A 1WLDA 1A8DA 4K1YA 3WUCA 2HTQA 1LU1A 2UWBA 2EIGA 1W6QA 4GZPA 1BJQA 1VALA 1INGA 2EXJA 4YM3A 3ZXKA 1LGBA 4OZXA 3AYAA 2R0FA 4JCKA 1QNWA 4YZ2A 1F31A 1NXD1 2XZIA 7NN9A 1L7FA 2UWCA 5IK5A 2ZMKA 2VU9A 4YW5A 1BQPA 3AZVA 3AYEA 1AXYA 1MWEA 4FPGA 5DXDA 4X6KA 1GZWB 3UJQA 3FLRA 2ZGMA 5SV8A 1WLWA 4AGGA 2AGSA 5H9RA 4YGDA 3ZXFA 1AXZA 1A3KA 4AWDA 2HU0A 4WZFA 5HUNA 2VY0A 3CKZA 4UF7A 2PHWA 3UL2A 4P14A 4Q27A 4XJ8A 1MVEA 1LU2A 4M01A 2VSKA 1SBEA 1QOTA 1X50A 4AVVA 2ZHNA 1GBGA 3TI6A 4QN6A 2KM2A 2F0ZA 3WG3A 4CRQA 2GN3A 3FUQA 1O4ZA 1W6NB 3B01A 2ZA9A 1BKZA 5KXCA 5T5PA 4K1JA 1L7HA 4UW6A 3ILNA 2A3XA 1QMJA 3POYA 4Q2FA 5EYXA 2WNEA 3WCRA 2P3IA 2DTWA 5GALA 2ZGQA 3CL0A 1UX6A 3GNEA 2D3RA 4D8SA 1V6LA 4R9BA 3ALXA 5T54A 4M3CF 4Z8BA 1FV3A 1TEIA 4LBOA 3SH3A 4NCSA 4Y1UA 4ZXKA 1V6OA 3L2YA 4XOGA 1GANA 2VVZA 3OYWA 2NP0A 5JYYA 1W8OA 2ZABA 4YW4A 3TI3A 1B9VA 1MZ5A 2AEPA 4MX0A 4BBWA 4XJ9A 2WJSA 2OUHA 3NV4A 2I2SA 1LOFA 3RSJA 2WSUA 4KS1A 1INWA 4FPJA 3GALA 2YXSA 1OQ1A 1MR5A 2QWGA 4LBQD 4YZ1A 1JW6A 1W21A 1CIWA 2ZGKA 4QNPA 4GZXA 2W5OA 3ATGA 2C4AA 3INBA 4MJVA 4BPZA 3IM0A 3JUUA 3WDUA 5T50A 4GALA 3ZXEA 5IT6A 2D44A 1E8TA 3D6EA 2A70A 2UWAA 1IKPA 1CN1A 4D69A 1C57A 5NN9A 3RS6A 1C1LA 2AREA 1ULDA 5E88A 1IOAA 2HTRA 1GYKA 4Q26A 3RMXA 2XB6C 1BYHA 1LTEA 1FX5A 1N1VA 1U0AA 3ZXJA 2DV9A 3ZSLA 1V6JA 1I1EA 3OPZA 2QWBA 2YA6A 2YA8A 4PQ9A 1LEDA 3U4XA 5FRAA 1IS3A 1Z0HA 1EPWA 1DILA 4LBQB 3Q9OA 1YI7A 3SILA 4BMBA 4FPCA 2ZB5A 4UW4A 2D6KA 1DYPA 3A72A 5GLUA 1W6MB 3O9KA 1F8CA 4BQ1A 1V3BA 3B69A 3SH4A 1DBNA 1QDOA 3K39A 5HCBA 3N7LA 4M4VA 3TI8A 6NN9A 1LJ7A 1VAMA 3V65A 1AX0A 3OY8B 1GICA 1WW6A 1QKQA 1LCLA 1G9DA 2CWSA 1MVQA 1S1AA 2RHPA 1JXNA 5FREA 3WDTA 5HX0A 4MWWA 2NYYA 1N1YA 3AFKA 4ITCA 5DG1A 4AVTA 5DZFA 3TIAA 1E8UA 2GNMA 3NV2A 5E8AA 3IPVA 1XOGA 1I3HA 1A4GA 3I4IA 1UMZA 1ONAA 4B7MA 1NCAN 1HQLA 1F5FA 1KJLA 2Z42A 2YA5A 3D11A 1JBCA 2WT2A 3APBA 3V64A 4B7JA 1V00A 2A6VA 4WV8A 2HYKA 4QN4A 4ISQA 2ZGUA 4XE9A 3WG2A 1ULCA 4IQPA 1CESA 2A5ZA 4LBNA 4FZHA 3POWA 2QWCA 2W39A 4CPOA 3C2UA 2GALA 3M3QA 4ATEA 1F8BA 3O0WA 3I8TA 3ALWA 1EURA 1SLAA 2A6YA 1CR7A 5KXDA 4GXLA 3RQ0A 3B9CA 4R9CA 4CTEA 3ZSKA 1WCQA 2YDTA 1JUIA 2NZ9A 3B7EA 1AVBA 2QWKA 4HZXA 3AZYA 1W6MA 3AZXA 2VXRA 2GMMA 4SLIA 2F24A 2TEPA 4K1KA 3AP4A 1GNHA 3O12A 5GZFA 4BLIA 4FPLA 1NSBA 3OY8A 2ZBJA 4BLJA 2QWJA 5GZEA 5T52A 2LALA 5DUVA 3HR9A 1N47A 1Q8SA 3VV1A 2EXKA 3TI4A 1QGLA 4FQZA 1SLTA 1DQ5A 1LOFC 1KRIA 1HQWA 4QN5A 2PHTA 1AZDA 4XIKA 1G7YA 1KDMA 1N3QA 2SILA 4DPNA 2VH9A 4RA0A 1SACA 3CL2A 3AXEA 2ZHMA 3MPPG 4Y20B 3WG1A 4YM0A 4PBOA 4FPKA 1NNAA 1SFYA 3N35A 2E7TA 5KXEA 1ULGA 1S0JA 4KS3A 1DZQA 4GZQA 1DYKA 3AZWA 4QN7A 2C5DA 1NCDN 2WSVA 3NV3A 1URXA 4GWNA 2ARXA 3W58A 4X47A 3T1LA 1SLLA 1LOBA 3IN9A 2SLIA 3OYWB 1WBFA 3A0NA 1LECA 2R1BA 4U2AA 2B7YA 4GZOA 3WNXA 3GVKA 4M4NA 1YIFA 2JD4A 3RRDA 4YZ4A 1INXA 4GB1A 1INYA 3CYEA 1V6MA 2ZHKA 4PBPA 4Y26A 1CPMA 1GZCA 1S0BA 4MWLA 5IUQA 1NCBN 4WA5A 1QNYA 4GWMA 2AH2A 1SNTA 2DU0A 2ZMNA 4YG0A 2F26A 4FOQA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2ZGTA 1QOOA 4JV4A 4K7JA 2XMLA 4RYDA 4MJUA 2F10A 2ZGNA 4GWJA 3TWIA 2VUAA 2P5BA 3RWKX 1LRHA 3VDDB 1JN2P 4NWVA 4OHYA 5ISLA 1RUJ3 4Q0UA 2VQAA 4BMEA 4GB32 4Z2AA 1H1AA 4I2OA 3VBUB 2QQVA 1RHI2 3ZFEA 1H2MA 1UZZA 2JDZA 1LODA 5FNTA 4CCJA 2Q30A 5I0UA 4QB6A 4META 4YGCA 4I0AA 1NLSA 1U12A 3PVOA 4KBBA 1SLIA 5L9BA 1XYNA 1ZA4A 2N7GA 4MVTA 1ULEA 1B35C 4CEWA 3MZHA 3S2KA 4MWJA 2W38A 3HMYA 2HWC1 4PDWB 3H6JA 2BWAA 4MZAA 3G6JB 1WA6X 1S4CA 5DDJ1 1CONA 1TMF2 2BTVC 3RZLA 1ZA7A 3KV6A 3C7FA 5DZEA 3RZGA 2W92A 1H1IA 2RS11 2ZEWA 4IE4A 4XC9A 4ATFA 2D6MA 3HBZA 1GU3A 4WVVA 1QLGA 2FP8A 1EYBA 3ZOIA 5H9PA 2JG8A 2TBVA 1ODNA 2BBAA 3NAPC 2JDNA 2WZPP 4NPMA 3MO4A 4M0HA 4Q0VA 3K36A 4D52B 1HX6A 3N9LA 3TN93 4HETA 3W9AA 4AVSA 2WNUB 2YC0A 5F7UA 2XVGA 2FDHA 3A9GA 3CLPA 5LK5A 4E2QA 4LKSA 3U07A 2CL2A 3B3QE 5B2DA 5FNSA 1SFNA 4FFGA 1Q56A 1LHWA 1WGPA 3N9MA 2GC1A 4CH9A 3H3LA 1EUSA 4HL0A 4IXLA 1WW7A 2XUEA 3K75B 4PJYA 2P6HA 4LPLA 3OOXA 5FYYA 2WNVB 1OMIA 5FZEA 3VKFC 3J8F3 4Y20A 2CNAA 2MPFA 2ZKNA 3HT2A 4J6GA 4DB5A 4WZCA 3OGGA 3B00A 2DURA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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