4YZ3A

Crystal structure of streptococcus pneumoniae nanc, in complex with oseltamivir.
Total Genus 194
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
194
sequence length
657
structure length
654
Chain Sequence
TPVLEKNNVTLTGGGENVTKELKDKFTSGDFTVVIKYNQSSEKGLQALFGISNSKPGQQNSYVDVFLRDNGELGMEARDTSSNKNNLVSRPASVWGKYKQEAVTNTVAVVADSVKKTYSLYANGTKVVEKKVDNFLNIKDIKGIDYYMLGGVKRAGKTAFGFNGTLENIKFFNSALDEETVKKMTTNAVTGHLIYTANDTTGSNYFRIPVLYTFSNGRVFSSIDARYGGTHDFLNKINIATSYSDDNGKTWTKPKLTLAFDDFAPVPLEWPREVGGRDLQISGGATYIDSVIVEKKNKQVLMFADVMPAGVSFREATRKDSGYKQIDGNYYLKLRKQGDTDYNYTIRENGTVYDDRTNRPTEFSVDKNFGIKQNGNYLTVEQYSVSFKKTEYRNGTKVHMNIFYKDALFKVVPTNYIAYISSNDHGESWSAPTLLPPIMGLNRNAPYLGPGRGIIESSTGRILIPSYTGKESAFIYSDDNGASWKVKVVPLPSSWSAEAQFVELSPGVIQAYMRTNNGKIAYLTSKDAGTTWSAPEYLKFVSNPSYGTQLSIINYSQLIDGKKAVILSTPNSTNGRKHGQIWIGLINDDNTIDWRYHHDVDYSNYGYSYSTLTELPNHEIGLMFEKFDSWSRNELHMKNVVPYITFKIEDLKKN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystal Structure of Streptococcus pneumoniae NanC.
rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae serotype 4
molecule keywords Neuraminidase
total genus 194
structure length 654
sequence length 657
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2015-03-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4yz3A03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4yz3A01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4yz3A02
2NMNA 1S0BA 1JOJA 2CWMA 4MZEA 4WVWA 4X47A 3UL2A 4YW2A 2YA6A 3V0AB 3H72A 2D3PA 4XXAA 1GBGA 1QOSA 1IVDA 1B09A 1QGLA 4M3CE 3AYEA 2F25A 2AUYA 2OUJA 1W6OA 5B2CA 5CA6A 2ZMLA 3VKOA 5KXDA 1LGCA 4Q27A 1V6KA 4HZZA 4K3YA 2ZHNA 5FREA 3AP4A 3O9JA 1MVEA 1S0GA 4KS1A 4XXPA 3NV4A 3IPVB 2R1DA 2ERFA 3GALA 3WG4A 4MWRA 1WW4A 1ENSA 2DTYA 1JBCA 1GNZA 1UL9A 4FOVA 3OYWA 3FLRA 1EURA 3K39A 3AP6A 4UF7A 1WCQA 1UAIA 2W08A 1SCRA 1LODA 1V2IA 1MS3A 4MWUA 2BATA 1HQLA 2ARXA 2EF6A 1NNAA 3W58A 3WG1A 4PQ9A 4CPMA 1H30A 4XJ9A 3U4XA 4R9CA 2PELA 4U2AA 2GN7A 5JOWA 5HCFA 4WEFA 1KJRA 1O4YA 3AFKA 3MPPG 1VALA 4ATEA 2PHWA 4FOWA 1S0FA 1FAYA 3TICA 1MS9A 2E6VA 2EXKA 1IOAA 4FVVA 4B7QA 5CBLA 3POYA 3OY8B 3V64A 4YM1A 5T5OA 3T1MA 1H9WA 3NSSA 5FRAA 4FQ4A 2AREA 1IVGA 1NCCN 2HT7A 1V0ZA 1DQ6A 1URXA 1E8TA 3NN9A 2P34A 1LU2A 1MR5A 1HLCA 2HTYA 3TI5A 2WQZC 2D7FA 4XBQA 1EUTA 3WDYA 2RHPA 1KRIA 4GWMA 3PJQA 1A4GA 2D3RA 3M3OA 1RITA 4Y1ZA 3GVLA 3AJYA 1Q8VA 2XZKA 4PCRA 5AVAA 4MWVA 4AGVA 1D0HA 1DBNA 5IUQA 1GICA 3CNAA 3TI6A 1LOEA 2DUPA 5EXOA 1ULCA 4YW1A 4X6KA 1CR7A 5DUUA 3BEQA 1D2SA 4WVVA 1MACA 2W38A 4WEGA 1ULDA 4GKYA 3TB0A 1R1ZA 4P14A 2ZAAA 1VCUA 3ZYRA 1S0CA 1A3KA 3VKLA 1W6NB 2ZGMA 1F5FA 2BERA 3JU9A 1GKBA 3OGGA 5HUMA 3VKFC 1MWEA 4JCKA 4DQAA 1CPMA 4GZQA 3QLQA 2ZHLA 4MWJA 1AXZA 2HU4A 2XCYA 1LOFA 4XMAA 4SLIA 1L7FA 2GNDA 1Z78A 4DPNA 5B2DA 3ILFA 2H0BA 4QN4A 4GKXA 1FNZA 2GN3A 1GLHA 2A6ZA 3PVNA 4JF7A 3POWA 2VSMA 3WOGA 2ZB6A 1OFSA 1V0FA 3AP7A 5E89A 1Z0HA 2GNTA 2DWRA 4H52A 3MEPA 3H0OA 2YA7A 4LBKA 3RS6A 4DS0A 2CY6A 5IK5A 1LTEA 1QF3A 4YM0A 4TZDA 1OKQA 1W8OA 3MW4A 4B7RA 1V3CA 3WZ1A 3R05A 1G9AA 5GJ6A 1FNYA 1INVA 3H6JA 1SNTA 4UW3A 1AZDA 4GZWA 4YZ1A 4LBQD 2A6YA 4ZXKA 5JOXA 3LCPA 2NZ9A 1W6PA 4KS4A 1V3BA 5T54A 1S0IA 3N7KA 4GA9A 2P3IA 3ZPYA 1UZYA 3ZXLA 1SBDA 1SO7A 4WA4A 1B9SA 1XQNA 4CTEA 2P2KA 2GMMA 4K1ZA 1NNBA 5DZFA 3K38A 1MZ6A 1PZ8A 4MX0A 5T52A 3M3EA 3PVOA 1J1TA 1DYKA 4XYXA 1HQWA 3OJBA 3ILRA 2HTVA 2UWBA 2W20A 1CN1A 1LU1A 1C4RA 3V0BB 3OPZA 4ZKTB 2P3JA 2WJSA 3POSA 3WDUA 5CB7A 2ZABA 3O9KA 1MS1A 3GNEA 3SANA 1NLSA 2ZACA 2CTVA 2ES3A 3M3QA 2E7QA 4R9BA 4R9AA 4Y1UA 1SBFA 1GZWB 1WD3A 2B7YA 1I3HA 4YG6A 4RA0A 3D6EA 4AGRA 1A78A 4H53A 3LSDA 5JOZA 1DHKB 2DVDA 2QWFA 2D6OX 3SLIA 1F8DA 1N1VA 2DU0A 1Z4ZA 4X4AA 2JJ6A 1N1SA 5E8AA 2YMZA 5HUKA 1WCSA 3NV1A 3RQ0A 5HUGA 1WW7A 4P9XA 1MS8A 2CL2A 2GNBA 1JN2P 4TYSA 2HT5A 2XZIA 1W0PA 1UZZA 3TI4A 2QWDA 4Y20B 3NWKA 1SFYA 4LBQB 4AWDA 2AGSA 4QNPA 1G9BA 5JDBA 4XJWA 2ZGNA 5L73A 1V6MA 5GZGA 3IPVA 3N3HA 1Q8OA 4BMBA 3I8TA 1W8NA 4GJTA 1NXD1 4KBBA 4W65A 5DUVA 1L7GA 2ZHMA 4KS2A 3K3AA 2VW0A 5EYYA 1IVFA 1L7HA 2D3SA 2HTRA 2HYKA 4B7MA 4QN3A 3N7JA 1NMAN 2HU0A 3TI3A 2C4AA 2A6VA 1SCSA 1WLWA 2ENRA 1GANA 3WG3A 4PF5A 4M3CB 2P37A 2JD4A 4XTMA 2ZZJA 1LOGA 2OVUA 2BQPA 4Q6KA 4CPOA 3WHUA 1FV2A 4XE9A 3WDTA 1F9KA 5EYXA 3AZZA 4J9TA 1N3OA 4HZXA 3DUIA 3D11A 4Q1PA 4FP3A 1IKQA 2AENA 1KDKA 1V6NA 2A75A 3AP9A 2DURA 2HTWA 4RL7A 4GEZA 1W6MA 4BOWA 3B7EA 2AYHA 3WG2A 2EALA 1NCAN 2EXJA 1FX5A 3NV3A 2CWSA 4F83A 3AXDA 2A70A 2SIMA 1W20A 2VW2A 4GZPA 3AK0A 4XJZA 1IVCA 4Y22A 3IMNA 1WUVA 2DTWA 4FP2A 2Q5TA 1NSCA 2AEPA 5HCBA 2E53A 4C1XA 4YW3A 1U0AA 4GZOA 4XJRA 2VW1A 3MW2A 1WLDA 3PMEA 4FPKA 4HANA 2UWCA 4H55A 3N7LA 3D5OA 1SACA 3K37A 1INXA 1QU0A 1H9PA 2W68A 3ZSLA 3ZSMA 4WZFA 1V6IA 2YA4A 1E8UA 3QCWA 2QWIA 1DYPA 1Z50A 3UK9A 4Y1VA 5GM0A 2ZGSA 2VWDA 3AYDA 5GZEA 3T2TA 2ZGTA 2JDZA 3WVJA 4CPLA 3KM5A 4XIKA 4YG0A 1W6NA 3O0XA 4LBOA 4QN6A 1USRA 4XHXA 2WSVA 1W0OA 2HT8A 3CKZA 2LTNA 1C57A 4LBLA 2YDPA 2ZGLA 4ASMB 2A3YA 1TEIA 5DUXA 5IK4A 4GALA 4Y1YA 1VCJA 3V65A 2JE9A 4P9YA 3O5SA 3USUB 2F0ZA 1UX6A 3ATGA 3AZWA 1NMBN 4CZSA 4Q8KA 1SBEA 1Y7BA 1UKGA 5DZEA 2F28A 3FBYA 2ARBA 1KJLA 1IS5A 4AYUA 4MZAA 1ZA4A 2I2SA 2QWCA 5KXBA 3B9CA 5GLTA 2NYYA 5DUWA 5E88A 1AVBA 2ZGQA 4Z8BA 2EXIA 1EPWA 3ZYPA 3APBA 1A8DA 1VLNA 1JHNA 1V3DA 2W5NA 4PBOA 1AX0A 2SBAA 1LULA 3W09A 3B3QE 1S0DA 1YXWA 3DGTA 4JC1A 2R16A 4YGCA 1F8CA 2YA5A 1YYNA 3WCSA 1SLCA 1DZQA 4NO4A 1AJKA 1BXHA 4FQZA 1S0EA 1DQ4A 5H9SA 3FLPA 5IT6A 4MWQA 3RRDA 2JE7A 3MW3A 3HMYA 1USXA 1C1LA 1KDMA 2F11A 1AX2A 1SLIA 2YV8A 5M1ZA 4FPCA 4XJUA 4I30A 4Y26A 1ULEA 2A6XA 4K21A 2VXRA 2OUHA 2OW4A 2VVZA 2SILA 2V73A 1N1TA 2HTQA 6NN9A 1V6JA 1SLAA 4XTPA 3IKWA 1ULFA 4CRQA 4BLJA 4M4NA 2P3KA 3H73A 1VIWB 2WLQA 3GVJA 2A3XA 4D69A 3FFZA 1Q56A 5DZGA 3V0BA 2DVBA 1RINA 1NSDA 5H9RA 3HN1A 1MS4A 3TIBA 1MVQA 2W52A 4UW6A 1S1AA 2GMPA 2V5YA 2DVAA 1IKPA 4M3MA 1IS3A 5GALA 5T50A 1LHWA 1GZWA 4FPEA 1IVEA 1F8BA 2DVFA 5DG2A 2GDFA 2R0HA 2ZGOA 4YZ5A 1WBLA 2RKCA 5GLUA 2VK6A 1UN1A 1IS4A 1ENRA 4K1HA 4Q1RA 2F10A 4CPYA 2C5DA 4HZVA 2GMEA 1PZ9A 1W1XA 1W6QB 5GZCA 5KXEA 3T1LA 4FVKA 1LOBA 3ZXEA 4ISQA 1FATA 1APNA 3I4IA 3RMYA 3A72A 3ENRA 3PVEA 1XOGA 4GZTA 4Y20A 1AF9A 4P9WA 4FPHA 3IM0A 1AXKA 3N7MA 3O0WA 4MJVA 4LBQA 3UJOA 4ATFA 4C1WA 5CNAA 1KQRA 1MS0A 1GYKA 4NOTA 2PHTA 1YO8A 3FLTA 2SLIA 1DIMA 4GZXA 1NMCA 1KITA 4YM2A 1DIWA 3K36A 4PBPA 2R49A 1G7YA 1F31A 3AZXA 1N1YA 1DQ2A 1WW6A 4XDQA 1AX1A 4GZSA 4M4UA 4XZPA 2X9MA 1IVBA 3V0AA 1W6PB 4ITCA 3WHTA 4Q8LA 4X49A 1MZ5A 4MYEA 1VAMA 4M3CA 3FUQA 3ZXJA 1LOFC 2YXSA 2D6LX 2LALA 2CMLA 4YG3A 2YROA 2WNEA 3Q9OA 1DQ1A 1ZM1A 3R4UA 3VUOA 5T5LA 4IQPA 5H9PA 1V6OA 4FPLA 4HIZA 3AXEA 1GZ9A 3SISA 3W59A 3IN9A 2W5OA 3O0VA 2D6KA 4XILA 1EUSA 1LHVA 5KXCA 1LHUA 3A4UA 4XIOA 4QN7A 4FPFA 2A5ZA 2WKKA 3M2MA 2DYCA 4DGRA 2D43A 3SITA 2JKBA 1LESA 3A0NA 1F8EA 2FHRA 2QWEA 1B9VA 1LHOA 2UURA 4I00A 3B00A 1DLLA 4CPZA 2WT0A 2W39A 1MS5A 3SH5A 4B7NA 5GZFA 2C9AA 2ZMNA 2A3WA 3JU4A 1OQ1A 1BKZA 4DFSA 1N3PA 3INAA 1BYHA 2KM2A 5GZDA 1Z4WA 4YGDA 3WUDA 2DV9A 2NM1A 4K1IA 3CL2A 2JECA 1GZCA 3D4KA 4DRRA 1O4ZA 2D6PA 2ZBJA 4GDJA 4UW4A 1CONA 3M1HA 3SALA 3CL0A 4BBWA 5JLVA 1QDCA 1A4QA 2F12A 3NV2A 3AYCA 1QNWA 4MWXA 4WV8A 5JOYA 3ZXFA 1LOCA 3ZXKA 4FOQA 3CYEA 1V00A 4FOYA 4MWYA 2FMDA 2DVGA 1Q8QA 3AJZA 3WDVA 1QKQA 1QOTA 3OY8A 1Q8SA 1YIFA 1DILA 1CQ9A 1WD4A 2VY0A 1SLBA 4KS3A 4GXLA 5T5PA 2XZJA 1SLLA 5SV8A 1XOEA 1NN2A 4Y24A 4FPGA 2NP0A 1Z4XA 4M00A 3AP5A 4QN5A 4BPZA 3FUOA 1W21A 1LENA 2F27A 3RSJA 1NNCA 2YA8A 1N3QA 3R4SA 4MWWA 3JUUA 4AVSA 4JRAA 1W6OB 4FPOB 3USUA 1ULGA 3BOPA 2VK5A 3T1EA 2R0FA 3WCRA 4K1YA 4YW4A 2PHFA 1A14N 1JXNA 1QNYA 3TIAA 2A7AA 4LBJA 3B69A 1NCBN 1LECA 5HCAA 1V3EA 3O12A 4ISRA 5GLZA 1W6MB 1INWA 7NN9A 3UJQA 5JMCA 3OYWB 1C1FA 4GDIA 1VAVA 5CAZA 5EWSA 2GALA 4YFZA 4YM3A 4UW5A 4Y22B 2QWJA 4HZWA 1V6LA 2UWAA 1INYA 4Q26A 3GVKA 5F5QA 2EIGA 1JUIA 1EUUA 1PZ7A 2WT1A 1E8VA 3ILNA 1LOAA 3RG0A 3BODA 4MC7A 1UMZA 2YZ4A 2HTUA 3ZSJA 2VU9A 2GNMA 3A0KA 3LSEA 5DXDA 2YDTA 5GLWA 3SH3A 3WNXA 4K1KA 1Z4VA 4OZXA 4NC5A 4XMIA 3A71A 2E51A 1LEDA 1I1EA 1AJOA 1LEMA 1WLCA 2QWAA 4YLZA 1AXYA 3RMXA 2DU1A 2XG3A 2E7TA 4GWNA 4U36A 2YY1A 4LBMA 2ZMKA 2D44A 3TAYA 4BM8A 5IK8A 1G8WA 3WLUA 2PHUA 5LK5A 4XOGA 4M01A 2CYFA 2NMOA 1S0JA 1LHNA 1WBFA 4KS5A 4XBNA 1IS6A 3TI8A 2QWBA 5T55A 1G9FA 3ZSKA 4MJUA 2ZGRA 1BQPA 5DG1A 4MWLA 4XBLA 2BZDA 3ASIA 2EAKA 1GV9A 1JW6A 4YZ4A 3SH4A 1W6QA 4WA3A 2F13A 3AX4A 5IK7A 4B7JA 1B9TA 4NN9A 3C2UA 5F9TA 3N36A 3WUCA 1YI7A 1SLTA 2ZGUA 1YRZA 3N35A 2QWGA 2F26A 4YZ2A 4HL0A 2VK7A 4Y1XA 2DUOA 1QDOA 4YGEA 1NCDN 2TEPA 3B01A 1QMJA 4K20A 2A71A 2ZGKA 3L2YA 3VKMA 4D8SA 1LGBA 1HDKA 4FPJA 4FJ6A 1CESA 4YGBA 3VV1A 3SNMA 4L8QA 5JYYA 4XHBA 4AGGA 1X50A 4LBNA 4R9DA 1DGLA 2ZA9A 2XB6C 1JYIA 2VUAA 1BJIA 2PHXA 1RIRA 4CPNA 2ZGPA 3ZVXA 4XJQA 2CNAA 1QOOA 4YW5A 4BQ1A 1CIWA 1CJPA 1UPSA 2A6WA 4M4VA 2BF6A 5HUNA 1INGA 1Z4YA 1JYCA 4NCSA 4FPYA 2EXHA 1GNHA 3H71A 1BJQA 3VKNA 1V0EA 2ZKNA 2AEQA 2WT2A 2QWKA 1BZWA 2G4IA 1GSLA 4K1JA 1G86A 3BIWE 3AYAA 1INHA 1FV3A 5BYNA 5JVVA 2D6MA 2QWHA 1Q8PA 4WA5A 3KQRA 2AH2A 3OBRA 3WDXA 3M3CA 3WV6A 1G9DA 1DFQA 2ZHKA 1N47A 3WDWA 4YZ3A 5GLVA 1WW5A 2C4LA 4FZHA 1ENQA 2D6NA 3AZYA 4Q2FA 4HZYA 4DRVA 4BMEA 1DQ5A 4AVVA 1HKDA 3ALWA 3D12A 1INFA 2UU8A 2NN8A 2F29A 1LCLA 4BLIA 4AVTA 5NN9A 1NSBA 4M3CF 1DQ0A 2DUQA 2AR6A 3BTAA 2WSUA 3HR9A 2VH9A 5HX0A 5T5JA 2Z42A 3OBTA 1CVNA 2ZB5A 3INBA 2F24A 3SILA 4XJ8A 1LJ7A 1G9CA 2R1BA 4YFWA 4GB1A 2VSKA 1LGNA 3ALXA 1CPNA 2PHRA 5H9QA 1ONAA 4XJAA 2B8HA 1FYUA 3AZVA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1YFWA 2NMNA 1S0BA 1JOJA 1HRV2 2CWMA 3OSDA 2ZW9A 4HPKA 1VE0A 2JE8A 4EWAA 4MZEA 1PGW2 1O6UA 1SFPA 2I74A 3CBNA 4WVWA 4X47A 4L7BA 3TN91 1RUD1 3UL2A 4COYA 4YW2A 3E6DA 4NMIA 2YA6A 1VBB3 1W04A 3H72A 3V0AB 2D3PA 4XXAA 1KS4A 3EJKA 1YJKA 4C0HA 1GBGA 1O5UA 1TG7A 4AEDC 2JDKA 1OURA 1S4CA 1RUJ2 2XPJA 1QOSA 3IBMA 1IVDA 1I5ZA 4HW6A 1QJY1 3ELNA 4MADA 5LA2A 5JZGB 1WMFA 2Q8EA 4JGZB 1VBE1 4A45A 1B09A 1QGLA 4M3CE 3AYEA 4UFKA 1STMA 1RUI3 4JHZA 1CAUA 2F25A 1VRH3 2RJKA 1W9SA 4BQYA 4A3XA 2AUYA 4LHKA 4MZUA 2ZX2A 3SXWA 1TVGA 2OUJA 1W6OA 3E5QA 5B2CA 2VZ1A 2XBO3 1EAH1 3K48A 3I7DA 4DINB 5CA6A 5FYMA 4Q29A 1YFXA 2ZMLA 1WWYA 3N9PA 3MIDA 3VKOA 1CZSA 5KXDA 1RVF1 1AYM1 3JCIA 3VD3A 1LGCA 4QGMA 1GOHA 3RYPA 3JD72 4I3PA 4Q27A 2VZQA 1V6KA 4HZZA 4K3YA 2ZHNA 4AFAA 1PM4A 5FREA 1QBIA 3AP4A 3OPWA 4IV3B 4JDNA 3V1SA 1O7FA 2HKXA 2JXAA 1NA1B 2VPVA 4LE4A 1DLCA 2IXJA 1DU3D 1TME1 2ORXA 2QDRA 4MXWA 3U1XA 2HWB3 3I97A 4W6XA 3O9JA 3FX3A 3WP6A 3LI4A 1MVEA 1S0GA 3NNJA 3PU8A 2PAEA 5A33A 3VHNA 4KS1A 4XXPA 5FDBA 3NV4A 3IPVB 2R1DA 2ERFA 2JB4A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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