4YZ4A

Crystal structure of streptococcus pneumoniae nanc, in complex with n-acetylneuraminic acid.
Total Genus 199

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
199
sequence length
658
structure length
655
Chain Sequence
NTPVLEKNNVTLTGGGENVTKELKDKFTSGDFTVVIKYNQSSEKGLQALFGISNSKPGQQNSYVDVFLRDNGELGMEARDTSSNKNNLVSRPASVWGKYKQEAVTNTVAVVADSVKKTYSLYANGTKVVEKKVDNFLNIKDIKGIDYYMLGGVKRAGKTAFGFNGTLENIKFFNSALDEETVKKMTTNAVTGHLIYTANDTTGSNYFRIPVLYTFSNGRVFSSIDARYGGTHDFLNKINIATSYSDDNGKTWTKPKLTLAFDDFAPVPLEWPREVGGRDLQISGGATYIDSVIVEKKNKQVLMFADVMPAGVSFREATRKDSGYKQIDGNYYLKLRKQGDTDYNYTIRENGTVYDDRTNRPTEFSVDKNFGIKQNGNYLTVEQYSVSFEKTEYRNGTKVHMNIFYKDALFKVVPTNYIAYISSNDHGESWSAPTLLPPIMGLNRNAPYLGPGRGIIESSTGRILIPSYTGKESAFIYSDDNGASWKVKVVPLPSSWSAEAQFVELSPGVIQAYMRTNNGKIAYLTSKDAGTTWSAPEYLKFVSNPSYGTQLSIINYSQLIDGKKAVILSTPNSTNGRKHGQIWIGLINDDNTIDWRYHHDVDYSNYGYSYSTLTELPNHEIGLMFEKFDSWSRNELHMKNVVPYITFKIEDLKKN
100200300400500600600500400300200100
050100150Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae
publication title Streptococcus pneumoniae NanC: STRUCTURAL INSIGHTS INTO THE SPECIFICITY AND MECHANISM OF A SIALIDASE THAT PRODUCES A SIALIDASE INHIBITOR.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Sialidase, NanC
total genus 199
structure length 655
sequence length 658
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2015-03-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4yz4A03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4yz4A01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4yz4A02
4MX0A 3POSA 1DIWA 1NMAN 3DGTA 1A78A 2CWSA 2ZGLA 4AGRA 2ARXA 2G4IA 1WW5A 4UW6A 4FPFA 1LODA 1G9CA 2VK7A 1QMJA 1JUIA 1MWEA 4FPGA 3H0OA 2QWBA 1RITA 1WLWA 4Q27A 3RS6A 4MWRA 1S0EA 3OY8A 4XXPA 3N35A 1W6QB 5T54A 4M3CB 1G8WA 3NN9A 2V73A 4HZVA 5GLWA 3ZSKA 2GALA 5DZEA 1MR5A 3A0NA 3IPVA 1F8EA 3O5SA 5IK5A 1DZQA 3U4XA 1MVEA 3V65A 4Q6KA 2F28A 5DUUA 4MWLA 3RMXA 3RG0A 5GZCA 4NO4A 1V2IA 1Y7BA 5GLTA 3KQRA 4ASMB 3HN1A 3ZYRA 1VIWB 2W5NA 3AP6A 1W8OA 1URXA 5GJ6A 4TZDA 4LBMA 3OGGA 1QOOA 1UZYA 1AXYA 2DWRA 2EXJA 5L73A 3TAYA 2HT8A 2BZDA 1AJOA 1B9VA 2ZGQA 4M3CF 2XZKA 4GDIA 2R0FA 2YA5A 4GALA 2JDZA 1SLBA 1GZWA 4DRVA 3T1LA 3QCWA 4QN6A 2QWEA 1SCRA 2ARBA 1NNCA 1Z78A 3T1MA 3IMNA 2EALA 4GEZA 2ZACA 2HYKA 5FREA 2F13A 3ZVXA 3ALWA 4AVSA 1S0IA 3RMYA 1LHOA 4AGVA 4C1XA 4ATFA 3WHTA 1F9KA 2ZGPA 2DV9A 1U0AA 2SLIA 2GN3A 2F24A 2QWHA 2VXRA 2P3IA 5T5OA 2UURA 1AVBA 1DGLA 2V5YA 4MC7A 1CVNA 4Y1UA 4ZKTB 4Y1YA 4P9XA 2VUAA 3TIBA 4YZ2A 4HZXA 3PJQA 2HT5A 2JECA 3RSJA 4FQ4A 2D6OX 2VVZA 1MS0A 4MWXA 4YM1A 4XILA 3AZVA 3O0WA 1FNYA 4YGDA 4XJWA 1V6MA 1Z4XA 4ITCA 1LOCA 3ENRA 3ILNA 2OW4A 3INBA 4GZXA 4XXAA 4UW4A 3VKMA 2SILA 1NMCA 2CMLA 5E88A 1WW4A 4FP2A 3MW2A 4Q8KA 1W6OA 2YA7A 1LCLA 2CNAA 1FNZA 1NNBA 4GKYA 1DQ5A 2QWKA 1INXA 5H9QA 3SILA 3USUA 1LHNA 1IVDA 4KS2A 2YROA 1Q8VA 1MS4A 2GMMA 1O4YA 1AJKA 2ZAAA 5JOXA 1YYNA 4W65A 3OY8B 1QNYA 4HL0A 4K1KA 2GMEA 2QWJA 2F12A 2OUJA 4GKXA 4GDJA 2AENA 1VCUA 3IPVB 1QDOA 3ATGA 4HZZA 1QGLA 1H30A 5EYYA 4FQZA 1S0DA 1R1ZA 3A71A 3R4UA 3N7KA 2A5ZA 1I3HA 1MS5A 4YM0A 4F83A 2QWIA 4ZXKA 3TI4A 5LK5A 3AZXA 3D5OA 1HKDA 3SITA 1MACA 1EUUA 4GZQA 1JXNA 1F5FA 1W0OA 3B7EA 2QWCA 4BLJA 2GN7A 4FZHA 2ZGTA 4MJVA 3ASIA 3ZXFA 4AVTA 7NN9A 2VY0A 4FOQA 2E7QA 3VKLA 1EURA 4BMBA 5T50A 5GZEA 1EUSA 2NN8A 1Q56A 1JBCA 3H6JA 5HX0A 3ZSJA 5T52A 2A6VA 3WUCA 1SLAA 2VK6A 2CL2A 1W6QA 1DQ4A 2BATA 4Q26A 1SO7A 2D3PA 2A3WA 3NV4A 4KS1A 3TI6A 1L7GA 3K39A 3N36A 5H9RA 1YI7A 3APBA 1L7FA 2P3KA 1ULCA 1LOGA 1LESA 4QN5A 3FLPA 1BYHA 4X47A 1Z4VA 1V6LA 3OYWA 1LHUA 1IVCA 2VSMA 2D6NA 4C1WA 1F8BA 4GWNA 1WD3A 2AGSA 2CTVA 1FV2A 4GJTA 5JLVA 1ENSA 1ZA4A 2DU0A 4Z8BA 4PCRA 3A0KA 3AX4A 1BZWA 5T55A 4FPEA 2SBAA 4AGGA 3AZZA 4RL7A 4BM8A 4Q1RA 5DUXA 3SH5A 3BEQA 2ZGRA 3T2TA 1IS4A 2HTYA 4Y20A 2H0BA 3OJBA 3HMYA 2YV8A 1C1LA 5KXCA 1DYPA 4QN4A 1Z50A 3D6EA 1W1XA 1XQNA 5GM0A 4UF7A 1E8UA 1N1YA 3SH4A 3B69A 2ZKNA 2EXIA 3O12A 2ZMLA 3ZSLA 1ONAA 1NMBN 5KXBA 1ZM1A 2DUPA 2WQZC 1LOFC 3B3QE 1WUVA 2C4AA 4IQPA 4FPLA 1QDCA 1LHVA 2C5DA 3AXEA 1G7YA 4NN9A 5GZFA 4CZSA 4YLZA 4Y26A 4AWDA 3QLQA 2XZJA 1DHKB 2A3YA 4YW4A 1E8VA 1A8DA 2YXSA 2HTWA 5SV8A 3WDTA 4WA5A 1N3PA 4P9WA 2W52A 4YGCA 5B2DA 2QWGA 1DQ0A 2UWBA 4BOWA 3WDVA 1IVGA 2ZGOA 4Y1VA 2ZGNA 5JYYA 1N1TA 1SBEA 4PF5A 1DLLA 1KITA 4AYUA 5DZFA 3M3CA 1SBDA 1NCDN 3FUOA 2YDTA 4XJ8A 4MJUA 2YA6A 2ZMNA 5JMCA 2DYCA 1KQRA 2A6YA 3TICA 1Z4ZA 4TYSA 3Q9OA 4HZYA 3WDYA 2P3JA 4FOWA 4XJQA 3WDUA 4LBQD 1D0HA 1BQPA 4B7NA 2FMDA 4R9BA 2JKBA 1B9TA 2PHTA 1FV3A 3FFZA 4XJZA 4K20A 1BKZA 5NN9A 2UU8A 3OYWB 3AP9A 1I1EA 1IOAA 1CPMA 4K21A 2YA4A 4XYXA 4UW5A 5GLUA 5HCBA 2WJSA 2Q5TA 2DTWA 3VV1A 1IS6A 1FAYA 3LSEA 1F8DA 1Z4WA 5M1ZA 3NV3A 1ULEA 2YDPA 1XOEA 4Y22B 1NNAA 2E53A 2CWMA 1A4QA 1V0ZA 3TI3A 1S0JA 1CIWA 4FPOB 2VW1A 2EAKA 4MZAA 1H9PA 1LTEA 1OFSA 4KS5A 4XMIA 1GBGA 2DUOA 1D2SA 3SALA 4Y20B 3H72A 3O0XA 1Q8QA 5CA6A 4FPKA 3NV1A 3SANA 5CB7A 2ES3A 5CBLA 5HCAA 3PVEA 4MWYA 1YIFA 1LGBA 5CAZA 1AXKA 2HTVA 1SCSA 4YW3A 2VH9A 2D6KA 2QWAA 3W09A 1KJLA 2ZB6A 2ZMKA 1BJIA 5JOYA 1LEDA 2JJ6A 4XJUA 3WHUA 2W5OA 1O4ZA 5DZGA 2GDFA 3CL0A 2WT1A 4M3CE 1V6IA 3POYA 5IT6A 1JW6A 2ZZJA 5GZGA 3H71A 1ENQA 1A4GA 3N7JA 2KM2A 3UL2A 1KDMA 3O9KA 1UN1A 1FX5A 1V3BA 3NV2A 2XCYA 5JDBA 5GALA 4D8SA 1NXD1 1FATA 1VLNA 4KS3A 1Q8OA 1UZZA 1C57A 2BQPA 4K1JA 1GV9A 2F10A 1USXA 1E8TA 2W08A 1NCAN 1MZ6A 4YG0A 5EYXA 3MW4A 4YFWA 1N3OA 4WEGA 1CR7A 3TI8A 2PHFA 1W6PA 1PZ7A 3B00A 4JRAA 4FP3A 2ZHMA 2A3XA 2R49A 4QNPA 3AXDA 2A7AA 2SIMA 4WVVA 1UAIA 1OQ1A 1KRIA 2JD4A 2DUQA 1W0PA 4PBPA 3B9CA 1WLCA 4YG6A 3DUIA 2A75A 2JE9A 2ZGSA 4P9YA 2VW0A 2R1BA 2NYYA 5IK8A 2VW2A 1MVQA 1C1FA 3D12A 2OUHA 3A4UA 4FVVA 2ZGUA 2WLQA 4K1YA 1HQLA 4MWVA 3PVNA 5H9SA 3FUQA 4DQAA 5GLZA 2D6LX 4XDQA 3WG1A 3ZYPA 1YXWA 4XHBA 2ZGMA 3WG3A 2VK5A 2HTUA 3ILFA 1IS3A 4JF7A 3IN9A 2BF6A 3CYEA 4YW1A 4DRRA 3AP5A 5DXDA 1PZ8A 4B7MA 1G9DA 2XZIA 1V6KA 5BYNA 1N1SA 1DIMA 5E8AA 1G9BA 2NMNA 2AUYA 2CY6A 4CPMA 2A70A 1QOTA 4MWJA 1SACA 1WCSA 4R9CA 5DG2A 4FPCA 4XHXA 2DVDA 3WDWA 2PHRA 1LU2A 4ISQA 3SLIA 1LENA 4Y24A 2VSKA 1JYIA 5E89A 5T5PA 1WBFA 2A71A 4Y1XA 4LBQA 2W20A 2DURA 4BLIA 1Q8SA 4XJRA 1W6NA 3GVKA 1V6NA 3WCRA 1AX1A 2F27A 4FVKA 2ZBJA 4GZTA 1IKQA 2D3RA 2GNDA 3LCPA 3T1EA 5KXDA 3JU9A 4Y22A 4FOYA 2D7FA 1VAMA 3IKWA 2GNBA 4YGEA 4GZOA 1V0EA 4JC1A 3AYDA 4D69A 3JUUA 2F26A 1NSDA 1V0FA 1S1AA 2ZHNA 1INWA 4WV8A 3W58A 4XJAA 1ULFA 1IVBA 4Q2FA 3BIWE 2P37A 2D6MA 3WDXA 4B7JA 4MZEA 4R9DA 1QNWA 1INGA 1MS9A 2AH2A 3WV6A 2HU0A 1S0BA 1F31A 1JN2P 1W6PB 2ZHKA 4GZSA 1SNTA 1SFYA 1C4RA 5IK4A 1DQ6A 4AVVA 1CPNA 1GYKA 3M3EA 1B9SA 5JVVA 3WZ1A 2F25A 1S0GA 4Q8LA 2F29A 5HUKA 4DPNA 2Z42A 2VU9A 3ZXJA 4XOGA 4XIKA 1LJ7A 3O0VA 1DILA 4BQ1A 2D43A 3VKFC 3N7LA 1WW7A 1CESA 4GWMA 1CONA 5GZDA 2WSVA 1WLDA 1LU1A 1NLSA 5HCFA 2WSUA 4XTPA 2TEPA 3WVJA 2E7TA 1GZCA 2GNMA 2A6ZA 1ULGA 1AX2A 5F5QA 4K1IA 4YW2A 1GKBA 2HTQA 1GNHA 1GNZA 1NCBN 2X9MA 3AJYA 1HQWA 3H73A 1SLLA 4JCKA 1INHA 2GMPA 2PHUA 2YZ4A 3ZPYA 4K3YA 2EIGA 4K1ZA 1UX6A 4WEFA 1MS8A 3WG4A 3CKZA 1V6JA 4LBLA 4U36A 1VCJA 2ZABA 2P2KA 2R0HA 2HTRA 4FOVA 5JOWA 3BOPA 4DGRA 1DQ1A 2WT2A 1UKGA 5B2CA 4BPZA 1NSCA 4K1HA 4X4AA 4X49A 2UWAA 2A6WA 3ZXEA 2E6VA 4LBQB 4YZ5A 4B7RA 3N3HA 4CPNA 1JHNA 1USRA 2C9AA 5F9TA 1W6NB 3V0AA 4GA9A 6NN9A 1RINA 1WW6A 2F0ZA 1V00A 4CPYA 2DU1A 2F11A 4YM3A 3WNXA 2CYFA 3AYAA 3TIAA 1J1TA 3HR9A 1QF3A 2YA8A 4XBLA 4DFSA 3VKOA 1SLTA 2AREA 3UK9A 1JOJA 4NCSA 2QWFA 4LBJA 1NN2A 4XIOA 3D11A 3SNMA 4WVWA 3GALA 4LBNA 3C2UA 3R05A 4Y1ZA 2AEQA 2ZB5A 1S0CA 1W8NA 5HUMA 4MWWA 2EXKA 3K38A 2UWCA 1LOFA 1CJPA 2W38A 1APNA 2AYHA 4LBOA 1GLHA 1AZDA 2FHRA 2BERA 1LECA 3ZXLA 4YW5A 3V0BA 1GZ9A 1AF9A 1L7HA 4WA3A 3K3AA 3GVLA 3AFKA 1LULA 3N7MA 1EUTA 1OKQA 3FLTA 2P34A 3ALXA 4I30A 1DFQA 1H9WA 1HDKA 3JU4A 2LTNA 2PHXA 1VALA 1W21A 2DTYA 5KXEA 3K36A 3I4IA 1QKQA 3RRDA 3L2YA 5FRAA 1SBFA 5AVAA 3CL2A 1INVA 4M01A 3AK0A 1UPSA 2ZHLA 3GVJA 3M3OA 3WUDA 4ISRA 3FLRA 1LHWA 4KS4A 1ULDA 4DS0A 4SLIA 1DBNA 3INAA 5DUVA 2HT7A 5EWSA 2WT0A 1CQ9A 2NP0A 1Q8PA 3AYCA 2R16A 4H53A 4XJ9A 1LEMA 3WCSA 2XG3A 3R4SA 4R9AA 3WLUA 2AEPA 1W6MA 4PBOA 3O9JA 5T5LA 4WZFA 2D6PA 4M4UA 2ENRA 4HANA 4HZWA 2D44A 1V3DA 2A6XA 1S0FA 2DVBA 4YM2A 3AP4A 5T5JA 1BJQA 1MS1A 1GANA 2EXHA 4QN3A 1PZ9A 3VKNA 1LOBA 1SLIA 4Q1PA 4NOTA 2VWDA 1IKPA 3BODA 5DUWA 4I00A 4YGBA 2W68A 3IM0A 5GLVA 4J9TA 4M3MA 2NM1A 3V0AB 5DG1A 3V64A 1ENRA 1V3CA 3VUOA 1A3KA 3PMEA 1N3QA 4KBBA 3BTAA 2PHWA 1G9AA 1IS5A 2OVUA 1DYKA 2XB6C 2WNEA 4MWQA 4WA4A 1NCCN 3TB0A 2ZA9A 2HU4A 2QWDA 1FYUA 4FPYA 4CPZA 4QN7A 1CN1A 3RQ0A 4U2AA 3GNEA 4GZWA 3M1HA 3I8TA 3SH3A 2DVAA 1LGNA 4YZ3A 4YZ4A 4GB1A 1GZWB 1A14N 1V3EA 1IVEA 2B8HA 2WKKA 1AXZA 1B09A 5IK7A 4GZPA 3AZYA 4YZ1A 4BBWA 4P14A 1YRZA 3M3QA 1Z4YA 4XZPA 2B7YA 1TEIA 3ZXKA 4CTEA 1YO8A 4M3CA 3V0BB 1UL9A 2ZGKA 4RA0A 3D4KA 2YY1A 2EF6A 2AR6A 5HUGA 1BXHA 4MYEA 4LBKA 1MS3A 3AJZA 3POWA 1GICA 3LSDA 3OBTA 1DQ2A 5JOZA 4XBQA 3OBRA 4FJ6A 3A72A 1KDKA 3UJOA 3FBYA 3WG2A 3ZSMA 1G9FA 2ERFA 4CPLA 3W59A 1INFA 3CNAA 4YFZA 4HIZA 2DVFA 3M2MA 3AP7A 4MWUA 4CPOA 1QOSA 4OZXA 4L8QA 4NC5A 3AYEA 1SLCA 4XTMA 2NZ9A 4XE9A 4X6KA 2NMOA 3NWKA 2RHPA 1INYA 1W6OB 1XOGA 1KJRA 1AX0A 4BMEA 3MW3A 4GXLA 4ATEA 1RIRA 2YMZA 3USUB 3AZWA 3PVOA 2C4LA 1V6OA 3K37A 1W6MB 4XMAA 1NSBA 1MZ5A 2E51A 1VAVA 3NSSA 4M00A 4FPJA 1N1VA 1LGCA 4UW3A 2W39A 4H55A 2R1DA 1N47A 1LOAA 2RKCA 4CRQA 2DVGA 2LALA 1GSLA 1HLCA 5HUNA 2JE7A 2D3SA 1IVFA 2I2SA 4B7QA 1QU0A 1Z0HA 4M4NA 4H52A 5IUQA 1WCQA 3SISA 1F8CA 4XBNA 3TI5A 1UMZA 1EPWA 1X50A 2GNTA 3MEPA 1WD4A 1LOEA 5EXOA 1G86A 5H9PA 1WBLA 3MPPG 3B01A 3ILRA 4FPHA 3WOGA 4M4VA 3UJQA 5CNAA 4PQ9A 3OPZA 2PELA 1W20A 3KM5A 4YG3A 1JYCA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1ASJ1 4MX0A 3POSA 2JXAA 2PN5A 2W95A 1DIWA 4QWNA 1NMAN 3DGTA 3W5NA 1A78A 2CWSA 2ZGLA 4AGRA 2IAPA 2ARXA 4XF1A 4CP0A 1GOHA 3NNMA 4WZCA 2G4IA 1EPZA 2XOMA 5M0TA 4M4RA 4CPBA 1WW5A 1I5ZA 1CD3G 4A44A 3MICA 4UW6A 4FPFA 1LODA 2AEYA 5A70A 1G9CA 2VK7A 1UQXA 2Q8DA 5LCWL 1FPN1 4YVWC 3USSA 4HW6A 3N9MA 1IUBA 2H6CA 1QMJA 2WZR2 2W9XA 4GWIA 1JUIA 1MWEA 4FPGA 3H0OA 2CV6A 1UIKA 3MI8A 4EYUA 2W1SA 1NCRB 1RITA 4AVAA 2QWBA 1ZRFA 2JB4A 1WLWA 5L19A 4Q27A 5FYZA 3RS6A 4QXCA 4MWRA 1S0EA 3OY8A 4FI9A 4XXPA 2HWE2 1J3QA 1VBE1 3OG2A 4I01A 3N35A 1W6QB 4Q4V1 4EQVA 5T54A 3G7DA 4XUPA 4NE9A 5FTTC 1JS9A 3I59B 2J7MA 1H1AA 4M3CB 4UFHA 2RS33 3J7NA 1G8WA 1YJKA 4OI1A 5AC92 1SDDB 3NN9A 3RI8A 2A1XA 2V73A 5GLWA 4HZVA 1K3IA 3CQOA 3ZSKA 1YIPA 2GALA 2YU1A 4WM8C 1TME3 5DZEA 4HHQA 1VBA1 2BFUS 1MR5A 3A0NA 3I1CA 3IPVA 1AYN3 4DMIA 1PO22 4TN7A 1F8EA 4AG4A 4LLFA 4IL7A 3O5SA 4R40A 4PWZA 3S8VA 2J1UA 4IE6A 4I02A 2Y6GA 1BMV1 2ZX1A 4AGIA 1DZQA 2VQAA 5IK5A 4KMQA 3U4XA 4PT6A 1TZOA 5KC6A 2FDJA 3SRGA 5FNTA 1MVEA 2VMIA 4ASLA 4OUSA 3V65A 4O9EA 1PM4A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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