4YZ4A

Crystal structure of streptococcus pneumoniae nanc, in complex with n-acetylneuraminic acid.
Total Genus 199
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
199
sequence length
658
structure length
655
Chain Sequence
NTPVLEKNNVTLTGGGENVTKELKDKFTSGDFTVVIKYNQSSEKGLQALFGISNSKPGQQNSYVDVFLRDNGELGMEARDTSSNKNNLVSRPASVWGKYKQEAVTNTVAVVADSVKKTYSLYANGTKVVEKKVDNFLNIKDIKGIDYYMLGGVKRAGKTAFGFNGTLENIKFFNSALDEETVKKMTTNAVTGHLIYTANDTTGSNYFRIPVLYTFSNGRVFSSIDARYGGTHDFLNKINIATSYSDDNGKTWTKPKLTLAFDDFAPVPLEWPREVGGRDLQISGGATYIDSVIVEKKNKQVLMFADVMPAGVSFREATRKDSGYKQIDGNYYLKLRKQGDTDYNYTIRENGTVYDDRTNRPTEFSVDKNFGIKQNGNYLTVEQYSVSFEKTEYRNGTKVHMNIFYKDALFKVVPTNYIAYISSNDHGESWSAPTLLPPIMGLNRNAPYLGPGRGIIESSTGRILIPSYTGKESAFIYSDDNGASWKVKVVPLPSSWSAEAQFVELSPGVIQAYMRTNNGKIAYLTSKDAGTTWSAPEYLKFVSNPSYGTQLSIINYSQLIDGKKAVILSTPNSTNGRKHGQIWIGLINDDNTIDWRYHHDVDYSNYGYSYSTLTELPNHEIGLMFEKFDSWSRNELHMKNVVPYITFKIEDLKKN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae
publication title Streptococcus pneumoniae NanC: STRUCTURAL INSIGHTS INTO THE SPECIFICITY AND MECHANISM OF A SIALIDASE THAT PRODUCES A SIALIDASE INHIBITOR.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Sialidase, NanC
total genus 199
structure length 655
sequence length 658
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2015-03-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4yz4A03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4yz4A01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4yz4A02
3O0XA 4ASMB 3AYEA 3K38A 4FVKA 4M3CB 1UZZA 5GZGA 1HKDA 3AP5A 2A6ZA 2OW4A 1Z78A 1MS1A 4BMBA 4HL0A 3WLUA 2EXIA 5LK5A 4TYSA 3GNEA 3O5SA 4XJQA 4WZFA 1DYKA 2A6WA 1W8OA 3D4KA 4FP2A 3O0WA 1XOGA 2DTYA 4XMIA 3SITA 2ZB6A 5SV8A 5JDBA 2W5NA 2CWSA 2GNDA 4CTEA 2GMEA 3B3QE 4BOWA 4FPKA 3ILRA 3CKZA 2QWFA 2BERA 1G86A 4GEZA 2QWAA 3OJBA 5HCFA 1SFYA 1N3QA 1SLAA 3MPPG 2WT1A 4XILA 4YZ5A 1SO7A 4UW6A 3LSDA 3JU9A 1AX2A 2V73A 1FNYA 2WSUA 4XHXA 2D3SA 2AEPA 4FP3A 1WLDA 2EAKA 4PBOA 1VAMA 4W65A 1YIFA 2VU9A 1QDCA 1S1AA 2W20A 2ARXA 4BQ1A 3LSEA 1LOBA 2C4AA 1LOAA 4K21A 2ZGTA 5HCBA 1GNZA 4GWNA 1GBGA 5CBLA 2DVDA 5HX0A 5EYXA 5H9PA 4ISQA 5CNAA 1WCQA 3AZVA 2VW1A 2F13A 1GNHA 2D6PA 1VALA 1MACA 1FV3A 4GZWA 1INWA 5DG2A 4Y24A 3V0BA 3WHUA 1SNTA 4MZEA 1YO8A 5IK8A 2GMPA 2HTYA 3ZVXA 2H0BA 1QF3A 1S0EA 1NSDA 1V2IA 1VIWB 2YZ4A 1V0FA 1GSLA 4YZ3A 1B09A 3N7JA 2V5YA 2A75A 2R0HA 2DV9A 2ES3A 3AFKA 4K1YA 4AGGA 3ZXKA 5JLVA 3AXEA 3FUOA 3NV3A 2GNMA 1RINA 3PJQA 1MS3A 1V6JA 4JCKA 2FHRA 2EXJA 4Q8KA 3IMNA 1W21A 2A3WA 5EXOA 5CA6A 1DIWA 2HT8A 1JHNA 1G8WA 1LOEA 3OPZA 4MWQA 4C1XA 1NCBN 1LHNA 2BQPA 4Q8LA 2VSKA 1QOOA 1W0PA 1QU0A 5GLUA 1LU1A 2VY0A 3A71A 4FPYA 2ZA9A 3WDVA 1B9SA 1F8BA 1AF9A 1PZ8A 2D7FA 1IVEA 2PELA 4WEGA 3RQ0A 1MZ6A 5T55A 4XIOA 5DUVA 1IS6A 1ZA4A 4Q1RA 1F8CA 4FVVA 1RITA 4YGEA 1WLCA 2F28A 1N3OA 4YZ4A 2BATA 1EURA 4K1ZA 2UWBA 2A6YA 4PQ9A 2EXKA 2JECA 3V0AA 4C1WA 4K1JA 2P2KA 3GVKA 4Q27A 5H9QA 5GZCA 1LODA 1NNAA 3NV2A 5GLZA 1NCDN 3TICA 3AYAA 1WBLA 3FFZA 4KBBA 1ULCA 4UW4A 1GZWA 4M00A 3MW3A 4MJUA 3BTAA 5DZGA 3VKFC 4XJ9A 4WEFA 1A8DA 2A5ZA 1VCUA 3AP7A 1WW4A 4Y22A 1GZCA 2CL2A 1W6OB 4FPEA 4ATFA 2EXHA 4M4VA 1DQ5A 4BLIA 3BEQA 3AYCA 3RSJA 1R1ZA 5IK4A 4FPCA 4YM2A 1EUTA 1DILA 1LOCA 2C4LA 2ZHNA 2VVZA 2D3RA 2WLQA 2AGSA 3OBRA 4M3CA 4Q6KA 2F29A 1Z50A 4LBOA 4D8SA 3FLPA 3ZSJA 1SCRA 2P3KA 1MS5A 1C1LA 3OY8B 4XDQA 3FBYA 2UURA 3B69A 4YW2A 4K1IA 1LHUA 1U0AA 2JE7A 2HU0A 3FUQA 3OYWB 4XMAA 3ZXFA 1UN1A 2YA8A 1FATA 4Y1UA 2QWIA 1LHVA 1KRIA 1X50A 1CONA 1JN2P 1UAIA 3AZYA 4XE9A 1AJKA 1YI7A 2VK6A 4DFSA 3K3AA 3VKLA 1AZDA 1QMJA 2WSVA 2HTRA 1V00A 1KDMA 5DG1A 1DFQA 3APBA 2GMMA 4FPJA 3N36A 3CL2A 2QWGA 2VSMA 1JYIA 2ZGMA 2YA6A 2JD4A 4Y1ZA 2AR6A 4WV8A 2RKCA 4XJZA 3FLTA 1WCSA 2VW2A 4GZOA 1IKPA 4XTPA 4BLJA 4X47A 2DTWA 3TI5A 1Q56A 1F8DA 4OZXA 3SH3A 1USRA 3GALA 1LU2A 3SALA 4M01A 4BBWA 3NSSA 4BPZA 1DZQA 1LECA 4DS0A 1SLLA 1L7HA 3OGGA 3TIBA 1GICA 3A4UA 3MW2A 5GLVA 1FAYA 2BF6A 2ZGPA 1Z4ZA 1SCSA 1JYCA 4XIKA 2D44A 2HTUA 1AXYA 3GVLA 3B9CA 2YROA 1IKQA 4B7NA 5GALA 3L2YA 1CPMA 3TI4A 2ZACA 4AVVA 2YMZA 1XOEA 1QKQA 5E88A 4LBQB 1BQPA 4YGBA 3N35A 3ILNA 2LALA 1HDKA 1Q8PA 2A71A 3SLIA 1Z4WA 1WD4A 1GANA 4WVVA 1NMAN 1OFSA 3O12A 2DU1A 3NV4A 2E6VA 2WNEA 1VLNA 1IVBA 1ZM1A 2R0FA 3B7EA 1KQRA 4PBPA 2HU4A 3VUOA 2JJ6A 4RL7A 2ZHLA 2YA4A 4KS2A 2ZGRA 1BYHA 3AZXA 1BXHA 1Z4YA 1G9BA 1N3PA 3WUCA 2JE9A 3AK0A 4ITCA 3BODA 4AWDA 2D6NA 4B7JA 2JDZA 1A78A 1IOAA 2HTQA 1O4ZA 2F25A 4NCSA 4H53A 4P9XA 4P9YA 3A0KA 5DXDA 1GYKA 3N7MA 4YM0A 4M3CE 4YW4A 3WNXA 3SNMA 1V3DA 3TB0A 4D69A 2XZJA 4MWUA 5M1ZA 1ENRA 4X6KA 1IS3A 5HUNA 5CAZA 2QWCA 2KM2A 2PHFA 2GN3A 3AP4A 1HLCA 2A6XA 4BMEA 2UWAA 3PVEA 1MS4A 4GJTA 2ZMKA 3QLQA 1JUIA 4YW1A 3ALXA 5HUMA 1SLCA 1V0EA 1SACA 4XBNA 1LOFC 1V6IA 2NMOA 1QNWA 1WBFA 1W20A 5L73A 3Q9OA 4LBLA 2P37A 1A14N 5NN9A 1USXA 2AREA 1W6OA 2F0ZA 3SH5A 1UKGA 5B2CA 1NCAN 4HZXA 2YDTA 2QWKA 3ZYPA 2W38A 1WW6A 3N7KA 1HQWA 3HMYA 5CB7A 4Y20B 1IVGA 1MWEA 5FREA 4WA4A 4XBLA 3K39A 3O9JA 2ZAAA 3OY8A 1MS9A 4CPMA 5IT6A 5E89A 4FPGA 3N7LA 3W59A 3OYWA 2NZ9A 2DUPA 1LHOA 4UW5A 2YXSA 3U4XA 1V3CA 3W09A 4B7RA 2PHUA 1BKZA 1E8UA 4X49A 1WUVA 2DUQA 2DWRA 1LHWA 3SILA 4YW5A 3KQRA 2C9AA 3ZSLA 2ZGNA 1MS8A 2ZGLA 2ZGUA 2QWHA 1IS5A 2PHWA 1G9AA 4ZXKA 1B9VA 3WG2A 3WUDA 1MVEA 3SISA 1Y7BA 4Q2FA 2D6OX 2EF6A 3ZYRA 1KDKA 1YXWA 1NLSA 3WHTA 1CQ9A 2B7YA 1LGBA 2P34A 1INHA 3O9KA 1V6NA 2A6VA 3RRDA 3H6JA 1UPSA 1ULFA 4NOTA 5KXEA 2VK7A 2NM1A 3T1EA 4JF7A 2W5OA 4LBQD 4FOYA 1DHKB 3ZXEA 1FX5A 4CPNA 3ZSKA 3VKNA 1XQNA 4LBJA 3CYEA 4GDJA 4YZ2A 5GLWA 1MR5A 3I8TA 1NSCA 5JOWA 3R4UA 1SBFA 2SLIA 4NN9A 3IPVB 4FPFA 2PHTA 1V3BA 3H71A 3TI8A 2Z42A 2ZABA 5EYYA 3PMEA 4FOWA 2DVGA 1L7GA 3R4SA 1LGNA 1N1TA 2CY6A 4FZHA 4U36A 5KXBA 1IVCA 4GKXA 2QWDA 4KS5A 1A3KA 2NN8A 4LBQA 1V6OA 2F12A 2VW0A 2D6LX 3WDYA 4MWLA 3USUB 2F10A 2VH9A 3VV1A 4FJ6A 1S0GA 4FOVA 1LCLA 2DYCA 1Q8SA 4U2AA 2GNTA 2Q5TA 4GZXA 1F9KA 2E51A 4CRQA 4NO4A 1W6MB 2YY1A 4GZSA 1W6QB 1INYA 3INBA 1WD3A 5EWSA 3DGTA 3W58A 4CPYA 5JOYA 5DZEA 4R9BA 3LCPA 1Z0HA 4JC1A 3WOGA 1CIWA 4XJAA 5GLTA 4BM8A 4YM3A 4MWJA 2CNAA 4MWVA 4WA5A 4F83A 1S0CA 3A72A 4YG6A 3WDUA 1QOSA 1V6LA 2DVBA 1NN2A 1W8NA 5GJ6A 1FV2A 1BJQA 1WLWA 4YZ1A 3MEPA 1DGLA 1EPWA 2DVAA 1H9WA 3ZPYA 1BZWA 4XZPA 3AZWA 2R1DA 1EUSA 1KJLA 2DUOA 1DQ6A 2TEPA 2W39A 2HTVA 1V6KA 4YFZA 2GN7A 1V6MA 1OKQA 5DZFA 3GVJA 4XJ8A 4YLZA 3WCRA 4HZWA 1S0JA 5T50A 5JYYA 4Y26A 3V65A 2R49A 3WG1A 1QOTA 2CWMA 5JOXA 1RIRA 4MZAA 5IK7A 1ULGA 4I30A 1WW7A 1UZYA 2ENRA 2LTNA 3PVOA 4KS1A 3D12A 4AYUA 1CR7A 3K37A 1AXKA 2ZHKA 1B9TA 3MW4A 4DGRA 4M4NA 1ENQA 4Q26A 2AH2A 2CTVA 4GA9A 1LESA 2ARBA 4M4UA 4Y20A 1V0ZA 4HIZA 2P3JA 1OQ1A 1JOJA 1DQ4A 5KXCA 2DU0A 3POYA 1YRZA 3RG0A 4XTMA 3AJYA 4MYEA 2ZZJA 4DPNA 5E8AA 1DYPA 4XXPA 4FPHA 1E8VA 2ZMLA 4GXLA 1KITA 2D6MA 4XJUA 3ZXLA 1F5FA 5BYNA 3ASIA 5FRAA 1URXA 2VUAA 2HT5A 1UX6A 3H73A 4AVSA 2ZBJA 1V3EA 4JRAA 2ZGQA 2EIGA 3UJOA 1CESA 4MWXA 4FPOB 3DUIA 4XOGA 4HANA 3CL0A 3H72A 4Y1XA 2OUHA 5T52A 3NWKA 1JXNA 2R16A 1DLLA 3M3OA 3QCWA 5GZDA 4J9TA 4ATEA 1CPNA 2NP0A 4R9DA 1WW5A 4GZPA 4KS3A 4QN6A 4AGVA 3T2TA 2XB6C 1NXD1 1INGA 4QNPA 1INXA 3NV1A 1CN1A 2W08A 3VKOA 4QN4A 1LULA 1IS4A 1G9CA 2AEQA 4QN5A 1GKBA 1KJRA 3ATGA 1LJ7A 3WG3A 4P14A 3IPVA 4MWYA 4CPZA 5T5JA 4M3MA 3WV6A 2EALA 3JU4A 4GZTA 1LOGA 4YG3A 2A7AA 1LOFA 1G7YA 3N3HA 1S0BA 5IUQA 1HQLA 3M3EA 1G9FA 2XCYA 1S0IA 3PVNA 1ULEA 2AYHA 5JMCA 3USUA 2E53A 2ZKNA 3V64A 1SLBA 2F11A 2F26A 1MS0A 2CYFA 3ENRA 5F5QA 2WJSA 3AP9A 7NN9A 1ENSA 1W6MA 4TZDA 1W6QA 3K36A 2DURA 2WQZC 3M2MA 2UWCA 1JW6A 3IM0A 3WG4A 3I4IA 2XZIA 3AP6A 1CVNA 1A4QA 2GNBA 5H9RA 2W68A 1ULDA 1TEIA 1VCJA 4XJRA 2WT0A 3CNAA 2YV8A 3T1MA 1DIMA 1DQ1A 1LEMA 1YYNA 3O0VA 2HYKA 2ERFA 3INAA 1E8TA 2PHRA 2YA5A 3TI3A 2ZGOA 2E7TA 1NNBA 4WVWA 4FPLA 1INVA 1W1XA 1W6PB 1DQ2A 4ISRA 3IN9A 3TIAA 1I1EA 4MWWA 1I3HA 4GKYA 4CZSA 4Z8BA 4K1HA 4PF5A 1MVQA 1EUUA 3UJQA 1Q8QA 2SIMA 4LBNA 3AXDA 6NN9A 2G4IA 2D43A 3RMYA 2I2SA 4CPLA 1S0DA 4FOQA 1MZ5A 3D6EA 3ILFA 1H9PA 2WKKA 5GZFA 4GB1A 3AZZA 3M3QA 3D5OA 2B8HA 4H55A 4YFWA 4I00A 2A3YA 1FNZA 1NMCA 3B00A 1AJOA 2NYYA 3VKMA 1NSBA 3RS6A 1J1TA 4MWRA 2XG3A 4HZZA 4Y1YA 4XHBA 4GDIA 4HZVA 5AVAA 1GZ9A 2XZKA 1W6NA 3UK9A 5HUGA 4R9AA 2P3IA 2FMDA 4CPOA 1Z4XA 3A0NA 3SH4A 4B7MA 1SLIA 1PZ9A 3WDWA 1IVFA 1QGLA 1SBEA 3BOPA 4YW3A 3B01A 4FQZA 3TI6A 4R9CA 3SANA 1O4YA 3AJZA 2VWDA 2OVUA 1G9DA 1JBCA 3WVJA 4IQPA 4P9WA 2VXRA 3POWA 4FQ4A 4XBQA 1CJPA 2C5DA 3AYDA 3JUUA 4UW3A 1LTEA 1QDOA 4AGRA 2SILA 1N1VA 1C4RA 3BIWE 5HUKA 4YG0A 4XXAA 3WCSA 1LENA 3WDTA 5T5OA 1FYUA 4K1KA 3V0BB 4HZYA 3ALWA 1C1FA 3HN1A 2NMNA 3NN9A 5HCAA 4MC7A 1AVBA 1NNCA 4MJVA 1DQ0A 2AENA 1D2SA 2D6KA 4DQAA 3TAYA 3ZSMA 4ZKTB 2AUYA 5GM0A 1A4GA 4UF7A 5IK5A 2F24A 1AXZA 3HR9A 4Y1VA 5DUWA 4L8QA 1N47A 2GDFA 4DRRA 2ZMNA 2DVFA 4MX0A 4NC5A 1SBDA 4LBMA 4QN3A 4K20A 5KXDA 2BZDA 1LEDA 5T5PA 2QWEA 3AX4A 2ZHMA 3RMXA 1SLTA 2A3XA 2UU8A 2GALA 3WZ1A 1W0OA 5F9TA 2ZGSA 3UL2A 3ZXJA 4H52A 5JOZA 4M3CF 1D0HA 1QNYA 4QN7A 2OUJA 1VAVA 2VK5A 1LGCA 2QWJA 1F31A 4Q1PA 1ONAA 2HTWA 4YGCA 1APNA 5JVVA 3M1HA 4XJWA 2WT2A 1GV9A 4WA3A 1INFA 1BJIA 4SLIA 5DUXA 2F27A 1NCCN 1PZ7A 4GZQA 2JKBA 2HT7A 2ZB5A 3WDXA 1IVDA 3M3CA 5T54A 2E7QA 1S0FA 1W6NB 1L7FA 4X4AA 3IKWA 3POSA 3FLRA 2PHXA 3V0AB 2RHPA 1AX1A 3H0OA 1DBNA 3D11A 5B2DA 3KM5A 2YA7A 4KS4A 2X9MA 1UMZA 4RA0A 1UL9A 3OBTA 2R1BA 1GZWB 4AVTA 4LBKA 4B7QA 5GZEA 4K3YA 1Z4VA 3T1LA 4DRVA 1N1YA 1Q8VA 2D3PA 2YDPA 5H9SA 4GWMA 2SBAA 2CMLA 1H30A 4XYXA 2A70A 5DUUA 5T5LA 4YM1A 1F8EA 1N1SA 4Y22B 2W52A 3C2UA 4PCRA 1Q8OA 1AX0A 1W6PA 1GLHA 4YGDA 1NMBN 4GALA 2ZGKA 3R05A 2QWBA 1C57A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4IEWA 3I1CA 5DAPA 1HW5A 3O0XA 4Y5SA 4AEJA 5KC5A 2VMCA 3EB7A 4ASMB 3BGAA 4NHYA 3UETA 2UY9A 3AYEA 3K38A 4YWAA 1LKNA 3PNAA 3IT8A 4FVKA 4M3CB 4DXZA 4LUKA 1UZZA 2R041 4BIFA 2B45X 2DCYA 2HWD3 5GZGA 5A3OA 3VGIA 2GSYA 3ZKYA 1YLLA 1HKDA 3AP5A 4CCLA 1ODNA 2A6ZA 4QX5A 4BH9A 2RG4A 3LEIA 2C1FA 5JI7A 2VNVA 3HQXA 4D3WA 4ZZ8A 2A1XA 2ILMA 5CFDB 1Q7FA 2OW4A 5JR2A 1Z78A 1MS1A 2Y8KA 3HNBM 3ME2A 1I5ZA 2YGLA 3CZUA 4BQXA 1S2BA 1ZYBA 4Q1UA 1X7NA 3GF6A 3SOVA 3UESA 4BMBA 4DXTA 3O1VA 1TZOA 4HL0A 1NA1B 1W2AX 4Q0PA 3B94A 1COV1 2BFUS 2HKXA 3SKVA 3T2PA 4BJ0A 3FVZA 1H2KA 4IEUA 2GHSA 2PAMA 4PHZA 1ZX5A 4O61A 4OMCA 4UI9L 3WLUA 5EZWA 2EXIA 3GYDA 1H8TA 2ARAA 4BQ3A 5LK5A 1H8TC 3LB9A 2ZB5A 3WW1A 2ZX0A 2OPWA 2Y6FA 2BGOA 4QD2A 4TYSA 1LRHA 1O8SA 3GNEA 5A7QA 4EN7B 5C3RA 5I8TA 2W38A 4AFBA 3O5SA 2QVSB 3K75B 4QPIA 1PO22 4XJQA 4QPIC 4WZFA 1DYKA 2A6WA 2HWF1 2R062 1YIPA 5FLIA 4A3ZA 3BI3A 2CGPA 1YQ5A 1UYZA 1W8OA 3D4KA 4L7CA 4FP2A 3O0WA 4UF0A 1XOGA 2DTYA 1QQP2 1RUC2 4XMIA 2RDNA 2XHNA 4Q4X2 3SKJE 4FFHA 3ETPA 5A1AA 3SITA 2XVKA 4LKFA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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