4YZ5A

Crystal structure of streptococcus pneumoniae nanc, in complex with 3-sialyllactose
Total Genus 194
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
194
sequence length
657
structure length
656
Chain Sequence
TPVLEKNNVTLTGGGENVTKELKDKFTSGDFTVVIKYNQSSEKGLQALFGISNSKPGQQNSYVDVFLRDNGELGMEARDTSSNKNNLVSRPASVWGKYKQEAVTNTVAVVADSVKKTYSLYANGTKVVEKKVDNFLNIKDIKGIDYYMLGGVKRAGKTAFGFNGTLENIKFFNSALDEETVKKMTTNAVTGHLIYTANDTTGSNYFRIPVLYTFSNGRVFSSIDARYGGTHDFLNKINIATSYSDDNGKTWTKPKLTLAFDDFAPVPLEWPREVGGRDLQISGGATYIDSVIVEKKNKQVLMFADVMPAGVSFREATRKDSGYKQIDGNYYLKLRKQGDTDYNYTIRENGTVYDDRTNRPTEFSVDKNFGIKQNGNYLTVEQYSVSFENKKTEYRNGTKVHMNIFYKDALFKVVPTNYIAYISSNDHGESWSAPTLLPPIMGLNRNAPYLGPGRGIIESSTGRILIPSYTGKESAFIYSDDNGASWKVKVVPLPSSWSAEAQFVELSPGVIQAYMRTNNGKIAYLTSKDAGTTWSAPEYLKFVSNPSYGTQLSIINYSQLIDGKKAVILSTPNSTNGRKHGQIWIGLINDDNTIDWRYHHDVDYSNYGYSYSTLTELPNHEIGLMFEKFDSWSRNELHMKNVVPYITFKIEDLKKN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Streptococcus pneumoniae NanC: STRUCTURAL INSIGHTS INTO THE SPECIFICITY AND MECHANISM OF A SIALIDASE THAT PRODUCES A SIALIDASE INHIBITOR.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Putative neuraminidase
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae
total genus 194
structure length 656
sequence length 657
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2015-03-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4yz5A03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4yz5A01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4yz5A02
4YLZA 3MW3A 1G9DA 4LBQD 2Q5TA 3N7LA 3B9CA 4K1HA 2E51A 3WDTA 3JU9A 4QN6A 2P2KA 3M3EA 4K20A 4HANA 2A6ZA 2W20A 1W1XA 4XTPA 4MWYA 2ZA9A 1LU2A 3ZXKA 1JN2P 1W6MB 5B2DA 5IUQA 2DVDA 2ZBJA 2OUJA 1H30A 3ZSKA 2ZGMA 1ZA4A 3INAA 3AXEA 2F29A 3W09A 4XIOA 4LBKA 2DYCA 3O0XA 2ZHLA 4ASMB 4U36A 3VKFC 3IPVA 1FNYA 3USUB 3OBTA 1V0ZA 2ZZJA 3AYDA 4RA0A 2YDTA 4GALA 2D6NA 4YW2A 4Q1RA 5IK8A 1V6OA 1O4YA 4ZKTB 3ENRA 3WG4A 3K38A 4WV8A 5JOZA 1N3PA 4QN7A 2QWCA 4ISQA 5DXDA 1F8EA 1GSLA 1V0FA 1LU1A 3QCWA 1APNA 2CNAA 1J1TA 5DZFA 2JJ6A 5CNAA 4Y1XA 4AGVA 3O9JA 2DVAA 1V6LA 4FZHA 1IVBA 1MS4A 3FUQA 2V73A 2WLQA 3WHUA 1USXA 1S0FA 1F8BA 2DUOA 5CA6A 1N1VA 3WDUA 1AXZA 4LBMA 1IVFA 4FPCA 4KS2A 4DGRA 1QKQA 1V3DA 2VW2A 1NCDN 4BOWA 2RKCA 2PHXA 1ENRA 2HTRA 3SH5A 3TICA 5GLZA 5H9QA 1QU0A 1IVDA 3TI6A 2QWBA 2SILA 1PZ9A 1Q56A 4H52A 1Z78A 3WZ1A 2JECA 1B09A 2AUYA 4AVVA 4KS4A 4DRRA 4FPJA 3B00A 2DVFA 2I2SA 3ATGA 2R1BA 4GZSA 1W21A 3QLQA 1W6OB 1SLLA 1SLIA 1SFYA 2GMMA 3MW4A 2WNEA 1GANA 3TI8A 2ZGPA 4QN4A 1NNAA 1YI7A 1DIMA 3NV3A 4XJQA 3ZXLA 1S0GA 1C57A 4GZOA 1CN1A 4J9TA 4FP3A 2ZGSA 1GZ9A 5IK4A 2P37A 3T1MA 4FOQA 5HCAA 3WLUA 4Y20A 2VXRA 2W52A 4DS0A 3M2MA 2NMOA 1YIFA 4YW4A 1C1FA 3NSSA 1NMCA 1W8OA 4MX0A 3TIBA 4K1IA 4RL7A 5M1ZA 1VIWB 1S0JA 4Y1VA 3CL0A 1MVEA 3FLTA 4M3CF 4GKYA 4YZ4A 1S0DA 3SITA 3CKZA 1MZ6A 4FOYA 2WSVA 4M3CB 4Q6KA 2D6LX 3HR9A 1DFQA 5GZEA 1TEIA 3RMXA 2C9AA 2ZGQA 1MR5A 4YGBA 4XXPA 4YM0A 4NN9A 3PJQA 3AP7A 5KXBA 3VKLA 1AX2A 3WUCA 4Y1YA 4CPOA 1R1ZA 5JVVA 3LCPA 4FOVA 1OQ1A 4ZXKA 1SLAA 1EURA 1G7YA 2VW1A 2SLIA 3FFZA 2ZABA 3POWA 2W68A 2HT7A 2JKBA 2EXHA 5HCBA 2SIMA 5B2CA 4GZXA 2W5OA 1ONAA 3IPVB 4FVVA 2R16A 1DGLA 4FPYA 3ALWA 4XJRA 1LJ7A 1I1EA 3KM5A 2PHWA 4NCSA 5T5LA 1L7GA 2VU9A 3BODA 2YMZA 4M4UA 4Q8LA 4R9CA 3A71A 2PELA 3GALA 2YA5A 3FUOA 5HX0A 4YM2A 5T54A 1LHWA 2DVBA 2WSUA 3Q9OA 1LOFA 1OFSA 4FPOB 4F83A 1WLDA 5H9SA 1E8TA 1AJOA 4Y26A 4SLIA 1FAYA 1CQ9A 5T50A 5NN9A 4LBJA 1DYPA 2R0FA 2F11A 2VVZA 3AJZA 1INFA 3W58A 3VKNA 4FPGA 3O9KA 4M3CE 3B3QE 1LGNA 1YXWA 2A6YA 1N47A 1Q8PA 3VV1A 3T1EA 4JC1A 1LULA 1KDKA 3PVOA 4XBQA 2UWAA 4MWRA 2YROA 1WLCA 4JRAA 1PZ7A 1SO7A 4WVVA 4XHBA 1BQPA 2WT0A 1BXHA 1BYHA 3ZSJA 1N1YA 3RS6A 1IVEA 1V6MA 1EUUA 4WA5A 5HUNA 1NNCA 2R49A 4K1ZA 1Q8QA 1KJLA 4CRQA 5GZDA 3ZSLA 2UWCA 3OPZA 3B69A 5KXCA 1W6QA 1WBFA 3PVNA 2A71A 1AVBA 2DVGA 4R9BA 3ZYRA 3K39A 4IQPA 4PBPA 1NCCN 2VY0A 4WA3A 4Y20B 2D6PA 2GMEA 3K37A 4YGEA 2QWDA 3KQRA 5JMCA 2VK5A 5GLTA 3N3HA 2ZGLA 2VK6A 1MZ5A 1SLCA 1E8VA 5BYNA 3N36A 2ZGOA 1WW4A 5T55A 4BLJA 2HT5A 3ZYPA 4PBOA 4B7NA 1XOEA 7NN9A 1F8CA 1SCRA 1IS3A 2YA7A 3ZSMA 2LTNA 4YW3A 2WT1A 2Z42A 2HTVA 4XOGA 4QN3A 3N7MA 4HZYA 2YDPA 1DQ0A 1S0IA 4ATEA 3M3OA 1GZCA 1CPMA 1A78A 4GZQA 3TI5A 3A0KA 4WVWA 1DHKB 2DV9A 2ARBA 4XDQA 3OYWA 1SLBA 2D6OX 1DQ4A 2YXSA 4UW3A 1Q8SA 2FMDA 2YY1A 2W38A 2PHUA 4WZFA 2GNMA 3T1LA 1FV2A 3ALXA 5GLUA 2AR6A 1SCSA 1S0EA 1EUSA 1O4ZA 2CY6A 2W5NA 1QDOA 2P3IA 3SLIA 2PHRA 3AP4A 3TIAA 3NWKA 3U4XA 2D43A 2JE9A 2EXJA 1F31A 4W65A 4U2AA 1CJPA 4K21A 4AWDA 3PVEA 1DYKA 1DZQA 3WHTA 4XJ8A 1WW5A 1DQ6A 3BEQA 5L73A 3VKOA 2D6MA 3PMEA 1SBDA 1B9VA 4K1KA 2ERFA 4GEZA 3GNEA 4TYSA 3SANA 3M1HA 3OY8A 4BM8A 3DGTA 2LALA 5DUVA 2CL2A 2ZMLA 2H0BA 1A4QA 1UZZA 3AZZA 4C1WA 4Y24A 1LCLA 4PF5A 2ZHKA 4FPEA 1SBEA 2HU4A 1BZWA 4BPZA 1YYNA 2A6VA 2GNTA 2F25A 1U0AA 3WDWA 1G9CA 3FLRA 4MWLA 3AXDA 3A4UA 1HDKA 3NV4A 1INXA 1NSDA 1VCUA 1D2SA 5H9PA 4FVKA 3ZPYA 5IK7A 4K1JA 2ZGKA 5JOYA 1OKQA 1GYKA 4LBQA 1ULGA 4H55A 1W6QB 4DPNA 1RIRA 5HUMA 3OGGA 2AREA 1A3KA 4XZPA 3SNMA 4M4VA 1I3HA 4UW4A 2AYHA 3N7JA 2ZGRA 1LOEA 2RHPA 1G9AA 1QOTA 3AZVA 4CPMA 3V0AA 1URXA 2GMPA 1S0BA 1E8UA 2ZACA 1SLTA 4MWWA 1CPNA 4UW5A 3IN9A 1W20A 4YM3A 1V00A 4NO4A 4CPZA 2F10A 1GV9A 3ASIA 5IK5A 2R0HA 3HMYA 1LOAA 5DG2A 4XJAA 5GALA 3APBA 4XXAA 4GWNA 5DUWA 1WLWA 1AX0A 3SALA 4B7RA 2XB6C 1JBCA 1MS5A 2ZB5A 2VWDA 2A6WA 2VW0A 4AVSA 4I00A 2ZKNA 1MACA 1LGBA 3OYWB 5DZEA 1Q8OA 3GVKA 1UMZA 4Q27A 3T2TA 1XOGA 1LODA 1KRIA 3I4IA 3RMYA 2VSMA 2OUHA 2A3XA 4GXLA 2D6KA 4CZSA 2QWJA 4GKXA 5HUGA 1INHA 5E88A 1LTEA 3D12A 4XE9A 4BMBA 4BMEA 4JF7A 1C1LA 5T5PA 4TZDA 3AZXA 1Z4VA 2X9MA 4C1XA 2NN8A 3AZYA 1NXD1 3AP5A 2NP0A 3O0VA 5EYYA 3N7KA 4YFZA 4LBNA 1DQ5A 4HL0A 2A70A 1V2IA 1LHOA 3WNXA 2QWFA 4YW1A 2AGSA 3CL2A 1AXKA 4AGGA 5JDBA 3AYAA 3OY8B 4MWQA 2CYFA 1VAVA 2EXKA 3WCRA 3AP9A 1CIWA 1JXNA 1RITA 2P3JA 3ZXEA 5GLWA 1NMAN 2TEPA 3SISA 1MS3A 1CESA 2YA8A 1LHNA 4DQAA 2AEQA 2E53A 1BJIA 4FPKA 4X4AA 3WG3A 2CTVA 1SNTA 2A3WA 1MWEA 2KM2A 1W6PA 1C4RA 4PQ9A 4MWJA 2XZKA 4GWMA 2ZGTA 2G4IA 2VUAA 2GDFA 1Z4WA 3IMNA 4L8QA 4XTMA 2AENA 5EYXA 2D3SA 5GLVA 3SH4A 4MWUA 1UX6A 3OJBA 4YZ2A 3K36A 4FQZA 5KXDA 2UWBA 4ISRA 2E7QA 5CAZA 5DG1A 2CWMA 4LBQB 2HYKA 4M01A 4AVTA 2HTYA 2XZIA 1QGLA 1N1TA 3SILA 1F5FA 2E6VA 1AXYA 1UZYA 2ZHNA 2ZB6A 5JOWA 1UN1A 1JHNA 1UKGA 1HQWA 1A4GA 3MPPG 3TI4A 1JOJA 4LBOA 4GZTA 4GDJA 3O5SA 3V0AB 2ZGUA 3FBYA 1LENA 2D44A 1G8WA 5LK5A 4MWXA 5GM0A 3R4UA 4ATFA 3A72A 1ULDA 2NZ9A 1FYUA 2EF6A 1V6NA 2JDZA 4QNPA 1VAMA 3WG1A 4D69A 1BKZA 4HZWA 5EXOA 3POYA 4YG6A 4LBLA 3WV6A 4HZZA 1GZWA 1MS0A 4XJUA 3LSEA 2ZMKA 1V6IA 2XG3A 1IS6A 1WBLA 3WDVA 3HN1A 4YG0A 2HTQA 2C4AA 5DUXA 1A8DA 4NOTA 2NYYA 3TAYA 3D4KA 1A14N 2ENRA 2XCYA 1LESA 4MZEA 2P3KA 1KITA 3O12A 4NC5A 1GNZA 4GZWA 4XBNA 3GVJA 3RG0A 2DU1A 3H73A 3IKWA 4JCKA 1V3EA 2F12A 4GB1A 5E8AA 1F9KA 4FOWA 3CYEA 2BQPA 3GVLA 4KBBA 1GNHA 2JE7A 1FATA 4M00A 1V6KA 2DWRA 2NM1A 3AZWA 2YA6A 1V3CA 1HQLA 2BERA 3MW2A 2C5DA 2EIGA 5GZFA 3D5OA 3UJOA 1DQ1A 4CTEA 3AJYA 3AK0A 2DUPA 3LSDA 3H71A 1NCBN 4Q1PA 1IVGA 2ARXA 1NMBN 3K3AA 1W6PB 1IKQA 2W39A 3NV2A 5F5QA 1EPWA 4YZ5A 4GDIA 5FRAA 4UW6A 1DBNA 3AYCA 2A6XA 4X6KA 5DUUA 2WT2A 4WA4A 1SACA 5GZGA 1NN2A 2XZJA 1Q8VA 1F8DA 3WCSA 4MJVA 1LGCA 2SBAA 5AVAA 3ILFA 1UPSA 5CB7A 4Q8KA 3OBRA 2R1DA 4K3YA 5T5JA 1INVA 2A75A 2B8HA 2UU8A 2EXIA 4MJUA 4XMAA 2P34A 5IT6A 1VCJA 2QWKA 1SBFA 3WUDA 4B7JA 2WQZC 4HZVA 2VH9A 2F26A 1QF3A 5HCFA 1QNWA 2CMLA 2AEPA 1QDCA 2ZAAA 3VUOA 1G9BA 3UK9A 2PHFA 1W8NA 4X47A 2F27A 4P14A 1AZDA 1WUVA 4HIZA 3WVJA 5FREA 2DUQA 4GJTA 4YZ1A 1W6NA 1NSBA 4WEFA 1DQ2A 4XJWA 4MZAA 1N3QA 2ES3A 3IM0A 3CNAA 4FQ4A 1JYIA 1GZWB 2D3PA 1B9TA 1NCAN 3ILNA 2VK7A 4KS3A 2B7YA 2YA4A 2QWHA 1CONA 3AP6A 4WEGA 1JW6A 1AF9A 4XIKA 2EAKA 3V64A 2A7AA 3WDYA 4MC7A 3B01A 3L2YA 3B7EA 4B7MA 4CPYA 4Q26A 5KXEA 3V0BA 1Z4YA 1V0EA 4FPHA 3V65A 1B9SA 1KQRA 5CBLA 1Z0HA 1DIWA 1AJKA 3NV1A 3AYEA 1IKPA 1FV3A 4R9AA 3D11A 3DUIA 4DRVA 3JUUA 4R9DA 3RRDA 3I8TA 1RINA 4CPLA 1GICA 4XHXA 3SH3A 3H6JA 5DZGA 1KJRA 1W0PA 3MEPA 1WCSA 4HZXA 1WW7A 3WOGA 2F24A 2QWEA 4D8SA 1WCQA 1LOGA 2E7TA 4BQ1A 2GNBA 4MYEA 5GJ6A 3W59A 2QWAA 3NN9A 1ENQA 3TI3A 1GBGA 4FP2A 1YRZA 1NLSA 1LOCA 4Y22A 1QMJA 4X49A 1ULEA 1GKBA 1S0CA 2JD4A 3WDXA 1WD3A 1INWA 4Y1ZA 5T5OA 2HTUA 1CR7A 1DLLA 1LEMA 2BF6A 3RSJA 2BATA 4GZPA 1HLCA 3A0NA 3FLPA 1EUTA 3R05A 1H9PA 2BZDA 1AX1A 4YFWA 3AX4A 4XBLA 3R4SA 1QOSA 3M3CA 4B7QA 1MS1A 3UL2A 1MVQA 2GNDA 4YM1A 2F28A 1W6MA 3INBA 2DURA 2FHRA 3JU4A 1Y7BA 1NNBA 1JUIA 5E89A 3ILRA 2ZGNA 5HUKA 2HT8A 1MS8A 2GALA 4BLIA 3USUA 1N3OA 1QNYA 2HTWA 4YZ3A 1CVNA 3VKMA 2OW4A 1Z4ZA 1D0HA 1INYA 2F0ZA 4FPLA 2EALA 5T52A 1H9WA 3AFKA 5H9RA 1V3BA 5JYYA 1ZM1A 4K1YA 1V6JA 1LHUA 1G9FA 1W6NB 1HKDA 1MS9A 4AGRA 4Q2FA 1FX5A 2WKKA 4GA9A 3H0OA 4YW5A 1XQNA 1WW6A 2C4LA 1S1AA 2GN7A 1QOOA 1NSCA 2OVUA 3BIWE 2ZMNA 3O0WA 4H53A 3WG2A 1LHVA 4XJ9A 1BJQA 3C2UA 3POSA 1Z50A 2W08A 4FPFA 1INGA 1ULCA 1LECA 1N1SA 4CPNA 1W0OA 2V5YA 1X50A 2D3RA 4Y1UA 1VALA 4YGDA 2DU0A 1KDMA 2HU0A 1IS5A 3BOPA 3M3QA 4BBWA 2A5ZA 2PHTA 2YZ4A 1G86A 1UL9A 1LOFC 1UAIA 5GZCA 3V0BB 1FNZA 2WJSA 4FJ6A 2AH2A 4MWVA 3ZXJA 4ITCA 2DTWA 3ZVXA 1GLHA 1L7FA 2NMNA 1W6OA 2D7FA 4KS5A 2VSKA 1IOAA 2A3YA 3UJQA 1IVCA 1VLNA 1PZ8A 5JLVA 3BTAA 1IS4A 4KS1A 2YV8A 3H72A 5EWSA 3TB0A 5JOXA 1Z4XA 4P9XA 4OZXA 4YGCA 4XJZA 4M3MA 1LEDA 4I30A 1USRA 2DTYA 1DILA 4P9WA 4Z8BA 1L7HA 4UF7A 1WD4A 3N35A 3RQ0A 1ENSA 5SV8A 2CWSA 4M4NA 4XMIA 4PCRA 3D6EA 2QWIA 3ZXFA 5F9TA 4Y22B 4QN5A 4M3CA 4DFSA 1ULFA 4P9YA 2GN3A 2F13A 4XYXA 4AYUA 1LOBA 1YO8A 4XILA 1JYCA 2QWGA 4YG3A 2ZHMA 2UURA 6NN9A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2BOJA 4GJZA 4YLZA 2ZJCA 3MW3A 3T08A 1G9DA 1NZCA 3KCCA 5G04L 5HV0A 4JZRA 3Q6TA 4LBQD 1FMD2 1R091 3J8F1 1STMA 2Q5TA 3PJYA 2R062 5C71A 1RXFA 2JKXA 3N7LA 3B9CA 4I01A 4XDOA 4UBGA 5APAA 2IFWA 1NE6A 4JKKA 4K1HA 1RUE1 3MIFA 2FZ1A 4KMQA 1ASJ1 4CDUC 5F8PA 2E51A 3WDTA 3JU9A 4QN6A 1SQ4A 2XHKA 2P2KA 4D7TA 5LATA 2OS2A 3DYOA 1Q3EA 3WQBA 5LWBA 3M3EA 2XDVA 4N53A 3I7DA 2BNMA 3CF6E 4K20A 4HANA 4IEWA 2A6ZA 4LT5A 2W20A 1OD5A 1Y9MA 4QU2A 3W9AA 5CGJA 2VC9A 5IVVA 3GCWA 1W1XA 1X36A 1R1A2 5A80A 4XTPA 3J9SA 3LB9A 4CEWA 5A6YA 4MWYA 4HPKA 3LI3A 2K2SA 1VBC3 4QX7A 1IUCA 4PI2A 1XXNA 1NCQB 4BQ5A 3N9LA 4IQKA 3DPRB 2ZA9A 3H1YA 1LU2A 3ZXKA 1JN2P 1REFA 2IXLA 3L2HA 1JZ3A 1W6MB 1UZ0A 1GOFA 2VZUA 4LHSA 5IUQA 4FCAA 4KU7A 4OZOA 2DVDA 4ASLA 1QBIA 3K51A 3K3OA 2ZBJA 2OUJA 1H30A 3ZSKA 2ZGMA 1ZBE1 1ZA4A 1B35B 3INAA 4QPIA 2WYFA 3OUJA 3AXEA 4G3YC 4HN0A 1PGW2 4Y33A 2XL7A 2XLGA 2QQVA 2F29A 4XIOA 4JGYB 3W09A 3AMHA 3FJSA 4IEUA 4LBKA 5GTQA 2DYCA 3O0XA 3HPNA 4HBNA 3VD3A 3PL0A 2ZHLA 3MV01 3ZM8A 2BOIA 3CJIC 4U36A 4ASMB 2LROA 1JYTA 3VKFC 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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