4YZ5A

Crystal structure of streptococcus pneumoniae nanc, in complex with 3-sialyllactose
Total Genus 194

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
194
sequence length
657
structure length
656
Chain Sequence
TPVLEKNNVTLTGGGENVTKELKDKFTSGDFTVVIKYNQSSEKGLQALFGISNSKPGQQNSYVDVFLRDNGELGMEARDTSSNKNNLVSRPASVWGKYKQEAVTNTVAVVADSVKKTYSLYANGTKVVEKKVDNFLNIKDIKGIDYYMLGGVKRAGKTAFGFNGTLENIKFFNSALDEETVKKMTTNAVTGHLIYTANDTTGSNYFRIPVLYTFSNGRVFSSIDARYGGTHDFLNKINIATSYSDDNGKTWTKPKLTLAFDDFAPVPLEWPREVGGRDLQISGGATYIDSVIVEKKNKQVLMFADVMPAGVSFREATRKDSGYKQIDGNYYLKLRKQGDTDYNYTIRENGTVYDDRTNRPTEFSVDKNFGIKQNGNYLTVEQYSVSFENKKTEYRNGTKVHMNIFYKDALFKVVPTNYIAYISSNDHGESWSAPTLLPPIMGLNRNAPYLGPGRGIIESSTGRILIPSYTGKESAFIYSDDNGASWKVKVVPLPSSWSAEAQFVELSPGVIQAYMRTNNGKIAYLTSKDAGTTWSAPEYLKFVSNPSYGTQLSIINYSQLIDGKKAVILSTPNSTNGRKHGQIWIGLINDDNTIDWRYHHDVDYSNYGYSYSTLTELPNHEIGLMFEKFDSWSRNELHMKNVVPYITFKIEDLKKN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae
publication title Streptococcus pneumoniae NanC: STRUCTURAL INSIGHTS INTO THE SPECIFICITY AND MECHANISM OF A SIALIDASE THAT PRODUCES A SIALIDASE INHIBITOR.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Putative neuraminidase
total genus 194
structure length 656
sequence length 657
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2015-03-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4yz5A03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4yz5A01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4yz5A02
2NMOA 4XJUA 3AXDA 1BQPA 2D3SA 4CPOA 3AZVA 1URXA 2HTYA 1LOCA 4R9BA 2CWSA 3N36A 3ILRA 1A4QA 4MC7A 1ULFA 3ZXKA 1A14N 4DPNA 1LCLA 2D3RA 5T52A 3RSJA 3WCRA 4MWVA 1N1YA 2RHPA 4XE9A 4XBQA 4X6KA 4M01A 1CQ9A 4Z8BA 2F25A 1SBFA 1AJKA 2D44A 2R16A 4QN7A 2PELA 3ZSJA 4UF7A 4M3CA 5GLTA 3NV4A 4BM8A 2DYCA 2PHTA 4LBKA 1N1SA 3PVNA 5JDBA 1W6NB 4M00A 5EWSA 1DQ5A 2DVAA 3AP9A 5HCAA 3MW4A 2ZMLA 3WDVA 1G9DA 4YGDA 3VV1A 1MS8A 4XIKA 1ULEA 1XOGA 3Q9OA 4B7NA 3GALA 1IKQA 2HTUA 1HDKA 2OUJA 1NCAN 2D6NA 2QWKA 1WW4A 5JOXA 1I3HA 2ZBJA 4Q26A 1IKPA 1NSBA 1GZWA 3ALWA 5JOYA 3K39A 2ZABA 3I8TA 3ZXJA 3CL2A 2PHXA 2BERA 2QWFA 1WLCA 3WG3A 2YXSA 5L73A 3IM0A 4LBJA 2F0ZA 1EUSA 4HL0A 3ZPYA 1QU0A 2ZA9A 4FPOB 4AWDA 2D6LX 1Q8VA 3M3CA 1QGLA 4CPYA 4FPGA 2QWGA 4CTEA 1A78A 2YDPA 3OYWB 4AVSA 1IS4A 2YZ4A 1IS3A 2D3PA 1UKGA 4AGRA 2W52A 2A7AA 3TI3A 5EXOA 2EF6A 3ZXFA 5GZFA 4FOWA 3NSSA 4YW5A 2XZIA 4YGCA 2P37A 4B7JA 1DYKA 2DVGA 4JF7A 4Y20B 3GVLA 2A3WA 1V0ZA 3K37A 2ZGTA 2XZJA 1KDMA 2HT8A 1O4ZA 1SNTA 3N7LA 1PZ9A 3T2TA 2HU4A 1V3CA 3H72A 3SALA 1LHOA 4MWJA 4R9AA 2QWEA 3BOPA 1F8EA 5LK5A 2UWBA 2ZGKA 2NZ9A 2DU0A 4WVWA 5FRAA 4Y1UA 3NN9A 1UMZA 2QWJA 4MWUA 4WA3A 1ULGA 3V0BB 1NNBA 1B09A 1BZWA 3OY8B 1WUVA 2ES3A 2UWAA 2OVUA 4AVVA 4DGRA 2WT2A 3ZYRA 3AYCA 3JUUA 1IVDA 3WNXA 2ZHNA 4JC1A 3FUQA 1PZ8A 2ZGQA 2GN7A 4YM2A 5GJ6A 3PJQA 2VW0A 2SBAA 1NCDN 4NC5A 1XQNA 3IKWA 4Y1XA 4FQ4A 3MEPA 4Q27A 2F10A 4CPZA 5GLVA 1LULA 3IPVA 4MWRA 1U0AA 1MS3A 3TI6A 1DQ0A 3AJZA 1LU1A 2YA7A 2ZAAA 3HMYA 3AP4A 2E53A 4GZQA 4XIOA 4M3CE 4GWMA 1SFYA 1F9KA 1V0EA 2WQZC 1DGLA 3POWA 1BYHA 1HKDA 2GN3A 3IMNA 3B01A 3UJOA 3RQ0A 3ZSLA 2AEQA 1CESA 2CTVA 3WUDA 4QN4A 5IT6A 1D2SA 3N7MA 2JECA 2HU0A 1I1EA 1GLHA 4Q1RA 5CA6A 1E8UA 2AENA 2UURA 2JE7A 4XXAA 1SLIA 1L7HA 4KBBA 1A3KA 3D4KA 3AYEA 1SLTA 3O9JA 2UWCA 4GZTA 1G9CA 1Q8PA 5DUUA 1UN1A 4K1JA 3WHUA 5GLWA 4FPHA 4Y24A 2F28A 1B9SA 2AR6A 2CL2A 5KXBA 2GNBA 1F31A 1FV3A 4C1WA 3V65A 4MWQA 1FNZA 1W6NA 3D12A 3AZYA 3TI8A 1RIRA 4NO4A 3R05A 1YRZA 2A6ZA 1AXKA 2JJ6A 3WDYA 4M4NA 4F83A 2F24A 5EYYA 3SH5A 4BLIA 1AX2A 2JDZA 1LOFA 2WSVA 1NCCN 3INAA 3OBTA 3W58A 1KQRA 3H6JA 4K1HA 4CPMA 1QOOA 2EXKA 1INYA 4YZ5A 4XYXA 3K36A 4BLJA 1DFQA 1QDOA 2F13A 1DQ4A 2W38A 4Y26A 1ULCA 4MWLA 4XOGA 1CIWA 1YIFA 3MW3A 4LBOA 1MS9A 4XJZA 1E8VA 1GICA 1V2IA 1S1AA 3AK0A 3GNEA 1SACA 1SBDA 4GKYA 2EIGA 3N7KA 2GNMA 3MPPG 4CRQA 1QNYA 3JU4A 5JMCA 3SANA 2ENRA 4I00A 1VAVA 1G9FA 3SNMA 2W5OA 1Z4ZA 1IVGA 2SIMA 2E7TA 1MS0A 1QDCA 3WCSA 1AXYA 1S0JA 2CMLA 2EXIA 5E88A 3INBA 1GYKA 1Q8QA 4PBOA 1G8WA 5E8AA 1S0FA 4M3CF 3LSEA 2D6MA 3VKOA 2VW1A 4B7QA 5BYNA 1L7FA 3AYDA 4DFSA 3TI4A 2NM1A 2HT7A 4L8QA 1LECA 1LOFC 5JLVA 1N3OA 4XDQA 4AVTA 1W6QB 3FUOA 3UL2A 1SLAA 3C2UA 1S0GA 2XCYA 3A0NA 1LOEA 3UK9A 4FPEA 4CPNA 3I4IA 1R1ZA 2YROA 2H0BA 3TAYA 4U36A 4QNPA 2AYHA 4XJ9A 1IVCA 4B7RA 4GB1A 1OQ1A 3AZZA 1V6NA 2XZKA 3V0BA 2NYYA 3OY8A 5GZDA 1F8DA 1SCRA 1QMJA 5HX0A 2UU8A 2GMPA 3ILFA 2E51A 4UW5A 1EUTA 4YGBA 1VCJA 4HIZA 2CY6A 1LU2A 2VVZA 5M1ZA 1MZ5A 2WLQA 4MYEA 4XBNA 2QWCA 3UJQA 3RS6A 3WDXA 3V64A 4HANA 2C4AA 1EUUA 1S0IA 4BBWA 2A3XA 4FPFA 2ZACA 3RRDA 4K20A 5H9PA 3A0KA 4BPZA 1LHNA 1Q56A 4M4VA 5KXEA 1USXA 1UL9A 1DZQA 2FMDA 2EXHA 1INGA 1NN2A 2ARXA 1WBLA 1VALA 5T5PA 4FPKA 1QNWA 1WW5A 4MWYA 1V6LA 3WZ1A 3B00A 5CBLA 5CNAA 2R49A 3AP7A 4HZWA 1H9PA 1W20A 1DLLA 3TI5A 3O0WA 1LEMA 4XXPA 4ZXKA 4GDJA 1AF9A 3BODA 5GLZA 4KS2A 1AX1A 4AYUA 3L2YA 1V0FA 5AVAA 3B7EA 4FVKA 4GZPA 1W6MA 1UZYA 4GZSA 5HCFA 4WZFA 4RA0A 4XJRA 3B69A 1MS1A 4FOQA 3U4XA 2R1DA 2OW4A 4MWWA 5CB7A 1GNHA 3BTAA 3CNAA 3USUA 4YG3A 4BMEA 2ZGRA 2VSKA 1IVBA 4ISRA 3SH3A 1CJPA 1AZDA 4FPLA 1N3QA 1VCUA 5DXDA 4XHXA 4Y1VA 5GZEA 4D8SA 2Q5TA 3AP6A 1INWA 4MWXA 3WDWA 1Z50A 2VH9A 3PVOA 1GBGA 4M3CB 2AH2A 4CPLA 3AXEA 1IS6A 7NN9A 4GKXA 1DHKB 4YW1A 1IVFA 3SILA 3D5OA 4YW4A 3VKLA 1LESA 1GNZA 1Q8SA 4XJQA 4XJAA 3ZSMA 1WCQA 2VU9A 3D11A 2WT0A 4Q8KA 1X50A 3NWKA 3SH4A 4YFZA 4ZKTB 2ZGNA 3FFZA 1TEIA 1NMCA 5F5QA 1USRA 3WOGA 2ZGMA 4K1KA 4C1XA 3PVEA 4Y1YA 2GALA 3WLUA 3OPZA 2F27A 1V6MA 2AREA 1BJIA 1QF3A 4XMAA 1GZWB 4MX0A 1FX5A 3R4SA 1WD4A 1HLCA 3H73A 1HQLA 2P3KA 1ONAA 2GNDA 5DG2A 5DUVA 2YV8A 1WW6A 4YM0A 3SISA 1LOAA 2WKKA 1YO8A 2B7YA 2PHWA 4YZ3A 1EPWA 1LHWA 2KM2A 5IK5A 4YG0A 4XILA 4YGEA 1ULDA 3IN9A 5T5LA 1YXWA 4YM3A 4NOTA 5DUXA 5H9QA 5F9TA 1F8CA 1O4YA 4ITCA 1V3DA 3AP5A 3NV3A 2ZMNA 5KXCA 1MVQA 5JVVA 4DS0A 2SILA 4YW2A 1NNAA 2VY0A 1QKQA 1LGBA 2VK7A 4K1IA 1S0EA 4Q1PA 5T55A 3KQRA 4WVVA 2ZMKA 1W8OA 1VLNA 2BZDA 4Q8LA 4LBQD 2VWDA 2W5NA 4YFWA 1FATA 3DUIA 4BOWA 3ZVXA 1HQWA 4K3YA 1Z4XA 3H71A 4FJ6A 2WJSA 1V3BA 4LBNA 2W20A 1MS4A 1VIWB 4NCSA 2QWAA 1AX0A 5EYXA 4GEZA 1SLLA 2AGSA 2R0FA 2YA5A 2F12A 2A71A 1ENSA 4Y1ZA 1KJRA 1JW6A 4P9YA 3AYAA 1W0OA 1Z0HA 4WA5A 4XTMA 1IS5A 2D43A 1GANA 1WD3A 3WDTA 1V3EA 1W0PA 4UW6A 4H52A 3ZXLA 2VUAA 1DQ2A 3N35A 2ARBA 1MWEA 2LTNA 1GZ9A 1IVEA 2ZZJA 3HR9A 1GSLA 5FREA 2HTVA 4P9XA 1OFSA 1N1TA 2A75A 4PCRA 1NMAN 2A6VA 3M1HA 2CNAA 3RG0A 3ILNA 4KS5A 2QWBA 1YYNA 1LTEA 1AVBA 3WHTA 2ZHMA 4GDIA 5JOWA 2JD4A 3DGTA 3VKMA 2E6VA 4ATFA 4P9WA 3AFKA 3OGGA 5KXDA 2BATA 2YA6A 3IPVB 2G4IA 1SLCA 2A6YA 2P3IA 3OYWA 2CWMA 2AEPA 5E89A 1SO7A 3NV2A 1EURA 1G86A 2DVBA 4FVVA 4HZZA 3OJBA 1KRIA 1NLSA 1S0BA 4KS1A 2D6KA 1CONA 1MS5A 2WSUA 2C4LA 2GMMA 2R1BA 3B9CA 1Z4VA 2AUYA 3O9KA 2V73A 5DUWA 4Y22B 4Y20A 1GV9A 3W59A 3WV6A 2A70A 4FP2A 1NMBN 4K21A 4QN6A 1FYUA 1Z78A 1IOAA 1KDKA 4HZYA 3WG2A 5DZGA 1D0HA 1JHNA 1UAIA 3PMEA 5DG1A 4YW3A 3ATGA 1WCSA 4XHBA 4YZ4A 2P34A 3CKZA 3POSA 3AZWA 2EALA 2JKBA 2R0HA 4XZPA 2A6WA 2F29A 2QWHA 4I30A 3RMXA 1NNCA 1A4GA 1MVEA 1LOBA 2DTYA 1NXD1 1W6PB 2W08A 2EAKA 2B8HA 2HT5A 3RMYA 5GZCA 2DUOA 1N47A 2A6XA 2A3YA 1LOGA 4GALA 3TIBA 2LALA 1Q8OA 3OBRA 5HUKA 3WDUA 1FAYA 4YZ1A 4ATEA 4GZWA 1OKQA 4XJWA 3AJYA 1DILA 2HTRA 1INVA 1KITA 1N1VA 2JE9A 3WUCA 4XTPA 1ENRA 4XJ8A 1MR5A 3CL0A 4WA4A 3POYA 4GZXA 4IQPA 1MZ6A 4FZHA 4QN5A 3V0AB 1WLWA 2XB6C 1JYIA 3ZXEA 1V6IA 6NN9A 4GZOA 4U2AA 1W6OB 3KM5A 2DU1A 1MACA 4WEFA 2DUQA 1H30A 2P2KA 3ASIA 4LBQB 2HTQA 1RINA 4UW3A 2YDTA 1NSCA 4M3MA 1DIMA 3B3QE 4TZDA 2XG3A 2C9AA 3O12A 1C57A 4ASMB 2WT1A 1ZM1A 3APBA 3GVJA 1JXNA 4HZXA 2RKCA 3TICA 3D6EA 1QOSA 1FNYA 1NSDA 4HZVA 3M3OA 3T1LA 1JN2P 2VW2A 3M2MA 1CN1A 3BEQA 2VK6A 4PF5A 3A71A 1JOJA 3K3AA 3T1MA 1LHUA 2DTWA 1LHVA 4XBLA 3ZYPA 1JYCA 1FV2A 2BF6A 3BIWE 2V5YA 1CVNA 2ZB6A 2DUPA 5SV8A 1INHA 1SCSA 5JOZA 4FPYA 3TB0A 5HUMA 1VAMA 2ZGSA 4FOYA 1C1LA 5NN9A 3SLIA 1G9AA 5T54A 5B2DA 3N7JA 1RITA 4JRAA 1ENQA 3HN1A 5HUNA 1LENA 2ZHLA 3FBYA 2GNTA 5T5OA 2QWIA 2PHRA 1V6KA 1ZA4A 2ZGOA 2TEPA 3NV1A 1XOEA 1QOTA 1DIWA 1UX6A 1UPSA 4D69A 4DQAA 2HTWA 2EXJA 2DVDA 3WVJA 4GA9A 5CAZA 2GDFA 1JUIA 3O0XA 2D7FA 4M4UA 2A5ZA 3ZSKA 2HYKA 4FP3A 2OUHA 1B9TA 4X49A 4K1YA 1LGNA 1INXA 1Y7BA 2ZGUA 1LEDA 2NP0A 1YI7A 2VXRA 3GVKA 1N3PA 1GZCA 1SLBA 4MZEA 4X47A 4Q2FA 2ZB5A 1WBFA 1BXHA 3T1EA 1KJLA 2PHUA 4AGVA 2PHFA 1UZZA 4GWNA 1JBCA 4FOVA 2C5DA 3R4UA 2SLIA 4YM1A 4YZ2A 5GALA 3VUOA 3O5SA 5JYYA 1WW7A 1S0DA 4GJTA 3VKNA 2YA8A 2DWRA 5GM0A 1LODA 3A72A 1WLDA 4KS4A 2VK5A 5IUQA 1W8NA 5B2CA 4ISQA 4R9DA 4WV8A 3QLQA 4X4AA 4SLIA 4GXLA 4MJUA 2W68A 3ENRA 1W6MB 2NN8A 4QN3A 4WEGA 4JCKA 3K38A 3AX4A 4RL7A 5IK7A 4J9TA 1GKBA 4Y22A 1CPMA 3LSDA 5GLUA 1L7GA 1Z4YA 1NCBN 2I2SA 4B7MA 5DZFA 3FLRA 1LJ7A 3M3EA 3O0VA 2QWDA 3AZXA 1W6QA 4UW4A 4P14A 3WG1A 3USUB 4AGGA 3WG4A 1V00A 2CYFA 2VSMA 2DURA 4NN9A 2ZGPA 4W65A 2X9MA 4OZXA 1B9VA 1DBNA 2WNEA 1V6JA 4FQZA 2P3JA 4CZSA 1DQ6A 4K1ZA 5HCBA 3MW2A 1AJOA 3QCWA 5IK8A 3LCPA 4LBMA 5IK4A 4BMBA 5GZGA 3VKFC 4KS3A 2DV9A 4XMIA 1W6PA 1E8TA 2D6PA 1A8DA 4H55A 1W21A 4PQ9A 1INFA 4MZAA 1C1FA 1C4RA 5DZEA 2BQPA 4FPCA 1BJQA 1DQ1A 4PBPA 2YA4A 1G7YA 2W39A 5H9SA 1CPNA 3A4UA 1DYPA 1V6OA 5H9RA 2NMNA 1PZ7A 1SBEA 2FHRA 4R9CA 4H53A 3N3HA 2E7QA 4LBLA 4DRRA 4Q6KA 2GMEA 4BQ1A 3CYEA 4MJVA 2Z42A 2F26A 4YLZA 3W09A 1W1XA 3M3QA 4FPJA 3JU9A 3V0AA 1AXZA 2D6OX 2ZKNA 1W6OA 2DVFA 2ZHKA 5T50A 4LBQA 2YY1A 5HUGA 2ZGLA 2F11A 2YMZA 1CR7A 1F8BA 3ALXA 1J1TA 3FLPA 4TYSA 1S0CA 3FLTA 1F5FA 3SITA 3H0OA 4YG6A 1G9BA 4DRVA 1BKZA 1APNA 1H9WA 1LGCA 1Z4WA 2ERFA 3TIAA 5T5JA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4CPBD 1VBB3 1F35A 2NMOA 3R6SA 4UT5A 4XJUA 3AXDA 2XUMA 3WSOA 4JQTA 1BQPA 2D3SA 2VUJA 3HQRA 1SPPB 1UOGA 3MDPA 1RHI3 3A21A 3VHNA 3AZVA 1URXA 4LUMA 4NHKA 3LI5A 2B46X 2HTYA 1LOCA 4R9BA 5CADA 2VMDA 4DB5A 1AYM1 1RYYA 5IHRA 1JYTA 4D52C 2CWSA 1UZWA 3C8XA 4QU1A 4AEJA 3WP3A 3N36A 4CE8A 1QIQA 3BPZA 2WZ8A 1KFUL 3N9QA 3ILRA 4AI1A 5DAXA 5LA9A 1Q7FA 3HNYM 4SBVA 1MPXA 2HWD3 1A4QA 4YRDA 3MLJA 4MC7A 4H7LA 4CDWA 3I49A 3PU3A 3CZJA 4N53A 1ULFA 5FQ0B 3ZYIB 3ZXKA 1A14N 4IGOA 4GMP3 2QQVA 2XJVA 4DPNA 3WNLA 1ZX5A 1LCLA 2D3RA 5HXVA 4AGIA 4COZA 3RZJA 1IPSA 2J1EA 3T3YA 1YC61 3BU7A 3WQBA 4GJYA 4BIFA 2O1QA 5T52A 5I8YA 4XAAA 3RSJA 1XNTA 4MHUA 3WCRA 2IVJA 4WZCA 2R062 4MWVA 5IVVA 1JZ4A 3CBNA 4IETA 1N1YA 1NA1C 2OQ6A 4I09A 1V04A 2RHPA 4PDWB 4XE9A 4XBQA 4X6KA 1H8VA 1TME3 5K9YA 4M01A 1HB1A 3FL7A 5FZ9A 1CQ9A 3LFMA 4AEDB 4Z8BA 1DCSA 3O1OA 4MH0E 2F25A 5I8TA 5LATA 1W04A 2YBPA 1SBFA 1REEA 2BWAA 1AJKA 4UF0A 1KD7A 3VD7A 2D44A 2BPA2 1RJ7A 2R16A 4QN7A 2P6CA 1MEC2 3EHKA 2VOTA 2IXHA 2PELA 3ZSJA 5B2GB 4QQHA 2FP8A 3I97A 4UF7A 4M3CA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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