4YZ5A

Crystal structure of streptococcus pneumoniae nanc, in complex with 3-sialyllactose
Total Genus 194
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
194
sequence length
657
structure length
656
Chain Sequence
TPVLEKNNVTLTGGGENVTKELKDKFTSGDFTVVIKYNQSSEKGLQALFGISNSKPGQQNSYVDVFLRDNGELGMEARDTSSNKNNLVSRPASVWGKYKQEAVTNTVAVVADSVKKTYSLYANGTKVVEKKVDNFLNIKDIKGIDYYMLGGVKRAGKTAFGFNGTLENIKFFNSALDEETVKKMTTNAVTGHLIYTANDTTGSNYFRIPVLYTFSNGRVFSSIDARYGGTHDFLNKINIATSYSDDNGKTWTKPKLTLAFDDFAPVPLEWPREVGGRDLQISGGATYIDSVIVEKKNKQVLMFADVMPAGVSFREATRKDSGYKQIDGNYYLKLRKQGDTDYNYTIRENGTVYDDRTNRPTEFSVDKNFGIKQNGNYLTVEQYSVSFENKKTEYRNGTKVHMNIFYKDALFKVVPTNYIAYISSNDHGESWSAPTLLPPIMGLNRNAPYLGPGRGIIESSTGRILIPSYTGKESAFIYSDDNGASWKVKVVPLPSSWSAEAQFVELSPGVIQAYMRTNNGKIAYLTSKDAGTTWSAPEYLKFVSNPSYGTQLSIINYSQLIDGKKAVILSTPNSTNGRKHGQIWIGLINDDNTIDWRYHHDVDYSNYGYSYSTLTELPNHEIGLMFEKFDSWSRNELHMKNVVPYITFKIEDLKKN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Streptococcus pneumoniae NanC: STRUCTURAL INSIGHTS INTO THE SPECIFICITY AND MECHANISM OF A SIALIDASE THAT PRODUCES A SIALIDASE INHIBITOR.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae
molecule keywords Putative neuraminidase
total genus 194
structure length 656
sequence length 657
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2015-03-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4yz5A03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4yz5A01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4yz5A02
2A5ZA 3AZVA 4NCSA 3TAYA 1NXD1 3HN1A 4DRVA 1A78A 4FOQA 4YZ1A 1UX6A 4GZPA 3BOPA 2LALA 2VW2A 1KDMA 4Y22B 4FPEA 3FUQA 3RG0A 2NP0A 1IKQA 4AWDA 5CNAA 4TZDA 1MS1A 2R0HA 2D6PA 3MW4A 1W0OA 3UK9A 1SO7A 1H9WA 4MJUA 1KRIA 3INBA 3ILFA 1Z4VA 4K3YA 4DS0A 5IUQA 4BPZA 1GBGA 1AX1A 1CONA 4AGVA 3WHUA 5HCAA 2A70A 1NSBA 4CPMA 2YY1A 4JCKA 4XBLA 1QGLA 2VUAA 1DYPA 1X50A 2UWCA 3IKWA 3AYEA 1D0HA 1IVBA 2W5NA 1F8DA 2VK7A 5T50A 2F26A 2F29A 2ZGSA 4RL7A 2YA6A 1W6MA 1JN2P 2HT8A 2CNAA 4Q1RA 1Z50A 5HCBA 1Z4ZA 1UN1A 1UZZA 1N1TA 1ULCA 1LJ7A 5H9SA 4BMBA 4RA0A 1FNZA 4M3MA 3ZVXA 1WLDA 3V64A 2PHUA 3I4IA 4YW4A 1NSCA 2CL2A 2BERA 2ZMLA 1WD4A 3ZXLA 3AJYA 4Y1VA 5JOWA 1MS5A 2JE7A 1C57A 1W6MB 3NV3A 3K39A 3OBTA 1W6PA 4M4VA 3W58A 3T1LA 2HTQA 3M1HA 4XOGA 1EPWA 3RRDA 1NMCA 5EWSA 5H9RA 2NN8A 5DUXA 3RQ0A 1INVA 1BQPA 3ZSKA 4M00A 4X6KA 4FPHA 2A3YA 1A4GA 1N1VA 1B9SA 1DQ0A 1QKQA 3FLPA 3GVKA 4FQ4A 1O4YA 2CTVA 1MR5A 4U36A 4GDJA 2VW0A 4FZHA 2P34A 1OFSA 1IKPA 2W68A 1W21A 1W6PB 3WDXA 3GALA 1IVEA 3ZXEA 1WCQA 1DFQA 2PELA 4CPOA 2G4IA 1Y7BA 4GJTA 4GEZA 3KM5A 1IVDA 1W1XA 4CZSA 4ATFA 1B09A 4DFSA 2UURA 4C1WA 4ITCA 3VKOA 2JE9A 2F24A 2HYKA 4FPGA 2ZHNA 1W6QA 3WDTA 1RINA 3D4KA 4DPNA 3JUUA 4GZWA 2DVDA 4MC7A 3T1EA 4LBOA 4XJ9A 1KJRA 3H71A 1ZA4A 3WLUA 2ARBA 1AJKA 4HANA 3O9KA 4B7QA 3R4UA 3VKMA 2P3KA 1LHWA 3FBYA 4WEFA 5HUGA 1INGA 1LEMA 1WBFA 3AP9A 4HIZA 4XBQA 1S1AA 1MS4A 2AR6A 4NO4A 3AZYA 3WV6A 3O0VA 1IVGA 1TEIA 1V3EA 1W6QB 5DG2A 5BYNA 3IN9A 1MS9A 3FLRA 2VK5A 1ENRA 4K21A 3PVOA 3D5OA 4MWRA 4GZQA 2ZMKA 1NLSA 3NSSA 2ARXA 2A71A 3ZSJA 2PHFA 1G9FA 3POSA 3WZ1A 2QWHA 5DZFA 2HTRA 1CN1A 2CY6A 4Q6KA 3AYCA 4UW3A 5H9QA 3MPPG 4BOWA 3INAA 3AZWA 1Z0HA 4GKXA 3GVLA 4HZXA 4QN5A 3A72A 3U4XA 1NCCN 4YGEA 2ZBJA 2NZ9A 3TI8A 3IPVA 4GWMA 3O0WA 1LEDA 3I8TA 4Y20A 1MS8A 4UW6A 3N7LA 4Y26A 4CPLA 2EXIA 2CWMA 2BZDA 1W6NA 1NCDN 2PHRA 4QN4A 1ONAA 4UW5A 3USUA 5IT6A 4XTPA 1WW5A 2ZGPA 3NN9A 1HQLA 4YGCA 3M3EA 1V0FA 1DBNA 2DVFA 2VU9A 4L8QA 2VSKA 3UL2A 4FPJA 1G9DA 2D44A 4PBPA 3IPVB 1HDKA 1NNAA 5JOXA 4Y20B 4XJQA 1LOFC 1GYKA 4K1JA 1INFA 2WT2A 2ZGTA 2W39A 3TB0A 1W6NB 5EYYA 1SLAA 1XOGA 3TIBA 4CTEA 2KM2A 1G86A 4DGRA 3UJQA 3USUB 1USXA 4LBLA 3VV1A 4Q1PA 3AYDA 5GZDA 4CPYA 4P14A 5T55A 4GALA 3ZXFA 1W0PA 3AXDA 1SFYA 4DRRA 4MWWA 3FFZA 2ZGQA 5FRAA 2WKKA 4HZYA 2I2SA 4AVVA 1UL9A 3IM0A 2F10A 3ZXKA 4AYUA 4LBQA 1G8WA 4IQPA 4AVSA 2JECA 3WCRA 3N7JA 1IS6A 3OYWA 1C4RA 5E88A 3SILA 4ZXKA 1F9KA 1WW6A 4FQZA 2E53A 5F9TA 4AGGA 4WVWA 3CYEA 1VCUA 1Z4YA 3FLTA 2A6WA 2ZKNA 5T5LA 1QF3A 4MYEA 2R1DA 1N3QA 2WQZC 1XOEA 2W38A 2P2KA 4Q26A 4XMIA 3SH5A 4XJWA 1CIWA 4XE9A 1F8BA 3TI5A 4D8SA 3GVJA 3B9CA 2WT0A 4LBQB 4FPCA 1SLTA 1LOEA 5KXDA 3VKFC 1YXWA 1WW7A 2D7FA 1AJOA 1LULA 3AK0A 3HR9A 1F8EA 4R9CA 1SCSA 1QOOA 1VAMA 1INYA 1LHOA 4FPFA 3N36A 3WG4A 3LSDA 1O4ZA 1MACA 4P9XA 1UAIA 1C1FA 4Q27A 3MEPA 1V6KA 1AXZA 3AFKA 4J9TA 2QWIA 3NV2A 2F0ZA 2WNEA 5JOZA 1MVEA 3WDYA 2QWKA 1OQ1A 4KS4A 3ALXA 5JMCA 1Q56A 3AJZA 2GNDA 4GZOA 4QNPA 1DQ5A 5IK5A 2D6KA 1BKZA 1A8DA 4GZSA 1RIRA 3O0XA 4MWYA 3WVJA 3ZSMA 4WA3A 4GZXA 4MX0A 1W6OA 2OUJA 2YDTA 3AYAA 1SLCA 2AYHA 2AEPA 5GLTA 1GZCA 3TICA 1AZDA 1V6MA 1V0EA 2W5OA 3T2TA 3N7MA 4KS5A 3BEQA 2VW1A 4FOWA 4GKYA 1WLCA 1AX2A 3KQRA 1UKGA 2RKCA 1NCBN 3K3AA 2AEQA 1DYKA 1LHNA 4CRQA 3VKLA 4M3CA 1YI7A 4R9DA 2XB6C 3B00A 5JOYA 2YROA 1V3CA 1F8CA 3POWA 2ZB5A 3N3HA 1JUIA 4Z8BA 1W6OB 1ENQA 1JHNA 4LBNA 3WG1A 4HZZA 1H30A 7NN9A 1FV2A 2PHTA 3M2MA 4M4UA 4FPKA 4FP3A 2F12A 4MWQA 1G7YA 3V0AA 1LU1A 1I3HA 5AVAA 4BQ1A 2BATA 2YXSA 4ZKTB 4BBWA 2B7YA 5GLZA 5B2CA 5JDBA 1AF9A 3V65A 1A4QA 1CJPA 1NSDA 2EIGA 1JXNA 1Z78A 4M3CB 2C5DA 3CL0A 4B7RA 2GMPA 1WLWA 4BMEA 3Q9OA 1EURA 3NV1A 1U0AA 1S0EA 5HX0A 1DIWA 3ENRA 2PHWA 5DZGA 1SBFA 2DU0A 2YA5A 5DUUA 3WG3A 2OVUA 3QCWA 4XDQA 4B7JA 4MWVA 4ISQA 4WA5A 5FREA 1V2IA 3V0AB 5HUMA 3W09A 3R4SA 1ULEA 4XJRA 2ERFA 3D12A 1YYNA 1S0DA 4FPOB 3JU9A 2LTNA 2WSUA 5GM0A 1S0JA 4U2AA 4YW1A 4WV8A 1N3OA 4PF5A 4NC5A 5CBLA 3AX4A 4X49A 5EXOA 1LGBA 3ASIA 2GNTA 1V6NA 1BYHA 1JBCA 2NMOA 5E8AA 1LOBA 1QOTA 1APNA 4B7MA 4QN3A 5GZFA 4MZAA 3ZYPA 3OBRA 1ENSA 2X9MA 3UJOA 2HTVA 3FUOA 2D43A 2ZB6A 1N3PA 2D3SA 3D11A 2TEPA 3CNAA 2ZAAA 1V00A 1INHA 4BLJA 5DXDA 2ZHMA 5NN9A 2W20A 4NN9A 4YGBA 2JDZA 4W65A 1DGLA 2E6VA 3LSEA 3PJQA 4D69A 1KJLA 2DUPA 3AXEA 3WUDA 4H55A 1DQ4A 2ES3A 1SBDA 1S0GA 4YG6A 2YA4A 3AZXA 2F28A 5GZCA 1HQWA 3K38A 1LGNA 1SNTA 2AUYA 1L7HA 3D6EA 4BM8A 4XILA 3ZPYA 3ZYRA 5CB7A 1FATA 2XG3A 4UW4A 2FMDA 1V6OA 2DU1A 2WSVA 5GLUA 1EUUA 3O12A 3W59A 1AXKA 2YV8A 4NOTA 2A75A 5DUWA 4HZWA 1CVNA 2ZHLA 2XCYA 1QNYA 1W20A 2DUOA 1FYUA 4XJUA 1DILA 1IS5A 3B3QE 4Q2FA 2JJ6A 1IVCA 5T52A 5CA6A 1LECA 1INXA 2DV9A 2GN7A 3H73A 4C1XA 4XJ8A 5T5JA 2R49A 4QN7A 1QNWA 4UF7A 2A6YA 2ZGNA 5JYYA 1LENA 3K37A 2A6VA 1LHUA 2GNBA 2DVBA 1N1YA 1LODA 2YZ4A 2YDPA 4ISRA 1V3DA 2XZJA 5E89A 1DQ1A 1FAYA 2XZIA 2GALA 5KXBA 2F27A 2QWAA 1N47A 2HTYA 2DWRA 1VCJA 4XIKA 1V3BA 3AP6A 1NMAN 2R0FA 1A14N 4YLZA 3M3CA 2YA7A 2EAKA 4LBKA 1MWEA 5HUKA 1SCRA 4I30A 2C4LA 2A3XA 4R9AA 1GZ9A 1WUVA 4YM1A 4BLIA 3WDUA 2ZGUA 2QWEA 3K36A 3POYA 5H9PA 1UPSA 2NYYA 4H53A 3SH3A 4YM0A 4MWXA 1I1EA 3BIWE 3WNXA 4YZ3A 1SLIA 2OW4A 5DZEA 1Q8VA 4YM3A 3LCPA 3WCSA 3JU4A 4MWUA 4YFWA 1FNYA 4YM2A 4HL0A 3BODA 2E7QA 4CPNA 1OKQA 1L7FA 1KITA 3SANA 2W08A 1CESA 4M01A 4K1IA 1A3KA 3WHTA 1FV3A 4MZEA 1AX0A 3DGTA 2P3JA 4PBOA 1F31A 3A4UA 1QOSA 1KQRA 4K1HA 1NNCA 1GLHA 3B7EA 1E8VA 4AVTA 4OZXA 2E51A 4YW2A 2C4AA 2PHXA 5T54A 2ZGOA 4WZFA 1GSLA 2P3IA 4Y24A 3APBA 1ZM1A 1SLBA 2E7TA 3ZSLA 1Q8PA 4DQAA 4K1KA 2H0BA 4R9BA 5DUVA 4JC1A 2JKBA 1HLCA 3ILRA 1BXHA 2D3RA 2DTYA 1EUSA 4HZVA 2GN3A 1Q8QA 3H6JA 5SV8A 1WW4A 4XHBA 2V5YA 1BJIA 4KS1A 4Q8LA 4GWNA 2FHRA 5F5QA 2D6NA 1GZWA 2ZABA 2R1BA 4LBQD 1JW6A 1ULFA 1GICA 5L73A 3ALWA 1SACA 3SLIA 2XZKA 1MS3A 4MJVA 2QWFA 2EXHA 1IS3A 4XZPA 1CR7A 2VH9A 4PCRA 4XYXA 1J1TA 2ZMNA 3HMYA 3RMYA 4WA4A 2C9AA 3AZZA 1MZ6A 4FPLA 4LBJA 3WOGA 2ZGMA 1JOJA 1IVFA 4Y1ZA 1ULDA 5HUNA 5IK8A 3WDWA 4F83A 2JD4A 1CPMA 4JF7A 2A6XA 1GZWB 2DVAA 3MW2A 1UZYA 1QMJA 2AH2A 4XJZA 1LTEA 1MZ5A 2WLQA 2SBAA 4K1ZA 2VSMA 3PVNA 2YMZA 1IOAA 2QWJA 4FVKA 4KS3A 2D6LX 4FJ6A 4ATEA 1D2SA 1KDKA 1URXA 2DURA 3WG2A 3PVEA 1INWA 1XQNA 4YZ5A 2OUHA 3PMEA 1HKDA 1G9CA 2UU8A 5B2DA 2ZGRA 4XTMA 4KS2A 4X47A 1LOAA 2DYCA 1LESA 3GNEA 5GJ6A 3RS6A 3DUIA 4H52A 2CMLA 3TI6A 2AENA 1DQ6A 1B9VA 1QDOA 1GNZA 1DZQA 1Q8OA 4FOVA 3L2YA 1V6IA 2V73A 1BJQA 5GZEA 1B9TA 1AXYA 1W8OA 1LOCA 4LBMA 3CL2A 3ATGA 2NMNA 2ZA9A 3H72A 2HU0A 1E8UA 1GKBA 5GALA 4K1YA 1V6LA 3TI3A 4CPZA 4XIOA 4GXLA 1IS4A 3V0BA 2ENRA 3AP7A 1G9BA 3B69A 4Q8KA 3OGGA 4FP2A 4YFZA 1SLLA 2HT5A 2DVGA 2VXRA 1W8NA 1FX5A 2DTWA 2VY0A 1CQ9A 1PZ8A 4M4NA 1LHVA 3A0KA 2A7AA 2VK6A 2EXJA 5DG1A 4Y1YA 3OPZA 4KBBA 4WVVA 4QN6A 1DQ2A 5EYXA 2SLIA 4P9YA 3N35A 3OJBA 4YZ4A 4K20A 1S0CA 3N7KA 1G9AA 3VKNA 2GNMA 1V0ZA 3V0BB 2Z42A 1RITA 2WT1A 1QDCA 2B8HA 4YGDA 4SLIA 4TYSA 4XXAA 2D3PA 1L7GA 4YW5A 3VUOA 1H9PA 4YG0A 3AP4A 1CPNA 2GDFA 1E8TA 4MWLA 1MS0A 2HT7A 1DHKB 1WD3A 1S0FA 1LOGA 3SNMA 1GANA 1VALA 3O5SA 1C1LA 1Z4WA 2QWBA 5LK5A 3SISA 1VAVA 3SITA 3WUCA 1F5FA 1QU0A 4X4AA 4XBNA 1LU2A 1SBEA 4B7NA 3IMNA 3SALA 1V6JA 1LGCA 3QLQA 2WJSA 4GDIA 1JYIA 1EUTA 2CWSA 5HCFA 4M3CF 2NM1A 1DIMA 4YW3A 2ZZJA 4XMAA 1MVQA 3M3QA 5GLWA 1LCLA 2VWDA 2UWAA 2EALA 2VVZA 3AP5A 3NWKA 2GMEA 4AGRA 2D6OX 2Q5TA 4JRAA 1WBLA 2SILA 3TI4A 3R05A 5JVVA 3T1MA 2AREA 3BTAA 4GB1A 2D6MA 5M1ZA 2QWCA 3O9JA 4MWJA 1WCSA 4YZ2A 2F13A 2F25A 2R16A 2P37A 4P9WA 2A6ZA 1Q8SA 2BQPA 1GV9A 2HTWA 4FOYA 1PZ7A 2CYFA 1ULGA 3OY8A 4GA9A 2QWGA 2UWBA 2YA8A 3RMXA 1S0BA 1N1SA 2SIMA 5T5OA 1JYCA 5CAZA 5IK4A 4WEGA 2HTUA 4I00A 4XJAA 1NMBN 5T5PA 1S0IA 4GZTA 3M3OA 3SH4A 3NV4A 2BF6A 4PQ9A 1NNBA 3C2UA 4M3CE 4Y1XA 3ZXJA 6NN9A 2EXKA 1GNHA 5JLVA 1VLNA 1YRZA 5GZGA 3B01A 4Y1UA 1NCAN 2QWDA 3TIAA 5IK7A 4XHXA 2DUQA 3OY8B 1DLLA 1VIWB 1USRA 5KXEA 4ASMB 3MW3A 1R1ZA 4XXPA 1YIFA 2W52A 2ZGLA 4Y22A 1NN2A 1LOFA 2ZGKA 4FPYA 3WDVA 2GMMA 5KXCA 1PZ9A 2RHPA 2HU4A 3OYWB 1AVBA 5GLVA 3CKZA 2EF6A 1Z4XA 3H0OA 3ILNA 2ZACA 2ZHKA 1YO8A 4YG3A 3A0NA 2F11A 1UMZA 4FVVA 2A3WA 1BZWA 3RSJA 3A71A 2AGSA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4G4FA 1SDDB 2A5ZA 3VBFB 1IUCA 4A7KA 3AZVA 4NCSA 3UGFA 5FLIA 3M8LA 4UAPA 5FMBA 3TAYA 5CGJA 3K4ZA 5LA2A 5CFDA 1NXD1 3NAPB 4P5YA 3VBRB 2WO7A 3HN1A 4OUMA 3WNPA 4DRVA 1R64A 4UWDA 3RZJA 5FP7A 1A78A 1DZRA 3SOQA 2RS31 4FOQA 3AKSA 4YZ1A 2OS2A 1UX6A 4GZPA 3BOPA 2LALA 1ZBA3 2VW2A 1KDMA 1RXGA 2CGOA 4XDOA 4Y22B 5D8AB 2Y8KA 3WD5A 4FPEA 5EV7A 2IZWA 3LQCA 3FUQA 1PGL2 1ZNPA 5FNRA 3RG0A 5A3LA 1K32A 5FZLA 4QXHA 5GKAC 3ES4A 1NXMA 1QQP3 2QZ2A 1SFNA 2BOJA 3AFGA 1IKQA 2OYZA 2NP0A 4AWDA 3MO4A 4Q4Y3 3VBHB 4PIYA 2J1TA 3MIBA 5CNAA 4ZY3A 4TZDA 1BBT2 3FN9A 4L99A 1MS1A 3VZMA 2R0HA 3U0SA 1LNSA 2D6PA 1W0OA 3MW4A 3UK9A 1SO7A 1H9WA 3ORJA 2N7GA 3BPSA 4MJUA 1KRIA 3NQHA 3INBA 1RUF2 1CAXB 2Z4FA 1IPJA 3ILFA 5J09A 2JKXA 4DG6A 3IWZA 1Z4VA 1HRI2 4K3YA 1J3QA 4MGSA 4DS0A 3JB8A 2Y6JA 4MGQA 1PO22 1E5HA 1AHSA 5IUQA 2VOKA 1M4WA 3ZN6B 4BPZA 1GBGA 1AX1A 1CONA 2JE8A 3CZJA 2YC2A 5FK8A 4AGVA 1QJFA 5A3PA 4JTOA 3HEIA 4NPLA 4XAEA 4N53A 3WHUA 1AYM2 4CU8A 4LLOA 4E2SA 4XUOA 5FNTA 2JG9A 5HCAA 2VM9A 5GTQA 2A70A 1ODNA 5LA1A 3E6DA 1NSBA 1K5MA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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