4FOQA

Crystal structure of the nanb sialidase from streptococcus pneumoniae in complex with 2-aminoethanesulfonic acid
Total Genus 196
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
196
sequence length
658
structure length
658
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYDIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Synthesis and structural characterisation of selective non-carbohydrate-based inhibitors of bacterial sialidases.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/inhibitor
source organism Streptococcus pneumoniae
molecule keywords Sialidase B
total genus 196
structure length 658
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2012-06-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4foqA03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4foqA01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4foqA02
2ARBA 2DV9A 2KM2A 1TEIA 4YW2A 5JDBA 1SFYA 4B7JA 3TI5A 1E8UA 1KRIA 5HCAA 1SCSA 4H52A 5T5LA 5T52A 5CNAA 1Y7BA 2CYFA 1O4ZA 2R1DA 2D3RA 2CWSA 3RMYA 1G9AA 2E7QA 2ZGTA 1MZ6A 3TIBA 3V0BB 3C2UA 4HZYA 1IS3A 4YZ4A 4YGCA 1GNZA 3QCWA 1W6MB 2VUAA 4Q27A 1Q8PA 1APNA 4BBWA 4K1HA 1BZWA 1WLWA 5JYYA 1A8DA 5T50A 4GKXA 5H9RA 4PCRA 2A7AA 3ZYPA 2P3JA 3PVNA 3N7LA 1I1EA 2GMEA 3ZPYA 4DRVA 1AXYA 1CJPA 1IVGA 1IVDA 2ZMKA 2ERFA 2BERA 2A3WA 3A71A 5H9SA 1VALA 2I2SA 1F8CA 2EF6A 1EUUA 1SLBA 5JMCA 5E88A 1F8BA 1G7YA 1HDKA 5EYYA 1BKZA 1VCJA 3WHTA 4FQ4A 1V6LA 4P9XA 3D6EA 4M3CF 1INGA 2FHRA 3MEPA 4X6KA 2WQZC 3B3QE 3H71A 2WJSA 3BODA 5B2CA 3WDWA 1YIFA 1LULA 4Q2FA 6NN9A 2FMDA 3ZSKA 1BJQA 1INYA 3FUQA 2ZAAA 1WW6A 3ZVXA 3B7EA 1A3KA 1QMJA 4XTPA 3ILFA 2ZB6A 4K21A 1SLLA 1UPSA 1S0FA 3N7MA 1V6MA 1KDKA 3CL0A 1ULCA 2PHFA 2GALA 2E7TA 1AXZA 4K1JA 2DTYA 4FPFA 3M3OA 4Y26A 3M3CA 4HZWA 3AYDA 2W08A 1LOAA 1N1YA 4AGGA 1BJIA 4ATEA 4XMIA 5GJ6A 2B7YA 1DIMA 4AYUA 4QN7A 1OQ1A 1GZCA 1LECA 4C1XA 2BZDA 4WA3A 2E51A 4YZ3A 2DU1A 3WDTA 1HQWA 2NZ9A 4CTEA 5H9QA 3NV2A 2PHUA 4CRQA 2A5ZA 4OZXA 4QN4A 4K1KA 3AFKA 1QOTA 2YA5A 5E8AA 5DG2A 3AZWA 2D6MA 2P34A 1FX5A 2D7FA 1XOEA 4AWDA 2ZGKA 3W58A 1V6OA 1INWA 1LHUA 1KDMA 2AENA 4B7RA 5FRAA 3L2YA 1D2SA 3NV3A 2CNAA 5IK5A 4GDIA 1S0BA 2ES3A 4YGBA 3ZSLA 2P3KA 2YROA 3DGTA 3POWA 5F9TA 1YI7A 4GZTA 1W8OA 4MZAA 2A6YA 4AVTA 4LBQA 2F27A 1ZM1A 1DILA 4J9TA 2F25A 5JVVA 1G8WA 2D3PA 2A6ZA 4BM8A 3RRDA 3SISA 2HT7A 3AZYA 1JBCA 1L7HA 5T55A 5DUXA 4AVVA 4YFWA 1WW7A 3B69A 4YZ2A 1GYKA 1U0AA 1RITA 3SITA 3SH3A 2R0HA 3NN9A 5KXBA 2YA4A 1V3DA 1LGNA 2GMPA 1WBFA 2F29A 4DS0A 3LCPA 1LESA 2ZHMA 4Y22A 1WLDA 2WSVA 4AGRA 2OUJA 2Z42A 4M3CE 4BLJA 2VSKA 2ENRA 4Y1UA 4HZZA 4Y20A 1SCRA 1Q8VA 1R1ZA 1EPWA 1WLCA 4KS4A 4CPOA 2C4LA 4IQPA 5GZEA 5IT6A 4Y1VA 1MS8A 4D69A 1N1SA 4XBQA 1WUVA 5GZDA 1AJKA 2SILA 1USXA 4QN3A 4GXLA 2GN3A 1G9FA 2XG3A 3AP5A 2EIGA 4CPLA 2YDPA 4LBOA 2WT2A 2D6OX 4MWQA 2CY6A 2GMMA 2HTYA 3T1EA 2AEQA 2XB6C 1MS9A 1IS5A 1RIRA 3WG1A 3GNEA 3RQ0A 3K36A 5DZFA 3AZXA 5GZGA 4YZ5A 1WD3A 3FUOA 3TB0A 4LBNA 3MW2A 4YG0A 2UWBA 3OBRA 2CTVA 3O9KA 1W6PA 4B7MA 3ZXFA 1QGLA 1JOJA 1V0ZA 2DVDA 5L73A 1YYNA 4FOQA 3IPVA 2AYHA 2ZGQA 4BMBA 4X4AA 3AXDA 4XHXA 4SLIA 3M1HA 2GNDA 4NN9A 5NN9A 5DUUA 3APBA 4Y22B 1UL9A 1W6MA 1DGLA 3JU4A 1GLHA 5H9PA 3CYEA 5E89A 1JHNA 1O4YA 4Y20B 3D5OA 2HT8A 4JRAA 1E8TA 1B9SA 2LALA 5BYNA 3SNMA 2QWAA 1N1VA 4C1WA 1YRZA 5FREA 1B09A 3ZYRA 3N36A 2F12A 3JUUA 1FNYA 1ZA4A 4GALA 1W8NA 1G9DA 1SLCA 4GDJA 3K37A 3VKOA 2F11A 1ONAA 2QWFA 1SLTA 3GALA 4M3CA 2R0FA 5GLVA 1PZ8A 2YA6A 3ILNA 2SBAA 4DFSA 4XYXA 2VK7A 5GLUA 3ZXJA 4TYSA 5JOWA 4XJZA 1MS5A 1UZYA 1VAMA 2EXIA 3A0NA 4KBBA 1QNYA 2CL2A 3WOGA 2QWGA 3DUIA 4Y24A 4YG3A 4H55A 3MW3A 5IK8A 3VKNA 2ZGNA 2ZHKA 1PZ9A 2ZGSA 2DVBA 2NP0A 1GICA 1UZZA 4Q8KA 2D6LX 7NN9A 1W6PB 3ENRA 4XHBA 2OUHA 1NMCA 2ZKNA 1F8EA 1URXA 3D12A 1F9KA 4QNPA 3IPVB 4GWNA 1LGBA 1V0FA 3OPZA 4XILA 4XJ8A 3AP9A 1IVEA 4DRRA 2C4AA 3WDUA 2VSMA 3AYAA 3UL2A 2JKBA 2C9AA 3M3EA 4MWWA 1LHNA 2XZIA 1L7FA 1XOGA 3OBTA 2SIMA 4FPOB 3N7KA 2DWRA 1V2IA 3FLPA 4L8QA 1LHOA 1MACA 3MW4A 3W59A 2AH2A 4XJAA 4XJWA 1UKGA 2A3XA 1W0PA 5M1ZA 4M3MA 3MPPG 4FVKA 1VIWB 3RG0A 1IVFA 3O12A 5DZGA 1DZQA 4ITCA 1DFQA 4M3CB 1OKQA 1Q56A 4CPZA 4MJVA 5DUWA 1B9VA 5HX0A 3I8TA 2DTWA 1H30A 4GZOA 2CWMA 2WLQA 4U2AA 4UW4A 2DUOA 2P37A 3POSA 1ULGA 1LHVA 1ENSA 2D6NA 4GA9A 3JU9A 1LU1A 4P9WA 1IVCA 4MWYA 4HL0A 4R9CA 2HTUA 4HIZA 2ZGUA 1Z4ZA 3VKMA 1A4GA 4LBJA 1HKDA 3AJZA 3WCRA 1G86A 2ZGPA 1AF9A 4XXAA 1V6JA 1N1TA 5KXEA 3FLTA 1D0HA 1LEDA 4P9YA 3INAA 1CN1A 1S0GA 2YA7A 1CESA 1V00A 2JE7A 2QWBA 2OVUA 1DQ1A 1S0EA 4W65A 5HCFA 3T2TA 4WA5A 2ZGRA 4M4NA 2GNMA 3K38A 1CQ9A 3LSDA 4R9AA 2ZACA 1JN2P 5JOYA 1IS6A 4FPGA 3WLUA 1I3HA 2D6KA 3AZZA 4MWRA 3PVOA 1GANA 1LOFA 4XBLA 1INHA 1BYHA 2A70A 3UJOA 4MWVA 2W5OA 5JOZA 1EUTA 3B9CA 1WCQA 1ULEA 2EXKA 1NXD1 4CZSA 3POYA 5CA6A 1MS0A 4YGDA 3NSSA 2Q5TA 4PF5A 1Z50A 2YV8A 1HLCA 4XDQA 3BEQA 2VW0A 2C5DA 4UW3A 5CB7A 4ZKTB 1CR7A 1N47A 3WZ1A 1NCDN 2HTWA 4XBNA 4ISRA 4FQZA 2VK5A 1FATA 2ZB5A 1NNAA 4X49A 2HT5A 1NCAN 1WBLA 2NMNA 1QDOA 1AVBA 1SBEA 5DXDA 2VXRA 1SLAA 3GVLA 2V73A 1V6NA 2F0ZA 2DVAA 2P3IA 4FJ6A 1NSBA 1MS3A 1QDCA 2GNBA 3WCSA 3FLRA 3OJBA 4ISQA 2B8HA 1V3BA 2ZZJA 2VU9A 2EXHA 4X47A 4FPCA 3ZXLA 3IMNA 4FPHA 4MC7A 4MZEA 3T1LA 3TI6A 4Q1PA 1JUIA 2WSUA 2W39A 2WKKA 2BF6A 3UJQA 1F31A 4YZ1A 1EUSA 2XZJA 2QWIA 2R49A 3IN9A 2D6PA 2ZABA 4GWMA 2E53A 4MWUA 1NNBA 2OW4A 3R05A 2HTQA 1N3OA 4XE9A 1LU2A 3V0AA 1CPNA 2DURA 3GVJA 4GEZA 2AGSA 2D43A 4Y1YA 1WW5A 2QWEA 3IM0A 4MWJA 1ULDA 3VUOA 1A78A 3TICA 1KJLA 4KS5A 1WD4A 3OGGA 5T5PA 1EURA 2ZMNA 3LSEA 5GALA 1V3EA 1N3PA 3M3QA 3ALWA 1CONA 1IKPA 1ENRA 4YW4A 4RL7A 3TI4A 1XQNA 2QWCA 1V6IA 5HCBA 1DQ4A 1SACA 4P14A 4H53A 2F28A 2UU8A 2BATA 4LBQD 1NN2A 1DLLA 4FOWA 2DVFA 1NSCA 4WA4A 3A0KA 1USRA 1F8DA 5IK7A 4MWLA 1S1AA 1YXWA 5JOXA 4BQ1A 1NMAN 3D4KA 3WVJA 5EXOA 5CAZA 4BMEA 3WNXA 1Z4YA 1MZ5A 1MVEA 2ARXA 2BQPA 2HTRA 5EYXA 3AYCA 3Q9OA 1A14N 1FAYA 3OYWA 2NMOA 3T1MA 5DUVA 1QU0A 2F10A 5T54A 4XJRA 4WVWA 2F24A 5DG1A 4WVVA 2YZ4A 3TAYA 3SLIA 3V64A 4BLIA 1CPMA 3V0AB 2AUYA 3KQRA 3RSJA 1UAIA 1S0CA 4PQ9A 3HR9A 1C4RA 4K1YA 2DU0A 3H73A 2RKCA 1BXHA 3BIWE 4XZPA 5KXDA 1CIWA 4Q1RA 4WV8A 1AXKA 3K39A 4FPEA 2WT0A 1NCCN 1H9WA 5GZFA 3U4XA 4GZQA 1G9CA 4YW1A 4ATFA 4CPYA 1W20A 2TEPA 3UK9A 1LOCA 5GLZA 1QF3A 2HTVA 4AGVA 4D8SA 3O0WA 1ENQA 4DGRA 5DZEA 4HZXA 3INBA 3SANA 4WZFA 5GZCA 1GKBA 4MYEA 4GZSA 2PELA 3CL2A 4LBLA 3WG3A 1MVQA 4U36A 1WW4A 2VWDA 1FV3A 1W21A 2NM1A 2F26A 2RHPA 4JCKA 4Y1ZA 1AX2A 5LK5A 3OYWB 4XJUA 4YFZA 3NV4A 1UN1A 4TZDA 4XIOA 2NYYA 1NCBN 4GZXA 3SILA 5GLWA 2JDZA 1MS1A 4FVVA 2WNEA 4XJ9A 4M4UA 4Y1XA 1GSLA 3B01A 1NMBN 1BQPA 4K20A 3PJQA 3RMXA 1LTEA 5T5OA 3WUDA 2ZGLA 3ZXKA 3AP6A 4M4VA 2E6VA 4K3YA 1INFA 4YM1A 3SH5A 3AJYA 3AYEA 3WDVA 1GZWA 4YGEA 3WDYA 1H9PA 4Q26A 1KITA 5IK4A 3HMYA 1INVA 4XTMA 2HU0A 2ZBJA 4M00A 4FOVA 4HZVA 4NOTA 3NV1A 3VKFC 2EAKA 3HN1A 4LBKA 4KS2A 1QOOA 2XCYA 1G9BA 3USUA 3H0OA 1A4QA 1MS4A 1SNTA 3I4IA 1JW6A 4PBOA 3A4UA 4ASMB 1DHKB 3WG2A 4XOGA 1SBDA 3PVEA 1KJRA 5B2DA 2HU4A 3IKWA 3SH4A 4I00A 2EALA 4YLZA 2W20A 1W6QA 3QLQA 2YY1A 2W5NA 3FFZA 1IOAA 3WG4A 2ZHNA 1LOFC 4M01A 3ZSJA 5GLTA 5CBLA 5HUNA 1WCSA 1INXA 3B00A 1Z4VA 2W52A 3R4UA 1LEMA 2R1BA 1LENA 4RA0A 3WV6A 2X9MA 3GVKA 1HQLA 1IVBA 1DQ5A 5JLVA 1PZ7A 2GNTA 2SLIA 2XZKA 1UX6A 3H72A 1DQ2A 4NC5A 4B7QA 2ZA9A 2A3YA 1W1XA 2YDTA 1RINA 2JE9A 2UURA 4XMAA 3WUCA 3O5SA 2QWHA 5HUGA 1C57A 4Z8BA 1GV9A 2ZMLA 1L7GA 2JD4A 4XJQA 3N7JA 2UWAA 4R9DA 1YO8A 1GZWB 2UWCA 2V5YA 4BPZA 3V65A 3ILRA 3TI8A 5T5JA 1LODA 3AK0A 1S0DA 1S0IA 4GJTA 2D44A 2A6XA 1MWEA 3USUB 2CMLA 4PBPA 2WT1A 3VV1A 3SALA 4QN6A 4YW3A 3ASIA 3D11A 2YXSA 4FP2A 4YM0A 3BOPA 3AP4A 1W6OA 1LOEA 2HYKA 3ZSMA 4YM3A 3AZVA 4UW5A 1LOBA 4BOWA 3PMEA 2YMZA 1CVNA 1FYUA 2DUPA 1W6QB 4R9BA 3BTAA 1AX1A 3ATGA 2PHWA 4WEFA 1Z78A 2JECA 1ULFA 1DYPA 2VY0A 4FP3A 4KS3A 1W6NA 4LBMA 4HANA 4UF7A 1LCLA 2JJ6A 4Q8LA 4B7NA 3O9JA 4FPKA 3N35A 3OY8A 4YM2A 1Z4XA 4CPMA 3ALXA 1DBNA 2VW2A 1X50A 4GZWA 1S0JA 3FBYA 4I30A 1Z4WA 4XXPA 1J1TA 1V0EA 3ZXEA 4FPJA 2DYCA 1C1LA 1Q8QA 1DQ0A 1VCUA 4YW5A 2QWJA 4WEGA 2H0BA 4K1ZA 1NLSA 2VK6A 2LTNA 1SLIA 4MJUA 1B9TA 1GBGA 1QOSA 1Q8OA 2PHXA 1JXNA 1V6KA 3RS6A 3R4SA 1LGCA 1NSDA 1QKQA 2VW1A 1NNCA 4MWXA 3NWKA 5KXCA 1GZ9A 1FV2A 5EWSA 2PHRA 3KM5A 3W09A 2GN7A 4FPYA 1SO7A 4JC1A 1UMZA 5F5QA 4ZXKA 1JYCA 2W38A 1AJOA 1LOGA 3CNAA 2QWDA 2VVZA 1W0OA 2GDFA 1FNZA 1E8VA 5GM0A 4GKYA 1QNWA 2VH9A 3WHUA 2R16A 5HUKA 5HUMA 3WDXA 4F83A 2P2KA 2DVGA 1MR5A 4QN5A 1V3CA 4DQAA 4AVSA 4LBQB 1W6OB 3TI3A 2AEPA 3O0VA 2F13A 5SV8A 2AREA 1IS4A 2A71A 2W68A 4YG6A 1SBFA 1C1FA 4JF7A 3CKZA 1N3QA 3V0BA 1W6NB 3AX4A 3A72A 4NO4A 4GZPA 1LHWA 3OY8B 1JYIA 2YA8A 2DUQA 4KS1A 4FPLA 4K1IA 5IUQA 3TIAA 4DPNA 4XIKA 4NCSA 1VLNA 2A6VA 1KQRA 2D3SA 1IKQA 3AP7A 1OFSA 1F5FA 1LJ7A 2ZGOA 1Q8SA 4UW6A 1AX0A 2ZGMA 1DQ6A 1Z0HA 2PHTA 4CPNA 3AXEA 2AR6A 5AVAA 4FOYA 3M2MA 1DYKA 3H6JA 1DIWA 4FZHA 4MX0A 2EXJA 2G4IA 4GB1A 4Q6KA 2NN8A 2A6WA 2QWKA 1GNHA 3VKLA 3O0XA 2ZHLA 3N3HA 1AZDA 1VAVA 3K3AA 2A75A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3J7MA 2ORZA 1XNBA 3NJZA 1WMXA 1WLTA 2ARBA 2DV9A 3Q8FA 4HZFA 3IAPA 4XFAA 1DG6A 4XF9A 1RB8G 4B4RA 3CIHA 1NY71 5FO7B 2KM2A 1TEIA 2RM22 1KXGA 3FHQA 1PVXA 2EIBA 1YJKA 2D98A 4YW2A 5HV0A 1NQDA 5JDBA 1REFA 4MXWB 1SFYA 4B7JA 3OGVA 5LATA 3TI5A 3GBFA 1SDWA 2W2IA 5A3MA 4CCMA 4E2SA 1VB2A 1Q7FA 1E8UA 1KRIA 2WO1A 1VBC2 2FDGA 1MEC2 3MFAA 5HCAA 4GNAA 5F7UA 1SCSA 2WO7A 3JQXA 2KA3A 4H52A 5T5LA 3ZLIA 3BCWA 5T52A 2VZQA 4RHV3 3UNPA 4HETA 5CNAA 1WMFA 2WFPA 2ZOEB 2GC2A 1Y7BA 1FPN2 2GZWA 5J3UA 5BNNC 2XKPA 3M3IA 3ZYGA 2FDFA 4MX0A 1AR73 2RDNA 2CYFA 3VD7A 2F6BA 2ZWAA 3ZYBA 4QPIC 4IMBA 1O4ZA 4LKDA 5J7MA 2R1DA 5JI9A 3N9PA 2D3RA 2CWSA 4YYOA 1OLQA 2WS92 3RMYA 1CAXB 2WZR1 1G9AA 1R081 1C5HA 3TRSB 2E7QA 3JZVA 3JB4C 3VNGA 3EXUA 5K0UC 5BNOB 5HBAA 4A42A 3WF2A 1C9UA 2H0VA 5C6CA 2JB8A 1RUG1 5BNPB 1UY3A 3HQXA 4COZA 3N4MA 1IJQA 3S5AA 4JKKA 2QE3A 1YFWA 2VCBA 4XPVA 4XFHA 4AI2A 1H2LA 2ZGTA 5FKCA 1MZ6A 3TIBA 2CDPA 1VBA1 3KGZA 2FZ2A 4DB5A 4XMBA 2QQKA 2Y8KA 5F3GA 3V0BB 4QDRA 4QX5A 4COUA 3C2UA 4JX0A 2YBKA 3LPFA 4KG0A 4ARXA 4HZYA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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