4FOWA

Crystal structure of the nanb sialidase from streptococcus pneumoniae in complex with 3-ammoniopropane-1-sulfonate
Total Genus 200
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
200
sequence length
658
structure length
658
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYDIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Synthesis and structural characterisation of selective non-carbohydrate-based inhibitors of bacterial sialidases.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/inhibitor
source organism Streptococcus pneumoniae
molecule keywords Sialidase B
total genus 200
structure length 658
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2012-06-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4fowA03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4fowA01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4fowA02
4FJ6A 2A3YA 3K39A 3CKZA 3VV1A 2GNMA 1OKQA 3H71A 4K1KA 4QNPA 1KJLA 3JUUA 1V6LA 4YFZA 3WUCA 4LBNA 4B7RA 3JU9A 2AENA 4FOYA 3AK0A 1GBGA 3Q9OA 1V6MA 4FPJA 3HMYA 4PBOA 1SLBA 3AP6A 4BOWA 2R1BA 1WLCA 1MR5A 2E51A 3QCWA 3TIBA 2WSUA 1V2IA 3VUOA 2P34A 2I2SA 1WW4A 4GZSA 2NMOA 2WKKA 2VW0A 3R4UA 3FBYA 1KDKA 1LEDA 5T5OA 4M3CF 1C1FA 3FLTA 4MYEA 4LBKA 1G9BA 2VVZA 4HANA 2GNDA 4BLJA 1MZ5A 1E8TA 2UU8A 1JYIA 2CNAA 1S0DA 2ZMLA 2WNEA 2AEPA 1MVEA 4PF5A 2HTVA 2OVUA 1INFA 3O12A 3MEPA 4JCKA 3TI6A 1FAYA 1L7HA 1YI7A 1ULFA 3B00A 4GWMA 4ISRA 3M2MA 4JF7A 5SV8A 1R1ZA 1V6NA 3SH4A 4QN5A 2W20A 2D3RA 4M01A 5GZDA 4XHXA 4WZFA 3AFKA 5EXOA 3AZZA 1NSBA 4U2AA 3NWKA 5CBLA 3U4XA 5KXCA 1JN2P 4WV8A 2A70A 4GJTA 4Q27A 4GZXA 4X49A 4K1HA 1MS1A 5F5QA 2X9MA 1IS5A 4PBPA 1RINA 3OBRA 4MZEA 2XG3A 3V64A 5E8AA 1V0FA 2DVFA 2ZGTA 3ALXA 1G9CA 1SLLA 4TYSA 4K20A 1XOEA 5IK4A 1GLHA 3M1HA 1IVCA 2P3KA 1CPNA 3UL2A 2ARXA 2ZMKA 5JOXA 1APNA 3WDXA 4ZKTB 2AGSA 1S0BA 1DQ0A 4UW5A 1LHUA 3O0VA 2KM2A 4Y1YA 4FPFA 2GMPA 2EF6A 2R49A 3GNEA 2SIMA 2GMMA 2AEQA 1V3CA 1JHNA 3SALA 2JE9A 1YO8A 3TIAA 2ZAAA 4KBBA 4QN6A 2QWJA 3K37A 2XZKA 1F31A 1X50A 4OZXA 4CPYA 2SBAA 5GJ6A 3OJBA 4HZYA 1HLCA 2C5DA 3IM0A 1CQ9A 2GALA 4LBQA 4MWVA 1Q8SA 1LOGA 4M3CE 1EUTA 2A3XA 4MWWA 1DQ6A 2WT0A 1G9FA 3FUOA 4Q1RA 1Q8OA 3INAA 3USUA 2F27A 2ES3A 1GV9A 3ZXFA 5NN9A 4ATEA 2A71A 1USRA 2DURA 4YZ4A 1MS9A 1UZYA 2WJSA 3N7LA 1WBLA 4MC7A 1LGBA 2YMZA 4XXAA 1VIWB 5T5JA 5H9PA 2ZB6A 3WHTA 2VY0A 1IKPA 1LCLA 3I8TA 2QWEA 2ARBA 4M3CA 3WDTA 4XOGA 1W6QA 4CZSA 1ONAA 2JECA 3PVOA 4BBWA 1YIFA 2NM1A 2UWBA 3OPZA 3AZYA 2VH9A 4FVKA 2UWAA 4MJUA 2HU0A 1CIWA 2ZGOA 4XMAA 5DUVA 3N7MA 1KJRA 3OGGA 1AJKA 3L2YA 1GZWA 3W59A 4FPLA 1EPWA 3T1LA 3MW3A 4QN3A 4YZ1A 2HT5A 1AX0A 1LHWA 1G8WA 1CN1A 3WDVA 3B7EA 2V73A 3N35A 1D2SA 3WUDA 1KITA 4YG0A 4BMBA 1C4RA 2PHWA 3ZXLA 1BYHA 5CAZA 3D6EA 2BERA 2DUQA 3WDYA 1V6JA 2DU1A 2VW2A 2ZKNA 3N3HA 2A5ZA 1W6OB 3AYDA 1W6MA 1W6NB 1B9VA 1DIWA 4XJ9A 1JXNA 2DVBA 2Q5TA 2R0FA 3N7JA 1SLIA 5HUKA 2DV9A 1QU0A 3CL0A 1UX6A 5B2DA 5JOYA 1B9SA 1WCSA 5GZEA 3DUIA 3MW4A 4CTEA 4M4NA 2YROA 1JOJA 3OBTA 2OUJA 4Q26A 1UKGA 1VCUA 2LTNA 1LOFC 5H9RA 1KRIA 2SILA 3OYWA 4GZTA 2QWCA 2ZBJA 2OUHA 1V6KA 3NN9A 4XIKA 3N36A 1WLDA 2DTYA 1LHOA 4NCSA 3TB0A 3WDWA 3TI3A 4XJQA 3GVKA 3D12A 2ZACA 4HIZA 2VK7A 3A0NA 4FPOB 4GZWA 5JVVA 1AVBA 4JC1A 1SLAA 5IT6A 3V0BA 2D3PA 3M3EA 3TICA 3V0AA 3MPPG 1INYA 5GZCA 2P2KA 4XYXA 3M3CA 4B7NA 3FUQA 3AP5A 1A4GA 1SBEA 4GKXA 4FVVA 3WZ1A 2C4LA 5JOZA 1IS6A 4YW5A 4R9DA 2F11A 2DTWA 1S0CA 1W20A 3NV2A 4GEZA 4B7QA 2A75A 2TEPA 4GB1A 1NCCN 2YY1A 4M3CB 1O4ZA 4YM3A 4R9AA 2DUOA 2AR6A 4Y22B 2GNBA 1HDKA 3WNXA 5E89A 1N1TA 1DYKA 1VALA 1LECA 4YLZA 3RS6A 1Z4ZA 1B09A 2YZ4A 5H9SA 2C4AA 3B01A 1FNYA 5T5PA 2F28A 2QWBA 1LOCA 1NCBN 1D0HA 1V0EA 2ZGMA 3WV6A 4P9WA 2W5NA 3LSEA 4UW6A 3M3QA 2E6VA 2HTRA 4Y20A 2AUYA 2YXSA 4NC5A 1IKQA 2A3WA 4Y1XA 3IMNA 4AWDA 3ZXKA 3RG0A 4YFWA 1MS5A 4MZAA 4MX0A 2QWIA 1N1SA 1LGCA 2EAKA 1GNHA 2JJ6A 4Q6KA 4M00A 4GKYA 5JDBA 5H9QA 1NMBN 4Q2FA 4LBQD 3I4IA 2QWGA 1A3KA 2XZIA 4H53A 3AXDA 3ZXJA 2ZHMA 1Z4YA 1GYKA 4Y1UA 5JOWA 1G9DA 2NN8A 3SANA 4GWNA 4XXPA 1W1XA 2YA5A 1MS0A 3SITA 2CY6A 1A78A 1HKDA 1XOGA 1LODA 4YG6A 1DGLA 2F24A 2PHTA 1N1VA 4B7JA 1USXA 1LJ7A 1IOAA 2CWSA 4YW1A 3N7KA 3SH3A 4YM2A 1SFYA 4WVVA 2AYHA 1GSLA 3TI4A 1AF9A 2D6MA 1WUVA 1L7FA 1V0ZA 2CL2A 3RRDA 3ZVXA 2W68A 1LTEA 4DQAA 3CL2A 1S0IA 3A71A 3V65A 5LK5A 3R4SA 2F29A 4CPOA 5KXDA 4UF7A 4YZ5A 3VKMA 3BEQA 2ZGKA 3NV3A 2HTQA 4WA5A 3PVNA 1XQNA 2C9AA 2PHRA 3AP4A 1QMJA 3WG1A 1QNWA 3FLRA 1MVQA 4MWLA 5DUUA 5HUGA 1DIMA 1FATA 3POSA 4IQPA 7NN9A 2A7AA 3ZSKA 3TAYA 1UMZA 3GALA 2YA4A 1DBNA 4AGGA 4FPKA 2WT1A 1OFSA 3ASIA 3W09A 1QDCA 1LOAA 3AZVA 2ZA9A 4I30A 1ENRA 1HQLA 5FRAA 3HN1A 3H72A 3ILRA 3D5OA 1WW5A 2JDZA 3VKOA 1WBFA 1DQ5A 1WCQA 4FP3A 4XE9A 5T55A 3B9CA 4MWYA 2WSVA 2VUAA 1GICA 3O0WA 1WLWA 3PJQA 2PHXA 4C1WA 1INXA 2F12A 3WDUA 1CVNA 4MJVA 3WCRA 4HZXA 2BATA 5CB7A 4FOWA 4X6KA 4KS5A 3KM5A 2VSKA 1A8DA 1QNYA 3ZPYA 2W52A 3BTAA 1AZDA 4K1IA 2F13A 1CESA 2D6LX 1URXA 1AJOA 1I3HA 4KS3A 4DGRA 5DZGA 4FPEA 4BQ1A 5JMCA 1BJIA 2VW1A 2ZHNA 2VK6A 5IK5A 1O4YA 3CYEA 4XHBA 2ZGNA 4LBMA 3R05A 2W5OA 4K3YA 1I1EA 4Y1VA 3QLQA 1F8EA 3TI8A 2R0HA 1ZA4A 4M4UA 4Z8BA 3A4UA 1V3BA 1JYCA 2BZDA 3H6JA 1ULDA 4FP2A 4Q8LA 1AX2A 5GLZA 4XJUA 1A4QA 4ISQA 3ZYPA 3W58A 2QWAA 2D6KA 1NNBA 3K3AA 3SISA 2NMNA 1JBCA 1V00A 4HZWA 2GN7A 4BMEA 3T1MA 4XTMA 1B9TA 4X4AA 4U36A 4WEFA 1ZM1A 2B8HA 4CPZA 2JKBA 1AX1A 2HT8A 2HTWA 1WW7A 2GNTA 2ZB5A 4XJWA 3B69A 2E7TA 1QDOA 3AXEA 1Q8PA 6NN9A 1BJQA 1PZ9A 3SH5A 1LGNA 4UW4A 1H9PA 3IN9A 4PQ9A 1IVFA 2UURA 5DZEA 4ZXKA 4KS1A 2WT2A 4J9TA 3UJOA 1L7GA 1DQ1A 2VU9A 4GZPA 2G4IA 2EXIA 1ULEA 4P9XA 1GANA 1NMCA 5CA6A 1MWEA 1LU1A 1Y7BA 1SNTA 2XZJA 5EYXA 2DUPA 3SNMA 1IVGA 4XJZA 4YZ2A 1LOEA 5DUWA 4ASMB 1INWA 4FPYA 4LBQB 4SLIA 2QWKA 3DGTA 4WEGA 5T50A 4RA0A 3UK9A 2GN3A 4BM8A 1NLSA 3FLPA 2A6YA 4FZHA 5DXDA 1ULCA 3AJYA 3NV1A 4YW2A 3C2UA 1F9KA 3USUB 4GXLA 2F26A 4HZZA 1ENQA 1FYUA 1BZWA 1IVEA 4C1XA 1W0OA 4GA9A 4BLIA 1EURA 1N47A 4XIOA 1W6PA 1G9AA 5IK8A 4DRRA 1INVA 1SACA 5EYYA 2YDTA 1VLNA 1UAIA 1NXD1 1WD3A 5T5LA 2FHRA 1GZ9A 2AH2A 2DYCA 3CNAA 4DFSA 1W8NA 1RIRA 2ZHLA 1INHA 4GZQA 2HU4A 3ATGA 2VXRA 3ZXEA 4BPZA 1W6QB 4P14A 2VSMA 1H30A 1GZCA 1F5FA 3PMEA 1W8OA 3D11A 3SLIA 2YA7A 1YRZA 4GALA 2BQPA 2BF6A 4ATFA 4CRQA 3K36A 3NV4A 3FFZA 4HZVA 1SCRA 1W0PA 5T52A 3JU4A 2D44A 2EXJA 5IK7A 1GZWB 1DYPA 4I00A 3M3OA 2WQZC 3AZWA 2HTYA 3AYAA 1Z50A 4WVWA 2QWDA 5HUMA 2NZ9A 1YXWA 5JLVA 5EWSA 3POWA 2LALA 1V3EA 4CPNA 3B3QE 4Q8KA 2R16A 1G86A 2F25A 1QOTA 2A6VA 4K1ZA 2HYKA 4KS2A 3BOPA 3D4KA 4K1YA 1SLCA 4LBJA 5JYYA 4KS4A 5HX0A 4YM0A 4YGDA 1SBDA 1W6MB 4YGCA 1CONA 5DG1A 4Y26A 1NNAA 1OQ1A 1N3QA 2OW4A 3HR9A 1N1YA 4LBLA 1VAVA 1EUUA 4MWUA 1S0GA 4FQ4A 1Z4WA 2E7QA 3RMXA 1DZQA 4QN4A 3MW2A 5KXEA 2A6XA 3OY8A 2JE7A 1W21A 3AX4A 4Y1ZA 4CPLA 3BIWE 5B2CA 1LULA 1Q8VA 5GLWA 1KQRA 1GNZA 4TZDA 3AP7A 4R9CA 1V6OA 4XILA 4AVSA 1Z4XA 4XJ8A 1H9WA 1UZZA 1RITA 2V5YA 2SLIA 2YA6A 4FPCA 3LSDA 2ZZJA 3ZSLA 3OYWB 2WLQA 1N3PA 5IUQA 1G7YA 1Z0HA 1Q56A 4MWQA 5HCFA 3VKNA 3TI5A 4GZOA 3ENRA 5KXBA 2ZMNA 1DQ2A 1QGLA 5HCAA 1LESA 4MWRA 1YYNA 3NSSA 2ZGPA 4PCRA 4MWJA 2H0BA 2CMLA 2ERFA 2E53A 1DILA 1QOSA 2GMEA 2D3SA 1J1TA 2EALA 3VKFC 1A14N 4RL7A 1DQ4A 3V0BB 4UW3A 2A6WA 3V0AB 1W6OA 4FOQA 1JW6A 2D6OX 4YW3A 1GKBA 1W6NA 2ZGUA 3PVEA 1BXHA 3WLUA 2F0ZA 3WG4A 4XBLA 1W6PB 2HT7A 2NYYA 3T2TA 3GVLA 2QWHA 3AYEA 4JRAA 1NSDA 5L73A 3O9JA 5FREA 3AP9A 1F8CA 5GZFA 2PHFA 4D8SA 3H73A 3GVJA 4YW4A 4DPNA 1V3DA 1LU2A 4NN9A 1CJPA 2QWFA 5GLUA 1UL9A 2ZGQA 4AGRA 1C1LA 1S0EA 4XDQA 1SCSA 1E8UA 4X47A 1WD4A 4H52A 5DZFA 4AYUA 1EUSA 1LEMA 4K21A 1U0AA 2JD4A 5CNAA 4AVVA 4L8QA 2UWCA 3BODA 4Y20B 4Y24A 4YM1A 5DG2A 4YZ3A 1SBFA 1AXKA 2AREA 2D6NA 3AYCA 3IPVA 2CYFA 2EXHA 1QKQA 3ILFA 1S0FA 5GALA 3K38A 1PZ7A 4DS0A 5HCBA 1VAMA 2XB6C 4CPMA 1NN2A 1HQWA 2CWMA 1SO7A 1NCDN 2FMDA 2NP0A 5T54A 2HTUA 2DVGA 3RMYA 2CTVA 1LENA 4M3MA 2YA8A 1S0JA 2XCYA 1ENSA 3WG2A 1FNZA 2D6PA 1IS4A 1SLTA 4Y22A 1LOBA 4B7MA 1LOFA 2DWRA 2D7FA 3OY8B 4NOTA 4XTPA 4QN7A 1KDMA 4P9YA 1INGA 3A72A 3INBA 1Z4VA 2EIGA 3ILNA 1NCAN 4R9BA 3ZSMA 2Z42A 1LHNA 4F83A 4XJRA 2A6ZA 1VCJA 3SILA 1Q8QA 1IS3A 1LHVA 2ZGRA 1NSCA 3A0KA 4FPHA 3O5SA 4MWXA 1S1AA 4XMIA 4FOVA 2F10A 1TEIA 3H0OA 1Z78A 1UPSA 4AVTA 3AJZA 1UN1A 2RHPA 4FPGA 2RKCA 2P37A 1N3OA 4XZPA 4LBOA 4AGVA 3RSJA 4M4VA 3WHUA 1QOOA 3ALWA 4W65A 3WVJA 1E8VA 3ZSJA 2YDPA 4XBQA 1V6IA 3KQRA 1AXZA 3VKLA 1JUIA 4GDIA 3AZXA 3T1EA 2ZGLA 4XJAA 5DUXA 2VWDA 1CPMA 3ZYRA 5GZGA 5M1ZA 2ZHKA 1DLLA 3WG3A 1C57A 4XBNA 2VK5A 3RQ0A 3IKWA 2R1DA 5GM0A 5GLTA 2DVAA 4Q1PA 2D43A 1IVBA 2B7YA 3UJQA 2YV8A 2GDFA 4GDJA 2ENRA 3APBA 4YGEA 2EXKA 1PZ8A 4NO4A 1AXYA 2ZABA 4YG3A 1DHKB 4FQZA 2W38A 5E88A 1BKZA 4YGBA 4H55A 1NMAN 4WA3A 1DFQA 3O0XA 1NNCA 5HUNA 4HL0A 5AVAA 3LCPA 2W39A 4K1JA 4ITCA 1FV2A 1BQPA 1CR7A 5F9TA 5BYNA 3IPVB 1MS3A 1FX5A 1QF3A 1WW6A 2P3IA 1IVDA 4D69A 1MZ6A 1F8DA 1ULGA 2DU0A 2ZGSA 1MS8A 3POYA 3O9KA 4WA4A 2PHUA 1FV3A 1MACA 2W08A 1MS4A 2PELA 3WOGA 1F8BA 2DVDA 4DRVA 5GLVA 2P3JA 3WCSA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4ASMB 2XBO2 4X6RB 5D8AB 4RGAA 5ABJA 4FJ6A 5F5AA 2OJHA 2A3YA 1KFXL 2R043 3B02A 4JDOA 3VV1A 3CKZA 2GNMA 3K39A 1ZRFA 1OKQA 4MADA 3BKZA 5JSPA 3H71A 1UU4A 5FY5A 1PJXA 4K1KA 2PN5A 1X82A 1ASJ2 4CEYC 2WZEA 4NAOA 4QNPA 1KJLA 4L7DA 1REFA 2OA2A 3CZUA 2MEV2 1W9FA 1IUCA 5D1IA 3L6VA 3VD3A 1F2NA 3JUUA 2W1SA 1V6LA 5DN2A 3AKRA 4YFZA 3DXUA 3WUCA 1AR82 3BTXA 1NA1C 5BNNB 4LK6A 4LBNA 5LA0A 2ORXA 1N6DA 4B7RA 1EP0A 2DCKA 4J1WA 3VBHC 3JU9A 2QDRA 2AENA 4INDA 4FOYA 4ZZ5A 1OA4A 2KXLA 4TLFA 3AK0A 2L9LA 4COVA 4TN7A 1GBGA 1RMU3 5L9VA 4IETA 5FPZA 3P6BA 3ZR6A 5FQ0B 2GP3A 4TTGA 3Q9OA 1V6MA 2POOA 4FPJA 3WSOA 1W9SA 2BNMA 2XLFA 3HMYA 4PBOA 5C8CC 4CP0A 1SLBA 3AP6A 3HJRA 3K77A 4YVWB 5LASA 1UX7A 4C1YB 1SUUA 4HHQA 3DL3A 2W8BB 2B9VA 4BOWA 2R1BA 2JG9C 5IVVA 1WLCA 1MR5A 2E51A 3QCWA 3TIBA 2WSUA 1V2IA 2QE8A 1QH6A 1O5UA 3IWZA 5JAXA 2P34A 3R4DB 3VUOA 2I2SA 4RQPC 1KFUL 1IPJA 1WW4A 3PU3A 3HNMA 4QPIA 3MLLA 1OF3A 5FPLA 2XJUA 5FZHA 1FI2A 4GN7A 4GZSA 2NMOA 1K3IA 1WCUA 2VW0A 2WKKA 1VMJA 3J7LA 3KLSA 4IE5A 4LO7A 3R4UA 4TWTA 5DAQA 5FZ7A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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