4FOWA

Crystal structure of the nanb sialidase from streptococcus pneumoniae in complex with 3-ammoniopropane-1-sulfonate
Total Genus 200
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
200
sequence length
658
structure length
658
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYDIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase/inhibitor
molecule keywords Sialidase B
publication title Synthesis and structural characterisation of selective non-carbohydrate-based inhibitors of bacterial sialidases.
pubmed doi rcsb
source organism Streptococcus pneumoniae
total genus 200
structure length 658
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2012-06-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4fowA03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4fowA01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4fowA02
4CZSA 4ISQA 2HT7A 3K36A 4F83A 4YW4A 4JCKA 3BTAA 4BPZA 1R1ZA 3R05A 2BF6A 5IK8A 1N1VA 4GA9A 1SO7A 4QNPA 1VALA 1W6MA 4GWMA 1WW5A 2DUOA 1DLLA 1MZ6A 4NO4A 1CJPA 4K1IA 4ITCA 3V0AB 1SBDA 5B2CA 1IKQA 1Q8SA 1MACA 3FUQA 3ZXLA 2AEQA 2JECA 1FV3A 1Z4VA 4M4VA 2ZABA 3TB0A 3APBA 4D8SA 3D4KA 2ERFA 2XB6C 2GMMA 1B9SA 3ATGA 3DUIA 4YG3A 3FLTA 2A3XA 3ZSJA 3PMEA 2WLQA 2ZZJA 1V0EA 4FOQA 1QF3A 4ISRA 4RA0A 3ZYPA 3FFZA 4UW3A 2DWRA 4GJTA 1PZ8A 5EXOA 1FX5A 3AP9A 2F26A 2NMNA 4XJ9A 4Y20B 3B9CA 3IN9A 3RG0A 4X47A 2AH2A 5T5JA 1F8EA 3UL2A 1XOGA 1C4RA 4PCRA 1G9BA 1DZQA 2R0HA 4HZVA 1A8DA 2UURA 3GVJA 4XHBA 3AP5A 3M3OA 3WHUA 3FUOA 5GLZA 2A3WA 4BMEA 2NYYA 4Q8KA 3V0BB 1W6QA 3M1HA 1GNHA 5KXEA 1YI7A 3M3CA 3NV2A 4FPLA 3VKNA 2H0BA 1G7YA 4R9DA 1BXHA 1LHVA 3T1EA 1SBEA 1FNYA 2EXIA 1LJ7A 1LGNA 1RINA 3ZSMA 4QN3A 4LBOA 2CY6A 1SCSA 4Y1ZA 4Y24A 4MWJA 4M00A 2ZGRA 2XZKA 3H0OA 4CPOA 4GZTA 2VW2A 1USXA 5JYYA 1ULFA 1I1EA 2XZIA 1EPWA 1N3QA 4GKXA 4Q27A 4MWLA 2WT2A 1AJOA 1HKDA 1Z4WA 4K3YA 4LBKA 4GZOA 2GNBA 3AZWA 4PF5A 3W58A 4XJWA 2W38A 2HTVA 1DILA 3ZXJA 1KJLA 5CB7A 3WVJA 5IT6A 4JF7A 1GBGA 1NSDA 5FREA 1W0OA 3IPVA 4XIOA 1MZ5A 1LECA 5JOXA 4PQ9A 4PBPA 1V0FA 4HL0A 1IS4A 3Q9OA 2PHTA 2R1BA 1ULEA 5T5OA 3PVOA 1RITA 4Q2FA 1F8BA 3AXEA 2GNMA 3ASIA 2WSVA 1LCLA 2SIMA 4FP2A 2ZBJA 3TAYA 4Y1UA 3H6JA 4P9YA 2DU0A 4YM1A 3WG4A 3VUOA 1DIMA 2R49A 3FBYA 2HTRA 3WOGA 4XTMA 2D6KA 5CAZA 2ZGQA 4KBBA 3O5SA 4M3CE 3WG3A 1S0JA 1AXZA 2GDFA 4XTPA 3N3HA 1GYKA 4I00A 2OVUA 2EXKA 1H9PA 2DVBA 3OBTA 2E51A 3ENRA 2C5DA 3O12A 1IKPA 3TIAA 5HUNA 1AVBA 1W6QB 4GZXA 3WDVA 1V3DA 3N7MA 2Z42A 5HCBA 4XJAA 4Y1XA 2JJ6A 4KS1A 2HT5A 2WKKA 4FOWA 3TI8A 2GN7A 1JW6A 1ENSA 4GXLA 4YFWA 4AGVA 2QWKA 4P9WA 2ZKNA 2NMOA 5DUXA 1CONA 4GALA 1W6PB 3M3EA 4HZXA 4K1HA 2SLIA 3WG1A 2P3KA 1A4GA 3KM5A 3RRDA 4MWYA 2DUQA 1DQ4A 3INAA 1GZWA 1OQ1A 1LOFC 1CIWA 1NXD1 1SLAA 2ZHKA 3POWA 1VIWB 1QOOA 3D12A 4MX0A 4K1KA 2VVZA 1VCJA 2HT8A 3K39A 3RQ0A 4DGRA 2A71A 3A72A 1N1SA 1UMZA 2JE9A 2JKBA 1JUIA 1LOCA 1ZA4A 3A71A 1UX6A 2SBAA 3KQRA 3V0AA 1LULA 1F8DA 4GDIA 5JOZA 1IOAA 3A4UA 4GZPA 5DUUA 1NNAA 3B01A 3MW4A 4YW3A 1G9FA 3B3QE 2ENRA 4XBLA 4XBNA 3CL0A 1BQPA 4YG6A 2ZB6A 1IS3A 4DS0A 4YZ5A 1YRZA 5E88A 1H9WA 3PVNA 1FNZA 4Q1PA 3JU4A 2YA8A 4MWUA 1IVFA 1W1XA 4FPEA 4HZZA 1BJQA 4XXPA 1SLCA 3WLUA 1VAMA 3VKOA 1V3EA 2DVDA 4Y20A 2B8HA 1N3OA 4B7MA 2ZHLA 1KITA 4QN7A 4RL7A 5GZDA 1NCCN 1TEIA 3FLRA 4FZHA 1LEDA 3BIWE 1NMBN 3D11A 1NLSA 3N7KA 5DZFA 5KXBA 1LOFA 4BLJA 2W68A 4DRRA 4YGCA 2PHFA 5DUVA 1WBLA 4UW6A 2ARBA 1LHUA 1DQ1A 1FYUA 2YMZA 5IK7A 1LU1A 2BQPA 2F10A 2D7FA 2CWMA 1QNWA 3QCWA 4YFZA 1N47A 2QWDA 1FATA 2VW1A 3UK9A 2CNAA 1SLTA 1SLLA 3GVLA 2F28A 2PHXA 4WZFA 5GLUA 3WDXA 4XHXA 1KDKA 4D69A 1ULCA 2VU9A 4WA4A 1AZDA 2GMEA 3USUB 4MWVA 1QOTA 3AP6A 1AX2A 4B7NA 3L2YA 4OZXA 1S0IA 1YO8A 1WD3A 1W8NA 3I4IA 4M3CF 2YDPA 1W6NB 1O4YA 4C1XA 1X50A 1W0PA 4XXAA 4CPLA 5DUWA 3IMNA 5GM0A 3TIBA 2F11A 4CPMA 4MWXA 4DRVA 2PELA 4X6KA 2PHWA 4XMIA 4AWDA 5H9SA 1LGCA 3BOPA 1NMCA 2I2SA 2BATA 1APNA 4H52A 4J9TA 2VK6A 2NZ9A 4HZYA 4FVKA 3TI5A 1UPSA 4NN9A 1CPNA 3AJYA 1A4QA 4FOYA 5HCFA 4H53A 5F9TA 1LOAA 2LALA 3H72A 2VK5A 2A7AA 3PJQA 1IVBA 3MW3A 4YW5A 2DTYA 1INWA 2R0FA 5AVAA 1INFA 4AVTA 4MC7A 3VKLA 4LBJA 1MS3A 1KQRA 1GNZA 4FPGA 4MJVA 3O9KA 4YM2A 2EIGA 4LBNA 3LSDA 2F13A 3R4SA 4WVWA 4ZKTB 4BM8A 4GWNA 2D6MA 1WLWA 4AGRA 1VCUA 3WDUA 4PBOA 2P37A 3FLPA 1DQ5A 2D6OX 4Q6KA 1WUVA 1FAYA 1DGLA 2D6PA 1XOEA 1W21A 1S1AA 5H9QA 1NCDN 2AENA 2KM2A 4FPFA 4BMBA 1LHNA 1QMJA 4TYSA 3AYEA 5DG1A 1W6PA 3TI4A 3I8TA 4YZ1A 2ZGOA 2NN8A 2HTUA 4BOWA 2EAKA 5T54A 1MVQA 2CWSA 3OYWB 2W5OA 2A6WA 1EUTA 3VV1A 1SBFA 4B7JA 4GZQA 2ZHNA 3N35A 2P2KA 5GZFA 4X49A 4AGGA 2SILA 1W8OA 3GALA 2C4AA 4M4NA 1NNBA 2VK7A 4I30A 2ZHMA 2DUPA 4LBLA 2AGSA 5IUQA 1Z4XA 5JDBA 1MS0A 2W08A 3ZSKA 1D0HA 4WA5A 3H73A 4HANA 2JE7A 4LBQB 5T52A 3JUUA 2WNEA 1A3KA 1IS5A 2ZMNA 4FPYA 2ZGKA 4NOTA 5DXDA 1GZ9A 3RSJA 3GVKA 1XQNA 2ZA9A 4XBQA 1DFQA 4K20A 5BYNA 4BLIA 1EUUA 1LOEA 7NN9A 5T50A 4M3CB 1BJIA 3SILA 1S0CA 2VWDA 4K1JA 2QWBA 1DIWA 3BEQA 4XILA 2CL2A 3WHTA 1Y7BA 5IK5A 3WUCA 4YG0A 1OFSA 2ARXA 4KS2A 4WV8A 1Z0HA 3PVEA 1D2SA 1G8WA 2D6NA 4FPOB 2CYFA 1S0FA 1Z4YA 3IM0A 2DU1A 2HYKA 1QKQA 1V6NA 1DHKB 2AEPA 1WD4A 4MJUA 4TZDA 2PHRA 1V3CA 2VW0A 4JRAA 3NSSA 2UWAA 4FOVA 1JBCA 1N1TA 3CKZA 4XOGA 2D3RA 5GLVA 1BYHA 1CR7A 5JOYA 2YROA 4ATEA 3K37A 3AP4A 1AX1A 2ZMLA 5EYXA 4M4UA 1GANA 5DZGA 3M2MA 1LTEA 5T5LA 4FPCA 1J1TA 1GLHA 4BQ1A 3T1LA 2WSUA 4GZSA 3WG2A 3BODA 1VAVA 2HTYA 4YW2A 1O4ZA 5M1ZA 3MPPG 4YM0A 1GSLA 3SANA 1GICA 3SH5A 2QWCA 1V6IA 3USUA 1WLDA 1CPMA 1SNTA 2YA7A 3UJQA 2JD4A 1LEMA 3B00A 2A70A 4L8QA 4YLZA 1AXKA 4GEZA 2CTVA 1W6NA 1EURA 1QDCA 3AYDA 3AZZA 1WW7A 1MS5A 2A6ZA 3WV6A 2VSMA 1U0AA 1OKQA 4WEFA 1LOGA 5GJ6A 3CL2A 4XJZA 1INYA 1UAIA 4QN6A 3ZPYA 1SFYA 1V3BA 4JC1A 2HTWA 1QU0A 3SLIA 3W09A 2P3IA 4YZ3A 4AVVA 1DYKA 1Z4ZA 4KS4A 5GALA 4XYXA 2VUAA 1NN2A 2GN3A 3UJOA 2WJSA 3AFKA 1F8CA 3V65A 3RMXA 4NC5A 2XCYA 2FHRA 2R1DA 1CVNA 2ZMKA 2D3SA 5EYYA 4XJRA 3CYEA 1JOJA 2EALA 4IQPA 3OY8B 3IKWA 2EF6A 2A75A 2ZGSA 1HDKA 2HU0A 2EXJA 4AYUA 3K38A 3QLQA 2YA6A 5HUMA 1WCQA 5T5PA 1JN2P 4MWQA 3LCPA 4XJ8A 5LK5A 2DVFA 4GKYA 2VXRA 4XJQA 2ZGUA 2AREA 3O0XA 1KDMA 3JU9A 2UU8A 2W52A 4DPNA 1CQ9A 3N36A 1NMAN 3ZVXA 2E7QA 4W65A 5GZGA 1IVDA 3WZ1A 1WW4A 2YZ4A 1LHOA 5GLWA 4HZWA 3OYWA 1NCBN 3O9JA 2UWBA 1JYCA 4YW1A 4Y1YA 1V2IA 4FPHA 1ENRA 1C57A 1E8TA 1AXYA 5E8AA 1Z50A 2HTQA 2ES3A 3C2UA 1ULDA 3SH3A 1QOSA 1S0GA 2GALA 1LHWA 3VKFC 4ZXKA 2A6XA 3H71A 1A14N 3AJZA 5KXDA 5CA6A 1F31A 1QGLA 4LBQA 3ZYRA 1Q8PA 2OW4A 2LTNA 2E7TA 5JOWA 2FMDA 4CTEA 2ZGLA 2P3JA 5H9RA 3B69A 1FV2A 2TEPA 4M3MA 2NM1A 2PHUA 2QWFA 5FRAA 4YGEA 3K3AA 3WUDA 3V64A 4M3CA 4Y22A 1DQ6A 2WQZC 1C1FA 1W20A 1G9CA 3AX4A 2V73A 1CN1A 3AZVA 2YV8A 3ILFA 4CPZA 2D6LX 1WCSA 4YM3A 3AYAA 1E8VA 2D43A 1MS9A 3MW2A 2F24A 1LODA 3N7JA 4XDQA 1YXWA 3OBRA 2WT1A 2OUHA 1SACA 2P34A 5E89A 1VLNA 1WBFA 1LOBA 4FQZA 3AXDA 5HX0A 1NCAN 2RKCA 1SLIA 1L7FA 4R9CA 4ATFA 1QDOA 4K1ZA 2ZGTA 1IVGA 3AP7A 3N7LA 3ALXA 3O0WA 4P14A 2C4LA 2YA5A 1JHNA 2DVGA 3ZSLA 4UW4A 2ZGNA 2F27A 2CMLA 4R9AA 1DQ0A 1ONAA 3OJBA 1F9KA 3HN1A 3ZXEA 3ZXKA 1W6OA 1UN1A 1HQWA 2VSKA 4WA3A 1G9AA 4HIZA 4QN5A 1BKZA 2XG3A 3O0VA 4FVVA 4UF7A 4YGDA 2DV9A 4U2AA 3LSEA 2A6VA 3HR9A 1V6MA 1YYNA 1INXA 3TI3A 3NWKA 4U36A 2F12A 4MZAA 3M3QA 2DVAA 3HMYA 5KXCA 3CNAA 4UW5A 1UZYA 3AK0A 2B7YA 1MS8A 3POYA 3B7EA 2W20A 1LENA 2UWCA 1W6MB 1EUSA 5DG2A 1F5FA 1MVEA 4GDJA 2WT0A 6NN9A 2JDZA 3W59A 2DYCA 2X9MA 5GZCA 4LBQD 1RIRA 1IVEA 2D3PA 4R9BA 2A6YA 1ULGA 2QWIA 1IVCA 5L73A 4Y22B 4GB1A 2V5YA 4LBMA 3ILRA 1N3PA 3RMYA 2DURA 2C9AA 2HU4A 1V6JA 1V0ZA 1B9VA 1S0EA 5JVVA 2BERA 4Y26A 3INBA 4YGBA 5SV8A 1YIFA 5CBLA 2YY1A 2AR6A 2W39A 3D5OA 3WDTA 3ZXFA 4BBWA 1MWEA 2GNTA 3TI6A 4P9XA 2QWJA 3OY8A 4YZ4A 3DGTA 4QN4A 4Q8LA 2RHPA 1Q8QA 4XJUA 1PZ7A 4M01A 2QWAA 5F5QA 1GKBA 1V6LA 5T55A 1KRIA 4Y1VA 5HUGA 4KS3A 2Q5TA 2ZGPA 4K1YA 5GZEA 1L7HA 2ZGMA 2D44A 1IS6A 4GZWA 1CESA 4Q26A 4C1WA 3T2TA 3OPZA 3WDYA 1W6OB 4YZ2A 1AX0A 1V6OA 4B7RA 3U4XA 4CPYA 3WCRA 4WEGA 3R4UA 4MZEA 4MWRA 1DYPA 2E53A 2E6VA 3D6EA 3SH4A 5JLVA 3MEPA 1Z78A 5EWSA 4XE9A 1SLBA 1MR5A 1QNYA 4ASMB 2YA4A 3AYCA 1ENQA 2G4IA 4CRQA 1Q8OA 1Q8VA 2QWEA 4CPNA 2EXHA 1L7GA 3OGGA 4Z8BA 1AJKA 3WDWA 3A0NA 4FP3A 1V00A 5IK4A 1MS1A 4XIKA 4X4AA 2VY0A 4FQ4A 1C1LA 5HCAA 1INVA 2QWGA 3SNMA 5NN9A 3IPVB 3ALWA 4KS5A 1LESA 3NV1A 4XMAA 1SCRA 2XZJA 1GZCA 1WLCA 4FJ6A 4XZPA 3ILNA 1MS4A 3NV3A 1DBNA 2NP0A 1B09A 5CNAA 5JMCA 3SISA 1JYIA 1KJRA 3SITA 5DZEA 4WVVA 1Q56A 2F29A 2GMPA 1GV9A 1WW6A 1N1YA 4H55A 4SLIA 1G9DA 1LGBA 5H9PA 1E8UA 2R16A 3AZXA 5GLTA 2DTWA 2VH9A 4FPKA 1NNCA 1PZ9A 2A3YA 2GNDA 1NSBA 3RS6A 1USRA 3T1MA 3TICA 1INGA 1JXNA 1S0DA 1H30A 3A0KA 4B7QA 5B2DA 2YDTA 1BZWA 1AF9A 3SALA 4Q1RA 3V0BA 2YXSA 1B9TA 3AZYA 1UZZA 1DQ2A 2OUJA 4K21A 2AUYA 1V6KA 1ZM1A 1NSCA 1URXA 2A5ZA 1G86A 1UL9A 3NV4A 1INHA 2W5NA 4NCSA 2QWHA 1I3HA 1LU2A 1HQLA 4MWWA 3WCSA 2F25A 2BZDA 2ZB5A 4DFSA 1A78A 2ZAAA 5HUKA 4AVSA 1S0BA 3POSA 3WNXA 2AYHA 1GZWB 4DQAA 2F0ZA 4FPJA 3VKMA 1HLCA 1UKGA 2ZACA 4MYEA 3NN9A 3GNEA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4IESA 4CZSA 2WZR3 2DSOA 4MSVA 2WA3A 4ISQA 2HT7A 3K36A 1XRUA 1YQ5A 4F83A 2B8MA 1A8MA 2QQUA 4YW4A 2HWF2 4LOTA 1QXRA 2W46A 4JCKA 4LNVA 4D0QA 3BTAA 1XXNA 1UWWA 4BPZA 3C3VA 4RFT0 1JOPA 5FMCA 1R1ZA 3SOQA 2YPDA 4UBHA 3VBSB 3R05A 1VBA3 2WFPA 2BF6A 1WZXA 5IK8A 3O1UA 4ASCA 2Y6LA 1N1VA 2WZR1 3A21A 4GA9A 1SO7A 4QNPA 1VALA 4CPBA 1W6MA 4RR3B 2GVWA 2OJHA 4GWMA 1WW5A 2DUOA 1DLLA 5A7PA 1MZ6A 4NO4A 1BMV2 4QDQA 1JZ7A 2WWUA 3LGRA 1CJPA 3HAGA 5D1IA 1BVP1 3GJAA 4E9KA 4ITCA 4K1IA 3P3PA 3V0AB 4QD2A 1VRH3 1W06A 1O8PA 3IAQA 4M4RA 5FYBA 1RUF3 1SQ4A 1HB3A 4Q4V3 1SBDA 1ZNPA 2W8BB 4CXXA 3AVRA 2DF7A 1IKQA 4HSJA 5B2CA 4AR2A 1Q8SA 1AR71 5FMBA 5IVBA 5HXVA 1HIXA 1MACA 2E26A 1SFPA 1X8MA 3FUQA 5DDJ3 3ZXLA 2AEQA 2YYOA 3BU7A 1FXZA 1KFUL 1FV3A 2JECA 4QQLA 2YG0A 1HW5A 4AEDA 1Z4VA 4M4VA 2BWAA 5BNPA 5G04L 3OCPA 3WR0A 1VRH1 5ACA3 4DMIA 1QQP3 1DGRN 1RUF1 2ZABA 4Q4V1 3TB0A 3APBA 4JQTA 2Q1ZB 5CG9A 4MYEA 3NSTA 3FFQA 3PVBB 4N53C 3DXTA 1NKGA 4N8MA 1PM4A 3D4KA 4QHOA 2ERFA 4BB3A 4F8AA 5EQUA 5JSOA 2PHLA 2VZOA 2I74A 1QJU2 4GULA 2XB6C 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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