4FOYA

Crystal structure of the nanb sialidase from streptococcus pneumoniae in complex with 2-(benzylammonio)ethanesulfonate
Total Genus 193
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
193
sequence length
658
structure length
658
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYDIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Synthesis and structural characterisation of selective non-carbohydrate-based inhibitors of bacterial sialidases.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/inhibitor
source organism Streptococcus pneumoniae
molecule keywords Sialidase B
total genus 193
structure length 658
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2012-06-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4foyA03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4foyA01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4foyA02
4AVSA 4NOTA 2JECA 1ZA4A 4FVVA 1EPWA 3VKOA 1V6IA 1SCRA 2DU0A 1LHNA 5IK7A 1GV9A 4CPNA 2C5DA 4UW3A 1YXWA 4GB1A 4XHXA 2NM1A 1KITA 4M3CE 2EXJA 3VKFC 2F26A 1Q8QA 2YY1A 4GJTA 1YRZA 3O12A 1X50A 1VCJA 5JOWA 4ASMB 4DRVA 4R9DA 1S0DA 4GWMA 5JVVA 4XBLA 1V3EA 5DUXA 3SLIA 4YG3A 3CNAA 3GVLA 2AYHA 4JRAA 1W6QA 4YLZA 1V3BA 4K3YA 1NN2A 3TI3A 4C1WA 1A3KA 4GA9A 4FPOB 1RITA 4B7JA 1GNZA 2DUQA 4FPGA 1HQWA 4HZZA 2YA8A 2WKKA 3AYCA 4PBPA 1DQ0A 1KJLA 3WZ1A 3WLUA 4YM3A 1KDKA 1Q8PA 3ALWA 3T1EA 4LBLA 1A78A 1H9PA 3FBYA 1V6MA 1USRA 1LOBA 2GNDA 1G9CA 3AYAA 2F0ZA 2A6VA 3RS6A 4XJAA 2AREA 2UWAA 3IPVA 2D6LX 1OFSA 3B00A 4FQZA 1NLSA 1LGNA 1W6OB 2YV8A 2C4AA 4WV8A 1IVCA 3HR9A 5GZEA 5AVAA 1F8BA 1OKQA 2UURA 4Y22B 4FPFA 4ZKTB 1GZ9A 3CKZA 1LESA 3A71A 3AYDA 2YMZA 2ES3A 2QWAA 4FOWA 2A71A 3H71A 4LBQB 5T54A 1SFYA 3T1MA 3A4UA 2C9AA 5IK8A 1NNAA 4ZXKA 1CONA 1WBFA 1GNHA 1UX6A 4AYUA 2D6OX 4YM0A 4YZ5A 1LULA 1SO7A 1ULCA 2X9MA 4K1JA 4BPZA 1INHA 1L7HA 1J1TA 1W0PA 1AXKA 3PVNA 3CYEA 1QOTA 3K37A 2XB6C 4Q1PA 4GZQA 1AJKA 3AP5A 5CB7A 4WVWA 4GDJA 2JD4A 2F28A 2DTWA 3ZXFA 5T5JA 1OQ1A 5IUQA 3FFZA 3AXEA 4XJRA 1LENA 2A5ZA 2AEQA 1DGLA 4BLIA 4M3CF 1G7YA 2DWRA 1H30A 3A0KA 4UF7A 1S0IA 2WSVA 1F8EA 3IKWA 1IVGA 2VW0A 1Q8VA 4HANA 4K1IA 3NV2A 1SBFA 2ZKNA 3OY8B 4MWQA 1I3HA 3WG3A 4DGRA 5DXDA 4NN9A 1NCDN 1INGA 1L7GA 1ZM1A 3PVOA 2PHXA 2HTWA 1N1YA 1MS9A 1SACA 1HDKA 3NV4A 3D5OA 1B9TA 3I4IA 3WDYA 1A4GA 3TI5A 2GMPA 4H52A 1DYPA 4KBBA 3M3OA 3WUDA 3AYEA 4PF5A 1Q56A 4Y20B 2NP0A 5M1ZA 1IKQA 5DUWA 4XJZA 1BZWA 4B7QA 2ZA9A 3Q9OA 4RL7A 4YGBA 1CJPA 2ZGMA 3VKLA 1F8DA 3WHTA 1DQ1A 3AZXA 4Y22A 1IS5A 2VWDA 4YGDA 2F12A 1INVA 2YROA 3H6JA 3ASIA 1C1LA 3ZSMA 1W6NB 5DUVA 4J9TA 4MYEA 2GN7A 4CTEA 2B8HA 1VCUA 2OVUA 3AZZA 4Q27A 1LOCA 4M4VA 3FLTA 4CPZA 4MWUA 4FJ6A 1INFA 1LODA 2BQPA 3O9KA 4YZ1A 3B7EA 4Y1UA 4MWRA 1LHWA 2CWMA 1N3QA 2FMDA 4WZFA 2GMEA 3N35A 2D3PA 1WD4A 3WVJA 2ZBJA 3W58A 1GLHA 1MZ5A 2WSUA 4HIZA 4GDIA 4XXAA 1W6MB 4UW6A 4M4UA 2WT0A 1EUTA 2D6KA 2JJ6A 2WJSA 3N7MA 4DPNA 2DYCA 3ENRA 1INWA 4BOWA 2D6PA 2QWBA 2ARBA 3ZVXA 1UL9A 3WCSA 3UJQA 2YA5A 2CWSA 1CPMA 3B69A 1QDCA 3W59A 2ZZJA 4PQ9A 3AP6A 3K3AA 1A8DA 1AJOA 1G9BA 2BERA 4FPLA 2F13A 3OY8A 1B9VA 1EURA 1QNWA 1VIWB 3AP4A 1W1XA 2BZDA 2ZMLA 2P3IA 4FPCA 2VVZA 1O4YA 3MW2A 4Y24A 2CYFA 2RHPA 3FUOA 2A75A 1DQ6A 3SH5A 4MWXA 4MJVA 4FPKA 2UWCA 2KM2A 2CMLA 1BJQA 5KXDA 3NN9A 2NMOA 2VK7A 2ZB6A 1IS4A 2QWJA 5HX0A 2P37A 1UKGA 4CZSA 2EXKA 4UW4A 4FQ4A 3GVKA 5T55A 3POSA 3UL2A 3POWA 4QNPA 2ZB5A 2HTYA 1BYHA 2XZIA 3ZXEA 3BEQA 1ENQA 3A72A 4RA0A 1V6KA 2A7AA 4FPJA 5E8AA 1N3OA 1V3CA 4FOVA 2AGSA 3UK9A 3MPPG 1G9DA 2BATA 3WCRA 2ZGSA 5GLTA 3WG4A 1HQLA 3VV1A 1DLLA 3K36A 1HLCA 2VK6A 4U36A 2ZGTA 2AR6A 3ILFA 2D6MA 1GSLA 1V6NA 3WDXA 1JUIA 4X6KA 1KJRA 1RIRA 3LSDA 4M3CB 3NWKA 1SBDA 2ZGRA 2W38A 5JOXA 1LU1A 3ZSJA 2R49A 1WCQA 4B7RA 5NN9A 5EYXA 3O5SA 5H9PA 3VKNA 1UZZA 1W6PB 3AK0A 1JW6A 2DUPA 2CTVA 3SNMA 3LCPA 4MJUA 2WNEA 1IVDA 4QN3A 4M00A 2A3YA 2W52A 2SLIA 4Y1YA 3W09A 4MWJA 1XOGA 5F9TA 2ZHLA 4Z8BA 4P9WA 2YDPA 4HZVA 2D3RA 4GALA 2G4IA 4XOGA 2HTQA 1Z50A 2TEPA 2CL2A 2HTVA 1AX2A 2D43A 1RINA 2AEPA 1V00A 2D3SA 3USUA 2ZMKA 4PCRA 1LECA 2PHTA 3A0NA 4OZXA 3AZYA 3WNXA 2AENA 2XCYA 3RQ0A 1IVBA 1U0AA 2EXHA 1NCBN 4YGCA 2ZHMA 3BODA 1BKZA 1AX0A 3BIWE 1W8NA 1DIMA 3SALA 4MZAA 4XBQA 2VW1A 2E53A 4XXPA 1SLCA 3OBRA 4JF7A 1IKPA 3OGGA 3V65A 4K1YA 5T5LA 2DU1A 4GZTA 4XYXA 4BM8A 1SLTA 1NSCA 1LTEA 3V0BB 1LEMA 5T5OA 3N7KA 2Z42A 1SNTA 1HKDA 4ISQA 1C4RA 4FOQA 2OW4A 3FLRA 5HUMA 1EUSA 2F10A 4LBQD 5B2CA 4FPHA 3IN9A 4P9XA 1N1TA 2D7FA 2GN3A 1GKBA 4WA5A 2QWHA 5H9RA 2R0HA 2EIGA 5GLVA 5CBLA 4AWDA 4Q2FA 3OPZA 2A3WA 7NN9A 1MS5A 4XDQA 4HZYA 3ZYRA 3PVEA 3QLQA 1GZCA 1E8TA 2P3KA 4BMEA 1UPSA 4YZ2A 1QKQA 5B2DA 1LEDA 4YFWA 5KXCA 4MWYA 5HUNA 4TZDA 4XIKA 3D11A 1BXHA 1GICA 3WV6A 2E7TA 4ITCA 3FLPA 5DG2A 6NN9A 1IOAA 4XTPA 1ENRA 4YG6A 3SILA 1NMAN 1MS4A 4YW2A 2GDFA 2GNTA 4WVVA 4FP2A 3AXDA 4JCKA 1V3DA 1LOEA 3IMNA 5HUKA 1LOGA 4SLIA 4F83A 3TAYA 1CVNA 3D12A 5IT6A 5LK5A 5BYNA 3OYWB 4QN5A 4GEZA 1DHKB 4MWVA 4FPEA 2DVDA 1IVEA 1Z4VA 1FNZA 1Z4YA 4NCSA 1R1ZA 2GNMA 4K21A 5KXBA 1AZDA 2Q5TA 4MWLA 1UAIA 2YA6A 2DVAA 5GLZA 2H0BA 2ZGOA 1PZ9A 1W6OA 3WG2A 5EXOA 4PBOA 3B3QE 3ZXLA 1IS6A 3RMYA 3R4UA 3AZWA 3M3CA 3MW3A 3SITA 3NV1A 3WDTA 5IK4A 4M3MA 4JC1A 4AGGA 2EXIA 1N1SA 4Q8KA 1I1EA 2ARXA 4I00A 2DVFA 1YIFA 1S0JA 1V6LA 5HCAA 2DURA 2A6XA 1AXZA 2W68A 3PMEA 3AFKA 1LGCA 4LBQA 1V6JA 3O9JA 3VUOA 1C1FA 3WHUA 3O0XA 3JUUA 2VXRA 2EAKA 4YW4A 1WW4A 2UWBA 1Z4ZA 3OBTA 4LBMA 2R16A 1Z4WA 3B01A 4DRRA 1ENSA 2XG3A 4K1HA 4I30A 2I2SA 1NMBN 1WLDA 2D6NA 3N36A 4BQ1A 2BF6A 1DILA 3OJBA 3K39A 4BBWA 1DZQA 1FV2A 2ZGNA 4B7MA 4YW1A 1V0ZA 1USXA 2ZACA 2DUOA 3CL2A 5CNAA 4YGEA 2HTRA 1IS3A 2QWKA 3IM0A 1AX1A 1S1AA 3H73A 4XHBA 1AVBA 3RSJA 1LU2A 4LBKA 2F29A 2CY6A 5GALA 5JDBA 5SV8A 5JMCA 1S0CA 4XBNA 2F25A 2VH9A 2SBAA 4Y26A 2HT5A 2QWIA 2AH2A 2ZHKA 4ISRA 1F5FA 3WG1A 1E8UA 3TB0A 2F27A 1W0OA 1SLLA 1AF9A 1FAYA 3AJZA 4D69A 3ILNA 1FYUA 1YYNA 1YO8A 1S0GA 4GWNA 1ULDA 3ZYPA 1NSBA 2R1DA 3POYA 3WDWA 1ULEA 2ZABA 4M4NA 1Z0HA 3KQRA 2HU4A 1FATA 2HYKA 4ATEA 4DQAA 3SH4A 4YM2A 2JE7A 2YA4A 4XE9A 3ZXJA 3DUIA 2F11A 3L2YA 4Q1RA 4Y20A 1DYKA 1JHNA 3M3QA 4XJUA 4AVVA 3AJYA 2LALA 4WA3A 1JOJA 1VALA 1CPNA 1LHUA 2WT2A 4LBNA 4QN6A 1QOOA 1NCCN 4YZ4A 4YW5A 1MS8A 4HL0A 1CQ9A 2V73A 4C1XA 1W6NA 3DGTA 3FUQA 4MWWA 4IQPA 4FOYA 5GLWA 3KM5A 4Q6KA 1JYCA 5DG1A 4XIOA 1LGBA 2OUHA 4YM1A 2NZ9A 5FRAA 2SIMA 3V64A 1E8VA 1WLCA 1EUUA 1D0HA 3GNEA 4K1KA 4GZXA 5GLUA 1B9SA 1GZWB 4R9AA 1DQ5A 1S0FA 1NMCA 3SISA 1W6MA 1IVFA 1LCLA 1SCSA 1JXNA 3NV3A 4KS4A 4X47A 2PHWA 2VSKA 1WW5A 3SANA 5GZDA 4B7NA 1G8WA 4KS2A 4NO4A 3R4SA 3LSEA 3WOGA 5DUUA 2LTNA 3ILRA 3H0OA 1VLNA 1LHVA 2W08A 2QWCA 1KRIA 2HTUA 4FPYA 5L73A 3O0WA 3VKMA 2NYYA 2HT8A 2DVGA 4GZOA 1MWEA 1G86A 1AXYA 4DS0A 4K20A 1WCSA 1MS1A 4WA4A 4H55A 3V0AB 4XZPA 2XZKA 3M1HA 2ZGQA 4CPYA 4XJ9A 1W21A 1F9KA 2DV9A 4NC5A 1GBGA 5EYYA 3WUCA 2P2KA 1WD3A 2YXSA 3GVJA 3D6EA 5DZGA 1QGLA 2VSMA 2VW2A 5JOYA 3WDVA 2SILA 1PZ7A 3NSSA 1LJ7A 1VAVA 4BLJA 4FVKA 5GM0A 5HCBA 1W8OA 5T50A 5E88A 1CR7A 2D44A 1LOFC 3N3HA 3AP7A 3B9CA 3INBA 2YZ4A 1ULGA 2GMMA 2ERFA 2F24A 2E7QA 4Y1VA 1UMZA 1LOAA 3RG0A 3ZPYA 1VAMA 2OUJA 3TI6A 4TYSA 4WEFA 2B7YA 1H9WA 2R1BA 1F8CA 3ALXA 3C2UA 2A6YA 4R9CA 2PHUA 2W20A 1APNA 1LHOA 1UN1A 3MW4A 4FP3A 2VUAA 1WUVA 1JN2P 3TIAA 4AGRA 2YDTA 1V2IA 4GZSA 1MS3A 2A6ZA 1A4QA 1N3PA 1Q8SA 3H72A 5DZFA 4XILA 3QCWA 1GZWA 1MS0A 1DIWA 1SLAA 2XZJA 1C57A 1FX5A 4GXLA 4GKYA 4M3CA 4R9BA 3TIBA 1JYIA 3D4KA 1N47A 3AP9A 2EALA 1QF3A 2R0FA 5E89A 1QNYA 5DZEA 4KS3A 4Q8LA 4GZPA 1W6PA 2VU9A 2ZGUA 2HT7A 1BJIA 4YG0A 1SBEA 1UZYA 4XJQA 2V5YA 2W39A 1NNCA 1XQNA 2WLQA 4YW3A 2ZGLA 2AUYA 4WEGA 5CA6A 4KS1A 1SLIA 1V0FA 3V0AA 2E6VA 3BTAA 4P9YA 1DQ4A 3ZSLA 3JU4A 5GJ6A 2A3XA 2YA7A 1ONAA 4DFSA 1MR5A 2QWGA 4HZXA 2PHFA 3BOPA 4Q26A 1L7FA 4W65A 1YI7A 3T2TA 2GNBA 4X49A 1FNYA 2EF6A 4XTMA 4BMBA 3ZSKA 1FV3A 5JLVA 2W5OA 3I8TA 4MC7A 1QU0A 2P3JA 4XJ8A 2WQZC 3GALA 5FREA 4CPOA 1NCAN 1PZ8A 1MZ6A 1WW7A 2P34A 4HZWA 1WLWA 3K38A 2DVBA 1INXA 3N7JA 1S0BA 2DTYA 2E51A 5JYYA 4FZHA 1CN1A 4MX0A 5HCFA 1BQPA 2UU8A 4M01A 3HN1A 2QWEA 4MZEA 3M3EA 3V0BA 2A6WA 4KS5A 1NXD1 2NMNA 2FHRA 4LBOA 4ATFA 3T1LA 5T5PA 3CL0A 1CESA 2QWFA 2VY0A 2HU0A 1NSDA 5GZCA 4CRQA 2ZAAA 1G9AA 1WBLA 2ZGKA 2C4LA 4GKXA 4K1ZA 2ZMNA 1DQ2A 1JBCA 3AX4A 2PHRA 4AGVA 1Y7BA 5CAZA 2VK5A 5F5QA 3APBA 1V6OA 3WDUA 1MVQA 4X4AA 4Y1ZA 1NNBA 4YZ3A 4GZWA 1URXA 2QWDA 5IK5A 4Y1XA 4L8QA 1G9FA 1ULFA 4D8SA 2PELA 1WW6A 2JKBA 4YFZA 3TI8A 3N7LA 1KQRA 1GANA 3TI4A 1B09A 3ATGA 3JU9A 3TICA 1W6QB 5H9QA 4XMAA 2RKCA 3M2MA 1QDOA 4QN4A 1QOSA 1Q8OA 2JDZA 5GZFA 1F31A 1MVEA 4XMIA 3OYWA 2JE9A 1CIWA 1O4ZA 1INYA 2ENRA 1MACA 2WT1A 1SLBA 3USUB 3RRDA 1V0EA 1DBNA 1S0EA 5EWSA 3UJOA 2CNAA 1W20A 2W5NA 5GZGA 1N1VA 3IPVB 3U4XA 4CPLA 1Z4XA 1LOFA 1Z78A 4H53A 1TEIA 3MEPA 3HMYA 2A70A 1KDMA 1QMJA 1GYKA 4U2AA 1XOEA 2ZHNA 3SH3A 3RMXA 5H9SA 3O0VA 5HUGA 3INAA 2GALA 4LBJA 5T52A 1DFQA 1D2SA 1A14N 5KXEA 4CPMA 4P14A 4XJWA 3R05A 2ZGPA 3AZVA 3PJQA 4UW5A 3ZXKA 4AVTA 4QN7A 2NN8A 5JOZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4AVSA 1RUH2 3ZYFA 4CU9A 4NOTA 5EP9A 1RUC1 3PNAA 3N9OA 2ZX2A 2JECA 1ZA4A 4P00B 2YBSA 4FVVA 3DYMA 1QXJA 3GZTB 4MLOA 1S4CA 5I0TA 2QFEA 4CEYB 3VBRC 1EPWA 5JCTA 3VKOA 1JHJA 1EV13 3WN7A 4IL7A 4R4ZA 2JIGA 1V6IA 1SCRA 1CAXB 3U14A 1VE0A 1ZZ6A 2DU0A 1LHNA 4B1LA 5FMOS 5CU1A 2HWD2 3ORJA 3J7MA 1GV9A 5IK7A 2Y60A 4CPNA 2C5DA 1OC1A 4UW3A 1YXWA 3G4HA 5FZHA 1W2OA 2E63A 2PAEA 3W20A 2UYBA 4A41A 4GB1A 4XHXA 2NM1A 2ORXA 3OGSA 4QMAA 2C9KA 4QKBA 5I0SA 3A22A 3I7DA 4QQOA 1KITA 2VD7A 4FBFA 4K9SA 3ZMOA 4C91A 5A6XA 4M3CE 5C3QA 3KVBA 3NNLA 2EXJA 5JWPA 5DDJ1 3VKFC 3ACIA 2WWJA 1E57A 3MIEA 4QPYA 2F26A 1Q8QA 2HWE2 2WNVA 4NRMA 5JZGC 1JZ5A 4KGGA 5DN2A 2YU1A 2YY1A 3IIIA 2IWGB 4GJTA 1W3XA 1YRZA 2TBVA 3ACGA 4COVA 3O12A 1SPPA 4HN0A 4UOUA 3T08A 1QXRA 1VBC3 1X50A 1C5IA 2V09A 1VCJA 1BCXA 3VD3A 3M4FA 1W9YA 3M8LA 5JOWA 2VAUA 3O1OA 4ASMB 4DRVA 1ZRDA 1XNAA 2XGXA 2QCSB 4R9DA 1WZXA 5FYTA 5KHHA 1S0DA 2QJVA 4GWMA 3WNKA 3HPNA 5JVVA 2E9QA 4QX8A 4XBLA 3UGFA 4NVPA 1C8M3 1WA6X 1E5IA 4L7CA 3BTXA 4ZXEA 1V3EA 2G1MA 5DUXA 4Q1UA 3SLIA 2PYTA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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