4FOYA

Crystal structure of the nanb sialidase from streptococcus pneumoniae in complex with 2-(benzylammonio)ethanesulfonate
Total Genus 193
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
193
sequence length
658
structure length
658
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYDIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase/inhibitor
molecule keywords Sialidase B
publication title Synthesis and structural characterisation of selective non-carbohydrate-based inhibitors of bacterial sialidases.
pubmed doi rcsb
source organism Streptococcus pneumoniae
total genus 193
structure length 658
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2012-06-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4foyA03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4foyA01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4foyA02
1F9KA 1IVDA 3T1LA 1QMJA 2D6MA 4Y1ZA 2ZGNA 1Q8SA 3POSA 2VW1A 4H52A 2VWDA 3WDTA 7NN9A 3AJYA 1SACA 2R1BA 5T54A 3AP6A 2VK7A 3T1MA 2PHFA 3O0WA 1DQ2A 2WLQA 4GALA 2XB6C 2ES3A 5F9TA 4BBWA 1L7FA 1S0BA 1QDCA 4JCKA 4UW3A 1KJRA 4BQ1A 5IK4A 1SFYA 3SH3A 4FOQA 4FVVA 1SLIA 4BOWA 1SO7A 4GEZA 1R1ZA 5GLTA 1A14N 1W6QB 2ZGKA 1GZ9A 1WBFA 1GANA 1INVA 2DUOA 4CRQA 2W52A 3NWKA 1WCSA 1J1TA 5E8AA 5IT6A 5HX0A 3K36A 1G8WA 3AZVA 3RMXA 1YO8A 3RG0A 4ZXKA 2YY1A 2YMZA 1Z50A 5JOYA 4XJQA 1MWEA 1W21A 4M4VA 1SBFA 2AH2A 3W59A 1A3KA 1CPNA 2A3WA 1WUVA 2V5YA 2GMEA 1NCDN 4Q1RA 2ZAAA 2R0FA 3AP4A 2GMMA 2E53A 3LCPA 2ZGRA 5DG1A 2WKKA 2P37A 5JLVA 3TI8A 1XOGA 2H0BA 3B3QE 3DUIA 4X49A 1EURA 4ISRA 2LALA 1DGLA 3SALA 2ZKNA 3WDWA 4R9DA 4KS5A 2DVFA 4F83A 5T5LA 1UL9A 2F28A 1AZDA 2HTYA 4FJ6A 3W58A 3ILRA 3GVJA 1VCUA 5DZEA 1NMBN 2QWBA 1INFA 1VCJA 2ZZJA 3OY8B 2D43A 2X9MA 2JDZA 4XHBA 1SLBA 1S0DA 3PJQA 4YW2A 5AVAA 1UZZA 1G9BA 2KM2A 1Q8QA 3LSEA 2A6VA 3AZWA 3VKLA 4QN6A 1QOTA 4YGCA 3V0BB 3AYCA 3RSJA 1W6OB 4U36A 2DU1A 1IS6A 1C1LA 4PF5A 1NCAN 4B7QA 1ENRA 3TIBA 3ZXFA 2EALA 1YXWA 4WVWA 4XJ9A 1GYKA 3WDXA 3T1EA 3MW2A 3PVEA 1AJKA 2WT0A 1S0GA 1A4GA 1AXZA 1GLHA 4YZ5A 2PHWA 1QNYA 3ZYRA 2YDTA 2DVBA 1UKGA 2D6LX 4Q1PA 2A6ZA 4YG3A 1S0FA 1W6NB 4JC1A 5HCBA 1OFSA 3AYDA 1A78A 2TEPA 2UWBA 2DYCA 3SH5A 5H9PA 1QOSA 4KS4A 2F26A 1OQ1A 2GDFA 1Q56A 2HU4A 4HZVA 3NV3A 3LSDA 3OY8A 2PHTA 1EUTA 1BJIA 2DVDA 3FFZA 1DQ6A 1LOAA 1LGNA 1CIWA 4JRAA 1XOEA 1MS0A 4C1WA 4YM2A 1UN1A 1B9VA 1H30A 1W6OA 2ARXA 5GZDA 2CTVA 4KBBA 1JXNA 2ZMKA 4YGEA 2VVZA 4AGVA 1ENSA 2YA8A 1AX0A 2AEQA 2D6KA 1SBEA 1S0EA 5GLVA 2NYYA 2GALA 1INGA 2W5OA 4KS3A 1LULA 4JF7A 2SBAA 3R05A 3IMNA 4CPMA 4M3CE 5HUMA 1IVBA 4KS2A 4M01A 4Q8KA 4MWJA 4CPOA 1JN2P 1F8DA 1NSDA 2D6NA 3K37A 1W6NA 4LBQD 1MVEA 2DVGA 3IN9A 4TZDA 4DQAA 4NCSA 2P3JA 1V3EA 1LHVA 2F10A 4XOGA 3AZXA 1E8UA 4M00A 1LOBA 4TYSA 2VK5A 1NCCN 4GZWA 3M1HA 4YW4A 1LENA 2ZBJA 1DIWA 2XG3A 2GNTA 1LOFC 3ZXJA 5FREA 3HR9A 1F31A 1I3HA 1QDOA 3WCSA 1C4RA 2C9AA 5JDBA 3R4UA 1SNTA 1AX1A 2XZIA 1SCSA 1BKZA 4R9BA 3IPVB 1Z0HA 2UWCA 1N3OA 1D0HA 3A0KA 2R1DA 4LBMA 4LBKA 2D3SA 2R0HA 4ITCA 4CTEA 4XZPA 3PVOA 1F8BA 1QGLA 4L8QA 3D12A 1BJQA 2XCYA 2C5DA 1IVFA 4XJAA 4HL0A 1LU1A 4Y26A 5JVVA 2EXKA 3CYEA 1DHKB 5T5PA 2YZ4A 2EF6A 4NN9A 5IK7A 1V00A 2VXRA 4FPYA 2RKCA 4YLZA 3JUUA 1N1YA 1E8TA 5L73A 2ZABA 1X50A 1FV3A 4PCRA 4XIKA 1DIMA 3AZYA 4BM8A 1GZWA 3BOPA 4FZHA 3H72A 3GVLA 3VKFC 3O0XA 5DUXA 1AVBA 2BF6A 2HTVA 2RHPA 3GNEA 2GMPA 1LHOA 3GVKA 3AYAA 3USUA 2F29A 1W6MB 3N7LA 1ZM1A 3OPZA 5EYXA 1KDMA 2JD4A 5EYYA 4NOTA 3NV2A 1QNWA 3ZSLA 2GNDA 3WG2A 4LBNA 1LCLA 1V6IA 4MC7A 1MR5A 4YM1A 1N3QA 1MVQA 1W0OA 1LEDA 1N47A 4WA5A 1DQ0A 3V0AA 2R16A 1JW6A 1MZ5A 3NV4A 5E88A 2E7QA 3I8TA 3BEQA 3OYWB 4BLJA 2AUYA 2CYFA 4FP3A 2A70A 1S0JA 2C4AA 1MS5A 4YFZA 3TI6A 4YZ2A 4GA9A 4FPJA 2GNMA 3H71A 3OGGA 1PZ8A 3B7EA 4FPKA 2W20A 4Q27A 2ZB5A 2JECA 4RA0A 1ZA4A 4MX0A 4AGRA 1RINA 1LOFA 1N1SA 1NSBA 1VALA 2JE9A 4GDIA 2NM1A 2BZDA 2EAKA 3VKMA 3MW3A 4FPHA 1YYNA 2A5ZA 5DXDA 2WSVA 3N35A 2NP0A 1IS4A 4XJRA 4XILA 2D6PA 4GB1A 4AYUA 4YW5A 5DG2A 1CJPA 1W6MA 2A6XA 3O9KA 1ENQA 2AREA 4CPZA 3GALA 1WD4A 1B9SA 1U0AA 4NO4A 1GICA 1BQPA 5HUNA 1Q8PA 2E7TA 3N7KA 1Z78A 1W0PA 4XXPA 2WT1A 4K1ZA 5GZEA 1LHUA 2JJ6A 4ATFA 4UW6A 4J9TA 5SV8A 4AGGA 5E89A 1UZYA 1BYHA 2P2KA 2NZ9A 2ZMNA 5EXOA 3ILFA 1SCRA 5EWSA 1LEMA 1C1FA 1LESA 1XQNA 2UU8A 3SLIA 2NMOA 2E51A 3RRDA 1INXA 4WA4A 1W6QA 2E6VA 3WOGA 1B9TA 4MWYA 4BPZA 2VSMA 2D6OX 4ZKTB 4D8SA 3W09A 2JE7A 2F24A 4Y20B 2B8HA 1IVCA 2YROA 2QWKA 1V2IA 4M3CB 1DFQA 3H6JA 4GZXA 4FPEA 2ZGTA 3V65A 1WW4A 4FPOB 4QN3A 4K1YA 3ZVXA 4DRVA 5T5OA 3ZSKA 2F27A 1QOOA 2YA6A 2D3RA 4M3MA 4GZQA 1V6LA 4YM0A 1ULCA 5LK5A 1LTEA 3AP9A 4HANA 2ARBA 2YA4A 2V73A 4XXAA 3NSSA 3UK9A 4D69A 3N36A 4MJVA 1SLCA 3ASIA 1DQ5A 3I4IA 2BERA 2QWCA 4ASMB 3VV1A 1LODA 4MJUA 1UX6A 5JOWA 2AYHA 3UJQA 4BMBA 5DUUA 4LBQB 1GKBA 2QWEA 2CWMA 4W65A 2A7AA 4FPLA 4FQZA 4WA3A 1CESA 5BYNA 2Z42A 3IKWA 1G7YA 4DRRA 5HCFA 3CNAA 1AJOA 4K21A 5JMCA 4CPLA 5GZCA 1QKQA 4GZPA 4GWNA 1H9WA 1URXA 1N1VA 3SNMA 2P34A 3V0BA 3M3QA 4FVKA 4K3YA 5KXDA 1DLLA 2WJSA 4Q2FA 1JUIA 4LBOA 3A4UA 4X47A 2WNEA 4CPYA 1GNHA 1MS3A 2BQPA 3O12A 5T5JA 4MZEA 4LBLA 4AVVA 4YG0A 4BMEA 3CL2A 4Y24A 3AX4A 4GKXA 1L7HA 3AYEA 4XHXA 3BODA 2ZMLA 5GJ6A 1VAMA 4XTMA 1APNA 1QF3A 1S0CA 2A75A 4Y1YA 4GKYA 1G9DA 3AP7A 4Y1VA 4YZ4A 5T55A 1NLSA 1I1EA 1LGCA 1DYKA 3ALXA 1INWA 3H73A 3PVNA 3A0NA 1HDKA 1Z4VA 1W1XA 2UWAA 4MWWA 2DU0A 2NMNA 1SBDA 2P3IA 4Y1UA 1LECA 3U4XA 2PHXA 1V6NA 1CN1A 4XYXA 3APBA 1DZQA 1NNBA 4LBJA 1BZWA 2ZGPA 1AXKA 1DQ4A 2HT7A 1FX5A 2ZGOA 4YW3A 2DTWA 2DURA 4WZFA 3AK0A 1EUSA 3FUQA 3B9CA 2OVUA 5DUWA 2EXHA 4HZXA 1V6MA 3UL2A 1S1AA 3M3OA 2W08A 3SANA 1W6PB 4P9WA 2ZGUA 4C1XA 2W5NA 3WDVA 1FATA 4MWUA 4HIZA 3HN1A 2A6WA 4DS0A 1W20A 2HU0A 3JU9A 3IM0A 1KDKA 2ZGMA 1HLCA 2AR6A 2HTUA 1DBNA 2ZHNA 2PELA 1V0EA 4B7JA 4B7NA 1V0FA 3FBYA 5FRAA 4XJ8A 1DILA 3RMYA 3N7JA 4XMIA 3VKOA 2CNAA 4K1IA 1A8DA 4AVSA 3N7MA 1NNAA 4YZ1A 1B09A 4FQ4A 3WDYA 1INYA 3WG4A 4FOVA 2F13A 2XZKA 4B7RA 1JOJA 3AXDA 2OUJA 2AEPA 1NSCA 3ATGA 1Q8OA 3AFKA 4M4NA 2PHRA 4GJTA 3HMYA 3WVJA 1WW5A 4FPGA 4GXLA 1CR7A 4GZSA 3TI4A 2ZHMA 1JYCA 1FAYA 3ILNA 4YZ3A 1HQWA 1GNZA 1Z4YA 2EXJA 2ZHKA 1BXHA 2QWFA 4DFSA 3INAA 4UW5A 3TICA 4ISQA 2ERFA 3WZ1A 1VLNA 2SLIA 4MZAA 4KS1A 2ZGQA 2QWAA 1KQRA 3MEPA 5H9SA 1MACA 2XZJA 4XBNA 2HT8A 2HTQA 4YG6A 1FNZA 3QLQA 3IPVA 2QWDA 3N3HA 2SIMA 2GN7A 1A4QA 1QU0A 4X4AA 5GLWA 1RIRA 2NN8A 3ZXKA 1LHWA 3FLTA 3MPPG 3KM5A 1Z4ZA 2LTNA 3L2YA 2HTRA 1VIWB 5GZGA 3MW4A 1GBGA 5T50A 1WW7A 1V3DA 1KRIA 1RITA 5M1ZA 4HZWA 5IUQA 1USXA 2F12A 2EXIA 2D3PA 3NN9A 1JBCA 1TEIA 1MS9A 1GZCA 2DTYA 4YFWA 2VW2A 3H0OA 2QWHA 1MS8A 4WEGA 4FPFA 1EUUA 3OBTA 2A3YA 4P9XA 1WBLA 2YV8A 1V3CA 3WHTA 2W39A 4FOYA 3TI5A 1YIFA 5JOZA 4XJZA 1CONA 1JYIA 2A3XA 4QN5A 2VW0A 3K39A 2G4IA 3BTAA 1V6KA 4YW1A 1S0IA 1YI7A 5B2CA 2VU9A 3TB0A 1WCQA 4XBLA 4H55A 2R49A 2DV9A 4PBOA 2WSUA 1AF9A 3TIAA 4PQ9A 2D7FA 2QWIA 5HCAA 2W68A 4NC5A 1GSLA 1NMCA 1G9CA 4DPNA 1USRA 1ONAA 1MS4A 3OYWA 1IKPA 2AGSA 4XDQA 2FMDA 2HT5A 1KJLA 5CBLA 1V0ZA 3NV1A 5CB7A 2CMLA 5GM0A 2JKBA 4MWVA 3V64A 1ULFA 1INHA 5JOXA 2D44A 4H53A 3T2TA 1Q8VA 1C57A 5H9QA 3WUDA 2CL2A 4IQPA 5T52A 3JU4A 1IVEA 1G9FA 1NCBN 1UMZA 3ZYPA 5KXBA 2C4LA 1PZ7A 4GZTA 2HYKA 2DUPA 2VY0A 4FOWA 4XTPA 1ULDA 3WV6A 4WEFA 1LOGA 4GZOA 1ULGA 3M2MA 4Q26A 3ZSJA 2ZGLA 4BLIA 3M3EA 3KQRA 3RS6A 4CPNA 1IS5A 5IK8A 3WHUA 4XMAA 3FUOA 4P9YA 3B01A 5KXEA 2YDPA 1GV9A 3CL0A 2QWJA 3D5OA 3C2UA 3SH4A 4I30A 4Y22B 3FLRA 4UF7A 4XJUA 1LHNA 2HTWA 3AP5A 3VKNA 3ZSMA 3WDUA 5HUGA 1MS1A 3WCRA 3AZZA 4MWLA 1OKQA 4K1HA 2CY6A 3D6EA 4WV8A 3O5SA 1WD3A 2WQZC 1FV2A 4M3CF 3TI3A 5DZFA 5IK5A 4AWDA 4MYEA 5JYYA 3BIWE 2F11A 4Y20A 1EPWA 2OW4A 1W8NA 5B2DA 2GNBA 4M3CA 1WLCA 3ZXEA 3B00A 3SISA 3UJOA 3ZXLA 1WW6A 2YA7A 1FNYA 3Q9OA 1KITA 3M3CA 4XBQA 3OBRA 3AXEA 1IVGA 4OZXA 5F5QA 1IOAA 4YGBA 3ENRA 2P3KA 1ULEA 5KXCA 4QNPA 1V6OA 3O0VA 3OJBA 1PZ9A 1V6JA 4CZSA 3WUCA 3AJZA 2Q5TA 4Q6KA 2F25A 2A6YA 4YGDA 4HZZA 4DGRA 4Y22A 3TAYA 5H9RA 3WG1A 1NNCA 1SLAA 4I00A 3POYA 1NN2A 1AXYA 1Y7BA 2VUAA 3O9JA 4K1JA 4YM3A 1G9AA 1UPSA 2DWRA 4UW4A 1SLTA 4LBQA 1F8EA 1UAIA 4MWXA 4K20A 3WLUA 4XE9A 2PHUA 1WLWA 3K38A 1O4YA 2A71A 3ALWA 2VSKA 1CVNA 2W38A 2QWGA 3CKZA 4QN7A 2ZA9A 3SITA 1FYUA 4FP2A 1LJ7A 1CPMA 1AX2A 2ZB6A 2SILA 4MWRA 1NXD1 1V3BA 1WLDA 5GLUA 1GZWB 4B7MA 3VUOA 1VAVA 2OUHA 5GALA 2ZHLA 2GN3A 3D11A 4QN4A 4R9AA 2UURA 1IKQA 2WT2A 4XJWA 3USUB 1G86A 6NN9A 2ZACA 1MZ6A 1Z4XA 3K3AA 1E8VA 1F5FA 1JHNA 2F0ZA 1IS3A 4XIOA 1LOEA 3INBA 2EIGA 1W8OA 3WG3A 4FPCA 3SILA 2VK6A 4Z8BA 1F8CA 1YRZA 2AENA 5DZGA 3ZPYA 1SLLA 3A72A 2CWSA 1LGBA 3V0AB 1DQ1A 4Q8LA 3RQ0A 1CQ9A 2DUQA 3POWA 2YA5A 1Z4WA 1LU2A 3PMEA 4R9CA 5CA6A 5NN9A 3A71A 5GLZA 4U2AA 2I2SA 2BATA 1HKDA 4AVTA 2ENRA 2B7YA 2ZGSA 4RL7A 4SLIA 3D4KA 3FLPA 1LOCA 4ATEA 4GDJA 1L7GA 4MWQA 3R4SA 3B69A 4PBPA 4WVVA 1O4ZA 3QCWA 1DYPA 1HQLA 4X6KA 1N3PA 4P14A 2DVAA 1W6PA 5HUKA 1N1TA 5DUVA 1H9PA 4Y1XA 1D2SA 1NMAN 4HZYA 2YXSA 5CNAA 2FHRA 5GZFA 2VH9A 3DGTA 4GWMA 5CAZA 4K1KA 4M4UA 3WNXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2EVXA 3ZGCA 2W47A 1F9KA 2JB4A 2XDVA 3FC0A 3OUHA 3VBUA 3WX5A 4N7IA 3T1LA 4YVWC 2FZ2A 1IVDA 4L7DA 1QMJA 2D6MA 4Y1ZA 1QJU3 2ZGNA 3FL7A 1Q8SA 2A1XA 2VW1A 3POSA 2GH2A 4H52A 3MIBA 2WUHA 5FK7A 2YU1A 5KHGA 5JR7B 3T08A 3BUCA 2VWDA 5LY2A 3WDTA 4IEQA 3JQWA 4LO6B 7NN9A 1CD3G 2VPJA 5A3MA 3AJYA 1SACA 2YDEA 2R1BA 1REEA 3OD4A 5T54A 3AP6A 5JI9A 4A42A 3T0AA 2VK7A 5F3EA 3T1MA 1DG6A 1H0BA 1OMIA 2PHFA 3J8F2 2N7GA 3O0WA 1DQ2A 2WLQA 2YGLA 4D7SA 1ASJ2 1GQPA 2YUEA 4GALA 1UF2C 2XB6C 5FYHA 2ES3A 5L36A 4EROA 5F9TA 5ABJC 2ZW9A 1I9RA 2O8OA 4V2VA 1N6EA 2XL7A 3A22A 4BBWA 5FP7A 1L7FA 1S0BA 5F5CA 4S2GA 3E6DA 2WLPA 3CKHA 1QDCA 4JCKA 4PF1A 3ZYJB 4UW3A 1KJRA 5BNPA 1CX1A 2J1SA 2QQVA 1NOVA 3WQ1A 5F3GA 4DO0A 4BK5A 4BQ1A 2FPBA 1PK6C 3K51A 3DF0A 3KVBA 5IK4A 1IJQA 5CFDC 3RI9A 2RR12 5EZWA 1S1DA 3BYCA 3DKWA 1SFYA 3LEGA 3GBWA 5IWFA 4Q4X2 3SH3A 2P1BA 3I3EA 4B1MA 4ET7A 4FOQA 3SEPA 2VZQA 4XFAA 4IE4A 1FT9A 3PU3A 4FVVA 1SLIA 3R6SA 3J8F3 3ZR6A 4BOWA 1SO7A 4GEZA 2W0XA 3A21A 2JXAA 1ASJ3 1YI9A 2YU2A 1R1ZA 3CF6E 3Q8AA 4N53B 5GLTA 3RI8A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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