4FP2A

Crystal structure of the nanb sialidase from streptococcus pneumoniae in complex with 2[(cyclohexylmethyl)ammonio]sulfonate
Total Genus 192
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
192
sequence length
658
structure length
658
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYDIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Synthesis and structural characterisation of selective non-carbohydrate-based inhibitors of bacterial sialidases.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/inhibitor
source organism Streptococcus pneumoniae
molecule keywords Sialidase B
total genus 192
structure length 658
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2012-06-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4fp2A03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4fp2A01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4fp2A02
4YGDA 1E8UA 3H6JA 1LOGA 1LTEA 3D4KA 1LODA 2AEQA 3AK0A 4MWWA 4CRQA 4Q8KA 3MPPG 2YV8A 1N1SA 1VAVA 2ZGQA 2RHPA 1UZYA 5JOYA 5CAZA 1KITA 1H9PA 2QWIA 4LBLA 4MZAA 2HU0A 3NWKA 4HZYA 3UL2A 3V0AA 1SLTA 4DRVA 4K1KA 2DTWA 1S0FA 5EYYA 1F31A 1Q8OA 1CQ9A 2XZJA 1AJOA 4AVTA 5T5JA 1CIWA 4NO4A 2NMNA 1FX5A 1G86A 1V3BA 1BZWA 1LGBA 1A8DA 2C5DA 5KXCA 3FLRA 2A6ZA 2EXJA 1ENSA 1NMAN 1CJPA 3TI5A 2GN7A 1LHNA 2A71A 1WW4A 1JN2P 3B7EA 4X6KA 1UN1A 1S0DA 1G9FA 5KXEA 4HZXA 3WCRA 2W68A 5JDBA 1HKDA 4LBKA 5JOZA 4OZXA 1AZDA 4MWRA 5KXDA 1LOFC 3L2YA 1W6MA 2JECA 3N35A 2WSVA 5CNAA 4GZSA 4LBQB 1Q8SA 1LU1A 3GNEA 4H55A 3NV1A 2ZHLA 3JUUA 2A6WA 2VWDA 2CTVA 4BLJA 1G9BA 3SLIA 3R4UA 2HTRA 4UW6A 2VK5A 1W0PA 3UJOA 4GKXA 5SV8A 1EUUA 3V64A 1GZWA 3AZVA 1QMJA 1ULEA 3T1LA 1WW5A 3POWA 4YG0A 2GNDA 3O9KA 1FV3A 4BQ1A 2V73A 2HT7A 2W39A 2ARBA 2X9MA 1IS3A 1A3KA 2P3JA 1GV9A 3C2UA 2R49A 2W20A 2P37A 3HMYA 3WG1A 4NCSA 1Q8QA 2YA5A 1DQ1A 1SLAA 5GJ6A 1NSCA 2VUAA 5IK4A 4Y22B 1N1YA 3O5SA 4TZDA 4KS2A 3AZXA 1Q8PA 3ILFA 2VU9A 1KJRA 1V0EA 3ZXFA 1LCLA 1WLDA 1NSBA 4XJAA 4DGRA 2W38A 3W59A 2R0HA 2Z42A 5JVVA 1DQ2A 4WEGA 4FVKA 3TIAA 2D44A 1AX1A 2AR6A 3NSSA 1F8DA 3MW4A 5HUGA 4XJZA 1AX0A 4P9WA 2EXIA 2DURA 3ZXJA 4WV8A 4AWDA 4XOGA 1ULFA 1V6KA 1F8BA 4YZ5A 3WDXA 3FUOA 4M4NA 1VCUA 4K1HA 2DU1A 1VLNA 4UW4A 3WDTA 3PJQA 5H9QA 3AP4A 3WDVA 3V0BA 3IN9A 3WZ1A 2QWDA 1DGLA 2ZHNA 3INBA 4R9CA 1KJLA 2W5NA 4FP2A 3GALA 1FAYA 2SIMA 3AYAA 1QDOA 1Z4XA 1S0IA 2XG3A 3AP9A 5B2CA 1ONAA 2JE7A 3WUDA 1AJKA 3BODA 2VSMA 3A0KA 5NN9A 1LOCA 2DVBA 1SLCA 4UF7A 5HCBA 3PMEA 4FOVA 1SLBA 2GMMA 3ASIA 2DUOA 2F12A 2HT5A 1LJ7A 3APBA 1WW7A 3ZPYA 4CPLA 4BOWA 4ATFA 1DIWA 4GDIA 1LOAA 1V6NA 4WA4A 4HANA 1SACA 3OYWB 1A14N 2ZABA 4B7JA 2DUQA 2QWFA 3PVOA 4Q27A 2W52A 1KRIA 1S0JA 3M3QA 2PHXA 2R1BA 4M00A 4WEFA 4XIOA 4WVVA 4K1IA 1V3DA 1GKBA 3WUCA 1DQ0A 3RS6A 5DUWA 3SH3A 5T52A 2HTVA 4YFWA 2R16A 4P9XA 1QOTA 1MZ6A 2GNTA 2C9AA 1JUIA 1IKQA 2D6PA 1B9SA 1N3PA 1V0ZA 1UKGA 1LOEA 4MJVA 5F9TA 1NCBN 4ZXKA 1FNZA 1S0BA 1UX6A 1ENRA 2JKBA 5DZEA 4MWYA 2EALA 2VVZA 2ZGUA 2Q5TA 2C4LA 2FMDA 1G7YA 4CPNA 1EPWA 2BATA 2F26A 1G9AA 5JLVA 4GZXA 1L7HA 4GWMA 4XILA 1KDMA 4M4UA 1IS5A 2EIGA 4LBQD 5T5PA 2YA6A 4FOQA 2VW1A 1FYUA 1RITA 2ES3A 1YIFA 1Y7BA 3V0AB 4YGBA 1LHOA 4FPGA 3UJQA 4ITCA 3AYEA 2A3YA 4M3CF 4LBOA 4XZPA 4AVVA 5FREA 1J1TA 2TEPA 3GVJA 3RSJA 2DYCA 2RKCA 1I1EA 1H9WA 3WNXA 2NN8A 4MWQA 1NNBA 1CN1A 1GZCA 1DHKB 1N1TA 1W20A 3D12A 3TAYA 4FP3A 1MR5A 1Z50A 3SILA 2ZB5A 4CPZA 2ZGLA 1C1FA 4YZ1A 4SLIA 2JJ6A 1SBFA 2W5OA 1N1VA 1QF3A 1W1XA 2WT1A 3A71A 4M4VA 3ZSLA 2D6OX 1NXD1 1GICA 1W6MB 4XJWA 4XJ8A 1EUTA 4MWXA 5CB7A 1LULA 2ZKNA 2BERA 4GJTA 2GMPA 1MS0A 2EXKA 3AFKA 3ILNA 1NCCN 1Q56A 4BMBA 1LEDA 2EF6A 1GZWB 3RQ0A 3ALWA 4CPYA 1G8WA 2WKKA 3O0WA 3SALA 1QDCA 2WNEA 4YGCA 4LBMA 1OKQA 3VKNA 4XJQA 1MZ5A 1IVGA 4YZ3A 5GZGA 4XTPA 1FATA 2YDTA 1A4GA 1W21A 2JE9A 2D3SA 4GZWA 1NLSA 3BOPA 3I4IA 2LALA 5AVAA 4HL0A 2LTNA 4XXAA 1LHWA 2A6VA 3I8TA 3WHTA 4AGRA 3IMNA 4KBBA 3BEQA 1WBFA 3N7LA 4YGEA 3RRDA 3JU9A 2G4IA 4XBNA 1LOFA 2HTQA 1BJIA 3RMXA 3VKFC 5T55A 2ERFA 4WVWA 5IK8A 1QGLA 1BJQA 2CWMA 3M3EA 3AJZA 2BZDA 4FVVA 1V00A 3OJBA 2CY6A 4I00A 1D0HA 4TYSA 4I30A 4MC7A 4FPEA 3MW3A 5DZGA 1MS3A 3M3CA 1ULGA 2B8HA 4GZTA 1W6OA 3AZYA 4XDQA 1C57A 1HDKA 2ZGKA 2P3IA 5GZEA 1HLCA 2A6YA 1VIWB 4M3CA 3V0BB 2SILA 3OPZA 1PZ7A 3ZYRA 1LECA 1V6LA 4FQ4A 2JD4A 1JYIA 4PBPA 3SANA 2D3PA 1V0FA 4YM3A 1QNWA 2XZIA 3OY8A 1RINA 3IM0A 1QOOA 1C1LA 1IVDA 3WDUA 1URXA 1UL9A 4J9TA 1MS5A 3ZSMA 3HN1A 4YW4A 3KM5A 3WG2A 2JDZA 5T50A 3NN9A 5GZCA 2ZGNA 5GM0A 1DYPA 2DUPA 5E8AA 4BBWA 3RG0A 2QWGA 2D6LX 2DTYA 4YLZA 1JXNA 3T2TA 1MWEA 2VK6A 4GZOA 4QN7A 2ZHKA 2CNAA 5H9PA 4Y1YA 3INAA 1A4QA 2YA4A 1N47A 1WD3A 3FLTA 3LSDA 4B7RA 4P14A 1INHA 1MVQA 1LGCA 1I3HA 1YI7A 1JW6A 3VKLA 3K36A 4GB1A 1Z4VA 5HCAA 1L7FA 4MX0A 1NNAA 3VV1A 3VKOA 1E8VA 1WCSA 2VK7A 2UU8A 4YW1A 3D6EA 3N7MA 7NN9A 6NN9A 2ZMNA 4DPNA 1N3QA 4MWJA 4Y1ZA 4FPOB 5JOWA 2AGSA 1W6PA 3WOGA 2HU4A 1YXWA 2WJSA 4BM8A 2ZGRA 1VCJA 5CA6A 1AVBA 5EXOA 1DLLA 5B2DA 3K37A 4KS5A 2VY0A 3USUA 1DFQA 1E8TA 4PF5A 3ALXA 1NSDA 2VW0A 2VW2A 4UW3A 2E53A 2ZGMA 1INFA 4K21A 1JYCA 1ENQA 3ZVXA 1QKQA 1INVA 3D11A 5DUVA 2XB6C 3WG3A 3BTAA 1QNYA 4FZHA 1X50A 5F5QA 3B01A 2PHWA 1W8NA 1WLWA 4KS3A 4WA5A 1LHVA 5DG2A 2ZZJA 2AEPA 1R1ZA 1KQRA 2ZMKA 3ILRA 2AREA 2P3KA 5E89A 2YMZA 2R1DA 2OVUA 3U4XA 1G9DA 2ZA9A 1G9CA 2A75A 3UK9A 4QNPA 4YG6A 1INXA 1CPMA 3ZXKA 2ZGPA 1PZ9A 3ZSKA 5DXDA 3T1MA 1F8CA 1IVEA 1AXYA 2D6KA 1CPNA 4NOTA 3H73A 4XTMA 2DU0A 2HTYA 5JYYA 4LBNA 1WW6A 3OGGA 4K3YA 5IK5A 1CR7A 1PZ8A 2E7QA 1S1AA 2UWAA 1NNCA 2EXHA 4PBOA 4Y20A 3VKMA 4CTEA 3W09A 2D7FA 1YYNA 4PCRA 3WVJA 2BQPA 1IVCA 2A5ZA 4FPFA 3N3HA 2WSUA 4W65A 1W8OA 3TICA 3O9JA 1XQNA 3O0VA 5JMCA 3H72A 4K1JA 1DQ5A 3MEPA 1INWA 5DG1A 2OUHA 5E88A 1SLLA 3A0NA 3VUOA 4R9DA 2W08A 4H53A 3ZXLA 2AH2A 1MS9A 2ZAAA 1FV2A 3K3AA 1AXKA 3FFZA 3CYEA 4GKYA 2YZ4A 1APNA 4XBLA 4LBJA 4NN9A 2HTUA 1DZQA 1SBEA 2A70A 5T5OA 3ENRA 3R4SA 3TB0A 5DUXA 3IPVA 4FJ6A 1USXA 3B00A 2AUYA 2AYHA 5DUUA 1VAMA 2CL2A 5GLTA 4HZWA 1GZ9A 2ENRA 1NMBN 4MJUA 3R05A 1W6OB 1EUSA 2DWRA 3IKWA 4BLIA 5KXBA 2E7TA 4JCKA 1A78A 4M3CB 2QWBA 4CZSA 1KDKA 3PVEA 4Y1XA 4Q1PA 1LOBA 1W6QA 3ATGA 2NYYA 2WLQA 1F5FA 2A6XA 1NN2A 3POYA 3AXDA 1LHUA 3SITA 3OY8B 2A7AA 2VSKA 1MS8A 4ISRA 4DS0A 2D6NA 4M3MA 1OQ1A 3CNAA 2NZ9A 1GLHA 2OUJA 3HR9A 5FRAA 1IS4A 4R9BA 1WCQA 3GVKA 1BQPA 1U0AA 1OFSA 1ZA4A 2D43A 1F9KA 4Y1UA 1MACA 3CL2A 1DILA 1MS1A 5H9RA 1ZM1A 4XHXA 2GN3A 4AVSA 3K38A 3LSEA 3NV2A 1DBNA 1Q8VA 4FPHA 1RIRA 4K20A 2GMEA 4MWLA 3RMYA 3DUIA 4YG3A 4Q6KA 3K39A 5CBLA 1TEIA 2YDPA 2VXRA 1B09A 1JOJA 2VH9A 1O4YA 4DFSA 1DIMA 4B7NA 2D6MA 1S0EA 4Y26A 1ULDA 4YW5A 4MYEA 1GBGA 4YM1A 1W0OA 5GLZA 1BYHA 3TIBA 4YW3A 3D5OA 3AP7A 4X49A 2H0BA 3H71A 3AJYA 4XMAA 4Q2FA 4XE9A 4K1YA 3TI4A 3OBTA 4MZEA 4B7QA 1V6MA 1INYA 4HIZA 1SCSA 1W6PB 3WDWA 3TI6A 1LENA 5GZFA 4C1WA 1CONA 2BF6A 3N7JA 3CL0A 3Q9OA 2DVDA 2A3XA 4FOWA 3WCSA 3GVLA 1W6NB 2E51A 2AENA 2P2KA 4DRRA 3USUB 1V6JA 1V3CA 2QWEA 4XJRA 2F25A 4GWNA 4D8SA 1LESA 4AGVA 1LU2A 2GNMA 3WDYA 2NMOA 2YXSA 5HCFA 5L73A 4AYUA 2CWSA 1LEMA 1DQ6A 3H0OA 3V65A 1Z4ZA 1F8EA 1VALA 2FHRA 4WZFA 2ZHMA 2V5YA 4GZQA 4R9AA 1B9TA 1Z78A 4PQ9A 4GXLA 1BKZA 4FPKA 2DVFA 3W58A 2PHTA 1GYKA 1V6OA 1DYKA 5H9SA 4UW5A 5HX0A 3WV6A 1Z4YA 3AZZA 4Y24A 4MWUA 3SH5A 4JF7A 3WG4A 4AGGA 1NCAN 4FQZA 2D3RA 4B7MA 4GZPA 3AX4A 2EAKA 4FPYA 4KS1A 2F28A 4XYXA 1SO7A 1EURA 4BMEA 1UMZA 1WBLA 5JOXA 2QWJA 1CESA 1S0GA 3CKZA 3DGTA 4XMIA 2HYKA 3NV4A 4U2AA 4Y1VA 2ZBJA 4L8QA 1IOAA 4YW2A 4ZKTB 5GALA 1AXZA 4Y20B 1L7GA 4JRAA 1O4ZA 5T5LA 3FLPA 4YM0A 2XZKA 2PELA 2CMLA 4ATEA 3KQRA 3FUQA 1CVNA 4M3CE 1MS4A 5IUQA 2GALA 1ULCA 2XCYA 2WQZC 1NCDN 4XXPA 3AXEA 1SFYA 1W6NA 2B7YA 2R0FA 4YZ4A 3A72A 4YZ2A 2F24A 3O0XA 4F83A 1UAIA 2NP0A 1MVEA 5T54A 2E6VA 1V2IA 4LBQA 3N36A 1INGA 1WLCA 1WD4A 2I2SA 1AF9A 2ZB6A 3IPVB 4RL7A 4X4AA 5GLUA 1IKPA 3AP5A 2YY1A 3JU4A 1Z0HA 3QCWA 4X47A 2ZGTA 4FPCA 4BPZA 2F0ZA 1SBDA 3LCPA 1XOGA 2F10A 2YA7A 1GANA 1SNTA 3PVNA 4HZVA 1XOEA 4U36A 3SH4A 4XIKA 3ZSJA 4M01A 4Q1RA 3POSA 5DZFA 2C4AA 2OW4A 1W6QB 1UZZA 4RA0A 2PHFA 3OBRA 4Y22A 3B69A 4C1XA 4P9YA 4GA9A 3TI3A 1USRA 4D69A 1JHNA 2WT0A 3M1HA 5LK5A 3BIWE 2QWHA 3N7KA 3ZXEA 5HUNA 4XHBA 1DQ4A 3NV3A 4QN5A 2F13A 2ZACA 1NMCA 1V3EA 2F29A 1YRZA 5GLWA 4Q8LA 4ISQA 1SCRA 4FOYA 1C4RA 1YO8A 3WLUA 2SBAA 1N3OA 4YFZA 2F11A 2QWCA 4WA3A 5HUKA 2P34A 4XJ9A 5EWSA 1QU0A 1LGNA 4NC5A 3SISA 4K1ZA 4QN4A 3ZYPA 1IVFA 2SLIA 5IK7A 3AYCA 4FPJA 1D2SA 2PHRA 1B9VA 1S0CA 3M2MA 4XBQA 2CYFA 2QWAA 2YA8A 1HQLA 3AZWA 2GDFA 2QWKA 3O12A 3QLQA 5GLVA 5M1ZA 2GNBA 3AP6A 1GNHA 1UPSA 4ASMB 4IQPA 1WUVA 2A3WA 4GDJA 4CPOA 2DVAA 4DQAA 4QN3A 4H52A 4HZZA 2HT8A 5GZDA 3T1EA 3MW2A 1H30A 2UWCA 1BXHA 1V6IA 3B9CA 1Z4WA 1GNZA 4FPLA 4CPMA 1GSLA 3WHUA 2ARXA 2UWBA 3AYDA 3B3QE 5BYNA 1AX2A 3OYWA 4YM2A 2ZMLA 4Q26A 2ZGSA 2YROA 2ZGOA 2KM2A 4Z8BA 1SLIA 5IT6A 3FBYA 4XJUA 1JBCA 1IS6A 1HQWA 3A4UA 1FNYA 4GEZA 1QOSA 4GALA 3SNMA 2F27A 2UURA 2WT2A 2NM1A 2HTWA 1IVBA 5HUMA 3M3OA 2PHUA 2DVGA 2DV9A 4MWVA 4QN6A 3TI8A 4KS4A 5EYXA 4JC1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1NCQC 4JX0A 2W1QA 3CJIA 4META 4Q4Y2 4BJ0A 3NRUA 3WNPA 2Q8DA 5C71A 4YGDA 1E8UA 5EX7A 1POQA 5K8SA 3H6JA 4QGNA 4LHKA 1LOGA 4CP2A 3LD8A 1LTEA 3JCIA 3O14A 5IWFA 2TBVA 1HV1A 1LODA 3D4KA 3ZDSA 5C9AC 5CVRA 1J3QA 2AEQA 1VBE3 3AK0A 4G4FA 3IIAA 2XGXA 4MWWA 4CRQA 3DYMA 2FP8A 1IPSA 3M7AA 4NUBA 2JDNA 2VTXJ 2WLPA 1GQGA 4Q8KA 3MIFA 2ILMA 3MPPG 5BNNC 2YV8A 2RDRA 3FBMA 2RG4A 4Y4RA 1N1SA 4AVAA 2BPA2 3VBFC 2POOA 1VAVA 1COV1 3VBHA 5IHRA 5BNOA 3VZMA 3AMQA 1VJ2A 3O1MA 3S94A 1L7LA 2ZGQA 5FP4A 2RHPA 1X8MA 1UZYA 4XFIA 3ZFEB 3RZJA 1IGOA 2V4VA 2BVBA 5JOYA 4I01A 5CAZA 1KITA 1KS5A 4QQHA 3ZXAC 2WNVB 1D2QA 1H9PA 5BPXA 2QWIA 1RVF3 2ZZQA 4LBLA 5DPNA 4CCOA 2X09A 5FY7A 4BB3A 5IVEA 3NWKA 4I0AA 3U78A 2HU0A 4MZAA 5CKMA 4OHWA 2O8OA 5CFCB 3UKNA 1QJFA 2MHFA 3PIJA 4OHZA 3UL2A 1SLTA 3V0AA 1S18A 4HZYA 3IB3A 2D97A 2OPWA 2QQNA 2ZEYA 3VDBA 1NE6A 5AFEA 4DRVA 4K1KA 2DTWA 4P9JA 4AE2A 5KHKA 5J3UA 2WABA 4HXCA 5IYYA 1RUC2 1C3HA 1XB9A 3U0ZA 1S0FA 5A3TA 3VD4A 1J3RA 3ZPOA 5EYYA 1E5SA 1F31A 1Q8OA 3WDZA 5BNPC 1CQ9A 1L7RA 1TNRA 4K7JA 4XFAA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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