4FP2A

Crystal structure of the nanb sialidase from streptococcus pneumoniae in complex with 2[(cyclohexylmethyl)ammonio]sulfonate
Total Genus 192
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
192
sequence length
658
structure length
658
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYDIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase/inhibitor
molecule keywords Sialidase B
publication title Synthesis and structural characterisation of selective non-carbohydrate-based inhibitors of bacterial sialidases.
pubmed doi rcsb
source organism Streptococcus pneumoniae
total genus 192
structure length 658
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2012-06-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4fp2A03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4fp2A01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4fp2A02
1W6NB 1QOSA 2AUYA 3VV1A 1WLDA 1V6KA 4WV8A 5GLZA 4KS5A 1GNZA 1DHKB 1DZQA 2F25A 4C1WA 1GNHA 2A6VA 4CPOA 2PHRA 2JDZA 4LBKA 1W1XA 3M3OA 1LU1A 4CZSA 4K1ZA 1GICA 4Q8LA 2R49A 3VKNA 2ZGTA 2E51A 1C1LA 4UF7A 1V6IA 1IVFA 1F8EA 1IVEA 5T5PA 2F11A 1LHUA 4YZ2A 4FP3A 4Y1UA 4P14A 4XZPA 4DGRA 1JXNA 1W8OA 4YLZA 4NC5A 4XJ9A 1VAVA 2BZDA 1DIWA 5IK7A 4WEFA 1C4RA 3ZYRA 4FPJA 2E53A 4GA9A 2EIGA 1O4YA 4WA3A 4HL0A 1YRZA 2XZJA 1VAMA 4MWWA 1UN1A 4FPGA 3AXDA 4M3MA 1NN2A 3M3QA 4F83A 2P3JA 3N35A 1G9DA 1MS0A 1DQ2A 4D69A 2CY6A 2PHWA 4Y1ZA 2WT2A 2D6MA 2HT5A 2OUJA 3APBA 1W6QB 3ZVXA 4UW6A 1VCUA 3KM5A 1D2SA 1O4ZA 3WDTA 3ALWA 4QN7A 1FV2A 1SLCA 4J9TA 3O5SA 1IOAA 4XJUA 1DIMA 3UJQA 2R1DA 5GZGA 1DQ5A 1SLIA 3T2TA 3IM0A 1IVGA 1IVBA 2HU4A 4AYUA 4WA5A 2VSMA 1XOGA 3VKOA 2C4AA 4BOWA 3WG1A 4UW5A 1B9VA 2AREA 4Y22B 4DPNA 2DTWA 2AR6A 2DWRA 4KS4A 1G8WA 1V6JA 2ZAAA 4M3CA 4M3CE 5KXDA 1HKDA 1JW6A 3NN9A 1VCJA 3H73A 1YO8A 4BBWA 5EYYA 1ENQA 4FOYA 4M01A 3C2UA 1GZWA 2HTWA 1JUIA 3SNMA 1D0HA 1USRA 3FUOA 1GZ9A 4UW4A 2F0ZA 1HQLA 1ZM1A 2NMNA 3T1LA 2A71A 4CPZA 3W59A 2W20A 2HYKA 5DZGA 3JU4A 3UK9A 2VK6A 4R9BA 3AYAA 4KS1A 3CL2A 3LCPA 3SISA 4PBOA 3SALA 3LSDA 1E8TA 1SCSA 1VLNA 2GMEA 4M00A 1INYA 1MZ5A 2A3XA 4FOWA 2W68A 2A6WA 5GZDA 4TYSA 1LEMA 2UU8A 2R0FA 3K39A 4KS3A 4JRAA 4XXPA 2VW1A 1E8VA 2F27A 3M2MA 4MZEA 3KQRA 1S1AA 2G4IA 1ULDA 5T5OA 5T5LA 1INFA 4R9DA 4DRRA 4FZHA 2F29A 1IKQA 1W8NA 5GLUA 3POYA 3VUOA 4KBBA 1GZCA 3SANA 1W20A 2DURA 4HZZA 2XZKA 4GZXA 2R1BA 1A4QA 4MWQA 5HUNA 4GB1A 4YGCA 1LESA 3ZSMA 1MVQA 4DFSA 2RHPA 4GZTA 2P2KA 2QWBA 3O9KA 4H55A 2E7QA 1WW4A 3N3HA 1DFQA 2ZGUA 3MEPA 2QWDA 4P9WA 4AVSA 1SLBA 4AVTA 2HT7A 2QWFA 4LBNA 2F24A 5HCFA 4XBLA 1U0AA 2EXIA 3PVEA 1QOOA 1Q8QA 4NOTA 4YG0A 1QGLA 2VUAA 2YA6A 4FPCA 3RG0A 4PBPA 4QN6A 1DYKA 2DUPA 1INXA 2FHRA 3ILRA 2C4LA 1IS6A 3OJBA 3ZYPA 3V0AB 2BQPA 4Q27A 2NMOA 4RL7A 3FLRA 2ZACA 5H9QA 1DBNA 2EXKA 2QWCA 4GALA 1CN1A 3ZXKA 1EPWA 2DTYA 4YM2A 1MS1A 5GJ6A 2PELA 5IK8A 4Y1YA 1NCCN 4HZVA 1INHA 3WG3A 4FPEA 3M3CA 4B7MA 2D3RA 1HQWA 3AZYA 2PHXA 1NNCA 1Q8OA 1KQRA 4LBLA 1Q8SA 3Q9OA 2P34A 1C57A 2HTQA 2BERA 1KDKA 2ERFA 2VSKA 3K3AA 1BXHA 4CTEA 2D6NA 4XJ8A 1YXWA 3HMYA 5T54A 4BQ1A 4YGBA 3AK0A 5CA6A 1V3DA 4I00A 4UW3A 1YI7A 4K3YA 2D43A 1NMAN 2WJSA 4MX0A 4Q2FA 1H30A 2DVFA 1KJLA 2UWBA 2WSVA 1AXYA 1IS4A 5GZFA 2A75A 3GVKA 3WUCA 1S0FA 5DUUA 6NN9A 1GKBA 4YW2A 2A7AA 3GNEA 2DVDA 2HTYA 2ZMKA 1Q8PA 1N1SA 3JU9A 4XXAA 3BOPA 5H9PA 2WT0A 1F5FA 1UKGA 3PVOA 3INBA 4R9CA 2D6KA 4XTPA 3R05A 2AEPA 2CNAA 5CB7A 1XQNA 3A0NA 3H0OA 3ATGA 1CJPA 2D6PA 5E88A 1DQ6A 4QN3A 4MC7A 2XB6C 1UZYA 2SILA 1QMJA 3WDUA 4MWJA 1GSLA 1LHVA 3U4XA 3WDYA 2CMLA 5T52A 5T50A 3V0BB 1SLTA 2HTUA 2XCYA 4CPMA 3WDXA 1MWEA 4L8QA 2FMDA 3HN1A 5CNAA 2DUOA 1Z4YA 3AP7A 3SH4A 4PQ9A 1NCAN 3USUA 2XG3A 1R1ZA 1YYNA 1S0EA 3ENRA 2ARBA 4Y1VA 2YA8A 2ZGLA 4ATFA 3NWKA 1N3OA 2EXHA 2OUHA 4U36A 4W65A 1FYUA 3D5OA 3TI4A 3IN9A 1LJ7A 3FLPA 4U2AA 2ZMLA 1W0PA 4AWDA 3WG2A 1UZZA 2B8HA 3AJZA 1VALA 1DQ1A 2CYFA 1V6OA 4YG6A 1GZWB 3AYCA 3ASIA 1FV3A 4B7NA 1MR5A 1JYIA 3SLIA 1WW5A 4YM0A 4YFWA 2DVAA 1EUTA 3WNXA 1QOTA 4QNPA 1CR7A 5EWSA 5DXDA 1CIWA 3IMNA 3AJYA 1S0DA 1Y7BA 3WUDA 3POSA 2F28A 2VW2A 4XMIA 4HANA 3RRDA 1LGBA 4YZ5A 4FPOB 1CQ9A 1LGCA 3AP6A 1LEDA 1NCBN 4NO4A 4DQAA 4XILA 3SILA 4ZKTB 3W58A 3A72A 3D4KA 3N7LA 3AZZA 5KXCA 2YA5A 2TEPA 5HCBA 2XZIA 2CWMA 4X49A 4XBQA 3AZXA 1BQPA 3B3QE 1DQ4A 2WKKA 2DVGA 4BMBA 4RA0A 4PF5A 3K36A 4ISRA 1G9BA 1QDOA 1V6NA 4AGVA 2P3KA 1LU2A 2ZHKA 5T5JA 2ZHMA 5JOXA 1SCRA 3PJQA 1EUUA 4XBNA 3WHTA 2HT8A 2A6XA 3JUUA 2DU1A 3TI5A 1Z4VA 1ENSA 2DUQA 5H9SA 1PZ8A 2D44A 2ZGKA 4FQZA 2A6ZA 3PVNA 1CVNA 2JE7A 1V6LA 4Z8BA 1PZ7A 5F5QA 4YZ4A 3WHUA 1IS3A 4Y24A 4JCKA 3VKFC 3AX4A 1B09A 4QN5A 1SBFA 3HR9A 3ILFA 5IUQA 2GALA 1Z4XA 3B69A 4YW3A 3IPVA 3QCWA 3TIAA 2F10A 3R4SA 3POWA 1A3KA 1V2IA 4LBMA 1AVBA 5JDBA 1E8UA 3O0VA 1CPNA 1W6QA 2NYYA 1CONA 1FATA 2F13A 4HIZA 1JYCA 1DGLA 2ZMNA 2ZHLA 5CBLA 4GJTA 1A14N 1SBDA 4K1YA 4Q8KA 2ZBJA 1VIWB 1W21A 1V00A 3DUIA 3SH5A 2D3SA 2W5OA 4CPYA 1Z4WA 1G9FA 4MWRA 4YW4A 4MYEA 4GWNA 1UX6A 3AYEA 4GKYA 3BEQA 2BATA 4YFZA 1J1TA 1S0IA 1F31A 4ASMB 2WT1A 4Y22A 4MWUA 1GANA 4XJQA 2R16A 1WD4A 2SLIA 5DZFA 1DYPA 1QF3A 5DUWA 3TI8A 2R0HA 2QWAA 4HZYA 3NV1A 1W6MB 3WVJA 1I1EA 4BLIA 2YMZA 2QWEA 2A5ZA 3CYEA 2GMMA 1EURA 2OVUA 1S0GA 1JHNA 2ENRA 2NZ9A 1SLAA 3I4IA 4H53A 1NSCA 2SIMA 3MPPG 3GALA 1G9CA 1INVA 1SLLA 2A3YA 1LHNA 4LBQA 4WVVA 1F8CA 2LTNA 2JE9A 3ZXFA 2JD4A 2Z42A 1S0BA 3AP9A 3UL2A 2RKCA 1AX2A 1YIFA 4MJUA 4I30A 2GNMA 2VVZA 5EXOA 3UJOA 3D6EA 1AXZA 1CPMA 4GXLA 4GZOA 2QWHA 1IS5A 1L7GA 4Y26A 4Y20B 4YZ1A 3NV3A 2GNDA 4FOQA 2X9MA 3ZSLA 2KM2A 4B7JA 3CL0A 2W52A 3LSEA 4YGEA 1W0OA 2ZKNA 3MW3A 4SLIA 1RITA 1V3BA 2UURA 1UAIA 2D3PA 2V5YA 2VWDA 2A70A 3OY8A 4XTMA 3WZ1A 3TI6A 2ZB5A 3B7EA 1BJIA 4CRQA 4XDQA 1ONAA 1JOJA 5BYNA 5JMCA 5DUXA 1A78A 1KITA 3TICA 1Z4ZA 4X6KA 1B9SA 1NMCA 2HTVA 1WBLA 4FPKA 5KXEA 5HCAA 3NSSA 3K38A 3VKMA 2ZGQA 1F9KA 4P9YA 3B00A 3DGTA 1MZ6A 4MJVA 3USUB 4YM1A 4IQPA 5LK5A 2C9AA 3W09A 1LOBA 3O0WA 5JYYA 3AZWA 2YA7A 2NN8A 4XIKA 5E8AA 3ZSKA 1LECA 1N47A 1NLSA 4GZQA 1ENRA 3ALXA 2AEQA 2OW4A 1QNWA 2YY1A 4LBJA 1UL9A 3NV2A 1WBFA 1EUSA 5M1ZA 1Z0HA 5GLTA 4AVVA 3OBTA 3D11A 1H9PA 2CWSA 1ULGA 2P3IA 1UMZA 3I8TA 1Z78A 3K37A 2PHFA 5JVVA 1L7FA 4NCSA 3TIBA 4GKXA 1LOFC 4NN9A 2VU9A 5JOZA 2DU0A 2ZHNA 4R9AA 3MW2A 5B2CA 1IVDA 1V0ZA 3OYWA 3WCRA 3WCSA 4JF7A 1MS3A 1OKQA 2YA4A 1ULCA 1DLLA 5IK5A 1NXD1 1Z50A 1ULFA 2VY0A 2ZA9A 2AYHA 2LALA 4XHBA 4KS2A 3AXEA 1F8DA 2PHUA 2YZ4A 2WNEA 1PZ9A 3RSJA 1N3PA 1MVEA 3D12A 3WV6A 3OPZA 1MACA 1NNBA 4Y1XA 4B7QA 1NSDA 4X47A 2GN3A 3A71A 1S0CA 1AX1A 1KDMA 3T1MA 1LGNA 1WLWA 3NV4A 5HX0A 1SBEA 2D7FA 1AXKA 5GLWA 1A4GA 4M3CB 2W5NA 1V3EA 4K1IA 3ZPYA 4Q1RA 3RMXA 4DS0A 1WUVA 3ZXLA 2WSUA 5GZCA 4FJ6A 1QKQA 4XYXA 2W38A 3FLTA 1QDCA 4BMEA 3GVJA 1W6PA 2DV9A 1NNAA 1LTEA 1MS5A 1WW7A 2DVBA 4M3CF 2P37A 1LULA 2GNBA 1FX5A 4YG3A 1A8DA 4GZWA 2ZGPA 3IPVB 4ITCA 2E7TA 1OQ1A 4CPNA 2B7YA 2GDFA 2ZABA 3A4UA 1CESA 1W6OA 4C1XA 1NCDN 4MZAA 1X50A 1GLHA 3ZXEA 1N1YA 1QNYA 2QWKA 2WQZC 4ZXKA 5T55A 1N1VA 3ILNA 1W6NA 4Q26A 1JN2P 4YZ3A 2H0BA 3PMEA 1SO7A 4M4VA 3AZVA 1NSBA 1V0FA 2CL2A 1L7HA 4WA4A 3V0BA 2QWJA 1FNZA 1AZDA 2GN7A 2ZGRA 1JBCA 3SITA 1WD3A 3MW4A 1AF9A 3O9JA 3TI3A 2DYCA 4BPZA 1V6MA 4K20A 4FPHA 1SACA 2W08A 3N36A 1SNTA 4XJZA 1BZWA 1WCSA 4GWMA 1XOEA 4FQ4A 4Q6KA 4WEGA 4GEZA 2NM1A 4MWXA 1INGA 3O0XA 4FVKA 4GDJA 1B9TA 5KXBA 1ULEA 3RS6A 2QWGA 4LBQB 4TZDA 2ZGOA 1HDKA 1V3CA 1LOFA 1DQ0A 2AH2A 4MWVA 1F8BA 5B2DA 2WLQA 5DG2A 4XJWA 3IKWA 4WZFA 1KRIA 2F26A 1C1FA 1USXA 5GLVA 3BODA 4AGRA 1LODA 5FREA 4LBQD 3M3EA 4WVWA 5AVAA 2ZZJA 3B9CA 2Q5TA 2ZGNA 3AYDA 4PCRA 5DG1A 2AGSA 5L73A 5FRAA 3WDWA 3ZXJA 1SFYA 3O12A 2VK5A 2VXRA 4HZXA 5NN9A 1WCQA 3OY8B 3V64A 4FOVA 2YV8A 1KJRA 1Q56A 2C5DA 3N7MA 4XJRA 5HUMA 5HUGA 3BIWE 7NN9A 1MS9A 4M4NA 5IT6A 4GDIA 4YW1A 4MWLA 5H9RA 4K21A 2A6YA 2BF6A 5DZEA 3WOGA 1ZA4A 4GZPA 1Q8VA 5GZEA 2D6LX 3INAA 4GZSA 3H6JA 1AJOA 1H9WA 3WG4A 1LOAA 3GVLA 1I3HA 3TAYA 1LHOA 1LOGA 5JOWA 4XHXA 2CTVA 2F12A 2NP0A 1WLCA 4D8SA 4BM8A 4B7RA 1INWA 4MWYA 4YW5A 1APNA 1GBGA 1GYKA 1FNYA 4K1KA 2VK7A 2GMPA 1GV9A 2UWAA 2ZGSA 3WDVA 4FP2A 1BYHA 3RQ0A 3VKLA 3AP5A 4H52A 4ATEA 2JKBA 2AENA 3AP4A 2I2SA 4Q1PA 3M1HA 2VW0A 3RMYA 1LOCA 3QLQA 3SH3A 5JOYA 3CNAA 1AX0A 2A3WA 1RIRA 4YGDA 1MS8A 4JC1A 2D6OX 4XIOA 2HU0A 3H71A 5IK4A 1LOEA 3OYWB 5GALA 2V73A 4XOGA 3FUQA 4YM3A 1QU0A 3OGGA 2E6VA 2JJ6A 1G86A 4FPFA 4XJAA 4XMAA 4P9XA 3ZSJA 3BTAA 4DRVA 2JECA 1N3QA 4BLJA 2YDPA 2EXJA 2W39A 1S0JA 4K1JA 4X4AA 2ZGMA 3OBRA 5F9TA 2SBAA 2VH9A 1IVCA 3N7KA 4ISQA 4K1HA 4FPLA 5HUKA 3N7JA 2EALA 1G7YA 1W6MA 4AGGA 1OFSA 3CKZA 1LENA 1BKZA 2UWCA 3H72A 3AFKA 1G9AA 1MS4A 1UPSA 4FPYA 3FBYA 2EAKA 1IKPA 1RINA 4XE9A 2GNTA 4FVVA 5CAZA 5E89A 5EYXA 5JLVA 4CPLA 1HLCA 1W6PB 2YDTA 3V65A 4OZXA 3FFZA 3TB0A 2YXSA 3A0KA 2PHTA 5SV8A 1NMBN 4Y20A 4M4UA 2QWIA 1LCLA 3V0AA 1V0EA 2ZB6A 1AJKA 2YROA 1LHWA 2EF6A 1URXA 3T1EA 4QN4A 2HTRA 1WW6A 4HZWA 3WLUA 4LBOA 2ES3A 1TEIA 1FAYA 1DILA 1W6OB 3R4UA 1BJQA 3B01A 3L2YA 5GM0A 5DUVA 2ARXA 1N1TA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4LUKA 3J26N 1RUH2 2ARAA 3GVKA 1ZRDA 5EV7A 3VBHA 3BIEA 1W6NB 3I2JA 5JZGC 2Z79A 3I2KA 5L7OB 5CFDC 3WNKA 4DNYA 3H3LA 1QOSA 2Y6KA 3LEMA 4PI0A 1JYWA 2AUYA 2JG9C 2G19A 3VV1A 4QWNA 1XJAA 2R071 3T0AA 1WLDA 2YDEA 3LA2A 1V6KA 5LA9A 1VRBA 3SCFA 3VBUA 4WV8A 4NMIA 4CDXB 4LT5A 4LKFA 5GLZA 3DPRA 4AI9A 4KS5A 1GNZA 4BQXA 1DHKB 1DZQA 1J3QA 3CJIB 4HXCA 1UZVA 2UY8A 2CU5A 2RE9A 3DKWA 2F25A 4C1WA 1GNHA 1VBB3 2A6VA 2I74A 5FYIA 5LWBA 4CPOA 2PHRA 4GIQA 4BQ5A 2JDZA 4LBKA 4LO8A 1R64A 3M3OA 4Q4V3 4V2WA 5JIAA 4CCCA 1W1XA 1LU1A 3RYPA 1CRUA 3LIHA 3NRUA 3WF0A 3U10A 4B4RA 1AR71 1MQTB 3BN6A 4N43B 1VAKA 3UETA 4I0WB 4CZSA 1PJXA 4YWAA 5K0UC 4K1ZA 1GICA 4Q8LA 3ZFGB 3UV9A 1AR81 5FY1A 5C70A 4FTSA 4H2AA 4P9IA 4QB2A 2R49A 3KF3A 3VKNA 2JDMA 2ZGTA 4P9JA 3OB8A 4XUOA 3ZXDA 1QJY2 2K0GA 3U11A 1QY4A 4IEQA 2E51A 1C1LA 4UF7A 1V6IA 3LI5A 4KWLA 2WBKA 4GH4C 1IVFA 2TUNA 2ZX0A 1W06A 2GSYA 3DCQA 4ASLA 4KWKA 5FWEA 5CKQA 1F8EA 3VBFB 2RS13 1IVEA 2JICA 3I54A 1E5IA 5EJZB 1OUSA 5C3OA 4Q0UA 2VE1A 3M70A 1UY3A 4QX1A 5T5PA 1VBE2 4OHWA 3S8VA 4NHKA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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