4FP3A

Crystal structure of the nanb sialidase from streptococcus pneumoniae in complex with 2-[(furan-2-ylmethyl)ammonio]sulfonate
Total Genus 185
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
185
sequence length
658
structure length
658
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYDIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Synthesis and structural characterisation of selective non-carbohydrate-based inhibitors of bacterial sialidases.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/inhibitor
source organism Streptococcus pneumoniae
molecule keywords Sialidase B
total genus 185
structure length 658
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2012-06-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4fp3A03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4fp3A01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4fp3A02
5JOWA 3MW4A 2QWHA 3IN9A 4YW4A 2RHPA 4FPCA 3T2TA 3AXEA 5JOXA 2VUAA 1NMCA 1CIWA 1C1LA 2GNTA 1LOFC 1GICA 1W6OB 1LJ7A 2SIMA 1Q56A 1AZDA 1S0CA 4LBQD 5T5LA 3H71A 1W8OA 2W5NA 2HU0A 2E7QA 2ZAAA 4JRAA 1JXNA 2EXKA 1LGBA 3AYDA 4FPYA 1ENRA 1SCSA 1W6PB 1O4ZA 4D69A 4JF7A 1HLCA 2D44A 1GKBA 1VCUA 1S0GA 3RSJA 5HCBA 2P3JA 1V3EA 1V6JA 1WCSA 3VKFC 4XIKA 1MZ5A 3SH5A 1MR5A 3AK0A 1BZWA 4PF5A 4RL7A 2CYFA 5GLWA 4XHXA 4FPLA 5GM0A 2D7FA 3A71A 2DYCA 1GZ9A 3AP7A 4M4NA 1W8NA 1OQ1A 1MS5A 4XMIA 1CESA 3GVLA 5GLTA 5F9TA 4XYXA 2D6OX 4DPNA 1NXD1 3UK9A 5E89A 4J9TA 3APBA 1UAIA 3IM0A 3CYEA 1KDKA 2QWGA 2DU1A 2WSUA 3IKWA 1DZQA 4FP2A 4MX0A 3JU4A 1QDCA 1V6LA 1MS1A 1X50A 4K3YA 2ZGTA 3LCPA 1S0EA 2ZABA 4BQ1A 3V0AB 4FPFA 4Y1ZA 3A72A 4AYUA 5T55A 3WCRA 4K1ZA 3AP9A 5IK5A 1QKQA 1JOJA 3M3CA 2WJSA 2YDPA 2TEPA 4XHBA 1Q8SA 2VU9A 4Y1YA 1H30A 1V0FA 5HX0A 1A3KA 5CNAA 3WDVA 2KM2A 5T5OA 4R9AA 4AGGA 4NOTA 4NCSA 3WG4A 3ZPYA 4Y22A 2GMPA 3GVKA 3K38A 4FQZA 1LEDA 3BOPA 3NV3A 5GZCA 1CVNA 2EXJA 2A7AA 2F26A 4FP3A 1AX0A 3OBRA 3SH4A 4M3CA 2ES3A 1KJLA 1MS0A 3NV1A 5DG1A 1OKQA 1INYA 1NNBA 4AWDA 1WLDA 3K37A 1I1EA 1UN1A 4MWRA 3N7JA 1JW6A 5CB7A 5FRAA 1W6QA 2W5OA 4DRVA 3T1EA 1AVBA 1QOTA 3SALA 2AENA 3USUA 2DVFA 4QN6A 4Y26A 4YW3A 3A4UA 1Q8QA 1N1VA 2AH2A 1N3OA 2A3XA 3ALWA 1JYIA 4B7RA 4XXAA 4F83A 1ULGA 3RG0A 4U36A 3H73A 4WV8A 4WA5A 3WDUA 4ATEA 2YMZA 4R9CA 1MVQA 4PBPA 3IPVA 1JYCA 3HR9A 3QCWA 4LBKA 1YYNA 2DVGA 5DUXA 1DGLA 3D4KA 2F28A 4NN9A 2ZGOA 4GA9A 4YW1A 3TI3A 4FOVA 1CN1A 4X49A 1CQ9A 3M3QA 2F25A 1SACA 4M00A 3FUQA 3NWKA 3TAYA 1GNHA 4Y24A 4M3MA 3POWA 1W0PA 3WNXA 2JE9A 1RINA 3R05A 2CWSA 3WUDA 4ZXKA 2B8HA 1UL9A 1N3PA 1FNYA 1NN2A 1INVA 1LESA 1DHKB 3WG2A 4Y22B 5T50A 1WD4A 4DGRA 2OUHA 4LBMA 3K39A 1S0IA 3PMEA 2XCYA 1WW6A 2JD4A 2VWDA 2H0BA 1V6IA 4PQ9A 2JKBA 5JVVA 1EUSA 4K21A 4H53A 2NM1A 2F10A 3K36A 2I2SA 2DWRA 4BBWA 2OVUA 2NMNA 2XZIA 4YG3A 4GDIA 2R1DA 2YROA 3CL0A 2LALA 3ZXFA 2P34A 3TI8A 4FVVA 3VKMA 1DIMA 1SBDA 3AYAA 3V65A 4MWWA 2A6VA 2EXIA 1NCBN 2R1BA 3FUOA 3AJYA 4YZ4A 2JE7A 4UW3A 2DURA 4UW4A 4K1KA 4XXPA 1ULCA 2HTRA 4BLJA 4GZXA 3WDXA 3O0WA 4GXLA 1N1SA 2QWBA 3LSDA 1RITA 4XTPA 2PHFA 2YDTA 1E8UA 1EPWA 4PBOA 4FOWA 3SNMA 1LHNA 4XJZA 3SITA 2F0ZA 1INXA 1AXZA 1NLSA 4MWQA 4ISQA 1LHVA 3V0BB 4X47A 5DG2A 3AP5A 5IK8A 1DFQA 4BM8A 2PELA 1ZA4A 1LOAA 4WVVA 4Q2FA 4K1HA 4X6KA 4GWMA 3WG3A 3W59A 1F5FA 2ZHMA 1SLTA 4MYEA 1UX6A 3ILNA 1SLCA 1E8VA 4WVWA 1FX5A 1G9CA 4P9WA 3D5OA 5T52A 3HMYA 3VKNA 5DXDA 3WG1A 5CA6A 1B09A 3MPPG 2YA4A 1DQ1A 1CONA 3RQ0A 4QN4A 1JBCA 1NCDN 2F29A 3N7LA 1VIWB 2WT2A 3AZZA 3N3HA 3V64A 4LBOA 3MEPA 1XOEA 1IS4A 3ZVXA 1LHUA 3O0VA 2HTUA 3PVNA 4P9XA 3TIBA 4QN5A 5DUUA 3ENRA 2QWAA 2VXRA 2XZJA 4BMEA 2D3PA 2GN3A 4CZSA 4NC5A 2DUOA 1H9WA 2NMOA 1F8CA 2JJ6A 1W6NA 1SBFA 1EUUA 3N36A 1WLWA 1NNAA 1D0HA 2QWKA 1B9VA 3N7KA 4P9YA 2WLQA 1NCCN 5EXOA 5JDBA 1SLIA 4HL0A 3UL2A 1E8TA 1GNZA 2PHUA 4W65A 1DQ4A 4ATFA 2UURA 4KS2A 1QGLA 3AYEA 5HUNA 5GALA 1MACA 3B69A 1XOGA 4B7JA 3AP6A 4C1XA 3TI4A 5HCAA 3AP4A 2DV9A 4WEFA 2ZGSA 1UKGA 3KQRA 2SILA 2W52A 1LHWA 1NCAN 1LGCA 1MWEA 1OFSA 2BQPA 1LTEA 4ASMB 2PHWA 4KS3A 3AFKA 5GJ6A 4XE9A 1V3DA 2HTVA 2SBAA 2FMDA 2YZ4A 3OY8A 1V3BA 2C4LA 7NN9A 4BPZA 1KJRA 4GZQA 3SILA 5E88A 3AZVA 1DQ6A 4XMAA 3JUUA 1IS3A 4YFZA 1A8DA 1NMBN 2ARXA 2E51A 1NSBA 1GZCA 3OBTA 2CMLA 2YY1A 2HTQA 3B01A 4MZEA 3ZXKA 3ZXLA 1WD3A 5IT6A 2BZDA 3ILFA 2AR6A 1HQLA 1TEIA 2X9MA 3BIWE 2A6YA 1DILA 4FPJA 1Z78A 2YV8A 4HZXA 5GLUA 4CPZA 1LENA 3AZYA 3FLRA 2HU4A 2DTWA 1Q8VA 5AVAA 4FPHA 2G4IA 1LU2A 2WSVA 4FZHA 3N7MA 2ZHKA 2ZMNA 1MVEA 2P3IA 1L7HA 3H72A 4MWVA 2AEQA 4AGRA 3AZWA 4YFWA 1VALA 2JDZA 2JECA 4WEGA 5BYNA 4CTEA 4P14A 5GZEA 4QN3A 4GDJA 2VSKA 3C2UA 1LGNA 1VCJA 3CL2A 1N47A 1GYKA 4LBNA 3ZSJA 4JCKA 4TYSA 1L7FA 5HUMA 2ZMKA 1W6MA 1QDOA 1GZWA 1ULFA 1Z4XA 3D12A 2ZHLA 1GANA 1V6OA 1LHOA 1G8WA 4H52A 2P2KA 4Q6KA 1F8BA 3IMNA 5JYYA 4GZSA 1YO8A 2B7YA 2ZGNA 1XQNA 5EYYA 1Z4ZA 2BF6A 4HANA 2ZA9A 2ZGKA 1V0EA 1WLCA 4B7MA 5NN9A 1WUVA 4ZKTB 1DIWA 2VK7A 2P3KA 4HZWA 1A4GA 3H0OA 3CKZA 2W20A 2WQZC 4YM0A 4CPOA 2A70A 1IVFA 4YG0A 3ZSLA 5SV8A 1UPSA 2HT7A 4Q27A 2WNEA 4YZ2A 1AXYA 4MWJA 1QNWA 1DQ5A 4XJAA 3WDWA 2D3RA 2A6XA 1LCLA 1W21A 2UWAA 4GWNA 3ZYRA 2WT0A 1G86A 2ZGRA 4LBLA 4Y20A 2QWDA 4FJ6A 4LBQA 1NSDA 2ZACA 1W0OA 2Q5TA 4KS1A 5LK5A 3I8TA 2F11A 1W20A 2DVDA 2GDFA 1ENQA 2OW4A 1F9KA 3A0KA 2XB6C 2ZGQA 1FAYA 3NV2A 1W6MB 2EIGA 4BLIA 3TIAA 3B3QE 2V5YA 4L8QA 1INHA 4R9BA 4M3CB 4MWYA 1N1YA 1GV9A 5JOZA 1WCQA 1FV2A 4GB1A 4FOYA 4C1WA 3TI5A 4YW5A 2YA8A 4H55A 2NN8A 1QU0A 1JN2P 4FOQA 1A78A 4XBLA 3GVJA 4MZAA 1W6QB 3FBYA 2PHTA 2VH9A 3USUB 3M3EA 4MC7A 5DZEA 1QF3A 5HUGA 1CR7A 1YI7A 4WA3A 4RA0A 1AJOA 4FQ4A 1ENSA 2DVBA 1QOOA 3T1MA 3ZSKA 1LOEA 3ZXJA 1AXKA 3IPVB 3INBA 1QNYA 2F24A 3O12A 3SH3A 1SLLA 3LSEA 4HZYA 1YXWA 2HT5A 4MWLA 1DLLA 1VAVA 1W6OA 1Y7BA 1FYUA 5EWSA 2A3WA 4YZ1A 2GNBA 1Z4WA 4AVVA 4KS5A 1IS6A 1V00A 1UMZA 2E6VA 4LBJA 1I3HA 3QLQA 5FREA 3UJQA 2CNAA 1IVBA 3PVEA 3MW2A 2D3SA 3NSSA 4YZ3A 1Z50A 2ZZJA 2HTYA 1N3QA 1W6PA 2NP0A 1YRZA 3AJZA 1CPNA 2PHXA 3RRDA 4Q1PA 2PHRA 3O9JA 3ZYPA 4WZFA 3B00A 1O4YA 3GNEA 2ZMLA 4K1JA 2DUPA 1AJKA 1DQ0A 1FATA 1PZ7A 2XG3A 2DVAA 4MWXA 1S1AA 1VLNA 3VKLA 4YG6A 1S0BA 2QWJA 2P37A 4D8SA 1AX1A 2VSMA 1NNCA 1WW7A 2FHRA 3T1LA 2VK6A 1V0ZA 4M3CE 5DZFA 3WHTA 1CJPA 3WOGA 1UZZA 1ZM1A 4XILA 1D2SA 5IK7A 2R0FA 2WT1A 4Z8BA 3MW3A 4B7NA 3WLUA 4Q8LA 1GBGA 4YM3A 2LTNA 1A4QA 1LOCA 4YLZA 4XDQA 2BERA 1LOBA 4OZXA 3V0AA 5GZFA 5KXDA 2GMEA 4YGBA 5IUQA 3OPZA 4XJQA 1B9TA 1LECA 2QWIA 4IQPA 3RMYA 2DU0A 4XIOA 3WUCA 3SLIA 3M1HA 4HIZA 2CL2A 5GZDA 1C4RA 1BYHA 3BTAA 1INWA 3WZ1A 5JMCA 1IVCA 2WKKA 2Z42A 2VW0A 4YM2A 2YXSA 4XJWA 2QWEA 1NSCA 2GNDA 4FPKA 1URXA 3AXDA 1MS4A 4DS0A 4XBQA 5T5PA 1KDMA 1BKZA 5B2DA 3FLTA 1KRIA 3WV6A 4K20A 5H9RA 4UW6A 1S0FA 3AX4A 4GKXA 1G9BA 1SO7A 3BEQA 2A3YA 1IVDA 1S0JA 5GZGA 1PZ9A 5M1ZA 5GLZA 3NV4A 4I00A 3AYCA 3ALXA 1SLAA 5DZGA 3OJBA 2GMMA 1L7GA 5JLVA 4XBNA 2HT8A 2EALA 2VVZA 2W39A 3KM5A 2W08A 1JHNA 1B9SA 4XJ8A 3D6EA 1J1TA 4GALA 3AZXA 1IVGA 3N35A 2AEPA 3O9KA 1WW4A 6NN9A 4YGCA 1AF9A 2ZB5A 2OUJA 3INAA 1WW5A 1IKPA 2ZGUA 1HQWA 2A75A 4AGVA 1V6KA 1V6NA 5H9SA 1SBEA 3H6JA 3A0NA 3ZSMA 1ULEA 1W6NB 1UZYA 4FPGA 3U4XA 1APNA 2NYYA 5IK4A 4GZPA 3B9CA 1DYPA 2HYKA 2QWFA 3RS6A 1S0DA 2ZGLA 3M3OA 4BMBA 1C57A 1MS3A 1NMAN 4KBBA 1INGA 4Q8KA 5HCFA 1LEMA 2ZHNA 1GLHA 2R0HA 4FPOB 5T54A 4DFSA 2C4AA 4GZOA 5T5JA 2AGSA 2C5DA 4Y1VA 4X4AA 2E53A 5JOYA 4QNPA 4K1YA 3GALA 4MWUA 4XOGA 1U0AA 2SLIA 3ILRA 4GZWA 2F27A 5CBLA 2VW1A 4M3CF 2VK5A 4FPEA 3VUOA 2UU8A 2AREA 2EF6A 3O5SA 2D6MA 1LODA 1HDKA 2C9AA 2EXHA 3DGTA 4Q26A 5H9PA 1V6MA 1SFYA 3WDYA 3OY8B 4XTMA 2VY0A 1DQ2A 3R4UA 1G9FA 1FNZA 4YZ5A 2E7TA 2ZGMA 4M01A 1PZ8A 4I30A 1USXA 1Z4VA 5HUKA 3VV1A 1DYKA 2ZKNA 1Z4YA 2A71A 3I4IA 5KXEA 4QN7A 2CTVA 1WBFA 3R4SA 1RIRA 4Q1RA 2BATA 4CPLA 4BOWA 2AYHA 1USRA 1ONAA 1BQPA 2R49A 1INFA 4UW5A 1IVEA 5DUVA 1KITA 4NO4A 2W38A 4YM1A 2NZ9A 1ULDA 2D6KA 4JC1A 3ASIA 2ZGPA 2YA7A 4GJTA 2RKCA 4GZTA 3SANA 1HKDA 3V0BA 3W09A 4M4UA 2D6PA 3M2MA 2EAKA 1LOFA 1LU1A 4XZPA 3TI6A 1H9PA 5E8AA 2YA6A 1GZWB 1BJIA 2UWCA 1Z0HA 3L2YA 4U2AA 2A5ZA 1FV3A 1Q8OA 3D11A 3PJQA 3DUIA 2D43A 5F5QA 1BJQA 3VKOA 2VW2A 4MJUA 4HZVA 2AUYA 2ERFA 2F12A 4XJUA 3WCSA 1AX2A 2ZB6A 4TZDA 3O0XA 5EYXA 3WDTA 3PVOA 3TICA 3OYWA 1WBLA 1F31A 1G9AA 4AVSA 2A6WA 4M4VA 2XZKA 3JU9A 2A6ZA 1DBNA 1YIFA 4YGEA 4HZZA 1JUIA 1A14N 1GSLA 3W58A 3HN1A 4SLIA 4CRQA 1IOAA 3ZXEA 1R1ZA 1W1XA 4CPYA 4PCRA 2UWBA 2V73A 5CAZA 3Q9OA 1MS9A 1MS8A 2DUQA 3NN9A 1N1TA 1QOSA 1G7YA 2D6LX 3RMXA 1LULA 5B2CA 4YW2A 5KXBA 3WHUA 3OGGA 1V3CA 4R9DA 3ATGA 1CPMA 1KQRA 4Y1XA 3FLPA 2ZBJA 3TB0A 4MJVA 1IKQA 4Y20B 1EUTA 4LBQB 2GNMA 3CNAA 2ENRA 1G9DA 1SCRA 4ITCA 5L73A 1C1FA 4CPNA 3POSA 3SISA 4ISRA 5DUWA 1LOGA 4DRRA 1SLBA 5KXCA 2HTWA 4KS4A 4YGDA 3B7EA 1EURA 4K1IA 4UF7A 4WA4A 2GN7A 4B7QA 3FFZA 4GKYA 2CY6A 1Q8PA 4AVTA 4GEZA 1F8DA 3K3AA 1V2IA 2YA5A 4FVKA 1MZ6A 2GALA 5GLVA 3POYA 4Y1UA 1BXHA 4CPMA 1SNTA 4XJ9A 2W68A 3OYWB 3BODA 1QMJA 1F8EA 2QWCA 2CWMA 2F13A 2ARBA 2R16A 4XJRA 3WVJA 2DTYA 5H9QA 1IS5A 3UJOA 1VAMA 4DQAA 2D6NA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1OA2A 4P00B 5JOWA 4RS5B 3C8XA 3VDDA 4GH4C 5IYYA 3MW4A 5FZ1A 4HVQA 2QWHA 4HPKA 2XBO3 3IN9A 2RS52 3KT7A 4YW4A 3CU7A 1WCUA 2RHPA 3WQ0A 4OI1A 4FPCA 3T2TA 2G1MA 3M4FA 2JDYA 3AXEA 4P9JA 1POV3 4IGOA 1GU3A 5JOXA 1HRV3 2VUAA 5FZ8A 2F17A 3JQWA 1NMCA 3S7EA 4LKEA 1CIWA 1EV11 2R041 1RUI1 4ZXEA 1OQEA 5JXJA 1C1LA 1OH4A 2Y6KA 4DINB 1W8UA 4IE6A 1PO11 3KGZA 2GNTA 3KF5A 3JD71 1LOFC 4E9KA 1S1DA 5FXWA 4MH0E 2WS93 1GICA 3U11A 4XETA 3I97A 1H8TA 1WA6X 4LK6A 1DGRA 1W6OB 3PHMA 5FZ3A 4S2HA 3SEEA 3SREA 1JTZX 4IYGA 1LJ7A 4XABA 5D8AB 1DLCA 2SIMA 1YCIA 2QQOA 4XACA 5KC6A 1B35A 1AZDA 1Q56A 1S0CA 4LBQD 5CKQA 1ZA7A 3H71A 5T5LA 1W8OA 4CCMA 5C8CA 4XURA 1LR5A 5HV4A 3ECQA 2HU0A 5FP9A 2W5NA 2E7QA 2ZAAA 4JRAA 4I0AA 2V4AA 1JXNA 2O14A 3VHPA 2EXKA 1LGBA 3AYDA 4E8DA 5AC93 4FPYA 4B4RA 5A3PA 2VOTA 1ENRA 1L7QA 1SCSA 2X05A 1XYNA 5F3GA 5D9BA 5FZEA 3Q6PA 5A70A 2JDHA 4QX2A 3T0BA 4CCCA 5F7UA 1W6PB 1O4ZA 1S2KA 4CXXA 3E5UA 4D69A 3ZGDA 5FP7A 2CGPA 4DY3A 4C91A 2WFF1 1XXNA 4JF7A 4P9GA 1HLCA 2D44A 1GKBA 1VCUA 1U5XA 1S0GA 4RFRB 4O7XA 4QHBA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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