4FP3A

Crystal structure of the nanb sialidase from streptococcus pneumoniae in complex with 2-[(furan-2-ylmethyl)ammonio]sulfonate
Total Genus 185
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
185
sequence length
658
structure length
658
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYDIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase/inhibitor
molecule keywords Sialidase B
publication title Synthesis and structural characterisation of selective non-carbohydrate-based inhibitors of bacterial sialidases.
pubmed doi rcsb
source organism Streptococcus pneumoniae
total genus 185
structure length 658
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2012-06-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4fp3A03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4fp3A01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4fp3A02
2ZHMA 5T5PA 4HZVA 3ZSMA 1FX5A 4B7JA 1LHOA 4CPNA 4FPKA 4C1XA 2QWCA 2WNEA 3IPVA 1QDOA 2CWMA 3T1LA 1CQ9A 2YA7A 3SH3A 1IS4A 1WLWA 2YA6A 3SALA 1IVDA 2YA5A 3SLIA 2ARBA 1GZ9A 1O4YA 2P37A 2WQZC 3KM5A 3RSJA 4GWNA 3KQRA 2GN7A 3WDYA 4YFZA 2AEQA 3OYWA 3OY8A 2UURA 4XDQA 1V3CA 1VIWB 2WSVA 1W8OA 3POSA 4FQZA 5CNAA 2CWSA 1S0BA 1MS3A 4AGGA 2YA4A 5JOZA 2F0ZA 4GXLA 1AXKA 3B3QE 1LHUA 1LHVA 3A0NA 4Y22B 1S0IA 2ARXA 2YXSA 1HDKA 3BIWE 4L8QA 2OUJA 3O0VA 3H6JA 3WCRA 4XHBA 4Q1RA 3D12A 1JXNA 1GSLA 2EXHA 5T50A 2EAKA 2YV8A 2EALA 2P3JA 2ZACA 3W09A 5LK5A 1GNHA 1V6MA 2ZA9A 4TYSA 2ZGPA 4KS2A 5CBLA 1CIWA 1LENA 4YZ1A 3RG0A 1BQPA 3RMYA 1MS0A 2BERA 3OGGA 1SCRA 4FPLA 1A4QA 1LHWA 5NN9A 1MS9A 1UAIA 1L7FA 3GALA 3ZPYA 1LOCA 1ENSA 3WDWA 5DZGA 4P14A 3DGTA 1F5FA 4F83A 5IK4A 3I4IA 3V0AA 1INYA 5FRAA 3W59A 2NYYA 2F28A 3NWKA 4AVVA 1DQ2A 4M3CB 3ATGA 4SLIA 1GICA 4FP2A 1N1VA 5T54A 1Z4ZA 1VCJA 4DPNA 5GZDA 4MJUA 4GJTA 3SH4A 1RINA 4FQ4A 5FREA 1ULCA 1Q8PA 3D4KA 3WDVA 3MW3A 1IKPA 1JHNA 3AXEA 1MVEA 2FMDA 5GLWA 2YZ4A 1BJIA 2PHXA 3A0KA 1G9CA 1ULDA 3ZYRA 2DYCA 2YDPA 1DIMA 5SV8A 1IS3A 1KJLA 4K1ZA 1FV3A 3H71A 2ZGNA 3RQ0A 5DZEA 4OZXA 4YZ5A 4ISRA 1MR5A 3ILFA 3VKFC 5KXDA 2A75A 4BM8A 1U0AA 1UX6A 2OVUA 1E8VA 1DQ5A 4LBMA 4M3CF 2ZAAA 2QWAA 1AJOA 1JN2P 2F13A 3AP7A 2A71A 2UU8A 3V64A 1USXA 3WOGA 1UPSA 3AX4A 4DRVA 1INWA 5KXBA 1NNAA 3LCPA 2V5YA 1MZ5A 1IKQA 2SBAA 2D3PA 2FHRA 2F25A 2HTRA 1WUVA 2ZGKA 1W6OB 2ZGQA 1S0CA 1E8TA 4XE9A 5CB7A 5B2CA 3N7LA 5EYXA 3AJZA 4FPJA 1G86A 4WA3A 2YDTA 3SITA 4FPOB 1FNZA 1X50A 4CZSA 5T55A 1SLLA 1O4ZA 4DGRA 3TI3A 3WG3A 1W8NA 4GEZA 2P3IA 5GZGA 2X9MA 1Z4VA 4H53A 4LBJA 4XJRA 1N3OA 3AP5A 5HCAA 2P2KA 2VK6A 1YRZA 3ZXLA 1VALA 4GA9A 3INBA 2ZHKA 3AJYA 2CMLA 2XCYA 2NN8A 3RRDA 4Y1UA 4TZDA 4K1HA 2F26A 1F8EA 5IK5A 2DV9A 4UW5A 4K1IA 1HKDA 1VAMA 1DLLA 1UL9A 1E8UA 5T5OA 1VCUA 3N3HA 4Q8KA 1Z4WA 1IS6A 4XILA 1WW4A 4GZWA 4ITCA 4HIZA 1UZYA 4MZAA 2A6VA 1OQ1A 3FUOA 3H73A 4YW3A 1USRA 1W6PB 4MWUA 3WVJA 2ZZJA 1Q8SA 4Y24A 4HZXA 1W6QA 5T5JA 2G4IA 3N7KA 4XXPA 1INVA 4JCKA 1DYPA 1SLCA 2HU4A 2WKKA 5HUNA 4LBOA 3WG1A 2C4LA 1Q8VA 5DG2A 2VSKA 4M3MA 1ENRA 5H9QA 4BQ1A 4CPOA 2GNMA 4X4AA 1I1EA 3ALXA 3WNXA 1V0FA 1Q56A 2DUQA 1GV9A 4K1JA 4Z8BA 1SACA 2DVAA 3SANA 1A14N 4D69A 4ISQA 1V6KA 4YG3A 2JD4A 1MS8A 5IUQA 1QMJA 1G9BA 1S0DA 3UK9A 3APBA 4Y20B 4HZYA 1NSBA 1DGLA 1B9VA 4HZZA 2DVBA 3U4XA 1AX1A 2F12A 3JUUA 2R49A 4JF7A 3IPVB 1DFQA 4YW1A 4XJZA 4FZHA 4UW3A 2AYHA 7NN9A 3OJBA 4YGCA 1HLCA 5GALA 1F9KA 3FFZA 2Q5TA 2A6YA 5JYYA 4FOYA 3Q9OA 3OYWB 1FNYA 1A3KA 2R0FA 1OKQA 3NN9A 3OY8B 1D2SA 1QOTA 4MWJA 2A3YA 3QLQA 1QKQA 2HT8A 2QWDA 1WW7A 1XOGA 4H52A 2VUAA 3ZYPA 1ULFA 4Y20A 1IVEA 2NMNA 4MX0A 1LGCA 1DYKA 1W6MB 4GZOA 1AX2A 2C5DA 1J1TA 1LGBA 1S0FA 2GNTA 1NSCA 5GLZA 3T1EA 3W58A 1W0OA 4Y26A 4HANA 3M2MA 1L7HA 3AYDA 4GDJA 1Z0HA 1DBNA 3O12A 1QGLA 4MWQA 4FVVA 1NMAN 2JECA 5F9TA 3O0XA 1URXA 4WVVA 4YZ4A 3M3OA 1GKBA 2E6VA 1N3PA 1G9DA 1N1SA 1DHKB 1N3QA 4I30A 2EXJA 1WW5A 1B9SA 1LU2A 4XHXA 1WBFA 4NO4A 1UKGA 1NCAN 2W20A 4W65A 3CNAA 5H9RA 4RA0A 4QN7A 4BMBA 1NLSA 4YG0A 5GM0A 5E89A 1W6MA 4DFSA 1N47A 2SILA 4MWXA 4KS1A 4FPCA 1GANA 3M3CA 2DURA 2XZKA 1AVBA 2XZJA 3VKMA 1GBGA 3N35A 3V0AB 4GZQA 2ZGMA 3WG2A 4GALA 2A3WA 2HYKA 3WG4A 1H30A 1YIFA 5JVVA 1QNYA 1LU1A 5JMCA 1JYCA 4PCRA 3IMNA 5CAZA 2KM2A 4UF7A 4RL7A 1A4GA 2ZMKA 1CONA 2P34A 3B01A 1CVNA 3UJOA 1ULGA 1V2IA 2A6XA 4FOWA 2WT2A 2DVGA 2DUPA 4UW4A 1DIWA 3HN1A 1SNTA 4XJUA 2ZGUA 3ZSKA 1CN1A 1EUTA 5HUKA 5KXEA 5JOXA 1LOEA 4XMAA 3TB0A 2VXRA 1LECA 5E88A 3N36A 1LJ7A 1SBEA 4YLZA 1PZ7A 1INFA 1INXA 1NCCN 4QN6A 3RMXA 2HTYA 4U36A 2CL2A 2JJ6A 2VW2A 2B7YA 3PVOA 4MWRA 4ZXKA 2VVZA 3ILRA 3USUA 3D6EA 2ZB5A 1AXZA 1H9WA 3AYAA 3PVEA 5E8AA 4WEFA 1VAVA 3MW4A 2DTWA 3O9JA 1GZWA 1V0ZA 4BLJA 1UN1A 2GMMA 3C2UA 2ZMLA 1JW6A 1V0EA 4YM1A 2VY0A 1JBCA 1WW6A 4WA4A 2GNDA 1FAYA 2NM1A 1KJRA 2PHTA 4IQPA 4LBQA 3WLUA 1IVBA 1SFYA 4PBPA 4GZSA 1QNWA 4XXAA 5DZFA 2QWGA 2AR6A 2XG3A 3B7EA 2W5OA 1KRIA 4Y1ZA 2HTUA 4X49A 3K36A 1YI7A 2UWBA 2ERFA 5DUWA 1DILA 5HCBA 4QNPA 4M01A 1IOAA 3CL2A 1LEMA 5L73A 3GVKA 1AX0A 4YW2A 2C4AA 4P9WA 2QWJA 3AZXA 2D43A 3LSEA 4AVSA 3ZSLA 2NZ9A 4BMEA 2TEPA 2QWKA 4DRRA 2H0BA 2OUHA 2AGSA 1VLNA 2CYFA 1CR7A 4YW5A 4WZFA 1BXHA 5GZEA 1F8CA 5T5LA 3R4UA 2F29A 1NCDN 4XJWA 4GZXA 1V6LA 1RITA 4YW4A 2W08A 4ATEA 3V0BA 1LOBA 2YMZA 4XZPA 1SO7A 2BZDA 4XTPA 4K20A 4Y1VA 3VV1A 4D8SA 3GVLA 3O9KA 2VWDA 1V3EA 5CA6A 3AFKA 1W6QB 3BEQA 2ES3A 4YZ2A 1GZCA 1XOEA 1AZDA 3GVJA 4YZ3A 1W6NB 1YO8A 3M1HA 4Y1YA 5HX0A 2D44A 1W21A 3B00A 2W52A 4I00A 3WHUA 4AYUA 1DQ6A 2GMEA 4Q26A 2GNBA 2BF6A 3R4SA 4XIOA 1KDMA 2R16A 4GKYA 4BBWA 3RS6A 4DQAA 4FOVA 2ZGLA 2ZMNA 2E7QA 3D5OA 4NCSA 2SLIA 1WD3A 3AZYA 1NNCA 2NMOA 3K38A 1NSDA 1HQLA 4XBNA 2ZGOA 2BATA 5HUGA 1W6NA 2RHPA 1MS5A 4XJAA 1CESA 4YM0A 3N7MA 3WUCA 1IVCA 4M4UA 1JYIA 1KITA 2W5NA 4FPYA 2ZABA 2AEPA 4YM3A 2R0HA 2GDFA 3A71A 4BLIA 4CPZA 2F11A 3TI4A 1ONAA 3I8TA 4HZWA 1LCLA 3FLTA 3WDTA 3TI8A 1LEDA 2GMPA 1FATA 5IK8A 2A5ZA 3IN9A 3CKZA 1GLHA 2WJSA 1UMZA 4R9DA 1D0HA 1TEIA 1S0GA 4H55A 2A6ZA 2D6OX 4GWMA 1NNBA 3D11A 1PZ8A 1G9FA 3T2TA 1AXYA 1C1LA 3SNMA 4M3CE 2ZBJA 4MJVA 4GDIA 2HTVA 2D6MA 3SILA 1V6OA 4R9AA 2SIMA 4XBLA 5GLVA 1IVGA 2ZGSA 3VKNA 2VK7A 1FYUA 2R1DA 1F8DA 4Q27A 1LHNA 3A72A 4GKXA 3INAA 5EXOA 3HR9A 3NV4A 3FUQA 4AWDA 4LBNA 2HTWA 2D3SA 2A3XA 1S0JA 3BODA 3H0OA 1SCSA 2QWFA 4YGDA 1V6NA 2ZGRA 2VSMA 1V6IA 3TI6A 1FV2A 3TIAA 1DZQA 1RIRA 4Q2FA 3TICA 4FP3A 2P3KA 2B8HA 2HTQA 1G9AA 3UJQA 1NMBN 4P9XA 3AZWA 2A6WA 3WDXA 4HL0A 3TI5A 2F10A 3OBRA 3PVNA 1INGA 4WVWA 3NV2A 1KDKA 4C1WA 2PHUA 4YG6A 2DUOA 3AP9A 4CPYA 5GZFA 3GNEA 5GLUA 2VW1A 3IM0A 3PJQA 2PHFA 2OW4A 2JE7A 2D6LX 2LALA 3MEPA 1L7GA 3TIBA 1B9TA 1Q8OA 2VK5A 3IKWA 4FPFA 4XTMA 5GZCA 5GLTA 1C57A 1SLBA 3AXDA 3BOPA 1IS5A 5JOYA 1DQ1A 4LBQD 4YM2A 1SBFA 3ZVXA 2NP0A 3WCSA 4M4VA 4LBLA 1MVQA 2DVDA 1EUUA 4GZPA 2ZHLA 4YGBA 3N7JA 1SLTA 2HT7A 5BYNA 5HUMA 5DXDA 4QN3A 1BKZA 4DS0A 5B2DA 1F8BA 1CPMA 1QF3A 1EPWA 5H9PA 5EYYA 1ENQA 1Z50A 5JDBA 2DVFA 1QOOA 3USUB 2PHRA 3A4UA 1LESA 2DTYA 4Y1XA 1Y7BA 3POWA 1GZWB 3TAYA 2UWAA 3AYEA 4XJ8A 1W20A 3OBTA 3B9CA 2D7FA 1LOAA 2AENA 2EXKA 2D6PA 4YFWA 4Y22A 1MS1A 3WUDA 3AZVA 1GNZA 4AGVA 4LBQB 4U2AA 4GB1A 2VU9A 3DUIA 2JE9A 4ASMB 1AJKA 2VH9A 3B69A 3BTAA 5HCFA 3M3EA 1BYHA 2GN3A 1W0PA 1ZA4A 4XBQA 1F31A 5JOWA 3VUOA 3K37A 3ENRA 1MZ6A 5AVAA 5H9SA 1G8WA 4X47A 3M3QA 2D6KA 1CPNA 4NN9A 1Z4XA 2QWBA 1V00A 4WV8A 4XIKA 3ASIA 1DQ0A 4FPEA 1QDCA 4NOTA 2W38A 2F27A 1YXWA 3FLPA 3SISA 1NMCA 4MWWA 2D6NA 4MC7A 2LTNA 2JKBA 5IK7A 2BQPA 4B7NA 1ZM1A 4JRAA 4M3CA 2AH2A 1NCBN 5IT6A 1S1AA 1LOGA 1DQ4A 5JLVA 1LULA 4KS5A 4WA5A 3ZSJA 4Q1PA 2C9AA 3V0BB 4M4NA 1CJPA 4CPMA 4AGRA 3O5SA 1W1XA 2A70A 1WCSA 1C4RA 4R9CA 4K1KA 3JU9A 1BJQA 4MWVA 2WT0A 4FPGA 3FLRA 3ZXJA 4FVKA 4BOWA 4JC1A 4FPHA 4XYXA 1NN2A 1V3BA 3QCWA 2YROA 2E7TA 1YYNA 4PBOA 3NSSA 1KQRA 3MW2A 1HQWA 4CPLA 2ENRA 1MACA 2W68A 4LBKA 1N1YA 2JDZA 5DUVA 2WLQA 3LSDA 3ZXFA 4MWYA 2PHWA 2E53A 5F5QA 4KS4A 4P9YA 1WBLA 4J9TA 5EWSA 3WV6A 4AVTA 2AREA 2CTVA 5DUUA 1AF9A 4FOQA 1IVFA 4PF5A 4NC5A 2CNAA 4ZKTB 3AK0A 1PZ9A 1B09A 1A78A 4XJQA 3WHTA 3AZZA 1G7YA 2F24A 4GZTA 3POYA 3VKOA 4CRQA 1W6OA 5DG1A 4B7MA 2ZKNA 1GYKA 2WT1A 4X6KA 4QN5A 1MS4A 4BPZA 1LOFC 2Z42A 4PQ9A 1MWEA 1JUIA 2QWIA 1Q8QA 1EUSA 3PMEA 4MZEA 2A7AA 5KXCA 3UL2A 2D3RA 3NV3A 4XOGA 3H72A 4B7QA 3L2YA 1WD4A 2WSUA 2HU0A 1S0EA 5T52A 3O0WA 1WLDA 2XB6C 4KBBA 4M00A 4ATFA 1LODA 1N1TA 1Z4YA 4CTEA 4K1YA 2I2SA 3WDUA 1JOJA 1V6JA 1OFSA 2EIGA 2W39A 4Q6KA 4FJ6A 2DWRA 1SLIA 1LOFA 2ZHNA 1QU0A 4Q8LA 1LGNA 1C1FA 3SH5A 4QN4A 3MPPG 5M1ZA 3AP4A 1LTEA 1BZWA 3K39A 3ZXEA 1EURA 1WLCA 1SLAA 4YGEA 3VKLA 4XJ9A 2QWEA 1H9PA 3CYEA 1R1ZA 1I3HA 1W6PA 6NN9A 3ILNA 2UWCA 2AUYA 3HMYA 1NXD1 1SBDA 2DU1A 4MWLA 2V73A 2RKCA 1WCQA 2XZIA 4UW6A 2HT5A 1INHA 3FBYA 2PELA 3CL0A 3R05A 2YA8A 2VW0A 3JU4A 5GJ6A 1QOSA 4XMIA 3T1MA 2ZB6A 4B7RA 3K3AA 3NV1A 3AYCA 3V65A 4MYEA 1A8DA 3WZ1A 2CY6A 2E51A 1Z78A 4KS3A 2GALA 3ZXKA 2EF6A 4R9BA 1UZZA 3AP6A 2QWHA 2R1BA 2ZGTA 4K21A 2DU0A 1V3DA 5DUXA 1APNA 4K3YA 3OPZA 1ULEA 1XQNA 2EXIA 3ALWA 2YY1A 4WEGA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5CG8A 2B9UA 2ZHMA 3I3QA 3ON7A 4RR3C 5FPVA 4QX1A 1VAKA 1VBC3 3DV8A 2ZTNA 5FZ3A 5T5PA 1FX5A 3ZSMA 4JDNA 1LHOA 1W05A 3I97A 4P00B 4URTA 4FPKA 4B7JA 4CPNA 4C1XA 2C1FA 2P17A 4EWEA 4QD2A 2QWCA 2WNEA 3C7HA 3IPVA 5DAWA 1QDOA 2XVKA 4Q4V3 3FX3A 2CWMA 4ZPIA 2XUEA 4CDQA 1W9TA 5E16A 4YW7A 3H50A 2X8KA 2YBSA 1CQ9A 4N7IA 3T1LA 2YA7A 4KWLA 4UFLA 4YVSA 3LIHA 3SH3A 2OT7A 1IS4A 2BPA2 2WAOA 3B5LB 3ZXGA 3VBUC 1XNKA 1WLWA 2TNFA 2YA6A 3SALA 2XN4A 4OULA 1IVDA 2YA5A 3SLIA 3PMSA 5FMBA 1POV3 4DUWA 4P5HA 2ARBA 1W2AX 1GZ9A 1TQ5A 1ULPA 4L97A 3ZIXA 1QJU2 4Q0PA 3BYCA 3MPBA 1O4YA 2P37A 2FDIA 3MIEA 3KHBA 2WQZC 3KM5A 3RSJA 4GWNA 3KQRA 2GN7A 4IL7A 4E2SA 3UKVA 3WDYA 2FCUA 4Q29A 4GN7A 4YFZA 4IERA 4BQWA 2AEQA 3OYWA 1R092 1EAH1 4DUXA 5FYBA 1XSQA 1CAVB 3J9SA 5DAQA 4AQ2A 3BYWA 3WW1A 1X82A 3OY8A 4CSWA 5LRRA 1O3SA 4KWKA 3KS7A 4V1PA 2QE3A 4D8MA 1PMHX 4WM7C 3KT7A 3VGIA 2UURA 4OHZA 1OBNA 2P5BA 4RHV2 3M70A 5L9RA 4PI2A 3AVRA 3UT0A 5APAA 4XDQA 5I0SA 1V3CA 1F2NA 1HV1A 1PX3A 1VIWB 2IWGB 2VMDA 2WSVA 1W8OA 3ZYIB 3M3IA 5GX2A 1PK6C 1ODMA 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