4FPCA

Crystal structure of the nanb sialidase from streptococcus pneumoniae in complex with 2-[(4-chlorobenzyl)ammonio]ethanesulfonate
Total Genus 191
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
191
sequence length
658
structure length
658
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYDIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase/inhibitor
molecule keywords Sialidase B
publication title Synthesis and structural characterisation of selective non-carbohydrate-based inhibitors of bacterial sialidases.
pubmed doi rcsb
source organism Streptococcus pneumoniae
total genus 191
structure length 658
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2012-06-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4fpcA03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4fpcA01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4fpcA02
4WEGA 2A6ZA 1TEIA 3D6EA 4MWYA 3USUB 1W6NA 1B9VA 3AZYA 2EAKA 1OQ1A 4XJRA 4GZQA 3OY8B 1L7HA 3AZZA 2ZB5A 5T5LA 2ZACA 1ENSA 1VAMA 1KITA 2NYYA 1V0ZA 1MR5A 3POYA 4GB1A 1KJRA 5HUGA 2BQPA 3K39A 2C5DA 2YA6A 1DBNA 2ARBA 2V73A 3JU9A 1GBGA 2DV9A 2VVZA 3U4XA 4XJZA 2GMPA 1LOBA 4PCRA 1IVDA 3Q9OA 1GKBA 4XIKA 5HCBA 4UW6A 1DIWA 3VKNA 1QOSA 4FPFA 1GANA 1QGLA 1V6KA 1S1AA 2YZ4A 2HTQA 1FV3A 1UX6A 4R9CA 6NN9A 4W65A 1NCCN 4GWMA 1VCJA 1W8NA 2P3IA 4XDQA 1W6PB 1QDCA 4BM8A 3SANA 1Y7BA 2ZHKA 3ILRA 1L7FA 3WLUA 5F9TA 3APBA 1INFA 4HIZA 3SISA 4Y1ZA 2SBAA 1W6OB 4K20A 4DS0A 2WJSA 2FHRA 4WVWA 2YA7A 1LECA 1WW4A 5KXEA 1OFSA 4QN6A 3AP4A 5CB7A 5F5QA 5HUKA 3MW2A 2ENRA 1C1LA 3AZWA 3BIWE 4ZXKA 2AR6A 1WCSA 3ATGA 3WVJA 4YW3A 3MW3A 4YZ4A 7NN9A 1NCAN 2QWBA 5DG2A 2SILA 4YM1A 4AGGA 3O5SA 1ENQA 3WCSA 2JD4A 3OYWA 1ULDA 1PZ7A 4MWJA 2B7YA 2ZGSA 4X49A 2GDFA 1UPSA 4JCKA 4U36A 1BJIA 4FPOB 1LHOA 3ILNA 3SILA 2BF6A 1LULA 1Z4WA 4MX0A 2WT1A 3QCWA 3DUIA 4M3CB 3H73A 1N1VA 4QN5A 4NO4A 1J1TA 5GLVA 5FREA 3FUOA 2W39A 4B7JA 5IK4A 3AJYA 3VV1A 1LOFA 2D6LX 2E51A 3GNEA 1SLAA 1MACA 1W20A 1F8CA 2D6OX 5JMCA 1IKQA 3PVNA 4WVVA 2YMZA 1DHKB 1FNZA 3M2MA 4TZDA 3MEPA 1GV9A 4XJ8A 3POWA 4Q2FA 4CRQA 1N1YA 5GZCA 1CN1A 1NLSA 1NMAN 1IVBA 1IVEA 1USXA 2GN3A 4MWQA 1V3CA 4B7MA 2AYHA 1X50A 2R0FA 2QWDA 1V6MA 3TIBA 4HZYA 2CWSA 2JDZA 1NNBA 4GKYA 4XBLA 3H6JA 3IPVB 2YXSA 4MWVA 2GMEA 2GNDA 2JE7A 3O9JA 1G9AA 4GXLA 2GNMA 1MS8A 4AYUA 4CPMA 2QWJA 3V65A 4YZ2A 2C4LA 1S0BA 4J9TA 4BMEA 1WLCA 1SLLA 1EPWA 4MJUA 1B9SA 3AYEA 2A71A 1S0JA 4PF5A 3D12A 2D43A 2V5YA 4LBOA 1SBEA 1V6NA 1URXA 3OPZA 2DWRA 4MWLA 2R1BA 1G8WA 4RA0A 1GZWB 3AYAA 4FZHA 2VUAA 4K1IA 4Q8LA 1W6NB 2DTWA 2YV8A 4AVVA 3RQ0A 1E8UA 3O0XA 3TI3A 1IVFA 3B9CA 2Q5TA 4FVVA 1BJQA 5IK7A 2ZB6A 4FOYA 5GLZA 4M3CF 2TEPA 3ZPYA 4FVKA 1MS4A 2ZABA 4XMAA 1WBFA 5HUNA 3AP7A 1MZ6A 2ZGKA 5DUVA 3ZXLA 3AP6A 4YGCA 4Y22A 2BERA 4Y20A 4HZVA 3TI5A 4XOGA 3M3CA 3I4IA 4BLIA 3CKZA 3K38A 2ZA9A 2ZGOA 2AGSA 1GYKA 2R49A 4P9YA 1V6IA 4Y1YA 4LBMA 1MWEA 3D5OA 3WHUA 1UN1A 2VK7A 2BATA 4FOQA 3W58A 5EXOA 2JECA 1DLLA 4H53A 2YROA 1NSCA 4LBKA 4XMIA 4D8SA 5JDBA 2Z42A 2W52A 2A3XA 3SALA 2W08A 4YW2A 1RINA 2D44A 1IVGA 4DPNA 1CONA 4C1WA 3WDYA 3IKWA 4K1JA 1INGA 3AXDA 2QWCA 3IN9A 3HN1A 1MS1A 2F0ZA 2BZDA 4LBQD 3PVEA 2C9AA 4XZPA 2NM1A 1GZCA 3CL2A 3V0AA 3UL2A 3R4SA 2EXHA 1QOTA 2GN7A 2R16A 2ZHMA 1V2IA 3AZXA 3K36A 2WT0A 4M4VA 5LK5A 3SH5A 4C1XA 1H9PA 4FOVA 5EWSA 1L7GA 1VIWB 2X9MA 1CPNA 2A3YA 3WDTA 3GVJA 3FUQA 2YA5A 3AK0A 1NCDN 4HZZA 1G86A 2HTRA 3RSJA 1UKGA 1WCQA 4CPLA 4ZKTB 2RHPA 4FPLA 3AP5A 2ZGPA 1WW5A 4GZWA 1SCRA 2YY1A 1DQ2A 1QDOA 1IVCA 1LHWA 5EYYA 4Q6KA 2ZKNA 1S0GA 4XXAA 3OYWB 2VK5A 3JUUA 1A8DA 2PHTA 5H9PA 1V6LA 5T5PA 2GNTA 1V3DA 4DGRA 2ZBJA 3ENRA 1WLWA 1LJ7A 4QNPA 1V00A 3N7MA 4XIOA 2A3WA 3ALXA 1WUVA 2DU1A 2AEPA 3CYEA 5L73A 3FFZA 4ISRA 2P2KA 3TI8A 2R1DA 4M00A 2PHRA 1RIRA 5DXDA 3ILFA 3K3AA 3N3HA 3ZXEA 1HLCA 2W68A 1C4RA 5DZGA 3GVLA 5JYYA 1AJKA 2DTYA 2A5ZA 1O4ZA 4XJAA 2ZHNA 1G9CA 2P3JA 3NWKA 1LGCA 3WCRA 3IM0A 5E88A 1JYCA 2F12A 1KDMA 1DYPA 2D3SA 1BXHA 4R9AA 3RMYA 3WG4A 2A75A 4LBLA 1FYUA 5HUMA 2C4AA 2F28A 4YZ3A 3WG1A 2DVGA 3N7JA 1Z50A 2EXJA 2W5OA 3RMXA 1IS5A 1H30A 2E6VA 3WDWA 3WDXA 1NNCA 1W21A 3N36A 1V3EA 5CAZA 3T1MA 5B2CA 3VKLA 1N3QA 2A6VA 1V3BA 5DUWA 1S0IA 1Q8QA 1QOOA 4BBWA 2NN8A 2NMOA 1AJOA 1V0FA 4DFSA 1PZ8A 4M3CE 4FQ4A 2LTNA 2D6NA 1ENRA 4LBQA 1HKDA 1YXWA 5CBLA 3OGGA 2VW0A 3LCPA 4L8QA 1KJLA 2JKBA 4YLZA 4H52A 2KM2A 1Q8OA 1N3PA 4CPZA 1V0EA 2CY6A 5SV8A 2B8HA 2LALA 1ULCA 1SLTA 3AJZA 1NMBN 1JN2P 4NOTA 4KS3A 1UAIA 3B3QE 1XOEA 1LHUA 2W20A 2R0HA 3O0WA 2PELA 3T2TA 3C2UA 4XTPA 5GZFA 1INHA 1Z4VA 1R1ZA 2ZMKA 3R4UA 3TI4A 4R9DA 1BQPA 3TAYA 3N7LA 3VKFC 5GZDA 4UW3A 4Y22B 4Y20B 2XB6C 3AX4A 1MS5A 4Q1PA 3A4UA 2D3PA 4XJ9A 1LGNA 4KS2A 1F5FA 2NZ9A 1DYKA 3H71A 3UJOA 1BYHA 4LBNA 1NNAA 4FPJA 1HQWA 5AVAA 5GM0A 3NV1A 5DZFA 4M4UA 1H9WA 4AVSA 2HTVA 2WKKA 3NV3A 1W8OA 3D11A 1QF3A 1YO8A 2EALA 3RRDA 2GMMA 4BQ1A 3VUOA 1JW6A 1N1SA 4GDJA 2ZHLA 2QWEA 4BOWA 1O4YA 3L2YA 4KBBA 2F25A 1IOAA 1VALA 2VY0A 3V0BA 3W59A 2DUQA 4QN4A 1W6QA 5GALA 3T1LA 1LENA 4CZSA 3PMEA 3NN9A 2WNEA 3ZSKA 4Q8KA 3V0AB 3OJBA 1BKZA 4M4NA 4UW4A 1GZ9A 1D2SA 3BTAA 4Y26A 5KXBA 2HYKA 4GALA 4FP2A 4LBJA 2ZMNA 1V6OA 4B7QA 2PHWA 1MVQA 1USRA 1IS6A 1MVEA 4H55A 2H0BA 2OVUA 1E8VA 4HZXA 2E7QA 5E89A 3H72A 3H0OA 1W6MA 1LODA 1AVBA 2P34A 3INAA 2ARXA 4YM0A 3K37A 3AZVA 2VK6A 2A70A 3HR9A 4F83A 2DURA 4YW1A 4KS1A 1AZDA 4Q1RA 2HTWA 3ZSLA 4U2AA 4XILA 2OUHA 3R05A 3OBTA 2JE9A 1SO7A 4P14A 5HX0A 1CVNA 4YG0A 1LEMA 2F10A 1V6JA 1G7YA 1Z0HA 1SLCA 3WZ1A 5CNAA 4JC1A 1A4QA 1QU0A 4GWNA 4YM2A 1AXKA 5DUUA 3ZXFA 1AF9A 1U0AA 5JOYA 3ZVXA 4Y1XA 1LOAA 1KRIA 4UF7A 1C57A 3SH4A 4KS5A 4FPKA 4M01A 4ISQA 2DU0A 1Q56A 4XBNA 4D69A 2VW2A 3M3QA 2QWGA 1DQ5A 4XYXA 1F8DA 3T1EA 3VKMA 3WUDA 1LOGA 2EF6A 2PHFA 4DRVA 1LCLA 5T5OA 1Z4ZA 3KM5A 3DGTA 1WLDA 4JRAA 1CJPA 4Z8BA 3B00A 5DG1A 1SFYA 2SIMA 4MC7A 1CPMA 4AVTA 2D6MA 3M3OA 1N47A 1CR7A 3IMNA 1G9DA 4BLJA 1VAVA 4YFZA 1VLNA 1W1XA 4LBQB 1INXA 1A3KA 2UU8A 5HCFA 3O9KA 3SITA 1LESA 3ASIA 1LU2A 1YRZA 3ZSMA 1LHVA 2HU4A 1UMZA 4YG6A 3PVOA 2OUJA 3WDVA 5T52A 2D6KA 4HZWA 2WT2A 3WG3A 2XCYA 4MYEA 4GJTA 4FP3A 4CTEA 3OBRA 5JOXA 1W0OA 1QNYA 2VWDA 3WOGA 4RL7A 4GEZA 3GVKA 3N35A 1NN2A 4FPCA 1YIFA 1EURA 1UZYA 1W0PA 2HU0A 4MWUA 1F8EA 2XZKA 2HTYA 4K1ZA 4I00A 4YW4A 1JBCA 1Q8SA 4WEFA 2PHXA 1A4GA 1DZQA 4AGRA 1ULGA 1HDKA 1VCUA 3POSA 2W5NA 3A71A 4MZAA 1CQ9A 1SLBA 4TYSA 2VSMA 2VH9A 3NV2A 1FX5A 2W38A 2UWBA 4IQPA 4PQ9A 4Y1VA 1WBLA 3LSEA 4HL0A 1FAYA 1G9FA 3M3EA 4YGDA 4CPNA 3O12A 3FLRA 2F29A 1LEDA 5M1ZA 5JLVA 4HANA 2QWIA 2HTUA 5T50A 2HT5A 2A6WA 1FNYA 1FV2A 2CYFA 3V0BB 5E8AA 4K1KA 4CPYA 2XZIA 4MJVA 4GZPA 1W6QB 3PJQA 1G9BA 2D3RA 3ZXKA 3MPPG 1GICA 2UWCA 4JF7A 4GDIA 4MWRA 4P9WA 4YG3A 2VXRA 5DUXA 1IS3A 1XQNA 4YGEA 2AUYA 2ZGMA 1KDKA 4FPGA 2QWAA 2DVBA 2I2SA 4ATFA 5GLWA 2ES3A 4YW5A 1Q8VA 1JXNA 1IS4A 3AXEA 3FLPA 3MW4A 4QN7A 2DVAA 5IK8A 1APNA 5KXDA 5DZEA 1LOEA 4OZXA 3ZYRA 4YZ5A 1N1TA 1W6MB 2AENA 2P37A 1RITA 5GLUA 3TIAA 2ZZJA 1DQ4A 1QMJA 1A78A 4XJWA 4XJUA 2DUPA 2QWKA 2P3KA 1E8TA 3BEQA 2WQZC 3RG0A 5B2DA 1AX2A 4ATEA 2FMDA 4K21A 2ZGQA 1BZWA 2UURA 3AYDA 2ERFA 3ZYPA 1SBDA 1MS9A 2HT8A 2GNBA 3GALA 4AWDA 1DGLA 4Q27A 2F11A 1Z4XA 3W09A 5JOWA 3BOPA 2GALA 1GSLA 2ZGUA 4FPHA 3A72A 1LOFC 3TB0A 4K1YA 1INWA 1MS3A 2SLIA 3FLTA 2EXKA 4MWWA 4Y24A 2ZGTA 4XE9A 1AXZA 3V64A 1KQRA 3SLIA 4PBPA 3B7EA 2YA8A 2XZJA 1PZ9A 3USUA 2WLQA 1B09A 1F8BA 5NN9A 4KS4A 4X6KA 1WD4A 4FPEA 1LHNA 3INBA 1YYNA 2YDPA 4SLIA 3OY8A 5GZEA 5EYXA 2VU9A 1GLHA 3WV6A 5GLTA 4R9BA 1N3OA 1WW7A 2DVFA 3WDUA 3LSDA 2AEQA 1SACA 4CPOA 1YI7A 2AREA 2AH2A 4PBOA 4NC5A 4GZXA 3CL0A 4B7RA 1DFQA 5HCAA 1LOCA 4BPZA 4NCSA 1NMCA 3AFKA 2EIGA 2F13A 4YZ1A 4YM3A 3TICA 5T54A 2A7AA 5CA6A 1Z78A 4UW5A 4XJQA 4WA4A 3ALWA 5GZGA 1I3HA 1Q8PA 4K3YA 1GNHA 4XXPA 4YGBA 5IK5A 1SBFA 5IUQA 4K1HA 1MS0A 1NXD1 5KXCA 1NCBN 4XTMA 3ZXJA 3QLQA 1F31A 2F27A 1C1FA 4FOWA 1QKQA 5H9RA 1W6PA 3NV4A 3HMYA 2G4IA 1ZA4A 1SNTA 3WNXA 3BODA 5T5JA 1JUIA 1LTEA 2DUOA 2XG3A 1W6OA 5BYNA 4GA9A 1EUUA 2D6PA 2EXIA 3TI6A 1OKQA 1SLIA 4P9XA 2VSKA 2CWMA 4FPYA 2VW1A 5JOZA 4AGVA 2DYCA 1NSBA 2ZGLA 1Z4YA 1HQLA 3WHTA 2NP0A 3AYCA 4Q26A 5GJ6A 1XOGA 4XHXA 4X47A 2ZAAA 1GNZA 1JOJA 1UZZA 2PHUA 1INVA 4ITCA 1DIMA 4GKXA 5IT6A 1S0CA 2RKCA 1ZM1A 2QWHA 3JU4A 4M3MA 1NSDA 2NMNA 3A0KA 3RS6A 5FRAA 1B9TA 4XHBA 1LGBA 1QNWA 3WG2A 4M3CA 3B01A 4GZOA 3M1HA 4ASMB 2WSUA 1I1EA 1UL9A 4Y1UA 4XBQA 4DQAA 1F9KA 4WV8A 3CNAA 1INYA 2UWAA 3UJQA 5H9QA 1AXYA 2E7TA 2CL2A 2CNAA 3KQRA 3B69A 1JHNA 4YFWA 4FQZA 4MZEA 1WD3A 2A6YA 3AP9A 3D4KA 4WZFA 3O0VA 2ZMLA 1DQ0A 1S0EA 1DILA 1S0FA 4MWXA 5H9SA 3I8TA 4GZSA 4BMBA 5T55A 2WSVA 1WW6A 1IKPA 2F26A 1CESA 2F24A 5JVVA 1FATA 4X4AA 3A0NA 3UK9A 3WUCA 4WA5A 3ZSJA 1JYIA 1S0DA 2JJ6A 3FBYA 3IPVA 2QWFA 2HT7A 1DQ1A 1EUTA 2CMLA 2CTVA 1ULEA 1DQ6A 4QN3A 4WA3A 1ULFA 3N7KA 1AX0A 2A6XA 2YDTA 1AX1A 1D0HA 4DRRA 1CIWA 4B7NA 1ONAA 2D7FA 3SH3A 1SCSA 4NN9A 2E53A 2DVDA 2OW4A 3VKOA 2ZGNA 1A14N 3SNMA 4FJ6A 3NSSA 4I30A 2ZGRA 1LU1A 1GZWA 4GZTA 2YA4A 1MZ5A 1EUSA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2OQ7A 4WEGA 1W39A 1TEIA 2A6ZA 3EYPA 1TMF3 3LA3A 3BTXA 3ZIXA 3QACA 3D6EA 5F6LB 4MWYA 2KXLA 5I0DA 3USUB 4X8NA 3K2OA 5F1RA 2UY8A 3O1UA 4CCOA 1W6NA 4QPIC 2OX0A 1B9VA 2PYTA 4XAEA 1TG7A 3AZYA 4IEVA 4CDQB 2EAKA 1ZGKA 2VZPA 5C8WA 1JYVA 1OQ1A 5FZ6A 3AMQA 1VBC3 4XJRA 2XQXA 2XGXA 5FOJB 3KGLA 3PIJA 4GZQA 3OY8B 1L7HA 4AH4A 3AZZA 1HW5A 1JZ6A 3OPWA 2UYBA 4XZUG 3A22A 5T5LA 2ZACA 2ZB5A 5A6QA 1ENSA 3HQUA 5HXVA 3Q8AA 1VAMA 3H50A 1VJ2A 1KITA 3MGUA 2NYYA 1V0ZA 3AMHA 4LMFA 1MR5A 3THCA 1AHSA 3POYA 4NN0A 3ACGA 5FYUA 5ACA1 3HEIA 1OH3A 4XCBA 4GB1A 1KJRA 5HUGA 1J3PA 2D40A 4L0PA 4A7ZA 4RQPA 4CCJA 2OIIA 3RZGA 3K46A 2BQPA 3K39A 5FR3A 2C5DA 2W5FA 3VBFB 1RVF1 2YA6A 4NHLA 4QQLA 1IPJA 4FTEA 1KXGA 1DBNA 3PNAA 5FPZA 1CIYA 1H1IA 1NY71 2ARBA 2V73A 3IIIA 3JU9A 4CEWB 5C7GA 1GBGA 5LRSA 5F3CA 1YEWA 4YVWB 5F3EA 2DCJA 3BALA 4N53C 2VVZA 2DV9A 4BLIA 3U4XA 4LLFA 3E5QA 4XJZA 5C6CA 3KGGA 5LATA 4ZU5A 4AG4A 2GMPA 1LOBA 2YG0A 4ZONA 4PCRA 4PIXA 1S2EA 2WOZA 1UY4A 4M0NA 1SFPA 3DXTA 2Y34A 5EJZB 1IVDA 4C1YA 2XVGA 4PIYA 4E2SA 5BNPA 1NCRB 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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