4FPEA

Crystal structure of the nanb sialidase from streptococcus pneumoniae in complex with 2-[(4-methoxybenzyl)ammonio]ethanesulfonate
Total Genus 192
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
192
sequence length
658
structure length
658
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYDIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Synthesis and structural characterisation of selective non-carbohydrate-based inhibitors of bacterial sialidases.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/inhibitor
source organism Streptococcus pneumoniae
molecule keywords Sialidase B
total genus 192
structure length 658
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2012-06-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4fpeA03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4fpeA01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4fpeA02
1JYCA 3FFZA 1LEMA 2QWJA 1Z78A 5HUKA 4DRRA 5DXDA 1W21A 3CL0A 1V6MA 2ZGQA 2WT1A 1AXYA 3USUB 1S0JA 2A6VA 2D3PA 2DUQA 2EXIA 3N7LA 2YZ4A 4CRQA 2GDFA 2P3JA 4MZAA 2NP0A 1YYNA 2HTVA 1WD4A 4YW5A 1INFA 2ZHLA 2HTQA 5JMCA 3R4UA 4GWNA 4AVSA 1KDKA 4M4VA 3N7MA 4FPGA 1RINA 2ZGOA 2CMLA 4HZWA 1BKZA 2DVFA 4UW5A 1VALA 4MWWA 2XB6C 4K1JA 4NC5A 1NSDA 1SLAA 1IVGA 2F0ZA 3PVEA 3RSJA 3ZXKA 1O4YA 5JOZA 1E8UA 3OBRA 2AEQA 4YZ4A 2BF6A 1UPSA 2AUYA 3O0WA 1Z4ZA 1HKDA 1QDCA 3NV3A 4WVWA 1NCDN 4B7RA 4YW3A 3WDYA 1SLTA 1UZYA 5IUQA 2D6KA 1W6PA 3AZWA 1EURA 4CPZA 1V0EA 1DLLA 5DUUA 2ZHKA 2I2SA 1MS5A 2R0HA 1BZWA 2YA7A 4H53A 3TAYA 2WNEA 3NV1A 1KJLA 3PJQA 2RHPA 1WCSA 1F8EA 2GNBA 4M3CB 2QWBA 4AVTA 4F83A 3DUIA 1JW6A 3FUOA 5JOXA 1DFQA 3AYCA 3USUA 3WOGA 4XDQA 1DQ0A 1ENRA 5IK8A 2DU1A 4AGGA 1D0HA 2D3RA 3PVNA 3U4XA 3AYEA 2P2KA 4XZPA 3SH4A 1F5FA 4PBPA 2NZ9A 4YLZA 2CWSA 1WBFA 5HCBA 1WLWA 1KRIA 5JLVA 1NNAA 3AYAA 3RMYA 1JUIA 2W5OA 3ILNA 4PBOA 4XBQA 4L8QA 3K37A 1KQRA 4JRAA 4GALA 3A72A 1DQ1A 2ZHMA 3I8TA 4QN4A 6NN9A 3H71A 2HU0A 1SFYA 4RL7A 2DTWA 1USRA 5GLUA 2OW4A 1ONAA 2F12A 1SLBA 4M4UA 5H9SA 4QN7A 4XJAA 1G9CA 3MW3A 4YGBA 2QWFA 2XG3A 4J9TA 1MS0A 3ZYPA 4YGCA 2UWCA 4FPOB 4GJTA 3ZSMA 1N3QA 3D6EA 1S1AA 2ARBA 2YA8A 2SBAA 3RQ0A 5H9QA 3K36A 1INVA 3ZXJA 1PZ8A 3WG2A 2GN3A 4YZ5A 3V0AA 2ZAAA 2VSKA 4CTEA 3D11A 1C1FA 1UL9A 2H0BA 1G8WA 2R0FA 1LOFA 3H72A 1APNA 3O9KA 3IN9A 1G9BA 3AP7A 3B69A 3SILA 1IS6A 4BBWA 4YZ1A 5SV8A 1LGBA 3ZSKA 3IM0A 3O5SA 1LJ7A 4GKYA 1LTEA 2OUJA 1S0CA 1H30A 3LCPA 1URXA 4MWVA 2A6ZA 3B01A 1GZWA 1N1YA 3LSEA 2ZGSA 3TI6A 4CPOA 1MVQA 1A4QA 4MC7A 3BOPA 2BERA 1UZZA 4K20A 3TIBA 3N3HA 4YZ3A 5FREA 1L7FA 1N1VA 1F8BA 1YXWA 3W58A 2JJ6A 3WNXA 2F10A 4XOGA 5GM0A 1V6KA 4BLIA 3AZYA 2CWMA 4H52A 3BIWE 1S0IA 3INBA 1IVDA 1VAVA 4HZXA 3JU9A 1V2IA 1CQ9A 4HZVA 1QNYA 4UW4A 4JF7A 3N36A 1N47A 4FPJA 5KXCA 2GMPA 4P9XA 3V0BA 3APBA 3GALA 2UU8A 1O4ZA 3N35A 5B2CA 2JDZA 4P9YA 1LCLA 1FYUA 1MVEA 5LK5A 4FPKA 3SH5A 4BQ1A 2GNTA 4MJUA 1LHUA 4DFSA 4XILA 2ZA9A 3CNAA 1N1SA 2VW2A 4QNPA 4YG0A 4Y20B 4P14A 2ZGTA 1RITA 1UAIA 3WHTA 1NCAN 1Z4VA 4FPHA 1JOJA 1ENQA 4XBLA 5GZCA 3POSA 2A70A 3ZXFA 4AGRA 1LOGA 4WV8A 1UN1A 4Q8LA 4ZXKA 1EUTA 1XQNA 5H9PA 3JUUA 1W6NB 1V0ZA 2GN7A 1FATA 1FAYA 1WW4A 1U0AA 1S0DA 3ATGA 2A3YA 1IKQA 2P37A 4KS1A 3LSDA 1USXA 2VK5A 4FJ6A 2BQPA 3SITA 5JYYA 1JXNA 1SLIA 3OY8B 4X47A 4GEZA 5GJ6A 4ISQA 2ENRA 4K3YA 1EUSA 4FVKA 1YO8A 1C1LA 1QNWA 1B9VA 3ZSJA 5T50A 1SCSA 2JE7A 2DVAA 2FMDA 1Z4YA 2HTYA 2D6OX 3PVOA 2HTRA 5HUNA 1W0PA 2GNDA 1CPMA 4DS0A 1BYHA 2DVDA 4XIKA 1LGCA 3C2UA 1HQLA 2F13A 3T1EA 5H9RA 4FZHA 5HUGA 4PF5A 3AZVA 4HIZA 1N3PA 2YV8A 1QKQA 3GNEA 2ZGLA 1GNHA 3UL2A 1E8VA 3L2YA 1HQWA 4QN5A 3RMXA 4XHXA 1S0FA 1Q8PA 2SIMA 3W09A 3T2TA 2R1BA 4FPCA 3M1HA 4M00A 4MWLA 2DYCA 3D5OA 3GVJA 3RS6A 1A78A 1G9AA 4K1YA 1LHWA 4WA4A 1V6JA 3VUOA 1L7GA 3ALWA 1V3DA 4B7NA 5HCAA 2AGSA 3MW4A 4XIOA 1WW7A 2HU4A 1WLDA 5DUXA 2D6LX 2ZABA 4LBLA 1LOCA 1NN2A 1R1ZA 1S0EA 1AVBA 4GDIA 1EPWA 2YA5A 1WW6A 3WCSA 4AWDA 1BJQA 4XJQA 3WHUA 4GZTA 1BQPA 4FQ4A 2VY0A 4ATEA 1DIMA 1Q8VA 3SALA 4CZSA 1VAMA 1CR7A 3ENRA 4MWRA 2PHFA 1SBEA 3M3CA 2CY6A 4Y1UA 1QGLA 3VKMA 4AYUA 2PHXA 3VKOA 1G9FA 3AJYA 3R05A 1W6OA 1KJRA 5CBLA 5KXDA 1CIWA 2ZMNA 1INXA 4XE9A 3ILRA 2QWHA 1CESA 1ULGA 5F5QA 3OYWA 3WUCA 2YDPA 2ZACA 4MWYA 1LEDA 5T5OA 1WD3A 2F11A 1A8DA 3NSSA 2W39A 4Y22B 3ILFA 2ZGKA 3WDWA 2HT7A 2E7QA 3OPZA 2W08A 1LODA 2QWAA 1LHOA 4KS2A 1QOSA 4HZYA 4FPLA 3POYA 2A71A 1FNYA 1INYA 3WZ1A 5GALA 4YM3A 2XZKA 2OUHA 4I30A 2P34A 2YROA 5L73A 1GICA 4CPMA 1IKPA 4BPZA 1V3EA 2W20A 4XJRA 1DYPA 4YM2A 5T5JA 3BTAA 4JCKA 2E51A 1AX1A 4YFWA 2YMZA 2VW0A 3UJOA 3NV2A 1SACA 5EXOA 2X9MA 1XOGA 4KS5A 3AP9A 4H55A 3HR9A 4HZZA 2GMMA 1W6QB 4XXPA 5CA6A 5FRAA 3AP4A 2ZGRA 2YDTA 2CTVA 1LECA 5EYXA 5E8AA 1W6MB 5T5PA 1RIRA 2F24A 1QDOA 1V3BA 1CJPA 2NN8A 2QWDA 4LBQD 3OGGA 1MZ6A 2UURA 2E6VA 1A4GA 1G86A 1UMZA 2RKCA 2C9AA 3AZXA 1C4RA 3WLUA 1DHKB 4Y22A 3INAA 1DZQA 3MEPA 4LBMA 4FOQA 2VSMA 4WVVA 3FUQA 1DILA 4M3CA 2TEPA 3K3AA 4Y1XA 4NCSA 5GLZA 2E53A 4M3CE 4ISRA 4TZDA 4LBKA 1OKQA 2QWIA 4FVVA 3O0XA 2PHWA 2ZGPA 4MWJA 3M3EA 5GZGA 1OQ1A 2BZDA 1INWA 4D8SA 1CONA 4AGVA 2GNMA 4R9CA 4LBJA 2WKKA 4KS4A 4YGEA 4YGDA 3AP6A 3SH3A 3A0KA 4HANA 1DYKA 3SANA 2EIGA 4W65A 3WCRA 4WA5A 3AP5A 1IS3A 2C4LA 4NOTA 4BMBA 2F26A 2KM2A 4YG3A 4LBOA 2OVUA 1V6LA 2ERFA 4XJ8A 1TEIA 1SNTA 3IPVB 4GWMA 3TB0A 4D69A 1Q8OA 2B7YA 4Q26A 2C4AA 3O9JA 4Y24A 4XYXA 1I3HA 4HL0A 1AXKA 1Y7BA 4ATFA 2V73A 3B9CA 1XOEA 2A5ZA 1DQ2A 3ZXEA 4YG6A 4CPNA 4I00A 2DU0A 2FHRA 2DV9A 2PHTA 4Y1ZA 3BODA 2A6YA 2PELA 2ZMKA 1JHNA 5DG1A 2W5NA 1ULDA 1LULA 1NXD1 1G7YA 4FQZA 1V0FA 2YA6A 1ZM1A 3WDTA 1AJKA 5NN9A 1FX5A 1IVCA 2F27A 3A71A 5DG2A 2ZZJA 3D12A 2DTYA 2WT0A 2ZGNA 4B7JA 4Q1PA 4CPYA 2SILA 5GZEA 5T5LA 4XJ9A 3O0VA 3ALXA 1IOAA 2HTUA 2EXKA 1EUUA 3BEQA 4IQPA 5JOWA 1W1XA 4XHBA 4FPFA 2SLIA 1LHNA 2LTNA 1JN2P 2WQZC 2YXSA 3AK0A 3VV1A 1MS4A 1OFSA 1G9DA 4Q2FA 1Q8SA 1W20A 2D3SA 1JBCA 1W8OA 4QN3A 3AZZA 4MX0A 3OJBA 4R9DA 1UKGA 2ZKNA 4NN9A 5T52A 1PZ9A 2ES3A 1Z4WA 1F31A 5EYYA 3V64A 2YA4A 1E8TA 2EXJA 2DUOA 4DGRA 2B8HA 1IS4A 1N3OA 3IMNA 4M01A 5DZGA 3WG3A 2XZIA 2W38A 4FPEA 1D2SA 4DRVA 3QLQA 4DQAA 5DZEA 2DVGA 4XJZA 2WSVA 4UW6A 3ZVXA 4R9AA 3UK9A 1IS5A 4NO4A 1W0OA 4Y26A 3PMEA 1GZ9A 4C1XA 2NMNA 3FLPA 1FV3A 2EF6A 4Q1RA 1H9PA 1MACA 4Q27A 4Y20A 5JOYA 3AJZA 1NMBN 3K39A 1LGNA 1W6PB 1SBDA 2HYKA 2XZJA 1CN1A 2VW1A 4OZXA 3ZSLA 2Z42A 1LOEA 2JECA 5IK4A 3ZYRA 1PZ7A 1QMJA 4GZXA 4DPNA 2P3KA 3VKNA 2VU9A 5BYNA 1QF3A 4GKXA 4Y1VA 1W6NA 4K1KA 3WG4A 1Z0HA 1ULEA 5B2DA 1N1TA 5HUMA 1WBLA 1DBNA 5EWSA 4GZSA 4GDJA 3M3QA 3B00A 4Y1YA 1LOFC 4GZQA 3UJQA 7NN9A 2CNAA 2A6XA 2JD4A 4PQ9A 2ZMLA 1ULFA 3OY8A 1BXHA 1SLCA 3FLRA 1DQ6A 3JU4A 2LALA 2GMEA 1HLCA 4MZEA 2PHUA 2NM1A 1B09A 4YZ2A 1V3CA 2GALA 1LU2A 1FNZA 1DQ4A 2UWBA 1V00A 4K21A 5M1ZA 3H0OA 1SCRA 5GZDA 2E7TA 4M4NA 4ZKTB 3V65A 5JVVA 1YIFA 2ARXA 2JE9A 3GVKA 2BATA 2D7FA 2R1DA 4LBNA 2VH9A 4QN6A 4TYSA 1SO7A 5GLWA 2D6NA 2VUAA 4GZPA 1WUVA 3DGTA 1MWEA 4R9BA 2A75A 2ZB5A 4XMAA 1WCQA 3B7EA 3R4SA 4Z8BA 4AVVA 4K1ZA 4WZFA 2R16A 1BJIA 3WG1A 2A3WA 1LESA 2EXHA 5JDBA 5T55A 1UX6A 1A14N 5HX0A 5IK5A 3AXEA 2VVZA 1NCBN 4UF7A 1H9WA 3V0AB 5IK7A 4MWQA 3ASIA 3MW2A 1MS9A 1VIWB 5HCFA 4GA9A 2WSUA 4BLJA 3IKWA 1CVNA 5IT6A 3M3OA 3W59A 2DUPA 3TIAA 2ZGMA 3NV4A 2QWGA 2V5YA 5CAZA 4RA0A 1DIWA 4Q6KA 4SLIA 1GZWB 1IVBA 1V6OA 3FBYA 1GNZA 4GXLA 1MS3A 3Q9OA 2AR6A 2Q5TA 2NYYA 3H6JA 2XCYA 3VKFC 5KXBA 1Z4XA 1F8CA 5AVAA 1ENSA 1SBFA 1GLHA 2D43A 3RG0A 2VWDA 4GB1A 3TI4A 3D4KA 5GLVA 3WDUA 3NN9A 1SLLA 3AXDA 1MR5A 1S0GA 2D44A 4YM0A 4MJVA 4FOVA 4YM1A 3SISA 3I4IA 1B9SA 1X50A 4PCRA 3AYDA 1NLSA 2NMOA 4MWUA 2UWAA 3V0BB 2P3IA 1Q56A 2CL2A 1ZA4A 2ZB6A 3CYEA 2WLQA 1NCCN 3AX4A 1VLNA 4UW3A 1Q8QA 5E88A 4KS3A 3SNMA 4ASMB 3T1MA 3WDVA 2DURA 2F25A 2HTWA 2WT2A 2JKBA 2W52A 4P9WA 2A3XA 2VK6A 4X4AA 1LU1A 1GZCA 1GYKA 2VK7A 2ZGUA 3A0NA 2CYFA 3WV6A 1B9TA 1IVEA 1INHA 1QOTA 1W8NA 1S0BA 4ITCA 4M3CF 3N7KA 4FOYA 1VCUA 4K1IA 1F8DA 3HN1A 4BMEA 1DQ5A 2ZHNA 2G4IA 1WLCA 2WJSA 1W6QA 1Z50A 4YW2A 2PHRA 4B7MA 1A3KA 1KITA 2A7AA 1AX2A 3WDXA 1AXZA 1LHVA 2QWCA 1F9KA 3WUDA 2AREA 1W6MA 2EALA 2W68A 1NMCA 2DWRA 2AYHA 1NNCA 4U2AA 1QOOA 3N7JA 3MPPG 2F29A 5DUWA 4B7QA 4FPYA 3ZXLA 4FP2A 1L7HA 1MZ5A 3GVLA 3TI8A 3POWA 3QCWA 4MWXA 4BM8A 4YW1A 4XTMA 4GZWA 2D6PA 3TI5A 4YW4A 1GBGA 4MYEA 1V6NA 3T1LA 4K1HA 1WW5A 4X6KA 3FLTA 4XJWA 1NMAN 1YI7A 3K38A 1ULCA 2HT5A 4LBQB 3SLIA 3B3QE 1JYIA 2A6WA 5CNAA 3RRDA 2HT8A 1CPNA 1GSLA 1AZDA 1LOAA 3NWKA 5T54A 1AX0A 3WVJA 1KDMA 5E89A 5DUVA 3KM5A 1NSCA 2YY1A 4C1WA 1IVFA 1V6IA 1AJOA 3TICA 4XMIA 1MS8A 1NSBA 1GANA 3TI3A 4FOWA 1MS1A 2QWEA 2F28A 4YFZA 3IPVA 4U36A 3VKLA 4XTPA 4BOWA 5GLTA 4Q8KA 2DVBA 5F9TA 5CB7A 1GKBA 1HDKA 3CL2A 5DZFA 1FV2A 4WEGA 2VXRA 2AEPA 2C5DA 3A4UA 4FP3A 4M3MA 3HMYA 4JC1A 3M2MA 1DGLA 1C57A 1I1EA 1YRZA 1W6OB 4WEFA 4X49A 1LOBA 4GZOA 1GV9A 3OBTA 3KQRA 3H73A 2AENA 5KXEA 4XJUA 3AFKA 1AF9A 2ZBJA 2R49A 3OYWB 2AH2A 4CPLA 1NNBA 1LENA 2EAKA 2D6MA 1J1TA 1INGA 4XXAA 4LBQA 4WA3A 3ZPYA 3CKZA 4KBBA 1VCJA 5GZFA 2QWKA 1QU0A 3O12A 4XBNA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3UKTA 2JG9B 2NQYA 2ADEA 3TN93 1JYCA 3FFZA 5FYBA 1PGSA 3BKZA 3S0MA 1YEWA 3H42B 1LEMA 4RQPC 2O8OA 4CDQC 3WQBA 1AR73 1DP0A 2O0OA 5A3MA 5C8CC 2ETEA 5FY8A 2QWJA 1Z78A 2L9LA 5HUKA 4DRRA 5DXDA 1W21A 1G6NA 1RHI2 3CMGA 1V6MA 2YB7A 2YU2A 2WT1A 2ZGQA 4JHTA 4NN0A 4QGNA 3POFA 5FUPA 1AXYA 1QJY2 5FZDA 5FBJA 3POEA 1S0JA 3USUB 4BCUA 2ZW9A 2A6VA 1XSRA 2D3PA 5CG9A 4ASCA 1H2KA 2DUQA 2EXIA 2VNRA 3N7LA 4D6SA 5I8YA 2YZ4A 4CRQA 3ZDVA 3HNMA 3VBFA 5EO8A 2ID4A 1NAEA 2XJRA 3MZHA 2GDFA 1D2QA 2P3JA 4MZAA 3KVBA 2NP0A 1QIQA 4XAEA 4CE8A 2ZKLA 5F5CA 5F3CA 4O5TA 1YYNA 3KHBA 2HTVA 4FXGB 3CKHA 3HT1A 4NUBA 3HJRA 2OPKA 3NAPB 1MEC2 1WD4A 3ITQA 3H3ZA 5F8PA 5ACA2 1I9RA 4YW5A 2WNUA 2ZHLA 5JUVA 1INFA 1O3QA 2HTQA 3S30A 2MHFA 4N53A 3LI3A 4O65A 3N9QA 3MLKA 4DXRA 1H0BA 5JMCA 2DFBA 3R4UA 2XDVA 3N9PA 4GWNA 4CP9A 4ZLRA 1ND2B 4AVSA 1KDKA 2PYTA 2XBO1 5JAXA 2IASA 5FUIA 1SQ4A 2FCUA 2RS31 2R32A 1OMIA 4QKDA 5FNUA 5IVCA 4L7CA 4QX7A 3N7MA 2OZ6A 3M4FA 4MG2A 4FPGA 4M4VA 4B3NA 1RINA 1CWPA 2HEVF 5FZNA 3ZXAC 4LORA 2ZGOA 3MFCA 2CMLA 3V1SA 2D5FA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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