4FPFA

Crystal structure of the nanb sialidase from streptococcus pneumoniae in complex with 2-[(3-chlorobenzyl)ammonio]ethanesulfonate
Total Genus 195
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
195
sequence length
658
structure length
658
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYDIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Synthesis and structural characterisation of selective non-carbohydrate-based inhibitors of bacterial sialidases.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/inhibitor
source organism Streptococcus pneumoniae
molecule keywords Sialidase B
total genus 195
structure length 658
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2012-06-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4fpfA03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4fpfA01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4fpfA02
1ULFA 1Z4WA 3H71A 4ZKTB 3FLRA 1KJLA 3FBYA 5BYNA 5HUKA 1NSCA 2VW1A 2HT8A 4Y26A 4YW4A 1A78A 1JXNA 3BODA 1DZQA 4CPNA 3MPPG 5T52A 4Y22A 1UMZA 5GLZA 2DVDA 1W6PA 2D44A 3UK9A 3AYDA 3WLUA 1IOAA 3O0WA 4NC5A 2YMZA 2ZGMA 1S0JA 4PQ9A 3OJBA 1DQ5A 4DRVA 2QWCA 4FP3A 3TI6A 4NOTA 5DG2A 4NO4A 1N3PA 3K37A 4Y20A 3O5SA 1SLCA 1KRIA 1MS4A 3POYA 1NCCN 1D2SA 1CVNA 5GJ6A 3O9JA 5DZGA 4MC7A 3IPVB 5H9SA 4FVKA 1C1LA 3H73A 1AX0A 1D0HA 1AX2A 3PVNA 1GZWA 4FPKA 4CZSA 4R9BA 5JOYA 2XZIA 1V6KA 4QN6A 1DYPA 1ONAA 2F12A 1G9BA 3NV4A 1URXA 4MJVA 4HL0A 3JU9A 1MR5A 2DVBA 2W08A 1F31A 2F24A 3VUOA 4Q27A 1G9AA 2AYHA 4Y24A 5LK5A 2ZGKA 1VCUA 2W5NA 1UN1A 3KQRA 3AZVA 3AYAA 5CB7A 4YW3A 1W0PA 2GMMA 1SBEA 3NN9A 3OBRA 2AEQA 2F11A 1FATA 1Z4XA 1W8NA 4XJQA 3VV1A 3AYEA 1V6IA 1ULCA 2W20A 5H9QA 2DU1A 4FPJA 1NMBN 3IMNA 5IUQA 2CWMA 4WEGA 4K20A 2C5DA 3B00A 3HMYA 4BLIA 4BMBA 3ILNA 4QNPA 3NV3A 1KDKA 1LENA 1SLTA 2E7QA 1A14N 4ASMB 4ISRA 3ALWA 4YGBA 3T1LA 4XJRA 5EYYA 1IVFA 1AVBA 3QLQA 1MS8A 2DUQA 3TI4A 2A3XA 3MEPA 2SILA 1DBNA 3Q9OA 3ILFA 4BM8A 1F8DA 2XB6C 5T55A 4LBNA 1RITA 4GXLA 4MWJA 2FHRA 4R9AA 1AZDA 1YYNA 2W68A 3GVLA 3B01A 4TYSA 3V65A 4YW2A 2ZGQA 4IQPA 1EPWA 4SLIA 3OYWA 2D3SA 4BPZA 1BKZA 1W6OB 1V6NA 3WDXA 4RL7A 2F0ZA 4GZQA 3I8TA 1W6MA 1H9PA 2V73A 4XJZA 1LGCA 4BOWA 1Q8VA 1FAYA 3M2MA 1USXA 3IKWA 4MWWA 4XXAA 1HKDA 2QWEA 3WUDA 3H6JA 4PF5A 4YG6A 1INGA 2UURA 5EWSA 2E53A 2ZAAA 3MW3A 2JE7A 4YLZA 1I1EA 3ZSJA 1INVA 2D3RA 1B9VA 4FOYA 2ZGNA 1V3BA 1IS3A 1LHVA 1YRZA 4HZZA 2HTWA 1MVEA 4GZPA 1SLLA 4B7NA 3SALA 5JOZA 3CL2A 1LESA 1S0BA 2ZHMA 4M3CB 4I30A 1L7FA 1VCJA 4XMAA 4XMIA 2VK5A 5E89A 5NN9A 4AGRA 2DYCA 3V0AA 1DIWA 3AZWA 3R4UA 1GZ9A 4WEFA 1HLCA 3WVJA 1EUTA 1XOGA 2QWAA 1I3HA 3AK0A 4FQZA 4YM3A 2F10A 4M01A 2VWDA 5IK8A 3B3QE 1LHWA 4DFSA 1WLDA 1V6OA 3D6EA 2A6YA 1G9CA 4FVVA 1MZ6A 2JJ6A 1XQNA 4YM0A 5JDBA 2QWFA 1S1AA 3ZYPA 2QWKA 4XYXA 2NZ9A 2QWIA 1JUIA 1GNHA 4UW5A 2FMDA 1V3CA 1QU0A 2DV9A 2GNTA 4M4NA 4M4UA 1JYIA 1SBDA 4QN5A 1FNYA 4BQ1A 3ZSKA 2ZGUA 3WDVA 2R0HA 3TI3A 1WD3A 4BMEA 4HANA 1LULA 1WBLA 1MS5A 4UW3A 3V0BA 1W8OA 2UWBA 2EF6A 1PZ7A 1AJKA 2EXIA 2ZMNA 4FPFA 2EXHA 5T50A 5KXBA 3GNEA 1SACA 3WV6A 1LHOA 1N1VA 2DU0A 3ALXA 2P34A 1JN2P 1CESA 1H9WA 1X50A 2GN3A 2ZMLA 4YGCA 1LGNA 1CIWA 3IPVA 1LOGA 3SNMA 2B8HA 3AP4A 3C2UA 3N3HA 5IK7A 1F5FA 2VU9A 1MS1A 5FREA 4YZ1A 2PELA 3INAA 4Y1YA 1Q8OA 4JC1A 2D3PA 2EIGA 2AUYA 2A6XA 1LHNA 1SBFA 2WSUA 4X47A 1SLBA 4D8SA 4LBQB 2AR6A 3IN9A 5B2DA 1GANA 1GZCA 2C4AA 1DQ2A 3NV2A 5M1ZA 1QMJA 5GLTA 5T5JA 4X4AA 1INYA 2I2SA 1W1XA 1QNWA 3UJOA 3ZXJA 3WZ1A 1VAMA 1DLLA 5GLUA 3VKFC 1INFA 3U4XA 4M3MA 3APBA 5JOXA 3DUIA 3B7EA 1N1SA 1BXHA 3TI5A 4WVVA 1FX5A 1V0ZA 4B7MA 1GYKA 3WDUA 3M3EA 4MWVA 1EUSA 1VAVA 3SH5A 1O4YA 2ENRA 4B7JA 1B09A 6NN9A 4I00A 2VW0A 2ZGLA 3AZXA 4XTMA 4CPLA 4XIKA 5IK5A 3WCRA 4QN4A 1Z4VA 5GLVA 1F8BA 1V3DA 3VKNA 2ZHKA 1ENSA 2RHPA 5HUMA 1E8VA 1KITA 1IS6A 4K21A 3UL2A 1DFQA 4Q2FA 2QWGA 1EUUA 4XJ8A 1DIMA 1AXKA 2ARBA 2DUPA 4GZTA 1WBFA 4HZWA 1B9SA 2P37A 1NNBA 1V0FA 2D7FA 2YDTA 2A3YA 2A6ZA 3ZPYA 2GMEA 5T54A 4DGRA 4GZXA 4PBPA 4GALA 4QN7A 3LSEA 5F5QA 1NCBN 3W59A 4XTPA 1W6OA 4AVVA 4DRRA 3K3AA 1JW6A 5L73A 1F8EA 1LU1A 4NN9A 1OQ1A 4MYEA 1GBGA 5JVVA 1CONA 4K1KA 2GALA 5CBLA 1AX1A 2ERFA 3ZXFA 2GDFA 3TB0A 4XBLA 2HU0A 2PHXA 1LEMA 2A7AA 2YV8A 2PHTA 3CNAA 1IVCA 1YO8A 3ZYRA 3AX4A 2C9AA 2XZKA 2ZB6A 5DG1A 4MX0A 5DZEA 2WT0A 1HDKA 3ZSLA 4CRQA 2ZACA 2OVUA 2DURA 3TICA 3D5OA 5EYXA 1LOAA 4QN3A 2GNBA 3IM0A 4LBMA 3WOGA 3NSSA 1CR7A 5GLWA 2P3JA 2GN7A 3BIWE 3O0XA 2F26A 2HTUA 1HQWA 1GICA 4YZ2A 4XOGA 4B7QA 3K38A 3W09A 5HX0A 1DQ1A 5GALA 1CPNA 1R1ZA 2W38A 1WD4A 2Z42A 1UAIA 4WV8A 1N1YA 2A70A 4R9DA 2R1DA 2W52A 1QDOA 4LBJA 1S0EA 2HT5A 1INWA 1DQ6A 2NYYA 3NV1A 1LECA 1UX6A 2EAKA 3B69A 3SISA 3WUCA 4LBKA 1Z0HA 3GVKA 1V2IA 5T5OA 1ULGA 2E6VA 4XDQA 1PZ8A 3SLIA 5EXOA 2A5ZA 1J1TA 4UW4A 1ENQA 4R9CA 3WNXA 4P9XA 4RA0A 2PHWA 2JD4A 1V0EA 4H53A 4P9YA 2XG3A 4K3YA 1MS3A 5GZCA 2F28A 1LTEA 2QWDA 5DXDA 3VKMA 4NCSA 2D6LX 2YA7A 3AXEA 4FPHA 2HTVA 4P9WA 4DS0A 3ZXKA 1V6LA 2D6MA 1N1TA 3K36A 1G86A 2OUHA 4Q1RA 2YZ4A 3RRDA 3A0NA 2ZHNA 3AP9A 4LBQA 1JOJA 1KQRA 2VW2A 1QDCA 4YFZA 2W5OA 3POWA 3WG3A 5JLVA 3L2YA 2GNMA 1GZWB 3T1EA 4HIZA 2YA8A 5DUXA 1NSBA 3WG4A 2D6OX 2VXRA 2ARXA 2A6WA 4ZXKA 4WA3A 4FOWA 2JE9A 1BZWA 4YG0A 3PVEA 2BF6A 1GNZA 1WW7A 1MS9A 2EALA 1UZZA 2SLIA 2E7TA 4AGVA 2DWRA 3FUQA 2PHFA 2ZZJA 2X9MA 1IS4A 1G9FA 3WG1A 4HZXA 2HT7A 1QNYA 3AJYA 2UWCA 2LALA 1LOCA 1NN2A 3FLTA 4FPYA 4MWYA 5HCBA 2DUOA 4Y1ZA 4F83A 2BZDA 1FNZA 1WUVA 4GWMA 4MWUA 4B7RA 2BQPA 1NLSA 3RQ0A 1VIWB 1YI7A 3CKZA 3OY8B 5B2CA 1ULDA 1C1FA 1KJRA 5E88A 4GKYA 2QWJA 4XILA 3FUOA 1PZ9A 3BOPA 3ZXLA 4XHXA 4AVTA 2ZA9A 4U36A 2AENA 4XJUA 1NCDN 1Q56A 3A0KA 3AP6A 1WLWA 4LBQD 2YXSA 4DQAA 4FPOB 3OBTA 4LBOA 4GJTA 2DVAA 3H0OA 2VVZA 2VY0A 5KXDA 1FV3A 4YFWA 2CYFA 3ZVXA 3ASIA 4GA9A 3USUB 3FLPA 4FPCA 2CL2A 4MZAA 1IVBA 4UW6A 1BJQA 1WW6A 1INHA 4ITCA 3MW2A 4XJ9A 3VKLA 4YW1A 1B9TA 1S0DA 1S0CA 1AF9A 2ZB5A 1Q8QA 3FFZA 3A4UA 5CNAA 2VSKA 4FOVA 4YW5A 1SCRA 2A75A 4GZOA 3PJQA 2UU8A 3N7MA 3N7LA 3T2TA 4C1XA 1S0IA 3JU4A 1ULEA 1IVGA 4M3CF 1Z50A 2ZGPA 2VSMA 4BBWA 3GALA 3H72A 3JUUA 2ZHLA 4AGGA 3N7JA 4YZ5A 3N7KA 1Y7BA 1AXZA 1WCSA 2WKKA 4GWNA 1GKBA 1A4QA 1FV2A 2P3KA 3AZZA 1L7HA 1WW4A 5T5PA 3V64A 3HN1A 3WDTA 1V00A 1IKQA 1QGLA 1W6QB 1LCLA 1KDMA 3D11A 1BJIA 4WA5A 2A6VA 2NP0A 1APNA 2CY6A 2AH2A 3WDYA 4DPNA 4WZFA 1W20A 3TIAA 2Q5TA 3V0BB 3DGTA 1SFYA 4YGEA 4WVWA 1SLAA 1S0FA 4GDIA 1DGLA 1WW5A 4HZVA 4GZWA 4XIOA 5CAZA 3TI8A 1RINA 2CTVA 2WT2A 1CQ9A 2WT1A 1MZ5A 3AP5A 4PCRA 3SILA 1LU2A 7NN9A 3ZXEA 1W6NB 5GZDA 3ZSMA 1ZM1A 4KS3A 5DUUA 4FJ6A 1C57A 1W0OA 4JCKA 3HR9A 4MWRA 2D6PA 1USRA 4XE9A 2WSVA 3N36A 4XXPA 2PHUA 2P3IA 4JRAA 1YXWA 5GZEA 4MWLA 4XJAA 3SANA 2AREA 3POSA 4YG3A 5JOWA 4M3CA 4OZXA 3AJZA 4Q1PA 3RMXA 4U2AA 1U0AA 4GB1A 1H30A 2OUJA 1Q8PA 2R16A 3M3CA 4MJUA 2ZABA 3O0VA 2LTNA 3O12A 1N47A 1V6MA 1O4ZA 2AGSA 1INXA 1BQPA 1GV9A 1TEIA 3QCWA 4LBLA 1NMAN 4KS5A 4X49A 1IS5A 3OGGA 3NWKA 2ZGTA 3I4IA 1E8TA 3M3QA 3M1HA 5E8AA 1F8CA 1MVQA 2CWSA 3D12A 2YROA 1N3OA 5CA6A 1CN1A 2DTYA 2YDPA 1NMCA 5JYYA 4BLJA 2ZGOA 2JKBA 3AYCA 2VUAA 1DHKB 3OY8A 1ZA4A 2A71A 2GNDA 4Q8LA 4TZDA 2ES3A 5GZGA 1UKGA 5GM0A 1QOTA 2EXKA 3GVJA 4AYUA 1YIFA 4Q26A 2ZGSA 2BERA 3M3OA 2TEPA 3ATGA 4Y1XA 5IK4A 3A71A 2ZGRA 1OKQA 2QWHA 4FQ4A 2SIMA 3CYEA 4K1HA 1FYUA 4Y22B 2ZMKA 1Z4YA 3W58A 5HUNA 2W39A 1Q8SA 3R4SA 1DYKA 2WLQA 4FPEA 1W6PB 4KS1A 2B7YA 2ZBJA 1OFSA 4J9TA 2DVFA 4GKXA 5DZFA 1JBCA 1WCQA 1A3KA 2YA5A 3RG0A 1F9KA 4GEZA 2YA4A 3ILRA 2C4LA 2VK7A 1CJPA 3RMYA 4UF7A 4H55A 1CPMA 3USUA 3AXDA 4Y20B 4M4VA 3A72A 2OW4A 1LGBA 2XZJA 3AFKA 1LJ7A 1VLNA 3PMEA 3RS6A 3SITA 1V6JA 3AZYA 4AVSA 4FPGA 1V3EA 3R05A 3MW4A 1LOEA 5F9TA 1UZYA 3RSJA 1A4GA 4CPMA 4XBNA 4Y1UA 4YM2A 1SCSA 4MWQA 4XZPA 4M00A 4PBOA 1NSDA 3VKOA 1RIRA 1MS0A 1QOSA 1GLHA 1WLCA 4H52A 2HTYA 4MZEA 2D6KA 3SH4A 1L7GA 1C4RA 1IVEA 1NNAA 5FRAA 2E51A 1Z78A 3T1MA 3WHTA 4CPZA 1G9DA 1LOBA 2NMNA 1UL9A 1LEDA 4K1YA 1LODA 3WDWA 3B9CA 5JMCA 3K39A 1N3QA 4D69A 1LOFC 4C1WA 2R0FA 2VK6A 4GZSA 5H9RA 2EXJA 1Z4ZA 2HTRA 1JHNA 1NXD1 1MWEA 1LHUA 1ENRA 5T5LA 2QWBA 4K1JA 1S0GA 3TAYA 2F29A 3CL0A 1SLIA 2WQZC 4YGDA 4XHBA 4YZ3A 3BEQA 5DUWA 3TIBA 2G4IA 2RKCA 4K1ZA 4AWDA 4CPYA 1GSLA 1DILA 1NNCA 1IKPA 4JF7A 3SH3A 5IT6A 4GDJA 1W6QA 2PHRA 4P14A 3WG2A 4Q8KA 2H0BA 4W65A 2AEPA 3LCPA 3PVOA 5AVAA 1NCAN 4ATEA 4Q6KA 4KS2A 3ENRA 4MWXA 2F27A 1AJOA 1QKQA 2YA6A 3O9KA 1XOEA 1DQ0A 5HCAA 2BATA 1W21A 4K1IA 4Z8BA 4CPOA 1AXYA 4WA4A 4XBQA 2GMPA 4ISQA 2JECA 4HZYA 3UJQA 3OYWB 2R49A 1UPSA 2DTWA 2UWAA 1W6NA 2D6NA 1W6MB 1SNTA 2F13A 4YZ4A 1QF3A 1QOOA 5KXCA 1LOFA 1G7YA 5HCFA 5GZFA 5HUGA 2CNAA 3BTAA 4L8QA 3D4KA 2F25A 3OPZA 2JDZA 3WHUA 4M3CE 3N35A 2R1BA 4FP2A 3INBA 2SBAA 5H9PA 3LSDA 4X6KA 1JYCA 2A3WA 4ATFA 2HYKA 4FZHA 2NMOA 2YY1A 4FOQA 3AP7A 2HU4A 1HQLA 2HTQA 1A8DA 3V0AB 1EURA 4Y1VA 2XCYA 5DUVA 3KM5A 1E8UA 1VALA 2P2KA 1IVDA 2NM1A 1DQ4A 4YM1A 2DVGA 1MACA 2V5YA 5KXEA 2ZKNA 4FPLA 1BYHA 1SO7A 4CTEA 2WNEA 2WJSA 5SV8A 4XJWA 3WCSA 2KM2A 2CMLA 4KBBA 2VH9A 4KS4A 2D43A 1G8WA 2NN8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5CIRA 1ULFA 1Z4WA 1VBE3 4CDQA 3H71A 2BBAA 3N9OA 2R072 4ZKTB 1ZGKA 4PDWA 5K0UB 4QXHA 3ZXGA 2W94A 2OZJA 3FLRA 1KJLA 5IVBA 3FBYA 2XGXA 3CO2A 4QT6A 4CCJA 4YVWA 2ZW9A 5BYNA 5HUKA 3S5QA 1NSCA 2VW1A 3I59A 1OSGA 4MX3A 2HT8A 4Y26A 4YW4A 5A1LA 3D3AA 1A78A 4AGTA 1JXNA 3BODA 2O14A 5A7WA 5ABJA 3ZX7A 3NAPC 4CEYA 4ASCA 2B9VA 1DZQA 4L92A 4W50A 4CPNA 4BQ5A 4L99A 3MPPG 5T52A 4CP9B 4Y22A 1E5IA 1UMZA 1XNCA 4CCLA 1CQ1A 4FTBA 2GVUA 3POBA 1HW5A 1COV2 2RS33 5GLZA 4NHKA 1SFPA 4XUQA 2WFF1 1ENXA 2DVDA 2GP3A 4CSWA 2BFUS 3O1OA 1W6PA 3A9HA 1HB2A 4I01A 2D44A 2TNFA 5IVFA 3VB9A 3UK9A 1CAXA 2IXIA 2BV4A 3AYDA 3D0SA 3ZMNA 3WLUA 4M0HA 1IOAA 4ZPIA 3O0WA 4NC5A 3TYJA 5JCTA 3IAPA 3K4AA 2YMZA 2DCZA 3POIA 4IW3A 4HVQA 2QQJA 3NKTA 1C8NA 4LKEA 1XSRA 3KMHA 2ZGMA 5A3UA 1OLME 5K8SA 1TZOA 4WM7C 1S0JA 1W8WA 3OJBA 4PQ9A 1DQ5A 3K4DA 4E8CA 5CFDC 1VBC3 4DRVA 2QWCA 4M4PA 4FP3A 2PXJA 1XC6A 4NOTA 4ASKA 1UD1A 1FOD3 1YFWA 3KCYA 3WF4A 4ZHNA 4G3NA 1PX4A 1R092 2OPKA 5EJ3A 1OFZA 5DG2A 1REEA 2G9GA 4NO4A 1Y9MA 3HQXA 1N3PA 5FZCA 3H3LA 4KQ7A 3K37A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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