4FPHA

Crystal structure of the nanb sialidase from streptococcus pneumoniae in complex with 2-[(3-fluorobenzyl)ammonio]ethanesulfonate
Total Genus 191
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
191
sequence length
658
structure length
658
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYDIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase/inhibitor
molecule keywords Sialidase B
publication title Synthesis and structural characterisation of selective non-carbohydrate-based inhibitors of bacterial sialidases.
pubmed doi rcsb
source organism Streptococcus pneumoniae
total genus 191
structure length 658
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2012-06-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4fphA03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4fphA01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4fphA02
4GA9A 2VK6A 3WDTA 1YIFA 5DZFA 2F0ZA 1LU2A 4MYEA 3D11A 1ENRA 4W65A 4XJ9A 3SLIA 3O5SA 1W6PB 3QCWA 4YZ2A 1Z4WA 3IPVB 1NSCA 2WQZC 2EXHA 4JRAA 5H9RA 2EXJA 4YZ5A 4JCKA 4WA3A 1W6NA 2PHUA 4DRVA 4GZTA 3UJOA 1W21A 3WG1A 2ZGLA 1ZA4A 3I4IA 2W38A 3D12A 2DVBA 2W68A 3M3EA 4GZXA 4AWDA 1LGNA 3AZYA 5DUWA 1CESA 1LEMA 2JD4A 3GVLA 3O0VA 2ZHMA 1F8EA 2KM2A 4K1HA 1GZCA 4Y1VA 1DQ6A 2D3SA 1SCRA 4B7RA 2HU4A 1W1XA 3B7EA 5GLVA 4ZXKA 2A3WA 1INXA 1CPMA 4M3CB 4PBOA 5JDBA 2FHRA 5JYYA 1V6JA 4D69A 2DYCA 4X4AA 4Q8LA 4HANA 3VKLA 4FPYA 1Z4XA 2CWSA 1INGA 3BOPA 1G9CA 3WV6A 3NSSA 4NOTA 1Q56A 2W5NA 2PHFA 1JBCA 4WV8A 5HUNA 1VAMA 3NV2A 2DVFA 4YGDA 4YW5A 1WUVA 4U36A 2R0FA 4MJUA 4MJVA 4YM2A 4ASMB 4MC7A 3PVOA 2CY6A 3WVJA 1NMCA 1W20A 3KM5A 4GB1A 4FP3A 1LU1A 2V5YA 2BF6A 2XB6C 1NCCN 1Q8SA 1IOAA 3B01A 4YGCA 4YM0A 2PHTA 4YW1A 1MVQA 4M4UA 3D5OA 1MS1A 5GZFA 3POYA 2F12A 4UW5A 1B9VA 3B3QE 5T54A 1S1AA 1G7YA 4LBQB 4YZ3A 4MZEA 3D6EA 3NV3A 4JC1A 4GZSA 4LBOA 2NP0A 2CTVA 1NNCA 1N1VA 2D6MA 1F9KA 3FLPA 1V6KA 3V0BA 3USUA 2EAKA 2ZAAA 2CNAA 2ZB5A 3D4KA 1B9SA 4FPCA 1S0FA 1DYPA 4DQAA 4YM3A 2LALA 4FZHA 2ZMKA 4BLJA 3R4UA 4Y1XA 3SH5A 1GV9A 3SNMA 2ES3A 2A6ZA 4WVVA 2OVUA 1LHOA 4R9DA 4CRQA 2P3KA 3HR9A 3PJQA 5CB7A 3SANA 3M1HA 1A4QA 2W52A 5SV8A 4CZSA 4FPOB 1W0OA 1WLDA 3GALA 1AJOA 2R1DA 4CPMA 2ZGKA 1FATA 4XBQA 3K3AA 2D6NA 1JOJA 4FOYA 3M3OA 1VIWB 4FPFA 4FVVA 4B7MA 1AXYA 1Q8VA 4YGEA 1IKPA 4GKXA 2VSKA 1S0BA 5GZCA 2D43A 2VH9A 2E51A 4FQZA 5F5QA 2B7YA 3LCPA 1QGLA 1QU0A 1CIWA 1WCQA 2JE7A 1OKQA 1FX5A 2ARXA 3OBRA 1YXWA 2VW2A 1FNYA 5L73A 2H0BA 2ZGQA 4R9AA 2F10A 2ZACA 2UURA 1R1ZA 1DBNA 1Z50A 5F9TA 1F5FA 2EXIA 3WG2A 4GZWA 5KXBA 3GVKA 1MWEA 1NLSA 2QWEA 2SIMA 4IQPA 5EXOA 4QN6A 2NZ9A 4DRRA 1SLLA 3WCSA 2YDPA 2ZHKA 3M2MA 1NNBA 1NSBA 1QNYA 3TB0A 4K21A 4GDIA 2YA5A 1INWA 2NMNA 1PZ9A 1DQ4A 4QN4A 4M3CF 5B2CA 1UZYA 1DIMA 3ZVXA 4KS4A 4K1IA 4XXPA 1V3DA 1AF9A 4Y26A 3K38A 1FV3A 1INVA 3OJBA 2QWFA 3ZYPA 1LOAA 2A70A 3TIAA 4HZYA 1U0AA 3FUQA 1JXNA 2EF6A 1IS4A 3ILFA 1LOFC 3CL0A 1Q8PA 1YRZA 1DGLA 4H53A 1BQPA 4X47A 3RMXA 2ZGRA 4RL7A 3ZXLA 4QN3A 2E53A 3ZYRA 5AVAA 4X49A 4YLZA 3SH3A 3B00A 1MS5A 2ZGNA 1D2SA 2WSVA 3IKWA 3N7LA 4QN7A 1UZZA 1GZ9A 1B09A 1LODA 3ALWA 1NCAN 4XJAA 4Y1ZA 2VK5A 1N3PA 1QNWA 4Y22A 1SCSA 4J9TA 4FPHA 1LENA 2YROA 1GZWB 2E7TA 2DUQA 4OZXA 2A5ZA 4NC5A 3I8TA 1N1TA 3AX4A 1MS0A 4Y1UA 4P9YA 1NSDA 2B8HA 4Y20A 4D8SA 4GALA 2PELA 2ZGSA 1V3EA 1W6OA 4AGGA 2F13A 4GJTA 1CONA 1GKBA 3W09A 4KS5A 1N1SA 1WW7A 1MS9A 2E7QA 5HCBA 4XZPA 2HTYA 3VKMA 3H73A 3POSA 5JOYA 3AZVA 5T55A 2PHXA 1DLLA 1GICA 5GZGA 1I1EA 5H9PA 1DILA 2ZBJA 2DV9A 3ATGA 3V64A 1IS3A 2HT7A 3FLRA 3ZSMA 1KDMA 1F8CA 3AYAA 1S0EA 1BXHA 3LSDA 1UX6A 1AXZA 2W20A 1F8BA 2HT5A 2A6YA 1W6PA 1SFYA 2QWGA 3IPVA 1USXA 3H6JA 2E6VA 3SALA 1G9FA 1DQ1A 3WDXA 2P34A 4ATFA 2CWMA 4XMIA 4P14A 4HZVA 3A0NA 3WZ1A 2YXSA 3K37A 5GLWA 1G8WA 4MWXA 2FMDA 5DZEA 1ONAA 1VLNA 4NO4A 2GNTA 1AJKA 1LHWA 1KDKA 4CPNA 4WEGA 1OQ1A 3AP7A 2YDTA 3A0KA 1GANA 5GM0A 1Q8OA 1WCSA 2OW4A 1Z4VA 4GKYA 1LJ7A 2R1BA 3ASIA 3A71A 5GLZA 3WCRA 4XIOA 1NMAN 2R16A 2HU0A 1DFQA 2DU1A 4LBKA 2D3RA 4YG3A 3WUCA 3V0AB 1V2IA 2F25A 2D44A 1RINA 4M3CA 2ZHLA 2F28A 1CPNA 1GBGA 2A6VA 1LHUA 2ZA9A 4AYUA 3ZXJA 1V6MA 1EUSA 4PF5A 2JDZA 3N36A 1UAIA 4Y24A 3RQ0A 1LHNA 2YA7A 3OY8B 4MWVA 4XE9A 4M00A 6NN9A 1W8NA 1DQ0A 2C5DA 5JOZA 2YA6A 1HQLA 2ZHNA 4GXLA 1AX1A 1CR7A 1C1FA 1KJRA 1IS5A 2WT1A 1UMZA 1YI7A 4FPKA 1L7HA 1SBFA 3T1EA 3H0OA 2D6KA 4XJWA 5FRAA 1ENQA 3UL2A 3AZZA 2BQPA 4HZXA 4YM1A 1SLIA 4FPEA 4XILA 1LOCA 3AP4A 5IUQA 3AZWA 1URXA 2QWIA 2HT8A 2C4AA 2AEPA 1V3BA 4KS2A 1W8OA 2DU0A 1WW5A 1LGBA 4XOGA 5IK8A 4Q8KA 2AREA 1NXD1 1JW6A 1APNA 3FLTA 1GNHA 4LBQA 1USRA 3INBA 1IVGA 5GLUA 2AR6A 2D6LX 1EUTA 4Q26A 4CPOA 3INAA 4XIKA 2DVGA 1B9TA 2ERFA 2XG3A 3SITA 5CA6A 4Q1PA 4MWLA 3MW3A 1LECA 3UK9A 4XTMA 2UWAA 1MS8A 1IKQA 1J1TA 1G9AA 2QWAA 1BYHA 2QWDA 2F24A 3JUUA 1LOBA 2YZ4A 1L7FA 1SLCA 2NN8A 4KS1A 5DUVA 4QN5A 4PQ9A 1INFA 4HZWA 4WZFA 4GZQA 1ULEA 1ULFA 3TI4A 4BQ1A 3WDVA 4XJ8A 4BMBA 1C4RA 3CYEA 2UWCA 4ISRA 5M1ZA 4AVSA 1Y7BA 3ALXA 2DTWA 1VAVA 1SBDA 3BTAA 4FQ4A 4UF7A 3IM0A 2R0HA 2ENRA 1CN1A 2DVDA 4XBLA 5JLVA 4FOQA 5JOXA 1EUUA 3N7MA 2HTUA 1IVEA 2ZMNA 3R05A 1N1YA 4LBQD 4Q2FA 1SLTA 3WHUA 2X9MA 1LHVA 4K1KA 2GNBA 4XHXA 4B7JA 1BZWA 1BKZA 2A71A 3CNAA 3N35A 3KQRA 1N47A 3POWA 3OYWB 4WA5A 3VKFC 4KBBA 4GWNA 1AVBA 3ZXEA 3ZXFA 2XZJA 2F27A 2C9AA 1IVBA 4MZAA 4QNPA 1IVDA 1FV2A 4AVTA 3AFKA 1HLCA 5DZGA 1O4YA 1X50A 4NN9A 2YV8A 3WNXA 2DUPA 1KITA 2XZKA 2HYKA 4B7NA 4FOWA 1O4ZA 2BATA 2HTQA 2D6PA 2TEPA 3APBA 4FPGA 4KS3A 1MS4A 1W6QB 3HN1A 3DGTA 2GDFA 3MW4A 5IK7A 3AYEA 1LOGA 2NM1A 5JMCA 4XXAA 4ISQA 2AGSA 3BEQA 4CPYA 3A4UA 4MWYA 1HDKA 2QWCA 1MS3A 5HUGA 3QLQA 3T2TA 4XJUA 1FAYA 2VU9A 2CMLA 3T1LA 1ENSA 3OPZA 3W58A 4NCSA 3U4XA 4MWUA 1FYUA 1WLWA 3ZSKA 1G9BA 1KRIA 3GVJA 1Z4YA 3PVNA 2AH2A 1A4GA 1A3KA 1AXKA 1V6IA 1TEIA 1QDOA 5IK5A 1WD4A 3ENRA 5LK5A 4C1WA 1YO8A 2DURA 2DVAA 4ATEA 1JUIA 4XYXA 1NCBN 3SH4A 4R9BA 2AUYA 4P9XA 1ULCA 4MWRA 1W6MB 3AP6A 3FUOA 2D3PA 1SO7A 1KQRA 2R49A 1VALA 5CNAA 4H52A 5EYXA 5EYYA 3JU9A 2VXRA 4PBPA 2VUAA 4Q27A 4I00A 3DUIA 5H9SA 4LBMA 4DPNA 5FREA 5GJ6A 1GZWA 1CJPA 3R4SA 1GYKA 2JECA 4GZPA 2WT2A 4YW4A 5KXCA 1KJLA 1LEDA 2A6XA 3SILA 3ZSLA 1SNTA 3H71A 2YA4A 1SACA 1DYKA 3B9CA 4GWMA 1QKQA 1QOTA 2A3YA 2AEQA 3AZXA 2BERA 2CYFA 1MZ5A 4FOVA 2ZB6A 3HMYA 4LBJA 2ZGTA 4CPZA 3K39A 2QWKA 1MZ6A 4RA0A 1QOOA 3AK0A 2PHRA 3N3HA 5IK4A 1UN1A 2ZGMA 1RITA 5T5JA 4XMAA 1MR5A 3VV1A 3OGGA 3N7KA 3AP9A 2QWHA 3N7JA 1BJQA 3RS6A 1S0DA 2GNDA 1WLCA 1AZDA 2W5OA 1AX2A 2V73A 5DG1A 3O9KA 1DQ2A 2P37A 2F11A 4U2AA 1NN2A 3RRDA 1UL9A 4ITCA 3IN9A 3NV4A 4XJRA 2AENA 1V0ZA 4UW3A 2A75A 4R9CA 1QF3A 1JHNA 1Z78A 1GLHA 2DTYA 5GALA 3OBTA 4WVWA 2P3IA 3C2UA 1S0IA 3AP5A 1LCLA 4UW6A 5IT6A 1W6NB 2WLQA 3ILNA 1WBFA 1LGCA 1E8VA 2ZKNA 5JOWA 1NNAA 3V0AA 4B7QA 4M01A 1H9PA 5HUMA 4BLIA 1JYCA 2WNEA 2UWBA 2LTNA 1OFSA 3NN9A 2EXKA 3AYCA 5EWSA 5HCAA 3OY8A 1N3OA 4Q6KA 1GSLA 1IVFA 1JYIA 3O12A 5BYNA 1INHA 2ZABA 4K1JA 5KXDA 4XTPA 1CVNA 2GN7A 1V6LA 3TI5A 3AJYA 2VW0A 4YW2A 4XBNA 2UU8A 3TAYA 2WT0A 3WDYA 1LULA 1V6NA 1S0GA 1UPSA 5E89A 5DUXA 5GZEA 5CBLA 4TZDA 2WJSA 4M3CE 2NYYA 4MWWA 3BODA 1SBEA 3ZSJA 2WSUA 2DUOA 5DXDA 1WD3A 3GNEA 3VKOA 4YZ4A 1F8DA 4LBNA 2A6WA 4WA4A 1EPWA 5DG2A 4AGVA 3M3QA 1S0JA 2YMZA 4DFSA 1WW6A 3TI8A 2VVZA 4FJ6A 3UJQA 1JN2P 4BM8A 3WOGA 2XCYA 4MX0A 3O0WA 5T5LA 4YG6A 2RHPA 3WHTA 1H9WA 1Z4ZA 4XDQA 1PZ8A 1DQ5A 3WG4A 4CPLA 4K1YA 2Z42A 2HTRA 5GZDA 7NN9A 4FP2A 2XZIA 2BZDA 2WKKA 2ZGOA 1QDCA 1E8TA 3LSEA 4XJZA 2JJ6A 2VSMA 4MWQA 1FNZA 1XQNA 2D7FA 3V0BB 4YGBA 1RIRA 4PCRA 1UKGA 5T52A 3USUB 2D6OX 1C1LA 2QWJA 2SILA 1AX0A 4BPZA 3B69A 1V3CA 1G9DA 3FFZA 3M3CA 1V00A 1V0EA 3MW2A 1LTEA 2ZZJA 1A14N 4HL0A 4FPLA 3OYWA 1XOGA 2PHWA 2Q5TA 2SBAA 1MVEA 4MWJA 2OUJA 1V6OA 2P3JA 1IS6A 1ULDA 1Q8QA 3Q9OA 3AXDA 4XHBA 4HIZA 5E8AA 5DUUA 4YZ1A 5HX0A 5T5OA 4ZKTB 2P2KA 3ILRA 3A72A 2ZGUA 4SLIA 2ARBA 1SLAA 4AVVA 2C4LA 2ZMLA 3RSJA 5E88A 1NMBN 4XJQA 2HTVA 2GMPA 4I30A 4JF7A 3SISA 2EALA 1S0CA 2VW1A 4GEZA 4LBLA 1D0HA 1F31A 4DS0A 4H55A 3V65A 4M4VA 1W6QA 2F26A 3CKZA 3WLUA 3BIWE 4GZOA 1SLBA 4TYSA 3MEPA 5KXEA 2AYHA 4K3YA 2QWBA 1I3HA 5NN9A 3TICA 1NCDN 4UW4A 4Z8BA 3TI6A 1GNZA 1H30A 2JE9A 3TI3A 5T5PA 4K20A 3ZXKA 5JVVA 1BJIA 5GLTA 2HTWA 4GDJA 1ULGA 2F29A 3PMEA 3AJZA 1A8DA 4CTEA 3TIBA 1DHKB 1N3QA 4M4NA 2VK7A 2GMEA 2OUHA 5T50A 3WUDA 4L8QA 1G86A 3ZPYA 1E8UA 3K36A 1VCUA 1PZ7A 1W6MA 1C57A 2ZGPA 3T1MA 3O0XA 1XOEA 1DIWA 2SLIA 1W0PA 1ZM1A 1INYA 4K1ZA 3MPPG 2GN3A 2A7AA 2GNMA 1VCJA 4YFZA 1QOSA 3VUOA 2EIGA 5CAZA 3NV1A 1LOFA 2RKCA 2VWDA 1V0FA 2I2SA 4Y1YA 1MACA 3CL2A 4YG0A 4WEFA 3WG3A 3WDWA 1A78A 4BBWA 4YW3A 4FPJA 1IVCA 4BOWA 3RG0A 1WW4A 2G4IA 1YYNA 1EURA 3O9JA 4YFWA 1LESA 2W39A 2NMOA 2YY1A 4X6KA 5H9QA 4Y22B 5HUKA 3L2YA 1WBLA 3WDUA 3FBYA 1L7GA 2W08A 3H72A 4AGRA 4Q1RA 4F83A 2VY0A 4FVKA 4Y20B 2JKBA 1CQ9A 2CL2A 1Z0HA 5B2DA 1QMJA 5HCFA 1W6OB 4BMEA 3NWKA 4M3MA 1DZQA 4P9WA 2A3XA 3VKNA 2YA8A 3IMNA 4DGRA 4C1XA 3AYDA 2DWRA 2GMMA 1LOEA 2GALA 3RMYA 3JU4A 3AXEA 1HQWA 3W59A 4HZZA 1HKDA 3PVEA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4GA9A 2VR4A 1T6BX 2H6CA 2XH6A 2MEV1 2W94A 2DFBA 2IXJA 4MGQA 4L7BA 1COV2 2VK6A 1PX3A 2ZX4A 4OULA 3O1UA 1O4TA 1RUG1 4UT5A 3HJRA 3WDTA 2Y0IA 4CU8A 1YIFA 4IDZA 5DZFA 4XFCA 4CCMA 1AR61 1LU2A 1ZBE3 2F0ZA 1OMIA 5EO7A 4MYEA 2ISMA 4C0BA 2FZ1A 2KR2A 4Q4X2 4CUCA 3PNAA 4XCAA 1JYNA 4A4AA 5FK7A 3O1TA 3D11A 1O3SA 1ENRA 4W65A 1ZVFA 1WMEA 4XJ9A 2GVUA 3SLIA 2ZKLA 1W6PB 3O5SA 3PTYA 3QCWA 5ABJB 1CAUB 1TE1B 1ZRIA 2WZR2 4YZ2A 2HBUA 4B7KA 1K5MC 3BN6A 1Z4WA 3IPVB 1O8SA 4N90A 4EV0A 3LI5A 1XC6A 3U37A 3FMGA 3DYPA 5FQ0A 1ODMA 1NSCA 1U5IA 2WQZC 1VB2A 2EXHA 2HJIA 4OUEA 4JRAA 4QPWA 4J25A 5H9RA 4AK3A 2KXLA 2GC2A 2Q8DA 4CP2A 1JZ3A 4JKLA 1RJ7A 3OCPA 2EXJA 3UKVA 2GVWA 4YZ5A 1GWMA 4JCKA 4WA3A 4H2AA 1W6NA 4AOCA 2PHUA 4DRVA 4QXBA 4K40A 4GZTA 1Q5OA 4QU1A 5F3GA 3UJOA 1C8M3 5A6YA 5IVCA 2W8BB 2AEZA 1YI9A 2TBVA 2YBKA 1W21A 3Q8BA 4PF1A 2ZGLA 3WG1A 4A45A 4FBFA 5JSPA 1ZA4A 3I4IA 2W38A 3RFRA 2WNOA 3D12A 2DVBA 1EV11 2D97A 1BEV1 3O4PA 2W68A 4Z82A 5FXWA 3M3EA 3ROUA 1PMHX 4GZXA 1NG0A 4HG6B 4HVRA 3VD7A 2J1SA 2RVAA 4AWDA 2CDOA 4BWOA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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