4FPJA

Crystal structure of the nanb sialidase from streptococcus pneumoniae in complex with 2-[(3-methoxybenzyl)ammonio]ethanesulfonate
Total Genus 189
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
189
sequence length
658
structure length
658
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYDIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase/inhibitor
molecule keywords Sialidase B
publication title Synthesis and structural characterisation of selective non-carbohydrate-based inhibitors of bacterial sialidases.
pubmed doi rcsb
source organism Streptococcus pneumoniae
total genus 189
structure length 658
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2012-06-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4fpjA03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4fpjA01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4fpjA02
1W6OA 3WNXA 1GV9A 1GZ9A 2GMMA 1N3OA 1VAMA 1W8OA 1SLIA 4XJZA 5JOXA 4WA4A 2JE9A 4XTMA 1A4GA 1KITA 4YFZA 1BQPA 5HUNA 2EXJA 1Z78A 3WCSA 5B2DA 2W5OA 5B2CA 2A71A 4Q1RA 5SV8A 5HCAA 1W0OA 4GALA 1MZ5A 2ZGUA 4R9DA 1INFA 4WEGA 1UMZA 5EXOA 2F12A 4Q2FA 2YZ4A 1LOFC 2OUHA 1IVGA 4K1IA 5GZFA 3V0BB 1GKBA 1ENQA 3R05A 4ITCA 1Z4VA 3LCPA 2ZHKA 1UL9A 1G9BA 1VLNA 4M4NA 5DZGA 4K1HA 5JOYA 1Z4XA 1INXA 4YGBA 4KS3A 3CYEA 1GNHA 2ZA9A 1SO7A 3AZZA 2ES3A 3POWA 1V00A 1LHNA 4XTPA 4GB1A 3VKOA 3V0BA 2KM2A 4DRVA 4Y1YA 1NCAN 1CN1A 3WZ1A 4YG3A 2VWDA 3PJQA 5DUWA 4MWJA 5E89A 1S0JA 5AVAA 3UJOA 3OGGA 3AP4A 5EWSA 2UURA 4XXPA 3UL2A 1LU2A 3ENRA 1LU1A 5GZCA 2WSUA 4XJUA 3VKMA 1NMCA 4XE9A 3ZSKA 3INBA 1IKQA 1W6NA 1RINA 1C57A 4Y1XA 1V6IA 1INYA 5H9SA 4Y26A 4AVTA 1L7GA 1BZWA 1E8VA 3H73A 2WLQA 2DVDA 1AF9A 3M2MA 2ZACA 1SLCA 1JUIA 2VH9A 5JVVA 3TI6A 2E7QA 2NZ9A 5GZDA 3M1HA 4RA0A 4QNPA 5DZEA 5DXDA 2NM1A 3AFKA 1S0GA 4Y20B 1L7HA 1DQ2A 3ILNA 4M3CF 1JHNA 1SLTA 2F10A 2GN3A 2YDTA 1URXA 3ILRA 2QWDA 4P9YA 2ENRA 2F0ZA 2D6OX 3CL2A 4MWXA 3AXEA 4M01A 1ULFA 3MW3A 1Y7BA 1JYIA 2CMLA 2A5ZA 5DUXA 4K21A 2PELA 4LBNA 5FRAA 3OBTA 4GJTA 1IS5A 2VW2A 1C4RA 4Y20A 1IOAA 3AZYA 3OBRA 2FHRA 2YY1A 1NN2A 1MS4A 4HIZA 1YYNA 2DURA 3A4UA 1BXHA 3POSA 1JW6A 1V0ZA 1A4QA 1DYKA 1INWA 4WA5A 1IS6A 1IKPA 5IK7A 2WQZC 1ULDA 2WKKA 2W5NA 3AP6A 2VK7A 2R0HA 1W6PB 3V0AB 5HUGA 3TI4A 3I8TA 3TB0A 4XHBA 4DS0A 3K39A 4K20A 4BBWA 1EPWA 4XHXA 4AGGA 2HTQA 4BLIA 4X6KA 3WUDA 1LESA 2ZBJA 3NV3A 2AH2A 1CIWA 3U4XA 3O9JA 3B9CA 4TYSA 4XIOA 1N47A 1INVA 2CL2A 2YA5A 4P9WA 4B7QA 1DZQA 1IVEA 1F8CA 5T5OA 1WW4A 1MACA 4Q8KA 1W6PA 3V0AA 4GWNA 2QWEA 2D6PA 4MX0A 2ZGSA 3N35A 4UW5A 5HUKA 3B7EA 1D2SA 2ZMKA 1DYPA 4HL0A 4GXLA 1USRA 5F5QA 3MW4A 2F27A 2F29A 4LBJA 2EALA 2EF6A 4GZQA 4GDIA 2AENA 4NO4A 1G8WA 2WSVA 3AZWA 4YGEA 1LODA 1Q8VA 4GEZA 1YO8A 2F11A 3FLRA 2ZB6A 4B7NA 2UWAA 1G9DA 4CPYA 5DUUA 2D44A 4U36A 1V0EA 4PBOA 4MWWA 2ZABA 4DRRA 1S1AA 4JRAA 2CYFA 3TI3A 2F28A 1NXD1 3OY8A 3N3HA 1FNYA 2CTVA 1S0FA 1YRZA 1AZDA 1IVDA 1Z50A 3H0OA 1G86A 3SALA 3RQ0A 1F31A 2WT0A 1LGBA 2ZGTA 4MWLA 2ZKNA 2GMEA 1B9SA 2QWJA 4AGRA 2QWFA 2YXSA 3AZVA 2SLIA 4FVKA 1AX1A 2D6LX 5CAZA 1JOJA 1H30A 1DQ4A 2JECA 1Z4WA 1V6NA 2NMNA 2WT1A 4Y22B 2WNEA 1INGA 1QMJA 4CRQA 3Q9OA 3WLUA 2HTWA 2XZIA 1YI7A 2NMOA 2VXRA 1QOTA 4WV8A 4X4AA 2HU0A 4CPZA 4HZWA 4YG6A 4AGVA 1VALA 3A0NA 4FQZA 1YIFA 1Q8OA 1QNWA 3D12A 3VKNA 5GZGA 1QGLA 1CPNA 1VCJA 2YA8A 2BF6A 2DV9A 2C4LA 2GMPA 1W20A 4Y22A 2VK6A 3W58A 3LSDA 1DIMA 4XBLA 3WDXA 2SILA 1LHVA 4LBMA 2R1DA 4AVVA 2BERA 2VSMA 4MZAA 4HZYA 4YM2A 4XJQA 2AR6A 3N7MA 2F13A 3O5SA 1W8NA 1QU0A 1DQ1A 3RS6A 4FZHA 2GNBA 2JKBA 3BODA 1DQ0A 5IT6A 2D7FA 3AZXA 4ATFA 2AEQA 4UW3A 2W68A 3DGTA 4XIKA 4YGCA 2PHFA 1V3BA 1KDMA 1V6JA 3POYA 2E53A 5HCFA 1LEMA 3FLTA 4NC5A 4GZSA 1SCRA 2Z42A 1ZM1A 4X47A 2YA4A 4M3MA 1HQWA 1AXKA 4QN5A 1D0HA 5IK5A 3NSSA 2D6MA 1LJ7A 3QLQA 4FPCA 3ATGA 4XILA 4MWVA 3FBYA 4YM1A 1SBEA 1SLAA 4FPLA 3W09A 2GNTA 1UAIA 4Y1UA 1N3QA 4XJRA 3HR9A 2ZHLA 1S0IA 3ILFA 2R0FA 2EXIA 4YW2A 3GVJA 2W38A 2VUAA 1INHA 4B7RA 1LOFA 1IS3A 3AP5A 3CKZA 5T55A 1GZWB 1JXNA 1LHUA 2F25A 1DHKB 2P34A 4JCKA 7NN9A 2D3SA 4ISRA 1LOAA 4K1KA 1W0PA 2ZGRA 3FUQA 1GANA 1SBFA 1SCSA 3AYCA 2TEPA 3IMNA 1MWEA 1VIWB 1V3DA 5DUVA 3WHUA 1HLCA 2OVUA 1MS0A 1X50A 2DU1A 4FPGA 1DIWA 3A72A 1GZWA 1QKQA 2D3RA 4DQAA 1I1EA 3IM0A 1PZ9A 5M1ZA 3M3QA 3BEQA 4NN9A 4YZ4A 1VAVA 4WVVA 1BYHA 1MR5A 2V5YA 5L73A 3WVJA 3ASIA 1APNA 5JYYA 4KS4A 1AXZA 3AX4A 3V64A 4GKYA 1WCQA 4Y24A 3B00A 3PVNA 4CPNA 4MWYA 4MC7A 3ZYPA 2AYHA 4Z8BA 2ZGQA 5GJ6A 2HTUA 1Z0HA 5EYXA 2ZHMA 4RL7A 5JOWA 3LSEA 4QN3A 2GALA 1EUSA 5IK8A 1NMAN 4YZ5A 4LBOA 2P37A 2VK5A 1FV3A 1IVBA 2HTRA 4HZZA 1OFSA 4BQ1A 1CPMA 1N1TA 1CONA 4ATEA 4FPOB 1LULA 4YM0A 3FFZA 4Q27A 4BM8A 1NNBA 2E51A 3TI5A 1LHWA 2ZGLA 2FMDA 4QN6A 3UJQA 1LOBA 1KRIA 1N3PA 4AVSA 1CQ9A 2ERFA 2LTNA 3NWKA 5JDBA 2HTVA 2GN7A 1MS5A 3ZSMA 1GLHA 2B7YA 4YGDA 4BOWA 4XMIA 5E88A 4Y1ZA 1R1ZA 3QCWA 4GZTA 4MZEA 1B09A 1SACA 3L2YA 4K1ZA 4XBNA 2P3IA 2H0BA 5KXBA 1AX2A 4K1YA 2WT2A 4BMBA 2XZJA 1FV2A 3H72A 1LENA 2YMZA 2RKCA 2P2KA 2D6NA 4XZPA 5CB7A 3FUOA 3B01A 2ARBA 5GLTA 1LOCA 2ZB5A 6NN9A 3TIBA 1WLDA 2GDFA 3SANA 1Z4ZA 1S0DA 1LCLA 1UX6A 3OYWB 5CA6A 1O4ZA 4IQPA 1RIRA 2B8HA 4PBPA 3VUOA 2BQPA 1NCCN 1CVNA 1WW6A 1BJIA 4Y1VA 2AGSA 5HCBA 3TIAA 4GZOA 3ALXA 3WHTA 1W6QB 4XOGA 2PHWA 1GZCA 1A78A 1F9KA 4BMEA 1FATA 4MJVA 4D69A 4QN4A 1G9AA 1S0BA 5GLUA 1MS9A 3M3OA 4YZ2A 3OYWA 2D6KA 1I3HA 2XB6C 2A75A 1B9VA 1A8DA 3WDYA 3T1MA 4H52A 4H55A 1Z4YA 2AUYA 2ZGPA 3AYEA 4CPOA 2A6VA 5DG1A 4YZ1A 3PMEA 4YM3A 4GZXA 1IS4A 4FPKA 2RHPA 3WV6A 2QWAA 4M4UA 2OUJA 3OPZA 1G9CA 1W6QA 5IK4A 4Q1PA 1E8TA 1CR7A 1F8DA 3BOPA 2NN8A 1V6KA 2E7TA 3ZPYA 1NCDN 1LTEA 4FPYA 3IN9A 1JN2P 2ZGKA 4LBLA 5KXCA 2CWSA 3INAA 3AK0A 3USUB 2D3PA 4W65A 3AP7A 1L7FA 1ULEA 3IPVB 1WD3A 3MEPA 1FX5A 3R4UA 4R9AA 2VVZA 5JLVA 2DVBA 4LBKA 3KM5A 4OZXA 1N1YA 2ZAAA 1LGNA 4LBQB 3WDTA 3I4IA 5GLWA 3JU9A 4GWMA 1ZA4A 2VW0A 4DPNA 1G9FA 3ZSJA 2QWHA 5F9TA 2YDPA 1N1SA 4MJUA 1J1TA 1IVFA 1NSCA 1W6OB 3AP9A 1DQ6A 4FJ6A 3RRDA 1WCSA 2A6ZA 4F83A 2CNAA 4XJAA 4MWQA 3IPVA 1V2IA 4Q26A 2DVAA 2JE7A 4PF5A 3WDUA 2VW1A 1NCBN 2R16A 4R9CA 4GZPA 4HZXA 2JDZA 4LBQA 2ZZJA 3IKWA 2NP0A 2SBAA 1KDKA 3W59A 4MWRA 3H71A 1LOGA 4GDJA 1HQLA 3ZXLA 4FQ4A 2ZMLA 4FP3A 2EIGA 2V73A 3WUCA 1WW5A 1B9TA 4KS1A 4GKXA 2GNMA 2R1BA 3WG4A 2DU0A 4FOWA 3T1LA 2PHUA 1NMBN 2YV8A 2VSKA 3WG1A 1XOGA 3AJYA 2ZHNA 1UKGA 3BIWE 3ZYRA 4YG0A 1ULGA 1HDKA 3T1EA 5GLVA 1V6OA 4AWDA 3NN9A 1TEIA 1UZZA 1H9WA 2QWIA 3H6JA 4NCSA 1EURA 3V65A 5GALA 3RSJA 1A14N 3RMYA 2DWRA 3TICA 1DBNA 1V3EA 5DG2A 5HUMA 3R4SA 1MVQA 3A71A 4I00A 3CL0A 4R9BA 5T5JA 3O0VA 2BATA 4FOYA 3O9KA 1OQ1A 2GNDA 2A6XA 5EYYA 4J9TA 2AEPA 1ONAA 5T5LA 5FREA 4CPMA 3OJBA 1ENRA 3RMXA 2W20A 1SBDA 2ZGOA 3N36A 3SH4A 1W6NB 2UU8A 1QF3A 5CBLA 5LK5A 1SLBA 2JD4A 2R49A 5T52A 1WUVA 2VU9A 2W39A 1S0CA 1AXYA 1JYCA 1FNZA 4CTEA 1QOOA 1QNYA 3HN1A 4AYUA 4FPEA 3GVLA 4DFSA 3JU4A 4CZSA 1S0EA 1V6MA 4P14A 4XBQA 1AX0A 4XYXA 4YFWA 3AXDA 3VKLA 5JOZA 2C9AA 3T2TA 4FP2A 5GM0A 4FVVA 4L8QA 4FOQA 1WLWA 4ZXKA 1LGCA 1MVEA 4YW5A 3AJZA 3ZVXA 2QWCA 3VV1A 4WA3A 1BKZA 2HTYA 1FAYA 1USXA 3AYAA 4C1XA 1HKDA 2DTYA 3O0WA 1V3CA 3UK9A 2I2SA 2C4AA 2ZMNA 1JBCA 1QOSA 2E6VA 2W52A 1MS8A 2QWBA 1FYUA 3N7JA 4UW6A 1GYKA 4YZ3A 4DGRA 3NV4A 1E8UA 4ASMB 4B7MA 3AYDA 1W6MB 3WOGA 1ENSA 1DFQA 1PZ8A 4FPHA 2YROA 2X9MA 4XDQA 3SILA 4HANA 4LBQD 2DYCA 2VY0A 4UW4A 4C1WA 3D11A 4M3CE 2Q5TA 2D43A 1WW7A 3WDWA 4FPJA 5JMCA 3K3AA 5DZFA 1BJQA 3K38A 1G7YA 1W21A 4KBBA 1XQNA 5GZEA 1WLCA 2XG3A 3ZXKA 1NLSA 1Q56A 1AJKA 4I30A 2YA7A 3ZXFA 1W6MA 2YA6A 5H9PA 4WVWA 1Q8SA 3DUIA 1GNZA 4XMAA 4SLIA 3HMYA 4WZFA 2F24A 3JUUA 3ZXJA 4KS2A 2G4IA 3WCRA 1SNTA 4UF7A 2DTWA 1CJPA 4NOTA 1DQ5A 4KS5A 4Q6KA 1IVCA 1MS1A 1AJOA 3PVOA 2HT7A 5GLZA 1SLLA 4MYEA 1NSBA 2XCYA 3WDVA 3SISA 1NNCA 3N7KA 2ARXA 2DVFA 3FLPA 3O0XA 4YW4A 4YW3A 4X49A 4B7JA 1EUUA 1Q8PA 3WG2A 5KXDA 2LALA 2F26A 2DUPA 4PCRA 3NV2A 1C1LA 3BTAA 4GA9A 2QWKA 3KQRA 2A3WA 1OKQA 2OW4A 2DUOA 3MPPG 2A70A 5T54A 2ZGMA 2NYYA 1LECA 2PHXA 3ALWA 5BYNA 1XOEA 3NV1A 1QDCA 1LOEA 2HT8A 3B69A 2HYKA 4XJ9A 1U0AA 3SITA 1Q8QA 2EXKA 1DGLA 5T5PA 3CNAA 5H9QA 3RG0A 2EXHA 1WD4A 3OY8B 4H53A 4XJ8A 2A7AA 3TAYA 5KXEA 1PZ7A 5E8AA 3O12A 2P3JA 4YLZA 3APBA 1MZ6A 3SNMA 4ISQA 1QDOA 1WBFA 2DVGA 3SLIA 2P3KA 2A6WA 3D4KA 1WBLA 1F8EA 1F5FA 2A3XA 2PHTA 1AVBA 1UPSA 1A3KA 2UWBA 4M00A 5T50A 4D8SA 2CWMA 5CNAA 2DUQA 4MWUA 1LHOA 5NN9A 4PQ9A 4XXAA 4JC1A 2WJSA 4ZKTB 4HZVA 2EAKA 3TI8A 1O4YA 2A3YA 3PVEA 4CPLA 2HT5A 2AREA 4JF7A 1NNAA 3MW2A 3GNEA 1GICA 2QWGA 2UWCA 1W1XA 1NSDA 3A0KA 1UN1A 1N1VA 4M3CB 4U2AA 2W08A 3C2UA 2XZKA 3M3CA 3N7LA 3K37A 4BLJA 4M4VA 3M3EA 5IUQA 1F8BA 3SH3A 4K3YA 4QN7A 4FOVA 1V0FA 4P9XA 2ZGNA 4BPZA 4WEFA 1ULCA 1RITA 1GSLA 3D5OA 3B3QE 1DLLA 2BZDA 1C1FA 3ZSLA 4GZWA 2PHRA 1KJLA 3WG3A 1VCUA 1UZYA 3VKFC 5HX0A 4XJWA 1YXWA 1V6LA 4M3CA 1H9PA 1KJRA 3USUA 1SFYA 1LEDA 1DILA 1EUTA 2JJ6A 3K36A 4Q8LA 2SIMA 3GALA 4K1JA 2CY6A 5H9RA 4FPFA 4TZDA 1MS3A 3GVKA 2A6YA 1KQRA 3SH5A 2C5DA 1GBGA 4YW1A 2HU4A 3ZXEA 3D6EA 1CESA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4UFMA 2W47A 1W6OA 2QQVA 4TLFA 4XVHA 3WNXA 3R6SA 4B1LA 4MXWA 4DXRA 4GB32 1GV9A 1X36A 3POJA 1GZ9A 5FZ0A 5K9YA 1HB2A 2GMMA 2FPCA 1N3OA 1VAMA 4Q4X2 1W04A 4CUCA 3THPA 5IFPA 1W8OA 3N9MA 1SLIA 4XJZA 3G6JB 1PM7A 4RQPC 4P9LA 4DUXA 4Q4V3 5C4WC 5JOXA 2AC1A 1RUC3 2E63A 4RQPB 4WA4A 1WZXA 4K7JA 4XURA 5C4WB 1ZGKA 2JE9A 5LA9A 1NKGA 4NROA 4XTMA 3O1MA 5GX3A 2R042 1TME2 2YHJA 4Q4V1 2WL1A 4CXWA 1RUC1 2DF7A 1KITA 4JGYA 4YFZA 2O8QA 1BQPA 3BGAA 5C8CA 3KGLA 3WR0A 4A44A 2V91A 3Q6PA 2Y6LA 2XQRA 3WN7A 5HUNA 3VBSC 2EXJA 5EZWA 5FZ4A 1Z78A 1DYOA 1HN0A 2VMFA 3J7HA 3VBSB 1Y3TA 2IC1A 2O0OA 2VVEA 3B9IA 3NJZA 4XFIA 2Q0AA 3WCSA 4Z07A 4N9IA 3MF6A 4AI3A 2W5OA 5B2DA 2B42B 3HD8B 3W20A 5B2CA 1FOD2 2A71A 4Q1RA 5FCCA 2CGOA 4UXAA 4XAAA 5FXWA 5LB6A 5SV8A 1WCDJ 3NNJA 1TNFA 1WMXA 3PVBB 4XW3A 3VDCA 5F37A 5L9VA 5HCAA 1W0OA 4AW7A 3TNQA 1UX7A 1ND3A 1Z7S2 3WP6A 4GALA 3LKJA 1I6XA 5AFBA 1MZ5A 5E1RA 5FPLA 2ZGUA 4NHLA 4R9DA 3WF1A 5A6XA 5LA1A 1INFA 4FJ6A 2GP3A 4WEGA 4GNBA 5EO8A 1UMZA 2W3JA 4ZS2A 5EXOA 2ZKLA 4O5TA 2F12A 1R092 2Q8CA 4XETA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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