4FPKA

Crystal structure of the nanb sialidase from streptococcus pneumoniae in complex with 2-[(3-methylbenzyl)ammonio]ethanesulfonate
Total Genus 190
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
190
sequence length
658
structure length
658
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYDIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Synthesis and structural characterisation of selective non-carbohydrate-based inhibitors of bacterial sialidases.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/inhibitor
source organism Streptococcus pneumoniae
molecule keywords Sialidase B
total genus 190
structure length 658
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2012-06-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4fpkA03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4fpkA01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4fpkA02
5FREA 1Q56A 4ISQA 1V3CA 2W38A 3OY8B 3TAYA 1WUVA 4GKYA 2CWSA 2WT1A 4RA0A 4GZSA 4NOTA 2VSMA 3O5SA 1GICA 2WLQA 4FPJA 4ZXKA 5JMCA 3VUOA 1V6KA 4M4UA 4CPNA 4GWMA 1G9BA 2P3IA 2VH9A 1B09A 1ULGA 5IK8A 3BEQA 1WD3A 1LU2A 4PBPA 4XBNA 2SIMA 4YG0A 2YROA 5DXDA 5T5LA 3ATGA 1NCBN 4M3CA 4XBLA 3OYWB 4CRQA 3A72A 2P3KA 1GLHA 3B9CA 4YG3A 3AJZA 4IQPA 1USXA 3AFKA 2F10A 4HZZA 2BZDA 3ILNA 2OUJA 2YA4A 3M2MA 2DUQA 1E8VA 1KQRA 1NMBN 3M3OA 2ZGNA 3TB0A 1LOAA 1UZYA 1W6OB 1DYPA 3USUB 2HTVA 4DRVA 3M3EA 3KM5A 1VAMA 2A5ZA 1GZWA 1LESA 2AEQA 3ZYRA 2A71A 3WDYA 4TYSA 5HX0A 2BF6A 4B7NA 1ZA4A 5T54A 4YZ4A 4XMIA 5M1ZA 4GWNA 4GXLA 5B2CA 2R49A 4DFSA 3RS6A 2YDPA 1MS8A 4AGGA 1W8OA 2QWIA 4P9WA 3RSJA 3ZXFA 1Q8SA 1Z4VA 4Y1ZA 1KJRA 5JYYA 2ZKNA 4XJ9A 2A6VA 4XXPA 4YFWA 6NN9A 5IT6A 2QWEA 2ARBA 2F27A 2F28A 2PHXA 1A4GA 3B01A 4XTPA 2H0BA 4YM2A 3N36A 3ALWA 3TIAA 3INBA 4Y26A 4YM0A 2F0ZA 2CTVA 2HTRA 1FX5A 1IS4A 4ASMB 1PZ7A 4XE9A 3ZSJA 5DZGA 5KXBA 2ZAAA 1AXZA 5DUWA 3ZSMA 1SLBA 3AYDA 3ZSKA 4GJTA 4XHXA 3RQ0A 4BOWA 3WHUA 4I00A 2RKCA 2JE7A 1J1TA 3GVLA 3D12A 2D6LX 3SH3A 1V3BA 3SALA 4CPMA 1SO7A 2C9AA 4FQZA 3AZWA 2E53A 1EUTA 1A14N 1CPNA 4Q2FA 1GBGA 1C1LA 1QF3A 2JE9A 4GZOA 2A6ZA 2D6NA 4P9YA 3RMXA 1INYA 1PZ9A 3CL2A 4FOYA 2NP0A 3PJQA 3AK0A 5GZDA 4GZXA 2BATA 2W20A 1QU0A 1N47A 3V64A 5DUUA 3DUIA 2XZIA 1NMCA 4MWUA 4Y24A 2CY6A 4ATFA 3FLRA 1UAIA 4DRRA 1ENSA 3AZVA 4M3MA 1JYCA 3TI3A 3V0BA 2ZB5A 5E89A 1LHNA 4YGCA 3O0WA 5NN9A 2EIGA 3GVJA 3TI8A 4MJVA 4D69A 4XJ8A 4FPKA 1KITA 1Y7BA 5IUQA 4F83A 3FBYA 4MX0A 4LBLA 4KS3A 4LBJA 4Q6KA 4KS4A 2W5OA 4BLJA 5KXEA 1AZDA 1A3KA 3A71A 1DZQA 3CKZA 1KDMA 1B9TA 3MEPA 3K3AA 1LCLA 2QWJA 4DPNA 1G7YA 3ILFA 2A6WA 1IOAA 3ASIA 2E51A 3WG2A 2YZ4A 3WCSA 2ZGUA 1ENQA 1DBNA 3AJYA 2HTWA 2HTYA 1NSCA 2PHWA 2EAKA 3A4UA 3RRDA 5HUGA 2VK7A 1NCAN 2X9MA 3IMNA 1CONA 5EWSA 2GDFA 1YXWA 4XJRA 2FHRA 4NO4A 2HTUA 2YXSA 4W65A 2YA7A 1V3DA 1C57A 3AZZA 1KDKA 4C1XA 1KRIA 3OBRA 1URXA 1V0FA 3WG4A 3ENRA 1VALA 1NXD1 2W68A 3IPVA 2GMEA 4CPLA 2ENRA 3GALA 2VY0A 5DZFA 2HT5A 4YZ3A 4ISRA 2EALA 1AXKA 4YZ2A 2YMZA 1DQ5A 4J9TA 3NV4A 2R0FA 1LOGA 1D0HA 1S0CA 3K37A 2NZ9A 4RL7A 4AVVA 1V6LA 1S0JA 2TEPA 3SISA 4GDJA 2SLIA 2OW4A 4PF5A 1IVCA 2BQPA 2UWBA 4FPHA 1ONAA 1OQ1A 5KXCA 1LGNA 1IVFA 2R1BA 2A6YA 2YA8A 1L7GA 1RITA 2GMMA 4XOGA 5CNAA 2ZHMA 1OFSA 1INXA 5FRAA 4P14A 4XILA 1WW7A 1DGLA 2AREA 1DHKB 2VW2A 1LTEA 2PHRA 1W6PA 1CJPA 4HZVA 3WVJA 2CL2A 3AYCA 1MS0A 4K1IA 1JBCA 1WLWA 3ZSLA 1XOGA 2AH2A 1APNA 1ULEA 4D8SA 1FV3A 2VSKA 3WDXA 4FOVA 3R05A 1LHVA 2OUHA 2AYHA 4CPYA 4SLIA 4BBWA 3U4XA 4M3CB 2F26A 2VVZA 4HZWA 4YZ5A 4GZQA 1AJOA 1Z4WA 1EUUA 1EPWA 1NCDN 1F8EA 1GNHA 1YYNA 3T2TA 3POYA 2ZABA 2AEPA 3FLPA 5EYYA 3R4SA 5IK5A 3D11A 1V6JA 3VKOA 2ZMNA 1LJ7A 2A3XA 4KS2A 3NV3A 1G9FA 4YW3A 3AP4A 1GZWB 4YM1A 1Z0HA 2DVFA 1QOTA 3WCRA 2V5YA 3T1LA 2CMLA 1F9KA 2ZACA 4FVVA 3GNEA 1S0FA 3VKFC 1MS1A 5EYXA 1W0OA 3OBTA 4Y22A 1SCSA 5HUNA 4QNPA 1F31A 2C4LA 4AGVA 1IVBA 4ZKTB 1W1XA 1S0GA 3I8TA 4B7RA 2DTYA 3VKMA 2P2KA 2AUYA 2ZMLA 1NCCN 2D6OX 4LBKA 1V00A 1GV9A 4FPOB 4UW4A 1SLIA 1BJIA 1A4QA 2A3WA 3WUDA 2ZB6A 4QN5A 2DUPA 5CBLA 3OJBA 1MZ5A 1MS4A 5F5QA 1B9VA 2WJSA 4KS1A 1Z78A 1LOFC 2ZGOA 4AYUA 2OVUA 5JDBA 4R9AA 2WSUA 1IS3A 1G9CA 3N7LA 4Q8KA 2PELA 2ZHNA 2B7YA 1YI7A 1BXHA 2W08A 2DURA 1W0PA 4YW2A 3AP5A 4UW6A 4M3CE 1FATA 5CAZA 2C4AA 1Q8VA 2DU1A 4YG6A 1WW6A 4YLZA 1SBFA 4GKXA 2ZGKA 1VCJA 4XXAA 4K3YA 4FQ4A 2AGSA 1IVGA 1UZZA 4GZWA 2YV8A 4HZYA 4R9CA 2JKBA 1V6MA 4UW3A 3SILA 4FPCA 1TEIA 4MWVA 2ZGTA 1OKQA 3LSDA 3CL0A 4DQAA 2D3PA 2ZBJA 4UF7A 2P34A 1ULFA 2D6KA 4HL0A 1S1AA 2F12A 3TI6A 1DQ2A 1QNWA 1S0BA 1QOOA 1H30A 1IVDA 1V6NA 1WLDA 2ZHLA 1V2IA 2HT8A 1LOCA 3WDTA 5GZGA 5JOWA 4QN3A 2AR6A 2YA5A 5DG1A 3NV1A 3B69A 2VUAA 3V0BB 2JDZA 1LGBA 1JHNA 3UJOA 3DGTA 5H9QA 5GJ6A 1W20A 1X50A 1G8WA 3UJQA 1C4RA 1S0IA 3ZPYA 4FVKA 3AP9A 5BYNA 4CPOA 5L73A 2EXHA 4LBQA 4X4AA 4YW1A 1EURA 2Q5TA 2F24A 4Y1YA 3FUOA 4P9XA 4HANA 1INFA 2PHTA 1LULA 1LGCA 1S0EA 1SBEA 1Z50A 4XZPA 3MPPG 1NSDA 4CTEA 2YDTA 3SANA 4YGDA 4M00A 1HQWA 1LHWA 3AXEA 4C1WA 1VIWB 5F9TA 5B2DA 3WDWA 4R9DA 1KJLA 4KS5A 3BTAA 2XG3A 4X47A 4MC7A 5T5JA 1CIWA 4XJWA 3R4UA 1WW5A 3JUUA 1ULCA 4GDIA 1QKQA 3N7JA 2HTQA 2VW1A 1MS5A 1V6IA 4H53A 2NYYA 4Y1VA 2DWRA 1VAVA 5AVAA 3M3CA 5LK5A 2ARXA 2A6XA 3C2UA 3IPVB 1BYHA 7NN9A 4M3CF 3ZYPA 3D4KA 4FOWA 4Y1UA 4YW4A 5HCFA 4XJUA 2A75A 2I2SA 1Z4ZA 2R16A 3WV6A 4K1YA 3WOGA 2QWFA 2W39A 1W6QA 1CPMA 1SACA 2EXKA 1NN2A 4YW5A 4U36A 2D3SA 3A0KA 1LOBA 1FYUA 4BM8A 1L7FA 3KQRA 3APBA 1EUSA 2ZGPA 3TIBA 1QDOA 4BMBA 1F5FA 1AVBA 4MWLA 1RINA 3WNXA 5T52A 2WKKA 2P3JA 2E7TA 4QN6A 1W6MA 2KM2A 4AWDA 5GLTA 1FNZA 3QLQA 3WDVA 5CA6A 1USRA 2RHPA 4WVVA 3IN9A 2HT7A 4GZTA 4FPFA 3RG0A 1JYIA 1MS9A 5KXDA 3HMYA 3MW4A 1GNZA 1SCRA 1W6PB 2QWAA 4WA4A 1UN1A 3CYEA 2W52A 1UL9A 1JW6A 4K1JA 3IKWA 1BQPA 1ZM1A 4BMEA 5JLVA 2ZGRA 5T5PA 1B9SA 1IKQA 4JRAA 1G9AA 4WZFA 5GLZA 3FLTA 4AVSA 1N1YA 1V6OA 3H73A 3WUCA 2F25A 1N1SA 1JOJA 5JVVA 4XBQA 4H52A 1G9DA 2HYKA 1LHOA 3AZXA 1QDCA 4K20A 1PZ8A 1W8NA 2NMOA 1N3QA 2UWCA 3OGGA 3Q9OA 1AX2A 5GLWA 3ZXLA 5HCAA 4Y20A 4Q27A 2UU8A 2ES3A 1LEMA 1DQ6A 3V0AA 4FPGA 1MVQA 4U2AA 3K39A 3TI5A 2YY1A 5H9RA 2W5NA 4XJZA 3NN9A 2A7AA 2GNBA 2R0HA 4AGRA 2QWBA 3AP7A 1N1VA 2E6VA 4MZEA 3W09A 2VW0A 3H72A 1WD4A 3T1MA 5DZEA 2NM1A 2WSVA 4Y22B 1MR5A 4CPZA 4Q26A 1CR7A 1AXYA 1LEDA 3I4IA 3W58A 3SLIA 4YGEA 3A0NA 3D5OA 1LOFA 2E7QA 2XZKA 2ERFA 1E8TA 1W6NA 2JECA 1NLSA 4MWJA 4DGRA 1A8DA 2B8HA 5SV8A 4GZPA 5IK4A 2ZMKA 3L2YA 1NNBA 1Q8OA 2XB6C 4K1KA 3POWA 5JOXA 1LENA 1BJQA 4MWRA 4XHBA 3H0OA 4WA3A 1E8UA 5E8AA 2G4IA 1AX1A 1MS3A 3LCPA 1INHA 2F29A 3W59A 4XJQA 4YGBA 1U0AA 3PVOA 2D44A 5DUVA 3B00A 2HU4A 1UMZA 3B3QE 2CYFA 3AX4A 2WT2A 4PBOA 5HUKA 2DVGA 3V65A 2QWKA 2GNMA 2VK6A 4XTMA 1WBFA 2NMNA 4FJ6A 3M1HA 3WZ1A 1AX0A 2EF6A 3ILRA 2ZA9A 3OY8A 4PQ9A 2GALA 5GZEA 1MACA 2QWDA 3WHTA 3VKNA 1MVEA 3IM0A 4JC1A 3N3HA 1UX6A 4NC5A 1GKBA 4FZHA 1D2SA 4QN7A 5GM0A 1QNYA 2GMPA 1A78A 1O4YA 4HZXA 5H9SA 5EXOA 4B7JA 4XDQA 4GA9A 1NMAN 2HU0A 2VK5A 3SH4A 1IVEA 3VKLA 1I1EA 2VXRA 1SNTA 4GEZA 5JOZA 3NSSA 3OYWA 2D7FA 3WG1A 4XYXA 2GN3A 2VU9A 3PVEA 1JXNA 4DS0A 4NCSA 1DFQA 2CWMA 1BKZA 2EXIA 1YO8A 1SLAA 2GN7A 5GZCA 3AYEA 4BQ1A 4OZXA 4M4NA 3O9KA 4Q1RA 1C1FA 1W6OA 1SLTA 4LBNA 4BPZA 1NSBA 4Y1XA 2LTNA 3BODA 3USUA 1W21A 1N3OA 1DILA 1V0EA 1SFYA 1XQNA 1F8BA 2WT0A 5DUXA 1LU1A 4WVWA 4CZSA 2DV9A 4NN9A 1GZ9A 4Q8LA 4AVTA 4KBBA 4LBQB 2CNAA 2QWHA 4FPEA 5GALA 2DUOA 4XIKA 4FP2A 1WW4A 1UPSA 2ZGSA 2SILA 4XMAA 4YZ1A 1IS6A 3OPZA 5T50A 1H9PA 4B7QA 2R1DA 3SH5A 1CESA 4HIZA 1H9WA 1F8CA 4K21A 4JCKA 1F8DA 2SBAA 4QN4A 3WLUA 3O0VA 2UURA 2Z42A 3LSEA 1V3EA 1AJKA 1LODA 1IKPA 3PMEA 3TI4A 1SLLA 3O9JA 2D6PA 2JD4A 1G86A 1I3HA 4YFZA 3N35A 4GB1A 1DQ1A 4FP3A 3SITA 4UW5A 4B7MA 2ZZJA 4WEGA 1YIFA 4XIOA 2FMDA 1INWA 4L8QA 2DYCA 1DIMA 4LBQD 4FPYA 1L7HA 1LOEA 4FOQA 3O0XA 3N7KA 1DLLA 1W6QB 1HKDA 2LALA 3BIWE 4MWXA 1VCUA 2A3YA 1DYKA 1HQLA 3QCWA 1HDKA 1GANA 4GALA 3T1EA 1FV2A 3WG3A 1SLCA 3B7EA 4MWYA 5DG2A 1CQ9A 1HLCA 1W6MB 1NNAA 2A70A 5H9PA 5GLVA 2P37A 3K36A 5IK7A 1O4ZA 1MWEA 2PHFA 4M4VA 3JU9A 1YRZA 1CVNA 1LECA 2ZGMA 2ZGQA 4K1HA 1WBLA 1INVA 2JJ6A 2YA6A 3H71A 3HN1A 2F13A 4MWQA 4X49A 1N3PA 1DQ0A 2EXJA 2XZJA 1QGLA 3M3QA 2VWDA 1V0ZA 2DVDA 3NWKA 4K1ZA 2ZGLA 3POSA 1ULDA 1INGA 3SNMA 2QWGA 4PCRA 2XCYA 4X6KA 2D3RA 1IS5A 3FFZA 3ZXJA 4WEFA 4WV8A 5HUMA 3BOPA 1S0DA 4R9BA 4FPLA 3ZXEA 3AZYA 4YM3A 4Y20B 4I30A 4MJUA 1GSLA 2V73A 5CB7A 3V0AB 1Q8PA 3JU4A 3INAA 1LHUA 3H6JA 3UL2A 1DQ4A 1JN2P 5T55A 4M01A 1DIWA 3UK9A 5E88A 4XJAA 1WLCA 1JUIA 1QMJA 1AF9A 3FUQA 2WNEA 2GNTA 1CN1A 1WCQA 3GVKA 2DU0A 3N7MA 2DVBA 2GNDA 3AYAA 3RMYA 2WQZC 2QWCA 4Q1PA 1GZCA 2ZHKA 3ZVXA 4JF7A 1ENRA 2AENA 4BLIA 4Z8BA 3ALXA 3K38A 1Z4YA 1W6NB 1XOEA 5JOYA 3NV2A 2BERA 4MWWA 1NNCA 1N1TA 3TICA 2D43A 2DTWA 1Q8QA 4MYEA 4LBOA 1Z4XA 3AP6A 2D6MA 5T5OA 4H55A 1GYKA 1MZ6A 2NN8A 4TZDA 4LBMA 1R1ZA 2DVAA 1QOSA 4ATEA 1VLNA 5GLUA 1FAYA 2F11A 3WDUA 1WCSA 3O12A 2UWAA 1BZWA 5HCBA 1FNYA 3ZXKA 3MW2A 4MZAA 4WA5A 2C5DA 4ITCA 2PHUA 3MW3A 3AXDA 1RIRA 3CNAA 3VV1A 1SBDA 3PVNA 3D6EA 1UKGA 5GZFA 3HR9A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4E2QA 2FBEA 5BNNB 5FREA 3O1UA 1CVMA 1Q56A 4YSFA 1HRV1 4HVOA 4XF0A 2XJSA 4GWIA 4ISQA 1V3CA 3VBHB 3OY8B 2W38A 4PLNA 1A6CA 1C8M1 1WUVA 3K3NA 4GKYA 4WVMB 1GOFA 3EYPA 3TAYA 5M0TA 2CWSA 1EV11 2WT1A 5EZWA 4RA0A 4OFGA 3DYMA 5FZ6A 2V4VA 2G1MA 4GH4C 3ZXAC 4GZSA 4NOTA 3AB0A 2VTXA 3O5SA 1GICA 4A3XA 2VSMA 2Q1ZB 2B39A 1CAXA 4NPLA 2WLQA 4L7DA 3I3MA 4FPJA 4KWUA 2LUWA 5FZDA 4ZXKA 5JMCA 4H7LA 1WMDA 3RJRA 3VDDA 3VUOA 1ZRFA 1O5LA 2WNVA 1V6KA 4M4UA 1TE1B 1WP5A 4CPNA 2WC2A 3FVZA 2WR9A 4GWMA 1JZ5A 2JDMA 2WZR3 1CAUB 1NAEA 4CSWA 1G9BA 2P3IA 1I5PA 2VH9A 1B09A 1BEV1 1CIYA 1ULGA 2I45A 2PA7A 4G3YC 1STMA 3IBMA 4HOOA 4BQWA 1HN0A 5IK8A 1ODMA 3BEQA 1WD3A 1LU2A 2C1FA 1GMMA 2RS51 5A3UA 4PBPA 4XBNA 2SIMA 4GAZA 2GH2A 5CADA 2HBUA 4KG8A 2FPBA 2VNVA 4YG0A 4IE6A 4MXVA 1QXRA 2YROA 1UOGA 5DXDA 1NCRC 4B4RA 4YY8A 3T0AA 4CCCA 2BEOA 1A8MA 2IAXA 5T5LA 2VCBA 1OFZA 5LY2A 1RWIA 2VOWA 3BTZA 3KCCA 3ATGA 1NCBN 4M3CA 3WP6A 3H3LA 4XBLA 5FOJB 1RUF2 3OYWB 4PIYA 4CRQA 3A72A 2P3KA 4LITA 3KGLA 4QX1A 4E4SA 1GLHA 4AG4A 4AEKA 2PXJA 3B9CA 1NPEA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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