4FPKA

Crystal structure of the nanb sialidase from streptococcus pneumoniae in complex with 2-[(3-methylbenzyl)ammonio]ethanesulfonate
Total Genus 190
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
190
sequence length
658
structure length
658
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYDIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Hydrolase/inhibitor
molecule keywords Sialidase B
publication title Synthesis and structural characterisation of selective non-carbohydrate-based inhibitors of bacterial sialidases.
pubmed doi rcsb
source organism Streptococcus pneumoniae
total genus 190
structure length 658
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2012-06-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4fpkA03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4fpkA01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4fpkA02
4LBQA 4AVSA 3AP4A 1DGLA 5JOWA 2F27A 1S0GA 5DXDA 1JUIA 3D12A 4YZ4A 4MWLA 4R9CA 1SCSA 3FBYA 3R4SA 2YXSA 1C1LA 2NYYA 5H9PA 1F8EA 1WW7A 1CPMA 4MJUA 4M00A 3PVEA 5FRAA 4D8SA 4LBQD 2PHRA 2ZBJA 3K3AA 1QU0A 5E89A 3OBRA 5EWSA 4QN7A 4H55A 2OUHA 4GWNA 4KS4A 3AP5A 1LHVA 3AJYA 4Y20B 1F9KA 1LOCA 3O12A 1XQNA 4BM8A 4YW4A 3CL2A 2ZB5A 4F83A 3ZSJA 4XXPA 3H6JA 1NN2A 4BLIA 1ULFA 1WD4A 4XHBA 2E7QA 4YZ1A 4FZHA 4K3YA 1GLHA 2CTVA 4XJQA 1DQ5A 1WLCA 3BODA 1G9BA 1Q8OA 1AXZA 1S0JA 3VV1A 4YGDA 2NM1A 2PHWA 2G4IA 4TYSA 3ZYRA 3WOGA 2VXRA 1MVEA 3AJZA 2WJSA 4IQPA 2VSMA 2ZGLA 1H30A 2AEPA 4GALA 2PHTA 4GZSA 2C4AA 2VW0A 5B2CA 2VK5A 5E88A 1ZM1A 1EURA 1W1XA 3TI6A 4KS2A 1E8TA 1W6QB 1NCDN 2A6ZA 4MZAA 4M01A 2WT2A 5IK5A 2XZJA 4MJVA 4AGGA 2E6VA 5DUUA 1YXWA 2ZGTA 2GMMA 3SALA 5HX0A 4FPEA 2ZMLA 2QWFA 1C1FA 1GNZA 2D6PA 1A4QA 1NNBA 1UMZA 3B7EA 4WA5A 4K1KA 1NMAN 3OGGA 1LGBA 3K39A 3A0NA 3CNAA 3SH3A 4DPNA 4ISRA 4FPLA 2DTYA 4WZFA 3AK0A 1WLWA 3IPVB 3ENRA 2QWGA 1S0EA 2WSUA 4LBMA 1MZ5A 4NCSA 2DURA 2DV9A 5DUXA 2SIMA 1WW6A 1PZ9A 4XMIA 3VUOA 3AP6A 2EAKA 3V0AB 1INFA 1V6MA 1GICA 4Q8LA 5GLVA 3ZSMA 3V0BB 1LOBA 3T1LA 4Y22B 1Z4VA 1OKQA 3GNEA 5GZDA 1IS6A 2YA5A 3R05A 3WDVA 1L7HA 5JMCA 4GDIA 4YW5A 2W52A 1AJOA 2W39A 3VKMA 3TAYA 1A3KA 3BOPA 2EXIA 3VKLA 1EUSA 2B8HA 1TEIA 1HQWA 5SV8A 5EYXA 4QN3A 4XIKA 2C4LA 5E8AA 4YZ5A 5GLZA 1Q8QA 1S0CA 2NMNA 2C5DA 3BTAA 4YW3A 1KJRA 4XTPA 5JOXA 1MR5A 3SH4A 3WUDA 2UURA 3AXEA 4P9WA 3CKZA 1N1VA 2ZA9A 1AX0A 3LCPA 1WUVA 2AGSA 2LALA 1W0OA 4NOTA 4AWDA 4B7MA 5AVAA 1GYKA 5HUNA 1I3HA 1IKQA 4Q1PA 4HL0A 2RHPA 1NCCN 3WUCA 3CL0A 1USXA 1DIWA 3SLIA 2Z42A 3OYWB 1AF9A 4MWUA 5H9SA 4HZWA 1SBEA 3GVKA 3M2MA 1W6MA 1C4RA 1VLNA 3HR9A 3USUA 1Z4ZA 1Q8SA 4GDJA 1C57A 1YYNA 3AZXA 3ZXFA 3WCRA 4M4NA 2ZGQA 2VSKA 4DFSA 4YZ3A 5IUQA 4MC7A 3TI5A 4R9DA 1DQ6A 1NMCA 2GMPA 3AYAA 1PZ8A 4UW4A 1LHWA 1V2IA 1CR7A 3FLTA 1KJLA 4QN4A 2P3IA 5M1ZA 2EXHA 2ZGSA 3WHTA 3ZXLA 1VALA 5DZGA 1W6NB 1G7YA 1DQ4A 1UZYA 2WNEA 4MZEA 1JW6A 5CB7A 1XOGA 2A5ZA 4Y24A 1QKQA 1ULEA 3DUIA 4LBJA 5IT6A 4YG6A 1WLDA 2D3RA 1AXYA 2WLQA 2HYKA 4Y1YA 2SLIA 3I4IA 1J1TA 3OBTA 3D5OA 3WG4A 2EXJA 4X47A 4MX0A 3AP9A 1QGLA 3N7MA 1SBDA 3D11A 1GZWA 2B7YA 2JDZA 2JECA 4YM2A 2WT0A 4JCKA 4WA4A 1LENA 2NP0A 3D4KA 4C1XA 1DIMA 4CTEA 2ZB6A 2WKKA 3TIAA 3AZYA 1SO7A 1Z0HA 1USRA 4GZPA 1LOFC 3DGTA 5F9TA 5DZEA 1GKBA 4GEZA 5JVVA 3APBA 3JUUA 3GVJA 1WD3A 4FPJA 4GZOA 3WG2A 2DU0A 2YROA 3WV6A 4M3CA 4FP2A 1LOAA 4I00A 2R0HA 5IK7A 4XXAA 2SILA 1VCUA 4BMEA 5DG1A 1MS3A 3V64A 3INAA 2R49A 2QWJA 4CPZA 4UW5A 1IVGA 1N1TA 2GNDA 1G86A 3AFKA 2BF6A 3AZVA 3H72A 1AXKA 3QCWA 6NN9A 1DYPA 3MW2A 2DVFA 5KXDA 3B69A 4K20A 1FATA 3MW3A 2F25A 5B2DA 4CPYA 4LBQB 1F31A 4CPOA 4MWXA 4HZVA 2W68A 1W8OA 3M3OA 1Q8PA 4D69A 4ISQA 3B01A 3TI3A 1LESA 3N36A 5GM0A 3ILFA 3BEQA 2GNTA 2ZMNA 4BLJA 1QDOA 4M4UA 3NV3A 1S0IA 3ILNA 1QNWA 4UW6A 4BMBA 2VK6A 2HTYA 1NNAA 4BOWA 2DTWA 1CVNA 2VH9A 2VK7A 4M3CE 3WDWA 4Q6KA 1A14N 1A8DA 1LCLA 2ENRA 4ZKTB 2F11A 4Y1ZA 4H52A 1V3CA 1VIWB 2I2SA 4B7JA 4K1IA 7NN9A 2YZ4A 2P3JA 2YDPA 4WVWA 1IS5A 4FOWA 2OVUA 1ENQA 4RA0A 3PJQA 4PBPA 3O0VA 4X4AA 4R9BA 3N7JA 4GA9A 1G8WA 3RMXA 4W65A 1DQ0A 5CAZA 3POYA 4YW1A 3M3CA 3GVLA 3AYCA 1NCAN 2CNAA 4DRRA 3RG0A 1HLCA 1ENSA 1V3DA 3AX4A 4XMAA 3AP7A 4FP3A 3V65A 3T2TA 4NC5A 1JYIA 2A6WA 2EALA 1VAVA 1GANA 4PBOA 1PZ7A 4XIOA 2OW4A 4KS3A 1I1EA 4I30A 3GALA 3WHUA 3W59A 4NO4A 5JOYA 1F8DA 4GZTA 1W6QA 3ASIA 4FPFA 4HZZA 1WBFA 4QNPA 4CZSA 1SNTA 4FVVA 1F8CA 5GALA 2R1DA 2XZIA 3WDXA 1DQ2A 4GZXA 1DQ1A 1F5FA 2EXKA 5DZFA 3TICA 4HZXA 1LEDA 1Q56A 3ZXEA 1LHOA 3JU4A 3W58A 1GZCA 2ZGUA 2A75A 5F5QA 3T1MA 3M3QA 4NN9A 2JJ6A 2P34A 2ZGNA 1LHNA 4FPCA 5GLTA 4GJTA 3RRDA 1IKPA 5FREA 5JDBA 3ATGA 1GNHA 3IPVA 1LJ7A 1AVBA 2QWHA 4Q8KA 2DU1A 3M1HA 1HKDA 4XYXA 2W38A 3FUQA 2AENA 2F10A 3V0BA 3AZWA 2AUYA 4ATFA 3O9KA 3OPZA 3TIBA 1AZDA 4BPZA 2DYCA 2YY1A 1V0EA 3POWA 4CPMA 4XJ8A 3Q9OA 3TB0A 2HTWA 4LBKA 4XDQA 2HT8A 4FPKA 2D7FA 1R1ZA 4H53A 1LU1A 4XBLA 2A70A 2D6MA 1QOOA 1G9DA 2W5NA 2UWBA 1RIRA 2CMLA 3WDTA 2PHXA 4RL7A 1CESA 3UJQA 2VW1A 1ONAA 4YFWA 2CY6A 2QWAA 2R16A 3PVOA 4M3MA 3ZPYA 3IM0A 1Q8VA 2VU9A 1BKZA 4P9XA 4LBOA 4ITCA 1INYA 1V0ZA 2A6YA 3RSJA 2A3WA 4ZXKA 1V0FA 1MS9A 2D6NA 1KDKA 2YA6A 1G9CA 1GZ9A 3ALWA 2TEPA 1L7FA 2EF6A 3NV1A 2DVBA 2W20A 3MEPA 4YG0A 2KM2A 4CPLA 3SNMA 2YA4A 1YIFA 1MZ6A 1UX6A 2ZABA 1W6PA 1W6MB 1UN1A 1AX1A 3ZYPA 3USUB 5T5LA 4M3CF 5JYYA 3OYWA 1EUTA 1W21A 2D6OX 4K21A 2YDTA 1UKGA 3A72A 1VAMA 2XG3A 4WVVA 3SITA 4DGRA 1MS8A 4AVVA 2VUAA 1IVCA 1ULCA 3N7KA 1GSLA 1URXA 2VVZA 3NN9A 1LECA 4XJ9A 3NV2A 3D6EA 3ZXJA 3VKOA 4XILA 4WEGA 4HIZA 2E51A 2HTUA 1QOSA 1SLAA 2GNMA 2H0BA 2A71A 1W6NA 2F26A 2JKBA 3INBA 2X9MA 4Y1VA 2DUQA 4XTMA 3OY8A 4KBBA 4M4VA 4FOVA 2A6VA 2BERA 2HT5A 1NCBN 3W09A 4BQ1A 1SLTA 3ZSKA 2UWCA 4GKXA 4XZPA 3A4UA 2PELA 1N3OA 1F8BA 1QMJA 3M3EA 4K1ZA 5EXOA 4MWQA 4KS5A 4YM1A 1SFYA 2AEQA 1NXD1 3ILRA 3N35A 4UW3A 1V6IA 1N47A 1QDCA 3ZVXA 1E8UA 4WEFA 2PHFA 1V6OA 4PQ9A 4B7NA 2DVGA 3AYEA 4MWJA 4YM0A 1QF3A 2F0ZA 3SANA 4XJZA 4XE9A 3AZZA 1BXHA 5T5JA 1WW4A 4M3CB 1SACA 4FPHA 5HUMA 1FNYA 2YA8A 2DUOA 2ZGOA 1W6OB 3U4XA 3TI4A 2JE7A 1IVBA 4Y1XA 2OUJA 1UZZA 5DUWA 4AGVA 1JOJA 1INHA 1YI7A 2ARBA 2AYHA 1DLLA 2XCYA 3IKWA 3ALXA 1CONA 3IN9A 1O4ZA 4U36A 1INGA 1L7GA 2UWAA 1IVDA 2E7TA 4HZYA 1LHUA 4GXLA 1B9VA 1ENRA 2VWDA 3SILA 4K1JA 1MS4A 4DS0A 4YGEA 3HMYA 1ULDA 2ES3A 4YM3A 5CA6A 5IK8A 3ZSLA 3WDYA 4AVTA 2LTNA 3H73A 2HU0A 2HTVA 2W08A 1HDKA 5GZEA 1SLLA 3RMYA 2QWIA 1QOTA 1SCRA 1B9SA 3N7LA 1DILA 1DFQA 2AREA 1U0AA 1YO8A 1LOEA 1DBNA 5JLVA 1BQPA 4PF5A 5HCFA 1AJKA 5GZCA 3I8TA 1IVFA 5GJ6A 3K37A 3LSEA 4GKYA 2P2KA 3UJOA 1DZQA 3SH5A 2HTRA 3RQ0A 2D6KA 4XOGA 4Y20A 3WCSA 1WCSA 1FYUA 3TI8A 2BATA 4FPYA 2D3SA 1OQ1A 2E53A 2DVAA 4Q2FA 2GNBA 1RINA 2HT7A 1V00A 5T5PA 5HUGA 1S0DA 3QLQA 5BYNA 4XJWA 4UF7A 4K1YA 1APNA 1LOFA 2ZGKA 1LTEA 4XBQA 2JD4A 1NSBA 4P14A 4YGCA 1AX2A 1V6NA 2A3YA 1EUUA 2YMZA 1B09A 1CN1A 5HUKA 4L8QA 4R9AA 1LGCA 1INWA 2GN7A 2QWDA 5H9RA 1WBLA 2ZHLA 1JXNA 4YG3A 4QN6A 1D0HA 3B9CA 4SLIA 3KM5A 5KXBA 5H9QA 2ZKNA 5CBLA 3UK9A 4U2AA 2YA7A 3LSDA 3AYDA 2HTQA 1JYCA 4Y1UA 1SLCA 5EYYA 2CWSA 5DUVA 4ASMB 4GWMA 1GBGA 1LEMA 1H9PA 3SISA 2V73A 1OFSA 4JRAA 1JN2P 1A78A 2BQPA 2RKCA 1ZA4A 3AXDA 4ATEA 3OJBA 3PVNA 1LODA 2WSVA 4FPOB 1BZWA 1V6JA 4Z8BA 4X6KA 3RS6A 4P9YA 2QWCA 1LOGA 5GLUA 5T50A 3HN1A 1NSDA 2NZ9A 2CL2A 4GB1A 1W0PA 4MYEA 2CWMA 5JOZA 1D2SA 4AGRA 2AR6A 3WG3A 1FV3A 5L73A 3B3QE 5GZFA 1Z4WA 3WDUA 1S0BA 1JHNA 2R1BA 4QN5A 1XOEA 4K1HA 3JU9A 3V0AA 3O5SA 4OZXA 2VW2A 2F29A 1Z78A 1NNCA 4Y22A 5HCBA 4YFZA 2R0FA 2EIGA 1V6KA 2ZMKA 3CYEA 3WLUA 3C2UA 1CIWA 3K36A 2D6LX 1MS1A 1BJIA 2WQZC 1IVEA 2D3PA 1FX5A 4FPGA 2NN8A 1E8VA 1WW5A 1MACA 4MWYA 1NLSA 3L2YA 3PMEA 4JC1A 3H71A 4AYUA 2DVDA 1LU2A 2UU8A 1S1AA 3O9JA 1VCJA 3BIWE 2ZHNA 1MS5A 2D43A 3MW4A 1HQLA 4XJAA 1QNYA 4MWRA 1IOAA 5CNAA 1Z4YA 1W20A 3WVJA 2JE9A 4XJRA 2QWKA 4XJUA 4DQAA 4HANA 4GZQA 4X49A 1LGNA 4BBWA 4Q26A 1IS3A 3A71A 3NSSA 4CPNA 2QWEA 3R4UA 2GDFA 2Q5TA 2W5OA 3NWKA 1V3BA 1KDMA 2VY0A 5IK4A 3WG1A 4FVKA 5LK5A 1N3PA 3O0WA 1W6PB 1V6LA 1EPWA 4B7RA 4FOQA 1DHKB 1UPSA 2ZZJA 1CJPA 3O0XA 1A4GA 1CPNA 2QWBA 2DUPA 5T54A 1G9AA 1SLBA 4KS1A 3VKFC 4WV8A 2DWRA 4J9TA 1BYHA 1N1SA 2YV8A 2HU4A 2P37A 2F13A 2F12A 2P3KA 2A7AA 5KXCA 2ERFA 4GZWA 4MWVA 4FOYA 2PHUA 5HCAA 1SBFA 4LBNA 2WT1A 3WNXA 2GN3A 1MWEA 4XHXA 3IMNA 1CQ9A 2ZGRA 3NV4A 3VKNA 1Z4XA 1G9FA 2ZHMA 1FAYA 1SLIA 4YGBA 1N3QA 1NMBN 3FLRA 3OY8B 1O4YA 5NN9A 2A3XA 2ARXA 1Y7BA 4YW2A 1JBCA 4MWWA 1S0FA 1FNZA 1MS0A 2FHRA 1Z50A 3WZ1A 1GZWB 5GZGA 1YRZA 4CRQA 2XZKA 1INXA 3B00A 2F28A 4YLZA 2XB6C 3FFZA 1KITA 3FLPA 2ZACA 4C1WA 1INVA 1FV2A 5KXEA 3UL2A 1IS4A 3MPPG 3POSA 1MVQA 3T1EA 4B7QA 5T5OA 1H9WA 2C9AA 2AH2A 2F24A 4LBLA 4Q27A 4FQZA 3ZXKA 2BZDA 2SBAA 2CYFA 4FQ4A 2FMDA 5T55A 2GALA 5DG2A 3N3HA 1NSCA 4TZDA 2D44A 1V3EA 2NMOA 4DRVA 2ZGPA 1KRIA 3H0OA 4PCRA 1UAIA 4JF7A 1DYKA 3KQRA 5GLWA 3A0KA 1W6OA 1UL9A 1BJQA 1ULGA 2ZGMA 4XBNA 1X50A 2GMEA 2ZAAA 1W8NA 1RITA 1B9TA 1GV9A 3K38A 5T52A 2A6XA 4WA3A 4FJ6A 2V5YA 4Q1RA 1KQRA 4Y26A 4YZ2A 1N1YA 3FUOA 2ZHKA 1WCQA 1LULA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4LBQA 4DEQA 1PMIA 1XC6A 3NJZA 4CDUB 4AVSA 3HRPA 5FO8B 3GJBA 4LXLA 4CUCA 3AP4A 3ZSEA 1DGLA 4O9EA 4KWUA 5JOWA 1S0GA 2F27A 2ATFA 2YHJA 1IHMA 2IXLA 1XBFA 5DXDA 1F4HA 2RG4A 4QHZA 2BNNA 3VDDB 4OZOA 1YC61 3E6BA 2PXJA 1JUIA 2XVLA 3P6BA 1RUH3 3VBRC 2OS2A 1PHMA 3D12A 4IFLX 4YZ4A 5K0UC 4MWLA 1POV3 2D5FA 2JDNA 2XQRA 4R9CA 3FBMA 3LOBA 5GTQA 4A7KA 1SCSA 4LO7A 3FBYA 3JB4C 4Q29A 4QPWA 1PGL2 4CCLA 5AFEA 4QGNA 2EVXA 1YEWA 1R091 5FNQA 1OA2A 1QQP1 3R4SA 5FPAA 2WZR2 1R082 4BH9A 1F2NA 2YXSA 1C1LA 5FOJB 3E5XA 3I59A 2NYYA 2ZS6B 3I2IA 2Q4SA 1IPSA 3VHRA 5H9PA 1RXGA 1F8EA 1WW7A 1CPMA 1OLRA 1RUG3 3T0BA 4CUBA 4MJUA 1I6XA 1XU1A 4M00A 3PVEA 5FRAA 5T3NA 4AFCA 1AR81 1NG0A 5LA1A 5IJRA 1TNFA 4QX8A 5GKAC 4CU8A 5FIXA 4AEMA 2W46A 2J1AA 4LKSA 3PUHA 4O61A 4Z2WA 3N4MA 4HW6A 4EWDA 4HMZA 4D8SA 4LBQD 2PHRA 4WM7A 1PVXA 2P5BA 2GU9A 2ZBJA 1DLCA 2ZX3A 3B7MA 5FYBA 2YGMA 1HB3A 3ZGCA 5LW9A 4ES8A 3K3AA 1CGPA 1QU0A 5E89A 3U14A 4FXGB 2OQ6A 1YUDA 5FZJA 1IPJA 4JX0A 3OBRA 5EWSA 4QN7A 1NUKA 4CCOA 4H55A 3KGLA 4N1BA 3NNJA 5H47A 4IE4A 2OUHA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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