4FPLA

Crystal structure of the nanb sialidase from streptococcus pneumoniae in complex with 2-[(3,4-dichlorobenzyl)ammonio]ethanesulfonate
Total Genus 198
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
198
sequence length
658
structure length
658
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYDIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Synthesis and structural characterisation of selective non-carbohydrate-based inhibitors of bacterial sialidases.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/inhibitor
source organism Streptococcus pneumoniae
molecule keywords Sialidase B
total genus 198
structure length 658
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2012-06-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4fplA03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4fplA01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4fplA02
3AZVA 4LBQD 1BZWA 2AREA 2ARBA 4P9WA 1A8DA 1NMBN 2PHTA 1SACA 1O4ZA 5E88A 4LBMA 2ERFA 3A0KA 4SLIA 1GYKA 3WDXA 2GMEA 1LHWA 1G9CA 2SIMA 3SILA 3WUCA 3H6JA 3D5OA 2HTRA 2DYCA 5GALA 1VCJA 2EXJA 4IQPA 2EIGA 4HANA 5DZEA 1USRA 1UZYA 2D6NA 5CA6A 3ZSLA 2DVDA 1CESA 3MW2A 1N1TA 1N1SA 3WG3A 2DTWA 1G9BA 1LGCA 4XHXA 4YW4A 1INXA 1NSDA 1LOFC 2R1DA 4Q8KA 5JDBA 1W6PA 3FLPA 1D2SA 4M4UA 1C57A 1KJRA 4BMBA 4XMIA 2D6KA 5GZCA 2VWDA 2VXRA 4YW2A 1S0JA 1YIFA 1Y7BA 2ZAAA 2YZ4A 3MW4A 1VCUA 1GV9A 1PZ8A 2P34A 3GVKA 2GMMA 4Q27A 3D6EA 3GNEA 4GZXA 1OKQA 4X49A 2PHWA 3WDTA 4FPGA 2ZHMA 4X6KA 4HZYA 2AEPA 2PHUA 2HT8A 4GZTA 2R1BA 3WVJA 2B8HA 5H9QA 4GKXA 1E8UA 3SANA 4JC1A 2NN8A 2D6MA 3RMXA 4YGCA 1Z4VA 1FATA 5IK7A 4YFWA 1NCAN 4LBKA 2HU0A 1LULA 1E8VA 4GZQA 2Q5TA 2WT0A 1FV3A 5FRAA 3AYDA 1DFQA 3ZSMA 4M3CF 1LGBA 2ZGSA 2OVUA 5H9PA 2QWDA 2AUYA 1NNAA 2CTVA 3WCRA 4ITCA 5JOYA 2F24A 2HU4A 4XJRA 3B01A 2YA5A 1W0PA 1GSLA 1ENRA 5KXEA 4XJ8A 4HZZA 1NMCA 2P3IA 1VALA 3POSA 4K20A 1MS4A 1FAYA 1WD3A 1KRIA 4Q1RA 5F5QA 3O0VA 2HT7A 4CPNA 3SH3A 1EUTA 3H73A 3AJYA 3GALA 2HTQA 1GLHA 1LOCA 3VUOA 1L7FA 4B7RA 1NXD1 3AZXA 2ENRA 1DQ2A 1W21A 1GNHA 1SBEA 4YGDA 5DG2A 1WCQA 4PQ9A 5IK5A 1DQ6A 2F27A 3POYA 3RG0A 1UL9A 1UZZA 4YM0A 2ZGNA 4XMAA 3M3OA 2FHRA 3B7EA 1WW4A 4QN3A 1BXHA 4ATFA 2W38A 2A75A 2WJSA 3ILNA 3AP4A 3WOGA 2F10A 5JMCA 2JKBA 2A6VA 2DUQA 3V0AB 2A5ZA 1FYUA 2BZDA 2JECA 5H9RA 2ZGTA 4FPFA 3PMEA 4D8SA 5GJ6A 2PHFA 2E7QA 3FUQA 2WSVA 2GNTA 4CRQA 3INAA 1NN2A 1LOBA 3TIBA 3IM0A 3JUUA 4W65A 1V6OA 4Y1VA 2ZACA 4QN7A 1JW6A 5IK4A 5H9SA 4MWYA 4XILA 4CPZA 4X4AA 1SBFA 1DQ1A 2ZHNA 4LBLA 1N1YA 1SLLA 4XBQA 3ZXJA 4CPYA 3KQRA 1A4GA 5B2DA 5E8AA 2WSUA 5JOZA 3M3EA 3A71A 3ZXFA 4AGRA 3N7JA 4XTMA 3H0OA 2D44A 1WW5A 2R0FA 1MZ6A 2P3KA 1V6MA 2DTYA 4GJTA 2VUAA 1INGA 1CJPA 1V6NA 3ZXEA 3I4IA 4MYEA 4ATEA 3LSEA 1IS4A 3T1EA 4UW4A 5HUMA 4GALA 3D11A 3TI5A 4DFSA 4GWNA 3FLTA 1ENSA 1V3EA 5CB7A 3SH5A 3WDWA 2OUJA 1V0EA 4FOQA 5T5JA 1WLDA 5GLZA 1BJIA 2JE9A 4XXAA 4ISRA 4XZPA 2E7TA 3ILFA 2GDFA 3LCPA 4YZ3A 1ULFA 2F29A 3JU9A 4Y20A 3VKMA 5DZFA 1NCBN 2VW0A 3HMYA 1S0GA 1UKGA 3KM5A 1WW7A 2DURA 4B7JA 5DZGA 2CWMA 1RIRA 3B3QE 1F8EA 1LESA 2DUPA 2WT1A 4JCKA 3BOPA 2EAKA 4KS5A 1VLNA 1PZ9A 1MACA 2VK6A 4TZDA 3R4SA 4WA4A 2GNMA 3TIAA 5IUQA 1DGLA 1W8OA 1V0FA 2HTVA 3FFZA 5EYXA 4K1JA 3CYEA 1KDKA 3NSSA 4HZVA 4FPYA 3K37A 4MC7A 1G9FA 3RMYA 4FPKA 3QLQA 4XHBA 1LU1A 1DILA 1WLWA 4QN6A 3I8TA 2VH9A 1DIWA 1IS6A 3RQ0A 4QN4A 1W6MA 4BPZA 2A6WA 2E53A 1QU0A 4FP2A 5CNAA 3HN1A 2CMLA 1ONAA 1INYA 1YXWA 3OBTA 2NM1A 2V5YA 4FVVA 4FOVA 1DQ4A 2SBAA 1NNCA 2CY6A 4UW6A 3OGGA 1SO7A 2PHXA 2VW2A 1MZ5A 2A71A 2C4AA 1RINA 5DG1A 1LENA 3V0AA 2G4IA 2YV8A 1Z50A 4R9BA 4ASMB 1OFSA 1V2IA 3UJOA 1INHA 1QGLA 1AZDA 4TYSA 3APBA 4MWJA 1WUVA 5CAZA 3ILRA 2ZMLA 3C2UA 3WLUA 4AVVA 1AVBA 2GNBA 1JYIA 2W52A 2QWGA 4XJZA 1JYCA 1NNBA 3U4XA 1Q8QA 2QWIA 3TICA 4DPNA 3B9CA 2ZGPA 2ZGMA 1MS9A 1G7YA 2OW4A 4M01A 3O0WA 3FBYA 1XOEA 4KS1A 4YW5A 1BKZA 2FMDA 1W1XA 1LOFA 2YA8A 3TB0A 4FQZA 5EWSA 2BATA 4HZXA 5AVAA 3AJZA 3SLIA 3AYAA 2D6OX 3TI4A 1YRZA 2P2KA 1E8TA 4FOWA 4K1KA 1CN1A 2ZKNA 1HDKA 3DGTA 2GALA 1W6OA 2DU1A 3ENRA 2W39A 3WNXA 2ZMKA 1DYKA 2A6XA 5M1ZA 4DGRA 7NN9A 1D0HA 3ALWA 1W20A 4M4NA 2DUOA 1NCCN 2JD4A 2A6YA 2WNEA 1IVCA 4AVTA 2VK7A 3NV3A 5GZEA 5DXDA 2DU0A 4YG6A 1FNZA 4MZAA 3SISA 3VKFC 2QWAA 4XJWA 1WD4A 3WZ1A 3IKWA 1MVEA 2C9AA 1N47A 4UW3A 2EXHA 1MS5A 2CYFA 1YYNA 1ULCA 5KXDA 4BMEA 3D12A 2UURA 4YG0A 1JXNA 3R05A 4U36A 2B7YA 2OUHA 3WG2A 3BIWE 1N3QA 5T52A 1B9TA 1I1EA 4GZPA 3V0BB 3NV2A 4MX0A 4Y20B 4AWDA 4K1ZA 4GZWA 3OY8A 5NN9A 2H0BA 1N3PA 1Q8OA 2GN7A 2QWEA 4J9TA 5GLWA 5LK5A 4K1IA 5FREA 3RS6A 1V6LA 3BTAA 1ULDA 2F12A 4MZEA 3ZVXA 4P9XA 4XOGA 1Q8VA 4HIZA 2UU8A 2JE7A 1EURA 5HUGA 1ZA4A 1S0DA 3AP7A 2LTNA 4HZWA 1CIWA 1S1AA 4BBWA 2UWCA 2YXSA 2YDTA 2A7AA 1DZQA 4M3CA 4XYXA 5B2CA 1AJKA 5DUWA 1QNYA 1IVBA 1W6QB 1S0EA 1Q56A 5DUVA 1S0IA 2AR6A 1W8NA 4WEGA 2XZIA 4LBOA 3OJBA 2BF6A 1Z0HA 2QWHA 3CKZA 4Q1PA 2XB6C 1HLCA 2DV9A 2RKCA 4AGVA 4L8QA 1V3BA 3AP5A 5HCAA 1UPSA 1W6MB 4XJQA 4LBQA 1IKPA 4M4VA 3MPPG 4K3YA 1INVA 1DBNA 3SITA 1BQPA 3AYEA 4LBNA 3AP6A 1B9VA 4MWLA 1BYHA 2C4LA 2P3JA 5GZGA 1VAVA 3RRDA 3B00A 2F25A 2A3YA 2NZ9A 3T1MA 1B09A 1LODA 3NWKA 3OBRA 1LOGA 1UN1A 1Q8SA 1Z4ZA 4CPLA 1DYPA 2ZGQA 1CONA 3ALXA 1A78A 1LOAA 3T2TA 4M00A 3HR9A 1V3DA 1F8BA 4QN5A 1QOOA 2VK5A 4FP3A 1GZWB 2YA4A 4XBLA 1NCDN 3WG4A 1XQNA 2CNAA 5HX0A 3DUIA 4YZ4A 5DUXA 5GLUA 2PELA 2A70A 4Q6KA 2ZA9A 4MWVA 1DIMA 2AH2A 2A3XA 4FPEA 4YGEA 2JDZA 4ZKTB 1GANA 3Q9OA 5GZFA 4X47A 3JU4A 1IVDA 2A6ZA 4GDJA 1INFA 3H72A 4P9YA 5T5PA 4DRRA 4H55A 6NN9A 3ZXLA 2VY0A 4BM8A 2RHPA 1DHKB 2EALA 1JOJA 5BYNA 1WW6A 1LCLA 4GWMA 2WKKA 1AJOA 4GEZA 3UK9A 4NN9A 4MWQA 4UF7A 4RL7A 1W6OB 4KS4A 4CPOA 4R9DA 2QWBA 5HUKA 1N3OA 2NMOA 3B69A 4I30A 4DRVA 3TI6A 1LEMA 2ARXA 4KBBA 2I2SA 1YO8A 1CR7A 4YM2A 1SBDA 2ZGRA 4WEFA 2XZKA 3N3HA 1V0ZA 1GICA 5EYYA 4MJUA 1S0CA 4BLJA 3V0BA 2GNDA 2NMNA 3VV1A 1O4YA 3VKNA 2GMPA 2ZB6A 1MS0A 5GLTA 3GVJA 1GZ9A 4YZ5A 1SLBA 1KJLA 2R49A 5JOWA 3NN9A 2BQPA 4GXLA 2WT2A 1ZM1A 4MJVA 3FUOA 5DUUA 4FPLA 1C4RA 3A0NA 3W09A 4AGGA 4WVWA 2QWKA 2W20A 3WHTA 1SNTA 1YI7A 3OY8B 3UJQA 1INWA 4Y1UA 4AVSA 4ZXKA 1LHNA 1W6QA 1LHUA 3ZSKA 3RSJA 3SH4A 5JOXA 1GZCA 1CPMA 1W6NA 1MWEA 2XCYA 4CZSA 1KITA 4R9AA 4K1YA 3N7KA 1SCSA 1LJ7A 4XE9A 2QWCA 1USXA 5JLVA 1UMZA 3NV1A 4M3CB 4YM1A 1V6JA 2E51A 3IMNA 4YG3A 2HTUA 2YY1A 3LSDA 2CL2A 4YFZA 4KS3A 1AX2A 1J1TA 1LHOA 1MS3A 2YDPA 1A14N 1QOSA 3TI8A 3ASIA 1KQRA 3AZYA 3O0XA 2VVZA 2AENA 2QWFA 4PBPA 1L7GA 3PVNA 4NC5A 5EXOA 4LBQB 4Q26A 4CPMA 1F5FA 1N1VA 1Q8PA 2VW1A 1Z78A 5IK8A 1ENQA 4FQ4A 1F9KA 3OYWA 1CPNA 1A4QA 2SLIA 2TEPA 1GZWA 2GN3A 3INBA 2D43A 3WDUA 5KXBA 1PZ7A 2C5DA 2D6PA 1JN2P 2V73A 4YW3A 5CBLA 3CL0A 2DVGA 3M3CA 4CTEA 4GKYA 1L7HA 3AXDA 1SFYA 3QCWA 1JUIA 3BODA 1XOGA 2NP0A 3M1HA 1QMJA 1AF9A 2AGSA 5T55A 1JBCA 1S0FA 4NOTA 1MVQA 1CQ9A 3N7LA 4LBJA 3OPZA 2R0HA 3N35A 1WCSA 4KS2A 4UW5A 1AXYA 3AYCA 3D4KA 2LALA 1Z4WA 4Y22A 1G8WA 1HKDA 4MWXA 3R4UA 4JRAA 1WLCA 1OQ1A 4MWRA 3ATGA 4NCSA 2SILA 1SLIA 1WBFA 1C1LA 4JF7A 1QDOA 5HUNA 1APNA 1URXA 4RA0A 4WVVA 4YW1A 1V3CA 1I3HA 4XDQA 1C1FA 2ZMNA 3IPVA 4XJAA 2HTWA 1F8CA 2P37A 3ZXKA 1KDMA 4XBNA 2ZABA 3H71A 1DQ0A 3ZSJA 4D69A 1LEDA 4Q2FA 4GB1A 3V65A 4DQAA 5T54A 1MS8A 3K36A 4B7QA 4Y1ZA 1Z4YA 3TI3A 4WA3A 3AZWA 2ZGOA 2ZBJA 2D6LX 2F0ZA 4AYUA 5HCBA 3VKOA 2AEQA 4BOWA 4YLZA 1ULEA 3K3AA 1NLSA 4PCRA 3A72A 3N36A 2JJ6A 2ZHKA 4B7NA 5T50A 2AYHA 4XTPA 4K1HA 2EXKA 1MR5A 1V6KA 2F11A 2VSKA 1LECA 2UWBA 3CNAA 4Q8LA 1MS1A 4OZXA 4I00A 1F31A 4NO4A 2F28A 2EF6A 1W0OA 1IVGA 2KM2A 2WLQA 2D3SA 3ZYRA 4C1WA 4Y26A 1U0AA 4PBOA 3AFKA 4F83A 3UL2A 4Z8BA 1H9PA 3POWA 1AX0A 3M3QA 2VU9A 2W5NA 1S0BA 3MW3A 2Z42A 3USUB 2DVAA 1UX6A 1JHNA 3SNMA 3TAYA 4FVKA 2D3RA 2QWJA 4Y24A 1W6NB 1WBLA 1V6IA 1F8DA 4U2AA 4XXPA 1G9AA 1GNZA 2ZGUA 4FZHA 3O9KA 2ZB5A 1BJQA 3WCSA 1G9DA 1IOAA 1GBGA 3BEQA 4XIOA 1IS3A 1FX5A 2UWAA 1HQWA 2WQZC 1G86A 1UAIA 3K38A 4FPOB 3N7MA 4FPHA 1AXZA 3WV6A 2A3WA 1IS5A 3V64A 1LOEA 5L73A 2ZGLA 3L2YA 1SLTA 1NMAN 1VIWB 4H53A 2D3PA 3AK0A 3IN9A 2HYKA 3AZZA 5T5LA 4DS0A 4C1XA 3A4UA 3MEPA 2VSMA 2W68A 3WDVA 1IVEA 1FV2A 1SCRA 3OYWB 1H30A 4Y1XA 4ISQA 4Y1YA 1RITA 1NSBA 3GVLA 3ZYPA 4GZSA 4GZOA 3K39A 3AP9A 1LTEA 3WDYA 3PVEA 5JYYA 2YMZA 1GKBA 4B7MA 3CL2A 2PHRA 1H9WA 4FPCA 2CWSA 2D7FA 3FLRA 1ULGA 1NSCA 5E89A 2DWRA 4QNPA 4YM3A 1SLAA 1EUUA 3WUDA 3WHUA 1EPWA 4H52A 3W59A 1LU2A 5GM0A 1W6PB 4HL0A 2ZGKA 2ZZJA 4WV8A 3AXEA 2W08A 4GA9A 4Y22B 2F26A 1A3KA 1DLLA 2NYYA 5IT6A 3ZPYA 1SLCA 4M3CE 4YZ2A 1CVNA 1EUSA 2HTYA 2ES3A 3IPVB 1QDCA 1LHVA 1X50A 1IVFA 4MWUA 2W5OA 3PVOA 1Z4XA 1QF3A 3T1LA 1QKQA 3PJQA 1VAMA 4K21A 4YGBA 5F9TA 5HCFA 2XG3A 2R16A 2BERA 4MWWA 3W58A 1AXKA 2E6VA 4WZFA 4GDIA 5T5OA 2YROA 5SV8A 2DVFA 1DQ5A 3WG1A 2XZJA 1QOTA 5KXCA 1QNWA 4XJUA 2HT5A 3SALA 4XJ9A 3USUA 1IKQA 4FPJA 1R1ZA 3NV4A 2EXIA 3M2MA 4XIKA 4P14A 2YA6A 4FJ6A 2YA7A 1FNYA 2F13A 4M3MA 5JVVA 1TEIA 4YZ1A 3VKLA 4BLIA 1V00A 3AX4A 4WA5A 3O5SA 3O9JA 1AX1A 5GLVA 5GZDA 1B9SA 1LGNA 4PF5A 4FOYA 2DVBA 1HQLA 4BQ1A 3O12A 2X9MA 2ZHLA 4R9CA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3AZVA 4IE0A 3AMHA 4LBQD 2DF7A 1NAEA 1AYN1 1BZWA 1FPN1 2AREA 2ARBA 4IXLA 2ZKLA 4P9WA 2BRTA 2Q8EA 1W9FA 4CU7A 2XOMA 1FMD1 2XJRA 3SKVA 4HG6B 1L3JA 4PIZA 2MNGA 5I8YA 1X2JA 3OBAA 1A8DA 1NMBN 5FZAA 2PHTA 1HB2A 4BYYA 1ZZBA 5EZWA 4CXYA 1V70A 1RHI2 1SACA 4CEYB 1O4ZA 3IMMA 5F8PA 3AB0A 1QJY1 1ZYBA 1O6UA 3G6JB 4BZ4A 5L19A 1CWPA 3GJAA 3S94A 2HEVF 2Y0IA 4AFDA 3MHZA 3MF6A 3PUSA 4V2WA 5E88A 2OIIA 4LLFA 1UOGA 3AKPA 1PIV3 4LBMA 4EN7B 3NQHA 3UGGA 2ERFA 1XYNA 5FOBB 3JD71 4O5SA 4XUTA 4MADA 4QXBA 1SZBA 1PO23 1YFXA 4D3WA 1MEC3 3POIA 4UAPA 1ZRDA 3A0KA 3WNMA 4SLIA 3T2OA 5GTQA 3FC0A 2FDKA 3OD0A 5BNPA 1GYKA 4MGTA 3WDXA 2GMEA 1PIV2 2DDUA 2WYSA 1E1AA 4ONUA 1LHWA 3NKGA 3WQ7A 2ZTNA 1ZRIA 3I2HA 4QM9A 5C4WB 1PO22 3J7LA 3OUIA 1G9CA 4DXRA 2ZCWA 3D0JA 3H8RA 3NJZA 2G1MA 1MQTB 1CZSA 5A6YA 1R092 4CDUB 2DCZA 4OHXA 3MDPA 3ZFEC 2SIMA 3SILA 5JR2A 3WUCA 1RUD1 3ZDSA 3H6JA 3VZLA 3M70A 1DG6A 4COVA 3D5OA 1RWLA 1OMIA 4XUOA 2W5FA 4C0HA 3NNJA 3OUJA 2HTRA 2DYCA 1V0AA 3MIGA 5GALA 4Q4V1 3ZFEA 1VCJA 1D4VB 2EXJA 1W8WA 1S2EA 5JUVA 3J7MA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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