4FPLA

Crystal structure of the nanb sialidase from streptococcus pneumoniae in complex with 2-[(3,4-dichlorobenzyl)ammonio]ethanesulfonate
Total Genus 198
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
198
sequence length
658
structure length
658
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYDIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase/inhibitor
molecule keywords Sialidase B
publication title Synthesis and structural characterisation of selective non-carbohydrate-based inhibitors of bacterial sialidases.
pubmed doi rcsb
source organism Streptococcus pneumoniae
total genus 198
structure length 658
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2012-06-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4fplA03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4fplA01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4fplA02
1DZQA 3IKWA 1GSLA 2HU4A 5T54A 1CESA 1Q56A 2NN8A 3BEQA 1IS3A 2HTVA 4GZSA 4WEGA 1JOJA 1JYIA 1LU1A 1LECA 5T5LA 4Y1YA 2D6KA 2DVAA 4M4UA 3B00A 4YLZA 1NCDN 3AZVA 4FOVA 2OVUA 3V0AA 1EUSA 1JYCA 1MR5A 2F0ZA 1S0DA 1INHA 4KS3A 5BYNA 2A6ZA 1NNBA 1USXA 1HKDA 3WDTA 1MZ5A 2YZ4A 1Z4XA 2OW4A 1F9KA 2ZHMA 4Y1VA 2XCYA 1CPNA 3AK0A 3ZXKA 3WNXA 5GZCA 2PHRA 2GNDA 2F28A 4CPNA 1DLLA 3IMNA 2UURA 1XOEA 1SLAA 3WCSA 5GM0A 1V6OA 4DS0A 2VK7A 3AJYA 4KS1A 1RINA 3WUDA 2AYHA 4GEZA 1ULDA 4YW2A 1WCSA 3V0BA 3OJBA 4CPZA 4FPEA 3B69A 4Z8BA 1E8VA 2F29A 1IKPA 4K20A 4Q2FA 1LOGA 6NN9A 2B7YA 3OPZA 1DQ1A 1O4ZA 3WLUA 1YI7A 3ZYPA 1ENQA 4LBLA 4FOQA 2W5OA 3H71A 1MS5A 2WSUA 1CPMA 5DUUA 3POYA 1MS3A 3IN9A 5GJ6A 5HCFA 1GICA 1CQ9A 3AYEA 4M3CB 1Q8PA 1Z78A 3AP4A 1NNAA 1Q8SA 4NC5A 2QWBA 4Q8LA 4YZ5A 4GZQA 2F11A 3NV3A 1JBCA 2A6VA 2QWHA 3O9KA 4MWXA 2SBAA 1V00A 3FLRA 4DQAA 2EXKA 3B9CA 2JD4A 3D5OA 3N7MA 3WV6A 5GZDA 4B7MA 3SANA 4P9WA 4KS2A 3K3AA 1SBDA 1R1ZA 3NV1A 4DGRA 4XILA 4MX0A 1ULEA 1NSCA 3INBA 1CONA 3H6JA 2RHPA 3WG1A 4FPHA 2YA5A 1AX2A 4YW1A 1NMCA 4U36A 1Z4VA 4LBKA 1LJ7A 3SILA 4WZFA 1JW6A 2CNAA 1SLLA 1N3PA 3TIBA 4Y22A 1UKGA 1NMAN 5T5OA 4XDQA 4Y1XA 4I30A 2PELA 2BATA 3MEPA 5T5PA 5HX0A 4Y1ZA 3GALA 5F5QA 3UJQA 1CVNA 1W6NB 3W59A 5KXCA 3WG4A 1V0ZA 4K1ZA 2GNBA 2R1DA 2ZA9A 3NWKA 4UW5A 4FPOB 1B09A 1VCJA 1Z4YA 3AXDA 4JC1A 1G7YA 1B9TA 1LOEA 1S1AA 1GLHA 4W65A 1V3EA 4YM1A 1KDKA 1QDOA 5GLVA 2SIMA 2A75A 5HUMA 2YDPA 1LGBA 3FFZA 5KXDA 2CWSA 2B8HA 4F83A 3QCWA 3SALA 5F9TA 1D0HA 5GLZA 3CKZA 1AXKA 2HT5A 1SLBA 2HTUA 3AP5A 2ZGLA 1A3KA 4RA0A 1FNZA 3SH4A 1UPSA 4GZOA 2EALA 4H53A 3K36A 4QN6A 2E53A 4YFWA 4K1JA 3D6EA 4ISQA 1A78A 1GYKA 4FQ4A 4MJUA 4YZ4A 2BQPA 1MVEA 2GNTA 2AREA 2VY0A 4QN4A 1UAIA 1XOGA 3M3OA 4WVVA 3R4UA 3CYEA 2D3SA 3POWA 1IOAA 3WDVA 2WT2A 3W09A 4QN7A 4X49A 2D6NA 4R9CA 2NP0A 2EXJA 2WQZC 1Z0HA 3HMYA 3U4XA 5M1ZA 1BJIA 3A0NA 1L7GA 4X6KA 4XMAA 2WNEA 4YM3A 4GB1A 1GZWA 1LOFA 1FV3A 1W6OA 2DURA 2ZZJA 4FP2A 2ZKNA 4MWWA 2JKBA 5L73A 2F13A 4MWLA 1W6MB 3SISA 1EUUA 3O12A 1BQPA 3M1HA 4GWMA 5CAZA 3TI4A 3QLQA 1OQ1A 2OUJA 4Y1UA 4C1WA 3CL2A 4XIOA 3GVKA 3O0XA 1MZ6A 3PVOA 4PBPA 1W6PA 1S0BA 4FPLA 2C9AA 1DQ4A 4LBMA 3WG2A 3AZZA 2DVBA 4FVKA 3VKMA 2C4LA 1DYPA 4YM2A 3WUCA 2UWCA 3AYCA 4GZXA 1DQ6A 4DRRA 1WLWA 4YG6A 1GZ9A 3ZPYA 1DGLA 1LHNA 3SH5A 3D4KA 4BMEA 3PJQA 4UW6A 5DZGA 1G9BA 2DVGA 4ZKTB 5DUWA 5B2DA 4LBQB 2GN7A 2DUPA 2YV8A 3ZSMA 2A3WA 2F25A 3HN1A 1DIWA 4Y22B 3DUIA 1GKBA 2A6WA 1LODA 3BOPA 4WA5A 1VCUA 1NCBN 3B3QE 3WDWA 3FUOA 2ZB6A 1PZ9A 4MWUA 2QWFA 2OUHA 3T2TA 2YROA 5HCAA 2DYCA 2QWJA 1AJKA 2DVDA 4FJ6A 1GNZA 3FLTA 2HU0A 2VWDA 2DU1A 3AP9A 4UF7A 2ZGPA 1NSBA 2JDZA 5JVVA 4Q6KA 1DHKB 2E7QA 1RITA 4XBLA 1QOTA 1N47A 4IQPA 3ZXFA 3VUOA 2LALA 3L2YA 5LK5A 4FPJA 4HZXA 4MWQA 3OY8A 2VSMA 3WZ1A 1NSDA 1WD4A 1W0PA 1V3DA 4XHXA 4KS4A 1HLCA 3PMEA 1W8NA 1NXD1 1VAVA 3N7KA 2GN3A 3TI5A 3PVNA 1F8EA 2CL2A 1S0IA 3TICA 4PBOA 1CN1A 1V0EA 2NM1A 3T1MA 3GVLA 1SLCA 1UL9A 1MS9A 1V6LA 2D6LX 1S0JA 2YXSA 2DUOA 4JF7A 3ZXEA 3GNEA 3APBA 2ZHLA 5T52A 2XZJA 3AX4A 2YA8A 2HTYA 3POSA 2VSKA 4XJAA 2R16A 1G9FA 4M3MA 2R0HA 1JN2P 3IPVA 2YA6A 5KXBA 1NNCA 1VLNA 4MWYA 1C1LA 4BQ1A 3WOGA 3N35A 3N36A 1JUIA 4Y20A 3H72A 2EAKA 4K1HA 3HR9A 4WVWA 3AYAA 7NN9A 1W6OB 4BPZA 1YIFA 5JOWA 1VIWB 4PCRA 2E7TA 4M3CF 3INAA 1C4RA 1H9WA 1FAYA 2D6PA 1MS8A 4YGCA 4XJ9A 1Q8OA 2BERA 3RMYA 3W58A 4WA4A 4M01A 1BYHA 1KRIA 2W38A 4CPYA 1NMBN 2A70A 3O5SA 4GWNA 2DTYA 1BJQA 1E8UA 1C1FA 3OGGA 1G9CA 2YDTA 2DUQA 4M4NA 5JYYA 3M2MA 4LBQD 4K3YA 1YO8A 2ZABA 1L7HA 2D3RA 2V5YA 4B7QA 3ZVXA 1HQLA 5GALA 1NLSA 2ARXA 2WLQA 2YMZA 4X47A 2QWEA 1LENA 4M3CE 2ZB5A 1W0OA 1WCQA 3USUA 1CR7A 3VKNA 2QWKA 1E8TA 1F31A 4R9DA 3RS6A 2ZGSA 2NMNA 1SBFA 4DFSA 1GBGA 1ULCA 4ATEA 3VKFC 3H73A 4D8SA 2WSVA 1AVBA 2D43A 2ZGQA 1DFQA 4XE9A 2ZHNA 4XXPA 2DU0A 4ISRA 1V6MA 1ULGA 2D7FA 4XJ8A 1G8WA 5IK7A 1S0FA 4D69A 1URXA 3PVEA 1IVGA 3D11A 2H0BA 1LULA 2ZMNA 3BTAA 1W6QA 2YA7A 3O0WA 3LSEA 3ZSLA 2W08A 1MVQA 3OYWA 3O0VA 3V0AB 1HQWA 3OY8B 2ERFA 1LGCA 1JXNA 2ZHKA 1LESA 1A14N 1DIMA 1QMJA 2PHWA 1AX1A 2JE9A 3O9JA 1SLIA 4K1YA 2GMEA 1WLDA 2Z42A 4DPNA 2W20A 2F12A 3WG3A 3H0OA 1A8DA 4MZEA 1LHOA 3TAYA 3ZXLA 1OFSA 1J1TA 3WHTA 4XJWA 4HIZA 5JDBA 3K39A 1FNYA 1DBNA 3FLPA 1W8OA 2W5NA 3N7LA 1A4GA 4GA9A 5DXDA 4P9XA 1I3HA 2YA4A 4LBJA 1LHVA 4FPFA 2A6XA 5GLUA 1QKQA 3N3HA 4XXAA 5B2CA 4WEFA 3V0BB 1AJOA 2GALA 3WDUA 5GZGA 2W68A 2CY6A 4BMBA 2VUAA 2HTQA 3AYDA 1G9DA 4KS5A 5H9SA 3GVJA 4WA3A 1B9SA 5JMCA 3SH3A 5E88A 1X50A 1FYUA 2FHRA 1MS1A 4K1IA 2X9MA 4HANA 2VW0A 2P2KA 3LSDA 2VH9A 4R9BA 4KBBA 3TI3A 1LU2A 4XOGA 5NN9A 3WCRA 1GNHA 2JECA 5SV8A 4CZSA 4UW4A 4XBNA 1LEDA 4YGEA 2EXHA 4U2AA 4MC7A 4LBNA 1S0EA 4CTEA 5JLVA 4XJRA 4K1KA 1Q8VA 1N1VA 4CPLA 4PQ9A 2E51A 3BODA 4M3CA 3TIAA 4JCKA 2GMMA 4Y26A 2AR6A 1CIWA 1UX6A 2HYKA 2QWDA 4FPYA 3ZSKA 4MJVA 4AVTA 4P14A 2ZGNA 3SITA 4QNPA 5HUKA 4XTPA 2VU9A 5FREA 1AX0A 3USUB 1SCSA 1V6JA 1WW6A 2SLIA 4FQZA 3AJZA 1B9VA 1QF3A 1AXYA 2YY1A 4Y24A 4FZHA 4AVSA 1LHUA 2ZAAA 2DV9A 5DG2A 1KJLA 2WJSA 4XHBA 1O4YA 1UN1A 1DQ5A 5T5JA 4YG0A 3WDXA 5AVAA 3RMXA 4SLIA 1Z50A 4UW3A 4XMIA 4CRQA 3TI8A 1V0FA 4FVVA 1V2IA 2BF6A 3LCPA 1FV2A 1USRA 1QOOA 5IUQA 3OYWB 2QWCA 5CB7A 5EYYA 1W6NA 5FRAA 4AGRA 1UZZA 4GKXA 2XZKA 3SLIA 3M3EA 1QOSA 2UWBA 1UMZA 1SACA 1LOFC 2DWRA 5DUVA 1XQNA 2ES3A 4BOWA 1N3OA 3NN9A 2Q5TA 3WVJA 3NSSA 1LCLA 4GALA 1WW7A 1Y7BA 1MS4A 1LHWA 2ZGTA 3BIWE 5EXOA 3A0KA 3ZXJA 4YW4A 4MZAA 3RQ0A 2R49A 1EPWA 1YXWA 1H30A 2XB6C 1SBEA 1IS6A 2AUYA 1N1YA 2DVFA 3ASIA 1SCRA 2WKKA 1F8CA 4YGDA 2C5DA 2W39A 2PHUA 1C57A 2LTNA 4Q8KA 4QN5A 3ALXA 3D12A 3VKLA 1ENSA 4YZ3A 3A72A 4R9AA 5T50A 1CJPA 4B7JA 4XYXA 1YRZA 3T1EA 1DILA 4RL7A 2GMPA 1LEMA 1ONAA 1NN2A 2P3IA 1VALA 1W1XA 1BZWA 4WV8A 2ZACA 4HZYA 4MWVA 3K37A 2NZ9A 3M3QA 1FX5A 4BBWA 2DTWA 5JOZA 1GZWB 4XJQA 4Q26A 2UU8A 1U0AA 4GDJA 3FBYA 1NCCN 2D6OX 4GKYA 2JE7A 3AZWA 4FP3A 1SO7A 4MWRA 1QNWA 2EIGA 3NV2A 2JJ6A 2A5ZA 1NCAN 1DQ0A 4NOTA 1N1TA 3TI6A 4HL0A 1W6PB 1INWA 4AGVA 3DGTA 2A6YA 2SILA 3AZXA 1Q8QA 2I2SA 2KM2A 4P9YA 4XJZA 3ENRA 1W6MA 1LOBA 2HT8A 2A71A 1I1EA 4MYEA 4TYSA 2PHTA 3V64A 3MW2A 2CMLA 5IT6A 1AF9A 3TB0A 2P37A 2AEQA 2ZGUA 2G4IA 2F24A 1EURA 4YGBA 1AZDA 2ENRA 1WW5A 1APNA 1WUVA 4LBOA 1H9PA 1L7FA 2VK5A 4YW3A 4Q1RA 4YZ2A 1Z4WA 5H9RA 2PHFA 1W21A 5GZEA 1EUTA 4H55A 3M3CA 4ATFA 3SNMA 4FPGA 1PZ8A 2P3JA 4Q1PA 4B7RA 1WBLA 1OKQA 1F8BA 4BLJA 2ZGMA 4QN3A 2VW2A 1G86A 2BZDA 2R0FA 1DQ2A 2P3KA 1RIRA 4AGGA 5HUGA 2NYYA 1IVCA 4LBQA 3I8TA 5JOXA 4XIKA 3I4IA 1KITA 2A3XA 5DG1A 1INFA 4H52A 1SLTA 2CTVA 3AXEA 1V6NA 1BXHA 3B01A 3RSJA 3T1LA 1SNTA 3IM0A 1DYKA 3FUQA 2ZGRA 2C4AA 4GXLA 2HTRA 1BKZA 2D44A 3ILFA 1UZYA 3N7JA 1INGA 1WBFA 3B7EA 1GV9A 1A4QA 1PZ7A 4YG3A 2HTWA 1QDCA 5GZFA 2XZIA 1GZCA 5JOYA 1ENRA 5EYXA 1F8DA 1IVDA 1INXA 2ZMKA 2VVZA 3AP6A 1KJRA 3UL2A 1G9AA 1LOAA 1HDKA 4BM8A 2QWIA 3ALWA 1IVFA 4PF5A 2CWMA 1TEIA 2D3PA 1INVA 3MW4A 1IS4A 4I00A 3MW3A 1KQRA 4K21A 4CPMA 2AEPA 3AP7A 1ZM1A 3VKOA 3ILRA 5CNAA 2VW1A 4M4VA 1S0CA 1QGLA 5GLTA 2QWAA 4X4AA 1V3CA 4HZVA 1LOCA 2AENA 2TEPA 1LGNA 3IPVB 3WDYA 4FPCA 4B7NA 3OBTA 5H9PA 1IVEA 3Q9OA 3AZYA 2F10A 4GDIA 1MWEA 5DZEA 3WHUA 3R05A 4Y20B 2FMDA 3JU4A 5HUNA 4HZWA 4ASMB 2F27A 1SFYA 3VV1A 2V73A 1IKQA 5EWSA 4YM0A 2QWGA 1YYNA 2E6VA 4ZXKA 1QU0A 1S0GA 2ZBJA 4FPKA 4AWDA 1V6KA 1W20A 1FATA 4JRAA 3KM5A 5DUXA 3RRDA 1V6IA 3ATGA 2GNMA 4OZXA 5T55A 3UK9A 4DRVA 5GLWA 3KQRA 1ULFA 2ZGKA 3AFKA 1IVBA 3CL0A 1N1SA 2EF6A 5CA6A 5HCBA 2PHXA 4YZ1A 2F26A 1WD3A 2UWAA 2AGSA 4M00A 2W52A 1D2SA 4YW5A 1GANA 2D6MA 1VAMA 3ZSJA 4FOYA 3JUUA 4BLIA 5KXEA 1N3QA 2HT7A 1LTEA 4XJUA 5E8AA 5IK5A 2P34A 3JU9A 4CPOA 4GJTA 4C1XA 4FOWA 2VK6A 4GZTA 3CNAA 2WT0A 5CBLA 4J9TA 3A71A 1MACA 5DZFA 4L8QA 5H9QA 4TZDA 1INYA 1IS5A 2NMOA 1JHNA 1WW4A 3RG0A 3K38A 2VXRA 2EXIA 1KDMA 3OBRA 4HZZA 2RKCA 1AXZA 3V65A 4AYUA 4XZPA 5IK8A 2CYFA 2ZGOA 2ZMLA 3MPPG 3NV4A 3UJOA 4NO4A 1F5FA 4MWJA 3ILNA 5IK4A 1V3BA 1Z4ZA 2AH2A 4Q27A 1MS0A 3A4UA 1ZA4A 4XBQA 4NN9A 2WT1A 4ITCA 3R4SA 3ZYRA 4GZPA 2A7AA 3C2UA 2ARBA 2GDFA 4XTMA 5E89A 1WLCA 2A3YA 1QNYA 4YFZA 4NCSA 1W6QB 4GZWA 2XG3A 2R1BA 4AVVA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3RZGA 4L0PA 1RTVA 1PK6B 2JDUA 3AB0A 5FZ6A 2WYFA 3ZYJB 4NUBA 1DZQA 2PLV2 2KD7A 1GSLA 2TBVA 2YPJA 3IKWA 3VBOA 5T54A 3RZLA 4D94A 4CEWC 3FHAA 2HU4A 1CESA 1R1A1 2RM22 1NQDA 1Q56A 1RUD1 2HEWF 4CA9A 2NN8A 4CEYA 1PIV1 5KHHA 3BEQA 4QXBA 1IS3A 5FZEA 4PHZA 2B9UA 3IT8A 5LA2A 2HTVA 2OQ6A 1RUG1 1NYWA 4GZSA 1PO21 4WEGA 2F17A 1JOJA 4DXTA 2HH9A 2QQWA 4NHLA 2VZSA 1JYIA 4GH4C 1CZSA 1E5RA 5CKQA 4LEJA 4XDOA 1PMIA 1LU1A 3ZN6A 4EROA 3ZMOA 2FBEA 3WP4A 5C7GA 1PGW1 1AL21 1PM7A 1XBFA 4QKNA 3OUIA 2DFCA 2X09A 4L7DA 1LECA 4JGZC 4O61A 4ASKA 2C0ZA 4AHAA 2Y6KA 1UU6A 4Y1YA 5T5LA 3SEPA 4IXLA 2D6KA 2DCZA 2DVAA 4QPGC 2IUWA 3IZOA 5DN2A 4B4RA 1PO13 4M4UA 3B00A 4YLZA 1NCDN 3AZVA 3PIGA 3S6PA 4FOVA 2OVUA 1OOPB 3V0AA 1IPSA 1EUSA 3VNHA 2E31A 1JYCA 1MR5A 2ADDA 3T2PA 2F0ZA 3GHNA 3BGAA 3J7NA 3T08A 3II7A 1ZBE1 3WDZA 1S0DA 1INHA 5FK7A 4KS3A 4RS5A 3S0MA 3LA2A 4IETA 3AKQA 5BYNA 2WN2A 5FPLA 2QE3A 2R30A 2A6ZA 2XJTA 2FDFA 1NNBA 1VBE3 5IAXA 4AAPA 2JEMA 5FQ0B 2VNGA 1VBD2 4HOOA 3X29B 4AI0A 4E2QA 4Q4X2 4E4SA 1USXA 3CJXA 1CIYA 1HKDA 5IW0A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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