4FPOB

Crystal structure of the nanb sialidase from streptococcus pneumoniae in complex with 2-[(3-chloro-4-methoxybenzyl)ammonio]ethanesulfonate
Total Genus 193
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
193
sequence length
658
structure length
658
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYDIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase/inhibitor
molecule keywords Sialidase B
publication title Synthesis and structural characterisation of selective non-carbohydrate-based inhibitors of bacterial sialidases.
pubmed doi rcsb
source organism Streptococcus pneumoniae
total genus 193
structure length 658
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2012-06-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
B PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
B PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4fpoB03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4fpoB01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4fpoB02
1YI7A 1DYKA 2C9AA 4MWJA 1R1ZA 3PVNA 1V3CA 3GVKA 2A5ZA 4B7JA 4HZVA 4WEFA 3N36A 3OJBA 4QN6A 4Y20A 1W6QA 4XJQA 4GJTA 4LBQD 1A14N 3AXDA 4Q8LA 1AX2A 5KXCA 4BMEA 1VCUA 4KS5A 2F0ZA 1Z50A 2VW2A 1KJLA 3IPVB 1WLCA 3GVJA 2VY0A 2R1BA 2HTUA 5GZCA 4H53A 5GZEA 3M3OA 3WVJA 4YW3A 1H30A 3W59A 1LEMA 2SILA 3SALA 3OBRA 1AXKA 2QWEA 3OYWA 1WLWA 2I2SA 4WA4A 1Z4ZA 4M3CF 4FOWA 2JE9A 2OVUA 3WV6A 1S1AA 3WUDA 1D0HA 3R4UA 5T55A 4M4UA 4Q1RA 1E8TA 1VCJA 2R1DA 5JLVA 1W6MB 3U4XA 2YZ4A 4TZDA 1FNZA 3B9CA 4XIKA 5GZDA 1MZ5A 3WDUA 5JOXA 3AZZA 2AREA 2HT5A 3ZXKA 4XJAA 1OQ1A 5M1ZA 4DFSA 4FPLA 1YRZA 1GSLA 1B9SA 4XBQA 2ZGOA 3JU9A 4GWNA 1G7YA 4B7MA 5BYNA 1IVCA 4LBNA 1LOBA 3Q9OA 1DYPA 1F8DA 1UAIA 2ZGMA 3AP6A 4R9BA 3DUIA 2AEPA 3V64A 4Q2FA 2ARBA 3POWA 1LODA 5DZGA 3TI3A 1BZWA 1V3BA 2ES3A 1NNBA 3H6JA 3AJZA 1TEIA 3T1MA 3ILFA 4LBJA 7NN9A 4R9CA 2WSUA 1JOJA 2W08A 4M3CE 4XOGA 1IKQA 2NYYA 3B3QE 1HLCA 4LBQB 2YDPA 4PBPA 1RITA 4FPEA 1N1VA 3I4IA 2CY6A 2ZMNA 3B69A 4QN3A 4XXAA 1D2SA 2LALA 2A6WA 3V65A 1V6JA 3AK0A 2A6XA 4MWVA 3TB0A 1IS3A 3GNEA 4XMIA 2CTVA 1LHUA 2GDFA 1QDCA 3W09A 3JUUA 1FV3A 1LULA 2AEQA 1INWA 1LU1A 1VLNA 5EWSA 1IVDA 1H9PA 1V6KA 1MS8A 1G9AA 1L7HA 2YA5A 2D6PA 4H55A 2GNTA 3VKOA 4TYSA 2F11A 4GEZA 2YROA 3RS6A 2NP0A 1WBLA 4B7QA 1UN1A 3O9JA 4FPOB 1I1EA 4AGRA 4XIOA 4YZ2A 5T5LA 1W8OA 1RINA 1IS6A 1WW6A 3M3CA 4DQAA 1N3PA 2HTWA 2A70A 5LK5A 3PJQA 3M2MA 2TEPA 2A7AA 1IVEA 3VKLA 1LECA 4RL7A 1NSBA 4X6KA 2CWSA 5DZEA 5E8AA 3AYEA 2AENA 1FV2A 1B09A 2P3JA 4ITCA 1O4ZA 1WLDA 3VKMA 4GB1A 2ERFA 3NN9A 1YYNA 1NCCN 1SBDA 2NN8A 2VXRA 4Z8BA 1WCQA 1S0DA 3TIAA 1NMBN 2Q5TA 1DILA 2G4IA 2YA7A 4MZAA 1FNYA 2D6NA 3CNAA 2DVBA 4WZFA 4GDJA 1N1YA 3RQ0A 1NSCA 1Z4WA 3OY8B 2EXHA 4HZXA 3K37A 3TI4A 4YM1A 1G86A 1W0PA 2A75A 1NMCA 4XTMA 1QOTA 1CIWA 3APBA 2HTYA 3B01A 3RG0A 3PVOA 4GXLA 3TI6A 3D6EA 4Y1ZA 2VU9A 2NMOA 4U36A 4GKXA 2ZHKA 2WNEA 2B8HA 4KS2A 3HR9A 4DPNA 1QKQA 5T54A 2B7YA 2UWCA 1DQ0A 2DVAA 3TI8A 1NNAA 4YW4A 2DU0A 2D6MA 3POSA 4YLZA 2DTYA 1PZ9A 2E7TA 3ATGA 3TI5A 2OUJA 4YGBA 1DQ5A 4GDIA 1Y7BA 1QOSA 1IVBA 1LEDA 2PHWA 3SISA 2Z42A 1DQ1A 4K1YA 4HANA 1PZ7A 1IVFA 3SH3A 3B7EA 1AZDA 1V0ZA 2ZGLA 2EXJA 4Q6KA 1DBNA 3AP7A 3L2YA 1NNCA 4B7NA 4FJ6A 3V0AA 1G9FA 1GYKA 1W6OB 2CNAA 1DQ2A 2YA8A 2F24A 4YZ4A 1LTEA 2A71A 4CPZA 1AXZA 1X50A 2D44A 1LOFC 2AR6A 3WG3A 1GNHA 5F9TA 3I8TA 4M00A 4MZEA 3USUB 2F10A 3AFKA 2ZACA 3TAYA 4WVVA 4AVSA 4X49A 3RMXA 4YM3A 2VSKA 1LGNA 2F13A 4NN9A 1DFQA 3UJOA 5IK7A 3H71A 3FLRA 4PF5A 2W20A 4K3YA 4Y1YA 2JKBA 2A6VA 3WUCA 1LHWA 3A4UA 1JN2P 2AH2A 2V73A 4WV8A 3NWKA 2D6KA 5HUNA 3BEQA 2EALA 4HZZA 4FOQA 2GNMA 5DG1A 3BOPA 3LSEA 2QWDA 1NCBN 4CPLA 4UW3A 1W20A 4BPZA 1N3QA 4XYXA 1S0CA 1EPWA 2GNDA 5H9RA 3ENRA 3NV2A 2ZGUA 3TIBA 4NOTA 1OKQA 4XJUA 5T5OA 1UZYA 1JUIA 4DS0A 4SLIA 5EYXA 5NN9A 4XTPA 3RSJA 4FPGA 4M3CB 3QCWA 4WA5A 3ZXLA 1W6NB 1LOEA 1Q8VA 4FPJA 1SLAA 1SLCA 2WT0A 3QLQA 3MW4A 1LOFA 4XJ9A 5CA6A 2H0BA 2PHFA 2OW4A 1A78A 1L7GA 5IK8A 3WG1A 1V00A 4K1JA 4WA3A 2ZBJA 4JC1A 1G9DA 2P2KA 3ZSLA 1EUTA 4XHXA 1VAMA 4UW6A 4MYEA 2GN7A 1G9CA 2AYHA 1HKDA 4C1WA 1VAVA 2HT8A 4FQZA 1KJRA 3WHTA 1CN1A 1VALA 2ZGRA 2ZMKA 1W21A 1LHVA 5E88A 1Q56A 1JHNA 3WG2A 5H9PA 5B2CA 1W6PA 1HDKA 2F28A 3SITA 1KRIA 5H9QA 4AGVA 2PHTA 4BBWA 1N1TA 4Q1PA 3WLUA 3WDYA 1GZWB 2E6VA 2VK5A 1KITA 4P9YA 3GVLA 1G9BA 1E8UA 2HU0A 1MZ6A 2LTNA 2DURA 1C4RA 3ZXJA 3HMYA 4WEGA 1IKPA 1GZ9A 4YW1A 2HU4A 5E89A 2CMLA 3A72A 4YGDA 3INBA 1N1SA 2BATA 4YG0A 3AZVA 2W39A 1WW4A 3D11A 2DVDA 1A4GA 5JOZA 1ULCA 4U2AA 1ULDA 3WDXA 1FATA 1INVA 1XOGA 4GZPA 4XMAA 3PMEA 3D4KA 3NV4A 2CWMA 2CYFA 2DUQA 1BYHA 2JD4A 2UWAA 2F29A 4FVKA 4R9AA 1JYCA 2A3YA 1AJOA 4MWLA 5CAZA 5JOYA 1EUSA 3N7LA 1MS3A 1EUUA 3OPZA 2YV8A 2DUPA 4Q8KA 3O0VA 1S0BA 3K38A 1LOCA 3AXEA 5GJ6A 1ONAA 1SCSA 1NSDA 4HL0A 4FPYA 1QOOA 5CNAA 4NO4A 3SANA 2ZABA 3WG4A 2PHRA 5DUWA 3FLTA 4LBOA 5HCAA 2YY1A 4Q26A 3SH5A 2A6YA 2F26A 1AXYA 1QF3A 1URXA 5GLZA 5CBLA 4Y24A 2ZB5A 4ZKTB 4GZSA 2VVZA 5EXOA 1UPSA 4HZYA 2ARXA 4BMBA 4CPMA 3N35A 2FMDA 2EXKA 4R9DA 3UJQA 1GKBA 1IVGA 1MS1A 4HIZA 2WLQA 4YGEA 5HCFA 1LESA 1AX0A 1V3DA 1ENRA 1GZCA 2HTQA 4RA0A 2VK7A 2X9MA 4XBLA 4K1IA 2QWFA 5EYYA 1NXD1 2ZHLA 3IPVA 5JYYA 4GZOA 2DV9A 2BZDA 1SBFA 2WT2A 3ZXEA 1WD3A 5GLTA 3H72A 4QN5A 1YIFA 2WSVA 4XHBA 4ASMB 1JW6A 4ISQA 3WOGA 5HUMA 4X4AA 1JBCA 3PVEA 3D12A 1SLIA 4Y26A 4WVWA 3HN1A 3A0KA 2DVFA 3RRDA 4XILA 1DIWA 2HTVA 2ZAAA 2YA6A 5GM0A 2VWDA 4MWQA 4GZTA 3LCPA 1CONA 1DQ6A 3VV1A 3IKWA 1V6OA 1BKZA 1MS5A 1XQNA 1W6MA 2F12A 2A6ZA 2BERA 4X47A 1A8DA 5HCBA 2QWCA 4Y20B 3D5OA 1W6QB 1FX5A 5GLWA 4ZXKA 1GBGA 4CRQA 3BIWE 2C4AA 1KDKA 2E7QA 3ALXA 1V2IA 1VIWB 1UZZA 2VSMA 3ZVXA 1MS9A 5JOWA 2VH9A 2P3IA 4FPHA 3KM5A 3TICA 4MWRA 4L8QA 4AGGA 3CL0A 1Z0HA 5T5JA 1Q8OA 1INHA 1AF9A 1GANA 4MJUA 3ZXFA 1CVNA 3A71A 3UK9A 2R0FA 1INFA 2C5DA 3FFZA 4YGCA 2D7FA 1YO8A 5B2DA 2ZGQA 1CR7A 3R05A 5IT6A 3OYWB 3IN9A 1HQWA 2JECA 4FVVA 3N7JA 1GICA 1KDMA 1W6PB 2JE7A 2PELA 1NLSA 4LBQA 1Q8SA 1C1LA 4M01A 4ATFA 3WDVA 4HZWA 1C57A 3AYCA 3BTAA 3CL2A 4KBBA 3WNXA 3M3EA 4XJZA 5HUGA 3ZSMA 3W58A 1LU2A 3OGGA 1O4YA 4LBLA 3ALWA 3O5SA 4FP3A 4D8SA 4FP2A 1ULFA 2E51A 1Z4YA 5DUXA 4CPNA 2F25A 3MPPG 4XXPA 4UW4A 3K39A 3K36A 4BLJA 3AP5A 5DUUA 1QGLA 2EAKA 4K1ZA 2VK6A 4MC7A 1LCLA 1F8CA 5KXDA 2E53A 4I00A 1WCSA 1CQ9A 4KS1A 4K1HA 3O9KA 2ZGPA 3CYEA 1GLHA 3C2UA 2GALA 2ZA9A 2DWRA 5GZGA 4M4NA 1ULGA 1L7FA 2DTWA 2PHUA 3O0XA 2DYCA 3ILRA 3WHUA 5JMCA 4PBOA 3POYA 4IQPA 2RKCA 3A0NA 1ULEA 1V6LA 5HX0A 3M3QA 2P34A 3FLPA 3V0BA 2VW0A 3H0OA 2WT1A 3B00A 2R49A 5T50A 4YG6A 4AVTA 2SLIA 5T5PA 1FAYA 5GALA 2NZ9A 1SFYA 2D43A 2GMEA 1W1XA 2ZGKA 2QWGA 2YMZA 1QMJA 1UKGA 1NN2A 3K3AA 4M4VA 4JRAA 3OY8A 4Y1XA 5FREA 1AJKA 3AZWA 3ZPYA 2XG3A 4YM0A 1JXNA 4H52A 5AVAA 2XCYA 4LBMA 1DHKB 1E8VA 2DVGA 3OBTA 1NMAN 3VUOA 4XE9A 5IK5A 4FOYA 2PHXA 1AVBA 5GLVA 1CJPA 3SILA 2W68A 5DUVA 1GV9A 4PQ9A 4MWXA 2WQZC 2GN3A 1V6MA 2YDTA 4QN4A 3AZYA 4LBKA 5JDBA 2ZZJA 2C4LA 2BF6A 1ENSA 3M1HA 4XJWA 4FQ4A 4CPOA 1S0FA 3ZSKA 2YA4A 1QDOA 4KS3A 4AVVA 3IMNA 2HT7A 1H9WA 2CL2A 4JF7A 4YZ1A 2DU1A 4BQ1A 1Z78A 2R0HA 3AYAA 1MACA 2QWIA 2BQPA 4DGRA 3VKFC 4GA9A 1INXA 3ILNA 4NCSA 1QNYA 2QWBA 1DZQA 3AX4A 1C1FA 4K21A 3AP4A 1V0EA 1USXA 4MWUA 3BODA 5GZFA 5FRAA 4XBNA 2HTRA 6NN9A 1W6OA 1W8NA 4BOWA 2HYKA 4C1XA 4Y22A 4XJ8A 1MS0A 5T52A 1MVEA 1PZ8A 1NCAN 2DUOA 5GLUA 3RMYA 1Z4XA 2WJSA 4YFWA 4AWDA 1IS4A 1CPNA 4QN7A 3USUA 4KS4A 1LENA 4XJRA 3N7MA 4W65A 4ATEA 4Y1VA 3ZYPA 2KM2A 1DQ4A 3MEPA 1MWEA 5F5QA 3NSSA 3WCSA 1USRA 4GZQA 1FYUA 1SBEA 1MVQA 4GKYA 1KQRA 1BQPA 1WUVA 2UWBA 5H9SA 1S0JA 4AYUA 5KXBA 4GWMA 1I3HA 1UMZA 3SH4A 1DLLA 1GNZA 2QWAA 2QWHA 2QWJA 2D3SA 2VW1A 4I30A 4BM8A 1LHNA 1IS5A 5IK4A 3UL2A 2W5NA 3AJYA 2UU8A 4M3CA 3V0AB 1W6NA 2WKKA 3N3HA 1B9TA 2ZGNA 4GZWA 2W52A 3MW3A 2NMNA 2P37A 1QNWA 3O0WA 3WCRA 2JJ6A 3WDWA 2FHRA 4OZXA 1LOAA 1W0OA 1ZM1A 1IOAA 1NCDN 1N3OA 1SLLA 3T1LA 1UX6A 1SACA 5CB7A 4MWYA 3ZSJA 1Q8QA 4B7RA 2ZKNA 5L73A 4DRVA 1J1TA 4MJVA 5SV8A 1AX1A 1V0FA 3KQRA 3DGTA 3GALA 3SLIA 3H73A 3ASIA 4YZ3A 4UW5A 2XZIA 5HUKA 3V0BB 2QWKA 3T1EA 1V6IA 1QU0A 2D6OX 4P9XA 1GZWA 3AP9A 1DIMA 1LHOA 1EURA 1LGCA 3NV3A 4M3MA 1B9VA 4MX0A 3R4SA 3FBYA 2AGSA 4JCKA 1SLBA 1BJIA 1N47A 4XZPA 1YXWA 2XZKA 4Q27A 1WD4A 2ZGSA 1F9KA 2W5OA 2A3WA 4MWWA 1S0IA 4P9WA 2SIMA 1INYA 1JYIA 4YW5A 1CESA 4K20A 1UL9A 4NC5A 1LJ7A 3NV1A 2YXSA 1G8WA 1WBFA 2GNBA 1Q8PA 2W38A 1SNTA 1WW7A 2ZB6A 2UURA 3WDTA 3IM0A 5KXEA 4FZHA 3T2TA 2A3XA 1HQLA 2V5YA 3O12A 2D3RA 2P3KA 2GMPA 4UF7A 5IUQA 2D3PA 4YFZA 4YW2A 4CPYA 3MW2A 4YG3A 1XOEA 4CTEA 1SCRA 4Y1UA 4GZXA 1V3EA 2ZHNA 1V6NA 4QNPA 2XB6C 4PCRA 4D69A 1ZA4A 1APNA 3VKNA 1F8EA 4BLIA 3FUQA 1A4QA 1OFSA 1U0AA 1SLTA 2RHPA 1LGBA 2EF6A 2ENRA 4CZSA 3CKZA 3WZ1A 1MS4A 4FPFA 1S0EA 1Z4VA 3ZYRA 2XZJA 1LOGA 2JDZA 4F83A 2R16A 2SBAA 1BJQA 2ZHMA 2OUHA 2VUAA 4GALA 1F31A 1BXHA 4ISRA 1INGA 3AYDA 4FOVA 5JVVA 1MR5A 5DXDA 4Y22B 2ZGTA 2NM1A 3FUOA 3JU4A 3N7KA 5DG2A 1DGLA 1SO7A 2ZMLA 2D6LX 3AZXA 2EXIA 1ENQA 2GMMA 1A3KA 4DRRA 1RIRA 5DZFA 1F8BA 4J9TA 4YM2A 2F27A 1WW5A 3INAA 2EIGA 3LSDA 1F5FA 2AUYA 1S0GA 1CPMA 4YZ5A 4FPCA 4K1KA 4FPKA 4P14A 4XDQA 3SNMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3HBZA 4MXWA 1TE1B 2C4XA 1YI7A 1DYKA 4JKKA 1V9U1 2YPJA 5A6ZA 4M4RA 4EN8B 1RUJ2 3ZXAC 4HKOA 2PMWB 4OUMA 1UY2A 1OT5A 2C9AA 1RUF2 5C4WA 1A6CA 4QKBA 4MWJA 4GH4C 1F4HA 1R1ZA 1VBE3 4O5TA 3PVNA 1BK1A 2FDFA 1V3CA 2A5ZA 4EWAA 3GVKA 2VJXA 4EYUA 4DY5A 4B7JA 3I54A 1SEFA 4HZVA 4WEFA 5D8AB 4QB2A 3WP6A 3N36A 4NHYA 1VMJA 3Q8EA 3OJBA 3P6BA 3BOWA 5A7WA 3TN92 3QACA 4QN6A 1CZVA 4Y20A 2XOMA 1W6QA 1D4M1 1NLQA 2DCTA 3OPTA 2LS6A 5AFBA 1PK6A 1DZRA 4XJQA 1JMUB 1XNKA 3X29B 4GJTA 2KXLA 4QX7A 3RYPA 2VQUA 3LKJA 1AR83 3IIIA 4LBQD 3LEGA 2WDBA 3BVCA 2FPBA 5BNOA 2XHNA 5FDBA 3AXDA 1Q43A 4L11A 4Q8LA 1XYOA 1STMA 2F17A 5IFPA 1A14N 1AX2A 4CCJA 3A21A 3CIHA 4XPVA 1CRUA 2BVVA 3SRGA 5KXCA 3IBMA 4BMEA 1VCUA 1J3QA 4IE7A 5BV6A 2JX9A 2RM21 2F0ZA 4FFIA 4KS5A 1Y9GA 1Z50A 5FZDA 2VW2A 4L7BA 3B5LB 2P3YA 5LW9A 1KJLA 1ZBE3 2RV9A 3IPVB 1WLCA 3LDBA 5EJ3A 3GVJA 3JB8A 1W9FA 2R1BA 2C0ZA 2VY0A 5FMBA 1UOGA 3ALQA 2HTUA 3KCYA 1PGW2 3R4DB 2IXHA 1QJFA 2PLV2 3ZXDA 5GZCA 3J8F2 1C5IA 3I2OA 1Y4WA 3W9AA 4H53A 1BVP1 5GZEA 5H47A 3M3OA 2Q1MA 3N9PA 4UBGA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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