4FPYA

Crystal structure of the nanb sialidase from streptococcus pneumoniae in complex with 2-[(3-bromobenzyl)ammonio]ethanesulfonate
Total Genus 196
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
196
sequence length
658
structure length
658
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYDIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Synthesis and structural characterisation of selective non-carbohydrate-based inhibitors of bacterial sialidases.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/inhibitor
source organism Streptococcus pneumoniae
molecule keywords Sialidase B
total genus 196
structure length 658
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2012-06-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4fpyA03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4fpyA01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4fpyA02
4FPLA 3VKFC 4MWJA 2GDFA 5HUMA 4K1KA 1N1VA 1NSBA 4P9XA 3ILFA 3V65A 1NCAN 1MS3A 2W68A 1NMAN 4XBNA 4ATEA 1VALA 3MEPA 3MW2A 4MWLA 1GSLA 1GICA 3PVOA 3GVJA 4DRRA 1USRA 3N36A 4Z8BA 4F83A 5E8AA 4FPOB 4XJWA 3W58A 1QF3A 4Q8LA 3POSA 5L73A 4WV8A 1CJPA 3IN9A 2YMZA 1UMZA 1U0AA 2BF6A 1S1AA 3INAA 2GNDA 1E8UA 4P9YA 2YROA 1Q8OA 2P2KA 3AYEA 3T1LA 5F5QA 2DUPA 1ULFA 1IVEA 1QKQA 2SBAA 4J9TA 4FVKA 2ARBA 1AJKA 1JXNA 2PHXA 1V6OA 4MC7A 3AYAA 4K1JA 2GN7A 4CPOA 1B9SA 1WW7A 3IPVB 4XTMA 4FPJA 1GZWB 1V3CA 4FPEA 4GWNA 4WA3A 5JMCA 5IUQA 3IM0A 2ZMNA 2ZMKA 4LBMA 1DZQA 4GXLA 2HTRA 4YM1A 4AVVA 2CWMA 1LHWA 3ZYPA 1PZ8A 4YGDA 4MZAA 3DGTA 4R9AA 3POWA 1G86A 4QN7A 4XHXA 1ULEA 1W6QA 4DS0A 4YW4A 2VWDA 1IVFA 2QWCA 1DQ5A 2UWAA 3NV4A 1MR5A 1CN1A 2JKBA 2R1BA 4GZTA 4XTPA 1G8WA 2PHUA 2E7TA 5H9PA 2YY1A 5DUWA 1QMJA 2QWIA 4YW1A 3N7MA 4FPKA 1VCJA 4GA9A 3M1HA 5GZCA 4KS1A 2AENA 3O0WA 2W39A 4LBLA 4MWUA 1DQ1A 2A6ZA 5T5OA 4HZYA 3WUCA 4AGGA 2HT5A 1MS1A 3U4XA 4YW2A 5JOYA 4GJTA 2DU0A 1IS3A 1A8DA 1DQ6A 1DYPA 1OKQA 2WSUA 4HZXA 1INVA 1LEDA 4GDJA 2ZKNA 3WCRA 3WHUA 1GZ9A 2P37A 4YG3A 4X6KA 3O0XA 1KQRA 4NOTA 1Z0HA 3JU4A 3WG4A 4GZXA 4BLIA 4PBPA 2QWKA 1NNAA 1C1LA 5BYNA 2B8HA 4XJ9A 2AEQA 3WDVA 4BM8A 1DQ4A 3LSDA 5T55A 3TI4A 1BZWA 4XXPA 1UAIA 1LHOA 2RHPA 2ZACA 2NN8A 2WSVA 3B3QE 1IVCA 1GYKA 1GV9A 2RKCA 3TI6A 4YG6A 3SH3A 3NV3A 1JW6A 4BLJA 2CL2A 1I3HA 1F8CA 4BPZA 4I30A 2VY0A 2VK5A 5GLUA 3RMXA 2D44A 4P9WA 4XZPA 3NN9A 1HQLA 2VU9A 2ARXA 3ZXKA 1YYNA 3TIAA 1DGLA 4K3YA 1FYUA 1F5FA 3ZSLA 4GZQA 4LBNA 2NMOA 4XMAA 4XIOA 1ZA4A 2EF6A 3B9CA 3D5OA 4M3CB 5HUGA 3AYDA 2DYCA 2AYHA 2HYKA 3IPVA 5IT6A 1ONAA 1GZWA 2P3IA 4QN3A 3B69A 1VCUA 2XB6C 3ZSKA 1SLCA 3RMYA 3M3EA 3AP9A 4M3MA 4DQAA 4MZEA 5IK7A 4WVVA 3A4UA 3V0BB 3A0NA 2D6PA 2YA4A 4D69A 3MW3A 4XJUA 2DTWA 4CPMA 5KXCA 4LBOA 2HTYA 4XJRA 1DQ2A 3NWKA 1CESA 4FPGA 3AJZA 1LGCA 3AZXA 1GNHA 2OW4A 5CNAA 3H72A 3FBYA 1D0HA 4Y1ZA 1KDKA 4MWWA 3ZYRA 4YM0A 5GALA 1V6MA 2CTVA 3JU9A 2VK7A 3PVEA 5E88A 1KJLA 3CYEA 1CPMA 2JE7A 2AUYA 2WLQA 3AJYA 5H9QA 1V3DA 5GJ6A 1CR7A 3SITA 1B9VA 1S0BA 2I2SA 2ZGPA 4X49A 2NP0A 1QGLA 1LEMA 2AR6A 4NO4A 1NSCA 1JBCA 3IKWA 1UZZA 4CZSA 1IS5A 1MVEA 1L7HA 3ENRA 1IVGA 2VXRA 1YI7A 3A0KA 2SLIA 4B7MA 2ZGUA 2W38A 3H6JA 2B7YA 1W1XA 4PCRA 1PZ9A 1F31A 2XZIA 1V6NA 3H71A 2QWBA 1HQWA 1FAYA 3OJBA 2NZ9A 4CPLA 2QWGA 1HDKA 1INXA 4YW3A 1BKZA 4CRQA 5T5JA 1D2SA 4TZDA 1SCSA 5GM0A 4TYSA 4QNPA 1V0EA 2JE9A 4DGRA 1SBDA 3AZWA 3T1EA 2A6YA 2PHWA 1ENSA 1S0FA 4M3CA 1V6IA 4YZ4A 4XYXA 3VV1A 4PQ9A 2W5NA 3ALWA 2EXJA 4FOQA 5DG1A 1WD4A 1UPSA 2WNEA 3UK9A 3ZXJA 1MVQA 5DZGA 1G9BA 1L7GA 4B7RA 1L7FA 2C4LA 2YA7A 3WDUA 1ULGA 3GNEA 3V0BA 3TI3A 3WDWA 4KS2A 3CL0A 7NN9A 3AZZA 1LOCA 1JYIA 1S0EA 4DRVA 1QNYA 4XIKA 1VAMA 4MWRA 1V0ZA 1KDMA 1S0GA 3GVLA 1W6NB 1LHNA 4MWVA 2YDPA 1AXZA 3CNAA 1W6PB 1Z4WA 3AP7A 2YZ4A 2F28A 2DTYA 2GALA 1WLDA 2WQZC 4BQ1A 3K39A 3RRDA 1DILA 1YRZA 1IKPA 2D6KA 4XJZA 4FQZA 3NV1A 2R0HA 2JECA 1S0DA 5B2CA 3R4SA 2XCYA 2A75A 1KJRA 1N47A 1JN2P 1GKBA 1KITA 2EAKA 1TEIA 4IQPA 5E89A 4PF5A 1LOGA 4Y1UA 2ZGSA 1C1FA 1B9TA 2ZB6A 1URXA 4H53A 2SIMA 2HU4A 1DFQA 1BQPA 3UJOA 1FNYA 4ISQA 2QWFA 5HUKA 1GNZA 2EALA 3WG2A 3H73A 1BYHA 1AVBA 5GZFA 1VIWB 1WBLA 2HTUA 1USXA 2GMMA 2HT7A 1SLTA 2DUQA 1EPWA 3TAYA 4K1YA 3ZXFA 1S0IA 1NNCA 3CL2A 2A3YA 2DUOA 4AGVA 4MWXA 2EXHA 1CVNA 1Z4ZA 4B7QA 1UN1A 4ZKTB 2VUAA 4XXAA 3D11A 5T5LA 3AFKA 3WVJA 1Z4VA 3T2TA 2JDZA 4WZFA 4R9CA 4B7NA 1FV2A 4YZ3A 2XG3A 4M00A 2CYFA 2ZMLA 4CTEA 4NCSA 3WHTA 1LHUA 2WJSA 4NC5A 3VUOA 1SACA 1N3QA 1NSDA 5T50A 3LCPA 1SLIA 3RG0A 1O4ZA 5JOZA 1E8VA 3A72A 1WCQA 3OYWB 2QWJA 1MS9A 3AP6A 5DXDA 1H9PA 3BODA 2AREA 1Q8VA 1FATA 1W6NA 4XILA 1QU0A 2D3RA 1MS8A 1GZCA 4JRAA 1XOGA 1W6PA 1AXKA 2W5OA 1QOSA 5AVAA 5JOXA 2ZGQA 2ZBJA 1VLNA 2DVFA 5KXDA 1J1TA 2YV8A 4OZXA 1NCCN 1LTEA 5SV8A 1N1TA 2F12A 4AGRA 3AXEA 4M4UA 3TI5A 2BZDA 2F24A 4P14A 4M4VA 2F11A 4FPHA 3FUQA 4H52A 1NN2A 4LBQB 5EYYA 5DUXA 1Y7BA 1V6KA 2ERFA 3UJQA 5CB7A 2JD4A 3AXDA 2D6NA 4AVSA 3APBA 3TB0A 3SH5A 6NN9A 1I1EA 5CAZA 1RIRA 2VK6A 3SNMA 1N1YA 5DZFA 5LK5A 4Y22B 4Q8KA 3OPZA 4GB1A 1W0OA 1AX0A 2Q5TA 1DIMA 4DPNA 4QN4A 4YZ5A 2NMNA 2UURA 1FX5A 3D6EA 5F9TA 2WT1A 3AP4A 1WLCA 5JVVA 5JYYA 2ZGLA 1RINA 2HT8A 4L8QA 1G9AA 4Y1YA 3UL2A 1NCDN 2BERA 4GDIA 4RL7A 1LCLA 4Y24A 4C1XA 3WOGA 4FVVA 3PMEA 1SLBA 2ZGOA 4FOWA 1WCSA 3R05A 1IVDA 3LSEA 4FP3A 4FQ4A 2OVUA 5DUUA 2QWAA 2F25A 2HTVA 2LALA 5HCBA 1CPNA 4UW3A 3O9KA 4HZZA 3WDXA 5EXOA 5GZGA 2P3KA 1DIWA 1F9KA 4MJUA 4DFSA 2CWSA 1IS4A 1H30A 1AX2A 4Y1VA 2A6WA 2A3XA 3OYWA 1IOAA 1MS0A 3AX4A 4FOYA 5T5PA 1MZ6A 3V64A 5CA6A 4FPYA 2A71A 1JHNA 3M3OA 1CQ9A 1AJOA 2AH2A 1BXHA 1ULDA 1SLAA 4K1IA 5GLTA 2BATA 2ZHLA 3TI8A 2W52A 4YGCA 3TICA 4UW6A 2VH9A 5KXEA 3JUUA 3WCSA 3OBRA 3VKOA 3SISA 2FMDA 5KXBA 3AP5A 3B00A 5NN9A 1W0PA 1Q8PA 2A5ZA 1LODA 4GZWA 4XHBA 1KRIA 2PHFA 5HCAA 1ENRA 4BBWA 1C57A 1SO7A 5B2DA 3SH4A 1AXYA 4FPCA 1YIFA 4ASMB 2ZGKA 3VKNA 4WVWA 3A71A 3ZXLA 2D3SA 4GZPA 2A6XA 4LBQA 3NSSA 2VW0A 4FP2A 1GBGA 1MZ5A 4GEZA 3OBTA 4WEFA 1LESA 2YXSA 5IK8A 2W08A 4ATFA 4Q1PA 2H0BA 4GKYA 3B7EA 4Q1RA 2UWCA 4CPNA 4I00A 2G4IA 4XDQA 1RITA 4HIZA 4Y22A 4MWQA 4QN5A 1E8TA 1V0FA 3O5SA 3TIBA 4WEGA 1LECA 4Q2FA 2DVAA 3C2UA 1NNBA 4U36A 3GALA 1XQNA 4BMBA 1OFSA 4ITCA 1V3BA 4D8SA 2EIGA 2YA5A 3INBA 1WUVA 1A14N 1DLLA 4Y20B 5GZEA 2FHRA 4KS3A 2VVZA 2ZABA 1SBFA 2D6LX 2C5DA 3D12A 4MYEA 1W21A 5DG2A 1CONA 2A70A 3ZXEA 1V6LA 2AGSA 3M3QA 3WG3A 5EYXA 2AEPA 1NXD1 2C9AA 4HZWA 3FFZA 4YGEA 3RSJA 2ZGTA 3ILNA 1JOJA 1JYCA 5DUVA 4YZ2A 3BTAA 4UW4A 2P3JA 4QN6A 5CBLA 4WA4A 3IMNA 1FNZA 3CKZA 4YM2A 2A3WA 4ZXKA 4MWYA 3HR9A 3SLIA 3USUB 5IK4A 4M3CE 1H9WA 1LU2A 3ZSJA 4HZVA 3K36A 2NYYA 1EUTA 4LBJA 4HANA 5M1ZA 5JDBA 4UF7A 1NCBN 3WG1A 1Z4YA 3R4UA 1DYKA 3AZVA 4XBLA 2VW2A 4M01A 1LOFC 3FLTA 1X50A 2HU0A 4YFWA 2F0ZA 1SNTA 4ISRA 3V0AB 1FV3A 3MW4A 4UW5A 4GKXA 2Z42A 1VAVA 3HMYA 2EXKA 4GZSA 4BMEA 4FOVA 1UZYA 4YLZA 4PBOA 1Q8QA 3OY8B 1GANA 3K38A 1YXWA 3K37A 4YZ1A 1GLHA 1INGA 1INHA 5GLWA 2R16A 3WUDA 4AWDA 3KQRA 2E6VA 1G9FA 1Q8SA 3ZSMA 4JC1A 1PZ7A 3AYCA 5GZDA 4YW5A 2R49A 1SFYA 2D6OX 1LGBA 1LGNA 2D3PA 3BOPA 2OUHA 1IS6A 4M3CF 4JF7A 3B01A 2F13A 4JCKA 1LOEA 1EURA 3W59A 4XOGA 2VW1A 3ILRA 1MS5A 3RQ0A 3QCWA 2E53A 2WT0A 1BJQA 1WBFA 2VSKA 4M4NA 2UU8A 4K21A 4B7JA 2F10A 2ES3A 1NLSA 4K20A 1O4YA 3ALXA 2ZA9A 3O9JA 1MS4A 3W09A 2GMPA 3MPPG 3Q9OA 1A4QA 4K1HA 1WW5A 4RA0A 4R9DA 5H9RA 4Y20A 1A3KA 4LBQD 3N7LA 1INYA 5FREA 3I8TA 2DVGA 3O0VA 2R0FA 3T1MA 4GALA 2NM1A 3PJQA 4KS4A 1WW4A 2QWHA 3M3CA 1AF9A 4XE9A 1W8OA 2CNAA 2WKKA 1AZDA 2XZJA 5JOWA 1LOFA 1G9DA 1W6OB 5HUNA 5FRAA 1DQ0A 1WD3A 4Y26A 5T52A 4MX0A 2P34A 2DWRA 1DHKB 2V73A 2EXIA 1NMCA 2ZAAA 1B09A 1N3PA 2A7AA 1A78A 3D4KA 2V5YA 4XMIA 4XBQA 4C1WA 2CY6A 3KM5A 1IKQA 2WT2A 5GLVA 2SILA 4XJQA 3SALA 1V6JA 2D7FA 3WV6A 2ZZJA 1W8NA 1W6MB 4GZOA 3K3AA 1F8DA 2CMLA 2C4AA 2E7QA 1QDOA 3USUA 1R1ZA 3FLPA 3GVKA 5HCFA 3M2MA 1ENQA 3ZPYA 4KBBA 4FJ6A 2ENRA 1OQ1A 3WDTA 4Y1XA 2D43A 2E51A 4YGBA 2F29A 3O12A 1F8EA 1NMBN 5HX0A 1INFA 4W65A 2PHTA 3N7JA 1XOEA 2W20A 1LULA 3N35A 3WZ1A 1QOOA 2HTQA 2ZGRA 3RS6A 3N7KA 4XJ8A 2ZGMA 3V0AA 1APNA 3ASIA 3VKMA 5DZEA 2YDTA 4YG0A 2GN3A 1HKDA 4GWMA 4U2AA 4H55A 1Z78A 1V3EA 1QDCA 2XZKA 1JUIA 2ZB5A 4X4AA 2DV9A 2GNTA 3OY8A 2F27A 1Z4XA 4YM3A 3H0OA 2YA8A 1SBEA 1DBNA 3SILA 4SLIA 4R9BA 1BJIA 1IVBA 3N3HA 5T54A 1EUSA 5JLVA 1N1SA 1LENA 4Q6KA 3WNXA 1YO8A 3L2YA 3WLUA 3SANA 4BOWA 4CPZA 4KS5A 1N3OA 1S0JA 2DU1A 2DVBA 3WDYA 1LOAA 2F26A 4AVTA 1G7YA 1LOBA 1A4GA 1CIWA 3FLRA 4HL0A 3PVNA 1ZM1A 1UX6A 1MACA 2BQPA 1G9CA 2LTNA 2PELA 4WA5A 1UKGA 1INWA 2ZHMA 2QWEA 1V00A 4YFZA 1QNWA 2GMEA 4K1ZA 3OGGA 1UL9A 3QLQA 2OUJA 1WW6A 1W6QB 4XJAA 4FZHA 1LHVA 3ATGA 3ZVXA 2A6VA 5H9SA 4FPFA 2DVDA 2ZGNA 4X47A 4Q26A 3AK0A 2GNBA 2TEPA 1W6OA 3I4IA 1EUUA 1Z50A 2GNMA 2ZHNA 1SCRA 2YA6A 4Q27A 2QWDA 2UWBA 2KM2A 5IK5A 1LJ7A 1LU1A 2ZHKA 1SLLA 1HLCA 1S0CA 3BEQA 4NN9A 4AYUA 1AX1A 4CPYA 2X9MA 1W6MA 3NV2A 3HN1A 1WLWA 1V2IA 3BIWE 1F8BA 3DUIA 4MJVA 1W20A 2D6MA 2VSMA 1QOTA 2JJ6A 2PHRA 5EWSA 2R1DA 3POYA 5GLZA 3VKLA 2HTWA 3AZYA 2DURA 3FUOA 4LBKA 1C4RA 1MWEA 1ULCA 1Q56A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4I2OA 1DU3D 5BNPB 4FPLA 3KVAA 3VKFC 4Y3OA 4MWJA 2GDFA 1YHFA 5KHJA 3LQCA 2J1EA 3UGFA 3C7FA 5HUMA 4K1KA 1N1VA 1NSBA 2W95A 4P9XA 4AG4A 3Q8CA 1EV13 3ILFA 2RS11 3NNJA 1SDWA 2QDRA 3V65A 2V5DA 3HD8B 3WQ1A 3A23A 4KNCA 3O1OA 1NCAN 1MS3A 4RHV3 4HFSA 1UZVA 3O1PA 2W68A 1KS4A 1ND2C 2QQKA 2CAUA 3EQEA 3I2IA 4LK6A 2ZZKA 2RG4A 1NMAN 2OJHA 3NAPA 1YNAA 4XBNA 4ATEA 5JXGA 3IMMA 1VP6A 4A7ZA 1VALA 3LIGA 3MEPA 1W99A 5FXWA 3MW2A 3VDBA 1RHI2 4MWLA 4ZU4A 1GSLA 2Q4SA 2IARA 4AEKA 1GICA 1H2MA 2X5IB 3WF3A 4LE3A 3PVOA 3GVJA 4KQ7A 3D0SA 4GB33 4IGPA 1FPN1 4DRRA 4HSJA 2OQ6A 2LW8A 4JKKA 1USRA 3N36A 4Z8BA 2ARAA 3MFAA 3H8UA 2YHJA 4F83A 5E8AA 4FPOB 4XJWA 1VBA2 1BVVA 3I2GA 4ZXEA 1QF3A 3W58A 3G7DA 3POSA 4Q8LA 2RS33 3VNGA 5L73A 4WV8A 3LD8A 1DZTA 1CJPA 5D21A 1ND3B 2IVZA 3WDZA 4Q0SA 3FMGA 4E4SA 1H8TC 5IVVA 2JG9B 3IN9A 5K7PA 2DG0A 2YMZA 3LE0A 1JS9A 1QWRA 1UMZA 4RGGA 1U0AA 5DPNA 4DIQA 1AR82 2BF6A 2HWB3 3WNLA 3AMSA 3MYXA 1HB1A 1QJX1 1S1AA 2ATFA 3DECA 2GNDA 3INAA 3SKJE 1E8UA 4L7CA 1C8M3 5BNNB 4P9YA 1RUE1 1W2AX 1OA2A 2YROA 3HPNA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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