4FPYA

Crystal structure of the nanb sialidase from streptococcus pneumoniae in complex with 2-[(3-bromobenzyl)ammonio]ethanesulfonate
Total Genus 196
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
196
sequence length
658
structure length
658
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYDIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase/inhibitor
molecule keywords Sialidase B
publication title Synthesis and structural characterisation of selective non-carbohydrate-based inhibitors of bacterial sialidases.
pubmed doi rcsb
source organism Streptococcus pneumoniae
total genus 196
structure length 658
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2012-06-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4fpyA03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4fpyA01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4fpyA02
1QNWA 1LHVA 4XE9A 3PVOA 5HUGA 2BATA 4Z8BA 5CA6A 3APBA 2YA7A 4M3CB 1APNA 3N3HA 2HTYA 2W68A 1KDKA 1UN1A 1SCRA 2A6VA 3WG3A 2I2SA 3AZVA 4QN4A 4FOVA 2DVDA 1W1XA 2HTVA 1E8UA 4AVSA 2ZB6A 1MZ5A 4XJ9A 1V3EA 5GLUA 1ULEA 3K39A 2D43A 2HTQA 4DS0A 4GEZA 4YM2A 2GALA 1G9BA 2OUJA 3WDUA 4NCSA 1IKPA 4AGVA 2DWRA 2D6NA 4XHXA 1Q8PA 1GANA 3O12A 5GZEA 3WNXA 4PF5A 4B7QA 4MWLA 2GN3A 3OYWB 1S0CA 4ASMB 3O0XA 2YA5A 3AJZA 3IPVB 1FV2A 1KITA 2QWCA 3ZSLA 5JVVA 2VK6A 4WA5A 3ZSKA 3ILFA 1BKZA 2A5ZA 5CAZA 4FPJA 1IS5A 3ZSJA 3JU4A 4LBOA 1NCCN 4YG6A 2QWIA 4GZWA 2ARBA 3I4IA 1LOAA 2XZJA 1G7YA 2GMMA 1Q8OA 3RRDA 4I30A 3BOPA 1SLAA 3RSJA 4QNPA 3SH4A 1Z50A 1GYKA 3ILRA 2VW0A 1NSCA 4FPOB 1IVDA 5IK5A 2NYYA 3AK0A 3IMNA 4JRAA 3VKFC 4GDIA 1AX0A 4AWDA 4Y1XA 2JE9A 3FFZA 4XJZA 1WD4A 1QF3A 4FVVA 2P3KA 2CL2A 1C1LA 4FPYA 3CL0A 5GZFA 3NN9A 4BOWA 2D6MA 4MWUA 2DVFA 3RQ0A 1R1ZA 2OUHA 1SLTA 1CESA 2P3IA 3AYCA 2ERFA 2A6ZA 3SALA 2BERA 1IS3A 4B7NA 3HR9A 2PHXA 4Q8LA 1OKQA 4BQ1A 1DQ2A 4C1WA 4LBQA 3TIBA 3ASIA 3H71A 1ZM1A 2BF6A 3TI3A 2YA6A 3AZZA 1H9WA 1W6QA 1LEDA 1FATA 1GV9A 4YM1A 4GZOA 4HIZA 1GZWA 4YM0A 2UU8A 3OY8B 4R9DA 1A4GA 2WLQA 4LBQD 2VY0A 1F8CA 1BZWA 1AF9A 4B7RA 4FPHA 2QWHA 3A72A 2ZGMA 1O4YA 3TI8A 1U0AA 2VWDA 5FRAA 1URXA 4ATFA 3M2MA 3AP4A 4CZSA 1MACA 3AFKA 1AX1A 1XOGA 1DZQA 3WUCA 4K1IA 1S1AA 2XZKA 4Q1RA 5LK5A 3GVLA 2SILA 4K1YA 1W0PA 4Y1VA 1TEIA 1OFSA 3TB0A 2KM2A 3POSA 3O5SA 5EWSA 1QNYA 3AYDA 5GLTA 2H0BA 2QWFA 4XBNA 1GKBA 4XJQA 2HTWA 4YZ2A 3U4XA 5DUXA 1NCAN 1A8DA 1W6NB 4KS2A 2AH2A 2ZGNA 4D69A 1VLNA 1Q8SA 2YDTA 1HKDA 4XXPA 2SLIA 2XZIA 4BBWA 1BJIA 2W08A 1LJ7A 3AXDA 3CNAA 5JMCA 2W5NA 1MS5A 3AX4A 3MEPA 3RG0A 1VCUA 2ZGSA 2F25A 3WDTA 1LU2A 1LHOA 1GSLA 1YRZA 2ZA9A 4GWNA 4FPCA 1A78A 3B3QE 1HQLA 1QGLA 1W8NA 2E7QA 2AYHA 1QKQA 3AXEA 1W6MA 4MWVA 2ZGKA 3N7MA 2ZMLA 5IK4A 4M00A 4H52A 5AVAA 1UPSA 1IS6A 3DGTA 5CB7A 3M3EA 3ZXFA 4GDJA 2F11A 3UL2A 4FP2A 1ENSA 4YGEA 1NSDA 4Y24A 2ZB5A 1WCQA 1Q8VA 1QOOA 4WZFA 2NP0A 4I00A 4WA4A 5T55A 5IK8A 4JCKA 3R05A 5GLZA 5GZGA 3H73A 2VSKA 5B2CA 1INYA 4K1KA 1Z4ZA 2EALA 2GNBA 1I1EA 3R4UA 3HMYA 4KS5A 1WW6A 2TEPA 1FAYA 5T5OA 1DQ5A 2R0HA 2YV8A 2A3XA 3N7KA 4AVVA 5IK7A 4F83A 1IVEA 3POWA 3A4UA 5L73A 2CWSA 2AREA 4CPZA 5HUKA 2XB6C 4R9CA 3VKNA 1WLWA 4B7JA 4LBMA 2CYFA 3O0WA 3QCWA 3QLQA 3TICA 3D4KA 1WLDA 1GNZA 1DIMA 3IN9A 1KJRA 2BQPA 4YZ1A 1DYPA 3MW2A 1VAMA 4DRVA 3BIWE 3KM5A 1V2IA 3O9JA 1UX6A 1DIWA 4FPEA 3T2TA 4GJTA 4MWYA 3AJYA 2EF6A 4LBKA 1ULFA 2ZHKA 4MYEA 2ZMNA 2R1BA 2A6WA 1GZCA 3OPZA 1QDOA 2NM1A 2WSVA 2WT0A 2YDPA 2QWDA 3USUA 4PBOA 2RKCA 5DUWA 1MVEA 1UZYA 3WV6A 1UAIA 5T5LA 2PHWA 4W65A 1B9VA 2PHFA 3SLIA 3JUUA 1S0DA 2DUOA 4RL7A 2C9AA 2GMEA 4Y26A 2D6OX 4AVTA 3D12A 2JJ6A 2UWBA 4YGDA 1IS4A 2NN8A 4CPNA 5DZGA 4WVVA 5CBLA 5H9PA 4HZWA 5JYYA 1W0OA 2D6PA 2EAKA 5HCFA 1S0IA 3B69A 1W6OA 4HZYA 5GJ6A 2AR6A 2P2KA 3CL2A 1B09A 5EYYA 4K21A 1LGNA 2CNAA 4Q1PA 4Y22A 2AENA 1JHNA 5F9TA 2WNEA 4ZXKA 2F29A 1JW6A 3W59A 4BMBA 2AEPA 4LBLA 1JN2P 5GZCA 2ZAAA 1V0FA 2ES3A 4QN3A 2QWGA 4FPLA 1C4RA 2EXKA 4M4UA 1LGCA 4FQ4A 1SFYA 3ZSMA 1ULGA 1V00A 2GN7A 1B9TA 1WLCA 3SITA 1V6JA 3H0OA 2HU0A 4K3YA 2UWCA 4XILA 1BJQA 3WDWA 2WSUA 3A0NA 4Q26A 2HTUA 3K36A 4B7MA 4M3CA 3ILNA 3M1HA 1GZWB 3VKOA 2GNTA 4L8QA 1G9DA 5JDBA 4M3CF 4YG0A 1DQ0A 1NMBN 4XMIA 2ZBJA 3PMEA 1W6PB 2DURA 3WG2A 1FNYA 3RS6A 2EIGA 2W52A 5GALA 4AYUA 1LOFC 5T54A 5HX0A 1EUUA 1ONAA 1O4ZA 4Y20B 4BLJA 5GLVA 1PZ7A 5FREA 4Q2FA 3OYWA 3INAA 5M1ZA 5GLWA 3WDVA 2JE7A 3IPVA 4R9AA 2WT1A 3MW3A 3WG4A 3TI5A 3WZ1A 1N3QA 5DUUA 1DGLA 4K1HA 1LOCA 3PVNA 1LECA 4P9XA 1S0EA 4GXLA 3T1MA 1VCJA 4U2AA 1F9KA 1G9FA 2V73A 3T1EA 5SV8A 2D6KA 1L7FA 3OBTA 3BODA 2D3RA 5H9RA 3ZXKA 1UMZA 2VW2A 2VH9A 1WW5A 1X50A 1WW4A 3V64A 1V6LA 3TAYA 4GZTA 1SBEA 1A4QA 3ZXLA 4XJUA 1DHKB 2F0ZA 1SCSA 4Y1ZA 2CMLA 3FBYA 2F27A 1N1YA 2D3SA 4XXAA 3N7LA 2XCYA 4XJWA 2JDZA 3WVJA 4XBLA 4K20A 4HZVA 3K3AA 2W39A 5KXEA 3NV1A 4Y1YA 4YGCA 3N7JA 2HU4A 1MS0A 1LULA 3TI6A 2SIMA 1V6KA 3FLRA 4MJUA 1B9SA 1ZA4A 1INFA 1FX5A 1BQPA 3V0AA 2PHTA 3T1LA 4M4VA 4YW3A 1GICA 1S0JA 1CQ9A 3FUQA 1DQ6A 4MX0A 1INXA 4YW1A 3FLTA 1DBNA 3H6JA 1V0EA 2AUYA 3C2UA 3R4SA 3AZXA 2DV9A 5E88A 3UJOA 3ZXEA 2ZABA 3V0BB 3OBRA 3AP6A 4KBBA 3A71A 4GWMA 1QOTA 2QWEA 2P3JA 1W21A 3V65A 4XYXA 2YY1A 6NN9A 2UURA 1I3HA 4BMEA 4GB1A 1YXWA 3OY8A 5DG2A 1HQWA 1H9PA 2JECA 1WBFA 4D8SA 3FLPA 4M01A 1USXA 2F10A 2WQZC 1GZ9A 1AXKA 2WJSA 2QWJA 1GLHA 4XTMA 3SISA 4XMAA 2AGSA 2D3PA 2LTNA 5DZFA 1CN1A 2C5DA 4X4AA 4UW4A 1DQ1A 4MZEA 4CPMA 1MS3A 4BM8A 3AP7A 1LEMA 4XDQA 1N1SA 4AGGA 3ALXA 2QWBA 4FPGA 3IKWA 1MWEA 1AXYA 3TI4A 1Z4WA 4IQPA 4CTEA 2NMNA 4Y1UA 5JOWA 3WUDA 3AYAA 4YZ4A 1F8EA 3N35A 4P14A 2YA4A 3AZWA 4PBPA 3ZYRA 3AZYA 3VUOA 2DTYA 3WDYA 3RMYA 2ZGOA 3B7EA 4YG3A 1YI7A 1SBDA 2EXHA 2YA8A 4WEGA 3NV2A 2F24A 2ZGLA 1ULCA 3D6EA 4JC1A 5T50A 2GNDA 1V6NA 2G4IA 1MZ6A 2PHUA 2DYCA 1A14N 1UL9A 1IVFA 5H9QA 1N1TA 1SO7A 2B7YA 1L7HA 3WOGA 3GVJA 2F26A 4X49A 1AXZA 1E8TA 2VK5A 1MS1A 3ZYPA 3M3CA 4TYSA 1FYUA 5JLVA 4CPOA 1S0FA 1V3BA 3JU9A 3D5OA 4GZSA 1V6OA 4AGRA 2DVBA 3M3OA 4FPFA 1SBFA 4MWWA 4YW5A 3WG1A 2V5YA 1CPMA 4YLZA 1INVA 1HLCA 4Q27A 2A3YA 2F12A 1LGBA 1OQ1A 4WVWA 1LCLA 4QN7A 2NZ9A 4P9WA 5HUMA 1QOSA 1UZZA 2YXSA 1CJPA 1MVQA 1JOJA 5JOXA 2GNMA 1CR7A 1SACA 2DTWA 3WDXA 1J1TA 4GZQA 1SLBA 2R0FA 4FVKA 4YZ3A 1LOEA 3TIAA 3IM0A 4GKYA 1RIRA 4GZXA 1JBCA 4HL0A 3SH3A 3VKMA 2A70A 1PZ9A 5F5QA 4YFZA 1G9CA 4OZXA 1Z78A 4QN5A 2HYKA 2PHRA 2EXJA 4UW6A 4WV8A 4GZPA 2ZZJA 1LESA 2DU1A 4JF7A 4YZ5A 5IT6A 4H53A 1LHUA 4SLIA 3GALA 1NMAN 1H30A 1GBGA 3W58A 2OVUA 5NN9A 2E7TA 1WD3A 4YFWA 4FP3A 1LHWA 2R49A 5JOZA 2JKBA 1JYCA 3ENRA 5CNAA 1RINA 1N3PA 1NLSA 1ENQA 2ZGUA 1KJLA 4KS1A 2WT2A 1NNAA 3B9CA 1HDKA 3LSEA 1AZDA 1UKGA 4Q6KA 1W8OA 3AP5A 2C4AA 4M4NA 4DGRA 5IUQA 2A75A 2GMPA 1YO8A 1MS4A 1YYNA 2HT5A 5JOYA 4YM3A 4LBQB 1GNHA 3Q9OA 1AX2A 1DQ4A 1W6QB 3ALWA 1SLIA 2YZ4A 2VVZA 2SBAA 2VXRA 4UF7A 4MWRA 4FQZA 1IVGA 1SNTA 4YW4A 1EURA 2ENRA 4H55A 4R9BA 1NXD1 1CVNA 1QDCA 1NSBA 4LBNA 4XHBA 5HUNA 3CKZA 2UWAA 3ZPYA 4XIOA 4MWQA 1MS8A 2A7AA 2VW1A 4XJRA 2ZACA 1G9AA 5T5PA 3UJQA 2X9MA 7NN9A 3DUIA 1AVBA 4X6KA 5HCAA 3W09A 1JXNA 2E53A 1YIFA 3GVKA 5E8AA 3MW4A 4LBJA 1V3CA 4GKXA 3V0AB 5GZDA 1SLCA 4KS4A 2CWMA 2VSMA 1XQNA 1JYIA 3BEQA 4CPLA 4ZKTB 1C57A 5DZEA 2CY6A 1V3DA 3LCPA 4PCRA 3WHTA 4DQAA 1IOAA 2OW4A 3RMXA 4K1ZA 3BTAA 3ZXJA 1MR5A 1Z4VA 1G8WA 1LOFA 5DXDA 1D0HA 2P34A 4XJ8A 2FMDA 4YGBA 4DFSA 3SILA 1LOGA 4XBQA 2Z42A 3N36A 2JD4A 1V0ZA 4MWJA 1KDMA 1DFQA 2NMOA 2A71A 2ZGQA 2E51A 3MPPG 1NNCA 1W6PA 4RA0A 2XG3A 5B2DA 1USRA 3K38A 1WBLA 1Z4YA 4M3CE 1DYKA 3WCRA 3CYEA 1F8DA 2F13A 1PZ8A 1N3OA 2ZGPA 5DG1A 1NCBN 2W20A 1INWA 2EXIA 5EYXA 2D6LX 5E89A 4PQ9A 4Y20A 3GNEA 2R16A 1W6MB 4HZXA 4GA9A 2VK7A 4NC5A 3AP9A 2WKKA 3M3QA 2W5OA 1NN2A 1LTEA 4ITCA 2HT8A 2QWKA 1XOEA 4X47A 2ZMKA 2B8HA 3WLUA 2BZDA 1WUVA 3POYA 2ZGRA 1EUSA 4NO4A 4XJAA 1IKQA 2CTVA 1LENA 1ULDA 1VAVA 1S0BA 1F8BA 1CONA 1AJOA 4UW5A 3ATGA 5BYNA 1F31A 5GM0A 1Q56A 1V6IA 3NV4A 3SNMA 4MWXA 3FUOA 4NOTA 3UK9A 1FNZA 4P9YA 2D44A 2ZHMA 4MC7A 1D2SA 1MS9A 2FHRA 1WCSA 2HT7A 3LSDA 1DLLA 4ISRA 2DU0A 1JUIA 2DVAA 4C1XA 1BXHA 1CPNA 3ZVXA 3VKLA 3B01A 1ENRA 1E8VA 2DUPA 3K37A 3NWKA 2HTRA 4YW2A 4ATEA 2VU9A 4BPZA 5KXDA 3A0KA 3L2YA 1NCDN 5KXCA 1FV3A 1EPWA 2PELA 1Y7BA 4FZHA 2DVGA 2F28A 3KQRA 3O0VA 5T5JA 1QU0A 4TZDA 4U36A 4XOGA 3V0BA 2D7FA 1V6MA 1LODA 1CIWA 3O9KA 1W6NA 1LOBA 1VALA 3D11A 1RITA 1N1VA 1G86A 1A3KA 1IVBA 1INHA 2ZGTA 4FJ6A 1C1FA 2ARXA 4FOWA 4MJVA 3SANA 4UW3A 4ISQA 1EUTA 3USUB 4WA3A 4DPNA 1Z0HA 2W38A 5HCBA 3I8TA 3OJBA 4GALA 4WEFA 1VIWB 1QMJA 3H72A 3HN1A 4CRQA 5EXOA 2YROA 2A6XA 1LHNA 1KRIA 2QWAA 4BLIA 5T52A 2GDFA 4J9TA 1NMCA 1F5FA 4FOQA 4K1JA 2P37A 1INGA 4MZAA 1KQRA 4QN6A 1IVCA 5KXBA 2ZHLA 1WW7A 3OGGA 4CPYA 1L7GA 2ZKNA 2ZHNA 1W20A 2DUQA 2YMZA 3PJQA 1SLLA 3NSSA 2RHPA 3WCSA 3WHUA 1S0GA 4XZPA 4HZZA 1W6OB 4NN9A 5H9SA 2R1DA 4FPKA 2VUAA 2LALA 2AEQA 3SH5A 1Z4XA 1NNBA 4Y22B 5DUVA 3VV1A 1BYHA 2A3WA 1N47A 1DILA 4M3MA 1AJKA 4XIKA 1LU1A 4XTPA 2C4LA 3NV3A 4Q8KA 3B00A 3PVEA 2Q5TA 1Q8QA 3AYEA 4KS3A 2E6VA 4HANA 4FOYA 2A6YA 3INBA 4DRRA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1QNWA 4XUQA 1LHVA 5CKMA 5F5CA 5F3CA 4AOCA 1WCKA 4XE9A 2WOZA 5FOBB 3A21A 1V9U1 3AKTA 3PVOA 4GNAA 5I0DA 1EY2A 1OF4A 3BALA 3IT8A 3ZYFA 2Z32A 5HUGA 2BATA 4Z8BA 5CA6A 2YA7A 1AL23 3APBA 1K5JA 4M3CB 2A1XA 4NWVA 4J6GA 1APNA 4W6XA 3N3HA 2HTYA 3S8VA 2W68A 1KDKA 1UN1A 1EYBA 3CL1A 1US2A 1SCRA 5A33A 2A6VA 2WL1A 3A22A 3WG3A 2I2SA 3AZVA 4QN4A 4FOVA 1GOFA 4QHZA 1F5JA 3UGHA 1SFNA 1HJGA 4LO4B 4AEDC 5JPNB 2BOJA 2DVDA 2YC4A 1W1XA 2HTVA 4UXAA 3U37A 2QJVA 1E8UA 4BE3A 5A3OA 1JYNA 4INDA 3VDCA 4AVSA 2E7AA 3P6BA 4LO7A 4HONA 4ZZ5A 2ZB6A 1MZ5A 4I2OA 1BCXA 4PLMA 3E6DA 4OUSA 2WAAA 5DAPA 1QJEA 1UIKA 3SKJE 4XJ9A 3GDBA 3VZKA 1UY1A 4F7ZA 3N4MA 1HRI1 3P5BL 4MGKE 2Q1MA 1V3EA 5GLUA 4UBGA 4CP2A 1ULEA 1RMU1 5EX7A 3LFIA 3SOVA 3K39A 2D43A 1DP0A 1H1IA 2HTQA 3ZFFB 4DS0A 1XPWA 4QXKA 4GEZA 1B35B 4NRQA 4YM2A 4QDSA 2GALA 1WLTA 1G9BA 1GQGA 1FPN3 2OUJA 3I7DA 3WDUA 4CUGA 4DMIA 4NCSA 2Y0IA 2RJLA 4AI0A 1IKPA 1W9FA 4AGVA 4IE6A 1E5HA 2DWRA 3VD9A 2D6NA 2ETEA 4XHXA 1Q8PA 1GANA 1KD7A 3O12A 5GZEA 3WNXA 3K4DA 4XVHA 4IFLX 4PF5A 2BEOA 4CP9A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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