4FQ4A

Crystal structure of the nanb sialidase from streptococcus pneumoniae in complex with 2-[(4-fluoro-3-methylbenzyl)ammonio]ethanesulfonate
Total Genus 194
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
194
sequence length
658
structure length
658
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYDIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase/inhibitor
molecule keywords Sialidase B
publication title Synthesis and structural characterisation of selective non-carbohydrate-based inhibitors of bacterial sialidases.
pubmed doi rcsb
source organism Streptococcus pneumoniae
total genus 194
structure length 658
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2012-06-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4fq4A03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4fq4A01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4fq4A02
2WJSA 1JW6A 1A8DA 1CONA 2P2KA 4F83A 2GMEA 2CWMA 3NV3A 4YW4A 3M3CA 2DUOA 5DZGA 2NP0A 4KS5A 1WLDA 3K39A 1A4GA 2A6XA 4XOGA 4PCRA 5DUVA 2HTWA 4GALA 5GLUA 3JU9A 3N35A 5DG1A 3QLQA 1NSDA 1CR7A 2F12A 4CPNA 1DHKB 3SITA 2ZB5A 1NSCA 4XILA 1MR5A 3ZSMA 2W5OA 5DXDA 5JOZA 2VSMA 1W8OA 4P14A 2F28A 2SLIA 1HKDA 1BKZA 4MJUA 1TEIA 1KDMA 1V6MA 2A5ZA 3M3EA 4X49A 2WSUA 3USUA 2XB6C 4K1JA 2GN3A 4MZAA 4YGDA 3UL2A 3IPVB 2A71A 3FBYA 1S0EA 2I2SA 1N47A 2DVGA 1VCJA 1URXA 4R9DA 4M01A 2E6VA 5KXDA 1WCSA 1JYCA 3R4UA 3POYA 1DGLA 3VUOA 1FNYA 4M3MA 4U2AA 1JUIA 1L7GA 3BOPA 3LSEA 1NMAN 3L2YA 3NV2A 2DTYA 4K3YA 3I4IA 1L7FA 5GM0A 2WT1A 2NYYA 1MS8A 1DQ5A 1SACA 1N1VA 1GZCA 4MC7A 2CYFA 1CVNA 3K37A 3H0OA 3GNEA 4ISRA 1LOCA 3RRDA 1ULCA 4IQPA 1LHUA 2F11A 1ZM1A 2GALA 1ENQA 3O0VA 2JE9A 4X47A 2C4LA 1H9PA 4AVVA 3B69A 5T5OA 4YFZA 4FJ6A 3R05A 1LOBA 4P9WA 4X4AA 3BEQA 5KXCA 4YG0A 2E53A 2C4AA 3WHUA 1H9WA 4ATFA 2W08A 4XJ9A 1B09A 3NWKA 4Y1UA 2CTVA 2VH9A 2RKCA 2VY0A 4K21A 1WLCA 3ZXJA 2QWCA 3SNMA 4DQAA 4CPLA 1JYIA 4LBMA 1V0EA 1AJOA 1INGA 2C9AA 4XMIA 2PHUA 1INVA 1LGBA 2QWBA 4ZXKA 5T50A 1PZ9A 1LODA 1IS3A 4K20A 1Q8QA 5NN9A 4DPNA 4XJWA 5HCFA 1S0IA 1NCBN 1V6JA 1WW6A 4YG6A 1NMCA 4YZ1A 1DQ4A 4XJUA 1AJKA 3RMXA 1AF9A 5AVAA 3A0NA 2ZGOA 1FNZA 3AK0A 3FLRA 3NV4A 3NN9A 1ENRA 3IPVA 4JC1A 2QWIA 2WT0A 1AX1A 4XJAA 1MS5A 3B9CA 4NCSA 2W20A 4CPZA 1JN2P 4FPOB 1IS4A 3TAYA 3VKMA 1MWEA 2NZ9A 4Q27A 3WDWA 2YA5A 1LOEA 4MWWA 3SH3A 1DBNA 1APNA 4XE9A 2W68A 1WLWA 2R1BA 1B9SA 3QCWA 3ZXLA 2SIMA 4LBLA 1CJPA 5FRAA 3Q9OA 2H0BA 4LBQB 5CBLA 1INYA 4CPYA 3HMYA 3MW3A 4XJRA 1W8NA 3A71A 1RIRA 3N7JA 2D6MA 4MX0A 1QNWA 4X6KA 4ISQA 1G86A 3W09A 5F5QA 3AX4A 1LCLA 2ERFA 4FP2A 4MWVA 1QU0A 4P9XA 1C57A 2AREA 4CZSA 4GZXA 4B7QA 2W39A 1USXA 1VCUA 2ZGQA 3KQRA 4DS0A 1FYUA 1W0PA 2EXJA 5JDBA 1IVFA 5JMCA 1QOOA 1UZZA 2ZB6A 2SILA 4LBQD 1G9AA 3O9KA 4AGRA 3O12A 4KS2A 2P3IA 1DIMA 3INAA 3WZ1A 1W20A 2BF6A 4AVSA 1V6NA 4WVWA 4Q26A 4D69A 2D7FA 2RHPA 5DG2A 1NN2A 3M2MA 3WDXA 1B9VA 4XBQA 4XJ8A 3WV6A 2W52A 1YI7A 1Z4ZA 3AFKA 3WDUA 4FOWA 1N3OA 1MS1A 1XOGA 4WA3A 2ZHLA 2UWBA 2HTUA 4GDIA 4YGEA 1A3KA 2YY1A 6NN9A 2DVDA 2LTNA 1DIWA 2YZ4A 1SBFA 2NMOA 2C5DA 1SLTA 4JF7A 4UF7A 4P9YA 3RMYA 1V6KA 2XZKA 5DUXA 4XYXA 1CIWA 1JOJA 1LHWA 3SANA 4NO4A 4YZ2A 1DLLA 2YA6A 4AGGA 3C2UA 1ZA4A 3AJZA 2XZIA 3R4SA 2SBAA 4YGCA 1UZYA 1V2IA 1F5FA 2VXRA 5IK4A 5GALA 1LENA 3ILFA 2OUHA 4H52A 1V6IA 1W6PB 1CN1A 5GJ6A 4BOWA 2VW2A 4LBQA 3T1EA 4TZDA 1W6QB 1LEDA 3DGTA 3IN9A 2A3YA 4HZYA 4FOYA 3T1LA 2VW0A 4LBNA 3POSA 2JKBA 1GZWA 4BBWA 2FMDA 2CNAA 4H55A 3WUDA 3WUCA 3WVJA 2DUQA 4Y1YA 2A6YA 3AXDA 4I30A 2PELA 2A6ZA 1LEMA 2UWAA 4Q1RA 2E51A 4PF5A 3MW2A 5CA6A 1V0ZA 4MWUA 4MWYA 3ZXEA 2F13A 2ZGLA 3I8TA 1Z78A 4QNPA 2R16A 3ZVXA 1V0FA 4R9BA 4GZTA 1IVBA 3B7EA 2QWAA 1QKQA 2ZMKA 5E88A 1CQ9A 2D43A 3BODA 3JUUA 1MS0A 4ASMB 5HUKA 2ZMLA 3LCPA 2DUPA 4YM2A 2A3XA 5HUMA 4WEGA 4XBLA 4Y24A 4YZ5A 3V64A 3FUOA 2VK5A 3IMNA 1YXWA 2AH2A 3CYEA 3N7MA 3NSSA 2VW1A 2CMLA 3AYEA 1HLCA 5GLVA 4Z8BA 1W1XA 5GLTA 1SBDA 4WZFA 1O4YA 3V0BB 2JD4A 5LK5A 1MACA 3N36A 3D5OA 3B3QE 1OKQA 2YV8A 5T55A 4GZSA 2HTQA 2HTRA 5JVVA 2AEQA 4Q1PA 1BXHA 2OUJA 1ULGA 1LOFC 1LULA 1IVCA 1W6PA 2BQPA 2DU0A 2GNMA 3AP9A 1YYNA 1GZ9A 3VKOA 1W6QA 2ZGPA 4MWXA 2TEPA 3TIBA 1GANA 5KXBA 2WQZC 2LALA 4YM3A 4FVVA 3ZSJA 3V65A 3RQ0A 3PJQA 2ZBJA 5HX0A 2E7TA 4UW3A 2EALA 1H30A 3UK9A 1FATA 1AXYA 1SFYA 1LHVA 1NCCN 5HCAA 2VK6A 3ILNA 3AP5A 3O0WA 1DZQA 2DWRA 4XHBA 1SBEA 2ZGRA 3AZZA 1WUVA 2YDPA 2V5YA 2ES3A 3H72A 1A14N 1SCRA 3N7LA 1Z4XA 2QWKA 3A0KA 3VKNA 4DFSA 5IUQA 2WSVA 3WNXA 4GZWA 3VKFC 3H73A 1Q56A 3WG2A 1NMBN 4NN9A 1GYKA 4FPGA 1YIFA 4K1IA 5L73A 1V3BA 5GZFA 3O9JA 4YW2A 1AX2A 5DZFA 1KITA 1W6MB 3W58A 2R1DA 4YW1A 4GZOA 4FPEA 3H6JA 2B8HA 1Q8PA 2PHFA 1LU2A 3TIAA 5BYNA 3SH4A 3D11A 2G4IA 3BTAA 5JLVA 4GKXA 1VAMA 1XQNA 1YRZA 2P34A 3K36A 2GN7A 3WDTA 5JYYA 2A75A 2QWDA 2YA8A 2EXHA 2W5NA 4HZWA 5DUWA 1LHNA 3OGGA 4JCKA 3AZXA 1WW7A 5JOXA 3V0BA 3ZYPA 2ZGUA 7NN9A 2PHRA 4FPHA 1UAIA 2EIGA 2D3SA 3PVNA 4Y20B 1UL9A 1IVEA 1G9BA 1LGNA 3CL2A 2QWJA 1JXNA 1Z4VA 3SILA 1GICA 3NV1A 2GNDA 3OBTA 3VV1A 4XXPA 5GZGA 2HTYA 3OBRA 1DQ6A 2HYKA 4I00A 1Y7BA 1J1TA 2EXKA 3RS6A 4XTMA 4GJTA 5H9PA 4QN7A 5EYYA 4XXAA 2AEPA 1V00A 5GZCA 1S0GA 4MWQA 4M3CF 3AP4A 1GLHA 1MVQA 3UJOA 1SLAA 2HU0A 3AXEA 5EWSA 4D8SA 1SO7A 4XJQA 1KDKA 3O0XA 4ATEA 2VU9A 2GMMA 4FPCA 3T2TA 1Z4YA 2XCYA 3B01A 1ULFA 5EYXA 2NM1A 2YROA 4GEZA 1Q8OA 4FPFA 2EF6A 1BZWA 3AP7A 5T5LA 4DGRA 3SALA 4GB1A 2P37A 3LSDA 2JJ6A 4FPKA 3ZXKA 2JDZA 5H9RA 1W6MA 5KXEA 4CPMA 2ENRA 3FLTA 2KM2A 4LBKA 5GLZA 2ZHNA 1I1EA 3ALXA 4GWNA 3WLUA 3HN1A 4GA9A 1Z0HA 2R0FA 1IS5A 4J9TA 1FAYA 3ZXFA 2ZGNA 1GNZA 4BM8A 2V73A 4FVKA 5EXOA 5CB7A 2ZA9A 1V3EA 1ENSA 3D4KA 4UW4A 3WDVA 4Y1VA 4R9AA 1KJRA 2CL2A 1S1AA 4FQ4A 2HT7A 4MWLA 1SLLA 4AWDA 1IKPA 1MS4A 4U36A 2WT2A 1EUUA 1ONAA 1EURA 2Q5TA 1F8EA 4QN3A 4B7JA 2ZGSA 5JOWA 4XTPA 1S0CA 3WCRA 1ULEA 2WNEA 3TI6A 3HR9A 3POWA 2FHRA 1XOEA 5HUGA 2A6WA 2QWFA 4Y20A 3DUIA 3O5SA 4GWMA 1X50A 1F8CA 3PMEA 2D44A 3A4UA 4Y22B 1SCSA 3IKWA 2F29A 3UJQA 1Q8SA 5GZDA 2DU1A 1DYKA 1JBCA 3CL0A 2ZGMA 1IVDA 2D6KA 4FPJA 1WBLA 4OZXA 2W38A 1KRIA 4B7RA 1EUSA 4MWJA 1DQ1A 1HDKA 3FUQA 2ZMNA 1WW4A 2ZHKA 4XDQA 5IT6A 4Y1ZA 3B00A 4B7NA 1F8DA 4YLZA 4K1HA 1R1ZA 3FLPA 4C1XA 3ZPYA 4M3CE 1LOGA 1IKQA 4FOQA 4JRAA 3MEPA 5IK7A 1E8TA 3KM5A 3GVJA 4WA5A 4BPZA 4FPYA 3AYCA 2VWDA 3PVEA 3APBA 4KS1A 4CRQA 4Q8LA 2ZACA 1N1YA 1UPSA 1QOTA 4DRVA 4XZPA 2ARXA 1OFSA 4MZEA 4YFWA 3OPZA 1F31A 2UU8A 3IM0A 2YA4A 2A70A 1GKBA 4UW6A 3H71A 1E8VA 3MPPG 3N7KA 4WVVA 4XMAA 5HCBA 2F26A 3ATGA 2P3JA 4M3CB 2PHWA 1C1FA 2A7AA 2F0ZA 1W21A 2AGSA 4KBBA 2ZHMA 3M3QA 2YXSA 3WCSA 1LGCA 4AYUA 4BQ1A 3WG1A 4H53A 5HUNA 4AVTA 2AYHA 1WCQA 1LHOA 3GVKA 2YA7A 1L7HA 3V0AB 2DVAA 3CNAA 2ZABA 4MYEA 5H9QA 1V3DA 1LOFA 2VUAA 5T5PA 3ZYRA 2AUYA 1AXZA 3AJYA 5T52A 1GSLA 4NC5A 2BZDA 4PBOA 2GNTA 3ILRA 4XHXA 5DUUA 4K1YA 2D6LX 2OVUA 4QN4A 1LESA 2GDFA 4Y22A 1CESA 4RA0A 1RINA 4GDJA 4YZ4A 4CTEA 5E8AA 3OJBA 1MVEA 1BQPA 4FP3A 3AZYA 1U0AA 1VALA 1EUTA 1INWA 2CWSA 1LJ7A 1D0HA 1CPNA 1S0JA 2AR6A 4GZPA 1EPWA 4BLIA 4GKYA 2ZKNA 2D3RA 3OYWB 2VK7A 1N1TA 4M4UA 4HANA 3TI5A 1G7YA 4YW5A 1BJQA 4RL7A 4WA4A 4ITCA 5IK8A 3FFZA 2D6PA 4WV8A 2JECA 1DYPA 2DTWA 1C1LA 2JE7A 2ZAAA 1UKGA 4L8QA 1AXKA 2D3PA 1AZDA 1VIWB 1UX6A 4C1WA 2WKKA 3ZSKA 1NNAA 2BATA 1S0DA 5M1ZA 2EXIA 2DV9A 4GZQA 1OQ1A 2AENA 5H9SA 1Z4WA 2BERA 2R0HA 3M3OA 4YW3A 1NCAN 3D12A 3ALWA 4Y26A 3SISA 2XG3A 2X9MA 4KS4A 1SLBA 1F9KA 3N3HA 3ENRA 2P3KA 2HT8A 1HQWA 2F25A 2XZJA 1UMZA 4YM0A 2WLQA 4M3CA 4KS3A 1N3PA 3K3AA 2EAKA 1WD4A 2QWGA 1YO8A 4FQZA 4Q2FA 2F24A 2A6VA 1VAVA 2HU4A 4XIOA 1G9CA 2QWHA 2D6OX 3TI3A 4YGBA 3V0AA 2DVBA 1W6NB 5IK5A 1WD3A 1W6OB 1V3CA 4UW5A 1FV2A 3OY8B 4XBNA 2UURA 1BJIA 1G9FA 3SLIA 3VKLA 2ZGKA 1INFA 3TI4A 4BMEA 3TICA 1N1SA 4K1ZA 4M4NA 1LECA 1E8UA 3GVLA 3CKZA 1MS3A 1N3QA 1Z50A 2VSKA 1A4QA 5SV8A 1DQ2A 2PHTA 2E7QA 1D2SA 1KQRA 1G9DA 4XIKA 1NNBA 4Y1XA 3M1HA 2ZGTA 4FOVA 4K1KA 4R9CA 1SLIA 2DVFA 1NNCA 4HL0A 1O4ZA 2CY6A 1IOAA 4PQ9A 3D6EA 3ZSLA 1NXD1 3OYWA 3W59A 3AP6A 3ASIA 1GZWB 2A3WA 1QNYA 4GXLA 2ARBA 4FZHA 2DURA 5GZEA 2HT5A 5CNAA 3A72A 4Q6KA 1FV3A 1KJLA 1JHNA 1AVBA 1LTEA 2GNBA 2B7YA 1B9TA 1SLCA 2Z42A 4HZZA 3INBA 3U4XA 3AZVA 1NSBA 1IVGA 1I3HA 4CPOA 1AX0A 2QWEA 2D6NA 4HZVA 1WW5A 1WBFA 2ZZJA 3PVOA 3JU4A 1USRA 1DILA 4W65A 5T5JA 3BIWE 4MWRA 4YM1A 3WDYA 1QGLA 1LU1A 1PZ8A 2F10A 2F27A 1NLSA 1QF3A 2UWCA 1Q8VA 4HIZA 1MZ6A 3SH5A 4DRRA 1BYHA 1PZ7A 2VVZA 1DQ0A 2OW4A 2DYCA 5CAZA 1INXA 4FPLA 5E89A 2YDTA 2GMPA 1VLNA 5B2CA 5FREA 1G8WA 1V6LA 1S0FA 1W6NA 1W6OA 3AZWA 3TB0A 3USUB 1GNHA 1LOAA 1ULDA 3OY8A 2NMNA 2HTVA 3AYDA 1IS6A 1QOSA 5B2DA 4LBJA 1F8BA 5JOYA 5T54A 3T1MA 1GV9A 4BLJA 4HZXA 5GLWA 2NN8A 3AYAA 3RSJA 4TYSA 1MS9A 4SLIA 2PHXA 4M00A 1NCDN 4MJVA 4ZKTB 1W0OA 1RITA 1INHA 3K38A 4B7MA 2R49A 3RG0A 3WOGA 1QDCA 1V6OA 4QN6A 2YMZA 4LBOA 5DZEA 1QMJA 1A78A 4WEFA 1CPMA 3WG3A 4AGVA 4BMBA 1S0BA 1FX5A 4M4VA 1DFQA 3TI8A 3MW4A 1HQLA 3WHTA 1UN1A 1SNTA 1QDOA 5F9TA 4PBPA 4NOTA 4QN5A 3WG4A 3GALA 1MZ5A 4YG3A 1GBGA 4YZ3A 4Q8KA 4XJZA 1C4RA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2WJSA 2XUEA 1JW6A 2X10A 5ANQA 3CDZB 1F4AA 2FDFA 4KL1A 4F7ZA 1A8DA 1UU6A 1CONA 5BNPC 5J1XA 1AR61 2P2KA 4F83A 2GMEA 2CU5A 5AVPA 5L19A 4B7KA 1I5PA 2CAUA 2E7AA 4CU6A 2UYAA 5K4LA 5I8SA 1TME3 2EAAA 2CWMA 1CX4A 3JCIA 1O3SA 3R6SA 3NV3A 2QCSB 3BU7A 4YW4A 1NXMA 3QACA 3M3CA 4UAPA 3FHAA 3GM8A 2DUOA 5FYSA 1J3RA 1NY72 1VB2A 4JTNA 2PHLA 4EJRA 5A3PA 5C8WA 2BPA2 1UOFA 5D21A 3ZYBA 5DZGA 2NP0A 4QX2A 2X05A 4RYDA 4E8CA 4I3PA 4KS5A 4V2WA 3KLSA 2XWJB 2R6QA 1WLDA 3K39A 1A4GA 1OH4A 5DAWA 2A6XA 4META 4XOGA 1J83A 3RI8A 2MEV3 4UFKA 1X33A 4HK9A 4PCRA 4QAWA 3T09A 5DUVA 1R1A3 3I97A 3MIFA 2HTWA 4XFAA 1BBT2 4CA9A 4GALA 3USSA 3LF7A 5GLUA 4LLFA 3JU9A 3N35A 3NJVA 5DG1A 1K5MC 2IAWA 2EIBA 3CKHA 3BU0A 3WQ0A 2XWBB 2BV4A 2XBO2 1ZZBA 3QLQA 4E4SA 1NSDA 3VHRA 4NVPA 4AI9A 2FD8A 1CR7A 4A7ZA 3THDA 4FSJA 1QJFA 2FP9A 2F12A 4CPNA 1PO11 2BFUS 1JZ4A 1NQJA 4LNVA 4AG4A 3O1RA 1NQDA 1W99A 1QJZA 1OFZA 1DHKB 3CF6E 4TN7A 2VZQA 3SITA 4LPLA 3VBRC 1AR92 5JXIA 2ZB5A 1NSCA 3ZGDA 1CD3G 3ELNA 5FZOB 4XILA 4AEMA 5FYCA 3NSTA 1MR5A 3I2KA 3ZSMA 2W5OA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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