4XE9A

Crystal structure of the nanb sialidase from streptococcus pneumoniae in complex with optactin
Total Genus 191
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
191
sequence length
658
structure length
658
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYGIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title The Hunt for Serendipitous Allosteric Sites: Discovery of a novel allosteric inhibitor of the bacterial sialidase NanB
rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae tigr4
molecule keywords Sialidase B
total genus 191
structure length 658
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2014-12-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4xe9A03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4xe9A01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4xe9A02
5GLZA 2YY1A 1KITA 4GZSA 2DTYA 1A78A 4TZDA 3TAYA 1LU1A 1LULA 1D0HA 3UJQA 4F83A 1APNA 2GN3A 3WHUA 2AEPA 2FMDA 2YDTA 2BERA 1IVBA 4Y24A 3N35A 2WSVA 3SISA 1NSCA 3AYEA 3WDVA 4ATEA 3V0BB 3INAA 1WW5A 1F9KA 4XYXA 1AJKA 1XOEA 1IVCA 1DQ2A 2EXHA 1QDOA 1AX0A 2JDZA 3UJOA 3B9CA 4GDIA 1NSBA 3WDTA 2VK5A 2YZ4A 2UWAA 5LK5A 1DQ1A 5M1ZA 1GV9A 2VU9A 1AXKA 1RITA 1VLNA 4KS2A 1SLAA 4XTPA 2C4LA 2JJ6A 4KS5A 4W65A 1F8DA 3OY8A 3N3HA 1UZYA 2ZGUA 4M3CE 4CPNA 3QLQA 2HTQA 1V6NA 2ENRA 2DUPA 4Y26A 1GZWA 3N7KA 4FPOB 1F8CA 2EALA 4YM0A 1W0OA 1V3CA 2BF6A 4GA9A 1LCLA 1ZA4A 4AGVA 2HTVA 2BZDA 4M4VA 1W6NA 1LHOA 3ILFA 5KXBA 3AK0A 1W6PB 1UPSA 2P37A 4ITCA 2DU1A 5HX0A 1LGBA 3BIWE 4XBNA 3RMXA 4YM3A 2GNBA 2SLIA 4K1YA 4GZTA 3WG2A 1SFYA 3JU9A 3NV3A 4GWMA 2YA6A 4FVVA 5T5OA 3A0KA 4YZ2A 1KJRA 2F25A 5CNAA 4FPHA 1C4RA 4M4UA 3USUA 4QN4A 1SLBA 3VKOA 2FHRA 1B9TA 4BLJA 1W6MA 2ZKNA 1V6JA 2YMZA 2V5YA 5HUNA 2V73A 3VV1A 1IKQA 1IS3A 3TIAA 4XXAA 1JHNA 2YXSA 1ENRA 5KXDA 1JN2P 2YROA 5DZFA 3OBTA 2ZGQA 4MWYA 5E8AA 4FQ4A 3APBA 1JW6A 5SV8A 1CQ9A 1N1VA 4YFZA 2PHUA 2CL2A 1V0ZA 4MX0A 1PZ8A 2P3KA 4XJ9A 1NXD1 3TI3A 3AYCA 4Y22A 3TB0A 2NN8A 1A4GA 1S0FA 1B9VA 3HMYA 1IS6A 4MJUA 1OQ1A 4MZEA 1MWEA 1QOOA 5GM0A 4JRAA 3K39A 3IM0A 1QOTA 2D6NA 1FV3A 1LGNA 5GZEA 4GZWA 1XQNA 1G86A 1DIWA 3OJBA 3R4UA 4NN9A 1V6MA 4CPOA 4XJAA 4R9BA 4XJUA 5H9PA 1DQ5A 1V6KA 1DILA 1Q8QA 3UK9A 4BMBA 2WNEA 1H9PA 1E8VA 3INBA 2QWHA 1LESA 2PHRA 5GLTA 1MVEA 2CTVA 1CONA 1BZWA 2QWEA 4FJ6A 2GALA 1WLDA 5T5PA 2GNDA 4KS1A 4X6KA 1Z4ZA 2PELA 3NSSA 2NM1A 2EXKA 2A70A 4XMAA 1LHWA 2ES3A 3V0AA 1AF9A 4MYEA 5H9SA 4HZXA 1MVQA 1LOGA 1IS4A 4BM8A 5DUVA 2NP0A 2W52A 4HZZA 1V00A 1V6IA 2HYKA 3WDUA 3ZSLA 5DZEA 3AYAA 3T1EA 1GLHA 4MZAA 4FOQA 3ILRA 1FNYA 4PBPA 4Y1YA 5F5QA 4AYUA 3WG1A 2HT8A 3VKLA 4Q1RA 1V0EA 4XJWA 1EPWA 3H0OA 3SH4A 3HR9A 2C4AA 3CL2A 2A7AA 3IPVB 3ZXEA 3ALWA 1Q8OA 1QF3A 4M3CA 4MWJA 5GLWA 1BYHA 1INVA 4NCSA 2LALA 4QN5A 3D11A 2QWBA 1O4ZA 4LBQA 2VY0A 3TI8A 4UW3A 1F8EA 5EYYA 1DZQA 1SCRA 3WDYA 1LECA 4FPEA 1CPNA 5GLUA 4I00A 3SH3A 3CYEA 4XXPA 1INGA 3POYA 3TI6A 3NWKA 2F28A 2QWCA 4B7JA 1BXHA 3TICA 1Z4YA 1BQPA 1W0PA 4WEGA 4YGEA 4WVVA 2LTNA 1LHNA 1CPMA 4UW6A 1N3OA 2UU8A 1UX6A 1QOSA 4GJTA 3NV2A 5IK7A 3WVJA 3OGGA 5DG1A 2A3WA 2AH2A 3TIBA 4XE9A 1JUIA 1DYKA 1HKDA 3O9JA 3UL2A 1INHA 3BEQA 4CRQA 4PQ9A 2VSKA 2D7FA 3MW3A 4HL0A 2DTWA 1GZ9A 2XCYA 2SBAA 1FX5A 2WT2A 4BMEA 4OZXA 5T5LA 2HT5A 1UZZA 2SILA 3FUOA 2YA7A 3B00A 4XILA 1EUSA 1LEDA 4ZXKA 5EWSA 3A72A 1Q56A 1VAVA 4LBQD 2E7QA 4YGDA 3KM5A 4FPYA 1YYNA 5H9QA 4YZ5A 2NMNA 3ZPYA 1W8OA 2E53A 1INXA 4XBQA 3OYWA 4YG6A 4XHBA 2CWMA 3W09A 1ONAA 4XHXA 1C57A 4LBOA 1BJQA 1B09A 2YA5A 1LENA 4LBKA 1GKBA 1NCDN 3T1MA 3SANA 1W1XA 3AXDA 1LU2A 3O0VA 4YFWA 3M2MA 1EUTA 3AZVA 4DRRA 5CA6A 5JOWA 4P14A 4MWUA 5B2DA 1N3PA 2W5OA 1D2SA 2DUQA 1V6LA 3O0XA 4FP3A 2ARXA 3R05A 4AVSA 1E8TA 2R16A 1SBFA 3WUDA 1LTEA 1JXNA 1NNBA 4DPNA 1F31A 4HANA 2PHXA 4BLIA 1LGCA 2ZZJA 1G9FA 4RA0A 4DQAA 1VCJA 3GALA 1W6OA 1A4QA 2BATA 1G9DA 1DFQA 4FPFA 1YO8A 4XJQA 4RL7A 4R9DA 3B7EA 4FPKA 2PHWA 4DGRA 1AZDA 3SNMA 4CPZA 2E6VA 4K3YA 4UW5A 1MS1A 4WV8A 1UKGA 1FATA 4FVKA 3WDWA 3I4IA 2D6MA 4L8QA 4BOWA 5BYNA 3JUUA 3H71A 5E89A 5DUWA 5JOZA 3H73A 4XOGA 1YIFA 2A6YA 3WZ1A 4YG0A 4SLIA 2ZGTA 2ZBJA 2R49A 5CB7A 4B7RA 2QWIA 1S0DA 5DZGA 4GALA 3O5SA 3IKWA 3FBYA 1BKZA 1NSDA 4FPJA 1N1TA 4GWNA 3ZXKA 4WVWA 5DG2A 4GZXA 1E8UA 2ZB6A 1B9SA 1PZ7A 3A4UA 3OPZA 1SO7A 2GN7A 1HQLA 4JC1A 2W08A 2JKBA 3RMYA 2HT7A 1IVFA 1S1AA 3H6JA 1FAYA 1JOJA 5CBLA 4Y1XA 2OVUA 1G9CA 1GNZA 3IMNA 4Y20B 1JYIA 1Q8PA 2P3IA 3CKZA 2VUAA 4H53A 1CJPA 2VK7A 3NV1A 3SITA 1AJOA 2A6ZA 3GVLA 2QWFA 2BQPA 2TEPA 4YM2A 5DUUA 3VKFC 1BJIA 4B7QA 4YM1A 3N7MA 1W6QA 2DVAA 3WOGA 1WLWA 2Q5TA 1QU0A 1ULCA 3TI5A 2GNMA 4Y1VA 1G9BA 1NMAN 3QCWA 2H0BA 4YZ3A 3A71A 2HTYA 1LOCA 3POWA 4YZ1A 2DVBA 4K1ZA 4R9CA 4Q6KA 3RS6A 4GKYA 5T5JA 4WA5A 2DYCA 2ZAAA 7NN9A 1WUVA 4IQPA 1UMZA 3KQRA 1KJLA 3B3QE 4Q8LA 1EUUA 4B7NA 1DQ0A 4H52A 4UW4A 4XJ8A 3BTAA 5GJ6A 3HN1A 3R4SA 1A8DA 1Z4VA 3H72A 2ZACA 1INFA 1SBEA 5F9TA 1ULGA 4ASMB 1VALA 1J1TA 3V0BA 3NN9A 1V2IA 1Z0HA 1KDKA 5CAZA 4K1KA 3Q9OA 4XDQA 5EXOA 2OW4A 1LODA 3AYDA 5GZDA 2F29A 4X47A 2DURA 2D3SA 1CVNA 5HUGA 2G4IA 1YXWA 1N47A 4FPGA 2R0FA 3SILA 3O12A 5GLVA 1PZ9A 2UURA 2D43A 1INWA 1NMBN 2WLQA 1XOGA 1MS4A 2UWCA 3ZSMA 2EXJA 2D6PA 3M3QA 1N3QA 3V64A 3AP5A 2ZA9A 4AVVA 1UN1A 4FOVA 1Z78A 3OBRA 2HU4A 1W6PA 4ATFA 3NV4A 4YLZA 1Z4XA 2A6XA 1WBLA 2XB6C 3WV6A 1YRZA 1S0BA 4WEFA 5B2CA 1CN1A 3I8TA 4ISRA 2HU0A 2EXIA 3W58A 5IK5A 2JECA 1LOAA 1VAMA 2D44A 2ZGSA 2VVZA 4QN7A 1NCBN 1CR7A 4Q8KA 4YZ4A 5JOXA 1G7YA 4I30A 1WD3A 4YGCA 2ZGPA 2R1BA 2OUJA 2D3RA 3OY8B 3AZYA 5EYXA 2P34A 4D8SA 1MS9A 3VKNA 4M00A 3MW4A 4TYSA 1GZWB 2W38A 2A3XA 1OFSA 1CIWA 4ISQA 3T2TA 1L7FA 3AFKA 1DYPA 1QNWA 1W6NB 1KRIA 1H30A 2QWGA 3MPPG 4YGBA 2VW0A 1WBFA 1S0GA 1I1EA 5T54A 2QWDA 2A6WA 1L7HA 3LSDA 1VCUA 2D6LX 4AGRA 2ERFA 2AREA 5GALA 2ZHMA 4QNPA 4Z8BA 3RG0A 4BBWA 1GICA 2ZGKA 1C1LA 2E7TA 4P9YA 3U4XA 3SALA 3PVNA 3USUB 1DGLA 2YA8A 4FQZA 3GVKA 2AUYA 4HZVA 1W6MB 2ZGLA 4DFSA 1AVBA 1LOBA 4XTMA 1ENSA 4XJZA 2EAKA 2CWSA 4MJVA 2D6OX 1Q8SA 3K3AA 1S0CA 2F24A 5E88A 1W8NA 1Q8VA 3WLUA 4AGGA 2F27A 1MS3A 1GANA 1IS5A 1AXYA 3AP6A 4Y22B 2B8HA 3K37A 4HIZA 1FYUA 2P2KA 2YDPA 2F13A 3VUOA 2W20A 3D12A 4GEZA 1AX1A 5HCBA 1V3EA 3N7LA 3W59A 4GDJA 1MZ6A 1RINA 4FOYA 4H55A 2JD4A 3C2UA 3AX4A 2CNAA 4YW4A 4MWRA 1LOEA 3BODA 2ZGNA 3LCPA 3AP7A 3WDXA 2ZHNA 4C1XA 4KBBA 2A71A 2ZMLA 1HQWA 3AJYA 3M3EA 4FZHA 4FOWA 4YW1A 1N1SA 1F8BA 1Z4WA 4CTEA 2W68A 1O4YA 3DGTA 1IVGA 2D6KA 2A5ZA 3WUCA 3ILNA 1IVDA 2CYFA 3POSA 2R1DA 5T52A 3IPVA 5NN9A 3ENRA 1MACA 2F10A 1C1FA 3ZSKA 3K36A 1DHKB 3PMEA 2D3PA 2GMEA 1NLSA 1F5FA 1JBCA 3FFZA 5HCAA 5L73A 1G8WA 1G9AA 4K1IA 2DV9A 2ZMNA 5HCFA 5T55A 1NNAA 2GDFA 2XZJA 4M3MA 3V0AB 4Q26A 4BPZA 2AEQA 3ZVXA 5IT6A 4MWXA 1NMCA 1QMJA 4MWWA 1SLIA 3PVOA 2VW1A 4JCKA 2UWBA 1ENQA 4LBJA 2F12A 2JE9A 5AVAA 4CZSA 2RHPA 1NN2A 1FNZA 1DQ4A 1LOFA 2YV8A 1URXA 1Y7BA 5H9RA 2DVDA 1WLCA 1NNCA 3CNAA 3MEPA 5JYYA 4K1HA 3TI4A 2ZABA 4MWVA 2JE7A 3D5OA 4AVTA 1Z50A 4WA4A 2WKKA 4M3CB 3WCRA 2ARBA 4XIKA 1LOFC 2P3JA 4GZPA 3AJZA 4KS3A 4GKXA 3ZSJA 3FUQA 2NMOA 1WW4A 2GMMA 3ZYRA 4AWDA 3FLRA 4Y1UA 3AZWA 4LBQB 1ULDA 1WD4A 2DVGA 4CPMA 1W20A 3K38A 5FRAA 3AZXA 2F0ZA 2XG3A 4MWLA 2OUHA 2AYHA 3AP4A 3M3OA 1A3KA 3ATGA 2VH9A 2ZGMA 1S0JA 4NO4A 3FLPA 4LBNA 3A0NA 4PCRA 5JMCA 4PBOA 1MR5A 1RIRA 1GSLA 2AR6A 5HUKA 1SLLA 1DLLA 2I2SA 2CY6A 2EF6A 5GZFA 1MS8A 3PVEA 2E51A 4YW2A 3D6EA 3WHTA 2C5DA 4XZPA 3O0WA 1I3HA 3RRDA 1UAIA 5JOYA 3ZXJA 2WT0A 1DQ6A 4QN3A 1UL9A 4LBLA 2GNTA 1V3DA 2VK6A 1WCQA 4Q1PA 1GBGA 2VW2A 1S0IA 4PF5A 1SCSA 2WT1A 3JU4A 2AGSA 4Q27A 2WJSA 3MW2A 4NOTA 2C9AA 4HZYA 5IK4A 4GB1A 2HTUA 4XIOA 3ZXLA 2F26A 4XBLA 5FREA 2B7YA 1LHVA 3OYWB 5JVVA 3VKMA 4U36A 1N1YA 5GZCA 3AP9A 1USRA 1YI7A 4DS0A 1L7GA 2W39A 4HZWA 3SH5A 3ASIA 5IUQA 4P9WA 1SNTA 4JF7A 4YW3A 5KXEA 3T1LA 2DVFA 2ZHKA 3DUIA 4FPCA 4UF7A 4YG3A 4BQ1A 3M1HA 1INYA 3WG4A 2XZKA 3WNXA 3WG3A 4P9XA 4CPLA 3O9KA 3N7JA 2A6VA 4YW5A 4MC7A 4K20A 5KXCA 1V0FA 1AXZA 4M01A 1QDCA 1SLTA 4GZOA 1USXA 2SIMA 4DRVA 1WW6A 1IVEA 1WCSA 1V6OA 2YA4A 1W6OB 4MWQA 2NYYA 4XMIA 1R1ZA 1GYKA 2X9MA 1EURA 3FLTA 5DXDA 4X4AA 4WZFA 2PHTA 1HLCA 3ALXA 2R0HA 1DIMA 3M3CA 2KM2A 3ZYPA 2QWJA 3B01A 4Y20A 3IN9A 2VXRA 2A75A 1ULEA 4FP2A 3GVJA 1TEIA 1IOAA 1QNYA 2A3YA 3LSEA 3RQ0A 1NCAN 4M4NA 3B69A 4CPYA 1QKQA 2AENA 3CL0A 4X49A 1GNHA 2RKCA 1IKPA 4GZQA 1VIWB 2WQZC 2DU0A 1W21A 2QWKA 1MS5A 1X50A 1GZCA 2HTWA 2F11A 2VSMA 2ZB5A 3RSJA 4QN6A 1KDMA 2DUOA 4K1JA 1KQRA 2W5NA 5HUMA 2DWRA 2HTRA 4NC5A 2XZIA 4WA3A 4GXLA 2CMLA 2WSUA 3WCSA 3D4KA 3SLIA 5IK8A 2ZMKA 1MZ5A 1A14N 1AX2A 1ZM1A 2PHFA 1LJ7A 4XJRA 1SBDA 1NCCN 2VWDA 4LBMA 1JYCA 4Q2FA 3AZZA 4D69A 4B7MA 4ZKTB 3V65A 3N36A 4U2AA 1HDKA 2ZHLA 4R9AA 4C1WA 5JDBA 1LEMA 3L2YA 4Y1ZA 2NZ9A 6NN9A 5T50A 1W6QB 3ZXFA 5GZGA 1QGLA 2QWAA 3GNEA 4M3CF 1ULFA 3BOPA 2GMPA 3PJQA 4K21A 1CESA 5JLVA 1OKQA 1LHUA 4KS4A 1MS0A 3AXEA 2Z42A 2ZGRA 4J9TA 1SACA 4FPLA 1S0EA 2ZGOA 1FV2A 1DBNA 1SLCA 1WW7A 1U0AA 2EIGA 1H9WA 1V3BA 5DUXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4MUVA 2EVXA 4LOTA 5A1FA 5C7GA 5GX5A 5FZ8A 3HT1A 4OMCA 5GLZA 2YY1A 1KITA 2WO3A 5C8CA 2DTYA 2VL4A 1A78A 2WFPA 5BNNB 4GZSA 4AGTA 1U5YA 1V9U3 2VCBA 1I5PA 2VBBA 4IV1B 4QPGA 5KHJA 5FZ9A 3AMSA 2Q1MA 1JYVA 4DMIA 5AC93 3ZYGA 4TZDA 1NE6A 2Z2SB 4PHZA 2RS13 2J22A 1VBB3 5CU1A 3TAYA 2JICA 5M0TA 2ZWAA 4EN0A 3G4HA 1LU1A 1CD3G 1LULA 4DUWA 2VUJA 4HONA 4CDXB 1D0HA 3AMRA 5FTTC 4QPIA 3UJQA 4F83A 3AMPA 1APNA 4L7DA 3NAPA 3B94A 2GN3A 2XLFA 3WHUA 5I0RA 2AEPA 1FPN3 1RHI3 4Q0PA 3J7HA 1SHWB 4H7LA 4AHZA 5H47A 1QY4A 5I8TA 4IEWA 5A3UA 4YY8A 2FMDA 4GN8A 1XSRA 5FMDA 3ACIA 5C33A 4Y4YA 2WNUB 3CBNA 5EJ3A 1RUJ3 1YNAA 3D8CA 2JEMA 2YDTA 3K3NA 2BERA 3KLSA 3RYKA 1IVBA 4CXYA 1NCRA 4IXLA 4ASCA 4Y24A 2R6QA 5C8CC 5BUVA 1QEXA 2MNGA 1OOPC 2UY9A 2WINB 3K4ZA 2WSVA 3N35A 4QPGC 3SISA 2XPJA 1MQTC 1GP6A 3H3UA 3ZDVA 1WGPA 1NSCA 2VTXA 3AYEA 3RWNA 2XDVA 2RM23 3TWIA 1SG3A 3T08A 3WDVA 2ZEXA 3NJZA 1RUG3 4I02A 1Y9MA 4ATEA 5C4WC 3V0BB 3A9GA 3INAA 3TOJA 5DAVA 3T4VA 4CH9A 1WW5A 2DF7A 1QJX3 1F9KA 4ORFA 4XYXA 3NAPC 3WF0A 3O7OA 4AHXA 4FTEA 3D0JA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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