4XE9A

Crystal structure of the nanb sialidase from streptococcus pneumoniae in complex with optactin
Total Genus 191
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
191
sequence length
658
structure length
658
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYGIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title The Hunt for Serendipitous Allosteric Sites: Discovery of a novel allosteric inhibitor of the bacterial sialidase NanB
rcsb
molecule keywords Sialidase B
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae tigr4
total genus 191
structure length 658
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2014-12-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4xe9A03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4xe9A01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4xe9A02
1W20A 2P3IA 4H53A 5JVVA 1KQRA 2A6ZA 1RINA 2ENRA 2PHRA 1V6KA 1V2IA 3INAA 3PVNA 4Y24A 3SITA 4FOQA 4QN7A 3PMEA 3K38A 4PCRA 4X4AA 1E8UA 2RHPA 2V73A 2R1BA 2QWBA 5GLUA 4AGGA 3H72A 1QOSA 2UWCA 3RSJA 5M1ZA 1INWA 2HTUA 5DZEA 2YXSA 4BBWA 4WVWA 3KQRA 4MJVA 1LGBA 2JDZA 1W6NB 2QWKA 4KS3A 5HCBA 1AXKA 1WW5A 1VIWB 1VLNA 2XZJA 1BQPA 1I3HA 1RITA 4CPMA 3LSEA 1GICA 2NN8A 3OGGA 4W65A 2Z42A 4NC5A 4KBBA 3ALWA 4NOTA 4YM0A 1QGLA 1WBFA 4Q6KA 1ENQA 1FNZA 4FVKA 1YIFA 4P9WA 2D3PA 2P2KA 2WSVA 2AENA 3LSDA 4DS0A 1NSCA 3ZVXA 1SLLA 1A3KA 4QN3A 5NN9A 1XQNA 3CL0A 4UW4A 3T1MA 2VU9A 1FV2A 1V3EA 5EYYA 4MWWA 4P9XA 2CWSA 4XXAA 5B2CA 2QWHA 3B7EA 1BYHA 3WDXA 4NO4A 4BM8A 4YG3A 1AX2A 3BOPA 2A75A 5DUWA 3SISA 3AZYA 5GLTA 2NM1A 2C4AA 4GJTA 5SV8A 2ZACA 4QNPA 1USRA 2R1DA 2R0FA 1IS5A 1LCLA 4LBJA 3NWKA 3DGTA 2AUYA 2XZIA 1DQ6A 3OYWB 5GZGA 4K1ZA 1O4YA 1L7GA 2QWAA 3N35A 3I8TA 2F0ZA 4K21A 1NMBN 1NN2A 3UL2A 4K1JA 4WA4A 1LOBA 1W0OA 3POYA 3V65A 3AYAA 4K1HA 2E7TA 2QWDA 3WDUA 4YGBA 5HUKA 2XCYA 2YA6A 2GMPA 3ASIA 5IK8A 2NMOA 1WBLA 2F26A 1MVQA 2A3WA 2ZGPA 1HDKA 2F28A 3IM0A 1O4ZA 1WUVA 1GYKA 2A3YA 1JOJA 1AZDA 1LHWA 1LENA 4Y1VA 1I1EA 2ZHMA 2ZGSA 3VKNA 3WG2A 2BF6A 5F5QA 1YXWA 1IS6A 2X9MA 1DBNA 4Q2FA 2LTNA 4GALA 1FATA 3AX4A 4AGRA 1SBFA 2PHXA 1S0BA 2UURA 5E88A 1IVEA 4QN5A 4U2AA 1EUUA 1VCUA 3D6EA 1NCAN 3IN9A 1AJOA 4M3CF 1V6OA 1YO8A 4FPYA 3N7JA 3PVOA 3SALA 2ARBA 3SH5A 2C4LA 4Y22B 3FLTA 1INXA 3TIBA 1F8CA 3RMYA 2SBAA 4TZDA 2EIGA 4WVVA 2OVUA 1DLLA 2DURA 2OW4A 4AWDA 1NCDN 2W5OA 1UZYA 2BZDA 4ISRA 1V6LA 4QN4A 5GZFA 3C2UA 4YW1A 1IKPA 2GN7A 4HZVA 3AZVA 3N7KA 1Z4XA 2PHUA 1LOAA 1GZWA 1AXZA 1Q8PA 1NLSA 3R4SA 3RG0A 4GWMA 4XDQA 1IVCA 5T5LA 4FPGA 2CWMA 2LALA 2YA8A 4XILA 4Y1UA 4YM1A 3PVEA 4CPZA 1W6QA 2ZMNA 2P34A 1A4QA 2A6XA 3TB0A 2ZGOA 4DRRA 1JHNA 3OJBA 1CJPA 1MS3A 1YYNA 1MVEA 1KDKA 5GLWA 4DFSA 2CMLA 2UU8A 2OUJA 1G86A 5T5PA 1WW6A 4MWRA 3AYCA 1X50A 1AF9A 1YRZA 4Q8KA 2EXIA 1CPMA 2VSKA 4GXLA 5EXOA 3WHTA 1WW7A 2D6NA 4JRAA 4GDJA 3D5OA 4MZEA 1MS9A 1MR5A 1E8TA 3ILRA 1V3CA 1H9PA 4CPYA 4Y1ZA 1N1VA 4XE9A 3N3HA 2NP0A 1DQ2A 1GNZA 2E53A 3MW4A 2WKKA 2VH9A 3USUA 1MS8A 5BYNA 2D6MA 4BLIA 4XOGA 4M4NA 1SLBA 1A4GA 1AJKA 2ERFA 2JE7A 4PQ9A 1J1TA 4AVTA 2YZ4A 2DTYA 4Q8LA 5GALA 2AH2A 1KRIA 1DYKA 1FNYA 1MS5A 3K36A 2G4IA 1S0GA 3M1HA 1G9CA 2ZHKA 2YA5A 1A8DA 1ENSA 2ZBJA 4FPFA 1DQ0A 2YMZA 4YW5A 2GALA 1LEDA 1IVDA 1QOTA 1SO7A 2VWDA 3AJZA 1SBEA 4BLJA 1LOEA 4YW4A 2C5DA 5DG1A 3QLQA 3VKMA 4Z8BA 2A6WA 1D0HA 2HU4A 1UN1A 4FQ4A 1L7FA 1WD3A 2D6PA 4Y22A 1GZCA 3FFZA 3B9CA 2DTWA 3CL2A 4M4UA 2WT2A 3VKFC 2AR6A 4XIKA 1RIRA 1LEMA 3IPVA 5GZEA 4XJUA 1F31A 3ZXEA 4X47A 1F5FA 2ZB6A 1SLTA 4XJZA 4XYXA 4U36A 1URXA 3WDVA 1NCBN 5T54A 2EXKA 1KDMA 3ZXKA 4FPLA 2OUHA 5GZCA 1G7YA 1LECA 1W8NA 5HX0A 3WG1A 2DVDA 4ZKTB 4JC1A 3NV1A 4GKYA 5DZGA 2B7YA 4YZ3A 4RL7A 4M3CA 2XZKA 3BIWE 4ITCA 3AFKA 4D8SA 2TEPA 4WV8A 4AVSA 1W21A 3AP4A 3FUOA 1A14N 4LBMA 4R9CA 2F24A 2D6LX 2R49A 5GZDA 4Y20A 1QDCA 3WOGA 4CZSA 3WV6A 4GZXA 2V5YA 3OY8A 3CYEA 4MWXA 4K1IA 1APNA 4F83A 2GDFA 2A71A 1Z78A 4GEZA 3AP9A 2JECA 3O5SA 1PZ7A 4GZOA 3TI3A 5KXDA 1JN2P 2HTWA 3M3OA 3A71A 1LGNA 2Q5TA 3DUIA 4YFZA 4XIOA 1B9TA 4FPJA 5CB7A 5JOYA 1NNCA 5JOZA 5JDBA 1EURA 2ES3A 1UAIA 1IOAA 3U4XA 1VCJA 2F25A 4B7JA 1LU1A 4CPNA 1GZWB 1Z4YA 3A0NA 1S0IA 3M2MA 3NN9A 4OZXA 4I00A 3MEPA 4C1XA 4XXPA 3O0WA 1W6QB 5EYXA 3PJQA 5IK4A 5IUQA 2CNAA 2VY0A 3TIAA 4B7RA 4WEFA 1GZ9A 3WNXA 1NMCA 4Q26A 2H0BA 1LHUA 1QNYA 4LBQA 1LJ7A 5CBLA 4ATFA 4DRVA 1SLAA 5CAZA 3NV2A 5HUMA 3WDYA 1GSLA 1CPNA 1G9FA 1Q8OA 2YDPA 2R16A 3UK9A 1Z4VA 2JKBA 2WQZC 2JJ6A 1G9DA 3ZYPA 5CNAA 4LBNA 1ULGA 4IQPA 3JU4A 5GLVA 2VXRA 3AP5A 2QWGA 1INVA 1Z0HA 2DUOA 2A70A 3WLUA 3HN1A 2CL2A 1QOOA 3UJQA 5L73A 2ZGTA 4HZXA 1Z4WA 1R1ZA 1LESA 1NXD1 2A6YA 3AZWA 2QWEA 3B00A 1D2SA 4YGDA 3INBA 3USUB 2A6VA 1WLWA 3M3EA 4R9AA 2BQPA 4Y1XA 4YZ1A 1C1LA 1W8OA 3BTAA 1NMAN 2ZZJA 1DQ4A 1QMJA 4LBOA 5E89A 2GMMA 1MS1A 4FP2A 1INFA 3SH4A 3NV3A 4M4VA 2XB6C 1BKZA 4BMEA 3K3AA 4FP3A 4UF7A 1N3QA 1Y7BA 1NNBA 7NN9A 2E51A 1BZWA 5DXDA 2E6VA 4DGRA 3TI8A 4K1YA 2HT7A 4MX0A 4UW5A 4FZHA 2ZMLA 1EUTA 3AK0A 2ZKNA 4JF7A 3BODA 1JYCA 3FLRA 1GNHA 3H0OA 3CKZA 4YM2A 2P3JA 4FVVA 1F9KA 3ZXJA 3KM5A 2BATA 1WCSA 1ENRA 3POWA 3D11A 4FOYA 1Q8SA 5JLVA 2D44A 2SILA 5KXCA 1IVFA 1HQLA 1V3DA 3WUCA 1UX6A 3IPVB 1W1XA 4Q1PA 4WA3A 4MWVA 3ZPYA 3ALXA 1G9AA 2W68A 4XTPA 3AXDA 1FV3A 3R05A 1U0AA 2W20A 1LHNA 1WCQA 4DPNA 1CESA 4WZFA 1V0FA 1WLDA 2HTYA 1VAVA 1N1YA 2ZGRA 1GKBA 3MW3A 4K20A 3GVLA 2HT8A 4M3CB 1S0EA 5KXBA 1NNAA 4YLZA 4XJRA 5DUXA 3AXEA 4MC7A 3A72A 4QN6A 1IS4A 2EALA 4ATEA 2ZGNA 4HIZA 4Y20B 3APBA 4GWNA 5T52A 1N3PA 2AREA 3OY8B 3T1EA 2QWJA 1MS4A 1NCCN 1B9SA 4XJWA 4NN9A 5T50A 3WCSA 1S0CA 4X6KA 3AZZA 4ISQA 3GVKA 4P9YA 3ZXLA 4AVVA 1SNTA 4HZYA 2EXHA 2EAKA 1QKQA 1QNWA 2RKCA 2F11A 2DVBA 1INGA 1AXYA 1UL9A 1V6IA 6NN9A 1FYUA 2UWAA 1FAYA 4GZPA 2SIMA 1DFQA 1CQ9A 1QU0A 3O12A 1DGLA 1LOFA 3H71A 4Y26A 2VK6A 5HUNA 3ZXFA 4YZ5A 1ZA4A 1LTEA 1W6MA 4XHXA 3TI6A 4FQZA 4ZXKA 1W6PA 2A3XA 2D6KA 5IT6A 4UW3A 3IMNA 1UZZA 1Q8VA 3SLIA 4LBQB 3ZYRA 1LHVA 3AZXA 3H6JA 4FPKA 3N36A 2ZAAA 4XJQA 3FUQA 2AEQA 3GALA 4GA9A 2WNEA 1L7HA 3A4UA 1Q56A 3ILFA 3W09A 2F29A 4GZSA 3WDTA 4CRQA 2EXJA 4KS4A 2KM2A 4L8QA 1ZM1A 2D3RA 3ATGA 3O9JA 2D7FA 3V64A 4YW2A 1UMZA 1JXNA 4PBOA 3TICA 3VKOA 1W6OB 5JOXA 4DQAA 4PF5A 4AYUA 4M3CE 2XG3A 1QDOA 2PELA 2DV9A 4YZ4A 5KXEA 1SLCA 3D12A 4ASMB 1FX5A 1V6NA 2WSUA 1UPSA 5FRAA 2QWCA 1DHKB 1A78A 3N7LA 3FBYA 2PHWA 4XJ9A 1S0FA 4M00A 1N1TA 3ZSLA 3SILA 1DILA 1DYPA 1MZ5A 1SBDA 2BERA 3WG4A 1QF3A 1SLIA 3B3QE 1KJRA 1HLCA 5T5JA 2DYCA 4HZZA 3WCRA 1MWEA 3VV1A 3TI5A 3M3CA 3JUUA 1PZ9A 1CN1A 3CNAA 2VW1A 3TAYA 4K3YA 5FREA 3VKLA 4K1KA 1SCRA 1LU2A 1KJLA 2SLIA 4CPLA 5CA6A 2ZGUA 4Q27A 2YDTA 3K39A 5B2DA 1CONA 4H55A 2HTQA 4FPEA 1MACA 3D4KA 1DIWA 2NZ9A 1LOCA 3GVJA 3L2YA 2R0HA 4B7QA 4RA0A 2ZB5A 5DG2A 2F10A 3WVJA 2HTVA 3AYDA 4YGEA 1V0EA 4LBLA 5H9RA 5GM0A 1GV9A 3ENRA 3FLPA 1LGCA 5GLZA 1Z50A 1B09A 5LK5A 4YG6A 4XTMA 4MZAA 1LOFC 2WT1A 3V0AA 1ULEA 3RMXA 1XOEA 2NMNA 4GZWA 5F9TA 1USXA 4SLIA 1G8WA 4FPHA 1CIWA 1GANA 2W52A 2GMEA 4PBPA 1AX1A 1LULA 3MPPG 2I2SA 5GJ6A 2B8HA 2WJSA 1XOGA 2QWFA 4XMAA 1W0PA 1YI7A 2PHTA 2VUAA 1HQWA 2UWBA 2ZHNA 4XMIA 3UJOA 5AVAA 2GNMA 1Q8QA 1MZ6A 1VAMA 4KS5A 3HR9A 4Q1RA 1DQ5A 2P37A 1S0DA 2ZABA 1H30A 5T5OA 1C4RA 1V6JA 3BEQA 3I4IA 1IS3A 3RS6A 1INYA 3GNEA 3WUDA 5HUGA 4XBLA 3V0BA 2DU1A 1H9WA 2ZGKA 2JE9A 1GBGA 2P3KA 5JYYA 1V6MA 2DU0A 2W08A 4GZQA 1W6OA 1BJQA 4MWYA 2ZGLA 4FPCA 2NYYA 2PHFA 1DZQA 2CYFA 4FPOB 1SFYA 1EPWA 5E8AA 4P14A 1E8VA 2DVGA 3WHUA 1F8EA 1W6MB 4GB1A 3LCPA 1KITA 1BXHA 4HZWA 1W6PB 3W59A 1LHOA 4B7MA 3JU9A 5DUVA 2VK7A 2WT0A 4YW3A 4YG0A 5JMCA 1OQ1A 4MWQA 2HTRA 2AEPA 4XBQA 1JUIA 2DVAA 2VW0A 1N1SA 4NCSA 3ZSMA 3AJYA 3NSSA 2YV8A 4CTEA 4BMBA 3ZSKA 1OKQA 5JOWA 1S1AA 1V00A 4R9DA 1F8DA 4GKXA 2F27A 2C9AA 4YFWA 1V0ZA 4LBKA 1DQ1A 3H73A 1ULFA 3R4UA 4YZ2A 4XJAA 2VVZA 3ILNA 1N47A 2F12A 1C57A 2QWIA 4XJ8A 5IK5A 4JCKA 4YGCA 1N3OA 3A0KA 1W6NA 4H52A 4FOWA 1AX0A 2A5ZA 4J9TA 4MYEA 1LODA 2A7AA 3WG3A 2AGSA 3OBTA 3SANA 3AP7A 5IK7A 3N7MA 3NV4A 4KS1A 1ULDA 4GDIA 1LOGA 5H9SA 4TYSA 4R9BA 3HMYA 1IKQA 2HYKA 4M01A 1C1FA 1EUSA 2FMDA 3K37A 4Y1YA 4HANA 2ZGMA 2DWRA 3SNMA 2HU0A 2WLQA 4X49A 2E7QA 3WDWA 2VSMA 4LBQD 1V3BA 1B9VA 2HT5A 2YY1A 1SACA 3Q9OA 3T1LA 4M3MA 4BQ1A 1VALA 3O9KA 2CTVA 2GNTA 1DIMA 4BOWA 4BPZA 4XBNA 1IVBA 2D6OX 1SCSA 4B7NA 4MWLA 3OBRA 1S0JA 4GZTA 4D69A 4YM3A 1Z4ZA 5HCAA 2CY6A 3OPZA 3OYWA 2YA7A 3B01A 3O0XA 3RRDA 2GNDA 1WW4A 4XZPA 1JBCA 2EF6A 4AGVA 5EWSA 3QCWA 4WEGA 1WD4A 4C1WA 1GLHA 2ZMKA 3V0AB 1F8BA 2DUQA 4XHBA 1IVGA 4MWJA 1INHA 3B69A 2W38A 2D43A 4MWUA 1TEIA 1ONAA 1OFSA 2ARXA 5T55A 1HKDA 1PZ8A 2GNBA 3AP6A 3WZ1A 3SH3A 4CPOA 2AYHA 4MJUA 4WA5A 5DUUA 3ZSJA 2FHRA 2W5NA 1ULCA 1BJIA 1CVNA 5HCFA 3O0VA 2DUPA 2VK5A 4I30A 1JW6A 2W39A 2ZHLA 2GN3A 3W58A 3POSA 4UW6A 2D3SA 2YROA 3VUOA 5DZFA 2ZA9A 3V0BB 1AVBA 3MW2A 3RQ0A 2JD4A 1WLCA 4HL0A 5H9QA 3AYEA 2F13A 2VW2A 1JYIA 2DVFA 3IKWA 1NSBA 1CR7A 3TI4A 1NSDA 3M3QA 1MS0A 1G9BA 4FJ6A 3T2TA 5H9PA 2YA4A 1UKGA 4FOVA 2ZGQA 4KS2A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5B4XA 3KWVA 4E4SA 1W20A 3PNAA 1R091 2P3IA 4H53A 5F3EA 5JVVA 5C33A 1KQRA 5A7PA 1VJ2A 3G4EA 2IXIA 2VO5A 4ZS2A 2ISMA 2A6ZA 2JENA 1CX1A 1RINA 2ENRA 2PHRA 1V6KA 3BTYA 1V2IA 1UZ0A 3INAA 3ST7A 1D4M1 4CHBA 3PVNA 4Y24A 3RPQA 5CIRA 3SITA 5CKNA 4FOQA 3FFQA 4YVWC 1V04A 2VECA 1BMV2 3I59B 3P5BA 4QN7A 1QWRA 5LA1A 2FCVA 1RMU1 4CEYA 4TLFA 1QJEA 5C7GA 2VNOA 3PMEA 5FZ7A 1JH5A 3K38A 2WRAA 3EB7A 4PCRA 4X4AA 1SEFA 5I0DA 5KC6A 5IFPA 4E2QA 3NMBA 4NHKA 1HRI1 1E8UA 2RHPA 1CAUB 1PX4A 2V73A 4Z82A 1CAXA 1YQ5A 2R1BA 2QWBA 2OX0A 3PUIA 1C5IA 5GLUA 4UBHA 3H72A 5FPVA 1QOSA 2QQIA 4AEDC 4AGGA 5B4NA 3JZVA 2W47A 2UWCA 1FOD2 1FOD3 3RSJA 4L7CA 3LA3A 5G05L 3WEZA 3LF7A 1INWA 5M1ZA 3O1OA 2BFUS 2HTUA 1OPMA 3CBNA 5DZEA 3NNMA 5FY7A 1B35C 2YXSA 3VD5A 3JBG2 3JBG3 4MZUA 2P4EA 4FT8A 2VZPA 2ET1A 4BBWA 2R042 4WVWA 2RVAA 4XUPA 3T2PA 5F6LB 3KQRA 2Q8DA 3UESA 4MJVA 2ZX0A 1LGBA 1H2LA 2VVEA 2FZ1A 2TNFA 4FI9A 1VBA1 2QDRA 2JDZA 1W6NB 2UY9A 2QWKA 2NQYA 2VCBA 2VZRA 3JB4C 2QQMA 4WVMA 2QBXA 4KS3A 5F72C 4NIAA 2WNVC 1LRHA 4NPMA 5HCBA 1AXKA 1H6LA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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