4XE9A

Crystal structure of the nanb sialidase from streptococcus pneumoniae in complex with optactin
Total Genus 191
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
191
sequence length
658
structure length
658
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYGIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Sialidase B
publication title The Hunt for Serendipitous Allosteric Sites: Discovery of a novel allosteric inhibitor of the bacterial sialidase NanB
rcsb
source organism Streptococcus pneumoniae tigr4
total genus 191
structure length 658
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2014-12-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4xe9A03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4xe9A01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4xe9A02
1CR7A 1C57A 2SILA 1QMJA 1WW4A 3A0NA 3AYDA 1G9AA 1BKZA 4R9DA 5EWSA 2W20A 3R4SA 2VSKA 3ZPYA 2UWCA 3M1HA 2WSVA 2WNEA 5GLVA 3TI5A 4LBLA 3VKLA 3H0OA 4XIOA 4YW1A 1NCAN 2HTWA 1V6MA 5KXBA 1S0JA 3OY8B 2DVAA 3POYA 4CRQA 1YO8A 5IT6A 3OBRA 3ZXKA 1MS8A 4WA3A 2JDZA 1L7HA 4B7JA 1F8DA 1GZWB 4GZPA 3AZYA 1LHUA 2ZAAA 2TEPA 3SH3A 4FJ6A 4GB1A 4QN6A 1GNZA 3R05A 1YXWA 1DBNA 2HTUA 2HU4A 3OY8A 1LGBA 2PHXA 3IMNA 5EXOA 1A78A 5SV8A 1SBDA 1QF3A 1G9DA 1GZWA 2XZIA 3SALA 1CIWA 3GALA 1N47A 2GMPA 1HLCA 2JKBA 5BYNA 3A72A 3HR9A 4YZ1A 1Q8PA 4GWNA 4GJTA 4YZ4A 4WA5A 2A3XA 2C5DA 1LECA 1KRIA 1Z4VA 1OKQA 3AZVA 5DZFA 4X4AA 3INBA 1LEMA 5JOYA 2EAKA 1CN1A 1W20A 4XXAA 1U0AA 3V65A 3UK9A 5E89A 4GXLA 2VK7A 1ZA4A 3LSEA 3NV3A 2D6LX 1B9VA 1QNYA 2NP0A 5DXDA 5DUWA 4GWMA 2DV9A 1USXA 1JN2P 4MWVA 1DZQA 1UL9A 2PHFA 4H55A 3ZSLA 3AXDA 3SH4A 2DUQA 3AXEA 5B2CA 2WQZC 1INYA 3WOGA 2W5NA 2ZA9A 3W59A 4AWDA 1F8BA 4H52A 5JLVA 2EXKA 1W0OA 1LOFC 1C1LA 4GA9A 3WG3A 1N1VA 4KS5A 1JUIA 2DVDA 1V00A 5GJ6A 4J9TA 4Q6KA 1GICA 3SILA 1KDKA 3NV4A 2ZMNA 3JU9A 1S0CA 4FQZA 3TIAA 2ZGQA 1UN1A 1WW5A 1APNA 2XZKA 1DIMA 2HYKA 1YIFA 1DYPA 4YM2A 4KS4A 2HTYA 4XJAA 3N3HA 3ZXLA 4ISQA 1PZ8A 1Z4YA 2D6NA 1N3PA 1A4QA 2PELA 1VIWB 4HANA 4AYUA 3KQRA 1HKDA 1JOJA 4XIKA 3CKZA 1INFA 3RSJA 4JRAA 2YA5A 5IK5A 1PZ9A 2QWDA 1MWEA 3ZXJA 1S0GA 4GKXA 3NSSA 2GNTA 1W1XA 2YV8A 5JYYA 2BQPA 3BIWE 5DUXA 2ZB5A 4NC5A 1W6MB 4Q26A 4YLZA 4WVVA 2XB6C 4U36A 5GZDA 1DLLA 5KXEA 1V0EA 2LTNA 3K36A 1NNCA 3TI4A 1YI7A 5GLZA 1KQRA 3WDYA 1ONAA 1F9KA 2VW0A 3VUOA 1S0FA 2W38A 1H9PA 2C4AA 2V73A 3OYWB 4M3CF 1YYNA 1NSBA 1LENA 1AXYA 3TI8A 1LEDA 3WDVA 1W6MA 4P14A 3O0VA 4PBOA 4CPOA 1QDCA 1S0EA 3SITA 1QGLA 5T52A 4FPYA 4WA4A 1I1EA 3RRDA 1KJRA 1PZ7A 1EUSA 1FV3A 3OYWA 2E53A 1V6KA 1WLWA 5T55A 4YW4A 4R9CA 4Y26A 4UF7A 2DURA 3QLQA 1CESA 4YZ5A 2DVGA 3N7JA 3U4XA 1NCCN 2P2KA 1DQ2A 3PMEA 2A6YA 3RG0A 3I8TA 2Z42A 4FP3A 4Y1XA 1A4GA 5FREA 2F13A 1GBGA 2HT5A 1CPMA 2A6ZA 3O9JA 2ZHMA 2UU8A 4MYEA 2CY6A 1WLDA 3WHUA 3TB0A 3FUQA 1IS3A 1S0IA 4FPEA 3AK0A 3K38A 1H9WA 4U2AA 1UZZA 2WKKA 4AGGA 4FZHA 2HU0A 2VUAA 4LBKA 5H9QA 2F24A 1QOTA 4YG0A 2OVUA 1CQ9A 5T5OA 1Z0HA 1GNHA 4FOYA 2ENRA 1BXHA 4ATEA 1WCSA 1SLBA 1YRZA 1N3OA 2F0ZA 4XOGA 2F28A 4PF5A 1CVNA 3D6EA 1V3BA 3PVNA 2W5OA 2JE7A 3VKOA 4YG3A 4BBWA 1Z50A 5HUNA 3WUDA 4GZQA 3BEQA 5DZGA 4MJUA 4LBNA 2D6KA 1NLSA 1AJOA 2UWBA 3WG1A 1B9SA 5L73A 1C4RA 1NNAA 2WT2A 3ZVXA 1SO7A 3FFZA 4FVVA 3H71A 1SLTA 5HUMA 1QNWA 3IM0A 1ULGA 4QN3A 3PVOA 1AXZA 3MW2A 3ATGA 3H73A 2ZHKA 3O0XA 2CNAA 4BM8A 4HZWA 1FYUA 3HN1A 4D8SA 1INVA 1W6OB 2D3PA 2OW4A 4MWXA 1MS9A 3AFKA 1MS5A 4CPLA 3CNAA 4TZDA 1DFQA 3O9KA 6NN9A 3RQ0A 2NMNA 4XTPA 2EALA 1OQ1A 3WDTA 2DU0A 2D6OX 4XBLA 2JD4A 1XOGA 4XTMA 4YGCA 1RITA 1FAYA 1Z78A 1GYKA 2YA8A 4P9XA 1W6OA 1ULCA 1Z4XA 3FLTA 3WLUA 1DQ1A 3GVJA 3K3AA 3V0BB 1W21A 1E8UA 4YGDA 1MZ6A 5H9SA 4B7RA 4ZXKA 2XG3A 4X49A 2ZGSA 1LODA 1FV2A 4ISRA 4XJ9A 1WD3A 1NCDN 1MS1A 3VKNA 3GNEA 2DVBA 4CPZA 7NN9A 2VU9A 4MWWA 4HZZA 2NN8A 3V0BA 1CONA 3O0WA 4XJRA 1V3EA 3M3EA 1SACA 4GDJA 5EYXA 4MJVA 4YW3A 3AX4A 3H6JA 1MS4A 4MZEA 1F31A 1SLCA 1KJLA 4WVWA 4XE9A 3D12A 2R0HA 4HZXA 2QWEA 5HUKA 1O4YA 1UAIA 5CA6A 1KITA 1V6NA 1V6JA 4I30A 2A3WA 2ZHLA 2A6VA 4GEZA 4F83A 1G86A 1EUUA 3WCSA 2I2SA 1C1FA 2ZACA 4FPCA 1V6LA 3PVEA 1LOFA 3C2UA 2DTYA 1VALA 5M1ZA 1CPNA 3AP4A 1QKQA 3D5OA 2OUHA 3CL0A 4Q1RA 3IKWA 2DU1A 4CZSA 4FP2A 2RKCA 4HL0A 3DGTA 1JYCA 4R9AA 1NMCA 2ZBJA 2DVFA 4FPLA 1DQ0A 4FOVA 2F27A 4SLIA 2YXSA 1IVEA 2H0BA 1LU1A 4FPKA 3APBA 2ERFA 4IQPA 3WUCA 2ZGKA 2VK5A 4WV8A 4XJZA 3AJYA 2A5ZA 3QCWA 4DQAA 4FPOB 2GMMA 1INXA 4Q8LA 1USRA 2D44A 1W0PA 1I3HA 3USUB 1GZ9A 3ILFA 4XJWA 1Y7BA 1V3CA 1LHVA 1QOSA 2CWMA 4BQ1A 3UL2A 4Y1YA 3FUOA 3M3OA 3POSA 4MWYA 1LGCA 1NMBN 1HDKA 4FVKA 1GLHA 2W08A 5B2DA 2ZABA 4Y20B 4YGEA 1SFYA 3AP6A 5E88A 4JC1A 4BMBA 3USUA 2E7QA 3M2MA 4P9WA 1WUVA 1V0FA 1VAMA 4GKYA 3ZSJA 3ZSMA 1R1ZA 5JMCA 2R49A 3MEPA 2WSUA 1SCRA 1W8OA 2BERA 1LHWA 3RMYA 1GV9A 3CL2A 2DUPA 3V0AB 1LCLA 3UJQA 5LK5A 4Y20A 1W6QB 2JECA 3JUUA 1G9CA 4YZ2A 5IK4A 1QOOA 2HT7A 4XBQA 5CNAA 5T54A 4UW3A 4FQ4A 4QN4A 1WBFA 1W6NB 1D0HA 1G7YA 2BF6A 3AP7A 1ENQA 4RA0A 1LOEA 4GALA 2AUYA 1ULFA 4AVSA 2PHTA 3ENRA 3W58A 3WDWA 3V0AA 2GN7A 1W6QA 1NSDA 3K39A 2A71A 5JDBA 2AENA 2F26A 2XCYA 3D11A 1WW6A 4MWRA 2C9AA 3TICA 2A70A 1W6NA 3AJZA 4AVTA 1S1AA 2QWHA 2DTWA 2NYYA 3ALWA 2CTVA 4M01A 1SLLA 1J1TA 1N1TA 4MWQA 4XJQA 3ILNA 2D43A 4Q2FA 4DRRA 5H9PA 2HTQA 1DHKB 1ULDA 1AX0A 2PHUA 1LJ7A 1V0ZA 1O4ZA 1LHNA 4AGVA 2ZKNA 1DILA 3ZXEA 2WLQA 1GZCA 1MVEA 2F25A 3O5SA 5GLWA 5JVVA 1KDMA 1NCBN 4LBOA 2FMDA 4C1XA 1UPSA 2QWAA 4PBPA 2P3KA 4MZAA 3AP5A 2ZGRA 2SBAA 1MS0A 4XMIA 1IOAA 1JW6A 4K1JA 4K3YA 2W39A 1E8TA 2CYFA 2E6VA 2ZMLA 4KS3A 3L2YA 2WJSA 1AF9A 4B7QA 3UJOA 3N36A 1ENSA 1LOAA 3SNMA 3CYEA 4CTEA 1IS5A 3I4IA 4X6KA 3WVJA 1RINA 2PHRA 4GDIA 2AR6A 3V64A 5CAZA 3AZXA 2AYHA 4NCSA 3BOPA 1NSCA 4M3CB 1AX1A 3TAYA 3N7LA 4ZKTB 2QWKA 1FX5A 4CPMA 2WT1A 1A14N 5HCAA 4RL7A 4KS2A 2AREA 3WG4A 2D6PA 5KXCA 1A8DA 1URXA 2WT0A 3ZYPA 1WW7A 2B7YA 3NV2A 4XBNA 1JXNA 5T5JA 1ENRA 2ZGMA 4BOWA 2EXIA 5GZEA 5DG1A 1ZM1A 4M3CA 4DS0A 3O12A 5T5PA 2GMEA 3AZWA 3A71A 5GALA 5DUUA 1V3DA 2ZZJA 3WDXA 4I00A 2P3IA 4XJUA 3N7KA 3TI6A 2D3SA 1G9FA 2YA7A 4ITCA 4JCKA 1SBEA 4UW5A 2Q5TA 2GALA 1ULEA 2YA6A 4W65A 2VW1A 2GN3A 2NMOA 3WDUA 1JHNA 2DUOA 1DGLA 5DG2A 2VSMA 4BLIA 3ZSKA 1FNYA 1V2IA 4QNPA 5IK7A 1WD4A 1OFSA 3B01A 3SISA 4Y22B 4FPHA 1HQWA 2P3JA 2ZHNA 2SLIA 2YROA 4B7NA 3AZZA 2A6WA 1MVQA 2JJ6A 4NN9A 2ZGTA 4NOTA 4LBMA 3T2TA 4XILA 1W6PB 4NO4A 5GZFA 2W68A 3K37A 4Q8KA 3NV1A 3GVLA 5IUQA 4HZYA 1UKGA 4ATFA 5HCBA 2A3YA 3SANA 1AVBA 1GANA 3FLRA 1CJPA 4KS1A 1B09A 2VY0A 4Y22A 1IVFA 5KXDA 1IVDA 4K1HA 3M3QA 1S0BA 3WG2A 2QWFA 4ASMB 5GLTA 1IVBA 2OUJA 4HIZA 2F12A 4XMAA 4Q27A 3PJQA 1W6PA 4L8QA 2EXJA 3ZXFA 3Q9OA 3B69A 2YDPA 2R16A 1G8WA 2DWRA 3WNXA 2QWIA 4K1YA 3POWA 5CB7A 3GVKA 1DIWA 2GNBA 2VXRA 1UZYA 4DFSA 1BQPA 1GSLA 2AH2A 2ZMKA 1LTEA 4Q1PA 2VVZA 4LBQD 3B9CA 3JU4A 1Q8VA 1IVCA 4M4NA 2A6XA 4BPZA 4Y1UA 1DQ4A 4YM3A 2GDFA 3IPVB 1INHA 4TYSA 4KBBA 3OBTA 4B7MA 3T1MA 1SBFA 1EURA 2UURA 1HQLA 1IS4A 1LOGA 1IS6A 2YA4A 2GNMA 1LESA 3WV6A 3FBYA 5FRAA 4QN7A 2GNDA 3MW3A 4BMEA 4CPYA 4D69A 3RMXA 1L7FA 5T50A 5GM0A 2ZGUA 1UMZA 1FATA 2R1BA 2EIGA 2CMLA 4XXPA 3IPVA 1L7GA 4R9BA 3B00A 4AVVA 2ZGLA 4Z8BA 4PCRA 2ES3A 1VLNA 2RHPA 2SIMA 2YZ4A 3N7MA 3AYEA 1V6IA 1BJQA 3NWKA 4JF7A 2UWAA 3BTAA 3DUIA 4K1IA 1H30A 4K1KA 4YM0A 4AGRA 4GZXA 1GKBA 3H72A 1WBLA 3SLIA 3OGGA 4XDQA 3WHTA 4XZPA 1AX2A 5GLUA 1SCSA 4PQ9A 2G4IA 4DRVA 3OPZA 1IKPA 1BZWA 1Q8SA 1X50A 2AEQA 1BJIA 2VW2A 1VCUA 5DZEA 1NN2A 3TI3A 1INGA 1F5FA 1AXKA 1SLIA 1B9TA 1XQNA 1Q8QA 3SH5A 4BLJA 4FPFA 2VWDA 3B7EA 3ILRA 4CPNA 2YDTA 2VH9A 1UX6A 3N35A 4HZVA 2ARXA 2F11A 5EYYA 4K21A 5JOXA 1RIRA 2QWBA 1EPWA 3M3CA 2HTRA 1IKQA 1SNTA 5IK8A 4GZSA 4X47A 3T1LA 1G9BA 2ZGPA 4YG6A 2E7TA 3R4UA 5HX0A 5AVAA 1N1SA 3W09A 5GZGA 1XOEA 2VK6A 4FOWA 2JE9A 4XHBA 4M3MA 1Z4ZA 1NMAN 2KM2A 2V5YA 3ALXA 1NNBA 4YM1A 5DUVA 2AGSA 3HMYA 4K20A 2P34A 5F5QA 2D7FA 3AYAA 2ARBA 1LULA 2P37A 1FNZA 2F29A 1BYHA 4M4VA 4DPNA 4WEFA 1QU0A 1LHOA 3T1EA 4FPJA 1LOCA 2ZGNA 1TEIA 4UW4A 4Y1VA 1N1YA 4C1WA 1INWA 3TIBA 4MC7A 5JOZA 2QWJA 4YFWA 4YZ3A 2DYCA 4M4UA 3A4UA 4LBJA 2CWSA 2QWCA 3LSDA 1NXD1 1S0DA 4FOQA 1A3KA 5JOWA 3ASIA 3INAA 4M3CE 1V6OA 5T5LA 2PHWA 3VKMA 2XZJA 1F8EA 4MWLA 1JYIA 4MWUA 4UW6A 2NM1A 1Q56A 1DQ6A 4OZXA 4Y1ZA 1Z4WA 1JBCA 2X9MA 5H9RA 1DYKA 1LOBA 2YMZA 4GZOA 4WEGA 3VV1A 1MS3A 1LGNA 4YW2A 3MPPG 1WCQA 1VAVA 1VCJA 3D4KA 4DGRA 2BZDA 1WLCA 3AP9A 1SLAA 5GZCA 2BATA 1AJKA 5NN9A 2D6MA 4P9YA 2B8HA 4Y24A 2HT8A 1W8NA 1IVGA 1AZDA 2E51A 1QDOA 3BODA 1EUTA 4WZFA 5F9TA 2A7AA 2ZGOA 3WZ1A 4YW5A 2D3RA 4QN5A 3A0KA 1D2SA 2R0FA 4MWJA 5HUGA 3FLPA 2ZB6A 3VKFC 4H53A 3B3QE 3KM5A 3IN9A 4YGBA 1MACA 1MZ5A 2R1DA 5E8AA 2LALA 4XJ8A 2HTVA 1N3QA 4XYXA 4LBQB 4XHXA 4M00A 1F8CA 2W52A 4FPGA 2F10A 4K1ZA 1DQ5A 4MX0A 3NN9A 1Q8OA 2C4LA 1E8VA 2AEPA 3OJBA 1MR5A 2YY1A 5HCFA 1LU2A 3RS6A 3LCPA 3WCRA 2EXHA 2NZ9A 4LBQA 5CBLA 2EF6A 2QWGA 4GZWA 4GZTA 2FHRA 3ZYRA 2CL2A 3MW4A 4YFZA 2A75A 3AYCA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2IAUA 4GAZA 3WNLA 4GNAA 4N9IA 1CR7A 3MFCA 4MGQA 1C57A 2CHHA 4DOUA 2SILA 1Y43B 1QMJA 3BU7A 1AL21 1WW4A 3A0NA 3D0SA 2QDRA 3AYDA 1G9AA 4XCBA 2TUNA 1H8TC 1F4AA 3T2OA 2JG9A 3WQBA 1JZ8A 1JOBA 2JG8C 4N53A 3RZZA 1BKZA 4W50A 2VTFA 2BOIA 4R9DA 3HNBM 5EWSA 4CXXA 4COVA 2W20A 3R4SA 4AVBA 5C3QA 2VSKA 3ZPYA 3VBHA 3LF7A 4BYYA 2UWCA 4HHOA 2R061 4HSJA 2VAQA 3M1HA 2YC0A 4NMIA 4Q4X1 2WSVA 1O8PA 2W1WA 2WNEA 2CAUA 3HQXA 4K6BA 5GLVA 1CGPA 2WC2A 4AI9A 3TI5A 3H1WA 3VHPA 2VVFA 5FPZA 4CDUA 3TEXA 4LBLA 2YBKA 2R072 3K3NA 3U37A 5J09A 3A23A 3RZKA 3VKLA 4CA9A 1K5MC 3H0OA 4KBZA 1DZTA 1XE7A 1I6XA 4XIOA 1UZ0A 4YW1A 5FUNA 5F3GA 5ACA2 4BISA 2VQTA 4LHSA 3VZLA 1NCAN 2HTWA 1V6MA 3HQRA 1S0JA 3NVCA 1UIKA 3OY8B 5KXBA 2Y6KA 2DVAA 2RJKA 3QH7A 3WSOA 3POYA 1FOD1 1NYWA 1RVF1 4CRQA 4ZU5A 1YO8A 2JG9C 3OPTA 4DUVA 5IT6A 3OBRA 3ZXKA 2GHSA 4LMFA 2P17A 4Z82A 1K42A 1MS8A 2WUHA 4WA3A 2JDZA 4RFRB 1L7HA 4B7JA 1ULOA 3ORJA 1F8DA 2BPA2 1GZWB 4GZPA 3AZYA 2JEMA 5JSPA 1LHUA 2HWC2 2ZAAA 3NKTA 4LUMA 3MUY1 1YLLA 5CZKA 1GQPA 2TEPA 5LBFA 5D8AC 2WNOA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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