4XHBA

Crystal structure of the nanb sialidase from streptococcus pneumoniae in complex with pentanediol and ches
Total Genus 194
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
194
sequence length
658
structure length
658
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYGIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title The Hunt for Serendipitous Allosteric Sites: Discovery of a novel allosteric inhibitor of the bacterial sialidase NanB
rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae serotype 4 (strain atcc baa-334 / tigr4)
molecule keywords Sialidase B
total genus 194
structure length 658
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2015-01-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4xhbA03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4xhbA01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4xhbA02
1QF3A 2D6OX 3FBYA 2YA8A 2A70A 3W09A 4R9AA 1W21A 5IT6A 5HUKA 2XCYA 3D5OA 4GZXA 5GZDA 1F8BA 4JF7A 1W1XA 4WA5A 1JUIA 2CYFA 4BM8A 2A71A 1RITA 4AVTA 1I3HA 1WD3A 5DZGA 4GZQA 2WKKA 2YY1A 2D3SA 1Q8SA 4GEZA 2CWSA 4YZ3A 3A72A 4YLZA 4YG6A 5SV8A 4YW2A 2P34A 2DTWA 1Z0HA 1WBFA 1LOAA 2DURA 4Q8KA 2CL2A 1F8DA 4DRRA 3TIBA 3AP9A 3O9KA 3WVJA 5GJ6A 3IN9A 5E8AA 1SNTA 5IK7A 4FPHA 4FPFA 1N1VA 1ENQA 1WCQA 1INGA 2VH9A 2F10A 1D2SA 3WZ1A 3H72A 1G86A 2E7QA 2VW2A 4XJ8A 3GVLA 3MW3A 5T5PA 3UJOA 2F29A 2UU8A 5H9PA 4HANA 3OGGA 1GNZA 2WNEA 4YM1A 5DZEA 4YW4A 5DXDA 1S0CA 4LBQD 3UJQA 1SLTA 5GLZA 3IKWA 4GWMA 2W5OA 1VALA 1UX6A 3N7LA 3ATGA 2HTVA 4R9BA 3OJBA 4X6KA 1L7FA 1WW5A 5KXCA 3SISA 4M01A 1QNWA 2PELA 1G9FA 1LEDA 1RINA 4C1WA 1LOFA 3WCSA 4FOVA 4ISQA 2QWJA 4HZXA 4Q26A 4XILA 4YM0A 3B00A 2NN8A 3WUDA 2DVFA 3WCRA 1F8CA 2SILA 3I4IA 1LOFC 3CKZA 1F31A 2D6MA 2ZGKA 5T55A 2A6YA 3WDTA 2ZMNA 2AGSA 2ZAAA 2YDPA 1UN1A 1ENRA 2F11A 2F12A 2HT5A 2A3XA 4WA3A 2WQZC 3T1MA 3OPZA 1XQNA 4J9TA 2ZABA 3M3OA 3N36A 4K1ZA 4XTMA 1HDKA 3O0XA 3CL0A 3WNXA 3O9JA 3H0OA 4PBPA 3ZPYA 4QN6A 1IVBA 4PCRA 1V6IA 2JE9A 5JMCA 3ZXJA 4GXLA 3WG2A 5M1ZA 1S0DA 1IS4A 5T54A 2QWBA 4XHBA 4PF5A 1SCRA 2ES3A 4X49A 2QWEA 2D6PA 4MZEA 3FFZA 1S0FA 2AENA 1N1SA 1W20A 1SLAA 4HZWA 4AGGA 4AVSA 4M4NA 1LENA 2TEPA 4FOQA 5IUQA 1RIRA 2A6WA 4YM3A 1GICA 5JOZA 1D0HA 1VCUA 1MS0A 1NSBA 2R0HA 4CPMA 2ZGMA 1LECA 3FUOA 3USUB 1GZCA 4XJWA 1V6OA 2HTRA 2ZGUA 4NC5A 3SITA 3FLRA 2JD4A 3GNEA 4B7JA 1MS8A 1SBDA 2OVUA 2VSMA 2PHXA 1E8VA 4UW6A 5KXBA 4NOTA 2NMNA 2ZGNA 1GLHA 1FNYA 3TI8A 2GN7A 4MWRA 2VK7A 2D3PA 4WEFA 2EXHA 5GZCA 1INXA 1AJOA 5DUVA 1Z4VA 4B7RA 4H55A 4GJTA 4XJUA 1NCCN 2BERA 3OBTA 1SFYA 3WV6A 3Q9OA 5JLVA 3AX4A 2DU0A 2YMZA 4Y22B 2W38A 1Q8PA 1QOSA 2H0BA 2ZMKA 1A4QA 3AYEA 2VWDA 4YZ4A 1N47A 2DUPA 1LESA 3GALA 2OW4A 1MS5A 4K20A 3K3AA 2W08A 4Z8BA 4GKYA 3BTAA 2VY0A 4Y24A 3DGTA 5GLWA 2ZACA 5B2DA 3V0BB 1BKZA 1DYPA 1WCSA 4BQ1A 1NMAN 3R4UA 1LHVA 1ZM1A 1G7YA 4FPLA 1LOEA 4MWUA 1DQ0A 5DUWA 1Z50A 1FNZA 4XXPA 2WT0A 2HTQA 1ONAA 2CY6A 1BZWA 5IK4A 1LJ7A 2ZGPA 3POYA 4YGEA 5F9TA 3IMNA 4Y1YA 5EWSA 1N3OA 4M3CB 5DUXA 4WZFA 2JKBA 4LBJA 2YA6A 1NXD1 1H9WA 2C4LA 1V3BA 3WDXA 1NMBN 1NCBN 1PZ9A 4NN9A 4Q6KA 2NM1A 3HN1A 4YFZA 5HCBA 1V3EA 3AYAA 1LEMA 2WLQA 1W6MB 4Y1XA 1L7GA 4WA4A 2VW1A 1ULEA 1NNAA 5DG1A 3ALXA 2DV9A 3TICA 4QN3A 1YO8A 1W8NA 2ZGRA 1UZZA 2EXJA 4XOGA 4XHXA 2AEQA 2A7AA 2A6XA 1G9AA 4MJVA 1IS5A 1MVEA 2QWGA 3V64A 3VKMA 5CNAA 4Y20A 4DQAA 2ZBJA 3H71A 1B9SA 4FZHA 1YXWA 4AGRA 3QCWA 1U0AA 3K39A 4B7QA 2VUAA 1LHWA 5HCFA 5F5QA 3T1EA 2YZ4A 5JYYA 3BODA 3WDVA 3ZSKA 4Q1RA 3SH3A 6NN9A 1ENSA 4XIOA 1IVDA 2B8HA 3MEPA 3AJZA 4M3CE 2XZJA 4DGRA 4L8QA 1A78A 1ZA4A 2OUJA 4R9CA 2SBAA 1W6OA 1AXYA 2E53A 1GZWB 2YA7A 1IVEA 3WDUA 1UPSA 4FPCA 2CWMA 1TEIA 3POSA 2I2SA 3VV1A 2NMOA 3ZXEA 3K38A 3NWKA 3SANA 1ULCA 5T5OA 2CNAA 5FRAA 1W6OB 3BEQA 4CTEA 3RG0A 4TYSA 4FVVA 4MWLA 2W20A 3R4SA 4YW3A 1JBCA 4RL7A 4K1YA 2HTWA 1INYA 1FV3A 2UURA 3T2TA 3TI4A 1KJRA 4FPJA 2P37A 3RQ0A 4FPKA 1MWEA 4Y26A 3M1HA 3A71A 1MZ5A 1LGNA 4ZKTB 1E8TA 3LSEA 4XE9A 2R16A 4ATEA 4WEGA 4K1IA 1W0PA 4YGBA 5AVAA 5DUUA 5NN9A 1LHOA 4P9XA 2AEPA 4YGDA 1C57A 1FYUA 2G4IA 2AREA 4FQ4A 5JDBA 3IM0A 3WG1A 1LCLA 4GB1A 1IVFA 2GDFA 4MWVA 5L73A 4LBKA 2F28A 3O0VA 3NSSA 3N3HA 1MZ6A 2C4AA 1LODA 1W6NA 1X50A 1GBGA 1E8UA 1SLCA 3ZYPA 3SILA 5GZFA 4ISRA 5HUMA 2ZGQA 1USXA 1V0EA 2F26A 1W8OA 5GM0A 3SH5A 2DVDA 4GZSA 4JRAA 1JYCA 1W6NB 1KDMA 1XOGA 2PHRA 3INBA 3MW4A 2C5DA 3ZSLA 1NLSA 1BQPA 3TI3A 1CPNA 1JYIA 3VUOA 1A4GA 3H73A 2QWDA 3RS6A 1OFSA 1F5FA 1W6PB 3BOPA 5IK5A 2VSKA 4M4VA 5HUGA 2A6ZA 1DIWA 4P9WA 4K1JA 5KXEA 1LGCA 4JCKA 1VAMA 3H6JA 2SLIA 1O4ZA 3PVNA 3AP4A 5JOXA 4LBQA 2R1DA 2EIGA 2ARXA 2W68A 3D6EA 1APNA 4YGCA 4QNPA 4HIZA 3SNMA 3D4KA 5E89A 4CPOA 2WJSA 3LSDA 4LBQB 2UWAA 1SBFA 3NV3A 1S1AA 2DYCA 4D69A 3CL2A 1WW6A 3AFKA 1INFA 4YG0A 1Q8OA 2QWIA 1UAIA 1S0JA 3I8TA 3WDYA 2ZB6A 2XZIA 2YA5A 4FQZA 4WVVA 1OKQA 3USUA 2V5YA 1DHKB 2F13A 4HZYA 1L7HA 2RKCA 2E7TA 1VLNA 1BJQA 2AUYA 2V73A 3INAA 2EF6A 3GVKA 1IKPA 1QDOA 4GKXA 2GMMA 4W65A 4C1XA 1J1TA 4YFWA 3AXEA 1DILA 2AR6A 3GVJA 4Y1UA 5JVVA 2Q5TA 1QGLA 1AX1A 1V0FA 1NCAN 1YRZA 4KS1A 4R9DA 4GDJA 1DQ2A 1A3KA 1O4YA 5GZGA 1GANA 3N7JA 5LK5A 2JECA 1BXHA 1IOAA 1EPWA 1INWA 2GMPA 1EUUA 3ASIA 2UWBA 1GKBA 1C1LA 3UL2A 4XYXA 1N1TA 2ZGLA 4Y22A 4KS5A 5EYXA 1CIWA 1WW4A 1CONA 4ATFA 1KDKA 1PZ8A 2YV8A 2FHRA 1WBLA 2ZB5A 1DQ5A 4YZ5A 1LGBA 5JOYA 1MR5A 3OYWB 2HT8A 1NN2A 1MVQA 4YG3A 4F83A 4X4AA 2QWKA 4XJAA 4HL0A 3V0BA 3HMYA 3ZSJA 4FPYA 1W6QA 5H9QA 1V0ZA 4MWXA 2GNDA 4MC7A 1AVBA 1WD4A 1UMZA 3RRDA 4GZOA 1SBEA 4BMBA 2W5NA 2FMDA 1DIMA 3B01A 1MACA 2WSUA 2DVBA 3AZZA 2ZHMA 1W6QB 4D8SA 1V00A 3L2YA 4QN5A 2D6KA 1FAYA 3O12A 1LTEA 3TB0A 3M3CA 2EXKA 3WG3A 2XG3A 4M3CA 2A3YA 2RHPA 4KS2A 3K37A 5T5LA 2VK5A 1G8WA 2XB6C 3ZXKA 1N3QA 1WLWA 1LHNA 2PHTA 1Z78A 1NSCA 1GYKA 5T5JA 3N7KA 2ZZJA 1CN1A 3TAYA 3TI6A 3NN9A 1WUVA 4X47A 1N3PA 3AZVA 1INHA 4K21A 1W6MA 1QKQA 3WG4A 2EAKA 2NZ9A 5E88A 4HZZA 2DVAA 5CA6A 1B09A 2GNMA 3NV4A 4M3CF 3VKLA 3WOGA 4FPOB 1V6MA 4GALA 4M00A 2DUQA 4MWQA 1IS3A 5CAZA 2NYYA 4M4UA 4XJQA 1CQ9A 2OUHA 3B69A 1SLLA 3OBRA 1GV9A 4KBBA 4XJZA 1YIFA 4K3YA 1AXZA 2BZDA 4HZVA 4GA9A 4XBLA 1SLIA 1S0IA 1EUSA 1URXA 1G9BA 2HTYA 2LALA 1DZQA 2P2KA 4XXAA 3WLUA 1LOGA 1S0BA 1JW6A 3DUIA 3FUQA 1AX0A 3APBA 5H9SA 1AZDA 3NV2A 2VU9A 1FV2A 1EURA 1W0OA 4K1HA 3O5SA 2D7FA 1QOTA 1GZWA 2A5ZA 1AXKA 4UW3A 2P3IA 4BPZA 2HU0A 1F8EA 4I30A 1V6LA 2GMEA 1MS9A 1GSLA 4I00A 2QWCA 4DRVA 3RMXA 4MZAA 1QDCA 1DQ4A 3WDWA 1G9CA 2ZHLA 1YI7A 4WVWA 3OY8B 4CZSA 3AZWA 4UW4A 3ENRA 2BQPA 2YROA 2JJ6A 1NSDA 1SLBA 3TI5A 4LBNA 1GNHA 1DQ6A 2DU1A 2VK6A 2GNBA 4GZWA 3WUCA 1OQ1A 4U36A 3CYEA 2ZGOA 2VW0A 4FP3A 2YXSA 1DQ1A 1Z4ZA 4XJ9A 4GWNA 2W52A 1UZYA 1DYKA 2HT7A 2E6VA 2B7YA 1F9KA 3VKFC 1B9TA 1S0EA 5HCAA 4XDQA 4ITCA 3AXDA 5T50A 3TIAA 3BIWE 2A75A 2JDZA 2LTNA 2YA4A 4TZDA 5CBLA 1Q56A 4P14A 3ALWA 1C4RA 4GZTA 1A8DA 4MWWA 5T52A 4B7NA 4SLIA 1JN2P 1I1EA 3W58A 7NN9A 3U4XA 4MJUA 2CTVA 1JXNA 5EXOA 2CMLA 2D43A 1YYNA 2ZA9A 3JU9A 3POWA 4AGVA 4FVKA 4FPEA 5DG2A 3UK9A 1WLCA 4MWYA 4NCSA 1V6JA 2VVZA 1V6KA 4GZPA 2ZHNA 1W6PA 1KJLA 2AH2A 3FLTA 3PVEA 4FPGA 4AYUA 1HKDA 3N35A 2HTUA 1AX2A 1V6NA 1Z4XA 1DFQA 5DZFA 2D3RA 1CPMA 3K36A 1A14N 3LCPA 2X9MA 5GLVA 1VIWB 3SLIA 1INVA 2HYKA 1ULGA 3B9CA 4YW1A 1CR7A 2A3WA 4CPLA 1FX5A 1FATA 1KQRA 4FJ6A 2ZMLA 4LBLA 2NP0A 5JOWA 4BMEA 3R05A 1QMJA 4ZXKA 4DFSA 4KS3A 3VKOA 2ARBA 2P3JA 3AZYA 2PHWA 3RMYA 2BF6A 4RA0A 5IK8A 3AP5A 1QNYA 1ULFA 3PJQA 1S0GA 3B7EA 1WLDA 2ZHKA 1VCJA 1MS3A 1AF9A 3D11A 1R1ZA 3IPVA 3CNAA 1HLCA 2R1BA 3ZYRA 5GLUA 4WV8A 2UWCA 2AYHA 1BJIA 4Q8LA 3WHTA 2HU4A 3V65A 2BATA 3IPVB 3AYCA 1XOEA 4FP2A 4CPNA 1KRIA 4CRQA 3VKNA 2WSVA 4BOWA 1H30A 2D6NA 3A0NA 2F0ZA 1IVCA 3D12A 1V2IA 3KQRA 4AVVA 1JHNA 1CJPA 4B7MA 3AP7A 4LBOA 4XBQA 4H53A 3M3QA 2SIMA 3ZVXA 2EALA 1V3CA 3OYWA 4MYEA 1JOJA 3AJYA 1QU0A 1Q8VA 2F27A 4DS0A 1DLLA 2ZKNA 4KS4A 1N1YA 4XMAA 4LBMA 1VAVA 1CESA 5GALA 4XIKA 4PBOA 2R0FA 4MX0A 1AJKA 1IS6A 3A0KA 3ILRA 3JUUA 3C2UA 2Z42A 1NCDN 2D6LX 2C9AA 3V0AA 4ASMB 3ILFA 4DPNA 4Y1ZA 4UF7A 4NO4A 2QWAA 1KITA 5HX0A 1UKGA 3WHUA 5HUNA 4GDIA 4CPZA 1PZ7A 3A4UA 3V0AB 2DTYA 3MPPG 1SO7A 4BLJA 4BLIA 4P9YA 1WW7A 1Z4YA 1LHUA 4YZ1A 5FREA 3SALA 1GZ9A 1B9VA 2WT1A 1LOBA 3M3EA 3PMEA 2QWFA 4QN7A 3RSJA 2QWHA 3JU4A 4OZXA 5KXDA 2WT2A 3FLPA 3AZXA 1NNBA 2DWRA 1MS4A 2VXRA 2ZGSA 5EYYA 5CB7A 1G9DA 2ZGTA 4U2AA 1IVGA 5B2CA 3B3QE 1Q8QA 4IQPA 1LU2A 3AP6A 1LULA 4JC1A 2EXIA 4M3MA 3W59A 4Q2FA 1QOOA 4UW5A 3AYDA 2GNTA 1USRA 3T1LA 2F24A 4XZPA 1SCSA 4XTPA 2DUOA 1NNCA 3PVOA 4YZ2A 4FOWA 3HR9A 4XBNA 2YDTA 4YW5A 5BYNA 4XMIA 2KM2A 4BBWA 3MW2A 4XJRA 1LU1A 3ZXFA 4Y1VA 4YM2A 2W39A 1SACA 5GLTA 4FOYA 2ENRA 1CVNA 3O0WA 1MS1A 3ZXLA 2P3KA 4Q1PA 1BYHA 1DBNA 3N7MA 3AK0A 5H9RA 3QLQA 4Q27A 2XZKA 3M2MA 1V3DA 4QN4A 2DVGA 1UL9A 1HQLA 2E51A 1ULDA 1C1FA 4H52A 2F25A 4K1KA 1NMCA 2D44A 2GN3A 2JE7A 3ZSMA 3ILNA 4MWJA 3SH4A 2A6VA 3OY8A 4Y20B 2R49A 1IKQA 2PHUA 1LOCA 1Z4WA 5GZEA 4CPYA 2GALA 4AWDA 1DGLA 1HQWA 2PHFA 1EUTA 1Y7BA 3NV1A 1H9PA 3KM5A 4PQ9A 2ERFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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