4XHBA

Crystal structure of the nanb sialidase from streptococcus pneumoniae in complex with pentanediol and ches
Total Genus 194
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
194
sequence length
658
structure length
658
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYGIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Sialidase B
publication title The Hunt for Serendipitous Allosteric Sites: Discovery of a novel allosteric inhibitor of the bacterial sialidase NanB
rcsb
source organism Streptococcus pneumoniae serotype 4 (strain atcc baa-334 / tigr4)
total genus 194
structure length 658
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2015-01-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4xhbA03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4xhbA01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4xhbA02
2ZGSA 3AJZA 1SLIA 1DIWA 3T1EA 4K1JA 5GLUA 5JLVA 1Z4VA 1ULGA 2GN7A 1W1XA 1GV9A 5L73A 1H9PA 1VCJA 2VY0A 3AXDA 4B7QA 1W21A 1CPNA 2AENA 4NOTA 2W38A 2G4IA 1N3QA 2DWRA 3WVJA 4Y22B 4YFZA 1IVGA 4WA5A 1S0EA 5EYYA 5KXCA 3CL0A 2CWSA 5DUUA 2C9AA 2HTWA 1CPMA 4KS5A 4MWJA 5GZDA 3KQRA 1V3DA 1FNYA 2ZA9A 5GALA 5DG2A 3V64A 2AGSA 5CBLA 2ARXA 4FOQA 4YGCA 1C1FA 4FPEA 1B9VA 2OUHA 4Y20B 2F11A 1MS4A 3K3AA 3ZSJA 1LENA 1NN2A 2EALA 4XJUA 4XYXA 3ALWA 4LBQD 3ILNA 2QWBA 5JDBA 1I3HA 5H9RA 1INFA 1FV2A 2PELA 4MWQA 3O9JA 7NN9A 5BYNA 1FX5A 4B7MA 1Y7BA 3B00A 4I30A 2HU0A 2CNAA 3SNMA 2AEQA 1FAYA 4XHXA 5B2CA 2HU4A 4C1WA 4FPGA 2BZDA 1PZ9A 1Z4XA 2P37A 4JF7A 1V6LA 1F8BA 1YYNA 4DGRA 1IS6A 4MZEA 2JD4A 1DQ0A 4XBLA 4ATFA 4M4NA 2VSKA 2F29A 1X50A 4MWVA 1F9KA 4YZ3A 2A7AA 4YW3A 4YW2A 4M01A 4LBNA 2JJ6A 4HZZA 4YM1A 1NSBA 3ASIA 4UF7A 2PHFA 4X6KA 1BJIA 4FOWA 1AX2A 4QN7A 3IPVA 1DQ4A 1KDKA 3GVJA 2ZMKA 1GNHA 4LBKA 1XQNA 2SILA 1MR5A 4UW6A 4GZTA 1W0PA 1L7FA 1IVDA 1NCCN 4AVTA 5FRAA 4WVWA 4BM8A 1UZYA 1GICA 2PHUA 4ISQA 3U4XA 2WT1A 4GB1A 2A6YA 1FYUA 2CTVA 1DQ6A 4YGDA 4M3CA 1IKPA 3ZXJA 3PVNA 4P9WA 4PCRA 3UK9A 2AH2A 4AWDA 4BOWA 3AZYA 1HQLA 2GNDA 4Q1PA 2ZGUA 1INVA 3ZPYA 3VKMA 1NNAA 1IS4A 2HTVA 3SITA 1W0OA 2DYCA 3JU9A 2DU1A 2A6ZA 4MC7A 2EAKA 2A3WA 1IVCA 3LSEA 5HCFA 2HYKA 5GLWA 5HUGA 1O4YA 1LGBA 1NSDA 4WVVA 3TI5A 1V0EA 2D6NA 1V00A 3WUCA 1JYCA 1IOAA 3RMYA 2NYYA 5JYYA 4BMEA 1IVBA 4Y26A 3JU4A 3INBA 1Q8PA 1KRIA 1V3CA 4JC1A 1D2SA 5FREA 1DIMA 1GYKA 2W68A 2CL2A 2VXRA 3K36A 3WHUA 4D8SA 4ZKTB 4HL0A 2WNEA 4GWMA 1MACA 2OVUA 3W58A 3ZXFA 2FMDA 3VUOA 1S0GA 1S0DA 1ULDA 1AX0A 2W39A 3AZVA 4UW3A 2DUPA 1W6NB 2OW4A 4XXAA 2EXKA 1LECA 2QWEA 3AZXA 4XDQA 2WKKA 4NO4A 1KQRA 2ZGTA 3V0BB 4M4VA 3OPZA 2NMOA 3DGTA 1H9WA 2JE7A 3WCRA 4ATEA 1GZWA 2F26A 2FHRA 2C5DA 1CQ9A 1BQPA 1NXD1 1QDCA 1S0IA 1FNZA 5IK4A 3POWA 4YM3A 2QWDA 2AYHA 2A70A 2NP0A 4GKXA 2GN3A 3CNAA 1GKBA 1V6JA 1JBCA 2WT2A 3UJQA 1A3KA 1YXWA 2GALA 1LHWA 4BLJA 1V0FA 3W09A 1Z78A 3HN1A 3K38A 2NZ9A 4RA0A 4HIZA 4P9XA 4YGEA 4K1YA 3ZXLA 3FUOA 4YM2A 2PHRA 1W6MA 1N3PA 3N36A 4YW5A 5F5QA 4XE9A 1IS3A 3D12A 3SLIA 1DBNA 2VK5A 1DQ1A 3WOGA 4YZ4A 1CESA 3AYAA 1ONAA 4GZPA 3MW2A 1G9CA 4FPHA 3L2YA 4W65A 5H9PA 1CVNA 4ZXKA 4H53A 4BMBA 5IUQA 2EF6A 3APBA 1F31A 2PHTA 1UPSA 2H0BA 2HT8A 2DURA 1GZCA 4MX0A 4KS4A 1PZ7A 4B7RA 4JCKA 2XZJA 1Q8VA 1LOFC 4Q26A 3H72A 2UURA 3WZ1A 5GLVA 2YA5A 2C4AA 5T5OA 3AFKA 1LOFA 3T1LA 3OYWA 4Q8KA 1EPWA 3FLRA 1A4GA 1Z4ZA 1SFYA 1JXNA 3GALA 2ZGKA 2D44A 4MWYA 1KITA 1W6OB 4XJRA 4KS2A 1GSLA 2WJSA 1INWA 4YW4A 3FFZA 2HTQA 1UX6A 3O5SA 3USUB 3WNXA 3WDXA 1NCAN 2P3KA 4CPZA 2ZHLA 1AX1A 2ZB6A 4XJ8A 1LODA 2WQZC 4AVVA 4C1XA 4FPFA 2ZMNA 2QWGA 3ZYRA 1U0AA 2F27A 3A71A 2P2KA 3TICA 4KS1A 1QNYA 2DUQA 1TEIA 2F25A 3CYEA 2HTRA 3WG1A 1W8OA 1BZWA 5T54A 2CY6A 4MJVA 1WW7A 2WT0A 4Q2FA 4YW1A 4K21A 4AGRA 2VW2A 5DUWA 2ZBJA 3ZXKA 4YGBA 4Y1YA 3UJOA 2PHWA 3N7KA 1URXA 3OBTA 1DFQA 4GXLA 2DUOA 4CTEA 1N1TA 3MW4A 3WLUA 5GZCA 2RHPA 1SO7A 2JECA 2BERA 3WDUA 1ZM1A 3H71A 4XJQA 2YA4A 3KM5A 3C2UA 1WD3A 3IN9A 3FLTA 1BYHA 4QNPA 1LESA 1WUVA 2V5YA 2ARBA 2ES3A 2QWHA 4MWRA 1Z4YA 3VKOA 1UN1A 1QGLA 2VK7A 4MWXA 4XHBA 4GZSA 1LU1A 2ENRA 4FQZA 1LOEA 2YXSA 4FPCA 5IK8A 4YG3A 1DGLA 4FJ6A 3TI3A 2ZZJA 1MS9A 3AP9A 5T5PA 4HZWA 2E53A 4CPMA 4LBQB 1VLNA 1G9BA 3M2MA 1V3EA 2A6WA 3ZVXA 1JW6A 5CA6A 1N3OA 1BXHA 3V0AB 1WW4A 1B9TA 3GVKA 4AGVA 4ASMB 2SIMA 1Q56A 4FPOB 3B9CA 4U36A 3MPPG 4YG0A 1WD4A 4Y22A 1LTEA 5HX0A 5JOYA 5CAZA 2R16A 1V3BA 2I2SA 3NV4A 3SANA 1PZ8A 2QWCA 3N7MA 5T5LA 1A4QA 4F83A 3RG0A 1NMBN 4Y1VA 3A0KA 1YI7A 2C4LA 2YROA 4GZOA 2ZMLA 1G8WA 4Y20A 1IVEA 4PBOA 1GANA 1SLTA 4FPLA 5GM0A 2W5NA 2F13A 5JOXA 2ZGOA 4XBNA 4R9AA 4GKYA 2SLIA 3MEPA 4QN4A 1W6PB 4MWWA 2AUYA 1EURA 5KXEA 1HDKA 1AXKA 3RSJA 1E8UA 4M4UA 3OGGA 3R4UA 2CWMA 1L7GA 1MS0A 4CPYA 1LCLA 2CYFA 4FPKA 2AREA 2A75A 3R05A 1DILA 2E6VA 4U2AA 1VAMA 1AXYA 3NV1A 3I8TA 4MZAA 2WLQA 3O0VA 4K20A 1QOOA 1G9AA 5DZEA 1W6QB 1DYKA 2GDFA 4GA9A 3AP5A 2QWAA 2ZB5A 1AJOA 3QCWA 1VAVA 1WBLA 4BPZA 4YG6A 2ZGPA 5JOWA 4R9CA 5T5JA 4Q27A 1NCDN 3Q9OA 4WA3A 3IMNA 1FV3A 4R9DA 1QU0A 4GJTA 3RS6A 4KS3A 3WCSA 1BJQA 3ZSLA 2DTYA 1EUUA 1NMCA 2D6LX 2QWKA 2A3YA 2RKCA 1OKQA 4QN6A 2A6VA 5HCAA 4CPOA 1EUSA 4M3CE 1XOGA 3D4KA 1UZZA 5CB7A 1UL9A 4UW4A 3QLQA 4K1IA 2ZGMA 1MS1A 5B2DA 3NWKA 5HCBA 1A78A 4YZ2A 1LOCA 4YFWA 4P14A 3VKNA 1NCBN 1JOJA 5T55A 4K1HA 1INGA 1QKQA 4MYEA 4BQ1A 1OQ1A 3TI4A 5DZFA 4YM0A 1Q8QA 1SLAA 5LK5A 1LOGA 1F5FA 2ZABA 1E8TA 3NV2A 4FQ4A 3BODA 1L7HA 1N1VA 2E7TA 3VV1A 3SH5A 3O0XA 5GZEA 4XJAA 3ILRA 4UW5A 5HUNA 1LU2A 3TB0A 4K1KA 2ERFA 4DRRA 4WZFA 5EXOA 1JUIA 3OJBA 4SLIA 3WDYA 2EIGA 3M3EA 1SNTA 3OYWB 4PQ9A 5DG1A 4TYSA 2WSVA 3AP7A 2R49A 1SCSA 2CMLA 4CRQA 2BATA 4XMAA 4GDIA 4FOYA 4XMIA 1WCQA 2F0ZA 2ZKNA 3CL2A 1QOTA 1FATA 4BLIA 1QNWA 1WBFA 2VVZA 3HR9A 2D43A 4X4AA 4BBWA 2W52A 1S0CA 2XZIA 5GZGA 3INAA 4MWLA 5IK7A 2BF6A 1WLWA 1SBFA 3AK0A 3M3CA 1G7YA 4LBLA 3O0WA 1S0FA 5IK5A 5KXDA 1CONA 3SILA 2ZGQA 1GNZA 2HTYA 1YIFA 1ENRA 5JMCA 1LEMA 2WSUA 2XZKA 1W6NA 1UAIA 3R4SA 1N47A 4WV8A 2XG3A 1NNBA 1DLLA 2QWJA 1EUTA 1HQWA 4K1ZA 4DFSA 3RRDA 1DHKB 1OFSA 3A4UA 3V0BA 1V6KA 1IS5A 1HLCA 4AYUA 1YO8A 1NNCA 3M1HA 5NN9A 1ENSA 2SBAA 2OUJA 2PHXA 1DQ5A 1MS5A 1JYIA 3O12A 3GNEA 2V73A 1A8DA 2DV9A 1QOSA 3PMEA 2R1DA 4L8QA 1NSCA 4PF5A 4XJWA 4FOVA 2R1BA 1Z4WA 4NCSA 3POYA 3B7EA 1A14N 4Y24A 4Y1UA 1ULCA 4HZVA 5GLTA 2ZHKA 1ENQA 3OBRA 4QN5A 5H9SA 4HANA 1WLCA 3A0NA 4FPYA 2YDPA 4AVSA 3VKLA 4NN9A 3TI8A 2X9MA 2F10A 3SH3A 3GVLA 1Z0HA 3IM0A 4QN3A 4DS0A 5HUMA 1AZDA 1G9FA 4B7NA 4WEFA 1USRA 4GEZA 4YZ1A 2GMEA 2Q5TA 3N35A 1HKDA 3AZWA 2DVGA 3WV6A 2DTWA 5E88A 2JE9A 4JRAA 1WW6A 1INHA 5T50A 3ILFA 3ZYPA 2VW0A 4Y1ZA 3IPVB 1DZQA 1C57A 2W5OA 2D6OX 4FZHA 1IKQA 1LHOA 5M1ZA 2YDTA 3AP4A 2HT5A 2D3SA 3OY8A 1QMJA 4CPLA 5EYXA 1H30A 4GZQA 2NM1A 1W8NA 2ZGNA 4Y1XA 5F9TA 5E89A 1F8EA 4XIKA 2D7FA 5JOZA 3WG4A 1E8VA 4M3CB 3WHTA 1V6OA 4FVVA 1W20A 3FBYA 5DUXA 3RMXA 1S0JA 2ZHNA 4XXPA 4IQPA 1W6OA 3H0OA 3RQ0A 4XJ9A 1KDMA 2D3RA 2HTUA 1APNA 3AYEA 1SLCA 3TIBA 3M3QA 5GLZA 3USUA 1UMZA 1LHVA 5EWSA 1B9SA 3I4IA 3BIWE 1YRZA 2EXJA 2GNTA 2YZ4A 1Z50A 1WW5A 1MS3A 4FP3A 2P34A 4HZYA 1QDOA 4WEGA 4M3CF 4XJZA 1C1LA 3FLPA 1MVQA 1LULA 2W20A 1IVFA 2F28A 3SALA 1WLDA 3WDWA 2DVFA 2UWCA 1AXZA 2AR6A 3D11A 2ZAAA 2YA7A 1KJRA 5GZFA 1JN2P 1XOEA 4DPNA 2GNBA 3UL2A 4XBQA 2VH9A 1LGCA 1LGNA 6NN9A 2VU9A 2GMMA 1GBGA 4ITCA 2EXIA 5AVAA 2P3JA 3N7JA 1LOAA 2A6XA 4J9TA 2ZGLA 1AJKA 3WDTA 1CIWA 1VIWB 4Q8LA 4MJUA 2KM2A 3WUDA 1LHUA 1VALA 1S0BA 4I00A 1DYPA 3NN9A 1RIRA 3W59A 1J1TA 3D6EA 1Q8SA 1BKZA 2ZGRA 2DVDA 2XCYA 1INXA 2B8HA 2JDZA 2DU0A 2P3IA 4GZXA 3AXEA 3WG2A 2LTNA 3B69A 3PVOA 2HT7A 4X47A 1R1ZA 3K37A 3BTAA 4XILA 4LBQA 3DUIA 1USXA 4LBJA 1GZWB 1RINA 2UWBA 1SACA 1SCRA 4K3YA 1G86A 2A3XA 3IKWA 3NV3A 3V0AA 1DQ2A 3BOPA 4YZ5A 5H9QA 3AYCA 5T52A 1WCSA 2ZACA 4M00A 1LHNA 3PVEA 1CR7A 1MZ5A 4Q6KA 4MWUA 4FVKA 1V2IA 3N3HA 1NLSA 4TZDA 3O9KA 4XTMA 2NMNA 5SV8A 3CKZA 4RL7A 1W6MB 4B7JA 2R0FA 3MW3A 4M3MA 5GJ6A 2R0HA 2AEPA 4GZWA 3TIAA 3TAYA 1NMAN 1N1YA 1GZ9A 1MZ6A 3T1MA 4WA4A 3D5OA 1V6MA 3T2TA 3LSDA 4D69A 3H73A 1W6PA 2YA8A 2VUAA 2D3PA 3ZXEA 2D6KA 1MS8A 1SLBA 4GDJA 3SH4A 3AJYA 3AZZA 1V0ZA 3ALXA 4GWNA 4H55A 3V65A 3N7LA 2GMPA 4LBOA 4NC5A 4Q1RA 1RITA 3NSSA 3ATGA 1VCUA 2D6PA 4KBBA 3A72A 3ZSKA 1W6QA 4AGGA 1ZA4A 3B01A 3K39A 2DVBA 2B7YA 4HZXA 3JUUA 5CNAA 2YV8A 3M3OA 1MVEA 2YMZA 4ISRA 1QF3A 1V6NA 3BEQA 1SBEA 2E51A 1F8CA 2XB6C 2EXHA 2LALA 4CZSA 2GNMA 3AP6A 1C4RA 5DUVA 1Q8OA 4CPNA 3HMYA 1ULFA 1JHNA 2YA6A 1UKGA 3WDVA 2VK6A 4XIOA 3H6JA 4DRVA 2UU8A 5KXBA 2F12A 2E7QA 1LEDA 1SBDA 4FP2A 2QWFA 3FUQA 4XOGA 3AYDA 1V6IA 5DXDA 4XZPA 3PJQA 4H52A 3SISA 3AX4A 1CJPA 1I1EA 1S1AA 1D0HA 3POSA 2A5ZA 4R9BA 2D6MA 5IT6A 1ULEA 2NN8A 5E8AA 3B3QE 4P9YA 1INYA 4YLZA 1CN1A 1G9DA 2QWIA 1MWEA 2ZHMA 2BQPA 1KJLA 3TI6A 1SLLA 4PBPA 1N1SA 3VKFC 2YY1A 4Z8BA 3OY8B 1F8DA 3ZSMA 4FPJA 3LCPA 2W08A 5DZGA 2VW1A 2UWAA 1O4ZA 4DQAA 2F24A 4XTPA 2JKBA 2TEPA 4OZXA 4GALA 1LOBA 4LBMA 1B09A 2VWDA 5JVVA 1AVBA 1GLHA 5HUKA 4X49A 3ENRA 1AF9A 3WG3A 2Z42A 2A71A 2DVAA 2VSMA 1LJ7A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4NVPA 2HWE1 2ZGSA 3AJZA 4N43B 3KZ4C 2QKDA 5KC5A 1UZWA 2CGOA 1KD7A 1SLIA 3E6BA 5DAWA 4BQWA 3AM2A 2JE8A 1DIWA 4A42A 3T1EA 4QKBA 4K1JA 1WP5A 5GLUA 1X9TA 2WAOA 2BFUS 2RDQA 4CXWA 4E2SA 5JLVA 1ULGA 2GN7A 2O0OA 4IEPA 1H0BA 2WNVC 3POEA 3LB9A 5EZWA 3IAXA 1W1XA 1LR5A 3ZXGA 5A3WA 1GV9A 2GVUA 3L6VA 1AR92 2VZ1A 3PTYA 4C1YB 3P3NA 5FZGA 5L73A 4A6OA 1H9PA 3HVDA 2WFPA 1VCJA 2VY0A 3AXDA 4AQ2A 4D6QA 2WQ8A 3LA2A 3K48A 4B7QA 2XWBB 4B7EA 1W21A 1CPNA 2WNVA 5JXGA 4XEZA 4OYUA 5B2GB 2AENA 3DCQA 4NOTA 2G1MA 5LEJA 2BUKA 2VNGA 4A4AA 2W38A 4WVZA 5FOBB 2G4IA 5BUVA 1DDLA 2VMDA 1N3QA 2DWRA 3WVJA 4FTSA 1S1DA 2IASA 4Y22B 4YFZA 3VBSB 1IVGA 1W8TA 5CFDC 2BPA2 4WA5A 2IXHA 1AR91 3HOBA 5LASA 3HQRA 1S0EA 5LW9A 1QH6A 5EYYA 5KXCA 3CL0A 4N7IA 4QQHA 2CWSA 4CP1A 3ACGA 4BB3A 5C8WA 2F17A 3H1MA 4ZY9A 1IPKA 3V64C 4S2FA 5DUUA 4TXWA 2HQSA 2QE8A 1X7NA 2C9AA 2HTWA 2FPBA 2RV9A 1CPMA 4F3JA 4KS5A 1HV1A 5GZDA 5CFDA 2XMLA 4MWJA 3KQRA 5JPMB 1RXGA 1V3DA 1PK6C 4HVRA 4IESA 4RQPB 3ZLIA 4CU6A 1FNYA 4EYUA 1L7LA 1MQTC 2E31A 2ZA9A 4QAWA 3MIGA 5DG2A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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