4XHXA

Crystal structure of the nanb sialidase from streptococcus pneumoniae in complex with optactin and 2-[(3-chlorobenzyl)ammonio]ethanesulfonate
Total Genus 196
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
196
sequence length
658
structure length
658
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYGIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title The Hunt for Serendipitous Allosteric Sites: Discovery of a novel allosteric inhibitor of the bacterial sialidase NanB
rcsb
molecule keywords Sialidase B
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae serotype 4 (strain atcc baa-334 / tigr4)
total genus 196
structure length 658
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2015-01-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4xhxA03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4xhxA01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4xhxA02
2EXIA 2D6NA 3FLPA 5H9QA 1XOEA 2GN3A 3WG2A 1IVFA 2QWJA 1LCLA 3SITA 4M3MA 1UAIA 4YW4A 4MWQA 4GZOA 4CPZA 4TZDA 2AGSA 4XIOA 2ARBA 1W6QA 3T1MA 4HZXA 1Q8OA 2GMEA 4FOWA 4RA0A 2JJ6A 2D7FA 3ZSJA 1GZWB 4CRQA 4ZKTB 4BBWA 4BLJA 3HN1A 1Q8VA 5T55A 1VALA 5HUGA 5T54A 1KQRA 3AJYA 1IVDA 4B7NA 1CVNA 4GB1A 1Q56A 2F28A 3ZPYA 1BXHA 2A6XA 2E7TA 1AX2A 3WDYA 2VWDA 2PELA 2NN8A 4Y1VA 3GNEA 2ZGTA 3GVKA 1HKDA 2VK6A 1G8WA 1LGBA 1FAYA 1CJPA 1OFSA 3VKNA 4WVWA 4K21A 1X50A 1RIRA 4WEFA 1IVGA 2NYYA 5GZEA 1QGLA 3M3QA 5GLVA 1G9AA 4XJWA 1ULDA 1LHWA 2YA6A 1YO8A 2QWBA 2ZAAA 3RS6A 2YZ4A 3O9JA 5T5OA 4BPZA 2R49A 1MS9A 2ES3A 3AK0A 3W59A 4KS5A 4XHXA 3ALWA 3Q9OA 3TIAA 2CMLA 1NCBN 1GANA 3R4SA 2EIGA 2ZGLA 1SFYA 2W39A 1A4QA 1A4GA 1UZZA 4M3CB 1V6OA 1I1EA 3INAA 4QN5A 2AREA 2AUYA 1UZYA 4K1KA 1MWEA 2YA5A 1Z4WA 3WDVA 4AGGA 4QNPA 4GZPA 2F11A 1DFQA 1CR7A 2E51A 2PHUA 2XZIA 5JMCA 4YZ2A 3AP7A 1SLBA 2D43A 1LULA 2V5YA 4FVKA 2QWKA 4KBBA 1R1ZA 3BIWE 1FX5A 1GBGA 4H52A 3PMEA 4W65A 1LHOA 5KXBA 4UW5A 2VSKA 2VK5A 3N3HA 1S0DA 2ZGOA 1LOGA 3AP6A 1SNTA 1SBFA 1F8DA 4K1HA 1SBDA 1GZWA 3OJBA 1SLLA 5DUWA 2P3IA 2ZGKA 1F9KA 5DZGA 2VW0A 3I8TA 4MC7A 2GNMA 1J1TA 4QN4A 4XOGA 1QOOA 4GDIA 1Z0HA 1C57A 1DQ1A 3IKWA 1F8EA 4GZXA 5DG2A 2PHWA 4MJVA 1W6NB 4K1ZA 2PHXA 4OZXA 4MWVA 2JKBA 4Y22B 2BATA 1L7HA 5H9RA 3M1HA 1INFA 3JU9A 1KDMA 1LOFC 2JD4A 1BQPA 4YZ4A 4FPOB 2BQPA 2A6VA 1I3HA 2GMPA 4X47A 1RITA 3FFZA 1L7FA 4B7RA 2ZA9A 4PF5A 1UMZA 4DS0A 2I2SA 3DUIA 3NSSA 1A14N 1AZDA 1A3KA 1AF9A 3WG4A 1LHVA 3M2MA 2QWFA 2WT2A 5F5QA 1B09A 4LBLA 1PZ7A 1NMBN 2F0ZA 3CL2A 3BOPA 1S0GA 1QOTA 3PJQA 3INBA 3VKOA 3T1EA 5DXDA 3FLRA 3MPPG 3TI4A 2ZHMA 4GA9A 2E7QA 4FPLA 2YA4A 2VK7A 4XHBA 4FVVA 3HR9A 4IQPA 2VVZA 2WNEA 2AENA 3PVEA 1IS5A 4M3CA 2F12A 3AYAA 4B7QA 4M3CE 4NOTA 1IS4A 4XTMA 1AXYA 3AP9A 1CPNA 3BEQA 2DVAA 4XXAA 4YFWA 4Y1XA 5JDBA 2G4IA 3SH3A 2VW1A 1DIWA 2D6OX 4XJUA 2SIMA 4X6KA 4Z8BA 3A0NA 1H9PA 3SNMA 3K39A 3B69A 1WW5A 4M00A 4QN3A 1IS6A 3SH4A 2H0BA 1N1SA 4I00A 2ZMLA 3WG1A 1H30A 2NMNA 3WCSA 1V2IA 2XZKA 4XJZA 1SLTA 2GN7A 3NV1A 6NN9A 3POWA 2R0HA 3I4IA 1U0AA 1LECA 1W6NA 3V0BB 3BODA 1QU0A 4DRVA 4Q27A 3WVJA 4Y22A 1OKQA 1KITA 2JE9A 4AGRA 1DQ5A 5DZEA 2D6PA 1URXA 4LBNA 1E8TA 2D44A 4MX0A 4MJUA 1G7YA 4GZQA 3B7EA 4CPYA 1LJ7A 3W58A 1ULCA 5IK7A 2F24A 1NCAN 3LSDA 1INYA 1NNCA 2YDTA 4BLIA 2YROA 1LODA 3K38A 4WEGA 1F8BA 1INHA 2QWAA 3H6JA 2P2KA 1S0FA 1Z4XA 4MWLA 3RMXA 4ASMB 1CIWA 1LEDA 4R9AA 1NLSA 3SISA 1IVEA 3ILFA 3WZ1A 2UURA 4B7JA 1MS4A 5GALA 1YRZA 4Q8LA 2P34A 3ZXKA 1G9FA 4YW3A 3V0AB 3CYEA 1HQLA 4WA4A 4B7MA 5IUQA 4AWDA 3SLIA 3O9KA 4MWXA 3A0KA 5JVVA 4GKXA 3AXEA 2B7YA 4H55A 1QKQA 1G9CA 1MR5A 4GZWA 1QNWA 1WW7A 4NO4A 3H0OA 3QCWA 4XIKA 5JOZA 1V6IA 4ZXKA 5HCBA 1N1VA 4GZSA 3V65A 2R1BA 4HZYA 3PVOA 1SLCA 1MS5A 4WZFA 5CNAA 2A5ZA 3A4UA 3NN9A 3H72A 1G9DA 2A7AA 2DWRA 3TI3A 1OQ1A 2JE7A 2D6KA 4QN7A 4UW3A 1AXZA 5T5LA 4MZEA 3O5SA 2A3WA 3ZXFA 1S0CA 2DTWA 4AYUA 1N47A 4K3YA 1HLCA 4MZAA 1H9WA 3AFKA 1V6NA 3LCPA 1FNYA 4XBNA 3JUUA 3LSEA 2NZ9A 4YG3A 2ENRA 2VH9A 4YGCA 4ATEA 1AXKA 2ZB6A 2F25A 1GNHA 1GZCA 1LOBA 3UK9A 3WUDA 5HCAA 4BMEA 2CY6A 4GWNA 1LGCA 5GZCA 1FATA 1W6OB 1MZ6A 1W6MB 1Q8SA 5CA6A 3OGGA 1AX0A 3H73A 1W21A 2C4AA 1VAMA 1MVEA 1EURA 3IN9A 2ZGUA 3AZVA 1ENSA 2C5DA 3N7KA 2ZGMA 4NN9A 3R4UA 2W5OA 4XMAA 2EAKA 1LOEA 2D6LX 5GLZA 3ZXEA 5B2DA 3KM5A 3K36A 2GALA 1GZ9A 2YXSA 4UW4A 3NV2A 4FPEA 1ULEA 2WT1A 1V6LA 4DPNA 5GLUA 3WOGA 2DU1A 1EPWA 4DQAA 3FLTA 2R0FA 4FOQA 2WSVA 2A3XA 4HZWA 3ZSMA 4YM0A 1ONAA 1O4ZA 1NMAN 3NWKA 3OYWB 1MS8A 5HUNA 4YW1A 1SLIA 3D4KA 3ILRA 3WDXA 3WDTA 3AZZA 4XDQA 1XQNA 5JOXA 2QWGA 4BMBA 4UF7A 3SILA 2E6VA 5IK4A 2XG3A 5E89A 3ATGA 2W20A 2PHFA 4D69A 3B01A 4PBOA 3SH5A 4XMIA 3POYA 2HU4A 4YGEA 2ZMNA 1PZ9A 5M1ZA 5BYNA 4DGRA 4FPJA 5AVAA 1YYNA 2DURA 3SALA 1JYCA 4GWMA 3ZSLA 2NM1A 1IKQA 5FREA 3TI6A 2V73A 2WQZC 4XBQA 1N1YA 2OUHA 2FMDA 4K1YA 5IK5A 4CPMA 4LBKA 1N3QA 1ZM1A 4BOWA 3NV4A 3OBTA 2HTYA 2F29A 4XBLA 2YA7A 4FOYA 2GNDA 3A71A 2EXKA 5JOYA 4PQ9A 3APBA 1NSBA 1JHNA 1MS3A 3N7MA 3WHTA 1BJQA 2Q5TA 2QWHA 1KDKA 3MW2A 1Z50A 4D8SA 1KJRA 4WA5A 4YGBA 4XE9A 1JXNA 1HDKA 1VCJA 5JOWA 1NXD1 1NNAA 2ZGNA 2F26A 2W68A 1WBFA 2D3SA 3VKFC 1W6OA 2RHPA 2DVFA 1W6MA 4YM2A 3WG3A 2DV9A 3RMYA 1NSCA 1Z4ZA 1D0HA 1DQ0A 2ZGQA 3AZXA 1INVA 2UWAA 5FRAA 2LALA 5H9PA 1B9SA 5JYYA 5EYYA 1F31A 3MW4A 4LBQB 1IKPA 1QMJA 1S0BA 5GM0A 1SCRA 1BZWA 5HCFA 3K37A 1WUVA 3VUOA 2XB6C 4NC5A 4CZSA 1WW6A 2W5NA 1A78A 2JECA 4BM8A 4XJQA 3H71A 4YW5A 1GKBA 3ZYPA 4FPGA 4Q1PA 4FPCA 4HIZA 1QNYA 1FV2A 2PHTA 3KQRA 5HUKA 1WLCA 4KS2A 2TEPA 5KXCA 4TYSA 4LBMA 1WBLA 3UL2A 3ZSKA 3RRDA 3OYWA 1G86A 4FP3A 5T5PA 4YFZA 4YW2A 3QLQA 1V00A 5IK8A 2YY1A 4X49A 1E8VA 4PCRA 1YXWA 3UJOA 2XCYA 1Z4VA 5KXDA 1N1TA 1EUSA 4YG6A 3TB0A 2DTYA 1LU2A 3K3AA 1JOJA 1MVQA 2VW2A 1V6JA 7NN9A 2HT5A 4GDJA 4P9WA 3W09A 4YZ1A 4AGVA 2F10A 4UW6A 1UKGA 3C2UA 1ZA4A 4LBQD 4P14A 1GYKA 3M3CA 3PVNA 5F9TA 3VKMA 3WNXA 1DZQA 1SLAA 3T2TA 3B9CA 2LTNA 3WHUA 2ARXA 5SV8A 5B2CA 1DILA 5IT6A 2BF6A 4YM3A 5T50A 3O0WA 4GXLA 2CNAA 3USUB 4JC1A 4YGDA 4F83A 2ZZJA 4YM1A 2WSUA 4MWYA 3L2YA 3ALXA 1DQ4A 2GDFA 3D6EA 2ZABA 5GLWA 1WLWA 1UL9A 4M4VA 1NN2A 2CTVA 2EXHA 1MZ5A 2EF6A 4CPOA 3D5OA 3M3EA 1JUIA 4FPFA 3IPVB 1O4YA 3AZWA 2ZMKA 2HTQA 1V3BA 1DYKA 1SACA 4WVVA 4FZHA 2HT8A 4Y1ZA 4XJ9A 2HTVA 3AXDA 4XJ8A 1V0FA 1XOGA 4Q6KA 3ZYRA 1NCCN 2OVUA 2YV8A 1V6MA 1GLHA 4AVSA 2NMOA 5EYXA 2P3KA 4LBQA 4YLZA 2ZHLA 3N7LA 4FJ6A 4Y24A 4KS1A 3AP4A 3ENRA 4YZ5A 1CQ9A 4XILA 5GZDA 3MEPA 5T5JA 2JDZA 3ZXLA 3RG0A 2AR6A 3WCRA 4DFSA 3WV6A 5EWSA 1ENRA 1VAVA 2YMZA 2HYKA 3B00A 1S0IA 1JYIA 4MWUA 2VUAA 1USXA 5GLTA 1NSDA 2PHRA 4J9TA 1C1LA 1DQ2A 4XJAA 3CL0A 2SLIA 2AH2A 2R1DA 4M3CF 4M01A 5EXOA 4MWJA 1ULFA 1DYPA 4LBOA 4Q2FA 1RINA 3R05A 1WD4A 2R16A 2DVDA 1INGA 4QN6A 5DUVA 4Q8KA 2ZB5A 4M4UA 4GJTA 4HANA 1DIMA 4Y1YA 2B8HA 4YG0A 5H9SA 4L8QA 1DGLA 1LHUA 4X4AA 1FNZA 4XZPA 4R9BA 2BERA 2VU9A 3V0BA 1E8UA 1USRA 3USUA 4Q26A 2AEQA 1APNA 4I30A 1VLNA 1A8DA 1GNZA 2UWCA 2A70A 4C1XA 2ERFA 3D12A 1GSLA 3OPZA 1S1AA 2SILA 3FUQA 2ZACA 2C4LA 1EUUA 1ENQA 2QWDA 4FPYA 5LK5A 3CKZA 1LOCA 2UU8A 1V3CA 2HTWA 4GEZA 1QDOA 3IPVA 5E8AA 1CONA 1UPSA 4Y26A 2ZBJA 3JU4A 3V64A 1Q8QA 4R9DA 1UN1A 1Z4YA 4MYEA 3O0XA 2E53A 1AX1A 3RSJA 2VSMA 1V0ZA 4RL7A 4R9CA 1Y7BA 1WD3A 4FQ4A 3FBYA 3V0AA 1MS1A 2DUQA 2WLQA 4SLIA 4U2AA 1KRIA 1BYHA 1DQ6A 2F13A 3IMNA 1G9BA 3N7JA 3RQ0A 5HUMA 2ZHKA 1JW6A 5CB7A 2F27A 1IOAA 4CPLA 5KXEA 1SBEA 1KJLA 2A6WA 1F5FA 3AYDA 4CPNA 2VY0A 4C1WA 3GVJA 4YZ3A 3NV3A 2D3RA 1S0EA 4Y1UA 3GVLA 2UWBA 1LTEA 5L73A 4FP2A 1IVCA 1LGNA 4MWRA 1UX6A 4AVTA 1CESA 1W8NA 3AJZA 2A71A 2XZJA 3A72A 4XYXA 3OY8B 1MS0A 3WDUA 1VCUA 2DUOA 1FYUA 1NCDN 2CWSA 2VXRA 4WV8A 3TICA 3O12A 3D11A 1TEIA 2EALA 1V3DA 5DZFA 1JBCA 1L7GA 2QWCA 1Q8PA 3AX4A 5E88A 2ZKNA 2ZHNA 2A3YA 3DGTA 1V6KA 4DRRA 1B9VA 2SBAA 4JCKA 2A75A 2CWMA 4AVVA 2DYCA 3WUCA 2AEPA 2NP0A 1LOAA 4Y20B 1SCSA 4ITCA 2P3JA 1GICA 2Z42A 3OBRA 2BZDA 1N3PA 5NN9A 1W6PB 3AYEA 2AYHA 2D6MA 3TI5A 4WA3A 5DUUA 2QWIA 3MW3A 4PBPA 1NNBA 2YA8A 3U4XA 3AZYA 4FQZA 4Q1RA 1W8OA 3GALA 3VKLA 2HU0A 3POSA 2X9MA 5GJ6A 4K1IA 1WLDA 1LEMA 1SO7A 4H53A 1W0OA 1CPMA 4NCSA 2HT7A 3CNAA 1S0JA 4CTEA 4K20A 3WDWA 3TAYA 1BJIA 2HTUA 3O0VA 1CN1A 1QDCA 2DU0A 1AVBA 2D3PA 1D2SA 2GNTA 3TI8A 4LBJA 1V3EA 3ZVXA 4K1JA 2GNBA 3N35A 3B3QE 5T52A 1INXA 4JF7A 5CAZA 1NMCA 1W6QB 4MWWA 1LESA 4ISQA 4GKYA 3HMYA 2WT0A 1LOFA 1W1XA 2ZGPA 1DBNA 2KM2A 4HZZA 3TIBA 1QOSA 5GZGA 2HTRA 1AJOA 1W0PA 1GV9A 4HZVA 2EXJA 1WCSA 2WKKA 2DVBA 1BKZA 2W52A 4JRAA 2ZGRA 3ILNA 2C9AA 4BQ1A 1LHNA 4FOVA 4P9YA 4FPHA 5DUXA 1Z78A 3OY8A 4HL0A 1YIFA 5GZFA 3M3OA 1INWA 4XTPA 1EUTA 1N3OA 1YI7A 1C4RA 4KS3A 4U36A 5CBLA 1LENA 1V0EA 3T1LA 4GZTA 1AJKA 2A6YA 4ATFA 1WCQA 3N36A 4XJRA 4ISRA 2CYFA 2RKCA 3FUOA 1MACA 3BTAA 1HQWA 4XXPA 1B9TA 2QWEA 3UJQA 3SANA 1ULGA 1JN2P 1DHKB 3AP5A 3ZXJA 4FPKA 2OUJA 1IS3A 2W38A 2WJSA 2A6ZA 3IM0A 4Y20A 1PZ8A 2DUPA 4KS4A 2FHRA 5DG1A 4P9XA 2ZGSA 2DVGA 2CL2A 1W6PA 2GMMA 1W20A 1QF3A 1C1FA 5HX0A 2OW4A 1F8CA 3AYCA 1WW4A 5JLVA 1VIWB 1IVBA 2W08A 2P37A 1FV3A 3WLUA 3ASIA 4GALA 4M4NA 1DLLA 1LU1A 3VV1A 2YDPA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4PLNA 1W0NA 5CU1A 3AKRA 2EXIA 5C8CC 4LOTA 5FZFA 3ZN6B 4RGGA 4YVWC 2GC2A 4HVRA 3DXUA 2D6NA 1W2OA 4WM7B 3VD7A 3LE0A 2E32A 4EWEA 1U5ZA 3FLPA 5H9QA 4C0BA 1XOEA 3N9QA 4JQRA 4XZUG 5FNQA 2GN3A 1DDLA 2F4LA 3AKQA 3VZNA 3WG2A 1OA2A 4AZZA 3J7LA 3A9GA 1IVFA 1XNAA 3VD4A 3H8UA 3O14A 4AEKA 3K48A 2QWJA 3T4VA 5C4WA 1LCLA 1PHMA 1YC61 2PQQA 3CJIA 4LHSA 1JOBA 5FYMA 5JI7A 4NAOA 3SITA 4M3MA 1UAIA 4YW4A 1ULPA 4MWQA 1NCQC 2WO1A 2XBO3 4GZOA 4CPZA 4M0HA 4TZDA 5FZHA 4TSVA 2AGSA 3VD5A 4D7SA 4XIOA 2XUMA 2IAUA 1ND3A 5CGJA 5BNNB 3LEMA 5FYZA 2ARBA 1W6QA 1REEA 1PX3A 3T1MA 3ZLIA 2Z69A 4HZXA 1Q8OA 4QGNA 3USSA 5A3UA 5HV4A 1W99A 3TEXA 2GMEA 5EZWA 2A73B 1X2RA 1ASJ3 2VNVA 1HX6A 4FOWA 1BK1A 4RA0A 2JJ6A 3SOBB 2D40A 3JCIA 1PK6B 2D7FA 4HBNA 2WYFA 2CDPA 5J36A 1UX7A 1X8EA 3ACLA 3ZSJA 3THDA 1S1DA 1GZWB 3I2JA 4QPGA 2VZVA 4NIIA 3RFRA 2Q8OA 4CRQA 4EROA 4ZKTB 4BBWA 5D21A 4BLJA 2VMIA 2CAVA 2OZ6A 2VMHA 3HN1A 3EBRA 5F39A 1Q8VA 3VN4A 3E6CC 4QKFA 4LLOA 4Q0QA 4EZ4A 4IEYA 5T55A 4CP9B 3OUJA 1FOD1 1VALA 2VE1A 1J1LA 3KCYA 2JE8A 2MHFA 4RHV2 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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