4XHXA

Crystal structure of the nanb sialidase from streptococcus pneumoniae in complex with optactin and 2-[(3-chlorobenzyl)ammonio]ethanesulfonate
Total Genus 196
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
196
sequence length
658
structure length
658
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYGIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title The Hunt for Serendipitous Allosteric Sites: Discovery of a novel allosteric inhibitor of the bacterial sialidase NanB
rcsb
molecule keywords Sialidase B
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae serotype 4 (strain atcc baa-334 / tigr4)
total genus 196
structure length 658
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2015-01-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4xhxA03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4xhxA01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4xhxA02
1QU0A 1AX2A 1N1YA 3RQ0A 1V6KA 3UK9A 2XZIA 1DQ5A 3NV3A 4Q1PA 2R0FA 3ASIA 1MR5A 4AGRA 2EXJA 3IPVA 2VXRA 2SBAA 3ZSMA 2ZGQA 1OQ1A 2D6PA 4Y1VA 5NN9A 2GALA 2XZKA 4FPKA 2P3IA 4XIKA 3WG3A 1NCBN 4LBKA 4UW4A 4HZXA 5GZEA 4NC5A 2EF6A 4XDQA 4ISQA 4M3CB 1N3PA 2PELA 1A8DA 1ULDA 4H53A 4K1KA 3TB0A 1F8BA 1GZ9A 2D7FA 4XJ9A 1N3QA 4QNPA 3BOPA 1CN1A 4MJUA 1DQ1A 1LOAA 4P9YA 1W6MB 3I8TA 4R9AA 5GM0A 1C1LA 4FVKA 2HT7A 5JOZA 4D8SA 4FPLA 4KS4A 4LBQA 4M3CF 3AYAA 5HUKA 5FRAA 2CWSA 3U4XA 1INYA 6NN9A 3PVOA 1JYIA 4YZ1A 4Q1RA 3IN9A 4MYEA 4BLJA 4DRVA 2E7QA 4QN5A 1QMJA 1V6IA 4Y1ZA 3T1LA 1SNTA 1WBLA 3HR9A 1ENSA 1NNAA 1H9PA 2Q5TA 4ASMB 2WKKA 3KM5A 4MX0A 2WSUA 1CPMA 4GJTA 1INFA 4XJZA 4FPFA 2R49A 4FP2A 5H9PA 1GSLA 3WDXA 5F5QA 4GZWA 3WOGA 5H9QA 4YGBA 2D3SA 4B7MA 5JYYA 1W0PA 1N1VA 5GZCA 2YA6A 7NN9A 1NCDN 2EXIA 2ARXA 1SLTA 4XJQA 4RL7A 3SH5A 4B7JA 2P3KA 4BLIA 3POWA 4M4VA 1DQ2A 3M3EA 1UX6A 4GEZA 1S1AA 3R4UA 4FZHA 3M2MA 4B7RA 2XG3A 5T5PA 1KDMA 3QLQA 4ATFA 4CPMA 4XXPA 1LHWA 1W6NB 1JXNA 1LTEA 1L7HA 1UPSA 4BMEA 2EALA 4XHBA 1IS6A 3ZXEA 2LTNA 2XCYA 5KXEA 3I4IA 2R0HA 1AXYA 4XJAA 4GZTA 1PZ9A 5B2CA 3K3AA 3WNXA 2ZHKA 4FJ6A 5T55A 1EUTA 1CPNA 1MVQA 3CL0A 2EXHA 4FPCA 2VK5A 2AENA 4B7QA 3SISA 3B9CA 2B7YA 2VUAA 1ULFA 4BMBA 4K1HA 2VWDA 3TI4A 5IK8A 1FYUA 4MJVA 1W6PB 3O0XA 2CL2A 4XTMA 2BF6A 1W0OA 1YRZA 1FNYA 3B3QE 4KS5A 3A72A 4HIZA 1W6QB 1LHNA 2NN8A 3VV1A 4FVVA 4MWUA 1MVEA 4CPLA 4WVWA 2NZ9A 1Q8OA 4K1YA 2C9AA 1C1FA 2VW2A 1YXWA 4KS3A 1HQLA 3UJQA 4C1XA 1MZ5A 4HZWA 3WG2A 2YDTA 4DQAA 1JYCA 1AVBA 2JD4A 2C4AA 2DU1A 4AWDA 1G86A 3WVJA 2DVGA 4MWLA 5IK7A 1WW5A 5GJ6A 3O12A 5DZFA 2YMZA 1IVBA 5EXOA 3NV1A 5HCFA 1V00A 1QKQA 1LULA 4AGVA 2F25A 1SLBA 4XOGA 4UW5A 1D2SA 3AK0A 3AP6A 2E53A 3NSSA 3MW4A 1MS5A 1JBCA 1SFYA 2GMEA 3CL2A 3INAA 3USUB 1XQNA 5DUUA 1BJIA 2D44A 2JDZA 1S0EA 1INXA 3PVEA 2F27A 1ULGA 2HYKA 4BOWA 3RSJA 4QN3A 1KITA 3D4KA 3AZXA 1A4GA 5JLVA 1USXA 1JN2P 1QOOA 4ZXKA 2QWHA 1DQ4A 4XJ8A 4WEFA 1QOSA 4P9XA 4XILA 4W65A 1DZQA 4MWJA 4PCRA 1AX0A 4WZFA 1QNWA 1YYNA 4UW3A 1GBGA 1F31A 1FX5A 4YG6A 1LECA 1YO8A 1KJLA 2HTQA 3AZVA 4XBNA 1WLWA 2GNBA 2A3WA 2GN7A 1MACA 3MW2A 3BEQA 3D11A 2GMMA 1ULEA 2WJSA 2JKBA 3UJOA 2ZGRA 3FUQA 3OY8B 1UKGA 1G9DA 5JMCA 3AXDA 3W59A 1IKQA 2F28A 1N47A 4KS1A 1S0CA 4U2AA 3M1HA 2D3PA 1KRIA 3H73A 1APNA 2VH9A 2ZBJA 1W20A 3A4UA 2HU4A 2JJ6A 3ALXA 5JOXA 5HUMA 4K21A 1JUIA 3TI6A 1LENA 4AYUA 1KDKA 2EIGA 4DPNA 2ZGNA 2W52A 4YZ5A 3WDVA 4MWYA 1SLIA 4H55A 4Y26A 2RKCA 3AFKA 2KM2A 2ZMLA 3POYA 2YA7A 1MS0A 3NWKA 4P9WA 4AVTA 4YG0A 4GDIA 4MZAA 2F10A 4MWWA 3IMNA 5GALA 1W6NA 2F24A 2AGSA 4FP3A 2ZKNA 5DXDA 2PHWA 1N3OA 2HTYA 3NV2A 1Z4YA 4XMIA 1GLHA 2GNTA 2GNDA 3O9JA 2DUQA 2JE7A 2D6LX 3APBA 3SLIA 3R05A 2I2SA 1SO7A 1VLNA 2GDFA 1S0GA 4GZSA 1S0IA 2P37A 1W8NA 1IS5A 4X47A 1GNZA 4U36A 3DGTA 3INBA 4L8QA 1F8DA 4XBQA 1QDCA 1V0ZA 3D5OA 3T1MA 2DVFA 3ZXLA 2YDPA 4KS2A 4YM0A 4I30A 4XJUA 1LESA 2LALA 3QCWA 3AJZA 2GMPA 1BZWA 4Y1UA 1JOJA 1WLCA 3AZWA 3ILRA 1XOEA 2ARBA 3SH4A 1UZZA 1E8UA 2ZMNA 1HLCA 1W6QA 3ZVXA 3PJQA 2A71A 4K1ZA 4YLZA 1MZ6A 2R1BA 1Z0HA 2QWGA 2YV8A 3AP7A 2GN3A 1EUSA 2C4LA 4XMAA 1F9KA 2VK6A 4ZKTB 5GLVA 2ZGKA 1QF3A 4Q27A 4UF7A 1GV9A 2CWMA 1CVNA 3VKNA 1WW7A 4YW3A 4BM8A 4GALA 4GB1A 1V6JA 3VKOA 5EWSA 1DIMA 3V64A 4UW6A 1NNCA 1WLDA 3K37A 3OYWB 4GDJA 1SBDA 1HDKA 2A3XA 4Q2FA 5KXBA 4Y22A 4GKYA 3V0BB 1V3EA 2DV9A 4ISRA 4CTEA 1G9FA 1LCLA 3M3QA 1GNHA 3T1EA 2HU0A 1IS4A 1Z4WA 1IVGA 3VKFC 2F0ZA 2P34A 3MEPA 2ZB5A 2DWRA 4LBNA 2V73A 5L73A 2NMOA 3ZXKA 5AVAA 4Q8LA 1GZCA 1N1TA 2SIMA 4LBLA 4WA4A 5HCAA 4M3CE 1DGLA 5CBLA 4DGRA 4MWRA 1J1TA 2AUYA 2WT0A 2ZGUA 1GZWB 1LODA 4YW5A 2NP0A 5T50A 2UWBA 4CPZA 4XYXA 4YG3A 3USUA 3Q9OA 1URXA 2ERFA 2P3JA 3WDUA 3AYDA 2NMNA 3SILA 4P14A 2ZB6A 1LJ7A 3M3OA 3OPZA 5T54A 3A0KA 3RMYA 1W8OA 1O4YA 2W39A 2ZAAA 2CMLA 4H52A 4YZ4A 3IPVB 5E88A 1EURA 4X49A 2YXSA 3PVNA 3K38A 4K1IA 2W68A 1AX1A 2VSKA 5GLUA 3WHUA 4MWQA 1WCQA 1DQ0A 4GZXA 2AYHA 4Y20A 3RMXA 4K20A 2UWAA 2F13A 4MWVA 4XZPA 1X50A 3SANA 4XTPA 2YROA 1OKQA 2DURA 3POSA 3OY8A 1NCCN 4FPOB 1GICA 1W6OA 1A78A 1V0EA 4CPOA 2PHUA 2A6VA 4BPZA 3AX4A 1AXZA 4OZXA 4CPYA 1LGNA 2PHXA 2ZHNA 1USRA 1ULCA 2YA8A 4CRQA 3OBTA 1BJQA 2BERA 4FPHA 1S0DA 2ZZJA 4YM1A 4GA9A 2YA5A 2ZMKA 1MWEA 2W5OA 5IUQA 3WUDA 2W5NA 2VSMA 3BTAA 1EUUA 2R1DA 1MS1A 2QWJA 3TAYA 1XOGA 4KBBA 4WA3A 4JC1A 1WW4A 3ENRA 4M00A 1JW6A 3AP9A 4BBWA 1WD4A 2QWDA 1SACA 2BZDA 4Z8BA 1V3BA 2FMDA 2D6OX 1INGA 2QWAA 3SNMA 1DYPA 4FPEA 1TEIA 1GANA 1AF9A 1ENRA 3WDTA 2OVUA 1Q56A 4PBPA 4HZVA 1NSDA 3W58A 3B00A 1NMAN 4FPGA 3WZ1A 1NNBA 3VKLA 2QWKA 1CESA 1QOTA 3WG4A 2TEPA 4M4UA 2D6MA 2F26A 4YZ2A 3AYCA 4BQ1A 1L7GA 1V3CA 5DZGA 3CNAA 4Q8KA 3FLTA 2DYCA 1Z50A 1AJKA 1Z78A 1IKPA 1KQRA 2HTVA 4M3CA 3AJYA 2X9MA 3NN9A 5GLTA 3C2UA 2A70A 2CY6A 2JECA 3L2YA 1SLAA 4FOQA 2ZABA 3N36A 3ZYRA 2JE9A 2HTUA 2D6NA 3H0OA 1IVEA 1W6MA 2A75A 1VCUA 1LU1A 2ZA9A 3IM0A 1F8CA 3RRDA 2ZGLA 2A6YA 1R1ZA 3AYEA 1WUVA 2C5DA 3WDYA 2E7TA 1L7FA 3TICA 5F9TA 4XIOA 2DUOA 3PMEA 2VVZA 4K1JA 1SBEA 4NO4A 3SITA 3ZPYA 2QWCA 3N7MA 3H6JA 2P2KA 5HUNA 3V0AB 2A6XA 1INWA 3OYWA 5E89A 1ONAA 1IS3A 2B8HA 1NLSA 4JCKA 4Q26A 2D6KA 1B9VA 4HZZA 4CZSA 2ZHLA 3T2TA 2W20A 3V0BA 4XE9A 2AR6A 5FREA 4WV8A 2A3YA 4GXLA 1UZYA 1DYKA 3VKMA 4DFSA 5GLZA 3FFZA 5HCBA 4Y24A 2PHFA 1LHUA 2QWBA 4YZ3A 1DHKB 1VAMA 4FOVA 3K36A 4X4AA 4GKXA 4PBOA 3B7EA 5GZFA 2DVAA 1G7YA 1Z4XA 2F12A 2DUPA 4GZOA 1FAYA 1UL9A 4AGGA 3ALWA 1KJRA 4GWNA 4QN7A 3BODA 3UL2A 4ITCA 1V3DA 2A5ZA 2UURA 1LHOA 3TI3A 1C57A 4FOWA 4MWXA 4FPJA 4XHXA 1DQ6A 4LBMA 4FQ4A 5EYYA 1G9AA 3LCPA 5CB7A 1FATA 3GVKA 1BKZA 1WD3A 1Y7BA 2WT1A 2SLIA 1Z4VA 4HZYA 1IVFA 1U0AA 1SCSA 2YZ4A 1S0BA 3D6EA 1LOEA 4IQPA 2ZGMA 4YFWA 1W6PA 1A3KA 5CA6A 5DUWA 4B7NA 3D12A 3LSEA 3ZYPA 4R9BA 2AEPA 1QGLA 3H72A 2HT5A 3AXEA 3GALA 5JOWA 2CTVA 5HUGA 3ILNA 5T5LA 5HX0A 3H71A 1B9SA 4XJWA 2NYYA 3GVLA 1SLCA 3N7JA 1IVCA 1DLLA 2XB6C 3ZXFA 3M3CA 1HQWA 2ZGSA 4D69A 1NCAN 2WLQA 1LU2A 1CONA 1PZ8A 5EYXA 4PQ9A 2H0BA 1C4RA 2VW1A 2ZACA 4DS0A 2OUHA 2QWEA 1LHVA 5IT6A 1LOCA 4NOTA 4Y1XA 4GWMA 4RA0A 5B2DA 4YFZA 4WVVA 1E8TA 1NXD1 2A7AA 3CKZA 2E51A 1CIWA 2XZJA 3WCSA 4M01A 1AZDA 4J9TA 4R9CA 4NCSA 1VCJA 1CJPA 1B9TA 1D0HA 3ZXJA 1ZA4A 4F83A 5M1ZA 5DG1A 1ZM1A 4AVSA 2F11A 1LOBA 1RIRA 3RS6A 4TYSA 2ZHMA 1I3HA 3N7LA 2BATA 1SCRA 4X6KA 5LK5A 2QWFA 5H9SA 5T52A 2CNAA 3TIBA 2DVDA 3VUOA 3O9KA 5E8AA 2WSVA 3ILFA 4YW4A 1I1EA 1BQPA 1F8EA 1QDOA 4QN6A 1Q8PA 1V6OA 3DUIA 3GNEA 3WCRA 1Q8VA 1MS8A 3MW3A 3ZSJA 1WCSA 1IVDA 3WUCA 1SBFA 1H30A 3WHTA 1MS3A 5T5OA 1YIFA 3R4SA 1VAVA 3TI5A 1GYKA 4GZPA 3B01A 4HL0A 3RG0A 2WT2A 3ZSLA 1NSCA 1F5FA 3WLUA 3BIWE 5GLWA 1S0JA 2A6ZA 2V5YA 1BYHA 3W09A 1CQ9A 1LOFA 5SV8A 2VU9A 2OUJA 4JRAA 4AVVA 3K39A 4LBJA 1W21A 1HKDA 2EXKA 3O0VA 3AZZA 5T5JA 5IK5A 1JHNA 3OGGA 2PHTA 5JDBA 1E8VA 4FQZA 3IKWA 1Z4ZA 1G9BA 3V0AA 5KXCA 1LOFC 3HN1A 1IOAA 4LBQB 2PHRA 1NMCA 2DTWA 3O0WA 1FV3A 1AXKA 1NSBA 1WBFA 1Q8SA 1INHA 3GVJA 5BYNA 1AJOA 4Q6KA 3WDWA 3JUUA 3A0NA 4XXAA 2QWIA 2YA4A 3V65A 1PZ7A 4WA5A 2EAKA 5GZDA 5DG2A 2FHRA 4Y22B 2E6VA 3N35A 4M3MA 2DTYA 1ENQA 2GNMA 3SALA 4GZQA 3TI8A 2W38A 3NV4A 4JF7A 4YW1A 2HT8A 4FPYA 1WW6A 1A14N 2SILA 3CYEA 3ATGA 5GZGA 1FV2A 4ATEA 3N3HA 1OFSA 1O4ZA 2AEQA 2AREA 3ZSKA 4M4NA 1CR7A 1S0FA 4YGDA 1EPWA 4PF5A 2HTRA 2ENRA 3AP4A 2VK7A 3FLPA 2YY1A 4YW2A 1DIWA 1BXHA 2NM1A 1LGBA 1Q8QA 2ZGPA 1LEDA 2W08A 1G8WA 3MPPG 3SH3A 1MS4A 1NMBN 2A6WA 1VALA 2Z42A 2ES3A 1V6MA 3TIAA 2D3RA 1INVA 3FLRA 5KXDA 3JU4A 3KQRA 1DBNA 4LBQD 1VIWB 1LOGA 3WG1A 1NN2A 1LGCA 4CPNA 2UU8A 5DUXA 3B69A 1YI7A 3FBYA 4Y1YA 4Y20B 1GKBA 2ZGTA 4YGEA 1UN1A 1V6LA 2CYFA 2UWCA 2F29A 2OW4A 2WNEA 1FNZA 1B09A 3JU9A 1SLLA 5IK4A 4R9DA 2ZGOA 1DILA 2G4IA 1A4QA 1RINA 1QNYA 1UAIA 1W6OB 3O5SA 4LBOA 2BQPA 3OJBA 4XJRA 5DUVA 4XBLA 3FUOA 4WEGA 4YGCA 4K3YA 5H9RA 1N1SA 4C1WA 3OBRA 4YM3A 2DU0A 4HANA 2VY0A 4NN9A 3LSDA 3WV6A 2VW0A 4QN4A 4DRRA 1DFQA 3A71A 4YM2A 4MC7A 4TZDA 4FOYA 2DVBA 4MZEA 5DZEA 2HTWA 3AP5A 5JVVA 1V6NA 3N7KA 2RHPA 2WQZC 1W1XA 1H9WA 5JOYA 1LEMA 1RITA 2D43A 1G9CA 2R16A 1UMZA 1GZWA 3HMYA 3AZYA 1V0FA 1V2IA 1MS9A 4SLIA 5CAZA 4I00A 2AH2A 5CNAA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4CDWB 1QU0A 2V91A 1AX2A 4COYA 4DUWA 1N1YA 3RQ0A 2YGMA 4Z92B 1V6KA 1W8WA 2H0VA 1PX3A 3FJSA 4MHUA 3UK9A 2XZIA 4B7EA 1PGL2 1CAUB 3IBMA 5FZBA 1DQ5A 2WR9A 4EZHA 2JICA 2VCCA 3NV3A 3UGHA 2WL1A 2LW8A 2GC1A 4EZ4A 1NKGA 5FDBA 2PHDA 4Q1PA 1FXZA 2R0FA 2X53S 5FZOB 3OGJA 5FO7B 1SFNA 4CDXA 3POJA 1D4M2 5FP8A 3ASIA 5EJZB 1HX6A 2R32A 3PVBB 4BWOA 4GJZA 1CRZA 1MZEA 1SDDB 2VUJA 1SMVA 1MR5A 4MV2A 2C24A 4WVMA 5FZKA 4AGRA 2EXJA 3IPVA 3J4UH 4TXWA 2RR13 5C5UA 2VXRA 2J1VA 1PO23 2JDMA 2SBAA 1CZTA 3KGZA 3B9IA 3NRUA 5FK7A 5FMDA 3ZSMA 2IVZA 3E5ZA 2ZGQA 4DEQA 1J84A 1OQ1A 2Y6HA 2PLV2 1UMHA 1UYYA 1U5XA 3KV6A 5F5IA 2D6PA 2MHFA 3H7JA 4Y1VA 4I3PA 3WINE 2JB4A 3OGRA 3VD9A 1QH7A 1IHMA 3DEMA 3FHQA 4LLFA 2GALA 3GM8A 4Q0PA 2RS32 4FPKA 2LM3A 4XFGA 1WWYA 2P3IA 2XZKA 2GC2A 4XIKA 2XJQA 2P3YA 3WG3A 2O0OA 1NCBN 4LKEA 4EWAA 3NJYA 2ZW9A 1W9YA 4LBKA 4UW4A 4IV3B 2VC9A 2XHNA 4DY3A 2NLRA 4HZXA 4CP1A 1NLRA 3CKHA 4GMP0 1WA6X 2MEV3 1OLRA 3F95A 2RM22 2BVVA 1PVC1 3PU8A 5FP4A 3VZNA 3ZFFA 4QAWA 2J7MA 5GZEA 4MGTA 1X2JA 4NC5A 3SEPA 4CDXC 1OOPB 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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