4XHXA

Crystal structure of the nanb sialidase from streptococcus pneumoniae in complex with optactin and 2-[(3-chlorobenzyl)ammonio]ethanesulfonate
Total Genus 196
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
196
sequence length
658
structure length
658
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYGIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Sialidase B
publication title The Hunt for Serendipitous Allosteric Sites: Discovery of a novel allosteric inhibitor of the bacterial sialidase NanB
rcsb
source organism Streptococcus pneumoniae serotype 4 (strain atcc baa-334 / tigr4)
total genus 196
structure length 658
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2015-01-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4xhxA03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4xhxA01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4xhxA02
5JMCA 4K1HA 2GN3A 3M3CA 3PVNA 4Y1VA 3UK9A 4XILA 1JYCA 1LENA 5T54A 1PZ7A 3AZXA 2F26A 3C2UA 1IKPA 1SCRA 1MACA 1NCAN 1MS5A 1VCJA 2XZJA 1YXWA 1DYPA 1S0CA 1Q8OA 1BXHA 1Z0HA 4K21A 1KJLA 3O0XA 3BIWE 5IUQA 3WUDA 1DQ5A 2A6YA 3K36A 2DVBA 1G9DA 4WVVA 1CN1A 1B9TA 3VKLA 3VKMA 1Y7BA 1VIWB 4LBQB 4DS0A 1PZ9A 4YGDA 2XG3A 2UU8A 4MZEA 5M1ZA 5E89A 1HDKA 5HCFA 3SANA 2WT0A 2VU9A 1DQ0A 2CNAA 1FYUA 2ZGSA 4CPLA 1C1LA 4GXLA 2JECA 4UF7A 5CB7A 4P9YA 4YW4A 3O12A 1HLCA 2A6VA 3AJZA 5HCBA 1DIMA 2SIMA 3TI6A 1IVCA 1GZCA 4Y22A 4NCSA 4FOYA 1WUVA 3AP9A 1S0EA 3CL2A 2P2KA 1JN2P 4IQPA 1YIFA 4GKXA 5JDBA 1N1TA 2CY6A 1SLIA 1MS1A 1WD3A 4DQAA 1W6MA 1CJPA 1W0PA 4XBNA 4JCKA 5DXDA 2UURA 3V0BB 2YV8A 4LBMA 3AZWA 3OYWA 1UPSA 4LBLA 3TICA 1ULCA 2FHRA 1LOFC 4KS5A 2OVUA 4ATFA 1LTEA 2EXIA 4GWMA 1W20A 2JJ6A 1QOSA 1F8EA 2VXRA 4H53A 1ENRA 1JUIA 2DYCA 1W6PA 3M3QA 4JC1A 5HUMA 3ENRA 4KS4A 1WW6A 3LSDA 1BJIA 1ZA4A 1EUTA 2WNEA 1N1YA 2ZAAA 3WDTA 1XQNA 5T50A 1LHVA 4I00A 1MVQA 1LULA 2CTVA 1UL9A 3B9CA 2EXJA 1G9BA 3AZZA 1G86A 2HT7A 2ZGLA 4FOQA 1E8VA 2CWSA 4XMAA 3H72A 3NN9A 4K1YA 1NCBN 4Z8BA 1GANA 3RRDA 4GZQA 3TB0A 4K3YA 1IVFA 5CBLA 2VW1A 3FLRA 3AP4A 3A4UA 4LBNA 2BQPA 2YMZA 4CPOA 4MWRA 2F27A 1SO7A 2JKBA 5T5OA 3ZVXA 2BATA 1KRIA 3AP7A 1LOEA 2HTYA 5JOZA 2TEPA 3WHUA 1WD4A 1W6MB 1VAVA 1XOGA 1QKQA 1V6JA 3SH3A 1NLSA 3OYWB 4AGVA 1W6QA 1W0OA 1LGBA 1S0BA 4FVVA 5FREA 4MWUA 4XZPA 3AFKA 3JU4A 2QWGA 4PF5A 2WSVA 3DGTA 4XMIA 1NXD1 3O9KA 3ZXJA 2ZHKA 4ASMB 4HANA 3AXEA 4H55A 3D4KA 3WOGA 1V6KA 4UW5A 1DFQA 3AP6A 1V0FA 4XOGA 4NO4A 3TI4A 1SACA 4GZWA 3UJOA 1DHKB 4FPEA 3H6JA 3OJBA 2ENRA 2D3PA 3NV4A 1OFSA 4C1XA 2VK6A 1NMAN 1FAYA 4FP2A 1UMZA 1USXA 5DG1A 3SH4A 4OZXA 1B9VA 2D6LX 1AF9A 3OY8B 2A6XA 1C4RA 2JE7A 4M3CA 4YG6A 2BF6A 4FVKA 2R16A 1Z4VA 4PBOA 1G7YA 4MJUA 2GNMA 4MC7A 4U2AA 2YDTA 1QNWA 4XBQA 4GJTA 3IN9A 4BMEA 1KDMA 1SFYA 2HTQA 1A78A 2GMPA 5GLVA 2W68A 4D69A 1A4GA 2OUHA 2VH9A 5L73A 2AENA 1LGCA 3WG3A 3MW3A 4FPHA 2ES3A 3UL2A 2D3SA 4FP3A 2P3KA 2A7AA 1LEMA 4H52A 3PJQA 1QOTA 2D43A 2XB6C 5IK7A 5KXDA 1DLLA 5HUNA 1V6MA 4FJ6A 2ZGOA 5H9QA 4FPGA 5EXOA 3CL0A 2ZB5A 2A71A 4FPJA 3B3QE 2QWHA 1WLDA 2JD4A 1W6OB 1IS5A 1F5FA 1XOEA 1QDOA 1LHOA 1Q8QA 4BLIA 3O0WA 2EALA 3V0AA 1LOBA 3M3EA 5T55A 2OUJA 3TIBA 4M3CF 4YW5A 1WBLA 2VSMA 1VLNA 4LBQA 3H71A 1S0JA 1SLAA 2WKKA 1UN1A 4BLJA 3ZYRA 2VY0A 5BYNA 4FPLA 1LCLA 2KM2A 3ZXLA 2W20A 2G4IA 1V2IA 2YA7A 3ZYPA 1SBFA 3RSJA 1C57A 3AP5A 3D12A 1QDCA 1Z4WA 1AVBA 3WDVA 3POWA 3W09A 4YM1A 3VV1A 2GNTA 2C5DA 1MZ5A 3WHTA 4YFZA 4UW4A 1INWA 4XHXA 2ZGRA 1OKQA 2V73A 2DVAA 5B2CA 4PBPA 2HU0A 1Z78A 4X49A 3APBA 4MWYA 5GZCA 5IT6A 4MWXA 2ARXA 2GALA 5B2DA 2WT2A 4XJZA 1ULFA 2DWRA 2E6VA 2YZ4A 1GNHA 2EAKA 4R9AA 3I4IA 3PVOA 4YZ1A 1JOJA 2PHXA 1GZ9A 2P3IA 1V3DA 1R1ZA 3RMXA 3ATGA 3HN1A 3V65A 4Q1RA 4B7MA 3V0BA 4CRQA 5GZGA 3V0AB 3K38A 2DVGA 4BQ1A 4GZOA 2QWCA 1X50A 1AXZA 1GZWB 3LCPA 4MWVA 2C9AA 2NMNA 1WLCA 2F24A 1LHUA 3SNMA 4HZWA 2ZACA 3POSA 4MJVA 4M3MA 2ZMKA 3VKNA 4FPCA 5JOXA 1WW4A 4L8QA 2R49A 3TAYA 1YYNA 3ZXFA 4GDJA 4Y20B 2NMOA 4XTPA 4FZHA 3SH5A 5JVVA 3JUUA 1GV9A 1WLWA 3T2TA 1Z50A 4ISQA 4YGBA 2ARBA 1IOAA 4K1JA 1EURA 1LHNA 3GVJA 5DUVA 1SLCA 1UKGA 3WDWA 4YW3A 4ZXKA 2QWAA 1I3HA 3AZYA 2F0ZA 2ZGUA 2UWCA 3AXDA 2RKCA 3ZXKA 2X9MA 1DQ4A 1KQRA 2B7YA 2VK5A 3N7KA 4Q8KA 2HT8A 1DBNA 1Q8SA 4KS1A 1W1XA 4PCRA 4JRAA 1AJKA 3IPVB 1BJQA 1WW7A 3TI3A 1V6LA 4W65A 2GDFA 5GZFA 2P34A 2I2SA 1LEDA 1URXA 2AH2A 1INHA 1NSBA 3D6EA 2AUYA 2GNBA 4LBQD 5DZFA 3GALA 2R0HA 1LESA 4M4VA 2E7QA 3BTAA 2V5YA 4YM2A 2NM1A 4MYEA 2XZIA 1RINA 3M1HA 4DFSA 4LBOA 4XXAA 3I8TA 4K1ZA 3O0VA 1JXNA 2D7FA 5F5QA 5GLUA 1S0GA 2VW0A 1ENQA 1N3OA 4NOTA 2HTWA 3FLTA 3D5OA 1B9SA 1H9PA 1NMCA 2DUPA 1WCQA 4MZAA 3WZ1A 3QCWA 3WNXA 4YZ3A 1QNYA 1V00A 3AYCA 1SLBA 1MZ6A 3AJYA 2VW2A 3N3HA 1JHNA 1NSCA 1A3KA 4Y1YA 3H73A 1Q8PA 4AGRA 1VALA 3HR9A 3ALWA 2ZHMA 1CPMA 1W6NB 4KBBA 2A3YA 2GN7A 2B8HA 3OY8A 3MPPG 1L7FA 2DUOA 1UZYA 4XYXA 1W8OA 1CESA 4XIKA 3WG2A 2LTNA 4M4NA 5JOWA 5KXCA 5E88A 4WEGA 4QN5A 2VVZA 1V0ZA 1CR7A 1VCUA 1LOGA 3OGGA 2HU4A 4UW3A 4FPKA 3A0NA 2ZHNA 2HTRA 1AX1A 1IKQA 2DURA 1FATA 1NN2A 1BKZA 4BMBA 3V64A 4FQZA 1L7GA 1NSDA 1S0DA 1H9WA 4XJAA 4Y1ZA 3BODA 3FLPA 2A6WA 5CNAA 5GLTA 1N1VA 4QN6A 2HYKA 2AYHA 3RMYA 2ZGKA 1V6NA 1CONA 5GZEA 2A3WA 1D0HA 3TI8A 2ZB6A 1W6OA 2DTYA 3LSEA 1GYKA 4Q27A 4GZPA 4YZ2A 3R05A 1KDKA 4YZ5A 4FPFA 4CPYA 3WCRA 1SBEA 1N47A 1AJOA 1FV3A 3ILFA 3O5SA 2E51A 2D3RA 1G9AA 2FMDA 6NN9A 3IKWA 3K37A 3B01A 4YFWA 1INXA 1JBCA 4HZYA 4HL0A 1FNZA 3VKOA 3SITA 2BZDA 2VUAA 2A70A 4AVSA 3B7EA 1F31A 2ZGTA 4CPZA 2NN8A 3N35A 1V3EA 3FBYA 5IK4A 2QWIA 1EUSA 2P37A 1CPNA 1LJ7A 1SCSA 2RHPA 4Q1PA 4YW1A 4DPNA 1DQ1A 3WDUA 5HUGA 3OPZA 3SISA 4QNPA 3AX4A 5GM0A 3WVJA 2DVFA 4XTMA 2VWDA 1QGLA 1YO8A 4SLIA 1INYA 4GZTA 2ZHLA 1AXKA 1MWEA 4CPNA 4KS2A 5T5PA 4M00A 2F13A 3T1LA 3WDXA 2E53A 5H9RA 1SNTA 3CNAA 2D6KA 3K3AA 2A5ZA 3GVKA 2QWEA 1JW6A 1KITA 1BZWA 3ALXA 5DUUA 1QU0A 1HKDA 3DUIA 1AZDA 3IM0A 4XJQA 5KXEA 1V6IA 3TIAA 3CYEA 5EYYA 2QWBA 3POYA 4B7QA 2BERA 4YG3A 1DQ2A 2F10A 2AREA 1MR5A 2YA8A 4WEFA 3M2MA 1GZWA 2P3JA 4X4AA 4D8SA 4AYUA 2ZGMA 1CIWA 4HZZA 4TYSA 3ILNA 1B09A 1O4ZA 3Q9OA 4QN3A 5HX0A 1IVGA 3W59A 5H9SA 4XHBA 5E8AA 2D6MA 4Y20A 2EIGA 5T5JA 3GNEA 1SLTA 2QWKA 4XJWA 4BM8A 1FNYA 2ZBJA 1FV2A 2CL2A 4XBLA 1MS0A 2WJSA 4LBJA 4CZSA 1G9CA 1HQLA 2F28A 4MWJA 2WLQA 1ULGA 3N7LA 1YI7A 2SLIA 5DG2A 3ZXEA 5DZGA 4FOWA 3CKZA 4DGRA 2CWMA 4BBWA 5EYXA 1E8UA 1TEIA 1LOAA 3N7MA 2C4AA 4Y24A 1MS8A 5GALA 2ZGQA 4GA9A 4X6KA 3AYDA 3VKFC 1SLLA 4YG0A 2QWDA 2GMEA 3AYEA 1MS3A 4ITCA 3UJQA 4P9WA 3WUCA 3IPVA 1LOCA 5HCAA 3MEPA 1AX2A 1ONAA 4WV8A 2W5NA 1S0IA 3B00A 1N3PA 1ULEA 2A3XA 1RIRA 1GKBA 2DU0A 4RL7A 5GJ6A 1AX0A 4AVTA 4P14A 3INBA 3BEQA 2DVDA 2ZZJA 1HQWA 4XJ8A 2NZ9A 4QN4A 4X47A 4R9BA 4XJ9A 1F9KA 3KQRA 3R4SA 1VAMA 1IS4A 3SALA 1I1EA 2OW4A 3ZSJA 4B7NA 5JLVA 5T52A 1C1FA 3RQ0A 4DRRA 3WLUA 5IK8A 2CYFA 4ISRA 2R1DA 1Z4ZA 4GZXA 1UZZA 4YLZA 1GSLA 1NCDN 1WCSA 1V3BA 2HT5A 2W52A 2YXSA 3L2YA 1W6NA 1IS6A 1EPWA 3JU9A 1NNBA 2YA6A 4Y1XA 2PHRA 1CQ9A 1Q56A 3O9JA 4LBKA 3WG1A 4GZSA 4Y26A 2DU1A 4HZXA 1WBFA 2EF6A 4FPOB 1S0FA 1QMJA 2ERFA 3NSSA 3ZSKA 1OQ1A 2QWFA 4RA0A 4XIOA 1LOFA 1N1SA 1BQPA 4YM0A 3PMEA 2D44A 4WVWA 5SV8A 1ZM1A 4GALA 4Q6KA 4GDIA 1LECA 3NWKA 1GLHA 3R4UA 1QF3A 2XCYA 1Z4XA 3AK0A 1UAIA 3OBTA 2C4LA 3USUA 2ZABA 2QWJA 1MS4A 4GWNA 4MWWA 1NMBN 1IVDA 4U36A 1QOOA 1D2SA 2DTWA 2GMMA 1INGA 4NC5A 3WDYA 1BYHA 2JE9A 5DUWA 4B7RA 4YW2A 2ZGNA 5FRAA 5AVAA 3N7JA 2YA4A 4K1KA 1H30A 5HUKA 2R0FA 5GLZA 3AYAA 1E8TA 4MWQA 1V3CA 4YGCA 3VUOA 4M3CE 2UWBA 2PHWA 4B7JA 3ILRA 1SBDA 2CMLA 2Z42A 2PHTA 1J1TA 4Y1UA 3SLIA 1GBGA 4I30A 2UWAA 2VK7A 4HIZA 2LALA 1APNA 2PHFA 1S1AA 4CTEA 2F29A 5KXBA 2EXKA 3NV1A 2EXHA 2F12A 4Y22B 1ULDA 4HZVA 4XJUA 1WW5A 4WA5A 3A72A 1A8DA 4AVVA 4XJRA 1W8NA 1LU1A 3ZSMA 1F8DA 2ZKNA 4WA4A 3T1MA 2D6PA 5DZEA 5EWSA 3RG0A 1GNZA 5JYYA 2D6OX 2ZA9A 5LK5A 4FQ4A 2PELA 3PVEA 3USUB 2AEPA 4P9XA 5GLWA 2ZMNA 2SBAA 4CPMA 1DGLA 3BOPA 3OBRA 4NN9A 4YM3A 5F9TA 1DIWA 1U0AA 3FFZA 1YRZA 1W6PB 4XDQA 4M01A 2NYYA 3HMYA 1IS3A 4FOVA 3M3OA 3K39A 1INVA 4Q2FA 3GVLA 3NV2A 1F8CA 3N36A 3NV3A 3AZVA 3SILA 4K1IA 2WQZC 2A75A 2W08A 1A4QA 5DUXA 3A71A 4WZFA 3KM5A 1W21A 4F83A 1EUUA 3QLQA 4MX0A 3U4XA 4FPYA 1ENSA 1CVNA 3RS6A 1DQ6A 4GKYA 4MWLA 4TZDA 2AGSA 3A0KA 1IVBA 1LHWA 2SILA 5CAZA 3W58A 2GNDA 1RITA 4AWDA 1GICA 2NP0A 4PQ9A 1FX5A 2HTVA 2DV9A 4J9TA 4ATEA 7NN9A 3FUQA 1NNCA 4BPZA 1UX6A 5T5LA 1L7HA 2R1BA 1LGNA 2D6NA 3T1EA 4C1WA 1LODA 5CA6A 1PZ8A 5GZDA 3D11A 3TI5A 4Q26A 3MW4A 1DILA 4ZKTB 1Z4YA 2Q5TA 4GB1A 1W6QB 2A6ZA 4AGGA 3IMNA 1NNAA 1O4YA 2W5OA 4UW6A 4XXPA 5NN9A 1MVEA 4YZ4A 4K20A 3MW2A 1KJRA 2WT1A 1LU2A 4WA3A 4KS3A 1USRA 2ZMLA 3INAA 3ZSLA 4JF7A 2F25A 2F11A 2XZKA 4YGEA 1V6OA 4DRVA 2YA5A 1A14N 3WG4A 3B69A 5IK5A 2WSUA 5JOYA 1NCCN 4Q8LA 2YDPA 4GEZA 1JYIA 3WV6A 2YROA 5H9PA 4XE9A 1INFA 1N3QA 2ZGPA 2W39A 2AR6A 1MS9A 4R9CA 1Q8VA 3WCSA 2AEQA 4QN7A 2H0BA 4M3CB 3ASIA 1DYKA 2HTUA 1G9FA 1DZQA 1V0EA 1AXYA 2E7TA 2DUQA 3FUOA 2W38A 2JDZA 3H0OA 2PHUA 4R9DA 4BOWA 3ZPYA 1IVEA 1F8BA 2VSKA 2YY1A 4M4UA 1G8WA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1PIV2 5C9AB 5JMCA 4K1HA 3AKSA 2FLUX 4AGTA 2GN3A 5AVPA 3DPRA 4LEJA 2C24A 2I45A 4A41A 3JBG1 4NR1A 1CRZA 3M3CA 2DCYA 3KV6A 3IB3A 4AQTA 1QXRA 3PVNA 3T30A 2XJQA 5D9DA 4Y1VA 4LE4A 3AL6A 3UK9A 2ZZKA 4XILA 1J1LA 1JYCA 3HBKA 4TWTA 1PMHX 4ZPIA 1LENA 5G04L 1OOPB 1YJLA 5T54A 1PZ7A 3AZXA 2F26A 2B9UA 3C2UA 3VBOC 2XONA 2ZX3A 3HN3A 2VC9A 1OXCA 3IDAA 1VBB1 1YCIA 4MGKE 3UKVA 3BUCA 1IKPA 5JWPA 4HHQA 1SCRA 4LA3A 5ANQA 1L3JA 5IVFA 1MACA 3U07A 2BNMA 4V1PA 1NCAN 5FYIA 1XU1A 2GVXA 1MQTA 1MS5A 4QDQA 5FZ4A 1VCJA 2XZJA 4NRMA 1IZ3A 2YG0A 5CFDA 1YXWA 4BIFA 1DYPA 3KHBA 3VDAA 4GB32 1S0CA 1JYVA 4W6YA 2QE3A 3VD7A 1RMU1 3IAPA 1EV12 1Q8OA 4LT5A 2ZEWA 4AL9A 4DG6A 1RUG1 2BYVE 3ZSEA 5A6QA 1BXHA 3IDCB 4M4PA 1Z0HA 3VDDA 4R4XA 4WM7A 4NHXA 5ACA1 1RUI3 4K21A 4A2UA 1GWMA 2HWF3 1KJLA 5HXVA 3O0XA 3BIWE 4P9IA 4Q4X2 5IUQA 1XSQA 3H3ZA 3CJIA 3WUDA 2V4VA 1DQ5A 2A6YA 4Q0SA 3K36A 2DVBA 3R4DB 4S2GA 2YBKA 1G9DA 3VNHA 4WVVA 3HPNA 4AQ2A 4Q4W1 2IAUA 3C3VA 4AGIA 1CN1A 2JDUA 3K4DA 1B9TA 2A73B 2B45X 3VKLA 3HVDA 1QQP1 4IYGA 4RHV1 5KWRA 3VKMA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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