4XIKA

Crystal structure of nanb sialidase from streptococcus pneumoniae in complex with dmso
Total Genus 200
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
200
sequence length
658
structure length
658
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYGIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Sialidase B
publication title `The Hunt for Serendipitous Allosteric Sites: Discovery of a novel allosteric inhibitor of the bacterial sialidase NanB
rcsb
source organism Streptococcus pneumoniae tigr4
total genus 200
structure length 658
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2015-01-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4xikA03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4xikA01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4xikA02
2F26A 1G8WA 2ZGRA 5GJ6A 4P14A 3WOGA 4Y22A 5EYYA 2DUPA 4XMIA 4M3MA 4M01A 1W6QB 1O4YA 5HUMA 4XBLA 1Q56A 4FP3A 4FOYA 2UURA 2I2SA 5T5LA 1MS9A 1U0AA 1EUSA 1ULDA 2OVUA 2EXIA 1LHVA 2VK5A 1CQ9A 4M3CE 1VALA 1IS5A 1SACA 3ALWA 4NN9A 3POYA 5GZDA 4WV8A 1DYPA 2QWAA 1LODA 1AX0A 3OY8A 2WT2A 1KDKA 3BOPA 5T52A 2AR6A 1LHUA 1YIFA 4MWXA 5FREA 5FRAA 4B7JA 3IPVA 1DQ4A 1AXZA 3CL2A 3RG0A 3SITA 1ULEA 1INWA 2DUQA 3A71A 1LGNA 3M3QA 4I00A 4X49A 5GM0A 4C1XA 1C4RA 3MPPG 4B7MA 1MZ5A 4YGCA 1GYKA 5H9QA 2FMDA 3APBA 5CAZA 3AYAA 1WUVA 2ZHKA 2ARBA 4H53A 1JN2P 4YZ5A 4CPNA 2GALA 3K37A 4FPEA 1CN1A 3NV3A 4CZSA 5GLVA 3RMXA 3ZYRA 1NCDN 1WW6A 1FV2A 4FPCA 1JW6A 2YV8A 4GZXA 3A0KA 4TYSA 3W58A 5B2DA 2W38A 4Y20A 1BXHA 1UL9A 1S1AA 5T5OA 2ZMNA 3ZYPA 3WDWA 4YZ3A 3TI5A 1EURA 5JOYA 1Z0HA 5DUWA 2A3WA 5L73A 4ITCA 4KS5A 4AVVA 4D8SA 1LOFC 4C1WA 3I8TA 2ZGSA 2VVZA 1Z50A 3DGTA 1MACA 5HUKA 1WCSA 2ARXA 1FV3A 2GDFA 1N1SA 2DU1A 3AP5A 2CY6A 5GZGA 1H9WA 5HX0A 2YA7A 2WT1A 2YDTA 1FAYA 2R0FA 3KM5A 1URXA 2X9MA 4YGEA 2R49A 4XTMA 3WG3A 4YM3A 3R05A 2BATA 3AXDA 1DGLA 2P2KA 1UZYA 4DRVA 3V0AB 2BF6A 1Q8SA 4Y1VA 4YM1A 4YFZA 1LTEA 1D0HA 5JLVA 1CPMA 3O0XA 2YDPA 1XOGA 1Z4YA 5IK5A 1OKQA 3VKFC 1SLCA 2QWIA 4UW3A 3T1LA 3VUOA 2DTWA 2ZHNA 2NN8A 2A3XA 2VU9A 2ZGPA 1F8BA 5H9PA 3O9JA 4FOWA 4FPKA 1S0FA 1I3HA 4MZAA 2WNEA 1L7FA 1WBFA 3L2YA 3WNXA 4ASMB 2ZZJA 2PHUA 2W5OA 5T50A 1W0PA 4BMBA 4LBKA 2UWBA 1FYUA 1F5FA 1W6NA 3NSSA 5F9TA 4MWWA 4FPFA 4FPLA 3ALXA 2ZGOA 2CL2A 1G9FA 1Z78A 2W68A 4XIKA 1V3CA 5HUGA 3FUOA 4DPNA 5EWSA 5DXDA 4YW5A 5DG2A 2E53A 1SO7A 1BJQA 5GZFA 3WHTA 3A4UA 1ENRA 4W65A 5B2CA 2QWCA 4GZSA 3AZVA 4MWLA 3PVOA 2ZB5A 1INHA 2DVFA 1S0DA 4P9YA 2NM1A 5JOWA 1LHNA 2AYHA 1S0EA 1V3BA 1KJLA 2YROA 2JECA 1LOFA 3K39A 2DTYA 2QWJA 4OZXA 2GNBA 2HT8A 2DWRA 1H9PA 3UK9A 3N3HA 4KS2A 3O0VA 5E88A 1TEIA 4LBQA 1LGCA 4PBPA 4XHXA 1W21A 1NLSA 3WDVA 4Z8BA 3ZVXA 1HQWA 2A71A 2ZACA 4H52A 2Z42A 4FPHA 3VKMA 2CYFA 4AWDA 5KXDA 1ULGA 2ZMKA 4DS0A 2PHWA 5DZGA 1AVBA 1HLCA 4FZHA 4AVSA 3QCWA 4LBMA 2VWDA 1SLIA 1WW4A 4L8QA 1G9AA 1LENA 4AVTA 1CONA 1NNCA 3B01A 4QN4A 2YY1A 4K1ZA 1QOOA 3AZWA 4CPLA 3I4IA 1FNZA 2Q5TA 1NCAN 3WUDA 1KDMA 3TICA 1E8TA 1SBEA 1SLLA 1H30A 1LOCA 3MEPA 1V6NA 4M4NA 1C57A 2ZGQA 1CJPA 2F0ZA 4KS4A 3QLQA 4U36A 2CWMA 3WVJA 4PF5A 3FBYA 3ZPYA 2F28A 2HTYA 2NYYA 3FUQA 1W0OA 2UWCA 1YYNA 5GLZA 1MWEA 4GDJA 2A5ZA 3AZXA 2UWAA 2ZHLA 3ASIA 4X6KA 1W6MA 3GALA 2ZGKA 2PHRA 4ZKTB 1SCRA 1IVDA 3FLRA 3TI3A 3ZXLA 3WDXA 1B9VA 3OYWB 1AXKA 1LOBA 3AJZA 1XQNA 3WV6A 2ZBJA 1MZ6A 4Y1XA 4BM8A 1D2SA 4R9BA 1LCLA 1GANA 4UW6A 5CB7A 3SILA 2WQZC 4XZPA 1GZWB 1GZCA 1PZ9A 2NMNA 5KXCA 4CPZA 3WCSA 1DBNA 1UPSA 4LBNA 2D44A 4YGDA 4GXLA 4GZWA 4Y22B 5AVAA 2R1DA 4XTPA 4H55A 2R0HA 4XJ9A 2KM2A 2ENRA 2DUOA 1BYHA 3GNEA 3V65A 5DG1A 1W20A 4I30A 4GZTA 4YZ2A 2F29A 4RL7A 1WLCA 4GWNA 3H0OA 1Y7BA 1BQPA 4XXAA 4FPYA 4UF7A 4YFWA 2A6VA 2GMMA 4K1IA 3JU4A 1Z4WA 4XJRA 1ONAA 3JU9A 3O5SA 3OY8B 1AF9A 4Y24A 1SCSA 1LECA 4JF7A 2ZKNA 1LESA 4XIOA 4WVWA 4NC5A 3IPVB 4XMAA 2HTVA 1ULFA 1DYKA 4MWYA 2P3KA 1DIWA 3W59A 1UKGA 4KS3A 1MS3A 1G9CA 3VKOA 1MS0A 1GKBA 1S0JA 4PCRA 2F12A 2E51A 3WZ1A 3IKWA 2XZKA 1V6LA 2PHXA 4XE9A 2F27A 2QWDA 3B3QE 2VXRA 3V0BA 4XJ8A 2VK6A 5HCBA 3SNMA 3U4XA 1KRIA 3N7LA 2AEPA 3CKZA 1IS4A 4K21A 3ENRA 4XJUA 2VW1A 2ZGNA 3WG2A 3AP4A 2EXJA 1INVA 4Q8LA 4MWUA 3OGGA 3WCRA 1IVBA 3O0WA 4ISRA 1IVFA 2P37A 2WSVA 1W8OA 3T2TA 1YRZA 4R9AA 3PVEA 5JVVA 4XJQA 1V6IA 3USUA 4FQZA 4Y20B 2F13A 2ZGTA 4FJ6A 2QWKA 2GNDA 3TAYA 4GALA 1E8VA 2CTVA 5GZEA 5E8AA 1FX5A 1Z4XA 1HKDA 4XOGA 1WBLA 3D11A 4K20A 4B7RA 2AREA 4QNPA 2RHPA 4WZFA 5HUNA 3IN9A 5JYYA 5IK4A 3OJBA 2C9AA 4FOQA 1IS3A 1O4ZA 5IK8A 4P9XA 3H72A 5DUXA 2E6VA 2A6YA 1GZ9A 1A78A 4FPJA 4XJAA 1V6JA 1E8UA 4MC7A 2QWGA 2ZGMA 1JXNA 2BZDA 1AX1A 1KJRA 4CPOA 1QU0A 4ZXKA 2JKBA 2EXKA 1WLWA 4Y26A 3NV4A 4GEZA 1MS5A 5CA6A 4ATEA 2HT7A 2D6NA 1B9SA 5BYNA 1G86A 1WW5A 3TIAA 4BLJA 1PZ8A 3CNAA 2WT0A 3WDUA 2NMOA 3C2UA 4P9WA 2WLQA 1SBDA 1INYA 3POWA 1A8DA 2WKKA 2YZ4A 1CVNA 5T54A 3HMYA 1WD4A 3UL2A 5HCFA 5H9RA 2W20A 3AYDA 2OUHA 1W6NB 4LBOA 1WW7A 1JYIA 1VCJA 1ZM1A 5JOXA 5E89A 1DQ1A 1W6PA 4BMEA 3IMNA 4HZYA 3MW2A 3V64A 3N7MA 3A0NA 1C1FA 1SFYA 2LTNA 2SBAA 4K1YA 2D6MA 4NOTA 3NV2A 5DUVA 3BEQA 5NN9A 4X4AA 1NCCN 1IOAA 2D6PA 1LGBA 2JE7A 3N7KA 4HZXA 1ENSA 3R4UA 3BIWE 2YA8A 1W1XA 3ZXJA 1NSBA 3RQ0A 2GMEA 4KS1A 1LEDA 4QN7A 4WA4A 2DV9A 1VLNA 4LBQB 1IKQA 1INFA 1QOTA 1LU1A 4DQAA 2NP0A 3SH3A 4M3CA 2YA5A 1QDOA 4Q1RA 2A3YA 2W5NA 3DUIA 1KITA 2WJSA 3K36A 1JHNA 3D5OA 2DVDA 3M3OA 3WUCA 7NN9A 2DVBA 3POSA 2ERFA 1NSCA 3SH5A 3UJQA 5IUQA 4YZ4A 4MYEA 4R9CA 2XZIA 2GMPA 4MJVA 2SILA 4NO4A 2ZA9A 2VSMA 1VIWB 4AYUA 3WG1A 4LBJA 4PBOA 3AX4A 3N36A 3HN1A 1A14N 4YG3A 1S0GA 2DYCA 2ZHMA 2DVGA 1VAMA 1QDCA 4MWQA 1NCBN 1HDKA 4K1HA 4Y1YA 1FATA 1USRA 3RS6A 5CNAA 1USXA 1APNA 2YA6A 1UN1A 5T5JA 2JD4A 4YM2A 4WA3A 5SV8A 3AK0A 3T1MA 3FFZA 2VW0A 4YW2A 1Q8QA 1CPNA 1QOSA 2ES3A 1MR5A 4B7QA 3SLIA 4D69A 1DQ5A 4FP2A 1AXYA 1V6KA 2ZAAA 2VY0A 2ZB6A 3M3EA 3OBTA 3WDTA 3W09A 3TI8A 4Q2FA 2A6ZA 4Q26A 2HYKA 1W6MB 3TI6A 5T5PA 1UMZA 3IM0A 2OUJA 2QWBA 2EALA 4QN3A 1X50A 1V3DA 5IT6A 2CWSA 4RA0A 1QMJA 1AJKA 1VCUA 4GZOA 4XJZA 2XB6C 5F5QA 4GZQA 1W6OA 4F83A 2JJ6A 1F8CA 4GB1A 2D7FA 2E7TA 1RITA 1DLLA 2PELA 3VV1A 4ISQA 4HZZA 5LK5A 4Y1UA 1QGLA 1S0BA 2DURA 1NXD1 3ZSLA 5CBLA 4JRAA 3WLUA 1J1TA 1XOEA 1UAIA 1GBGA 1MVEA 1W6QA 1IKPA 4JCKA 1DQ6A 4YM0A 4CPYA 2WSUA 5M1ZA 1JUIA 1GICA 2LALA 5KXBA 3NV1A 1NN2A 1FNYA 4Q1PA 4YG6A 3D4KA 2W39A 1PZ7A 1NSDA 1YO8A 5HCAA 3AJYA 3M2MA 3ZSJA 2CMLA 5IK7A 3RRDA 2UU8A 1V6OA 3ZXEA 1Q8VA 4CRQA 2A70A 4SLIA 1LOEA 1LU2A 4WA5A 4XYXA 3B00A 1EPWA 5DZFA 4UW4A 3V0BB 3LSDA 4M4UA 2A75A 4Q27A 5JOZA 1I1EA 2BQPA 2EXHA 1BJIA 3CL0A 1SLAA 3B9CA 2DU0A 1AJOA 2R16A 2D43A 1B09A 3ATGA 4XJWA 4XBQA 4FOVA 4BLIA 4GDIA 1WLDA 1WCQA 5GLTA 3SALA 2XG3A 3M1HA 1Q8OA 4FVVA 1OFSA 3ILFA 3SH4A 1IVGA 1GNHA 3AP9A 2HU4A 1S0CA 1DZQA 2PHTA 1V3EA 4NCSA 5JDBA 2D6KA 1LJ7A 1YI7A 3USUB 1Z4VA 4XHBA 2QWFA 3INBA 2QWEA 3FLTA 4M4VA 1LULA 1V2IA 3GVKA 3CYEA 1N1YA 2E7QA 3ZXFA 2OW4A 2C5DA 1L7HA 1A4GA 1LEMA 4B7NA 1DFQA 1CIWA 3GVLA 4GKXA 3WDYA 1VAVA 2HTUA 2D6LX 3KQRA 1L7GA 2QWHA 3LCPA 3ZSKA 3OPZA 3JUUA 2V5YA 3K3AA 4PQ9A 4K3YA 1YXWA 2P34A 4XBNA 4FPOB 3AXEA 4XILA 1SBFA 1UX6A 4Q8KA 1IVCA 2PHFA 1OQ1A 4HANA 3N35A 2D3SA 1GV9A 1DQ0A 5JMCA 3GVJA 1NNBA 5GLUA 5EYXA 1EUTA 4GA9A 4HL0A 3INAA 3V0AA 2VK7A 2C4AA 3PVNA 4WEFA 4KBBA 3ZXKA 5DUUA 1LHOA 1F8DA 1NNAA 1NMBN 3TB0A 4FVKA 1B9TA 1AX2A 4U2AA 2JDZA 1NMAN 1DHKB 5H9SA 4MZEA 2SIMA 1SLTA 2AENA 2AGSA 2AEQA 1V00A 1IS6A 1G7YA 2GNMA 3RMYA 2F10A 2VH9A 1INGA 2ZGUA 4K1KA 2ZMLA 2ZGLA 1LHWA 2HU0A 2A6XA 4GJTA 2D3RA 1W6PB 1DILA 3M3CA 3HR9A 1N3PA 4Y1ZA 4TZDA 2RKCA 2FHRA 4DGRA 2GN3A 4WEGA 2AH2A 3VKLA 2XZJA 4WVVA 2GNTA 4HIZA 5T55A 3SISA 2HTRA 1MS1A 3K38A 3MW3A 4HZVA 2CNAA 2AUYA 1LOGA 3OBRA 4CTEA 2HTWA 1LOAA 4AGVA 2HTQA 1INXA 1DQ2A 2A7AA 1RIRA 2YMZA 1F9KA 1ZA4A 1NMCA 4BBWA 2D6OX 2P3IA 3O9KA 3BODA 4DRRA 2B7YA 3H73A 3WHUA 3BTAA 1QF3A 1RINA 2VW2A 2YA4A 3R4SA 4YG0A 3H6JA 3LSEA 3B7EA 2NZ9A 2G4IA 3H71A 1G9BA 2VSKA 3PJQA 4M3CF 4M3CB 3ILNA 4DFSA 1GNZA 3B69A 3TIBA 1UZZA 4MWVA 5EXOA 3FLPA 2XCYA 1QNYA 4QN5A 3RSJA 4IQPA 1Q8PA 4M00A 4FQ4A 1JYCA 4XDQA 2EIGA 2EAKA 3AP6A 3ZSMA 2W08A 1QNWA 2F25A 2D3PA 1JOJA 2V73A 4HZWA 5GZCA 4AGGA 3Q9OA 3D12A 2SLIA 4BPZA 4CPMA 4LBLA 1SNTA 4MWJA 1EUUA 4MJUA 2GN7A 1Z4ZA 1ENQA 2F24A 1GSLA 4YW4A 1JBCA 4MX0A 2JE9A 3O12A 1N3OA 3AZYA 5GALA 1CESA 4UW5A 1V6MA 1HQLA 3AZZA 1N1TA 1DIMA 3N7JA 3TI4A 1F8EA 5KXEA 4AGRA 1V0ZA 2BERA 1WD3A 4X47A 2VUAA 2A6WA 1A3KA 3AYCA 4R9DA 1N3QA 3UJOA 1SLBA 1KQRA 4ATFA 5GLWA 4YGBA 4YW3A 4BOWA 1AZDA 1MS4A 1ULCA 1V0FA 4K1JA 2F11A 4BQ1A 3SANA 3AFKA 2DVAA 2HT5A 3NN9A 4GZPA 1F31A 2C4LA 3T1EA 1IVEA 1CR7A 1S0IA 2H0BA 6NN9A 4LBQD 4YLZA 5DZEA 4J9TA 1BZWA 2W52A 1C1LA 4JC1A 3MW4A 4FPGA 1N47A 4QN6A 4YZ1A 4GWMA 2P3JA 1N1VA 1W8NA 4MWRA 2R1BA 3AP7A 4Q6KA 1W6OB 2ZABA 3PMEA 1QKQA 3ILRA 1BKZA 2B8HA 1V0EA 4GKYA 3AYEA 1A4QA 3OYWA 2YXSA 2EF6A 3WG4A 1GLHA 1MS8A 3VKNA 1GZWA 4XXPA 3NWKA 1MVQA 1R1ZA 3A72A 4YW1A 3D6EA 1G9DA 2TEPA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2F26A 4JZRA 1G8WA 1ZRRA 2BOJA 3H50A 1I9RA 3JBG2 1O7FA 2XUEA 3KD4A 2WAAA 1NCRA 3JD73 1NLRA 2ZGRA 5GJ6A 4P14A 1UOFA 5LWBA 5C70A 4KWJA 2QE8A 3WOGA 1RUH3 4Y22A 5CKQA 2KA3A 3MF9A 3NJVA 4J1XA 2DUPA 5EYYA 4BU2A 3P3NA 5CFCA 4E8CA 5GX3A 4XMIA 3ES4A 4M3MA 3HBKA 1VBB2 4L92A 1X36A 4M01A 2VTXJ 5AFBA 4JDOA 5D21A 4AEDC 1W6QB 3VDCA 1O4YA 3BVCA 3VZLA 1RUJ3 4AQSA 5HUMA 4XBLA 1QXPA 1Q56A 4J6GA 4QPYA 4FP3A 4FOYA 1ASJ2 1W9TA 1WCDJ 2G9FA 2WS91 2X5IB 4ZONA 1UOBA 5KBFA 4V2VA 2WL1A 3T0AA 1ND3B 1UYZA 1V70A 1WWYA 2JG9A 2UURA 5J09A 2I2SA 5T5LA 1MS9A 1U0AA 4BQ3A 1FI2A 4XFAA 5CG8A 3MV11 2ZPXA 4A42A 1ULDA 2OVUA 2EXIA 2H6CA 1EUSA 1LHVA 4ZY3A 4IV1C 2VK5A 4IEWA 5FO7B 2B45X 5EZWA 1CQ9A 4KWLA 1CD3G 4RQPA 4CCNA 2ZX3A 1PVC3 4M3CE 4Q0VA 4Q4W1 1VALA 2XJPA 3SKVA 4IESA 1AYM2 5LRRA 4EN8B 5FPVA 2H0VA 3Q8BA 1BCXA 3T30A 1IS5A 1SACA 4D52A 5FZ4A 1AL21 3ALWA 4NN9A 3K4DA 5FV3A 2VECA 1CAUA 2RJ2A 4I00A 2OPWA 3WQ0A 4OUSA 3POYA 2NPIA 5GZDA 4WV8A 2PAMA 1DYPA 2QWAA 4OI1A 3G7DA 5EO7A 2ZKLA 2Q1ZB 1LODA 1AX0A 2QQLA 2X10A 3CU7A 4Q5OA 3OY8A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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