4XILA

Crystal structure of the nanb sialidase from streptococcus pneumoniae in complex with optactin at ph 7.4 in pbs with mpd as the cryoprotectant
Total Genus 194
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
194
sequence length
658
structure length
658
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYGIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title `The Hunt for Serendipitous Allosteric Sites: Discovery of a novel allosteric inhibitor of the bacterial sialidase NanB
rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae tigr4
molecule keywords Sialidase B
total genus 194
structure length 658
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2015-01-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4xilA03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4xilA01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4xilA02
1RIRA 3T1MA 1MWEA 4FPEA 3WG3A 3WNXA 1Q8OA 3USUB 4GWMA 3BOPA 1MS5A 2EXHA 2A6ZA 2QWHA 2JE7A 3ZYPA 2A70A 2QWFA 4C1XA 1WBLA 2XZJA 4HZWA 4ATFA 3ZSJA 1GBGA 4DGRA 1NMCA 3TIBA 2VH9A 4GEZA 1S0BA 4YGCA 2GN7A 1AX1A 1AXZA 2QWDA 3ZSMA 1JXNA 2ZABA 2ZGLA 5F9TA 1DQ1A 1UPSA 4BMBA 4D69A 4AGVA 4LBMA 4WEFA 1MACA 2WQZC 1W6MB 1GKBA 3WDWA 2ZGRA 3TIAA 2ZGMA 4FPLA 4XBQA 2NZ9A 1J1TA 4HZXA 2ARXA 3NV1A 1G9DA 3FLRA 1YI7A 2DTWA 4GZTA 4YM1A 3ILFA 4XIKA 3UL2A 2VW0A 4XHXA 4R9AA 1CR7A 4UW4A 1WLDA 2VSKA 1SBEA 1H30A 4YFWA 1JUIA 4BQ1A 1C4RA 1NSCA 1Z78A 3M2MA 2UWAA 1NNAA 4RA0A 4M00A 2SIMA 1S0GA 2OUJA 1JW6A 1IKQA 3AYDA 5GALA 1F8CA 5GZFA 1G7YA 3WDVA 2ZB6A 4MWLA 3T1EA 1PZ8A 4QN7A 3H6JA 4Y22B 4GZPA 1GANA 4QNPA 4B7RA 1URXA 2A6YA 1V3CA 1ULCA 1V0FA 4FPYA 2A6WA 3UK9A 1NN2A 2DU1A 4BM8A 4KS5A 3BIWE 2AUYA 1A8DA 4Q1RA 3I8TA 3POYA 1Y7BA 3FBYA 4F83A 4BLJA 2WT2A 2ZGKA 3W58A 1ZA4A 4I30A 1WD4A 1KDMA 3ZXKA 4FP3A 3TAYA 3N7KA 2ZA9A 5DG1A 3ZXLA 3DGTA 4QN4A 5GM0A 2B7YA 4KS3A 2E53A 2W52A 4FVKA 4ATEA 4JRAA 5AVAA 1A4QA 2JJ6A 4OZXA 4H53A 5H9RA 1NXD1 1F8EA 1U0AA 2YV8A 1WBFA 3JU9A 2AH2A 2G4IA 5HCAA 2P37A 4YG0A 2F0ZA 4CPMA 4GALA 4XJAA 2D3SA 2GN3A 4K3YA 1FNZA 2GNTA 2EF6A 4B7QA 1INHA 1IS3A 4PBPA 5DUVA 3INAA 1VAMA 4KS2A 5JDBA 3V0AA 1MZ6A 1Q56A 2F28A 4MWQA 5F5QA 3AP5A 1BJQA 1ZM1A 2ES3A 3V0AB 2A6XA 4P9XA 1W0OA 1HQLA 4DRVA 4GA9A 2E51A 3IPVA 2D6PA 5T50A 1ULDA 1KRIA 4FOQA 4Z8BA 3SITA 1IKPA 2A75A 4DRRA 1LGNA 3LCPA 2GDFA 2Z42A 4WA3A 3ALWA 3V64A 4WEGA 1V6NA 3WCRA 1N47A 4TZDA 4YW2A 1DLLA 1NSBA 3AZXA 2ARBA 5DZEA 4XTMA 5H9SA 2EXIA 4M3MA 1Q8VA 1QNWA 2BATA 3AP6A 4Q27A 3UJOA 2SLIA 1G9AA 5E88A 1EURA 2P3KA 4GWNA 2P3JA 1CJPA 1DBNA 1SNTA 3IKWA 3ATGA 2F27A 4GB1A 3Q9OA 2GNBA 3HR9A 1FNYA 3OYWB 2UURA 3CYEA 2QWAA 4LBLA 1LOEA 4U2AA 3MW4A 4FPGA 2ZBJA 3PJQA 1LESA 1LEDA 2PHXA 3AXEA 4B7NA 3WVJA 4MWRA 1AZDA 1Z4VA 1AF9A 3CKZA 2JE9A 2NMOA 2W68A 4X4AA 1W0PA 2ZGTA 1G9BA 1MR5A 3OY8B 1W6NB 4Q6KA 1UN1A 1A3KA 2SBAA 5T5LA 4HIZA 3MW3A 4NN9A 1O4ZA 1DIMA 4HANA 5T52A 1AXKA 2A5ZA 1SBFA 1LODA 1HKDA 1VALA 2ZHKA 5M1ZA 1MZ5A 4DQAA 3O0WA 1SLAA 2ZKNA 3WDUA 1NCCN 3ILRA 2F10A 1MS3A 1EUUA 4M3CA 3RMXA 2VXRA 3NSSA 2DVBA 3HMYA 1LHOA 1F31A 2CNAA 5DUUA 2CY6A 1C1LA 3AFKA 3VKOA 1N1SA 5EWSA 2D6KA 3M3EA 2NYYA 1DGLA 4QN5A 4XJUA 3CL0A 4ISRA 2R16A 4IQPA 1KITA 1NSDA 2YA4A 5HUGA 1N3PA 2AENA 4XILA 4D8SA 3NN9A 3INBA 4RL7A 1QGLA 2UWCA 1WLWA 4Q1PA 1KDKA 3ZPYA 3RSJA 5DZFA 2PHRA 1WUVA 1S0IA 5GLTA 3VV1A 1WLCA 1MVEA 2JKBA 1LHWA 1V0ZA 1X50A 1OQ1A 2GNDA 4XZPA 3A72A 2VW2A 1LOCA 1SBDA 2DV9A 2GMPA 1JYIA 1JHNA 4K20A 4U36A 4KS4A 1V6KA 2AR6A 4NCSA 2DVAA 3OBTA 1MS4A 4TYSA 1V3BA 1YYNA 2ERFA 2YMZA 2NM1A 1H9PA 2TEPA 3USUA 4CPNA 4X49A 2R49A 4XYXA 1AJKA 1V6JA 2QWCA 5T5OA 1F5FA 1E8UA 3OPZA 2JDZA 1QOTA 3LSDA 2P3IA 2XCYA 3D4KA 2P34A 1ENSA 3APBA 1IVEA 1G9FA 4YW1A 5JVVA 4AVVA 4YZ3A 1E8VA 2UU8A 5IK8A 1V00A 1V6IA 1LULA 5EYYA 1C57A 2JD4A 2DUQA 3N3HA 4CPOA 2HTQA 4GDJA 1UKGA 1W6MA 1FV2A 3O5SA 3AP9A 3TI8A 3WV6A 1IS5A 1NCBN 1ENRA 2Q5TA 4WVWA 2R1BA 3TB0A 4FPFA 4MZEA 2W5NA 1UZYA 4M4UA 4MWXA 1I3HA 1ULGA 3W59A 1LENA 1H9WA 4FVVA 4MWVA 1VLNA 2ZHNA 2GALA 4WVVA 5DZGA 3H0OA 5GLZA 4GKYA 4H52A 3TICA 1YRZA 1W21A 3AZVA 4Y24A 1N3QA 2ZGUA 4FPCA 1INFA 1A4GA 3D11A 1IOAA 2H0BA 1MS9A 4YW3A 1KJRA 2W39A 1DQ2A 2FMDA 4XDQA 1FX5A 2C5DA 1INXA 2D6MA 3AK0A 4CPYA 1NNCA 3NV3A 1WW7A 4XJWA 2CWMA 3B7EA 4Y22A 1GNZA 3ZSLA 5KXBA 2W5OA 2XZIA 3OBRA 4X47A 1WD3A 3K3AA 2ZGOA 4Q26A 2CL2A 4CPZA 5DG2A 4H55A 3SLIA 3IM0A 3RG0A 2E7QA 4Y1YA 3VKLA 4UW3A 1CIWA 2CWSA 5T55A 2QWJA 4LBQD 2CYFA 3SNMA 3SISA 3QCWA 4P9WA 5EXOA 3K37A 3B01A 3ENRA 1MVQA 5HUNA 2QWEA 1I1EA 1S0FA 2D6LX 3N7JA 3OJBA 3AJZA 4XXPA 4K1IA 1F8BA 2WSVA 2XB6C 4AVTA 2ZB5A 1DYPA 3ZSKA 4LBOA 2D3RA 2ZGSA 4XJ9A 1W8NA 1W6QB 1GYKA 3AZYA 1WCQA 4YFZA 1S0JA 4GZSA 4MYEA 1B9VA 3N35A 1GZ9A 4QN6A 5IK7A 1B09A 5LK5A 2VUAA 4YZ5A 5E8AA 1GZWB 4LBKA 4K1HA 2PELA 1IVCA 2ZGNA 4DFSA 2HTVA 4YW4A 3N36A 1PZ7A 3KQRA 4NO4A 4ZKTB 2X9MA 1YIFA 3WUDA 4FP2A 4R9CA 1A14N 2F13A 2F26A 4GZQA 3B3QE 1L7GA 2B8HA 4AGRA 4FPHA 3WG2A 1LU1A 4M4NA 1QKQA 3D6EA 4WA5A 3ILNA 1ULEA 2W08A 5FRAA 2VK6A 2WNEA 3PVEA 3WLUA 1LECA 2JECA 1BZWA 3O0VA 2A71A 4UF7A 3WDTA 1FV3A 5FREA 5DUWA 3WOGA 5E89A 4HL0A 5IUQA 1DILA 1LHNA 2D3PA 1IVDA 4YW5A 5GJ6A 1MS0A 4YM3A 3LSEA 3AZWA 2XG3A 5H9QA 3PVNA 1TEIA 5DXDA 4FPJA 3A0NA 2GNMA 4R9BA 1Q8QA 5KXEA 3O9JA 1LHVA 3A71A 1AXYA 3WHTA 2NMNA 1BKZA 1Q8SA 2DVGA 3OYWA 5JOXA 4YM2A 4ISQA 1GLHA 3O9KA 2BQPA 2FHRA 1WCSA 2C9AA 2ZMLA 2HT5A 1LU2A 3R4SA 3V0BA 2VK5A 4YM0A 2UWBA 4XIOA 2BERA 3WCSA 2SILA 2E6VA 2BZDA 1SLLA 3OY8A 3V0BB 1W6NA 4Y20B 3WZ1A 3A4UA 3D12A 1S0CA 3D5OA 3ALXA 1CONA 2AEPA 4K1JA 1W20A 1QNYA 3MW2A 5JYYA 1N1YA 1QF3A 4MC7A 2W20A 4M3CE 1SFYA 4R9DA 4BOWA 2AREA 3N7MA 2LALA 4Q8KA 4XTPA 5GLWA 1DQ4A 2WJSA 5B2DA 2WSUA 1B9TA 1MS1A 1CPMA 2I2SA 2BF6A 2DWRA 1E8TA 2VK7A 2R0FA 3AP4A 4KBBA 4XBLA 2DYCA 4J9TA 1DHKB 2ZMKA 3WUCA 1INYA 3T2TA 1LOGA 2WKKA 2QWBA 4M4VA 1RINA 4GDIA 2EIGA 1LOFA 1G9CA 1USXA 3N7LA 1LOFC 5JOYA 1V0EA 1QOSA 5T5PA 4XMIA 3WHUA 1DQ6A 4CRQA 1O4YA 2GMEA 1A78A 4YZ4A 3I4IA 2AYHA 1JOJA 5CA6A 1YO8A 4UW6A 4AYUA 2HTWA 2YZ4A 1W6PB 4DPNA 3MPPG 1VAVA 1GZCA 5T54A 1HDKA 2ENRA 3QLQA 5B2CA 1F9KA 2HYKA 4KS1A 3H72A 4FZHA 2HU0A 4HZZA 2AEQA 3WG4A 1QDOA 3IMNA 4GKXA 3IN9A 5IK5A 2F25A 2RHPA 5H9PA 3NV4A 3GVJA 4XMAA 2A6VA 1VIWB 2A3WA 2WLQA 1B9SA 1LJ7A 3VKMA 2QWKA 1IVGA 2F29A 3NV2A 1YXWA 3H71A 2VWDA 5CBLA 1WW5A 2VSMA 4CPLA 2WT1A 4I00A 2OW4A 3R4UA 4WV8A 2YY1A 2F11A 5IT6A 5GZCA 5L73A 3M3QA 4Y1XA 5KXCA 3H73A 2GMMA 4AWDA 3FLTA 2YDTA 1Z4XA 3M1HA 1R1ZA 5DUXA 4PF5A 1XQNA 6NN9A 1BJIA 1Z0HA 1LCLA 3VKFC 3SILA 2VU9A 2D44A 2C4AA 1PZ9A 4WZFA 2XZKA 4W65A 1JN2P 3ZXFA 4XBNA 1MS8A 3SANA 2ZACA 3B69A 4YZ1A 2V5YA 2EAKA 1DYKA 1SLBA 1V2IA 4FPOB 4DS0A 2YA7A 5EYXA 4M3CF 1IS6A 4P14A 1V3EA 2ZGQA 2D43A 4YGEA 3T1LA 5HCFA 3RQ0A 1SO7A 3V65A 1N1VA 2PHFA 4L8QA 4LBJA 4MWJA 2ZZJA 4YGBA 2PHWA 4LBQA 3K38A 4C1WA 1V6MA 3GVLA 4HZVA 4JCKA 4MZAA 3OGGA 1AVBA 2F12A 4X6KA 4LBQB 1ENQA 1GNHA 4BPZA 1QDCA 3AP7A 4B7MA 1VCUA 2D6OX 5SV8A 2EXKA 5GLUA 3K39A 1UAIA 4FJ6A 1DIWA 2HTRA 4XXAA 1N3OA 3O12A 3TI5A 3GALA 1BQPA 2NN8A 3SALA 1QMJA 1DFQA 1VCJA 4YZ2A 3FUOA 5JMCA 1Z4ZA 4MWYA 1G86A 3AYAA 4FOWA 4PQ9A 1DZQA 4ITCA 1AX2A 1USRA 1EUTA 1XOGA 1APNA 1S0DA 4GJTA 1SLCA 3FUQA 2DU0A 2V73A 3GNEA 3PVOA 2VVZA 2YA6A 1FYUA 1W6QA 1LEMA 3WDYA 2PHUA 3RS6A 2YA5A 1INGA 2VW1A 2R0HA 1F8DA 3JUUA 2QWIA 3B9CA 1FATA 1KJLA 4P9YA 4GZXA 2E7TA 4BMEA 2YROA 1GZWA 1RITA 4Q8LA 1C1FA 1N1TA 1BYHA 4K1ZA 4MJUA 4CZSA 1FAYA 2R1DA 1NNBA 4XJRA 2P2KA 3MEPA 3WDXA 3TI6A 1Z4WA 4HZYA 3R05A 1SLTA 5NN9A 7NN9A 4FPKA 1CPNA 4UW5A 3SH3A 1LOAA 2A7AA 1OKQA 4MJVA 5IK4A 3TI3A 1SLIA 5CB7A 2A3XA 1SCSA 4Y1ZA 1IVFA 1CN1A 2D6NA 1V3DA 1W1XA 4XOGA 5HCBA 5GZEA 3M3CA 2AGSA 2LTNA 5HX0A 2OUHA 3AYCA 1L7FA 1ONAA 4B7JA 3FLPA 2F24A 4K21A 3AZZA 4YG3A 2YDPA 3A0KA 3UJQA 2OVUA 4YLZA 3ASIA 4Y1UA 4GZWA 2DVFA 5GZDA 3POSA 1S1AA 3ZXJA 5HUKA 1Z4YA 3AX4A 4QN3A 4ASMB 1CVNA 3IPVB 2CMLA 3WG1A 3TI4A 3VKNA 1HLCA 2PHTA 1UL9A 4Q2FA 1LHUA 1HQWA 3L2YA 1LGBA 4K1KA 1EPWA 1DQ0A 1D2SA 3NWKA 2ZAAA 4JF7A 1V6LA 4AGGA 1CQ9A 1W6OA 4Y20A 5JOWA 2RKCA 1LOBA 4Y26A 1EUSA 2EXJA 1V6OA 1W6OB 1S0EA 1NCAN 4XE9A 3VUOA 5CAZA 5GLVA 3O0XA 3GVKA 4XJQA 4XJ8A 2NP0A 1NCDN 5BYNA 2EALA 5HUMA 1GSLA 1SACA 1INWA 4CTEA 1Z50A 5KXDA 4PBOA 5JLVA 3POWA 3W09A 2HT7A 2YXSA 5CNAA 2C4LA 1AJOA 1UX6A 3SH5A 3DUIA 1INVA 1G8WA 3BEQA 2VY0A 1OFSA 3CNAA 1IVBA 1BXHA 2YA8A 3CL2A 2QWGA 1LTEA 4SLIA 4MWWA 4YGDA 1IS4A 3ZVXA 3AYEA 4K1YA 3BODA 4GZOA 5JOZA 4AVSA 2DUPA 1AX0A 3ZYRA 1D0HA 4PCRA 4XJZA 3AJYA 2ZHMA 1NMBN 1QU0A 2KM2A 3BTAA 4M3CB 4FQ4A 4NOTA 2ZHLA 1DQ5A 4Y1VA 1NMAN 2CTVA 4WA4A 4MWUA 3M3OA 3AXDA 1WW6A 4ZXKA 4NC5A 3KM5A 4FOYA 2DUOA 2HTYA 2HTUA 1W6PA 3FFZA 1SCRA 5T5JA 4FOVA 1Q8PA 2DVDA 1KQRA 1QOOA 2DURA 4GXLA 4MX0A 1UMZA 1WW4A 3K36A 1JYCA 3C2UA 2D7FA 3RRDA 4YG6A 1XOEA 3RMYA 4XHBA 1L7HA 1CESA 2A3YA 3ZXEA 1UZZA 1GICA 1W8OA 4LBNA 3HN1A 4BBWA 4FQZA 4JC1A 1ULFA 3B00A 2ZMNA 2HT8A 3SH4A 5GZGA 2W38A 4BLIA 4M01A 2WT0A 1LGCA 1GV9A 2HU4A 2DTYA 3PMEA 1NLSA 3JU4A 3U4XA 1JBCA 2ZGPA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1RIRA 4QQLA 1RUG2 1RUC3 1CAWB 2QQLA 3T1MA 3VNHA 3FVZA 1S18A 1MWEA 4FPEA 5A7OA 3WG3A 3DV8A 1OMIA 3WNXA 1Q8OA 3GHNA 5FZ4A 3USUB 4GWMA 5FP7A 4QKDA 2WIIB 1EP0A 1UPIA 3BOPA 1MS5A 5FPBA 1BMV2 5I0SA 3LAGA 2EXHA 2A6ZA 4Q29A 3DR2A 1OLME 4A44A 1CAVA 3JD72 1N6DA 2QWHA 1O5UA 3S8ZA 1WA4A 2JE7A 3ZYPA 4Z2WA 2ARCA 3QBQA 2A70A 4MG2A 4IDZA 2QWFA 1ZZCA 5A3PA 2FCUA 1US2A 4HKOA 4C1XA 1WBLA 2C6SA 1OUSA 2XZJA 2Y6KA 4HZWA 2QDNA 2TUNA 2RDQA 4ATFA 3Q8AA 3ZSJA 3ACGA 1GBGA 4K8FA 4WBBA 2V91A 4QX8A 4DGRA 1NMCA 3TIBA 4D52B 1WMEA 3U11A 2VH9A 4UYBA 3WT3A 4GEZA 1GOHA 1L3JA 3WQBA 1S0BA 4O61A 4YGCA 2ADDA 5FO7B 2GN7A 2YU2A 5IVBA 1HRV1 1U12A 1AX1A 1OVSA 4JZRA 1ND2A 3VHPA 3WNKA 3EHKA 3E5QA 2XJUA 1AXZA 4LORA 2QWDA 3ZSMA 1R091 4IE7A 1JXNA 1F15A 1W3XA 1ND2C 2JDHA 2RV9A 2ZABA 3A22A 3FMGA 2HWD1 1W39A 2WN3A 2ZGLA 5F9TA 1DQ1A 1UPSA 2ZKLA 2WZ8A 4BMBA 2VMDA 4EROA 3NJVA 2RMU2 3E1F1 1PM4A 3AVRA 3EXUA 1HRV3 3F95A 2DBNA 2RS51 3PIJA 3CU7A 1PX3A 5E1RA 3OEBA 4AGVA 4D69A 2CAVA 2PXJA 4B4QA 1NCQB 1R093 4NHMA 3VGIA 3IMMA 4LBMA 4WEFA 2VUJA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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