4XILA

Crystal structure of the nanb sialidase from streptococcus pneumoniae in complex with optactin at ph 7.4 in pbs with mpd as the cryoprotectant
Total Genus 194
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
194
sequence length
658
structure length
658
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYGIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Sialidase B
publication title `The Hunt for Serendipitous Allosteric Sites: Discovery of a novel allosteric inhibitor of the bacterial sialidase NanB
rcsb
source organism Streptococcus pneumoniae tigr4
total genus 194
structure length 658
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2015-01-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4xilA03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4xilA01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4xilA02
5GALA 4YG0A 1AXYA 1HQWA 3OJBA 3PVEA 5T54A 4YG3A 1LHVA 2GALA 3ZYPA 4MJVA 3BODA 5IT6A 1CJPA 1J1TA 1NCAN 5DG1A 4XBLA 3N3HA 2ZHLA 1ZA4A 3H0OA 4CPNA 1WUVA 3T1MA 4WEGA 1EUTA 1KQRA 2LTNA 1CIWA 3WHUA 2ZMLA 2A3WA 1DQ2A 2A70A 3H6JA 4M4UA 2B8HA 3O0XA 3A71A 3RMXA 2C4LA 1UN1A 3JU9A 1MVQA 4FPLA 3VUOA 1LESA 2H0BA 1L7HA 2UWBA 4U2AA 4SLIA 3AXEA 5GLUA 4Y26A 1D0HA 2D6MA 1S0BA 1KDKA 1W6NA 3I4IA 1C57A 2VVZA 2F24A 3A0KA 4YM0A 1SLAA 1N1TA 1N3OA 1YRZA 1N47A 4K1KA 4Y24A 1H30A 1QF3A 3T1LA 1SLCA 1FAYA 3IMNA 2NMOA 1W6QA 1C1FA 4FPKA 4K20A 3TAYA 4NCSA 1MS1A 2VSKA 1SACA 2HU0A 3OYWA 5GJ6A 2HTUA 3MEPA 3GVJA 2R16A 1QMJA 2G4IA 5CA6A 3NV1A 4ITCA 4Q1PA 1BZWA 3R4SA 5E88A 3IPVB 1G9FA 1W0OA 4JCKA 3ZPYA 3NWKA 4Y22B 1INWA 3NV2A 4JF7A 3O9KA 2VW1A 5IUQA 2RHPA 1IS4A 1IKQA 2WSUA 1FNZA 2NMNA 1HLCA 1S0DA 4FPFA 2QWEA 3ZSJA 4HANA 5B2CA 2A6YA 4XMAA 3M3OA 2HTRA 1EURA 2F0ZA 2DWRA 3D11A 1VCJA 2DTYA 4ATEA 4GWMA 4MZEA 4GKYA 3ILNA 3ZSMA 3ZXKA 4IQPA 3N7LA 3FLTA 1URXA 1MWEA 1CN1A 5JVVA 5EWSA 2E51A 1ULEA 1SLBA 1QKQA 1OKQA 4YZ3A 5DG2A 3ALXA 5HUMA 2ZB5A 2D3SA 4M3CF 1CONA 4JC1A 4XZPA 2AUYA 4M4NA 2VH9A 2ZMKA 2BQPA 1B9TA 1QOTA 3B3QE 1SCSA 3ILRA 1O4YA 5E8AA 4Q8KA 1Q8OA 3H73A 1APNA 3ENRA 1LCLA 1WCQA 2YA4A 2NYYA 1O4ZA 4MWLA 3MW4A 1QDCA 1QOSA 1AJOA 1V6JA 4Q27A 3DUIA 4CPYA 4YW3A 3SILA 4LBQD 1JOJA 3WCRA 1QU0A 3T2TA 4CRQA 4HZYA 2D3PA 1DILA 2D6NA 1BQPA 4Q8LA 4FPHA 3H72A 4FP2A 4QN5A 4LBKA 2BERA 1ENRA 1PZ7A 4XBQA 1Z4ZA 1Q8VA 2YROA 2VWDA 1CPNA 1Z4WA 1N1YA 1E8VA 2R1DA 4R9DA 2WKKA 2GN3A 5EYYA 3N7JA 3U4XA 3K37A 1ENSA 2CWSA 4YFZA 1QDOA 2ZGLA 1A4GA 1SFYA 4ISRA 1MR5A 5IK7A 5HCBA 3A72A 5CB7A 2D6OX 4L8QA 2JE9A 1SCRA 5BYNA 5FREA 2XB6C 2AH2A 3FBYA 3SH3A 2HT8A 4C1XA 3AP4A 2OW4A 3KM5A 4MWVA 3V65A 1V0FA 2WLQA 1L7GA 1IS6A 4YGCA 2ENRA 4YFWA 2GNBA 4Q2FA 2XG3A 2ZABA 4LBMA 2F26A 3VKMA 1AVBA 3WG3A 3OY8B 2JD4A 1LHUA 3OGGA 2PHFA 1XOGA 2JDZA 4YM2A 2XZJA 2DU1A 1F8DA 3INBA 1LENA 2YDTA 2AR6A 4KS2A 2A3XA 4FP3A 2A3YA 2NP0A 1GICA 2VW2A 2W5OA 1HQLA 1FX5A 1INVA 1V3EA 3BEQA 1TEIA 5JOYA 5M1ZA 3M2MA 4XXAA 5DZEA 1UPSA 4GDJA 3SH4A 1WLCA 1SO7A 4Q26A 4LBNA 2C9AA 1W21A 1N3QA 2WT2A 1DHKB 1YXWA 2GMPA 3GVKA 4XE9A 4XJUA 5DZFA 1W6OA 3ZVXA 1WBFA 5GLTA 1LGBA 2A7AA 2AENA 3AP5A 2BATA 5DUUA 1ONAA 5KXEA 2NZ9A 4WA5A 1NNBA 4DFSA 4P14A 4UW4A 1C1LA 1FV2A 4MJUA 1INYA 2BF6A 1LU1A 2AREA 2DVFA 3O9JA 2YZ4A 1B09A 2GNTA 5JOWA 1GV9A 1LEMA 1LGCA 1SLTA 1BKZA 1BXHA 1OQ1A 4QN4A 1IKPA 1GZWB 3GNEA 2E53A 2EIGA 2D6PA 3WUCA 2QWFA 1F9KA 2R49A 5T55A 1G9AA 3KQRA 1QGLA 2A75A 1YI7A 1V3CA 2QWCA 1JYIA 2VSMA 3GVLA 1DGLA 2KM2A 4GWNA 2P34A 1KJRA 1NMCA 3USUB 5HUKA 1WW5A 2C4AA 4KS5A 4WA4A 1ULFA 1NN2A 5CAZA 4UF7A 1N1SA 1B9VA 5JOZA 1QNYA 1V3DA 7NN9A 5H9QA 4PBPA 4AVTA 2JKBA 4B7MA 5CBLA 3V0BB 4Z8BA 4FQZA 3TI8A 1V0ZA 4R9AA 4DQAA 5H9RA 5CNAA 2B7YA 5GM0A 2OVUA 1HKDA 1BJQA 4RL7A 3CKZA 1GYKA 5KXDA 5H9PA 4KS1A 4AGGA 1DZQA 4X47A 3AYDA 4MC7A 3IM0A 3M3QA 1INFA 1IVEA 3IN9A 5FRAA 1W6MA 2CYFA 4Y20B 2D6KA 2DTWA 2CMLA 3TIAA 1GSLA 4Y1VA 4P9WA 2A6VA 4NO4A 4XJRA 2W52A 2F27A 1LOEA 5NN9A 4AVVA 2VW0A 2CWMA 3ZYRA 2WQZC 4XXPA 3B9CA 3N35A 4MYEA 3R4UA 3AP9A 4BLJA 1SLLA 2Q5TA 1BJIA 5JDBA 1X50A 1LOAA 3B01A 4BM8A 4FPJA 2VXRA 4YM1A 2ARXA 4XTMA 1WCSA 5EXOA 4HIZA 1A78A 1LODA 4K1ZA 4YGDA 5HCFA 4AWDA 4M3CB 3ILFA 3CNAA 2E7QA 3W59A 3WDUA 3WG4A 1VCUA 3WCSA 1A14N 4B7RA 5L73A 4PBOA 3SISA 5JOXA 1F5FA 1MS5A 3LSDA 1NCCN 1F8EA 4XJWA 1RINA 2ZGTA 3ZXEA 4GALA 4P9YA 4PF5A 4YZ4A 3AP7A 4MZAA 3SANA 1LTEA 3R05A 3VKFC 1WLWA 2NM1A 2R0FA 2F28A 4H52A 4PCRA 1UZZA 1DQ0A 2ZGNA 1SBDA 1DLLA 1LOFA 3WOGA 2CNAA 2HU4A 3AFKA 2D43A 3PVNA 1UMZA 5GZGA 4LBQB 3AJZA 2VK6A 4R9BA 2SIMA 2QWKA 1NMBN 5T52A 2A5ZA 2ZGRA 1WW6A 3AYCA 3IPVA 3K36A 4H55A 3V0AB 3K3AA 5F5QA 2ZBJA 4YLZA 3K39A 2PHWA 1CPMA 4Q6KA 1Q8PA 4Y22A 1LJ7A 2P3IA 3HMYA 1GBGA 3SH5A 1G9CA 4FOWA 3TIBA 2JJ6A 1G86A 1INXA 1S0CA 1MS8A 2HT7A 3ZXLA 2EXKA 1NSBA 3POSA 4FOQA 2ZGKA 1LHOA 2ZB6A 2X9MA 4H53A 5AVAA 3D4KA 1MS9A 4QNPA 1XOEA 4M3CE 1EPWA 2CL2A 1L7FA 1Z50A 1LOBA 4K21A 1FNYA 3UJQA 3B69A 4D8SA 4YZ1A 4GDIA 5H9SA 4I30A 2F10A 3BTAA 2DUQA 1WD3A 3ZXJA 5IK4A 2OUHA 3RRDA 4X4AA 3M3CA 1DYKA 4YZ5A 3RQ0A 5T5PA 3OPZA 3VKOA 3PMEA 2JE7A 6NN9A 2DVAA 4QN3A 3WV6A 1W1XA 4RA0A 1JW6A 4WV8A 4K1YA 1ULCA 1Q8SA 3IKWA 1PZ9A 1A3KA 4XYXA 2PELA 2LALA 4BLIA 4DRVA 3WUDA 1NSDA 3N7MA 2QWBA 2WSVA 5GZDA 4FQ4A 1R1ZA 2SILA 1NXD1 3QLQA 4B7NA 2W68A 2DV9A 1IVCA 3FLRA 3ASIA 1V6IA 3LSEA 3AZXA 1V3BA 1VIWB 5HUNA 2D44A 2ZGSA 4UW6A 2F29A 3RMYA 4GJTA 1KDMA 2E7TA 2A6ZA 2D7FA 4YGEA 4HZVA 3TI4A 4MWJA 3JU4A 4FPCA 2F13A 2YA8A 3FUQA 3POWA 4AGRA 1E8UA 3K38A 1S0FA 3BOPA 1KITA 2ZA9A 3UJOA 1LU2A 5GZCA 4AVSA 1G7YA 1LEDA 5DUXA 3WLUA 2JECA 3H71A 1SLIA 4FPEA 1UAIA 1W8NA 3CL2A 4UW5A 4LBJA 1G9DA 4HL0A 2WT1A 3M3EA 1CVNA 4WA3A 4XILA 2HTWA 1JUIA 2DU0A 1IVBA 3AJYA 3WNXA 3WDVA 2DVDA 1D2SA 5DZGA 5GZEA 1YIFA 5F9TA 3SALA 4HZZA 2HYKA 3NN9A 4P9XA 4MWUA 2QWDA 1AF9A 3W09A 2ZACA 2EAKA 1W6NB 3I8TA 3OY8A 3HN1A 2QWGA 2ZGQA 4YZ2A 1GZCA 3OBTA 2DUPA 1INGA 2YA6A 3BIWE 5T5LA 4CPZA 4MWYA 5GLVA 4F83A 1GKBA 1USXA 4WEFA 5T5JA 3JUUA 2ES3A 2PHUA 2YA5A 2WJSA 1W6MB 3D6EA 1VALA 3MW3A 4R9CA 4FOYA 1LOCA 4I00A 1W6QB 5JMCA 4XBNA 3O12A 1IVFA 2F12A 3OYWB 3L2YA 1Q8QA 4HZXA 4ASMB 1JHNA 3FUOA 4XJZA 2V5YA 4FPOB 3NSSA 4CPMA 2ZHNA 2VUAA 1V6KA 3VKLA 2HTVA 4KS3A 4DRRA 3A0NA 1VAVA 2EXHA 3MPPG 2FMDA 4MWRA 1V00A 4ISQA 4WZFA 1LECA 1BYHA 3WZ1A 3SLIA 2HT5A 3ATGA 4CTEA 4W65A 3WDYA 1SBEA 2ZGOA 4GZXA 3WDTA 3O0VA 4GZSA 1S0IA 2YDPA 4FVKA 4CPLA 3POYA 1S0JA 3AYAA 4XJ8A 1EUUA 1SNTA 1UZYA 1Q56A 3WG2A 1IS3A 4OZXA 4YW1A 1LGNA 1YYNA 2VU9A 1A4QA 3O0WA 1ZM1A 1JYCA 1JBCA 4M01A 4K1JA 4U36A 2A6XA 5EYXA 3CYEA 2W39A 2P3KA 4DS0A 5IK8A 2ZAAA 1EUSA 1GZWA 3NV4A 1W6PA 3INAA 4GB1A 1S1AA 5JYYA 1UKGA 4GZQA 3UL2A 2NN8A 1I1EA 4MWXA 4LBLA 5IK5A 3CL0A 2ARBA 4FJ6A 1F31A 3USUA 4ZKTB 4KS4A 2BZDA 2YY1A 4FOVA 2ZHKA 2AEQA 2F25A 4X49A 2GDFA 1AX1A 1WBLA 4AGVA 3A4UA 2HTYA 3LCPA 1GANA 2R1BA 2GMMA 1N1VA 3N36A 2F11A 3C2UA 4GZTA 1QOOA 3DGTA 4LBOA 1W20A 3M1HA 4FPGA 4CZSA 4YW4A 3WDWA 1Y7BA 2EALA 1DYPA 3T1EA 2ZZJA 1NCDN 3V0BA 2P3JA 1GZ9A 4NOTA 2UWCA 3APBA 4Y1UA 3AZZA 1WLDA 2ZGPA 4TZDA 3V64A 4Y1XA 2D6LX 3D12A 1NLSA 2YMZA 5SV8A 2GN7A 4CPOA 1AXZA 1HDKA 4DPNA 1ULGA 4XDQA 2UU8A 3ZSLA 1G8WA 1G9BA 2HTQA 4BMBA 4J9TA 1FYUA 1FATA 3AZVA 3TI6A 1QNWA 1MVEA 1DQ5A 1WW7A 3AX4A 3TB0A 1I3HA 1RITA 2CY6A 4Y20A 4X6KA 2I2SA 1V6LA 1DIMA 1RIRA 1NMAN 4YW2A 4Q1RA 5JLVA 2P2KA 1C4RA 5B2DA 3WG1A 2AGSA 1Z78A 1S0EA 1WD4A 1Z0HA 4GA9A 2A6WA 4QN7A 4WVVA 2R0HA 3RSJA 5KXBA 4DGRA 5GLWA 2W08A 2YV8A 4BMEA 1AXKA 1DBNA 3ZXFA 1DQ6A 4XTPA 2QWAA 2EXJA 1IVGA 2ZMNA 3MW2A 1DFQA 2DVGA 4NN9A 1KRIA 1GLHA 1V6NA 3AP6A 4MWQA 4ZXKA 1DIWA 4Y1ZA 1U0AA 2ZHMA 4XMIA 5GZFA 4YG6A 2SBAA 4Y1YA 1V6OA 4ATFA 1AX2A 2XCYA 4GZPA 3N7KA 3O5SA 1MS4A 4M3CA 3AZWA 3VV1A 2DYCA 4MWWA 1INHA 3QCWA 3Q9OA 4FVVA 2VK5A 4BOWA 1E8TA 4XHBA 5GLZA 1F8CA 1CQ9A 4AYUA 5HCAA 2ZGUA 4XJ9A 4KBBA 2FHRA 4XIKA 4XJQA 1NNCA 1GNZA 1N3PA 4D69A 2UWAA 1W0PA 1H9WA 1IS5A 2PHRA 4XIOA 1NSCA 5DXDA 2ZKNA 4QN6A 3OBRA 1Z4YA 1LOFC 2WT0A 1W6OB 3B00A 4M00A 1LHNA 2SLIA 1V2IA 1S0GA 1V6MA 4LBQA 4GKXA 3SITA 1MACA 1ENQA 4M4VA 1JN2P 3UK9A 4XJAA 4WVWA 1USRA 3TI3A 2QWHA 2W5NA 3D5OA 1FV3A 3AK0A 3W58A 4JRAA 4BPZA 1A8DA 1LOGA 4BQ1A 3B7EA 2A71A 3V0AA 5DUWA 1MS0A 2AEPA 1MZ6A 3RG0A 1Z4XA 4FZHA 2W38A 4GEZA 4YW5A 5DUVA 1UX6A 3TICA 2CTVA 3PJQA 1F8BA 2PHTA 5KXCA 3WVJA 2E6VA 1AX0A 4K3YA 2P37A 2XZIA 3ZSKA 2DURA 1B9SA 4UW3A 3WDXA 4YGBA 2YA7A 4XHXA 1VAMA 2QWIA 2EXIA 1GNHA 1VLNA 1V0EA 5HX0A 2TEPA 3TI5A 2Z42A 1CR7A 3SNMA 3AXDA 2DUOA 3FFZA 2XZKA 4K1HA 1DQ1A 2AYHA 3WHTA 1LHWA 4BBWA 2GNMA 2ZGMA 4YM3A 1DQ4A 4MX0A 5T50A 2ERFA 1WW4A 1IVDA 4GZOA 3VKNA 3GALA 1YO8A 2D3RA 1H9PA 1OFSA 4XOGA 2VY0A 3ALWA 2W20A 1NNAA 2QWJA 2OUJA 1KJLA 1XQNA 4GZWA 2DVBA 5E89A 2WNEA 3RS6A 1PZ8A 1MZ5A 1Z4VA 1LULA 1AZDA 5LK5A 2RKCA 2V73A 4TYSA 2VK7A 4B7JA 4FPYA 2PHXA 4GXLA 1IOAA 1JXNA 1SBFA 5T5OA 4M3MA 3AYEA 3HR9A 2GNDA 3FLPA 1UL9A 4B7QA 4K1IA 4HZWA 2GMEA 3PVOA 1MS3A 3AZYA 3NV3A 1AJKA 2EF6A 1ULDA 2YXSA 1NCBN 1W6PB 5HUGA 2UURA 4C1WA 4PQ9A 2C5DA 4NC5A 1W8OA 1CESA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5GALA 4YG0A 5FMCA 5DPNA 3WQ0A 3WQBA 1R083 1AXYA 5AC91 4V2WA 2XWJB 1FOD1 1HQWA 3ITQA 5FPAA 4EN6B 4LHNA 3D0JA 4OI0A 4ZU5A 4GMP1 4HHOA 2H0VA 5LA2A 1BCXA 1JZ3A 3OJBA 4DY5A 1C9UA 2FBEA 2Y6HA 3PVEA 4QU2A 4P5HA 5T54A 4YG3A 1LHVA 4GJYA 2GALA 1VBA3 3ZYPA 2WO2A 2Z5WA 4MJVA 1QJFA 2WIIB 3BODA 3NAPA 5DDJ3 5B4NA 4L97A 4BQ3A 1CJPA 1J1TA 5IT6A 1NCAN 2HWC2 1NCQA 2LS6A 5DG1A 4YNIA 2IC1A 4XBLA 1YEWA 3N3HA 1MZFA 2ZHLA 4QXBA 1ZA4A 3H0OA 4CPNA 1WUVA 4JDNA 3T30A 3T1MA 1RWLA 2HQSA 5A3LA 4WEGA 2D40A 3RNSA 1EUTA 3AFGA 1QJZA 1TMF1 1KQRA 5FR3A 2LTNA 1W06A 2GP3A 2YC2A 4FFHA 4AVCA 5I0SA 3WF4A 1CIWA 1U5ZA 1D4M2 3ZFEA 2CSGA 2YU1A 3KD4A 5D9CA 3WHUA 2J22A 5IVJA 2BUKA 2ZMLA 1VBB2 2A3WA 2JDAA 1DQ2A 2OT7A 3CIHA 3H1MA 5FP8A 2E32A 1UKRA 2A70A 3RPQA 5J96B 3H8OA 3H6JA 4DXRA 4QPWA 3BOWA 3I3DA 4EZHA 1JI6A 4M4UA 5F3IA 2B8HA 2ET1A 4DUVA 3O0XA 4LO6B 3LKJA 1CAUB 2I74A 3A71A 3WWAA 3RMXA 2IZWA 2C4LA 1POQA 1RMU3 2ISMA 4A7YA 1OOPA 2JG8B 1UN1A 5EFUA 2DSOA 2CGOA 3T3YA 1LKNA 4QM9A 4Q4W2 2XJRA 3JU9A 4IEUA 5L19A 2VVEA 3K48A 1RYYA 1JS9A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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