4XIOA

Crystal structure of apo nanb sialidase from streptococcus pneumoniae at ph 8.0 with mpd as the cryoprotectant
Total Genus 194
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
194
sequence length
658
structure length
658
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYGIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title `The Hunt for Serendipitous Allosteric Sites: Discovery of a novel allosteric inhibitor of the bacterial sialidase NanB
rcsb
molecule keywords Sialidase B
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae tigr4
total genus 194
structure length 658
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2015-01-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4xioA03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4xioA01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4xioA02
4I30A 5DZFA 1Q8SA 4XBQA 1W20A 3SNMA 4GDJA 2F0ZA 4NC5A 1F8EA 2KM2A 5M1ZA 3H6JA 1N1TA 4FVVA 5T5PA 1KJLA 1W0PA 1UX6A 2GN7A 1IVBA 3H0OA 2YZ4A 1G9FA 2PHUA 2VUAA 1GZCA 1X50A 4YZ1A 4X4AA 3ZSLA 3T1MA 1LEMA 3VKFC 2OVUA 5GALA 2ZGTA 1FAYA 1LENA 1OKQA 3WDTA 4MWRA 3W58A 4WVVA 2YY1A 2ZGNA 4F83A 2ZGPA 3UL2A 4M4NA 2EXJA 4GKYA 1MVQA 3RMYA 1WW5A 1S0IA 4CPNA 1NCBN 2AR6A 2HU0A 1GNZA 1EUTA 3WG3A 1AF9A 3N36A 2OUHA 4Q8KA 4Y1VA 2D6NA 1F8BA 2P37A 4UW6A 3WOGA 2F24A 4L8QA 3SISA 4Y20A 1DQ2A 2ZGMA 1H30A 4MWLA 2D6LX 4HZWA 3VV1A 1DILA 2WSVA 1ULCA 3WZ1A 1UN1A 3INBA 4KBBA 1Z78A 4MWVA 3TI8A 1Q56A 1TEIA 2DVFA 4XYXA 1V6JA 1JYCA 4FPHA 3NWKA 2F11A 1OQ1A 4M01A 2DWRA 2CWMA 4W65A 4BLIA 4XDQA 4GZWA 2NP0A 2QWKA 3AFKA 5EYYA 1S0GA 1HLCA 4BMBA 1JHNA 1Z0HA 2AEPA 5DUXA 4OZXA 1SLAA 3D12A 2PHFA 4LBMA 2BATA 2A6ZA 2ZGLA 4HZXA 1NMAN 1DQ1A 4FPYA 1MVEA 1L7GA 4BLJA 4QNPA 3QCWA 5GLUA 1IVEA 1B09A 1BYHA 1CR7A 1NN2A 2WT1A 1Z4WA 2VK7A 3RQ0A 4K1ZA 1G9CA 4FZHA 2ZGKA 1MWEA 1NMCA 5T5LA 2A5ZA 1E8UA 4HZVA 2P3IA 2R16A 2CWSA 2CNAA 5GLZA 2VY0A 2YMZA 4LBQA 3ZXKA 2XCYA 2W39A 4FPOB 3BODA 3SH3A 2HTWA 5DZGA 5GZFA 3O9KA 1GZ9A 1LESA 5EYXA 2GALA 1BKZA 5H9SA 1LOFA 1CVNA 3OY8B 1N1YA 3ZSJA 4R9CA 4YM2A 4X49A 2QWFA 2VK5A 1SBEA 2HTQA 2EXKA 1GYKA 5HCAA 1N1SA 2DTWA 2E7QA 2CMLA 2D6OX 4BOWA 4UW4A 2WJSA 2A6YA 4ISQA 4WA5A 1LGBA 1LHVA 1INXA 3A0KA 5IK7A 4YGBA 3PVOA 1GBGA 1N3QA 4NO4A 4XMIA 1C4RA 1S0BA 2HYKA 1V3CA 4GJTA 3ZSMA 3AJYA 3O0WA 3IMNA 4MZAA 5BYNA 2QWIA 2XG3A 1AJKA 3OBRA 1NCAN 3U4XA 2XZJA 1W6MA 5JDBA 4B7RA 3O9JA 3B9CA 4XBNA 2NM1A 2A3WA 3PVEA 4KS5A 3POYA 3ILRA 5GLTA 2TEPA 1H9PA 4WVWA 2ZGOA 1O4YA 1F9KA 2WNEA 4XTMA 3C2UA 5T5OA 2SIMA 1VAVA 4LBJA 3UJOA 2D44A 1UAIA 4H55A 1V2IA 1FYUA 2ZACA 5CA6A 1SACA 1MS9A 1G9BA 3TI3A 1V6MA 3K39A 4YZ3A 3AP4A 3RMXA 4GWMA 3GALA 3R05A 3D5OA 3SANA 3IKWA 4GDIA 1U0AA 2ZB6A 4XZPA 3NV3A 2E53A 4FP2A 3AX4A 4FOWA 1DIWA 1QU0A 3B01A 4MJVA 2WLQA 4YGCA 1NNAA 5IK8A 2AUYA 1FNZA 5FRAA 1VLNA 4GKXA 4CTEA 1A4QA 4FVKA 1SBDA 2V5YA 4IQPA 3NV2A 1ENRA 4H52A 3AZXA 4MYEA 4WZFA 4YGDA 3WDUA 1PZ8A 1MS8A 2I2SA 1XQNA 3INAA 3OYWA 1EURA 2YDTA 3A4UA 5JVVA 4WV8A 2WSUA 1W6OA 4TZDA 3FUQA 2YA8A 4GZXA 1SCRA 1NNBA 3ILFA 5E8AA 2QWGA 3WVJA 1SO7A 3JUUA 3UK9A 4FPKA 5CNAA 1XOEA 2BERA 4NN9A 1E8TA 1FV3A 2DUPA 1NXD1 4B7QA 4GXLA 3FBYA 1ULGA 2GNTA 5DG2A 4Y22A 4WA4A 2H0BA 3WHUA 1SCSA 2AGSA 3TI6A 3ALXA 2UURA 1L7FA 3TICA 2WQZC 5KXDA 1AVBA 4BMEA 2GDFA 2RKCA 3WG1A 2EIGA 5CAZA 1W6QA 2JD4A 5GZCA 4SLIA 1L7HA 4PQ9A 2EAKA 4XJAA 1WLWA 4XJ9A 4P9WA 5EXOA 4GALA 2W68A 4RA0A 4DGRA 3M1HA 1LOEA 4Q1RA 1V00A 2W38A 2BZDA 3SILA 1DYPA 3A72A 1RITA 1V3BA 3TB0A 5HX0A 2ZGSA 1SFYA 2D6PA 5CBLA 2GMMA 3O12A 1W8OA 2ZAAA 1Z4XA 3NN9A 4XILA 1MZ5A 2JKBA 4Z8BA 5DG1A 3FFZA 1CIWA 4JF7A 1V6LA 4XJQA 1A14N 2SLIA 1VAMA 4M3MA 4GZSA 1JW6A 4CPOA 1LEDA 2VSMA 1W21A 1DQ4A 2ZHNA 1GZWA 3WDWA 2CTVA 3V0BB 3USUB 4KS3A 3M3QA 3AZZA 1BJIA 1ULEA 4ZXKA 1W6PB 4YW1A 1LU2A 3WUCA 1DYKA 1QDCA 1VCJA 4FQZA 1DQ6A 1BZWA 1V0FA 5IK5A 2ZMNA 1BQPA 2LTNA 3GVLA 3H72A 3HMYA 2HTUA 3ZXJA 3WNXA 3CL2A 3HN1A 4M3CB 3NSSA 5HUKA 1LOBA 1DQ5A 1WD4A 2UWCA 4XHBA 1INVA 4Q1PA 4ZKTB 4K1YA 4BPZA 3OJBA 1PZ7A 3K38A 1WD3A 3IN9A 3NV4A 4DQAA 4DFSA 4J9TA 3V65A 1USXA 4B7JA 1IOAA 1KITA 2GNBA 1WCQA 1DGLA 1HKDA 2XZIA 4AVVA 4GA9A 3WDYA 3V0AB 5GJ6A 3GVJA 1YIFA 4M3CE 1CJPA 1INWA 3R4SA 3N7JA 2AYHA 3ILNA 2JDZA 1GICA 1LOAA 2A6XA 2NMNA 3LCPA 4YZ5A 2PHTA 1Z4ZA 5GM0A 3D4KA 3O0XA 2DVGA 4GB1A 1S0EA 4LBQD 2XZKA 4ASMB 4U2AA 4NCSA 4DRVA 1W6NA 3IPVA 2ENRA 4DRRA 3RSJA 3WCSA 2ZKNA 1KQRA 3BIWE 2R0FA 4U36A 2ARXA 2NYYA 1DHKB 2YA7A 3TI5A 4K21A 5E88A 2C5DA 1LULA 3APBA 4AYUA 1NSBA 2D3SA 5H9QA 1DZQA 3KQRA 3VKMA 1KDKA 4Y1YA 2F29A 5T5JA 2HTYA 2VWDA 2YV8A 1C57A 3I4IA 1KJRA 1MS4A 3A0NA 4MWYA 3ZSKA 2VK6A 2VW1A 2ERFA 2UWBA 3WDXA 4XTPA 3FUOA 2A70A 3AK0A 4ISRA 1SLIA 2W5OA 2ES3A 4Q8LA 2WKKA 1CPNA 4GZTA 1INYA 5F9TA 3AYEA 4YM1A 5JOWA 1AX2A 1AZDA 4FP3A 4YM3A 4K1JA 2A7AA 4ITCA 4C1WA 4YG0A 1APNA 1WBFA 1NMBN 1LGNA 2EXHA 2AH2A 4XJ8A 2E51A 4XJWA 2VU9A 1CPMA 4AVSA 4AGGA 1LHWA 1C1LA 1WCSA 1WUVA 1BXHA 1F31A 2ZGRA 4AVTA 3ZXEA 5GZGA 2VH9A 1YI7A 1Z50A 3L2YA 3D11A 4GWNA 3POSA 5DUVA 3WLUA 2DVBA 1JYIA 3AYCA 4FPGA 1V6IA 4FOQA 5IT6A 5H9RA 3CYEA 4MX0A 2C4LA 1G7YA 2ZGQA 1LGCA 3BEQA 1D0HA 3B7EA 4MZEA 1Q8PA 5KXEA 4UF7A 3HR9A 4FOYA 3B3QE 2P3KA 3MW2A 1CONA 4YM0A 1WBLA 1MS5A 2AEQA 1LODA 3T1EA 1Q8VA 5KXCA 1YXWA 4YW5A 5GLVA 4FQ4A 2YA6A 1LCLA 1HQWA 2C9AA 1UZYA 2DURA 2A6VA 4AGRA 1OFSA 3SALA 2A6WA 3SLIA 2PELA 2HT5A 7NN9A 3FLPA 4LBQB 2VW2A 1INHA 2E6VA 4R9AA 2GN3A 2Q5TA 1KDMA 1LJ7A 1MS0A 1QOSA 4MWUA 3WUDA 2QWHA 2WT0A 1H9WA 3N35A 1YYNA 2CY6A 4XMAA 5HUNA 5T55A 1CESA 3ZPYA 4R9BA 4LBLA 5F5QA 4FPCA 4XXPA 4M3CF 3MPPG 4YW4A 2R1DA 5E89A 1G86A 5HUGA 3Q9OA 4UW5A 1EUUA 4CRQA 3M3OA 3JU9A 2A3XA 3LSEA 1WW4A 2HU4A 2XB6C 3WV6A 1GNHA 2UU8A 2GMEA 1D2SA 1UPSA 1YO8A 3VUOA 4YFWA 1SLTA 1LU1A 3K37A 1R1ZA 4RL7A 4WEGA 4HL0A 5JMCA 4MWWA 3ZXLA 4KS4A 1DQ0A 1SLCA 1W8NA 1QOOA 5IUQA 3USUA 2HT7A 1RIRA 2YROA 3AYAA 2X9MA 5NN9A 4Q27A 5IK4A 1INFA 1XOGA 2ZB5A 1N3PA 2DV9A 2P2KA 1N3OA 4YGEA 3NV1A 4PBPA 3O0VA 3K36A 2EXIA 1B9SA 5JLVA 1F8DA 1G9DA 2VSKA 3MEPA 1HDKA 2D3RA 3UJQA 2WT2A 3AZWA 3W59A 2ZZJA 3SITA 1O4ZA 4YFZA 2JECA 4JRAA 5DUUA 1UZZA 2PHRA 4B7MA 2A3YA 4QN4A 5JOYA 1A8DA 1MZ6A 1ZA4A 3RG0A 4PCRA 4X47A 1UKGA 4XJRA 4LBOA 4HZZA 2CYFA 4QN7A 4Y1ZA 3VKLA 4K1IA 4XE9A 4CPZA 4KS1A 4FJ6A 4WA3A 2DUOA 2P34A 3BOPA 4YG3A 1SLLA 4K1KA 1S0CA 1QNYA 1N47A 1RINA 4B7NA 1W0OA 1IS6A 2ZHLA 4I00A 4JCKA 1DIMA 3OYWB 1IVGA 1C1FA 3RRDA 5H9PA 4MWJA 3ATGA 3RS6A 2VXRA 2DVAA 1W6OB 4YG6A 2D43A 2C4AA 1IVFA 5GZEA 5DUWA 1A4GA 4XJZA 1SLBA 3ZXFA 1V3DA 1BJQA 1N1VA 3A71A 3PMEA 2P3JA 2EF6A 4X6KA 1AX0A 4K1HA 2D7FA 1GKBA 3H73A 1NCDN 2DYCA 5JOZA 3ALWA 2QWDA 5AVAA 4M4VA 4Y22B 3AZYA 2D6MA 2UWAA 3GVKA 1IKQA 3AP5A 2PHWA 5EWSA 3ZYRA 3WHTA 6NN9A 4LBNA 1V3EA 4Q6KA 1NSDA 1NCCN 3OGGA 1W6QB 4GZQA 3OY8A 1QOTA 5FREA 1JBCA 1W1XA 3ZVXA 1LHUA 4D8SA 2W5NA 2GMPA 3I8TA 4QN5A 1IS3A 2Z42A 2NZ9A 3CL0A 3N3HA 3N7LA 1MR5A 4XHXA 3DGTA 2F27A 1I1EA 3KM5A 1S0JA 2GNMA 1EUSA 2DUQA 2ARBA 4AWDA 5SV8A 2VW0A 4FOVA 4NOTA 2NN8A 1F8CA 1HQLA 3VKOA 5GZDA 4D69A 2A71A 4CPYA 2QWJA 3PJQA 1JN2P 5CB7A 4MWQA 1IVCA 1LOGA 1GSLA 1LOFC 3R4UA 1AXKA 1ZM1A 1Z4VA 4Q2FA 3TI4A 2D6KA 4WEFA 3O5SA 3BTAA 4ATFA 1G9AA 1V6OA 4XIOA 1GZWB 1V0ZA 3FLTA 5KXBA 4P9YA 3AXDA 5DZEA 4P14A 2ZABA 2NMOA 2W52A 3AJZA 2E7TA 1ULDA 2YA4A 2QWAA 4HZYA 2F12A 1USRA 5B2CA 2V73A 4ATEA 3ENRA 3ZYPA 2ZA9A 4CPLA 1ONAA 1NNCA 3AYDA 4YZ2A 4AGVA 3POWA 1SNTA 4Y26A 1JOJA 1B9TA 1AXZA 2F25A 2DU1A 1S0DA 4Y20B 1E8VA 3B00A 1LHOA 3MW4A 4P9XA 4YLZA 4M00A 5T52A 4Y24A 1AJOA 5T54A 3W09A 2YXSA 1AX1A 3WCRA 1QDOA 1NLSA 3M2MA 2QWCA 5HUMA 2ZGUA 3B69A 2FMDA 2B7YA 1INGA 2DTYA 1ENQA 4BBWA 3VKNA 3H71A 3FLRA 1Y7BA 2SILA 4KS2A 4UW3A 1CN1A 2W20A 2ZHKA 1LOCA 4XOGA 4HANA 4QN6A 4FPJA 1WLCA 1S0FA 1MACA 1W6NB 3D6EA 2DU0A 3IPVB 4GZPA 2F13A 4XXAA 1GANA 4Y1UA 4FPFA 2YA5A 1EPWA 4M4UA 2JE7A 1IVDA 2D3PA 2FHRA 4MWXA 2EALA 2G4IA 4HIZA 3CNAA 4YW3A 1QF3A 3AP7A 5HCFA 1SBFA 3SH4A 1FX5A 1J1TA 4FPLA 3DUIA 2AENA 2HTRA 4BM8A 2HT8A 1V6KA 3T2TA 1YRZA 2BF6A 5DXDA 1UMZA 4PBOA 2R1BA 5L73A 4GZOA 4MJUA 1VCUA 2QWEA 3LSDA 3QLQA 4YW2A 4H53A 1ULFA 1QKQA 1FATA 2CL2A 3V64A 1DBNA 3OBTA 4FPEA 2A75A 3IM0A 3TIAA 3MW3A 1F5FA 2F10A 4XJUA 1VALA 1FV2A 2AREA 3GNEA 4Y1XA 3TAYA 1CQ9A 2SBAA 2JE9A 1B9VA 4CZSA 3TIBA 1WW7A 1LTEA 1Q8OA 3JU4A 1DLLA 1LHNA 4TYSA 3CKZA 1I3HA 1G8WA 1PZ9A 3WG4A 3AZVA 4DPNA 4C1XA 3AP6A 2W08A 3PVNA 5B2DA 1KRIA 4DS0A 4Q26A 2VVZA 2RHPA 4R9DA 1Q8QA 3AP9A 3WG2A 2YDPA 3AXEA 2DVDA 1URXA 3ASIA 4LBKA 2OUJA 3V0BA 2F28A 1W6MB 2PHXA 1LECA 4XBLA 1V0EA 4GEZA 1W6PA 1JUIA 1QNWA 5JYYA 4CPMA 2ZMLA 4QN3A 1Z4YA 1MS1A 1DFQA 1VIWB 1IS4A 4BQ1A 4MC7A 1V6NA 1QGLA 3OPZA 4M3CA 2F26A 1IKPA 2ZHMA 3T1LA 1A78A 1ENSA 2R49A 1S1AA 2LALA 2B8HA 4K3YA 3WDVA 2HTVA 3N7KA 1MS3A 5LK5A 3M3EA 2GNDA 3M3CA 2JJ6A 1A3KA 2QWBA 5HCBA 2ZBJA 3V0AA 2OW4A 3SH5A 5JOXA 5T50A 1UL9A 4YZ4A 1GLHA 1WLDA 2ZMKA 1QMJA 1FNYA 4K20A 1AXYA 1GV9A 1IS5A 4XIKA 1JXNA 5GLWA 3N7MA 1NSCA 1WW6A 2R0HA 2BQPA 4PF5A 4JC1A 3K3AA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4I30A 3D0SA 4IE6A 4A2UA 4ZHNA 5DZFA 4YY8A 1Q8SA 4RR3C 4XFFA 4XBQA 3ZFGB 1BK0A 1VP6A 2VAUA 4NIGA 1W20A 1SQ4A 3SNMA 5CEHA 4UFJA 4GDJA 1XYOA 1VE0A 5CKMA 5F6KA 2F0ZA 4NC5A 1F8EA 2VPJA 4JDOA 4AI8A 1ZNPA 3WQ1A 2KD7A 4GD4A 1OD3A 5KC6A 2QE8A 5LRSA 1RVF3 3N9LA 1JUHA 2KM2A 4XQWA 1D4M2 1Z7S2 5M1ZA 3GGLA 3FZ3A 3H6JA 4N53B 1N1TA 1BBT1 4MLOA 1UX7A 5D9CA 3LIGA 1XB9A 3GBWA 4FVVA 4QMAA 2W47A 2Y6LA 5T5PA 2PQQA 2NQYA 4GNCA 1KJLA 1W0PA 4COUA 5L9VA 1QJY3 4TTGA 2PXJA 3LB9A 5FZGA 1UX6A 2FZ1A 2GN7A 3HBKA 5F39A 1QXJA 3SCFA 4J1XA 1IVBA 3H0OA 1GQHA 5BNOC 1XE0A 2RM21 1OT5A 2LUWA 2YZ4A 3A7QA 4LEJA 1UYYA 4XUTA 2ET7A 3CO2A 1G9FA 2PHUA 3MBWA 3ZYFA 4CEWA 2VUAA 1GZCA 3HNMA 4QX3A 4AR2A 2JDAA 3OD4A 4ASLA 5EIYB 1VRH2 1X50A 4YZ1A 4KWKA 1PO13 1NY72 4X4AA 1TME3 3LDKA 3ZSLA 1F4AA 3T1MA 4UAPA 1LEMA 4LXLA 4Q4V1 3VKFC 2OVUA 5GALA 2ZGTA 4F7ZA 1FAYA 3IIAA 3RNSA 5J48A 5A6XA 1RUF3 1W9SA 1XU2A 3JB4C 2Q8OA 2BV4A 1FXZA 1LENA 1W28A 1OKQA 2CGNA 5LBCA 3WDTA 3WW1A 2RS52 5FLHA 4MWRA 3BYCA 1NA1C 2XGXA 1WA6X 3W58A 1CWPA 1UY1A 4WVVA 3FHAA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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