4XIOA

Crystal structure of apo nanb sialidase from streptococcus pneumoniae at ph 8.0 with mpd as the cryoprotectant
Total Genus 194
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
194
sequence length
658
structure length
658
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYGIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title `The Hunt for Serendipitous Allosteric Sites: Discovery of a novel allosteric inhibitor of the bacterial sialidase NanB
rcsb
molecule keywords Sialidase B
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae tigr4
total genus 194
structure length 658
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2015-01-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4xioA03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4xioA01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4xioA02
3ZYPA 1LU2A 4FZHA 2VK6A 2ES3A 4MWWA 1W6MB 1MZ5A 4BLIA 4GJTA 2ZGRA 2CYFA 4J9TA 4YM2A 1UL9A 3B69A 4KBBA 3ASIA 1LHUA 4XJ8A 4SLIA 1Z4WA 2ZABA 4FPGA 2A7AA 4P14A 4U36A 1ZM1A 5DZFA 1BKZA 1UZYA 2W52A 5HUMA 1IKPA 3IPVB 5LK5A 5M1ZA 3WG1A 4GZPA 4X4AA 1QKQA 3ZXLA 5DXDA 4YW4A 1WLCA 3TAYA 4GDIA 1INVA 3IKWA 1WUVA 4FPEA 2DTYA 4LBJA 2ERFA 2ZHLA 3WDTA 2V5YA 1AZDA 1XOEA 3CKZA 3AXEA 4Q1RA 5T5JA 1AXZA 2R49A 1GZWA 3OBRA 1WLWA 3AX4A 3WUDA 2AYHA 4FOQA 1CN1A 1W6PB 4XMIA 4JCKA 2W68A 5DZEA 1INWA 1L7FA 2E51A 4TYSA 1MVQA 1NCDN 1G9DA 3SILA 4KS4A 1UAIA 1HDKA 3MPPG 2SILA 2PHUA 1LOFA 1S0FA 3FUOA 1S1AA 1Q8PA 3N7LA 1S0JA 4DPNA 4K3YA 2JD4A 1VLNA 1F8CA 1QGLA 2SBAA 1FV2A 4GKXA 4CPYA 2WNEA 2BF6A 3B01A 4MWQA 1UMZA 4YZ5A 3DUIA 4CPZA 1INXA 5DUXA 1NNCA 3ZPYA 1LOCA 1Q56A 1IVCA 4QNPA 4NOTA 5KXCA 4ATEA 5B2DA 1CIWA 1W8NA 1HQWA 1LOGA 1W6OA 5GZFA 4YW1A 2GNBA 4GZQA 5HCBA 3FUQA 1N1VA 1MZ6A 1GSLA 1G9CA 4PQ9A 4Y26A 3U4XA 3D12A 4FPCA 1O4ZA 1AX2A 3NV4A 2DU0A 3ZXFA 1U0AA 1INYA 2WSUA 1PZ7A 3WLUA 1N1TA 2E7QA 2HTUA 1VAVA 2VK7A 4DS0A 4M4NA 2SIMA 4FVKA 3AJYA 1DQ4A 5EXOA 1VALA 4DFSA 2VW2A 3WUCA 1E8TA 1A14N 3RRDA 2A6XA 3M3EA 1FYUA 3N7MA 1ONAA 1C57A 1J1TA 1LENA 5EYXA 4BLJA 1DIWA 4QN3A 3OY8B 4YZ1A 4GZSA 2OVUA 1SLAA 1QU0A 2GN3A 2DVDA 1QOSA 4XXPA 3LCPA 3TI5A 3I4IA 2VK5A 2QWEA 2HTVA 2D3SA 2ZGOA 4DQAA 2D3PA 2NP0A 3SH4A 3B9CA 4AWDA 1V6MA 2JE7A 1ENQA 2VU9A 1DGLA 4P9XA 5E88A 1LGBA 4JC1A 3SALA 1IOAA 1KITA 2A3YA 1H30A 2D7FA 3AP4A 4UF7A 2CWMA 5EYYA 2EXIA 3WVJA 2DYCA 4K1KA 2D6PA 1GICA 2G4IA 4YG0A 3H0OA 2R16A 3SH5A 1DQ1A 3NV2A 3V0AB 4LBQA 4DGRA 1LESA 3VUOA 4K1HA 1RITA 4GZXA 1WW4A 1CESA 1AX0A 1V6KA 1DQ5A 3W58A 3WG3A 3POWA 1JXNA 2AUYA 1SLIA 2H0BA 1EUTA 1S0IA 2P3JA 3N36A 5FRAA 1UPSA 3M2MA 2ZGPA 2C9AA 2OW4A 1JBCA 5BYNA 1S0GA 3A72A 1AJOA 4GALA 2F27A 4XTMA 2CWSA 2YA7A 2YY1A 1AVBA 4OZXA 3AXDA 3AZZA 2ENRA 2NN8A 3RMYA 1EPWA 1V6OA 4MZAA 1NSDA 1BZWA 1QMJA 2UU8A 3H73A 4MWXA 1LHNA 4FOYA 1LULA 1A8DA 1S0CA 3AZVA 1QF3A 4M3CE 1ENRA 3FFZA 1GZ9A 1SLTA 3H71A 1MS3A 3APBA 1GZWB 1IKQA 2HU4A 2YA4A 2RKCA 3GNEA 3PVNA 3KM5A 4WA4A 4CPMA 4KS5A 7NN9A 1I3HA 2VW1A 2ZGUA 3NV1A 1V2IA 1GLHA 1H9WA 1N47A 3B3QE 4FPKA 4FPFA 1S0DA 5JOXA 1INGA 3T1EA 1LJ7A 4AVTA 2ZB6A 3SITA 3UJOA 4ITCA 4B7JA 2DVBA 3OY8A 2LALA 1W6OB 2DV9A 4DRRA 4FQZA 2XZKA 4FPOB 4Z8BA 2DWRA 1C4RA 4HZWA 1QNYA 4YZ2A 1BJIA 2QWBA 2YMZA 2OUJA 5KXBA 1DQ6A 1H9PA 4YG3A 2YA6A 3D4KA 4XBNA 4Y1VA 3SANA 5T5LA 3H72A 1QNWA 5GJ6A 2YZ4A 5JOZA 1IS5A 4KS2A 1YRZA 1UKGA 5T5OA 2HYKA 4HZYA 3TI6A 2QWFA 2PHFA 1W0OA 1WD3A 1F8EA 2ZHMA 2ARBA 1A3KA 4Y20B 1XQNA 2EIGA 1JOJA 3M3QA 1IS4A 3A0KA 1MACA 1NSBA 3WCSA 3CNAA 4PBOA 1W6QB 2ZGQA 4R9AA 4XHBA 2QWJA 2ZBJA 3BODA 2HU0A 2NZ9A 3ENRA 5CA6A 4XHXA 3UJQA 1WCSA 4XJRA 4FP3A 1VCUA 5T50A 3AZXA 1R1ZA 3LSDA 4D8SA 1W20A 5H9PA 1FATA 3ZXJA 2KM2A 4FP2A 1LHWA 2F26A 4GA9A 2W39A 3W09A 4K20A 4YZ4A 5AVAA 1PZ9A 4XMAA 2GNDA 3GALA 5L73A 2DU1A 4XJWA 3K39A 1QDOA 2ZMNA 3TB0A 3LSEA 1VIWB 2QWKA 3INAA 5GM0A 3AP5A 4LBQB 5GLVA 1BJQA 5IK7A 4PF5A 1WW7A 1XOGA 3VV1A 3V65A 1OKQA 4Q8LA 4XZPA 3R4UA 4QN7A 1X50A 3JUUA 2CY6A 1Z0HA 3WHUA 2B8HA 2R0HA 3IN9A 3WZ1A 1CQ9A 3TICA 4BMEA 2EF6A 2NYYA 1DHKB 1INHA 5JDBA 1WLDA 4XJZA 3W59A 4JF7A 4MWJA 2W5NA 4B7MA 3UL2A 2D3RA 3O9JA 1FX5A 5T55A 2BATA 2D6KA 1Z50A 1NCCN 3V0BA 3ZSJA 2DUOA 3N3HA 3RQ0A 3FLPA 4H52A 2D44A 3N35A 2VWDA 1WBLA 4WVWA 3M1HA 2E6VA 2ZGLA 2BERA 2F29A 2HT8A 4Y22B 1UX6A 1SLLA 2PHTA 3K37A 4L8QA 2LTNA 2A71A 1IVGA 2HTRA 4BPZA 2C4LA 1V6NA 4HL0A 3AZYA 3O5SA 2ZHKA 1ULEA 1MS9A 2W38A 3WNXA 3AYCA 2F13A 4CTEA 2HT7A 1JYCA 1VAMA 4WEFA 1LOAA 4GKYA 1MS4A 3N7JA 1IVBA 5H9SA 3SNMA 4MWVA 2F0ZA 5JVVA 3SH3A 2AEPA 4YW2A 2QWGA 3AYDA 4M01A 2D6MA 2DURA 1C1LA 1NNBA 4MZEA 1PZ8A 1DQ2A 1DBNA 1USRA 1G9BA 4DRVA 4Y20A 1CVNA 2A3WA 3PJQA 2JECA 5JMCA 1V3BA 1DZQA 5SV8A 5CB7A 1W6QA 1Z4YA 3JU4A 3FLRA 4C1WA 1KJLA 3HN1A 1N3PA 1NSCA 1V3CA 3K36A 1YIFA 4XTPA 2YROA 2E7TA 2VH9A 1ULCA 2F28A 2HTQA 3R05A 3R4SA 1EURA 4XJQA 2HTYA 4M3MA 3ILFA 1MR5A 4H55A 2HTWA 4XYXA 1MS5A 4XBQA 2AREA 2P34A 1SCSA 2ZKNA 1MWEA 4LBNA 1V00A 2CTVA 5JOYA 1LOEA 2YA5A 4K1YA 1AF9A 1IVDA 4I30A 2FHRA 1F5FA 4WZFA 4YGDA 2ZACA 4XJAA 2VVZA 4JRAA 1Q8SA 5EWSA 4PCRA 2BQPA 2JJ6A 2DVAA 3ZVXA 4K1ZA 1KQRA 3C2UA 2X9MA 2ZA9A 3A4UA 3AK0A 3I8TA 1BQPA 1LEMA 5F9TA 1LGNA 2AH2A 1G86A 3M3OA 4UW3A 2B7YA 2WJSA 1DYPA 4GZOA 6NN9A 2UWCA 2WT2A 2DUPA 2WT1A 3ATGA 1F9KA 2GMPA 4X47A 1Q8QA 1G8WA 5HCFA 1WBFA 1S0EA 4YW3A 3SLIA 2F10A 1GKBA 2XG3A 4M4UA 2FMDA 4P9WA 1LOBA 1GBGA 3TI4A 1D0HA 1LODA 3NV3A 1Z4VA 5B2CA 2R1DA 4AYUA 2A5ZA 1SLBA 4Y22A 4YM0A 4MWRA 3NSSA 2ARXA 4Q1PA 1B9VA 1Y7BA 2UURA 4FOWA 3OGGA 5NN9A 3VKFC 2DTWA 1C1FA 2P3KA 1Z78A 2YXSA 1N1YA 1AXKA 4XXAA 3WDYA 1NMAN 5DUWA 2A75A 3B00A 1JUIA 3OYWB 2P37A 4YGCA 4FPLA 3QLQA 5DZGA 1INFA 1RINA 4LBOA 1CJPA 1W21A 4XDQA 3AYAA 4RL7A 1BXHA 3OJBA 3V0BB 4PBPA 4MWUA 4Y1UA 1LHOA 2NMNA 2A6ZA 2C5DA 3MW3A 1NNAA 1QDCA 4HZZA 1FNZA 3GVLA 5GLTA 3O0WA 4XILA 2EXJA 4QN6A 5T52A 5E8AA 3NWKA 3O0XA 4MJVA 5HUGA 1F8BA 4Y24A 1NCAN 4XE9A 1A4GA 2XCYA 5IK4A 5JOWA 5IK5A 1LEDA 4GWMA 4AGRA 1GNZA 4UW6A 4LBLA 3POSA 3WDWA 3OBTA 4WA5A 3RMXA 3CL0A 1N3QA 4XOGA 1L7GA 1Z4ZA 2NMOA 4Y1ZA 2OUHA 4ISQA 2QWHA 4AGGA 3A0NA 1W8OA 2I2SA 4U2AA 4M3CB 4Q6KA 3NN9A 1LHVA 1NXD1 3L2YA 4CPLA 1KDMA 4FJ6A 4HZXA 3ZSLA 1OFSA 2F12A 3FLTA 1G9FA 5IUQA 1LU1A 5GZEA 2ZMKA 2GMMA 3AFKA 2WKKA 4MYEA 2ZGNA 5HUKA 3WHTA 4M4VA 2ZGTA 4CZSA 3WG2A 2RHPA 4K21A 1Q8OA 1B9TA 5HUNA 3ZYRA 2ZGKA 4B7RA 2VW0A 4FPYA 1NN2A 1AX1A 2WQZC 2YV8A 1I1EA 4YGBA 4GDJA 1QOTA 2GALA 2P3IA 4NO4A 2D6NA 2CL2A 2A6VA 5GLZA 1WD4A 4MJUA 1B9SA 2XZIA 1LOFC 1GYKA 1S0BA 2ZGMA 5JLVA 1CPNA 1Z4XA 5IT6A 5GALA 4Q2FA 1E8UA 4C1XA 1SBFA 2ZB5A 1IVFA 4WA3A 1UN1A 3O12A 2W20A 1ULDA 4I00A 2YA8A 4R9CA 3K38A 1NMCA 3OYWA 3T2TA 2TEPA 4X6KA 2D43A 2SLIA 3IM0A 4FOVA 4XJUA 3BEQA 4UW5A 4NCSA 5FREA 3WDUA 3T1MA 1DILA 4TZDA 3PVOA 3VKOA 3RS6A 1KDKA 1SFYA 2D6LX 3B7EA 2W08A 4KS3A 4MX0A 2PHRA 2ZHNA 1B09A 1KRIA 3MEPA 5CNAA 3H6JA 4BBWA 3K3AA 3GVJA 2Q5TA 4B7NA 1D2SA 2XZJA 4BM8A 1LECA 1NLSA 4ISRA 1WW6A 1W6NA 1LCLA 1VCJA 1YXWA 3WCRA 4FPHA 3PVEA 2AENA 4UW4A 2QWDA 4WEGA 4XBLA 1AXYA 1F31A 4R9BA 4GWNA 2VSKA 3BTAA 4AVSA 1F8DA 2PHWA 1SCRA 1GV9A 3D5OA 1UZZA 3ZSKA 4MWYA 2ZAAA 3TI8A 2VXRA 1HQLA 2DUQA 4M3CA 4FPJA 4M3CF 3VKMA 4NN9A 1V6IA 3O9KA 1SO7A 1WW5A 4YW5A 2A6YA 5KXEA 5HX0A 1ULFA 1GZCA 1DIMA 4BMBA 3ILNA 4GZTA 2XB6C 3ALWA 4MWLA 4Y1YA 4XJ9A 1QOOA 1MS1A 2QWAA 1ZA4A 1NMBN 1V0ZA 2PHXA 4BQ1A 1W1XA 2QWCA 2GDFA 3MW2A 4YGEA 1DFQA 2A6WA 2WT0A 2GN7A 3HR9A 4F83A 1DLLA 3V64A 4LBQD 5F5QA 1CONA 1JN2P 1JW6A 4H53A 4YZ3A 1W6MA 3A71A 1URXA 5GZCA 3AP7A 4XIKA 5GLUA 3AJZA 1CR7A 4YM1A 2C4AA 2JE9A 3JU9A 1YI7A 3Q9OA 5GLWA 3WG4A 3SISA 1SNTA 3KQRA 4ATFA 3QCWA 2EXKA 1MS8A 4YFWA 4GEZA 1YO8A 2VY0A 3VKLA 4Q26A 1SBEA 3UK9A 1W0PA 3BOPA 3IPVA 1FNYA 5GZDA 3TIAA 3M3CA 2A3XA 4R9DA 3WDXA 1GANA 3USUB 3MW4A 1IS3A 1SACA 2WSVA 1MVEA 2DVFA 3ZXEA 5IK8A 2R0FA 2AGSA 1JYIA 3INBA 2F25A 4Y1XA 1OQ1A 4Q27A 4WV8A 4YG6A 2D6OX 1V3DA 1N1SA 1JHNA 1MS0A 1V6JA 2CNAA 3O0VA 2R1BA 1W6PA 4B7QA 1HLCA 3OPZA 1FV3A 3ZSMA 1V0EA 4HANA 1BYHA 3RG0A 5DG2A 4YFZA 4W65A 2AR6A 1V6LA 1CPMA 2YDPA 1EUSA 5H9RA 1LTEA 2EXHA 2PELA 2CMLA 3AP9A 1KJRA 1RIRA 5JYYA 3AYEA 2HT5A 3T1LA 2GNTA 5H9QA 4ZKTB 2GMEA 3AP6A 2UWBA 2UWAA 1L7HA 3TIBA 4LBMA 4Q8KA 4AVVA 4HIZA 3D6EA 2DVGA 2V73A 2GNMA 3WDVA 3ZXKA 4K1JA 2ZGSA 1LGCA 3GVKA 2EALA 3CYEA 5E89A 4GZWA 3WOGA 5KXDA 4ASMB 3D11A 1IS6A 4MC7A 4P9YA 1HKDA 1DYKA 4LBKA 4GB1A 4CPNA 2P2KA 1Q8VA 3FBYA 1G7YA 4HZVA 2NM1A 2F24A 4AGVA 4X49A 1NCBN 1WCQA 2E53A 3CL2A 1IVEA 1V0FA 5CAZA 1W6NB 4CRQA 5T54A 3DGTA 4WVVA 1A78A 5CBLA 4BOWA 2JDZA 2BZDA 4YM3A 3AZWA 2JKBA 5DG1A 2VUAA 3VKNA 1GNHA 2YDTA 4IQPA 1N3OA 3IMNA 3POYA 3ALXA 4ZXKA 3HMYA 4QN4A 4GXLA 1V3EA 2W5OA 1ULGA 3TI3A 5DUUA 2ZZJA 1APNA 4KS1A 2EAKA 2Z42A 2AEQA 3PMEA 4M00A 1SBDA 4FQ4A 4FVVA 4QN5A 5GZGA 1E8VA 1EUUA 2QWIA 3ILRA 2WLQA 1G9AA 1AJKA 2A70A 4D69A 4CPOA 1O4YA 5DUVA 1DQ0A 3N7KA 4YLZA 1USXA 5T5PA 1A4QA 2ZMLA 3BIWE 3USUA 3RSJA 2VSMA 4RA0A 5HCAA 1FAYA 4K1IA 2F11A 1YYNA 4NC5A 4XIOA 1ENSA 1SLCA 1TEIA 3WV6A 3V0AA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1ZZBA 2UY9A 2B4KA 4C8DA 3ZFFA 4LQRA 1NG0A 1ZRIA 2R32A 4QX0A 4AXOA 3I2GA 3ZYPA 1RUD3 3U0ZA 1HJGA 1LU2A 4O9GA 4FZHA 4IFNX 2VK6A 2IXJA 1PK6B 1WLTA 2ES3A 2IXHA 4QX1A 4MWWA 5FNUA 1W6MB 4EN0A 2D97A 3BYWA 1MZ5A 3MIGA 2B39A 4MGZE 4QPGB 2VXJA 4Y4YA 3FWEA 4BLIA 4R4ZA 3PL0A 4HK9A 5I0SA 4GJTA 4LIVA 2HBUA 2YDEA 1PVC1 2ZGRA 4BYYA 1J84A 1C8NA 1RGSA 3I2HA 3MZHA 3L2HA 1XJAA 2CYFA 4TXWA 4J9TA 4YM2A 1UL9A 3B69A 4KBBA 3NNMA 2QDNA 3ASIA 4H2AA 5K0UC 5FMBA 1LHUA 4XJ8A 3U14A 4SLIA 1Z4WA 2DFCA 2ZABA 1HRV1 4FPGA 2JDNA 1RVF1 5A7QA 1JZ3A 1ZBE2 3LE0A 3I2KA 2A7AA 1FOD3 2ARAA 2W1SA 4P14A 4U36A 3RWKX 3PUQA 1ZM1A 2JD9A 5DZFA 1BKZA 1JYWA 1UZYA 4ZLRA 4QQOA 2BP6A 1QJU3 2GP3A 5A6YA 4NIDA 3B93A 4L7DA 3S5AA 4NCSA 4IV1C 3HLIA 3I2OA 3NAPA 2W52A 4LKFA 1N7DA 5FZOA 5HUMA 1RUG2 1IKPA 2DYHA 3IPVB 5BNNA 2W1WA 4JGZC 1YI9A 5LK5A 3WG1A 1AR62 4GZPA 4N9IA 4X4AA 5J1XA 5M1ZA 1JZ7A 1QKQA 3ZXLA 1UQXA 3KZ4C 4O5TA 1YFXA 5DXDA 4YW4A 3EB7A 1WLCA 3TAYA 2XBO1 2W0XA 4GDIA 3PURA 1BBT1 5FZ0A 5FP8A 5JPNB 4XF0A 3GJAA 3Q8BA 4Z82A 5DPNA 3IKWA 4CSWA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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