4XIOA

Crystal structure of apo nanb sialidase from streptococcus pneumoniae at ph 8.0 with mpd as the cryoprotectant
Total Genus 194
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
194
sequence length
658
structure length
658
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYGIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title `The Hunt for Serendipitous Allosteric Sites: Discovery of a novel allosteric inhibitor of the bacterial sialidase NanB
rcsb
molecule keywords Sialidase B
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae tigr4
total genus 194
structure length 658
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2015-01-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4xioA03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4xioA01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4xioA02
1S0CA 4GWMA 2PHRA 1SNTA 4FOQA 1DIWA 2ZKNA 2P2KA 1QOOA 1UZZA 1NNCA 3CKZA 3SH3A 1LULA 4MC7A 4FPOB 3AP4A 4K1YA 3FUQA 5L73A 4GZTA 2YMZA 1SLTA 3ILNA 5JMCA 3H0OA 4Q8LA 4WA5A 1NCCN 4PBOA 1HQLA 1SCRA 2A5ZA 2V5YA 4X49A 3LSEA 4XJRA 2ZGRA 1I1EA 4CRQA 4D8SA 5JYYA 2WQZC 2QWAA 2D43A 3AP9A 4ATEA 2HT7A 4XJWA 3ASIA 3PMEA 1F31A 3GNEA 1BJQA 2QWDA 4KS3A 4GKYA 2ARXA 2GMEA 1GZWB 3SLIA 4FPGA 1CJPA 3SALA 3N7MA 1O4ZA 1DIMA 1QKQA 3N36A 3SISA 5SV8A 3O9JA 1WW6A 4MWVA 3BODA 3IKWA 4M3CB 4HIZA 1SBEA 3M3QA 1WD3A 4YGDA 2YXSA 3WVJA 3UJOA 2JDZA 4HANA 1S0FA 4GZPA 3TI6A 3SILA 3GVLA 1G9FA 1DLLA 2F26A 4FPEA 4FVKA 1SCSA 1F9KA 4U2AA 4LBNA 2F12A 1UN1A 2H0BA 1EUTA 4UW6A 1CQ9A 4Y1ZA 3VKLA 1LESA 1SLCA 1IS6A 2AYHA 1A3KA 2UWAA 3DUIA 2F28A 3MW4A 4TZDA 2GNMA 4AVTA 4MWLA 2ZBJA 1LOGA 2EXIA 6NN9A 2I2SA 3B00A 1Q8PA 3RG0A 1XOEA 4XBLA 4FP3A 1D0HA 3TAYA 1JYIA 2EAKA 4B7JA 4GALA 2F29A 2P3JA 4RL7A 2R49A 5GZGA 4K1ZA 4GZQA 1W1XA 4WEFA 2FMDA 1V3BA 3ZVXA 4KS5A 1AJKA 5BYNA 1MS4A 3FUOA 1LOCA 1ENSA 3BIWE 3DGTA 4FJ6A 3AZYA 4K21A 4Y1XA 4D69A 1GLHA 1WLCA 3AZVA 4XXPA 2QWIA 4XJAA 1OQ1A 4YW2A 4L8QA 2VH9A 2ZHKA 3CNAA 1NCDN 2D44A 4FZHA 1ZM1A 3B9CA 2CMLA 3ZXKA 2XB6C 5GLZA 4ZXKA 4QN3A 2ZB6A 1AX2A 5T55A 5GZCA 3NV2A 3V0BB 4AGVA 1V0FA 1G7YA 3OY8A 1FV2A 1WW5A 3WHTA 1F8DA 1H30A 1LJ7A 3ENRA 4WZFA 4Q2FA 3AJZA 2B8HA 3OYWB 2D6MA 1APNA 1G9BA 1VLNA 1NLSA 2GMPA 2V73A 2DVDA 1DQ4A 5FRAA 3D11A 3V65A 2VU9A 1UAIA 1IVCA 1IS4A 2E6VA 1FAYA 3A72A 3A71A 1GICA 2DU0A 1W0PA 2RHPA 4R9AA 3VKOA 1N1YA 4NN9A 1H9WA 4YW3A 2P37A 2E51A 5F5QA 1AXZA 1MS3A 4BM8A 5T5PA 1IVEA 1JOJA 2DU1A 3D4KA 2F27A 4YM0A 2OUHA 4GZXA 1MZ6A 4YLZA 4GZOA 3O0VA 2ZGTA 5IK8A 3L2YA 1GANA 4CTEA 1JYCA 1DILA 3AZXA 2HU0A 1INWA 4YZ1A 3APBA 3UJQA 2NMOA 2OUJA 1USRA 4NO4A 4LBOA 1UZYA 4AYUA 2EIGA 3CL2A 4UW4A 3RQ0A 2VW1A 2XZJA 3AYCA 2CY6A 3ZYRA 1YI7A 4Q27A 5IUQA 5H9SA 4Y22B 1FNZA 5GLUA 5IT6A 1S0GA 3TB0A 2A6WA 3V0AA 2YDPA 3K38A 1N3QA 3V64A 1QOSA 4XTPA 2QWBA 4DPNA 3UK9A 3R4UA 1BYHA 4MZEA 2ZGSA 1FV3A 2W20A 4CPMA 3O12A 1LHOA 2YZ4A 1B9VA 4AVSA 4MWUA 1Q56A 1QOTA 5GJ6A 1U0AA 1UL9A 1E8VA 2XZIA 4BBWA 1D2SA 5JOZA 5HUKA 4K3YA 4JRAA 2R1DA 2VW0A 3AP6A 5DXDA 4Z8BA 3H73A 1BXHA 4GDIA 4C1WA 1IVFA 3VUOA 2HT5A 1QGLA 1LHVA 4FPCA 1N3OA 4LBQA 4M4VA 3WDXA 4SLIA 3SH5A 1LENA 2F13A 3B3QE 3ILRA 1SLIA 2JJ6A 1W6OA 4XJQA 2ZGQA 1G8WA 3AZZA 5HUNA 4MWWA 1B9TA 4Y24A 1H9PA 4YFZA 2AREA 1GZCA 4IQPA 4JC1A 4Y20A 4QNPA 1YXWA 4FVVA 3A0KA 4GKXA 4FQZA 1Q8QA 5EWSA 5T52A 2CWMA 1V6OA 1QMJA 2D3RA 1ONAA 2KM2A 2ZGNA 3RMYA 3TI3A 4Y1VA 2DVBA 2LTNA 1WCSA 4LBMA 4R9DA 2QWFA 4CPYA 1ENQA 2D6NA 4YZ3A 2ZGKA 1G9CA 4KS2A 3WV6A 2PHXA 2D3PA 1W0OA 5DZGA 1LODA 3AXEA 1WD4A 4GEZA 1LOAA 3IN9A 1WBLA 2DUOA 4AWDA 2VY0A 2NP0A 4FOVA 2E53A 4ISQA 3IPVB 3B01A 2TEPA 3SNMA 1X50A 1S0IA 3SITA 4BPZA 2HTYA 1LOEA 1W6NA 1MS9A 3USUA 3OPZA 4DS0A 3KM5A 3NV1A 2C9AA 1L7FA 4FPYA 1SLBA 3SANA 2BERA 2DVFA 1HKDA 1LHUA 4ITCA 2QWGA 1JUIA 2SIMA 2NM1A 5EYXA 2QWEA 1INXA 1GZ9A 1LU1A 4XIKA 4F83A 4M4UA 1GNHA 2BQPA 1RIRA 2F10A 2ES3A 2E7TA 1EPWA 1W21A 1AVBA 1IKPA 4ZKTB 4HL0A 3N7JA 1KDMA 2HYKA 1V6LA 1XQNA 2ZA9A 5B2DA 4UF7A 1W6MA 1JBCA 2AEPA 1IVDA 3ZSMA 2UU8A 3ALXA 1CONA 3WG4A 4XJUA 2ENRA 4M4NA 3SH4A 4YW5A 1V6NA 5E88A 1ULFA 2JD4A 4FP2A 4YFWA 5DUVA 5HCBA 3QCWA 1V3DA 1YIFA 2W08A 1W6PB 4FPHA 3WZ1A 4J9TA 1WW7A 5CA6A 1CESA 2GMMA 2X9MA 3ZSJA 1EURA 4XE9A 1NMBN 1UKGA 4LBJA 5JOYA 3B7EA 2VSKA 1S0BA 3K36A 2AH2A 1JXNA 3WDWA 2ZABA 3WDTA 5T5JA 3TI4A 4HZZA 1MACA 3WOGA 1INVA 1GV9A 1FX5A 2ZACA 4MWRA 4DFSA 2HTUA 1NN2A 2UWBA 2CWSA 4YG0A 2UURA 3HR9A 3ALWA 1YRZA 1LGNA 2GDFA 3FLPA 4MWYA 1Z50A 2PHFA 4XJZA 4CPLA 1F8EA 1VAMA 1ULDA 2YY1A 3ZSKA 3JU9A 2VUAA 2F0ZA 1N1SA 2PHWA 1C1LA 1BJIA 4HZXA 2AR6A 1XOGA 1WCQA 4GA9A 1EUSA 1I3HA 2A7AA 4ATFA 1MVEA 2A6ZA 1L7GA 1SBFA 3IM0A 3HN1A 4M3CE 1W6QA 5GZEA 1VCJA 2YA8A 3POYA 4YM2A 4HZYA 4YW1A 5IK4A 1NSCA 1KITA 3O9KA 3AFKA 5CAZA 1KJRA 1CPMA 4FPLA 3AP5A 1ENRA 1CR7A 2DUQA 3O0WA 3AP7A 4FOYA 1N1VA 5H9QA 1PZ9A 3WG2A 1V0EA 1DGLA 3INAA 1QDOA 3HMYA 4K1JA 4Q26A 4LBLA 4K1IA 3ZXLA 2VW2A 2AUYA 4YM1A 2C5DA 4BMEA 4R9CA 4MWJA 1SO7A 2YA7A 4K20A 2HTRA 5GM0A 1CIWA 1V3CA 1B09A 4DQAA 2DTYA 3WCRA 1JW6A 4Y26A 5DUXA 3O5SA 4P9XA 3MW3A 5DG1A 4GJTA 1HQWA 3D6EA 2FHRA 3I8TA 1QDCA 3NSSA 5KXEA 4KS1A 4X47A 5EXOA 1DQ1A 1GSLA 2QWKA 3TIAA 2WSUA 3WUDA 3LCPA 3Q9OA 1UPSA 4MYEA 4DRVA 4CPOA 3N35A 3ZXFA 5E89A 5FREA 5HX0A 2W5NA 1W20A 2AGSA 2WJSA 2VSMA 4DRRA 2D6KA 4YZ5A 4I30A 1YO8A 2YROA 3OBRA 1IVBA 1V6IA 1R1ZA 3N7KA 1FNYA 5F9TA 2Q5TA 1PZ7A 2JE7A 1GNZA 5IK7A 2VK7A 2PHTA 3M3CA 2W5OA 1TEIA 3TIBA 2GN3A 3A0NA 3OY8B 1L7HA 1EUUA 1JHNA 3LSDA 2A70A 2NN8A 3M1HA 1NNBA 4XBQA 3WG3A 1MVQA 1S0JA 1ZA4A 1F5FA 2DTWA 3RRDA 2DVAA 1F8BA 4NC5A 1ULGA 2D3SA 3GALA 4Q1RA 2DURA 2R16A 2A6YA 2EXKA 1ULCA 1LEDA 1DYPA 1MR5A 2VVZA 1INYA 4I00A 1W8NA 3RSJA 4QN4A 4XOGA 1CVNA 1V6JA 1QNWA 3D12A 4AVVA 1NMCA 2G4IA 3W09A 2YDTA 3JU4A 4TYSA 4XBNA 5KXCA 5H9RA 5JVVA 4P9YA 4CPZA 3K39A 1LCLA 3MEPA 2HTVA 3AYEA 2P3IA 2CL2A 4WEGA 3POWA 4WA3A 2C4AA 1E8TA 1WUVA 2AENA 1GZWA 2C4LA 1DFQA 2A3WA 2R0HA 4NOTA 2ZGOA 4WV8A 3POSA 3H6JA 4ASMB 2ZZJA 2ERFA 2F11A 1DQ2A 5E8AA 4M3CA 2YA6A 2BZDA 4XILA 5LK5A 1V6KA 1QU0A 4GXLA 2WT0A 4P9WA 2UWCA 3K37A 4KS4A 1VAVA 4GDJA 5JLVA 1UX6A 3QLQA 1SFYA 5HCFA 4M00A 4M3MA 4BLJA 2YA4A 3R4SA 3WDYA 2HU4A 2CYFA 4WVWA 4XJ8A 3PVOA 1W8OA 2YV8A 1Z0HA 2NMNA 2GALA 2Z42A 3V0AB 3B69A 2SBAA 5IK5A 2XZKA 1BQPA 4WVVA 3AXDA 3FLRA 2DVGA 1LHWA 4H55A 4DGRA 1SBDA 2GN7A 3PVNA 3M2MA 3CL0A 1FYUA 3A4UA 1A8DA 1URXA 1AZDA 3WDVA 4LBKA 3RMXA 3I4IA 3GVKA 3OBTA 3ATGA 5HCAA 1HLCA 1CN1A 3NV4A 2QWHA 3WDUA 1GKBA 1IVGA 1OKQA 4RA0A 2OVUA 2GNBA 2A75A 4QN7A 2ZMLA 5GZDA 1LEMA 3MW2A 2NYYA 1IS5A 1FATA 4GB1A 1OFSA 1V0ZA 5B2CA 3AYAA 1INFA 1ULEA 1NCAN 4LBQB 1A14N 2ZMNA 3IMNA 5HUGA 3D5OA 4K1KA 1DQ0A 2ZGUA 3TI8A 1AXYA 1W6OB 1MS8A 3FBYA 2HTQA 2ZAAA 4XHXA 5CBLA 3NV3A 5T5LA 1KDKA 3M3EA 4UW3A 4Y20B 5GLWA 2A6XA 3R05A 2WLQA 3W58A 4MZAA 1C57A 4PF5A 3OJBA 1NCBN 1NMAN 2QWCA 3BEQA 2ZGPA 1Q8SA 2CNAA 4XIOA 1WBFA 4WA4A 4PCRA 5DZFA 2AEQA 2LALA 1BKZA 3VKFC 5DZEA 2ZGLA 2EF6A 4UW5A 1MS0A 3WNXA 3V0BA 4QN6A 3INBA 5DG2A 3N3HA 5M1ZA 1G9AA 1MWEA 5GLTA 4B7QA 1Z4XA 3NWKA 4HZVA 2DWRA 3OYWA 2SILA 3ZYPA 3UL2A 1HDKA 4XMAA 2QWJA 1DHKB 3TICA 2A6VA 4XDQA 2R0FA 2VXRA 4FPJA 5NN9A 3WUCA 4OZXA 4YW4A 3M3OA 1Q8VA 1W6NB 3USUB 2NZ9A 3PVEA 3TI5A 1Z4WA 2F25A 2BATA 2W68A 2E7QA 1KQRA 1O4YA 2W52A 2YA5A 5DUWA 4YGCA 3K3AA 4JCKA 4YGEA 1LECA 3NN9A 4LBQD 5KXBA 1WLWA 1RINA 2D7FA 1MZ5A 1USXA 1C1FA 1G9DA 5GZFA 1DBNA 4BQ1A 2F24A 4R9BA 5H9PA 4XTMA 1LGCA 3BTAA 3WCSA 1SLAA 4M3CF 4X6KA 4BLIA 2HT8A 4B7MA 1VIWB 1A4GA 2OW4A 1W6MB 1NNAA 1G86A 2ZHLA 1V00A 1AX0A 4XJ9A 1GBGA 1CPNA 3AZWA 2D6PA 4Y22A 1LTEA 1A78A 2XG3A 5JDBA 1DQ5A 5JOXA 3BOPA 3ZXEA 3AYDA 2JKBA 4XMIA 1INGA 1IOAA 3ILFA 4YZ2A 1VALA 2WT1A 1PZ8A 1UMZA 5AVAA 1WW4A 2VK5A 1LU2A 1MS1A 2ZGMA 1NSBA 7NN9A 3C2UA 4XHBA 4JF7A 2P3KA 4YG6A 4H52A 3JUUA 4CPNA 1QF3A 5GLVA 4XXAA 1N3PA 4P14A 4MWQA 1Z78A 1J1TA 1WLDA 4MWXA 2W38A 1Z4ZA 2SLIA 1DQ6A 4YM3A 1GYKA 4GZSA 2WSVA 4ISRA 5KXDA 4Q1PA 3FLTA 2D6OX 4QN5A 3T1LA 1SACA 1YYNA 4YGBA 1Q8OA 2GNTA 5CNAA 1LOFA 3T1MA 1KJLA 3U4XA 3CYEA 1INHA 2ZMKA 3WG1A 4PBPA 4AGRA 1V2IA 4FPKA 3KQRA 4PQ9A 1C4RA 4Q6KA 4FOWA 3GVJA 2P34A 3H72A 3AJYA 1V6MA 2WKKA 3W59A 2VK6A 3O0XA 5CB7A 1N47A 5EYYA 2DV9A 1NXD1 3MPPG 4U36A 1A4QA 1IKQA 4AGGA 2VWDA 3ZSLA 1S1AA 2RKCA 2GNDA 4FQ4A 4FPFA 2A71A 1W6QB 5T54A 4W65A 4MX0A 4Y1UA 1RITA 1QNYA 4Y1YA 5DUUA 2EXJA 4GZWA 1VCUA 2PHUA 1BZWA 2W39A 2CTVA 4GWNA 1AJOA 4C1XA 2B7YA 4CZSA 2D6LX 5T5OA 1NSDA 3VKNA 2HTWA 2EXHA 3IPVA 4HZWA 1DZQA 5GALA 4X4AA 2JE9A 2WT2A 4M01A 3RS6A 2DYCA 2A3XA 1JN2P 3H71A 1LOFC 2JECA 2A3YA 1LOBA 4KBBA 5T50A 1B9SA 3N7LA 2DUPA 3VV1A 1E8UA 2R1BA 1AX1A 3T2TA 4BOWA 3PJQA 3VKMA 1F8CA 4MJUA 3FFZA 3AK0A 1S0EA 2ARBA 3WLUA 1MS5A 1AXKA 2ZHNA 1Y7BA 2ZHMA 4XYXA 4YZ4A 3T1EA 2BF6A 4K1HA 3AX4A 1SLLA 4B7RA 4BMBA 1Z4YA 2ZB5A 1S0DA 1LHNA 2PELA 4Q8KA 3ZXJA 1KRIA 1DYKA 4H53A 4YG3A 4MJVA 1W6PA 4XZPA 3OGGA 5HUMA 1LGBA 1Z4VA 5JOWA 2XCYA 1AF9A 1N1TA 2WNEA 4B7NA 3WHUA 1V3EA 3ZPYA 4NCSA 2EALA 1IS3A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4IFLX 1S0CA 2LW8A 3VBOC 4GWMA 2PHRA 5FOJB 1SNTA 1VAKA 1HN1A 3POEA 3BB6A 1MQTC 3L9JT 1W8FA 2WN3A 4QXHA 4CDWB 4FOQA 2HJIA 1DIWA 2WOZA 2ZKNA 1DG6A 3GZTB 3SCFA 2P2KA 3V56A 1QOOA 2UY9A 2BFUS 4N8MA 1V04A 5IFTA 3J7NA 3FW0A 2XL7A 2I45A 1GOGA 1UZZA 2QZ3A 2VCBA 2ZAHA 3IWZA 2D97A 1QJX3 1W9TA 5KHHA 5JI7A 4B4RA 1CVMA 5KC5A 3E5QA 4P5HA 5FUPA 4GN8A 4CH9A 1S2BA 1NNCA 3SILA 3MI8A 3CKZA 4ORFA 3HT1A 4QPWA 3SH3A 1LULA 4MC7A 3PUAA 4FPOB 4JGYC 4UFJA 3SCGA 4CDXB 3AP4A 1UWWA 2ZW9A 4K1YA 2HQSA 3FUQA 3VD7A 4LKSA 2JICA 3IAPA 4NPLA 3WT3A 5LK7B 2WIIB 3BU7A 5I0SA 1QXJA 3A23A 5L73A 4GZTA 2HWC1 3Q8CA 2YMZA 1SLTA 3ILNA 1IQDC 1XSQA 5JMCA 1E1AA 1UIJA 3H0OA 4Q8LA 4A4AA 1NCCN 4WA5A 4M0HA 5FPLA 4PBOA 2EIEA 1H2NA 1F4AA 1HQLA 1R081 1SCRA 1YI9A 2A5ZA 2V5YA 3WP4A 4DXZA 4X49A 2W9XA 2XHKA 3LSEA 3A21A 3P3PA 2IWGB 5FZHA 3ZR5A 1ZRIA 4CEYC 4XJRA 2ZGRA 4GIQA 2VAQA 3II7A 4QNPA 3SQOA 1U12A 5A7SA 5CFCC 1AYN3 1I1EA 4CRQA 5DQ0A 4D8SA 5JYYA 1PVC3 2WQZC 4E4SA 3ZSEA 2QWAA 3AMQA 4YARA 2D43A 1OPMA 2W94A 3AP9A 3IDEA 4ATEA 2HT7A 4XJWA 1BEV1 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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