4XIOA

Crystal structure of apo nanb sialidase from streptococcus pneumoniae at ph 8.0 with mpd as the cryoprotectant
Total Genus 194
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
194
sequence length
658
structure length
658
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYGIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Sialidase B
publication title `The Hunt for Serendipitous Allosteric Sites: Discovery of a novel allosteric inhibitor of the bacterial sialidase NanB
rcsb
source organism Streptococcus pneumoniae tigr4
total genus 194
structure length 658
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2015-01-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4xioA03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4xioA01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4xioA02
2W52A 1SCRA 2XZKA 1Q8VA 1BQPA 4M4UA 4CPLA 2ZHMA 3NV2A 2YMZA 1INHA 1G86A 1DGLA 2ZACA 1QOSA 1E8VA 1Z0HA 1N47A 4FPGA 1NNBA 1SCSA 1F9KA 4QN4A 1GNZA 1A78A 2EXIA 1CQ9A 1DQ5A 5GZEA 1W20A 3V0BB 3ZYPA 1LGBA 1GV9A 3AZZA 4MJUA 5H9SA 1LESA 4MWXA 1LOAA 3B9CA 2BQPA 3AYCA 4UW3A 5HUMA 5DXDA 1W6NB 4XE9A 3MEPA 1AX0A 1V6KA 2KM2A 1ZM1A 3RRDA 3MW3A 3OYWA 2YXSA 2W20A 2R0HA 4AGGA 3GNEA 3V0AB 3TI3A 3AZVA 2ZAAA 2HTQA 5HCBA 1W6MB 1A4GA 2GN7A 3WHTA 1WW5A 1AJKA 1W6PA 1SO7A 5T55A 4PF5A 2WLQA 1QGLA 3WDVA 1CVNA 4WA3A 1RIRA 1DQ4A 1MVEA 3VKLA 1G9DA 5CA6A 2QWIA 1KDMA 2ZGPA 2F11A 2CWMA 3NWKA 5B2CA 1MZ5A 4YW2A 3B69A 2EF6A 2EXJA 1SLTA 4X47A 1N1SA 4Q8LA 2A70A 4XBLA 3WLUA 4M3CE 2XB6C 3FUOA 1V6LA 3VKMA 1BZWA 3GALA 1EUSA 1BKZA 4B7RA 2D3PA 1DQ6A 4BLJA 4FVKA 1S0FA 1ENSA 2H0BA 1LHWA 3IMNA 2WJSA 2VWDA 3PMEA 2CTVA 4Y26A 1ONAA 4ZKTB 3I8TA 2BATA 1USXA 4Y1ZA 1OKQA 2W39A 2CYFA 1Z4VA 2P2KA 3UL2A 2HYKA 2A6YA 1G7YA 4HANA 5GLVA 2WT0A 1FATA 2ZMKA 2ZGLA 5GJ6A 4MWUA 4LBJA 1MACA 4AGRA 1QKQA 2DURA 2ZMNA 4K1ZA 1IVBA 2D7FA 5DUWA 2PHTA 4NCSA 1SACA 5FRAA 5DZEA 2DVBA 1MS0A 3ZXLA 3B3QE 4L8QA 4MWRA 1DLLA 2JE7A 4BLIA 1W6OA 4OZXA 3OYWB 5KXEA 1UL9A 3ZXFA 5CAZA 2DV9A 4YM3A 1V6IA 5H9PA 3ZVXA 1EUUA 2AREA 1YXWA 4B7NA 3D12A 3H72A 1A3KA 3D4KA 1W8OA 3OBRA 4GEZA 2D3SA 1WLCA 4YZ1A 3WZ1A 5AVAA 2DUQA 1CN1A 1MVQA 1W6PB 1FAYA 4CPMA 5DZFA 5SV8A 3M1HA 1UAIA 1SLIA 2AUYA 1L7FA 1S0JA 2RKCA 1LHOA 2ZMLA 1XQNA 4FQZA 4WA4A 4KS3A 1H9PA 3V65A 3FLRA 1B09A 1BXHA 3ENRA 1WW6A 4Q2FA 1NCBN 3OPZA 1W0OA 2HTVA 2ZZJA 4XJAA 1NNAA 2CMLA 1V6OA 3ZXEA 3TIBA 3AFKA 1LHVA 3JU4A 3WDYA 3UJQA 2P34A 2XCYA 1EURA 5EWSA 4GZWA 2XG3A 1W6QA 4XHBA 3QCWA 3FUQA 3RMYA 2W68A 4XJRA 4X49A 4HZXA 5FREA 3PJQA 1FV3A 5IK8A 5IK4A 2ZGRA 3WG4A 1LOGA 4XXAA 1FX5A 1N3OA 3WOGA 2VU9A 2QWCA 2GMMA 3WDUA 1L7HA 1PZ8A 1LENA 3O5SA 1MS5A 2YA4A 1C57A 1V3CA 2VW1A 2W5NA 2BF6A 1S0IA 1X50A 4ASMB 2FHRA 2WSVA 4R9BA 4FPYA 2X9MA 2ARBA 3WVJA 3LSEA 1BJIA 4NC5A 3RQ0A 3AX4A 4CPNA 4CRQA 1GSLA 1IVDA 1I1EA 3AZWA 4AYUA 1PZ7A 2NMOA 1W6OB 4KS2A 4P9YA 1WW7A 3WG3A 2A6ZA 1YRZA 2V5YA 4GALA 4LBQA 4KS4A 4YW1A 4MWYA 3M3OA 1D0HA 2A7AA 1UMZA 1LCLA 2VW0A 5T5OA 4KS5A 4MJVA 3OY8A 2VUAA 1O4ZA 1KDKA 4C1XA 2BERA 2I2SA 1Q8QA 2ZGNA 2VW2A 2EALA 3ZYRA 4UF7A 4BQ1A 2B7YA 4GZOA 2QWHA 1MS8A 1QF3A 5L73A 2HTUA 5GLTA 2VH9A 2DTYA 1MR5A 3FFZA 1DIMA 4M4NA 2YDPA 1UKGA 3ALXA 1QNYA 3INBA 2GN3A 3ILRA 4YZ5A 1GBGA 2EXHA 1AXZA 4XJ9A 2A5ZA 2E7QA 5JVVA 3CKZA 3C2UA 5DUVA 1HKDA 5E8AA 2AYHA 1HQLA 4YW5A 1A8DA 4QNPA 1VALA 4P14A 1W6QB 1SLCA 1NCDN 2QWFA 2QWEA 1I3HA 2OW4A 3MW2A 1G9AA 1V0ZA 1LU2A 5GM0A 1V0EA 4XJWA 5CBLA 2PHWA 1Q8SA 2E51A 5H9RA 1LOCA 5HUKA 5GZCA 3A72A 3D5OA 1JYIA 3ZSLA 4HL0A 4M01A 1NLSA 2Z42A 5JMCA 1W0PA 4FOVA 3INAA 1V3DA 3A71A 3BTAA 1AVBA 3TAYA 1Q56A 3AP7A 4XDQA 4WVWA 4KS1A 4UW5A 1WBLA 2WNEA 4XMIA 3SILA 2F26A 3TI4A 1NN2A 2QWDA 3AJZA 2W38A 1WLDA 4LBQD 4NN9A 1G8WA 4NO4A 2D6LX 4ZXKA 3CYEA 1IKPA 1L7GA 1IS3A 4LBQB 1APNA 1CIWA 1F5FA 4AGVA 1F8DA 5IK7A 1VCJA 3SANA 2HU0A 2NN8A 1F8EA 2E6VA 3TB0A 2A6XA 4W65A 3OY8B 3W09A 2ZB5A 1G9BA 1YYNA 3NSSA 1S0CA 2GNMA 4RA0A 1LOFA 3AP5A 1W21A 3N7MA 4JF7A 1D2SA 2C9AA 1NCCN 4DGRA 2DUOA 3O12A 2WT2A 3H6JA 1GYKA 1V6JA 2YA5A 2ARXA 2ZA9A 4QN5A 1SLLA 4SLIA 3RG0A 2AENA 3O9KA 4WEFA 1O4YA 4XMAA 4GJTA 1F8BA 1GLHA 1WD4A 1DIWA 4Y24A 2HTWA 3FLTA 1MS1A 4XOGA 4GWMA 4GKYA 3H71A 4X6KA 4FPFA 4ISRA 2SILA 5T5PA 5KXDA 1DFQA 1S0DA 4JCKA 1KJRA 1UN1A 5T5JA 5JOWA 3T1LA 4M3MA 2RHPA 2WT1A 4GZTA 1GZ9A 2VK5A 3VV1A 2G4IA 1GANA 2DVAA 1LOEA 1JXNA 3D6EA 4XJZA 3IKWA 1MS4A 1CPMA 3K3AA 1V6NA 4FVVA 2JECA 3BODA 4FPHA 2R0FA 1VAVA 3POSA 2HT8A 3O0WA 1V0FA 1DZQA 1INWA 2XZIA 1JOJA 4K1IA 5EYYA 3BIWE 3ILNA 1ZA4A 2CNAA 3WUCA 2D44A 3V64A 1Z4YA 2CY6A 1V3BA 1MWEA 4M4VA 1B9VA 5GZGA 2AEPA 4DRRA 4KBBA 1E8UA 4FOYA 2C4LA 1NNCA 3M3EA 4K21A 4DPNA 3DUIA 1PZ9A 2A3XA 2GNTA 3WCSA 4FPLA 4ISQA 1FV2A 3VUOA 2GDFA 4FOWA 2A3WA 4FJ6A 2TEPA 2ZBJA 1N3QA 3SH5A 2AR6A 5DZGA 2SLIA 3OJBA 3M3QA 1KRIA 2UU8A 3POWA 2YA6A 4GA9A 1OFSA 2EIGA 5EYXA 1Q8PA 1CONA 2R16A 1Z4ZA 3N7LA 1ENRA 1WCQA 4YM1A 3B01A 4GXLA 4Q26A 3LCPA 2QWJA 4P9WA 2F29A 3K38A 4BMBA 4TZDA 5JOXA 3AYEA 4GZXA 3AZXA 4GDJA 1QDOA 3CNAA 2R1BA 4D69A 1WBFA 2ZGTA 4IQPA 2GALA 1VLNA 1SLAA 3AP9A 1OQ1A 4B7QA 5HUGA 4XBQA 2D6KA 4LBOA 3A4UA 3N35A 4XBNA 2AH2A 4Y20A 4GB1A 5M1ZA 4XZPA 3N7JA 2F25A 1DQ1A 4XJQA 2ZGMA 5E88A 4C1WA 4YM0A 4HZVA 4YGEA 4BOWA 2P3IA 3AK0A 2UURA 1QU0A 2DU0A 3W59A 1FNYA 3CL0A 1ULEA 4XTMA 1SFYA 4YW4A 3IN9A 2YDTA 2ZB6A 1E8TA 1Z78A 2DTWA 3A0KA 3AXDA 2YA8A 3WCRA 4XILA 7NN9A 4CPYA 1N1TA 3JU9A 3QLQA 1SBDA 3T2TA 4FPEA 4DRVA 1Z4XA 1NSCA 5GLWA 2AEQA 5F5QA 1A14N 4FQ4A 1QOTA 1LGNA 4RL7A 3HN1A 3POYA 5F9TA 1RINA 3VKFC 1N1YA 3U4XA 1INGA 3K36A 4YZ2A 4H53A 3R4UA 1NCAN 2C5DA 1NMBN 3UK9A 3RMXA 3IM0A 1USRA 4YGBA 1DBNA 5GLUA 3B00A 1EUTA 3N7KA 2WKKA 3KQRA 2OUJA 2W5OA 4YFZA 4LBNA 1AX1A 5HCAA 1LULA 1VCUA 4WA5A 3OGGA 4NOTA 1IVFA 2F0ZA 1UZZA 3B7EA 4DS0A 4Q8KA 3T1EA 3SNMA 3HMYA 1Q8OA 2F24A 3SLIA 4YG6A 2NZ9A 3TICA 4LBLA 4LBKA 2V73A 1S0EA 3WDWA 4MZAA 4K1YA 3NV1A 1FNZA 1MZ6A 4K1HA 2P37A 3SITA 3T1MA 2YZ4A 2DVGA 1DQ2A 2UWAA 4U2AA 3AP6A 1LU1A 2QWAA 1MS9A 1VIWB 1AJOA 2OUHA 1LODA 2A6VA 1UZYA 1ULFA 3PVNA 4JC1A 5JLVA 4CPOA 4Y22A 4Y20B 2NMNA 2OVUA 3D11A 2VVZA 1AX2A 1GZCA 1QOOA 1ULGA 3ZPYA 3H0OA 1J1TA 4H52A 2YV8A 2DU1A 4FPJA 4FPKA 2FMDA 4HIZA 2WQZC 2NP0A 1IVEA 5DG2A 4QN3A 1SLBA 4MWWA 4FOQA 4FP3A 1IOAA 1LHUA 4GZPA 1LHNA 3Q9OA 4P9XA 1DYKA 1DHKB 1JBCA 1H9WA 4YZ4A 1GNHA 1BYHA 4MWQA 2QWBA 4B7MA 3APBA 3WDXA 4XYXA 4MWJA 4YZ3A 1TEIA 1A4QA 1UPSA 2UWCA 3A0NA 3MW4A 1Z50A 2ZGUA 4MX0A 2D3RA 3LSDA 2GMPA 1CR7A 4ATEA 4YW3A 4AVSA 1NSDA 2HTYA 4XJ8A 4XIOA 2DVDA 5GZFA 5EXOA 1LEMA 2GMEA 4JRAA 2XZJA 1KJLA 1HQWA 2ZGKA 3M2MA 4MWLA 1WW4A 3BOPA 4FPOB 4YG3A 2UWBA 3NV4A 2ZHNA 1WCSA 3GVJA 3AXEA 4GKXA 4F83A 4XIKA 1W8NA 3CL2A 4MWVA 3H73A 3NN9A 2CL2A 3AP4A 2F27A 4FZHA 2GNDA 4HZYA 1HLCA 1AF9A 3R4SA 4CZSA 3M3CA 3GVKA 5HCFA 2HU4A 1LTEA 2DWRA 3ASIA 4UW4A 3AZYA 4Q1RA 1V3EA 1ENQA 1LOFC 4BM8A 1CJPA 3IPVA 4GWNA 4XJUA 1QDCA 2PHFA 4PBOA 5HUNA 2ENRA 3O9JA 3FLPA 1XOGA 2HT7A 2PHRA 1ULCA 4BMEA 3O0VA 4Y22B 3K37A 2SBAA 3NV3A 1W1XA 2NM1A 2F28A 1R1ZA 3I4IA 5CB7A 1KITA 3USUA 3PVOA 4Y1YA 4Q6KA 3PVEA 4DFSA 3W58A 1CESA 2P3JA 4HZWA 1IS6A 2WSUA 2A3YA 3VKNA 4WEGA 4FPCA 1QMJA 1S0GA 2NYYA 5JDBA 4MZEA 1INXA 3RSJA 1V2IA 4TYSA 1WLWA 4ATFA 4I30A 2P3KA 1N1VA 2PELA 2DUPA 4AWDA 5KXBA 1AZDA 2Q5TA 2D43A 2F10A 2AGSA 4Z8BA 3HR9A 1KQRA 5JOYA 1SBEA 5B2DA 2YA7A 1JUIA 1DILA 2D6PA 2JJ6A 1NMCA 1FYUA 3KM5A 4MYEA 4YGCA 2R49A 1Z4WA 4YGDA 1IKQA 3AYAA 4H55A 4AVVA 5HX0A 2BZDA 4YM2A 2JD4A 1IS5A 2A71A 3DGTA 4R9CA 4YLZA 1INVA 4PBPA 2W08A 3ZSKA 1B9SA 4QN6A 5DG1A 2YROA 1V00A 2ZGQA 1B9TA 5T52A 1YO8A 2ERFA 1GKBA 2VSKA 4BBWA 2R1DA 2ZKNA 4K1KA 1S0BA 1F31A 4LBMA 3ILFA 2C4AA 4YFWA 4Y1VA 1GZWA 4K3YA 5JYYA 1EPWA 3O0XA 3N3HA 1LEDA 1U0AA 1NXD1 2HTRA 3IPVB 4K1JA 4Y1XA 1GICA 4HZZA 4AVTA 2F13A 2A6WA 1WUVA 2EAKA 3SALA 1G9FA 3WUDA 5KXCA 2QWKA 1S1AA 4WV8A 4J9TA 1IVCA 3ALWA 4I00A 3TI6A 4XTPA 5DUXA 3MPPG 3USUB 3ZSJA 2ZGOA 1INYA 1URXA 2E53A 4XXPA 4WZFA 5JOZA 2F12A 4X4AA 3RS6A 5GZDA 5LK5A 2JDZA 1MS3A 4GDIA 4UW6A 1SNTA 1BJQA 2A75A 2QWGA 3R05A 3WV6A 4MC7A 1XOEA 4PCRA 4B7JA 1LGCA 2LALA 4WVVA 3BEQA 3SISA 3FBYA 4BPZA 4K20A 5E89A 3TIAA 1IS4A 2E7TA 4M3CA 4CTEA 4CPZA 4YG0A 2YY1A 1YI7A 4ITCA 4QN7A 1C4RA 2VSMA 2EXKA 6NN9A 5GALA 3GVLA 4R9DA 2SIMA 3ATGA 1AXYA 3WNXA 1LOBA 2ZHLA 1HDKA 4GZQA 1INFA 1SBFA 1JN2P 1AXKA 1CPNA 1NMAN 3WHUA 2PHXA 2VY0A 3L2YA 1QNWA 1UX6A 3WG1A 3N36A 3OBTA 1JYCA 5GLZA 1G9CA 3V0BA 2VXRA 4Q1PA 2ES3A 4Q27A 4M00A 1JHNA 2DYCA 5IUQA 1GZWB 1C1LA 3AJYA 3K39A 1C1FA 1W6NA 4PQ9A 1RITA 1DQ0A 2D6NA 4GZSA 4R9AA 3ZXJA 2JE9A 1N3PA 1Y7BA 3WDTA 3TI8A 1V6MA 3V0AA 5NN9A 1YIFA 2D6OX 5IK5A 2ZHKA 5T5LA 3VKOA 1VAMA 3UJOA 3TI5A 1LECA 1W6MA 2DVFA 2HT5A 5BYNA 1NSBA 5DUUA 1DYPA 1WD3A 3ZSMA 2GNBA 2VK6A 3SH3A 4Y1UA 2B8HA 1IVGA 4DQAA 3WG2A 1LJ7A 4FP2A 1F8CA 4D8SA 4M3CF 1ULDA 5IT6A 4XHXA 2VK7A 2PHUA 2JKBA 4M3CB 2CWSA 5CNAA 5T54A 1JW6A 1H30A 3AYDA 3SH4A 2ZABA 4U36A 2D6MA 5T50A 2ZGSA 3JUUA 2LTNA 3ZXKA 5H9QA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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