4XJ8A

Crystal structure of apo nanb sialidase from streptococcus pneumoniae at ph 5.0 in 50mm sodium acetate with dmso
Total Genus 181
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
181
sequence length
658
structure length
658
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYGIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title `The Hunt for Serendipitous Allosteric Sites: Discovery of a novel allosteric inhibitor of the bacterial sialidase NanB
rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae tigr4
molecule keywords Sialidase B
total genus 181
structure length 658
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2015-01-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4xj8A03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4xj8A01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4xj8A02
2ES3A 1W8NA 2JD4A 2W39A 1QF3A 1GSLA 1LU2A 3B69A 2CY6A 1LHWA 3AZYA 4YW1A 4UW6A 4MWWA 1MS8A 2ZABA 5JDBA 2D3PA 2QWIA 2VWDA 2F29A 5DG2A 4GJTA 3NV3A 1CPNA 1EUUA 1TEIA 5JOYA 3APBA 2C4LA 1NMCA 5E88A 4QN4A 3I8TA 2CMLA 1WUVA 5EYYA 2UWCA 2YZ4A 4K1KA 1V6NA 2SLIA 3H0OA 3OYWB 1V00A 3N7LA 4DRRA 1DQ1A 2LTNA 4ZXKA 2E6VA 2VW0A 2ZGQA 1L7FA 1IOAA 4F83A 3TIBA 1G9BA 1C57A 2ZHKA 5HUMA 4XBQA 1W6OA 1DZQA 2ZAAA 4YG6A 3T1MA 3MW4A 1WLCA 2B8HA 1SBDA 4LBQB 2F28A 5GLVA 4MX0A 4YW2A 1CJPA 1DQ2A 5DG1A 3U4XA 1Q8SA 4XJRA 2CTVA 4R9AA 1ENRA 4HIZA 1Q8PA 1QOOA 3N7MA 5GZEA 4AVTA 1A78A 4WV8A 4Y1VA 1ULDA 3RG0A 1H30A 4K1YA 1GV9A 4XYXA 2HYKA 2GNBA 1CN1A 3IPVB 5IK7A 3PJQA 4JRAA 1IVBA 4CPLA 3AJZA 2CWSA 2F25A 3ZXEA 2CL2A 2OUHA 1Y7BA 4CPYA 2ZKNA 4NN9A 1V6KA 4YM3A 1ONAA 3B9CA 4WVVA 4Y1UA 4YZ1A 2D6NA 1SLAA 1I1EA 1AZDA 1J1TA 3RS6A 1NCCN 5GLUA 1S0EA 4Y20A 2GNTA 5DZGA 3O0XA 2VSMA 1VCJA 5AVAA 2VSKA 2P3JA 1ENSA 2BATA 3BIWE 4FZHA 3UK9A 4YFWA 5CA6A 4Z8BA 1Z50A 1GKBA 2HTVA 2NMOA 3ZSJA 4BPZA 2NP0A 1LOFC 1NMBN 1F8DA 3O0WA 1DBNA 1O4ZA 2VW1A 1AXZA 2AREA 5H9RA 1V6LA 5HCAA 1IS3A 2NYYA 2ZGOA 5F5QA 4XJWA 4DRVA 2VW2A 1SLLA 1W0PA 3OY8B 1AX0A 1LODA 5IK4A 2ZA9A 3RMXA 2ZB6A 2OW4A 4DS0A 3H73A 1D2SA 1E8UA 2FHRA 1S0DA 1A3KA 2R1DA 4YW3A 3BODA 5KXBA 2F27A 4X6KA 4UW3A 1UPSA 2YDPA 3TAYA 1DQ4A 4YG0A 4LBKA 3FLPA 2V5YA 1INGA 1PZ8A 4Q8LA 3ZYPA 1NXD1 2A6WA 1WW4A 4Q6KA 4D69A 3GVJA 3NN9A 5JYYA 1F8BA 4XMAA 4K1IA 1AXKA 4KS1A 3WVJA 5F9TA 3RRDA 2ZGKA 1LECA 5GZCA 4QN5A 4UW5A 1ULEA 4AVSA 3SH5A 1UZYA 2C4AA 1JBCA 4GZSA 2Q5TA 5HUKA 2YY1A 4FPCA 1JW6A 5IK8A 1R1ZA 4ITCA 1QMJA 4HL0A 2ENRA 1KDKA 3KM5A 4GZPA 4XTPA 2UU8A 4M00A 1SLBA 4Y1ZA 3WDTA 4YFZA 4YG3A 3PVOA 1W6MA 5GZDA 4I00A 2ERFA 1H9PA 3SNMA 5BYNA 4CPMA 1I3HA 3SH4A 1LGCA 4PQ9A 2W5NA 3D4KA 4GXLA 2PHFA 2A3XA 2VUAA 1SLTA 2DVFA 4MWVA 5JOWA 4XJUA 1W6QA 4B7MA 1LHVA 1WBLA 1LHOA 1Z4VA 4FJ6A 2DVBA 3RQ0A 4H55A 1IS5A 1G9CA 2CYFA 4P14A 2HT7A 2ZZJA 1EURA 1HKDA 4BLJA 5GZFA 2EIGA 4HZYA 4Y26A 1KITA 3POWA 4FVKA 1FX5A 1UMZA 4FP2A 1N3OA 3AYAA 5CNAA 1LENA 2AEQA 1Z4WA 1CVNA 1AXYA 2W52A 2KM2A 1F31A 1E8TA 3AZXA 3L2YA 3WOGA 4YM2A 1MR5A 3NWKA 2ZGRA 1W6OB 3ZXFA 3NV2A 3O9JA 3WG2A 3FBYA 3OBRA 2QWKA 3OJBA 4AWDA 3TI5A 1SCSA 1NCBN 2WT0A 4FPLA 1GBGA 2ZGSA 1G7YA 3SITA 2H0BA 2W68A 1WBFA 2EXIA 1XQNA 2DURA 3AFKA 3UL2A 4GKYA 3TB0A 2HTRA 3FUOA 2CWMA 3WUCA 5FRAA 1G9AA 5SV8A 4LBLA 1BXHA 4MWXA 1W6NA 1MZ5A 2FMDA 4KS4A 4QNPA 1LESA 4ATFA 1CIWA 2QWJA 3BEQA 3PVNA 2AH2A 1DGLA 3ILFA 2YDTA 1LGNA 4Y20B 4XMIA 3M3CA 4Y24A 1MACA 1JHNA 4MWQA 2ZMLA 1BZWA 1N1YA 2HT5A 1LEDA 2VK7A 2AUYA 1JYIA 2P34A 4HZWA 1S0JA 3T1LA 2D43A 1O4YA 5GZGA 3IN9A 4MZEA 3LSDA 1V0ZA 1A14N 3B00A 3B01A 1V3DA 2YA5A 4Q26A 1LU1A 2RHPA 4MWRA 1QNYA 1HLCA 1B9SA 2XCYA 4WA3A 5CB7A 1IKPA 2OVUA 2RKCA 4MWYA 4HZXA 4MJUA 4WVWA 4AVVA 4HANA 1FAYA 3NV1A 4NC5A 5E89A 1ULCA 2ZMNA 4YLZA 4LBQD 1JYCA 1RITA 2G4IA 3K38A 4XIOA 4NO4A 4YW5A 5T5JA 4YGEA 4AYUA 1G9FA 5EWSA 3TI3A 4K1HA 4YGCA 2ZBJA 1PZ9A 2GMMA 3C2UA 2EXKA 1N3QA 1N1SA 5IT6A 4FOVA 4GZOA 1W1XA 1MZ6A 1CR7A 2GMPA 5B2CA 3R05A 2F10A 5IK5A 3A71A 5B2DA 3TI6A 5E8AA 3WNXA 1SFYA 1IVGA 3WDUA 3TI4A 3I4IA 2QWHA 1IVDA 1W6MB 2D6OX 4K1JA 4D8SA 3FFZA 3UJQA 1LOBA 3JU4A 3N35A 1USRA 2DU1A 3HMYA 1BYHA 4CZSA 5GLWA 2YV8A 2F11A 3VUOA 3VKLA 1GNHA 3GVKA 1W6QB 4XZPA 3OPZA 2P2KA 2QWDA 2ARXA 2P3KA 1NLSA 1INWA 1LULA 1IKQA 2R0HA 5GJ6A 1GZWA 1G86A 1QGLA 2AEPA 2QWGA 3FLRA 4HZVA 3OGGA 2XZIA 1IVEA 2ZGNA 1D0HA 3T2TA 4Q1RA 5DZFA 2EAKA 3B7EA 2R16A 4CPOA 1LOEA 3MEPA 1CQ9A 2GN3A 3KQRA 4MYEA 2ZHLA 5EYXA 2JDZA 2E7TA 4FQ4A 4R9BA 4DFSA 2TEPA 3R4SA 3POSA 3WUDA 4NCSA 5IUQA 1NNAA 4GALA 1Q56A 2EALA 4FP3A 3ZSLA 1DQ5A 2E51A 3ZPYA 1S0FA 3H71A 1VCUA 4M3MA 4FOQA 4FPGA 3WDXA 4DQAA 2HTQA 2VVZA 4BLIA 1W6PA 2F26A 4BQ1A 1MS0A 3OYWA 2Z42A 3FLTA 1MVQA 1YRZA 1RINA 2AR6A 2DU0A 4BM8A 4Y1XA 1F9KA 1W21A 2PHRA 4NOTA 3IM0A 3LCPA 1Z4YA 2XZKA 2YA7A 2DYCA 1YXWA 4MWUA 3ENRA 4YZ3A 1AX1A 1INFA 1YI7A 1INXA 3NSSA 1Q8VA 1DQ6A 4GZWA 4YM1A 1W6NB 5JMCA 2VY0A 4MC7A 1CPMA 4M4VA 2GN7A 5M1ZA 1A4QA 3WLUA 3ATGA 2GNDA 2A6VA 2ZB5A 4KS2A 4FPFA 1KJLA 2NM1A 4WZFA 2XG3A 1YIFA 5JVVA 1AVBA 4M3CA 2SILA 2NN8A 4BMEA 4XXAA 4U2AA 3N36A 5T54A 5DUVA 1UAIA 1AJOA 1URXA 3GVLA 1EUTA 3BTAA 4B7NA 2A5ZA 3W59A 4K20A 2QWCA 3SANA 4I30A 2DTWA 5GLZA 2DVDA 4M3CF 1XOEA 2BERA 1MWEA 2R0FA 2PELA 3V0AA 4Y22A 1YO8A 3AJYA 1LEMA 2HU0A 1INYA 1GZCA 7NN9A 4YZ4A 1Z0HA 1N1TA 1MS3A 4WEFA 1DYPA 1NCAN 4XJAA 4GZTA 4XBNA 3WG1A 1N1VA 2V73A 2VH9A 2ZGLA 5T5OA 1S1AA 3INBA 5DUXA 4L8QA 4GKXA 4X4AA 4R9CA 4K3YA 1S0GA 2NZ9A 1DFQA 2BQPA 4FOWA 1ENQA 1V6MA 3H6JA 4XJ9A 1WD4A 1VLNA 3DUIA 2YXSA 2XZJA 5DXDA 4XJZA 3IMNA 3WCSA 1EPWA 1U0AA 4YGBA 2A71A 4Q8KA 3WDVA 1Q8OA 1WCQA 5NN9A 3D5OA 3GNEA 1FNYA 3AYCA 1SNTA 1AJKA 1WW7A 1JUIA 4FPOB 1GANA 2F12A 2WLQA 2C5DA 4H52A 1WW5A 1NNBA 4YM0A 4CPNA 5HUNA 1G9DA 2D6PA 4UF7A 4XHXA 1KJRA 3SALA 3A72A 2DWRA 1V3EA 1E8VA 3ALWA 4KBBA 4BOWA 1N47A 3AK0A 3AP7A 1GLHA 5FREA 5T5PA 1ZA4A 3VKMA 1USXA 3K3AA 2WJSA 4GEZA 4M01A 3WV6A 3D6EA 2JKBA 2D6KA 3AX4A 2A3WA 2E53A 3BOPA 4W65A 1HQLA 3ZXJA 2D7FA 4LBMA 2D44A 3QCWA 3V0BA 2YA6A 1V0EA 2D3RA 3M3QA 2DUQA 1MVEA 4U36A 4C1WA 3POYA 4P9WA 2DTYA 3INAA 1LGBA 2EXJA 5HCFA 1GZWB 2GALA 3ZSKA 4TYSA 4LBNA 2F13A 3SH3A 3CKZA 1C1LA 3MW2A 4XDQA 1LHNA 1UZZA 3PVEA 1DQ0A 4XJ8A 4M4UA 2EF6A 3WDWA 1UL9A 5DUUA 1LHUA 2PHWA 2R49A 2W20A 2W38A 1DLLA 5H9PA 4PF5A 4Y1YA 3N7KA 3AP9A 3M2MA 5H9SA 1V0FA 3AXDA 1KDMA 5KXEA 4DGRA 2QWAA 4X47A 2AENA 1VALA 1BKZA 2WNEA 5HCBA 5T55A 3HR9A 1W0OA 4QN7A 3MPPG 4YW4A 4CTEA 1DIWA 2SIMA 1G8WA 4DPNA 1A8DA 3AP5A 1W6PB 5T5LA 3N3HA 4KS3A 2ZGMA 1OKQA 5HUGA 1FV2A 5GLTA 1L7GA 4GWNA 2W5OA 5T50A 3ALXA 3IKWA 3USUA 2QWEA 1VAMA 4PCRA 1INVA 5T52A 1GYKA 2D6MA 3RMYA 2JE9A 4B7QA 3W58A 2YROA 2D3SA 4JCKA 4GDJA 4ATEA 1CONA 4MWLA 2CNAA 4OZXA 1W8OA 2QWFA 2YMZA 1SLIA 1Z78A 3V64A 3V65A 1V6IA 4YGDA 3K36A 2AGSA 4GZXA 3RSJA 4M3CB 4XOGA 1RIRA 1BJQA 1OFSA 1ZM1A 4XILA 1B09A 1IS4A 3SISA 4FVVA 3D12A 4MZAA 3M1HA 1BJIA 4Q27A 1BQPA 3A4UA 4FPYA 3ASIA 4XJQA 2D6LX 2PHXA 4FPEA 1IVFA 4IQPA 4MWJA 3WZ1A 3V0AB 2WT2A 4Y22B 3R4UA 3H72A 4FPJA 1QOSA 2ZACA 1V6OA 1W20A 4TZDA 4GA9A 1IVCA 3K37A 1LCLA 4JC1A 2SBAA 1DIMA 3CYEA 3ZVXA 1QDOA 4RA0A 1KQRA 1F8EA 3O5SA 1ULFA 4RL7A 2VK5A 4FPHA 2A3YA 5CAZA 4BBWA 4X49A 1GICA 2HTWA 5CBLA 2WSUA 1KRIA 1N3PA 4XBLA 2ZHMA 4ISQA 2F0ZA 3WCRA 1EUSA 2HTYA 2PHUA 1HQWA 1WD3A 2JE7A 4FOYA 1S0BA 1UKGA 3AYEA 2A70A 1V2IA 3ZSMA 2DUPA 4GZQA 2C9AA 2EXHA 2X9MA 2DUOA 4ZKTB 1SO7A 4QN3A 3D11A 1IS6A 1NSBA 1FV3A 1MS4A 3AZWA 3W09A 1DILA 4YZ5A 2P3IA 3AP4A 2UWAA 4XHBA 5DZEA 4M4NA 1V3BA 2A6ZA 2AYHA 2ZGTA 2ZGUA 6NN9A 2ZGPA 1WCSA 1NSCA 3GALA 1AF9A 1HDKA 3AP6A 3SLIA 1NSDA 3WHTA 1LOAA 4Q2FA 3WDYA 1Z4XA 1S0IA 3OBTA 2HT8A 1UX6A 4H53A 1MS9A 4ISRA 4AGRA 1CESA 4LBJA 4R9DA 3ZXKA 2PHTA 1ULGA 3A0KA 3ZXLA 5GALA 4JF7A 4P9YA 1DHKB 1F5FA 1GZ9A 2HTUA 4LBQA 3N7JA 1MS5A 1UN1A 4XIKA 2JECA 1L7HA 3V0BB 4AGGA 2XB6C 2JJ6A 2HU4A 2GMEA 5GM0A 3FUQA 1V3CA 4M3CE 5DUWA 2UURA 3SILA 3CNAA 1SACA 2NMNA 1JN2P 2DVGA 1B9VA 1SBEA 3ILRA 2ZMKA 3AZVA 4B7JA 3M3OA 1FNZA 3VKFC 2VK6A 3IPVA 4MJVA 1WLWA 1LTEA 3QLQA 2I2SA 4BMBA 3VKOA 1NCDN 3WG3A 3AXEA 1NN2A 1SLCA 1QKQA 2WT1A 4SLIA 4CRQA 3WG4A 1YYNA 5KXCA 1B9TA 3VKNA 4ASMB 2A75A 3LSEA 3PMEA 4C1XA 4K21A 1NNCA 2R1BA 3MW3A 2E7QA 4AGVA 2WSVA 2B7YA 3O0VA 1Q8QA 1XOGA 4WA5A 5JOZA 4XE9A 4GB1A 3UJOA 1JXNA 1LJ7A 1VAVA 4XXPA 4QN6A 1QOTA 1Z4ZA 4GDIA 3Q9OA 5LK5A 4J9TA 2A6YA 2ARBA 1WW6A 1DYKA 3AYDA 1AX2A 2A7AA 4PBOA 3WHUA 4XTMA 3TICA 2ZHNA 1JOJA 5KXDA 3VV1A 2GDFA 1PZ7A 1QU0A 4P9XA 3USUB 2YA4A 1APNA 2WQZC 3OY8A 3ILNA 3K39A 1SCRA 1F8CA 2P37A 1INHA 3JUUA 3O9KA 3TI8A 2W08A 4FPKA 4WEGA 1C4RA 3CL2A 5JOXA 4WA4A 3B3QE 3CL0A 3HN1A 5EXOA 5JLVA 2BF6A 3T1EA 3NV4A 2YA8A 2LALA 1NMAN 1OQ1A 1H9WA 2DV9A 3M3EA 3JU9A 1GNZA 1SBFA 4LBOA 4GWMA 2QWBA 1V6JA 2OUJA 4KS5A 2DVAA 1A4GA 4FQZA 5H9QA 3TIAA 1FATA 3DGTA 1FYUA 1VIWB 1WLDA 4HZZA 4PBPA 2A6XA 2VXRA 3A0NA 3ZYRA 1LOGA 1QNWA 2UWBA 2F24A 1LOFA 3O12A 1X50A 2GNMA 4UW4A 5HX0A 1S0CA 4YZ2A 2WKKA 4B7RA 1QDCA 1LOCA 4Q1PA 1C1FA 3AZZA 5L73A 1MS1A 2BZDA 4K1ZA 2VU9A 4CPZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2ES3A 2PHDA 1W8NA 2JD4A 5FMOL 3TRSB 5FPUA 3KD4A 2VG9A 4RS5B 3FL7A 2W39A 1QF3A 3I97A 2BGCA 3PUQA 1GSLA 1LU2A 3B69A 4PLMA 4JGZB 2CY6A 1LHWA 2IC1A 2VZVA 5FZOB 3AZYA 3T2PA 3HRPA 4JGYC 4YPJA 4FI9A 1X2JA 2BNNA 5K0UA 1ASJ2 1EPZA 1OOPC 5F3EA 3SHRA 3VHNA 5JXHA 1W28A 5FYMA 4MX3A 4YW1A 1X9PA 4LULA 1GOGA 1PO13 4UW6A 4QD2A 4MWWA 1ZX5A 1MS8A 3QACA 1W9WA 2WDBA 4NHYA 1VRBA 2ZABA 4MO3M 1JOPA 4Q4X3 4A6OA 2PAKA 3ETPA 2RR11 1K5JA 4D6QA 3KT4A 5JDBA 4HETA 4OHWA 4MXVA 1I5ZA 1F4AA 2BVVA 5F6LB 2D3PA 1AR81 2QWIA 4CHBA 3DF0A 2VWDA 2F29A 4QGNA 4I0BA 1VE0A 4X8NA 5DG2A 4GJTA 1Z7S2 1JI6A 2HBUA 3NV3A 4MGQA 1CPNA 1EUUA 1TEIA 2Y6HA 3DPRA 3APBA 1HXS1 5JOYA 2C4LA 3H7YA 1NMCA 4NIGA 3WW9A 4GD4A 5KHIA 4ZGCA 1HB1A 5E88A 4QN4A 3LEIA 3KCYA 2LUWA 3I8TA 3WF0A 2CMLA 1WUVA 4V1PA 1RUJ2 5EYYA 2W3JA 4A3ZA 4CSDA 2UWCA 2XWJB 4BK4A 5I0UA 2BOIA 1UYYA 1XU1A 4Q4W3 2YZ4A 2JDPA 5LEKA 1P8JA 1QJY2 3II7A 2K2SA 1V6NA 2SLIA 3H0OA 4K1KA 1SQ4A 3MO4A 3OYWB 4GJYA 4QQLA 1CAXA 3J7MA 1V00A 2IXHA 2XONA 3I2JA 5C8CC 4KWJA 3N7LA 4DRRA 1DQ1A 2LTNA 5C6CA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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