4XJ8A

Crystal structure of apo nanb sialidase from streptococcus pneumoniae at ph 5.0 in 50mm sodium acetate with dmso
Total Genus 181
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
181
sequence length
658
structure length
658
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYGIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Sialidase B
publication title `The Hunt for Serendipitous Allosteric Sites: Discovery of a novel allosteric inhibitor of the bacterial sialidase NanB
rcsb
source organism Streptococcus pneumoniae tigr4
total genus 181
structure length 658
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2015-01-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4xj8A03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4xj8A01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4xj8A02
1LOFA 4LBOA 3WZ1A 1V6NA 1Z50A 2NMNA 3PMEA 1INYA 2BF6A 2HTWA 4XJ9A 3AXDA 3IPVB 1BXHA 1DIMA 4P14A 4Q26A 1C4RA 4K1YA 1A78A 4MWRA 2A6VA 3TI5A 5KXEA 1IS4A 1INWA 4QNPA 3B9CA 4PBPA 4R9AA 2R16A 5DUWA 3WG1A 5F9TA 3ZPYA 1QMJA 3MW2A 4XIOA 5GLVA 4AWDA 3N7MA 4FJ6A 5GZEA 2XG3A 2UWCA 4YZ4A 1F8EA 1TEIA 4DFSA 5NN9A 2H0BA 4YM1A 4XZPA 3M3OA 3T1LA 4LBQB 3RQ0A 1UZYA 1W1XA 1G9DA 1B9VA 3WHUA 1SNTA 4XE9A 3SALA 3VKLA 4FPOB 4Y1ZA 2F13A 3K3AA 4DQAA 4CPNA 2UWBA 3JU4A 2D6OX 1EUSA 3OYWA 3BTAA 1A4GA 2ZBJA 1UAIA 1NNAA 1WD3A 2ZGOA 1V6KA 2YA6A 5DZFA 1SO7A 1ENRA 2SBAA 4BMBA 1LULA 3GVKA 1S0CA 1YO8A 1AJOA 1RIRA 4YG3A 5HCBA 1SLLA 4I00A 3N7JA 1FV2A 2AEQA 4XHBA 1Q8VA 4ASMB 2EAKA 3LSEA 5GZGA 3NSSA 2W52A 3FUOA 4FQZA 1CN1A 1LOGA 5DUVA 2YDPA 3GVLA 5JDBA 1N3OA 3SNMA 5IK7A 4YGCA 2GNTA 3D11A 1N3QA 4W65A 3WUCA 1V3DA 2B8HA 2CYFA 1IVDA 3A0NA 1NCBN 3B00A 4GDJA 1WLWA 1E8UA 4WA3A 3WG3A 3ASIA 1ENSA 1CESA 1SLAA 2F24A 1Z4YA 1HQLA 4WZFA 5GZFA 1IS3A 1FAYA 4MWLA 3M3EA 5CA6A 4DGRA 4FP3A 3AYDA 5T5OA 4FPEA 1DILA 2YA4A 1WBFA 3USUB 3A72A 1LJ7A 2QWEA 2GMEA 2EIGA 1PZ7A 2A7AA 5GLUA 3H71A 5JMCA 1W8NA 1AVBA 1INGA 5GLZA 3TB0A 4XDQA 1QOSA 3AFKA 1SFYA 3D4KA 2ZB5A 3OY8A 4HL0A 5L73A 2VSKA 3AP6A 5HUMA 2YZ4A 1VAVA 1LHVA 4HZWA 5JOXA 1DHKB 2P3KA 1GZ9A 2A6ZA 3NV4A 1V0ZA 3PJQA 4BM8A 1DGLA 3GALA 2YXSA 2HYKA 1JXNA 3TAYA 1Q56A 1LENA 1UKGA 2E51A 3APBA 3TI6A 2JECA 1WBLA 1UMZA 2W20A 1MZ5A 2CL2A 5IUQA 1EURA 2BATA 1V3BA 3LCPA 2JJ6A 2ZGSA 1CONA 1KQRA 1NMAN 4MWUA 3ILFA 2OVUA 4MYEA 3QCWA 2Q5TA 2A5ZA 1AZDA 2BQPA 3BOPA 4NN9A 1GNZA 1Q8PA 2ZACA 5T5PA 2LTNA 3VKOA 2QWKA 3OBRA 3ZXKA 4LBMA 2GDFA 1GSLA 3MW4A 3INAA 1NSCA 1JYIA 4K1HA 2XZKA 2JE7A 5GZCA 3RMXA 2ZABA 3AJZA 1IVBA 2WQZC 3L2YA 4CTEA 4GZTA 3N7KA 1AX2A 1A3KA 2W68A 2C4AA 1Z4VA 4XOGA 4MWQA 2PHUA 2ZGQA 1LEDA 3CL2A 4M3CF 4XJAA 2WT1A 3B69A 1ONAA 5DZEA 2ZHKA 4K1IA 1BYHA 2HTVA 3WCRA 1LOEA 5T54A 3HN1A 4ISRA 1NCAN 1C1FA 2A3YA 1LOAA 4AYUA 1W6QA 4L8QA 3ZSLA 2ENRA 1ZA4A 1QKQA 1DQ2A 1WLCA 3FFZA 2NM1A 1S1AA 5M1ZA 2F12A 4MZEA 4WEFA 4QN7A 2ZB6A 4CPLA 3IPVA 4B7NA 4ITCA 3VV1A 3R4UA 1WW4A 4ZKTB 1L7GA 4MWXA 4RL7A 2ZGUA 1AXYA 2GNBA 4XMIA 4Y20A 4FVVA 4PBOA 4M00A 1E8VA 1FV3A 4MWWA 5F5QA 3ILNA 2VVZA 2HTRA 1LHOA 2ZGPA 1SCRA 1LOFC 4FPLA 5CBLA 4QN3A 2F28A 1YYNA 4YM3A 3HR9A 3U4XA 2F25A 1AX1A 1MS4A 1GZWA 2BERA 2DVDA 1DIWA 4Z8BA 1C1LA 5CNAA 2A6WA 1PZ9A 2ZZJA 1GLHA 4Q6KA 2VXRA 1QU0A 1Q8QA 3I4IA 2GNDA 4P9XA 4BBWA 4FOVA 3ILRA 4MWJA 2HU4A 1V6IA 2ZGKA 4WVWA 2A70A 1EUTA 4X47A 3A71A 1NSBA 1JUIA 3W09A 1W6QB 4Q2FA 3O12A 4TZDA 4X6KA 1I1EA 3SLIA 4GZSA 2VY0A 2WKKA 2VWDA 1JBCA 1OKQA 4AVTA 1LCLA 1ZM1A 5EYYA 1S0IA 3WG2A 2QWIA 2YROA 1N1SA 5FRAA 5B2DA 4PCRA 4U36A 2A6XA 2BZDA 1V2IA 4OZXA 1QDOA 1VCJA 1Z4XA 1LECA 3FBYA 3TIAA 1F9KA 2ZGTA 4GXLA 4Y20B 1S0DA 1HDKA 1NNBA 4MZAA 3HMYA 3PVOA 4I30A 1PZ8A 1QGLA 2TEPA 3RS6A 1GNHA 4GALA 2C9AA 3ATGA 5H9PA 3FLPA 3CYEA 4ZXKA 1L7HA 2W08A 4FOYA 3T1MA 1SBDA 2AENA 1GZWB 3DUIA 3V65A 3ENRA 1XOGA 4J9TA 2ZGNA 2WSUA 1V3CA 4FPHA 3ZXJA 1JN2P 3B3QE 4XJ8A 3ZYRA 2A3XA 2R1BA 1W0PA 4GA9A 4Q8LA 4YW1A 5KXDA 1ENQA 3O9KA 3USUA 4MJUA 4K1JA 4AVSA 1WW7A 2DU0A 5T55A 2XB6C 2GMPA 2WSVA 3PVNA 2DVFA 1W20A 1FNZA 3MW3A 4K3YA 2CTVA 3N7LA 4UW6A 7NN9A 2HT8A 1UX6A 4F83A 4JF7A 4YGBA 4XJZA 3UJOA 2ZGMA 1WD4A 2QWGA 1W6NA 1MACA 2VW1A 4YM0A 1DQ5A 3IM0A 1F5FA 3R4SA 2VUAA 4M3MA 2YDTA 3LSDA 1EPWA 4UW4A 4GZWA 1UN1A 1CIWA 1S0EA 4TYSA 4XJQA 3BIWE 2SILA 5DZGA 4H55A 5KXBA 1A4QA 3SANA 3AP4A 2PELA 2W38A 4YZ1A 1W6OB 4ISQA 1INVA 2A71A 2YY1A 4CPOA 2GNMA 4Q8KA 1IVEA 3A0KA 2QWJA 4CPYA 6NN9A 4GB1A 4NCSA 1GKBA 3AXEA 4M3CA 4QN4A 2YA7A 4CRQA 3TICA 1L7FA 1AXZA 1N1VA 1D2SA 3UL2A 4KS1A 2E7TA 2P37A 3H73A 1H9PA 4M3CE 1V0EA 4CZSA 3AZZA 1B9SA 1URXA 4GKXA 3O0XA 4YG6A 2R0FA 3C2UA 4B7QA 1USXA 1QNYA 5IT6A 1QNWA 4D8SA 5HUKA 2JDZA 2DTWA 1B9TA 1W6NB 4AGGA 4KS5A 5CB7A 1Q8SA 4Y1VA 3R05A 5T5LA 3N36A 4DPNA 1DQ1A 3FLTA 3POYA 4AVVA 2PHFA 1LHNA 2PHWA 2C4LA 4ATEA 5T52A 2W5NA 3OGGA 1S0JA 1E8TA 3KM5A 3D6EA 1WLDA 4Y26A 2DUPA 4XXAA 1NCCN 4HANA 4GZQA 4HZVA 4XBLA 3ZYPA 3WV6A 1F8CA 1V6LA 1BQPA 5HUNA 2E53A 5GLTA 4WVVA 3DGTA 4FOQA 1JHNA 5JOYA 1QOOA 1Z4WA 2B7YA 1YIFA 2GMMA 5IK4A 3IKWA 1IVFA 4M3CB 2D44A 2CY6A 2D3SA 3ZSJA 4GZOA 3AYAA 3VUOA 2D6MA 2CWMA 3O9JA 3V0BB 1ULDA 1BJQA 1LESA 3UK9A 1SLBA 4XJWA 1UL9A 1SACA 2EXKA 1BZWA 4LBNA 3N35A 4NO4A 3GVJA 1DQ0A 3AZWA 1N1YA 4YFWA 4M4NA 2DVGA 1W6MB 1WW5A 4XTPA 2A6YA 3WDXA 4YW5A 1Z0HA 1INFA 1HQWA 1CPNA 1G9BA 2W5OA 2CWSA 1MS9A 4FPKA 2WLQA 2C5DA 5E88A 3RRDA 2ZHLA 4XILA 5DG1A 2VW2A 5JOWA 3N3HA 3WDVA 4AGVA 1XOEA 3ZSMA 4UW5A 2DV9A 1ULCA 5DUUA 3VKNA 1Z78A 1W6PB 1R1ZA 1RITA 3AP9A 4XXPA 3WDTA 4NOTA 3AYCA 2DTYA 1UPSA 1JYCA 1W8OA 3O5SA 2ZHMA 4B7JA 2DURA 5B2CA 3SH3A 4B7RA 3KQRA 2ZA9A 1DFQA 3WDWA 1IKQA 2AEPA 5JYYA 1IKPA 1WW6A 3NV3A 2NMOA 4YG0A 4XYXA 4X4AA 4Y1XA 5LK5A 4LBQD 4UF7A 4BOWA 1MWEA 3ALWA 1H9WA 2RHPA 3NWKA 3AX4A 4GZPA 2OUJA 2VK6A 4DRRA 4GDIA 4HZYA 2ZAAA 2EXJA 4LBJA 5T50A 1I3HA 1MR5A 1QDCA 2HT5A 2RKCA 2E7QA 4M4UA 2R1DA 1V0FA 4MWYA 1U0AA 1V3EA 5HX0A 3K38A 1N47A 4QN6A 2F10A 1SBEA 4B7MA 4CPZA 2UU8A 3UJQA 4FPYA 2ZKNA 3T1EA 1WCQA 4H53A 1J1TA 2AUYA 3POSA 3Q9OA 3TI4A 4YGDA 1LGCA 3V64A 2PHTA 1S0BA 3RSJA 3VKFC 1QOTA 2DUQA 3WDYA 1KJRA 4SLIA 4LBKA 1LHWA 2HTUA 4WA4A 2CNAA 1X50A 1GANA 1W0OA 5HCFA 2HTQA 4BQ1A 4XBQA 1LGNA 2F0ZA 1FATA 4GWNA 4P9WA 1DYPA 1FYUA 2G4IA 2WNEA 1H30A 5GM0A 3O0VA 4D69A 4HIZA 1INXA 1N3PA 1D0HA 5AVAA 1DBNA 3CKZA 1DQ4A 1IS6A 1V6JA 2ES3A 2F29A 4BPZA 2NP0A 1GICA 1CVNA 1O4ZA 3GNEA 1YI7A 2VW0A 1Q8OA 3V0AA 4YW4A 3AZYA 4JRAA 4YW3A 1LU1A 3ZXLA 1BKZA 1SBFA 2P3JA 4YGEA 2GN3A 1MS0A 1VALA 3VKMA 5E8AA 1AX0A 4JCKA 2CMLA 1B09A 3TI3A 2WT0A 4DS0A 2LALA 2D43A 1USRA 2QWFA 1LOCA 1W6OA 3H72A 4K20A 1ULEA 1S0GA 1F31A 3WOGA 2SIMA 5SV8A 4K1KA 3JU9A 5HCAA 1VCUA 3O0WA 1APNA 3A4UA 5DUXA 1LU2A 3M2MA 5DG2A 2E6VA 3WHTA 1EUUA 4M01A 1SLTA 3D5OA 4YM2A 2PHXA 3QLQA 4YZ2A 4K21A 4MWVA 4RA0A 4GWMA 3W58A 4NC5A 5EYXA 5EXOA 5GJ6A 1LOBA 2V5YA 2DVAA 4FZHA 2FMDA 2HTYA 4XIKA 2AH2A 2XCYA 1IVCA 4XTMA 3K36A 4X49A 4R9CA 4Y1UA 1SCSA 2PHRA 1NNCA 5GALA 2AR6A 3B7EA 5JLVA 1G9CA 1NLSA 1LGBA 4YFZA 2A3WA 1C57A 1MS8A 5FREA 4IQPA 1F8BA 2JD4A 4GEZA 3RMYA 4ATFA 3ZXFA 1NN2A 1NXD1 3V0AB 4WV8A 2Z42A 3ZSKA 1OFSA 1MVQA 5H9QA 2UURA 1SLCA 4MJVA 2VU9A 3OPZA 2YV8A 2ZGLA 1XQNA 4FPGA 3SH4A 4PQ9A 2D6LX 1KITA 1KDMA 4AGRA 4C1XA 2VSMA 2YA5A 2DWRA 1ULFA 2NZ9A 4XJUA 3POWA 4XMAA 1WCSA 2KM2A 4HZXA 4DRVA 3K39A 2ZMNA 3M3CA 1GV9A 4FP2A 4FOWA 3AZXA 3V0BA 2QWHA 2W39A 3NV2A 1W21A 4YLZA 1LTEA 4U2AA 4KS4A 2DU1A 1NCDN 1N1TA 2P2KA 2HU0A 1W6MA 2FHRA 5EWSA 1DLLA 3TIBA 2QWCA 1NMBN 3AP5A 3IN9A 4BLIA 2R0HA 3W59A 4GJTA 3CL0A 2SLIA 3AK0A 3OYWB 1LEMA 2ZMKA 5E89A 2DVBA 4C1WA 5CAZA 2D7FA 3INBA 3JUUA 2QWAA 1W6PA 4R9DA 3OBTA 1MS5A 2F27A 1AXKA 2EXIA 4K1ZA 5H9SA 1LODA 2I2SA 4XJRA 5H9RA 4YZ5A 1RINA 1A14N 3AZVA 1V6MA 5BYNA 2NYYA 1O4YA 5GZDA 1V00A 1VIWB 1YXWA 1MZ6A 3MPPG 1MS1A 4MC7A 4WEGA 1IVGA 2QWDA 2WJSA 1DQ6A 2WT2A 4YZ3A 2ERFA 3AP7A 2EALA 3BEQA 4P9YA 4Q1RA 2VH9A 3NV1A 2D3PA 1Y7BA 3I8TA 2P34A 2D3RA 2AREA 1IS5A 3WCSA 5IK5A 4UW3A 3WUDA 1KJLA 3FLRA 1HLCA 3ALXA 3NN9A 1INHA 4Y1YA 4R9BA 3SH5A 2DUOA 2YMZA 1YRZA 1JW6A 1CQ9A 4CPMA 1GBGA 2EXHA 2X9MA 2V73A 3ZXEA 3MEPA 1CJPA 2NN8A 2XZIA 2AYHA 2EF6A 3SILA 4M4VA 1VLNA 3H0OA 4QN5A 5KXCA 1V6OA 3OY8B 4FQ4A 4Y22A 1MVEA 4FPFA 3K37A 2A75A 1HKDA 1JOJA 1CPMA 1FNYA 1DZQA 4KBBA 4YW2A 2ZMLA 2D6KA 1ULGA 3M1HA 3RG0A 1G86A 5JVVA 3BODA 4XHXA 1GYKA 2JE9A 1WUVA 1KRIA 2R49A 3T2TA 4BMEA 2GN7A 5DXDA 1LHUA 3SISA 1G7YA 2VK5A 2VK7A 3ZVXA 2QWBA 2JKBA 2F26A 3WLUA 3H6JA 2GALA 3OJBA 1A8DA 1NSDA 5JOZA 1G9FA 1CR7A 1DYKA 3WG4A 3WDUA 1G9AA 3WVJA 1SLIA 4MX0A 3PVEA 1GZCA 4FPJA 3SITA 5GLWA 4Q27A 2XZJA 1MS3A 4PF5A 1VAMA 1NMCA 3D12A 5IK8A 1AJKA 4HZZA 3AJYA 1AF9A 1S0FA 3B01A 1UZZA 3CNAA 2ARBA 1IOAA 3AYEA 4WA5A 2YA8A 1FX5A 1KDKA 4H52A 2F11A 2UWAA 2D6PA 1OQ1A 4FPCA 3FUQA 4GKYA 3WNXA 4Y22B 2ZGRA 4GZXA 2ZHNA 4LBQA 2P3IA 1Z4ZA 4BLJA 2HT7A 2DYCA 5HUGA 3TI8A 2OUHA 2D6NA 4JC1A 1QF3A 2AGSA 4Q1PA 4Y24A 5T5JA 4KS2A 2ARXA 3M3QA 4LBLA 4KS3A 2OW4A 4FVKA 3IMNA 4XBNA 1F8DA 1BJIA 1G8WA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1LOFA 3HT2A 4OZOA 3MI8A 4LBOA 2WZR1 5DPNA 3WZ1A 1V6NA 2R041 2XQXA 3BALA 1GFF2 2RS33 3BB6A 3GYDA 5KHHA 5DDJ1 2NMNA 5J96B 1Z50A 5F3GA 1VBE3 1W03A 5C8WA 3PMEA 4C90A 1INYA 1OOPA 2BF6A 4QQPA 2BWAA 4OQ8A 2HTWA 3O1PA 3EO6A 3VD3A 1RUJ3 4AAXA 2WA3A 4XJ9A 1RMU3 1XPWA 2WA4A 4Q4V3 3AXDA 1VBB3 4AFBA 5C9AA 3E1F1 3IPVB 1BXHA 3D82A 3I2DA 5A6QA 3JBG3 1DIMA 3D0JA 3BU7A 1CAWB 1BVP1 2Y6FA 3M8LA 4P14A 3ZXAC 4Q26A 3ZSEA 5LA0A 4W6YA 2JENA 1C4RA 2JKXA 4K1YA 1A78A 1MEC1 1O4TA 2QJVA 1PVC3 1ND2B 1QJU3 4B29A 2OPKA 3D0SA 1RUE3 4PF1A 4MWRA 3U75A 2A6VA 2BYVE 2JB4A 1X7NA 5J09A 4ASLA 2Z32A 4CDXA 2ORZA 5IHRA 1W2AX 5JR2A 1POV1 3ZKYA 3TI5A 5KXEA 1IS4A 2R071 1INWA 3WNPA 1PGW2 4R52A 4QNPA 3B9CA 5FAXA 1W05A 4PBPA 3CF6E 4YWAA 2C4XA 4R9AA 2R16A 1IUBA 2MEV1 5DUWA 1I9RA 2JDNA 3LEMA 3T4HB 2WFPA 3WG1A 1X8MA 5F9TA 3U37A 1X33A 3MV01 1WMDA 5EV7A 1UOBA 1VRH3 1GWLA 1F8VA 3P5BA 1H1MA 1DP0A 2ISMA 1VBD1 1ZZ6A 2ARAA 1QMJA 3ZPYA 3MW2A 1K32A 4N9HA 4XIOA 4PIYA 2VULA 2XH6A 4UFIA 1J3PA 3WF0A 5GLVA 4AWDA 4IFNX 1CRZA 3HJRA 4GD4A 3N7MA 5LBBA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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