4XJ9A

Crystal structure of the nanb sialidase from streptococcus pneumoniae in complex with optactin at ph 5.0 in 50mm sodium acetate with dmso as the cryoprotectant
Total Genus 195
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
195
sequence length
658
structure length
658
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYGIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae tigr4
publication title `The Hunt for Serendipitous Allosteric Sites: Discovery of a novel allosteric inhibitor of the bacterial sialidase NanB
rcsb
molecule keywords Sialidase B
total genus 195
structure length 658
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2015-01-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4xj9A03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4xj9A01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4xj9A02
2UWBA 1Q8SA 4H52A 4Q1RA 3QCWA 3NV2A 5DG1A 4K3YA 4HZYA 3HN1A 4Q8LA 5GALA 2PHRA 2VW2A 4GXLA 3H71A 1VAMA 2VW0A 1IS6A 1W6OB 2G4IA 4RA0A 4DPNA 5IK7A 2ZMNA 4MJUA 1LOGA 2ZGSA 4RL7A 3AP4A 4F83A 1DIMA 4Y22B 1LU1A 1NMAN 3U4XA 4LBJA 3ALWA 1V6OA 2WQZC 2VH9A 1PZ9A 2GNTA 1Z4VA 3TIAA 4NOTA 2RKCA 3DGTA 5JOXA 3UL2A 2QWCA 4UW3A 1MWEA 3ZXLA 1C1LA 3RRDA 1MZ5A 1NNAA 1LOEA 5H9PA 1UZYA 2H0BA 4P9XA 5CAZA 2F27A 3D11A 1RITA 4WVVA 3A71A 1WLCA 2DVGA 3USUB 3VKLA 3KQRA 2WT1A 1KDKA 4X4AA 4M3CE 2UWCA 3PVEA 4YG3A 5IK8A 2QWJA 2I2SA 5T54A 2VK6A 3JUUA 5JVVA 3GVJA 1CVNA 5GLVA 1SLCA 4MWRA 5HUKA 2JD4A 2CNAA 4Z8BA 1GBGA 1V0ZA 2W68A 4K1ZA 1LJ7A 3K39A 1DQ4A 4HANA 2WSUA 4KBBA 4YZ1A 3R4UA 3ZSMA 4C1XA 2W39A 2VXRA 3WDWA 4FJ6A 2YMZA 2DU0A 1V6NA 1L7GA 2JKBA 2JECA 1N1TA 1XOEA 4YW2A 1ENSA 1WBLA 1SACA 1BZWA 2F24A 4M3CA 1WW4A 2DVDA 2E51A 3H73A 3B3QE 3N36A 5AVAA 4ISQA 4LBLA 3K36A 5JOZA 1GZ9A 4MYEA 4ZXKA 1MVEA 1JXNA 2TEPA 4XIOA 1EPWA 5GLWA 4XBQA 4DQAA 1A4GA 4KS1A 4B7JA 1SLLA 1IVDA 2C5DA 1E8UA 1V3EA 1AJKA 4Q2FA 4QN7A 4GA9A 1S0DA 2ZGNA 3POSA 4FQZA 1DHKB 2BATA 5IUQA 1MZ6A 5H9QA 1DGLA 3WDXA 4XJAA 2HYKA 4Q1PA 2GMPA 3RSJA 4YLZA 3AYDA 1W6MB 5DUXA 1W0OA 5JDBA 4I30A 3ZYRA 3A0NA 1A8DA 2GNBA 4JCKA 2DU1A 3UK9A 3VKOA 1NCCN 2D6KA 3FLPA 1RINA 1V6KA 4XILA 3V0AA 2CWMA 1VALA 4XJQA 1GZWB 2YA5A 3VKMA 5CB7A 1MS8A 2Z42A 2HT5A 2W5OA 2ENRA 2R0HA 1E8VA 4NCSA 1LOBA 1QNWA 2YA7A 3V0BA 1G9AA 3NWKA 2DUPA 1SLAA 4FPHA 2ERFA 2ZHMA 2W52A 3ILNA 4Y20B 2EXKA 3OBTA 4XXAA 4BPZA 4AVTA 2NN8A 1WW7A 3K38A 1H30A 2C4LA 2XG3A 3OJBA 1V2IA 3CL0A 1LODA 1O4ZA 1ENQA 3GNEA 5GLUA 4GZPA 3B69A 5T50A 2ZHLA 1FAYA 4GALA 1INGA 2ZZJA 4YG0A 1QGLA 2HU0A 1LECA 3BOPA 1J1TA 2EIGA 4XHBA 2F12A 2HTRA 5GLTA 2AEPA 3TB0A 4P14A 2D3RA 3WUDA 4M00A 2ZHKA 4U36A 1GYKA 1QDCA 1IVBA 5H9SA 5CNAA 4FPLA 4ASMB 1Z4XA 3TI3A 4R9BA 3R4SA 2VSMA 4HL0A 2AEQA 2QWKA 2VY0A 3WNXA 2ZGOA 4MWUA 2GMMA 3WZ1A 5EXOA 4WVWA 2R16A 2ZB5A 1AVBA 3CYEA 2F0ZA 2A3XA 3GALA 3BODA 3T1MA 1NN2A 3HMYA 3BIWE 1Z4YA 3PJQA 5FRAA 2NYYA 4FZHA 5HUGA 3WVJA 6NN9A 5HCFA 2W08A 5GJ6A 4FPYA 4ITCA 1YYNA 2C9AA 3FLRA 4MX0A 4XOGA 3CNAA 3AYCA 1WLDA 4YZ2A 3RMYA 2PELA 1W6PB 5DG2A 2E7QA 2XZIA 3ZYPA 3SNMA 5EYYA 2AYHA 4WZFA 1DQ6A 2D6NA 4ATFA 3OGGA 3AP5A 1Z50A 4Y1XA 1O4YA 1WD3A 4CPYA 2AH2A 5GLZA 2LTNA 1LGNA 2KM2A 3AP7A 1SLIA 1KJLA 1IKQA 1ULFA 3AYAA 1V6LA 4FVVA 3AXDA 3OYWB 4Y1UA 4PQ9A 2QWHA 4R9AA 4FPJA 1WD4A 3TIBA 3CKZA 3W09A 2EALA 3ZXKA 3T1LA 5DZFA 1AF9A 1FYUA 1HQLA 2E53A 2UURA 4UW6A 1AX2A 3VKFC 1A14N 3RS6A 3AJZA 4PBPA 4HZVA 2ZBJA 2EAKA 2D3SA 1NLSA 2GN3A 4XHXA 2ZGUA 1IVGA 1UN1A 2DVAA 1W6NA 2F25A 3N3HA 1A3KA 1GLHA 5HCAA 4MWQA 3GVLA 3N7JA 1JYIA 3FUQA 2CL2A 2PHXA 3N7KA 4XJ9A 5T52A 1LHWA 3UJQA 4XTMA 4PCRA 5B2CA 2DWRA 2VK7A 1F9KA 1KDMA 3M1HA 3BTAA 4WA5A 2Q5TA 4HZXA 5JLVA 5IK5A 4QN6A 1QDOA 4GWNA 1MS9A 1MVQA 2BQPA 1V6JA 3TI4A 4MWXA 1W6OA 5T5LA 1V6IA 3AZZA 4FPCA 5E89A 4FQ4A 4K1KA 2ZAAA 2ZGRA 3TI8A 1IS4A 4JC1A 2C4AA 3IKWA 5HCBA 4FPKA 1FNYA 1WUVA 2CMLA 5CBLA 4YM3A 4XMAA 1URXA 1GNZA 3ZVXA 1MS5A 5DUWA 1OKQA 3B9CA 4MWWA 3B00A 3AP9A 3HR9A 1CN1A 1LULA 4HZWA 2VSKA 1S0IA 5IK4A 3O9JA 1R1ZA 2E6VA 1NSCA 4GZSA 1CESA 3SH3A 2HTWA 3D6EA 1S0FA 5DZGA 4JF7A 3FBYA 4XTPA 1JYCA 1AXZA 4P9WA 3MW3A 4YW3A 5T5JA 4FVKA 3VUOA 2UWAA 1BQPA 4Q6KA 3N7MA 1BJIA 3ATGA 1DQ0A 3AX4A 1C57A 1DFQA 1INFA 3VV1A 1JOJA 2PHTA 4Y1ZA 1DIWA 2ZGQA 1NCBN 1YIFA 3R05A 2LALA 3T1EA 1MS1A 1OFSA 1WW5A 2ZGKA 2VUAA 1DQ5A 4CRQA 1LHVA 4MC7A 3OY8A 1IVFA 2P34A 2XZKA 2FHRA 2YY1A 1KJRA 2JJ6A 3INAA 4K1JA 2QWEA 3RG0A 3M3QA 3PVNA 1SFYA 2ZABA 2ZB6A 3TI5A 3WHUA 1INVA 1MS0A 2A70A 1PZ8A 3C2UA 3WG4A 1AXKA 2ZMLA 1A78A 4H53A 1XOGA 4NO4A 4GZOA 3M3OA 3D5OA 3DUIA 4YM2A 1I1EA 3CL2A 1HQWA 2DYCA 1L7HA 5B2DA 1C4RA 1V3DA 1DILA 2PHUA 1INYA 1NCDN 2EXIA 1SLTA 1AX0A 1WCSA 1JW6A 4PBOA 2A75A 1IKPA 1JHNA 4FOVA 2E7TA 4XJZA 1FX5A 1N3OA 1BXHA 1GSLA 2WSVA 5DXDA 2WT2A 2OVUA 2VWDA 2SILA 3WG1A 4LBQA 4CPLA 1LOCA 4H55A 2QWDA 1VCJA 4I00A 4AVVA 2XB6C 1Z78A 1V0EA 3WCRA 1GZWA 3POWA 1YI7A 1WLWA 4P9YA 4Q27A 5E8AA 1KITA 1DLLA 4XJ8A 1W21A 3O0XA 1HDKA 1IS5A 3ZSJA 4AYUA 4MZAA 4FPFA 2GALA 3T2TA 4D8SA 1ULEA 3ALXA 1SCRA 4YW4A 4L8QA 1B09A 1JUIA 2A6YA 3SANA 1SLBA 4XDQA 3A4UA 1N1YA 4GEZA 4GKYA 4OZXA 2AENA 5SV8A 3IPVA 1APNA 1OQ1A 1Q8PA 4BOWA 1F8EA 1ONAA 3L2YA 2D44A 3MW2A 4X47A 4LBMA 2QWGA 2W38A 1A4QA 3I8TA 3LCPA 4WEGA 3INBA 1LHUA 5DZEA 3V0AB 4UW5A 4LBQD 3O12A 2ZGPA 2A3WA 1AXYA 4WA4A 2DTWA 3V64A 4GZTA 4D69A 1HKDA 1Z0HA 5T5OA 2D3PA 4K1HA 1V3BA 2A3YA 3AZVA 4XE9A 1FV3A 1QOTA 3JU9A 1W20A 1S0CA 2A6WA 2YDTA 2NMNA 4AGGA 3I4IA 4X6KA 1I3HA 2DVBA 4GB1A 2V5YA 1Z4ZA 3JU4A 1BKZA 1PZ7A 1INWA 2NMOA 3VKNA 1X50A 3APBA 1ZM1A 3AZXA 4SLIA 3WG3A 1FNZA 2V73A 4R9CA 4YW1A 4M4VA 2ZMKA 2XZJA 4MWLA 2CYFA 5EWSA 1USRA 2ZA9A 1LEMA 1GKBA 3SLIA 1Q56A 1CQ9A 4YGEA 1SO7A 5T5PA 2PHFA 3ZSKA 3ZSLA 5HUNA 1NNBA 4AGRA 2WT0A 3W59A 1V3CA 4XBNA 2P3JA 4QN5A 1SNTA 1KQRA 2AUYA 4YG6A 1G9DA 1LESA 4GKXA 3D12A 1F8BA 5HUMA 4K1IA 1EUTA 2OUHA 5FREA 2YROA 2QWIA 4XXPA 1S0JA 4BLJA 4BMBA 1QKQA 2P3IA 3NV4A 4YZ4A 1UZZA 2DUQA 2VW1A 4UW4A 4CPZA 2F29A 2D6OX 2AR6A 1NMCA 4Y26A 1YO8A 3SILA 3AP6A 4XIKA 1HLCA 4YZ5A 4DGRA 1CIWA 3WCSA 4MWJA 4TZDA 2ARBA 4QNPA 4YGCA 4LBNA 5M1ZA 1LOFA 1WBFA 1Y7BA 2YA6A 4LBOA 4TYSA 1UL9A 4K20A 2B7YA 1LOAA 1W6QB 2HTYA 3AK0A 1DQ2A 2JE7A 3SALA 2D43A 4BQ1A 2GN7A 1KRIA 4YFZA 1W6NB 2DVFA 3FFZA 4KS3A 3PVOA 3ILRA 2F10A 1NSDA 1N1SA 2P3KA 2ZGLA 3M3EA 5JYYA 1NCAN 4Y22A 3ZXEA 2SLIA 5DUVA 4CPMA 1S1AA 4YGDA 1S0EA 2D6PA 4GWMA 2QWAA 4Q26A 1WCQA 2DURA 4M4NA 3ILFA 3FLTA 3MEPA 4BMEA 3NN9A 2ZACA 3M3CA 3Q9OA 4KS4A 5GZDA 2ZKNA 3SH4A 3LSEA 2EXHA 3ENRA 5T55A 3TI6A 1H9PA 2P37A 3IMNA 4DRRA 1UAIA 5H9RA 2HU4A 2QWBA 4FPOB 3USUA 3RQ0A 1N3PA 1W0PA 4M01A 1LEDA 3WG2A 5LK5A 3O0VA 3SITA 4YM0A 1G9FA 2GNDA 2NM1A 2YV8A 2A5ZA 1CPNA 2W5NA 1D0HA 1E8TA 1S0GA 3N35A 2HTUA 4AVSA 3A0KA 1G8WA 3MPPG 5KXBA 3AZYA 3SISA 4M4UA 4LBKA 2F26A 3O9KA 2HT7A 3MW4A 1F8DA 3H72A 1VIWB 4X49A 3WDYA 4GJTA 4Y24A 1VLNA 2VU9A 3TICA 4XBLA 1RIRA 2WJSA 4CPNA 1UPSA 4Q8KA 3ASIA 2YA8A 4M3CF 1BYHA 1Z4WA 2NP0A 2GMEA 2ES3A 1SBFA 4W65A 1BJQA 3O0WA 2R49A 1W8OA 3M2MA 3H6JA 5HX0A 2OUJA 1NNCA 2YDPA 2PHWA 2ZHNA 2VVZA 1QOSA 1MACA 2GDFA 1CR7A 3OY8B 1QMJA 4Y1VA 4PF5A 3D4KA 4KS5A 4CZSA 4XJWA 1G9BA 2F13A 4IQPA 4BLIA 3B7EA 1QU0A 5GZFA 1TEIA 1ULDA 1INXA 5EYXA 2B8HA 1SBEA 5KXCA 1XQNA 4C1WA 4CTEA 2A6XA 3QLQA 1AZDA 1IOAA 1GNHA 1W6MA 5KXEA 1U0AA 1JN2P 4HIZA 1LHOA 4FOQA 2NZ9A 1F31A 4M3CB 4BBWA 4BM8A 1YXWA 1ZA4A 5BYNA 4MWVA 2GNMA 5JOYA 2X9MA 2P2KA 5GZCA 4WEFA 1CJPA 1Q8OA 3AXEA 4FOWA 4HZZA 1LTEA 3ZXFA 1DZQA 2A71A 4B7MA 2WNEA 1FATA 3PMEA 4QN4A 4GZWA 1V6MA 4AWDA 1QOOA 5DUUA 2EXJA 1L7FA 4Y20A 1LGBA 4KS2A 2CTVA 4LBQB 4FP2A 1NMBN 1EUSA 2CWSA 1ENRA 1WW6A 1UMZA 2D6LX 2R0FA 1LENA 2QWFA 4UF7A 1GV9A 1B9TA 1SCSA 1QF3A 1W8NA 1GZCA 5GZGA 3NSSA 1B9VA 2OW4A 1MS4A 1MR5A 2YZ4A 4YM1A 4NN9A 3UJOA 2R1BA 3ZXJA 3H0OA 4R9DA 4FP3A 2ZGTA 2A6ZA 2FMDA 3O5SA 4XJRA 4MZEA 4DS0A 1ULCA 1UX6A 1LU2A 1DQ1A 1EURA 3IPVB 1Q8QA 1USXA 5NN9A 2EF6A 3WV6A 3V0BB 3B01A 5GM0A 3NV3A 5L73A 3AFKA 2DUOA 2YXSA 2BF6A 2W20A 1LGCA 4YW5A 4YFWA 4ATEA 2R1DA 1NSBA 2YA4A 5F5QA 4XZPA 5F9TA 2AREA 4ISRA 1IS3A 3A72A 3WLUA 1DYKA 3AZWA 1H9WA 3V65A 3WOGA 1AJOA 1CONA 1W1XA 2A6VA 3N7LA 4GDIA 1IVEA 1N47A 2D6MA 3RMXA 1NXD1 4YGBA 2SIMA 4QN3A 3IN9A 1LCLA 1F8CA 4WA3A 1W6PA 2RHPA 4AGVA 1Q8VA 1F5FA 1G7YA 1INHA 3WDUA 3AJYA 3IM0A 1MS3A 2JE9A 2VK5A 3FUOA 3WDTA 2A7AA 4WV8A 2BZDA 1D2SA 2SBAA 1S0BA 1AX1A 3POYA 3OYWA 4M3MA 3ZPYA 2ZGMA 1V00A 4B7QA 4GZQA 4JRAA 1G9CA 2F11A 1GANA 1VCUA 4YZ3A 4B7RA 1ULGA 5GZEA 1DYPA 1QNYA 4CPOA 3OPZA 5CA6A 2DV9A 2WKKA 4DFSA 5JOWA 3WDVA 1C1FA 2D7FA 1DBNA 1JBCA 4MJVA 2ARXA 4K21A 1G86A 4U2AA 1YRZA 3OBRA 3WUCA 3TAYA 4J9TA 1LOFC 1UKGA 3KM5A 3SH5A 1N1VA 2JDZA 4Y1YA 4XYXA 4FPGA 2BERA 1LHNA 4K1YA 2HTQA 3W58A 2AGSA 3GVKA 5JMCA 3LSDA 5IT6A 1W6QA 4XJUA 1N3QA 1FV2A 1GICA 2XCYA 3K37A 1VAVA 1SBDA 1IVCA 4FOYA 4DRVA 4GZXA 3NV1A 4NC5A 2WLQA 4B7NA 3BEQA 4XMIA 1CPMA 7NN9A 5KXDA 1EUUA 1B9SA 3K3AA 2HT8A 2F28A 4MWYA 4FPEA 5E88A 2HTVA 2UU8A 4GDJA 4ZKTB 2DTYA 1V0FA 2CY6A 3AYEA 3WHTA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4QGMA 2UWBA 4BXFA 2ZZKA 5D9CA 1Q8SA 1MQTB 3SCFA 3WR0A 1V04A 1CAXA 4H52A 4Q1RA 1RUJ2 3GHNA 1VMHA 1RHI3 4B4PA 3WQ0A 1VBE1 3N9LA 5FYHA 3QCWA 1DLCA 3ZYIB 3NV2A 2VNGA 2Y6LA 1H1AA 3ZFEA 1X8EA 4DIQA 2QQWA 2OPWA 3ZR6A 1L7LA 1RUD1 5DG1A 4ZZ5A 4K3YA 4HZYA 1K12A 3GDBA 3HN1A 1GQPA 4Q8LA 1UCXA 5D8AB 4MUVA 1BVVA 3K48A 5GALA 3W5NA 3SREA 2WC2A 1IPJA 2PHRA 2W1QA 2WAAA 4XW3A 4A42A 2VW2A 4L0PA 3B9IA 2ZWAA 4GXLA 4B3NA 3H71A 5I0DA 3BYCA 2RR13 5CKQA 1TE1B 1UWWA 2VNVA 1VAMA 3CZUA 5A6XA 4XFBA 2VW0A 1IS6A 1W6OB 2G4IA 4RA0A 4DPNA 3IAPA 4CPBD 5IK7A 2VZRA 3OGSA 2RM23 2R7EB 2Y6HA 1EAH3 2ZMNA 4MJUA 1J84A 4OZOA 1FPN3 3ZFFB 1VBB2 2KR2A 3GJBA 1LOGA 2ZGSA 2XBO3 2RS53 1KFUL 1PO23 1WA6X 3AP4A 3MIEA 3H1WA 4I0WB 4RL7A 2JWPA 5J37A 2VG9A 4NPLA 3MV01 5FK8A 5C3PA 1KEXA 4JDMA 1S2BA 4F83A 1DIMA 2WO7A 4XEZA 1OLME 3DL3A 3RZHA 3S7IA 4HXCA 4Y22B 2ET7A 3J8F3 1EV11 1LU1A 1NMAN 4OI4A 2WNUC 5F2SA 4FCAA 1X2RA 2IC1A 3KS7A 2IAUA 4XZUG 4AFDA 3OEBA 3GZUC 3O14A 5JSPA 3NL1A 1H2MA 1VR3A 5J7MA 1ZZBA 4LBJA 5LRRA 3U4XA 3ALWA 2RDNA 1V6OA 1H6XA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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