4XJ9A

Crystal structure of the nanb sialidase from streptococcus pneumoniae in complex with optactin at ph 5.0 in 50mm sodium acetate with dmso as the cryoprotectant
Total Genus 195
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
195
sequence length
658
structure length
658
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYGIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Hydrolase
molecule keywords Sialidase B
publication title `The Hunt for Serendipitous Allosteric Sites: Discovery of a novel allosteric inhibitor of the bacterial sialidase NanB
rcsb
source organism Streptococcus pneumoniae tigr4
total genus 195
structure length 658
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2015-01-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4xj9A03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4xj9A01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4xj9A02
3A0KA 3AYCA 1LODA 3T1MA 3A71A 4TZDA 2F24A 5B2CA 1LCLA 4FPJA 4FP2A 4XXAA 2V73A 1UAIA 2UU8A 1ENRA 1E8TA 3OGGA 1Q56A 1SCRA 4NO4A 2A3YA 2WT0A 2HTQA 4YZ5A 1MS3A 3W09A 5HCAA 4PCRA 2R1BA 1DBNA 1IS5A 2G4IA 4GWNA 4JCKA 5EYXA 1Z0HA 3B00A 1D0HA 5JOZA 2LTNA 2F10A 5GZCA 5F9TA 4ATEA 3LSDA 4GWMA 2OW4A 1IKPA 1DQ5A 4M3MA 4PF5A 2GN7A 5F5QA 5HUKA 2NMOA 3WG4A 3NSSA 2ZGLA 1W6PA 3FBYA 2F29A 4GALA 3VKLA 4BPZA 5JMCA 1NMBN 2C4AA 5NN9A 4YGBA 4NN9A 1EUUA 1LHWA 1IS3A 3ZXLA 1VCJA 2UWBA 3GNEA 2NM1A 5GZEA 2AREA 4FPOB 1V6NA 4I30A 1DHKB 1LU2A 1IS4A 4M01A 2D6PA 2JECA 1HLCA 3N7MA 2F27A 3N35A 4HL0A 3M3EA 1DFQA 1B9VA 4Y1ZA 5E8AA 1FATA 2ZHKA 3SLIA 4FOYA 2HTUA 2P3KA 2AH2A 1LULA 3JU9A 1Q8VA 4P14A 1A8DA 2HU0A 2E53A 4XIOA 1G9FA 3WDTA 4AVVA 3R05A 4YM0A 4LBJA 2CTVA 4FPGA 2GMMA 3GVKA 3CNAA 3AJYA 3ILFA 1FV2A 4GZOA 5GALA 2ZABA 3WDXA 4XYXA 1VIWB 1LJ7A 4MWLA 2C4LA 1CONA 2ZGMA 1C1FA 2Z42A 1S0EA 1ULCA 1DIMA 3ZSJA 3D12A 4U2AA 4Y1VA 4HIZA 3D11A 2BF6A 4TYSA 4FPEA 3ZPYA 1MS9A 1V6IA 3QCWA 3VKFC 4GKXA 1JUIA 3QLQA 2VW0A 1JYIA 3ZXKA 1WBFA 3N7JA 1X50A 4KS1A 1FX5A 1R1ZA 2F0ZA 4Y20A 3UK9A 1V2IA 2DYCA 3IPVB 3PVNA 1W1XA 4BLIA 3SILA 4BMEA 2D3SA 1NMCA 3AZXA 4HZVA 2A6XA 2R1DA 5T5OA 1UPSA 2LALA 2XCYA 1INWA 4MJUA 1C4RA 3ZYPA 2VK6A 3PVOA 4R9BA 1W6OB 1APNA 2D6NA 3JUUA 1FNZA 2WT1A 3ASIA 3C2UA 4ITCA 3SNMA 4WA5A 2W5OA 1SBFA 1MVEA 2AGSA 4NOTA 2VWDA 1IKQA 3K39A 3A0NA 3OBTA 4HZWA 1WW4A 4K1KA 2W08A 3O9KA 3WG1A 1QOOA 2GNTA 4M4NA 5DUUA 4K20A 3U4XA 2VK7A 5DG1A 5EYYA 2OVUA 4P9XA 1CQ9A 2CNAA 2H0BA 3V0AB 4XIKA 3OY8A 3RQ0A 1SNTA 3WG2A 1HQLA 2YV8A 1BQPA 4H52A 4UW4A 4BOWA 2SILA 4MWXA 3SH3A 2NMNA 4K21A 2QWJA 2BQPA 1V6MA 4Y1XA 3TICA 3O0WA 2HTYA 4Y1YA 1V3EA 2F13A 2R49A 4WVWA 3A4UA 3ZXJA 2RKCA 1VLNA 1INXA 3IN9A 1DQ6A 2YZ4A 4SLIA 1SLAA 4XJ8A 2CYFA 3FLTA 1KDMA 1Z4YA 4X49A 3ZXFA 4Q1RA 4AVTA 5JYYA 4FOQA 3GVJA 1LENA 4FPKA 2JE7A 1YI7A 1AXZA 3WUCA 4YG3A 2PHTA 1Q8PA 3WZ1A 2ZHLA 4UF7A 5BYNA 4XOGA 5GZDA 4DRRA 4P9YA 1W6MA 2W52A 3K3AA 2AEPA 1XOGA 3AZYA 1F8CA 1J1TA 4Q6KA 3B01A 3TI4A 2ZGOA 4MWYA 1W6NA 2GDFA 3ZXEA 1N1TA 4YW3A 1G7YA 4AGGA 2NZ9A 3O0XA 2ZGNA 4L8QA 1A4GA 1AXKA 4XXPA 3UL2A 3TI6A 4Y26A 1NSBA 1IOAA 3D6EA 6NN9A 1V6LA 1GV9A 2E7QA 3K38A 2PHWA 1IVCA 4M00A 2ZHNA 4AGRA 4MJVA 2R16A 2UWCA 3BIWE 5IK5A 1CPMA 1S0JA 1S0IA 2XZIA 2WT2A 3RSJA 1AVBA 3R4SA 5LK5A 1Q8OA 5E88A 4BLJA 3DUIA 3ILRA 1NNBA 3ZSKA 4GKYA 3I4IA 4LBOA 4AGVA 2R0FA 2ZGQA 3ALWA 3OJBA 4F83A 1CJPA 4XILA 1Z4VA 1BXHA 4ZXKA 2ZMLA 1W6QA 4YGEA 4XBNA 2V5YA 5CA6A 1NN2A 2ZZJA 2DVBA 1LOAA 3SH5A 2A6ZA 2A3WA 1QDOA 1ZM1A 1MZ6A 4YM2A 3K36A 2A75A 2ZGSA 5T5LA 2EIGA 4K1JA 1SACA 4K1IA 4LBQB 1WBLA 2ERFA 1FNYA 3POSA 3V0BA 3H6JA 3ALXA 4QN4A 3TI5A 5T55A 1G9BA 1D2SA 3MEPA 1MWEA 3ZVXA 4YW5A 3AYDA 1G8WA 1SBEA 3WUDA 2YA8A 2A71A 1Z4WA 1SLTA 2GNBA 4KBBA 1GZWA 5GLVA 1DYPA 2XB6C 3I8TA 2CL2A 3OYWA 2GMPA 4XMAA 1USRA 4KS4A 4CPNA 5CB7A 2Q5TA 1DLLA 1A3KA 5H9RA 1NNCA 5IUQA 1LTEA 2QWIA 4GB1A 2ZB6A 3PJQA 3O5SA 1E8UA 4NCSA 3RMXA 1DQ1A 1N1YA 2YDPA 2ZB5A 1CR7A 2SBAA 3HR9A 4YW4A 2QWHA 4AWDA 2VH9A 2AR6A 1ONAA 1LOFA 1RINA 1ULEA 2AENA 4XBLA 2B8HA 4R9DA 1A14N 4WA3A 5GLWA 4JC1A 4MWWA 1QU0A 1F5FA 1Z4ZA 3TIBA 1MACA 2AUYA 4XJUA 2ZMNA 2QWAA 1ENSA 3W59A 2CMLA 1WLCA 1NCAN 4GXLA 2A5ZA 4FZHA 1USXA 1AJKA 2W68A 3WHUA 1WD4A 1EUTA 2QWKA 1V3BA 4D8SA 1CESA 1N47A 2C5DA 5KXDA 1WUVA 1MVQA 1W0OA 4M3CF 3TIAA 2WSUA 3WDUA 4YG0A 2WSVA 3AZVA 1BJQA 3IKWA 5GZGA 3INBA 1SLLA 1G9CA 4YZ3A 5T54A 3WLUA 4YM3A 4C1WA 1S0FA 1RITA 4U36A 4GZSA 1GANA 2WNEA 4K1YA 4CRQA 2DURA 4MWVA 4WEGA 4YZ1A 1F9KA 1INHA 1HKDA 5T50A 3H73A 1YRZA 1S1AA 2AEQA 4XTPA 1GZCA 3M3OA 4H55A 5JDBA 1VAMA 1AJOA 2ZKNA 1GNHA 4MZAA 3BTAA 2CY6A 2F28A 1DYKA 2QWCA 1QF3A 4MX0A 1NSDA 3AZWA 3BEQA 3T1LA 4ISRA 1AZDA 2GNDA 1B9TA 3FUOA 2ES3A 1FV3A 1MR5A 1XQNA 5DUXA 4XJZA 1VALA 2XZJA 3POYA 4XJWA 2C9AA 3MPPG 3AX4A 4B7NA 1B9SA 5JLVA 3RMYA 5CNAA 4MWQA 1TEIA 4CTEA 1NCCN 1W8NA 4QN6A 3RG0A 3B7EA 3WDWA 2DV9A 2SIMA 5JOYA 2GALA 4M3CE 1PZ9A 2P3IA 1YYNA 2A6WA 4CPOA 1GICA 1WW5A 2FMDA 1S0CA 4FQZA 2OUJA 1W21A 5HUMA 2F26A 3WCRA 1JHNA 5HCFA 1SCSA 3FUQA 4MWJA 4GEZA 3IM0A 2SLIA 1DIWA 4R9CA 1PZ7A 3SITA 1L7GA 2HT8A 1MS8A 4R9AA 4FOVA 3NV1A 4ZKTB 1ULDA 2BERA 3TAYA 3AP4A 4GZTA 1BYHA 4CPLA 4BM8A 3VKOA 2BATA 4FPCA 3IPVA 3LCPA 1SO7A 4KS5A 4ISQA 1KITA 4LBQD 2GNMA 2ZHMA 2P3JA 1L7HA 5E89A 4Q2FA 2W5NA 2QWDA 5HUNA 1DGLA 2DUPA 1EPWA 4OZXA 5L73A 3AJZA 1Z78A 3PVEA 1ULGA 2D3RA 1N3PA 2E6VA 1MS5A 2DU0A 4QNPA 2W39A 4BBWA 1EURA 1W6OA 4XJAA 2PHFA 5DG2A 1Z4XA 3UJQA 1W6QB 4B7JA 4PQ9A 3AP7A 1LGCA 2QWGA 5IK8A 3USUB 4K3YA 4M3CA 1RIRA 2DWRA 1W0PA 1SBDA 4CPZA 1QKQA 4WVVA 3VUOA 2ARBA 3N36A 1MS1A 2ZBJA 1OFSA 4XZPA 1LOBA 3H72A 1DZQA 3CL2A 4GZPA 5GLTA 4W65A 1NMAN 2VK5A 2A3XA 1GLHA 3BOPA 2JD4A 1LEDA 2UWAA 1MS4A 1INGA 3V0AA 2PELA 4Z8BA 4YLZA 4YGCA 5DZGA 3IMNA 1LOFC 1INYA 4QN7A 4B7MA 1GSLA 3T1EA 2F25A 2VY0A 4D69A 1LGNA 1GZWB 1IVBA 4KS2A 2ENRA 4B7RA 1CVNA 2EF6A 2D6OX 5EXOA 1W6PB 2P37A 4YFWA 3UJOA 5CBLA 4DQAA 4B7QA 5GM0A 1N3QA 1JBCA 3AXDA 3AP6A 2JE9A 2VSKA 1E8VA 2A6YA 2P34A 4J9TA 3AXEA 5M1ZA 1DQ0A 1NXD1 3AFKA 2D44A 3D5OA 1QGLA 1N3OA 4Q27A 3WVJA 2DVGA 2D6LX 1HQWA 1N1VA 1L7FA 2HT7A 3TI3A 1V00A 1V3DA 2YXSA 5DUWA 3O9JA 1LHNA 2WJSA 2XG3A 1CN1A 4YZ2A 2F11A 4BQ1A 1OKQA 2BZDA 2VW1A 3AP5A 1U0AA 3VKNA 1GNZA 1GKBA 3ATGA 5GLUA 3O0VA 2ZGRA 4XE9A 2XZKA 5H9PA 5KXBA 3SALA 1V3CA 4HZYA 1JN2P 1ENQA 3AP9A 1C57A 1H30A 2PHXA 3CKZA 1GZ9A 1W8OA 3NV3A 4Y22A 1S0BA 1I1EA 1UZYA 3ENRA 2ZGUA 3FLPA 3LSEA 4RL7A 1JOJA 3N3HA 4Q8LA 3CYEA 4XHXA 1V0FA 4QN5A 2JDZA 4LBLA 5IK4A 4MWUA 4FVVA 5DUVA 1A4QA 2D6KA 5SV8A 3L2YA 4FQ4A 4Y20B 1KRIA 3OPZA 4Q26A 2JJ6A 2D3PA 4LBMA 2HYKA 4Y1UA 3PMEA 1UN1A 2CWSA 1KJLA 2E51A 3W58A 2DUOA 4AVSA 3SANA 2YA5A 1CIWA 1DQ4A 1BKZA 2HTVA 2NYYA 1LHUA 1O4YA 2I2SA 1V6JA 1WW6A 3M3QA 4NC5A 4XHBA 1AX0A 2OUHA 1VAVA 3V65A 4MZEA 1CPNA 2DVFA 4X6KA 1INVA 4WA4A 2A70A 2ZA9A 2E7TA 1NSCA 1GYKA 1KDKA 2DVDA 1IVDA 2GMEA 3M1HA 1Q8QA 5FREA 5JVVA 3B9CA 3MW4A 4LBQA 2EAKA 3VKMA 4GDJA 5T5PA 2QWFA 1B09A 3H0OA 3KM5A 4CZSA 1ULFA 1KQRA 1YO8A 3WV6A 1MS0A 4M4VA 2NP0A 2W38A 1WCQA 2EXIA 3TI8A 1AX1A 5EWSA 3OY8B 2VVZA 2QWBA 3FLRA 2AYHA 1AX2A 4GZXA 1LECA 3N7LA 3SH4A 1ZA4A 2JKBA 1V6OA 1H9PA 3NV2A 1URXA 3FFZA 1NCBN 3N7KA 3OBRA 4MC7A 1IVEA 1GBGA 2HU4A 1FAYA 1UX6A 1DQ2A 2DTYA 5JOXA 4YM1A 3WG3A 4GA9A 4YGDA 3B3QE 4YFZA 5KXCA 2D6MA 1LESA 4AYUA 1S0DA 2EXHA 2A6VA 2HT5A 1WLDA 3APBA 1G9DA 2X9MA 2YY1A 4ATFA 5IK7A 4GJTA 1MZ5A 3WCSA 1LGBA 1I3HA 2WLQA 5DZFA 4FVKA 3K37A 3WDVA 4WV8A 2VUAA 1SLIA 3V64A 5H9SA 1G86A 2DVAA 1IS6A 1UL9A 3R4UA 4MWRA 4X4AA 1QOTA 3KQRA 4P9WA 1IVGA 4XTMA 5T52A 4KS3A 4XJ9A 1F8EA 4XJQA 3O12A 4HANA 5KXEA 3D4KA 4FP3A 4XBQA 3ZSLA 4IQPA 1SLBA 4DS0A 1NCDN 1VCUA 4M3CB 1EUSA 1LOEA 1W6MB 1WLWA 1C1LA 5HUGA 4C1XA 5B2DA 2RHPA 1AXYA 4Q8KA 1LOCA 1F8DA 1IVFA 4LBKA 1A78A 2ZGPA 1F8BA 1LOGA 5HX0A 4CPYA 2P2KA 2YDTA 3HMYA 4DGRA 2YA6A 2ZACA 1JXNA 1WW7A 4WEFA 2HTWA 1WCSA 4Y24A 4XJRA 3WNXA 1W6NB 3DGTA 2WQZC 1YIFA 1INFA 4FPHA 1F31A 1DILA 4XMIA 4YW1A 2VXRA 1JYCA 2DU1A 4GZQA 4DRVA 3NV4A 2R0HA 5GLZA 2VW2A 4FOWA 4WZFA 1N1SA 3RS6A 4ASMB 5GJ6A 2B7YA 1LEMA 3NWKA 1V6KA 1BJIA 5GZFA 3AYEA 1LU1A 2ARXA 1Q8SA 3TB0A 1QNWA 4JF7A 2UURA 4LBNA 1NNAA 4HZXA 3AK0A 1V0EA 2TEPA 3JU4A 4YW2A 1UKGA 2DTWA 2PHUA 4K1HA 4FPFA 2D43A 4UW3A 1NLSA 2QWEA 2ZAAA 1JW6A 3WHTA 1W20A 1OQ1A 1QOSA 3M2MA 5T5JA 1KJRA 3HN1A 2DUQA 3ZYRA 1PZ8A 5JOWA 4K1ZA 3T2TA 3NN9A 2VSMA 1XOEA 4QN3A 3GALA 2GN3A 1Z50A 2D7FA 5FRAA 1QDCA 3BODA 2F12A 1SFYA 3GVLA 3CL0A 2ZMKA 3WOGA 3SISA 5CAZA 1O4ZA 4CPMA 2NN8A 3V0BB 2FHRA 4Y22B 4JRAA 3Q9OA 3VV1A 3A72A 1YXWA 3INAA 2EXKA 4FPYA 4RA0A 1QNYA 2ZGKA 4XDQA 5IT6A 5DZEA 4DPNA 4FPLA 1AF9A 1WD3A 4I00A 1FYUA 3MW3A 2W20A 3ZSMA 2YA4A 1LHOA 4FJ6A 4UW6A 1UMZA 1V0ZA 3RRDA 2KM2A 1G9AA 3OYWB 1LHVA 3MW2A 2EXJA 3M3CA 4YG6A 5H9QA 4BMBA 2YROA 5AVAA 1QMJA 4DFSA 1HDKA 4MYEA 2VU9A 1H9WA 4HZZA 2EALA 5HCBA 4YZ4A 2CWMA 2ZGTA 4GDIA 3WDYA 4M4UA 1SLCA 1UZZA 2A7AA 4H53A 4PBPA 5DXDA 3POWA 1BZWA 4GZWA 2HTRA 1S0GA 2WKKA 3H71A 1Y7BA 4UW5A 4PBOA 4X47A 3ILNA 7NN9A 2YMZA 4Q1PA 2PHRA 3B69A 2YA7A 3USUA 3AYAA 3AZZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3KGLA 4N9IA 3POFA 1NY72 4DXRA 3A0KA 3AYCA 1LODA 3CQOA 3T1MA 3HNYM 3A71A 2BEOA 4IE4A 5IFTA 4NJ4A 1JZ2A 4TZDA 1L7QA 3SRGA 4AR2A 1SDDB 4PLMA 1PGW2 1LCLA 2F24A 5B2CA 4FPJA 4FP2A 3CHXA 2GZWA 2V73A 4XXAA 1ZI0A 4IMBA 2XLAA 5FZCA 2Y6FA 3WNNA 5FZ1A 4XFCA 2HWD1 1UAIA 1GU3A 2UU8A 3OBZA 3OGSA 2XL7A 2OT7A 2HKXA 4M0NA 1ENRA 1E8TA 3M4FA 4CEYA 1ZZ9A 2JB4A 3OGGA 2E33A 4QB1A 4JX0A 3MF9A 3ZGCA 3ACFA 5FZHA 1Q56A 1XU2A 4MX3A 2VQUA 5IYYA 1SCRA 5A6XA 3ZYIB 2RJ2A 5D9CA 4NO4A 2A3YA 4QKNA 5HXMA 2WT0A 2HTQA 3SKVA 4YZ5A 1MS3A 3NKGA 3S0MA 3RZGA 4I3PA 1K5JA 2OQ7A 3AMHA 4P9GA 3SXWA 3V64C 2VUCA 3D0SA 3VBOB 1W9FA 3W09A 3DKWA 5HCAA 4IXLA 5FNSA 4YVWB 2W5FA 4PCRA 2ZEZA 1RMU3 2R1BA 5FP3A 2D40A 2X05A 1DBNA 4NVPA 3NNGA 3WF1A 1IS5A 2G4IA 4GJZA 2V4AA 2MEV2 2ZCWA 1IG3A 4GWNA 4JCKA 3WW1A 3QBQA 5EYXA 3WP5A 3ZN6B 3MF6A 2VZUA 1TVGA 1Z0HA 1D0HA 3B00A 3MUY1 5CISA 5JOZA 3H8XA 1POV0 1O5LA 3LEMA 4B4RA 4XAEA 2LTNA 2F10A 4MGZE 5GZCA 5CIRA 4BXSV 5F9TA 4ATEA 5A33B 4I02A 1X9TA 3LSDA 4QXCA 2XJRA 2E31A 4GWMA 1QQP1 2OW4A 1IKPA 3VZKA 1H2KA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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