4XJAA

Crystal structure of the nanb sialidase from streptococcus pneumoniae in complex with 5-acetamido-2,3-difluoro-3-hydroxy-6-[1,2,3-trihydroxypropyl]oxane-2-carboxylic acid
Total Genus 196
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
196
sequence length
658
structure length
658
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYGIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title `The Hunt for Serendipitous Allosteric Sites: Discovery of a novel allosteric inhibitor of the bacterial sialidase NanB
rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae tigr4
molecule keywords Sialidase B
total genus 196
structure length 658
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2015-01-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4xjaA03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4xjaA01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4xjaA02
3GVKA 1IVBA 2OW4A 4NC5A 2UWAA 1LHOA 2WT0A 1ULDA 4B7JA 3V0AB 1A14N 3AZWA 2B7YA 5B2CA 3LCPA 1F8CA 1CONA 1WW4A 4HIZA 1NNCA 1E8VA 4FVVA 3AP6A 3DUIA 3AXEA 1NCBN 2PHTA 1B9VA 3MW2A 4Q27A 2F12A 2YMZA 2V73A 1V6LA 2A6XA 2D44A 4FPJA 3PVNA 1SLIA 5IK5A 2HT8A 5T50A 2F26A 3AZYA 1NNBA 4GZTA 4B7NA 4NO4A 1Y7BA 4Q8LA 3FLRA 1MS3A 3INAA 1QNWA 1V6IA 1APNA 3B00A 5DZEA 4Q2FA 4MWQA 2XZJA 5T5LA 3RQ0A 4YZ2A 1OKQA 1V3BA 1H9PA 2NN8A 1A3KA 3WVJA 1VAMA 4X49A 5DUUA 2PHWA 2VK7A 2W38A 2QWFA 4GB1A 1FAYA 2F28A 5EYYA 4AVSA 1URXA 2ZGKA 2VXRA 3AZVA 5DUWA 1F8DA 1G8WA 1SLCA 2E7QA 2XG3A 2R1BA 1NN2A 1W8NA 1DQ0A 1W6MB 4WEGA 3IM0A 2VSKA 2YV8A 1C57A 2ARXA 3SH5A 4AVTA 4WA5A 4R9DA 1I3HA 3GVLA 1BJIA 3A72A 4M00A 4XJQA 1DIMA 2KM2A 1W1XA 4YW4A 3A0NA 3VKOA 5E8AA 4YW5A 3TI5A 3RRDA 1DYKA 2VK5A 1LHNA 2DTYA 1H30A 1J1TA 1UX6A 4X47A 4M3CA 2DU1A 4L8QA 2GALA 2GMMA 4M3MA 2HTYA 4IQPA 1BYHA 2HTVA 4B7MA 4DGRA 1S0GA 3D4KA 5HUGA 3LSEA 3ILNA 2F10A 3KM5A 4LBMA 1ZM1A 3IMNA 3D6EA 4XBNA 3O5SA 4XXPA 4I30A 1I1EA 4BQ1A 2JJ6A 4Y1YA 3ZXFA 4XILA 1QNYA 1OQ1A 1W6QB 2EAKA 1Z4XA 2DWRA 3AXDA 4GZXA 1HKDA 4J9TA 3VUOA 1WLWA 2SLIA 3M3QA 3VKFC 1DFQA 2DVFA 5JDBA 1IS3A 1SFYA 1L7HA 4WVWA 1LTEA 4FPOB 3TB0A 1G7YA 4WA4A 4YZ4A 3V0AA 4PF5A 2R0FA 1W6OB 3T2TA 1G9BA 2W52A 4Y1UA 2WKKA 4WEFA 3TI3A 1JOJA 5IT6A 1S0FA 3SH4A 4MWVA 1AXZA 4QNPA 4FOYA 5EWSA 5DG1A 3W59A 2UWCA 2WT2A 2D6KA 4GWMA 4Y1XA 1JN2P 4K20A 4CPMA 4XBLA 3K39A 3M3EA 1NSCA 4GXLA 4M3CF 2ZGOA 4XTPA 4JRAA 3SLIA 1OFSA 4NN9A 4YFWA 5IK7A 2YDTA 4GEZA 1HQLA 2ZGTA 1WW6A 2A75A 4PCRA 3V0BA 4WV8A 4Q26A 4SLIA 1AX0A 4FPYA 2DTWA 1YIFA 2AEQA 5DUXA 1A4QA 2F29A 1GLHA 5F9TA 5M1ZA 2D7FA 3NSSA 2QWDA 4K1IA 3ILRA 1N1TA 4UF7A 1Q8OA 2E53A 1IKQA 4YW3A 4Y26A 4OZXA 2WLQA 1W6NB 4R9AA 2QWJA 2YDPA 3TI6A 1RINA 4QN5A 2R49A 2AEPA 2ZGMA 1NCCN 3ZYRA 4FPLA 3N7KA 2GN3A 2CWSA 1LHVA 3WG2A 2ERFA 4R9BA 2PHUA 3RG0A 2YZ4A 2G4IA 1AJOA 1UN1A 1WD3A 1YRZA 2HU0A 4X4AA 1W6MA 3ZPYA 1A4GA 4NOTA 1W20A 2WSUA 4AGRA 2BERA 3ZSKA 1IS6A 3OGGA 4YG3A 2NYYA 4K21A 3OY8B 1ONAA 1O4YA 4FPGA 4YZ3A 3OJBA 1RITA 1NMAN 1AX2A 1IVFA 5DXDA 5KXBA 2ZGQA 2D43A 1QMJA 1CR7A 2D3PA 4DS0A 2H0BA 4GDJA 1QOSA 5T5JA 2R1DA 4K1YA 3O9JA 3POWA 2ZBJA 2QWEA 2ZMKA 5H9PA 3FUQA 4D69A 1QU0A 5GZCA 4FPKA 2VY0A 4GALA 1GNHA 2W08A 1JBCA 2DVAA 4XIKA 1D2SA 3DGTA 2GNTA 4Y1VA 3CKZA 3FLPA 1W6QA 1F31A 2YA6A 5T5PA 4YG6A 2Q5TA 3K37A 1G86A 5T54A 2DVBA 5SV8A 1EURA 3JU4A 4PBOA 3ZXJA 2W5NA 5H9QA 1LHUA 3WZ1A 4LBOA 4HZYA 3BTAA 2VUAA 5T55A 4ISRA 2FHRA 5IUQA 3WDVA 3UK9A 5E88A 4YW1A 1KRIA 4NCSA 1LHWA 1HDKA 4YG0A 1YO8A 1LU2A 3OYWA 3ASIA 1S0JA 1W8OA 3WDYA 4YGBA 2CMLA 2D6PA 1LOFC 3MEPA 1MVEA 4QN4A 2ZABA 4BM8A 1VALA 1WLCA 3KQRA 3M1HA 1CESA 4FP3A 2JKBA 4Y1ZA 1ULCA 3D5OA 3OBTA 4M4NA 1W0PA 4GKYA 2ZB6A 3AX4A 2DYCA 1GNZA 3AYAA 2BF6A 1Q8PA 2WNEA 1G9AA 4LBLA 1G9FA 1MACA 4BOWA 2GNMA 2CTVA 4D8SA 2W5OA 2ENRA 2VU9A 2VW1A 3ZSMA 4TZDA 3GVJA 3JUUA 1NSBA 5CA6A 3WLUA 4MZEA 1USXA 1V0FA 4XBQA 4HZXA 1Q56A 4XTMA 4R9CA 1UZZA 1XOEA 5KXEA 3M2MA 2UU8A 3VKNA 1R1ZA 4MWYA 4CPOA 2HTWA 2JECA 5T5OA 4YLZA 4K1JA 2E6VA 2JD4A 2EXHA 3AP7A 1YYNA 2W68A 4ATEA 4KS2A 1LJ7A 4XYXA 1TEIA 4KS5A 1ENRA 4Y22B 3SANA 4MC7A 1XOGA 3NN9A 1MWEA 1JUIA 3NV4A 3ATGA 2PHXA 3K38A 2DV9A 3ZYPA 2PHFA 2ZGSA 2A6VA 2PHRA 1E8UA 1NCAN 4XMAA 1WBFA 1GZWB 4DFSA 1BJQA 2ZHNA 3SH3A 2EXKA 1N3QA 3CL0A 4GWNA 1DZQA 4DRRA 4GZSA 2AYHA 3GNEA 4CZSA 1L7GA 3BOPA 2AGSA 4F83A 1V2IA 2F24A 1LEDA 3OPZA 4MWWA 2VWDA 4K1HA 4BMEA 2D3RA 3WUCA 4YW2A 1Z0HA 2EF6A 1C1LA 1W6PB 3INBA 4XHXA 1DGLA 1A8DA 3WG1A 1SBEA 1N3PA 1DLLA 3IPVA 1NMBN 2XZKA 2DVGA 5JMCA 1FV3A 2D6LX 2CYFA 7NN9A 3L2YA 1NNAA 5FRAA 1JXNA 3AJYA 4Y20B 3RMXA 2C4LA 4MZAA 2ZAAA 1BZWA 4RL7A 1IVDA 1DILA 1WCSA 2ZHMA 5E89A 1MZ6A 1LOCA 4DPNA 3H6JA 1KQRA 1S0CA 2CWMA 1JYCA 3QCWA 2WSVA 3UJOA 1W0OA 1AZDA 1GV9A 4HANA 2HTQA 1FNZA 3AK0A 3Q9OA 1VCUA 2SILA 3SITA 4GDIA 4GA9A 1USRA 3WG4A 4MJUA 4CPZA 2EIGA 1IVCA 1B9TA 1DIWA 5EXOA 4P9WA 2QWHA 3MW3A 1INGA 5HX0A 3WV6A 1JYIA 4XJZA 2LALA 4YGEA 1GSLA 3WHUA 4K1ZA 5CAZA 3O0XA 1V6NA 1DQ2A 1GKBA 1H9WA 4P9XA 3ALWA 5T52A 2JDZA 5DUVA 1QOOA 1SCRA 2LTNA 2QWKA 4YFZA 4FOQA 4WVVA 2P3IA 4U36A 1F8BA 3JU9A 5CB7A 1LOFA 1Z78A 3HR9A 4GKXA 1AXYA 3ALXA 2D6OX 1EPWA 2D6NA 5CBLA 1NLSA 1UKGA 3NV3A 5JVVA 5HCBA 3UJQA 5LK5A 1MZ5A 2ES3A 1UMZA 1IVGA 1KJRA 4YM0A 3I8TA 3ZVXA 1V3DA 2NM1A 3TAYA 1YXWA 3NV2A 1Z4VA 4U2AA 3IKWA 4HZWA 1AVBA 5DZGA 1MS9A 3H72A 4M3CE 1DQ4A 1AJKA 4H53A 4Y22A 2YXSA 2WT1A 1MR5A 2HU4A 2A6YA 4KS3A 3PVOA 2ZZJA 1PZ8A 1SBFA 1DBNA 1KDKA 3C2UA 4XE9A 2F27A 5KXCA 4K3YA 4Q8KA 1LENA 3D12A 1UL9A 1EUUA 4FOVA 1O4ZA 3SALA 2F25A 3AZXA 4MJVA 1SCSA 5BYNA 4HL0A 4LBQB 4MX0A 3AYCA 5GZFA 2CL2A 4UW3A 4QN6A 4CPYA 4H52A 1QGLA 4XJ8A 3H0OA 4FJ6A 1ULEA 2ZACA 2YROA 2DUOA 4DQAA 4TYSA 1NXD1 1ZA4A 1X50A 2YA8A 5DG2A 2HYKA 2P34A 3T1LA 3A71A 3WOGA 3FBYA 3B9CA 4LBKA 1Q8VA 1S0EA 2OUJA 4MYEA 3FFZA 1GICA 3QLQA 1INFA 2ZGUA 1SO7A 1GBGA 4Y24A 3WDUA 3VKLA 2YA4A 5KXDA 4YGDA 3B7EA 5DZFA 1N1VA 4UW6A 2JE9A 1ULGA 4B7RA 2V5YA 2WQZC 3O9KA 1V6JA 4FP2A 3M3OA 1Q8SA 2RHPA 3ZSLA 1V3CA 1MS1A 1SLTA 1DQ6A 4XOGA 2HT5A 1WD4A 2A6ZA 1LESA 1VCJA 2QWGA 1NSDA 1S0BA 1N3OA 5AVAA 4XHBA 3SILA 3A0KA 1ENSA 4KS1A 3WCSA 3POSA 1WUVA 3VKMA 2HTUA 1SLBA 3ZSJA 4MWUA 1W6OA 1BXHA 3AJZA 1QDCA 1FATA 1LOGA 1CVNA 4P9YA 4CTEA 3RS6A 1V3EA 4UW5A 4GZOA 2VK6A 1XQNA 2XZIA 1Z4ZA 4XJRA 5GZDA 1GANA 1RIRA 2YA5A 2XB6C 3USUB 1CIWA 1MS8A 5NN9A 2NP0A 1HLCA 4BBWA 2SIMA 2NZ9A 2ZB5A 1QDOA 2GDFA 2D3SA 1PZ9A 5GLUA 5L73A 4CPNA 4JCKA 2A5ZA 2BZDA 4Q1PA 3R05A 1G9DA 2AUYA 4LBJA 2YA7A 3TI4A 4GZWA 4I00A 2SBAA 1LU1A 2R16A 4FQZA 5GLWA 3BODA 3AFKA 3WUDA 5JOXA 2X9MA 2ZA9A 4FOWA 3PVEA 2BQPA 1BQPA 4ISQA 1WW5A 4XJUA 5H9RA 3FUOA 1GZCA 2OVUA 3BEQA 1DHKB 1SLLA 1W6NA 2OUHA 3RSJA 3ZXKA 1IVEA 3WNXA 2P2KA 4XDQA 1AF9A 2P37A 4GZPA 2ZGLA 3CL2A 1WCQA 1INXA 4FPFA 3U4XA 2JE7A 5JOYA 2EALA 2I2SA 2ZHLA 4W65A 3T1MA 3D11A 1JW6A 1D0HA 4FPHA 3APBA 3NWKA 1PZ7A 2EXJA 1HQWA 1V6MA 1DQ1A 1B9SA 3HN1A 4LBQA 3V0BB 1UAIA 3OY8A 1SNTA 2F11A 2RKCA 4FPCA 3N7MA 1Q8QA 2DU0A 1QOTA 5IK8A 3WCRA 4Q6KA 1F5FA 3SISA 4MWRA 4GJTA 4JF7A 4XJAA 1CPMA 4FZHA 3M3CA 1CQ9A 2F13A 2UWBA 2QWBA 1IOAA 3N7LA 1SLAA 5IK4A 3O0WA 4HZVA 3VV1A 3MPPG 1WLDA 3LSDA 2HT7A 3TIBA 1QF3A 1B09A 2A3YA 3W58A 1F8EA 2VSMA 1EUTA 1AX1A 2W39A 1LCLA 4RA0A 3UL2A 4C1XA 3AYEA 5JLVA 4Z8BA 3K36A 1S1AA 2VH9A 3R4SA 1WW7A 2ZGRA 2ZMNA 1LOAA 4MWJA 2GNDA 3POYA 3WDXA 4BLIA 2D6MA 4WA3A 1UPSA 2GN7A 2R0HA 2C4AA 1Z4WA 4ITCA 4YM1A 4ZXKA 2ZKNA 2QWIA 1VLNA 1V0ZA 2A7AA 1LODA 3N3HA 1IKPA 2VW2A 2FMDA 4YZ1A 4C1WA 2A3XA 1VAVA 1LGBA 1AXKA 1V0EA 2AH2A 5HUMA 2NMOA 3USUA 2GNBA 4CPLA 3V64A 1SBDA 4P14A 4XZPA 4X6KA 4AVVA 3MW4A 1E8TA 3B3QE 3N35A 3CNAA 1U0AA 2W20A 2VVZA 2HTRA 3PMEA 3O0VA 3AP5A 4UW4A 1INWA 4M4VA 1NMCA 3RMYA 1NCDN 2ARBA 1DYPA 1INHA 3V65A 4LBQD 2A71A 5FREA 4B7QA 3AP4A 1MS4A 3R4UA 4DRVA 1CPNA 4BMBA 5HCFA 2ZMLA 1C1FA 3WDTA 1C4RA 2P3KA 1S0IA 5EYXA 1ENQA 3OYWB 1GYKA 1ULFA 1INYA 1FV2A 3TIAA 3O12A 1N1YA 3CYEA 1KJLA 2VW0A 5GLTA 4QN7A 3AZZA 5HUKA 3ZXEA 1IS5A 4ZKTB 3N36A 2DURA 4XJWA 5F5QA 5GLZA 2AR6A 1W21A 1S0DA 3W09A 3B69A 2P3JA 1N47A 2UURA 4YGCA 4YM2A 4XXAA 2E51A 1JHNA 3OBRA 1MVQA 4FPEA 1Z4YA 1FYUA 3WG3A 6NN9A 4XMIA 2BATA 3WHTA 1IS4A 2PELA 1GZWA 2GMEA 1A78A 4K1KA 2A70A 3BIWE 4KS4A 2EXIA 5B2DA 1G9CA 2ZHKA 1BKZA 4AYUA 5JOWA 1MS0A 4JC1A 1LOBA 5HUNA 5GALA 2NMNA 4AWDA 2DVDA 5GM0A 4ASMB 1DQ5A 3TICA 4BPZA 5GLVA 1LGCA 3WDWA 2CNAA 3TI8A 4FVKA 2C5DA 1W6PA 2AENA 2F0ZA 4YM3A 3H73A 1CN1A 4FQ4A 4QN3A 3GALA 4AGGA 1UZYA 4PQ9A 1SACA 1L7FA 1N1SA 2DUQA 1INVA 2A6WA 4WZFA 1LOEA 2TEPA 3AYDA 1V00A 1WBLA 2AREA 2B8HA 4Y20A 1QKQA 3AP9A 5CNAA 1MS5A 5H9SA 1FX5A 4HZZA 3A4UA 1KITA 2DUPA 4CRQA 4YZ5A 2ZGPA 3HMYA 1V6KA 1V6OA 2QWCA 1CJPA 3H71A 3B01A 2ZGNA 1YI7A 4AGVA 1VIWB 2YY1A 4M4UA 4PBPA 4GZQA 1LEMA 4MWXA 3N7JA 4XJ9A 1LGNA 2C9AA 3IPVB 3FLTA 2CY6A 3NV1A 5GJ6A 3ILFA 2XCYA 4MWLA 5HCAA 1Z50A 2Z42A 4M3CB 2GMPA 1LECA 3ENRA 3T1EA 2E7TA 5JOZA 4H55A 3K3AA 3IN9A 4Q1RA 4BLJA 5GZEA 2A3WA 4XIOA 1LULA 1KDMA 4M01A 1FNYA 3PJQA 1EUSA 3SNMA 5JYYA 1F9KA 4ATFA 3I4IA 2WJSA 5GZGA 2QWAA 4LBNA 4KBBA 3ZXLA 1GZ9A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2WO3A 2YGLA 2JG8C 1QJZA 1R083 3GVKA 3VBUA 4G3YC 2VL4A 1NCQA 1IVBA 2OW4A 2IAUA 5IVVA 2R071 5LBEA 1KFUL 3T4HB 2VZ1A 4N9IA 4NC5A 4GNBA 3KV6A 2WYFA 4X6RB 4CDQA 2UWAA 4HT1T 2BEOA 4LHNA 2G9ZA 4E27A 1DCSA 1LHOA 1NUKA 2VR4A 2VZVA 2WT0A 3VDDB 4IGOA 1M06G 1BMV1 1ULDA 1W2OA 1CAXB 4CP9B 5C3QA 2XJVA 2LROA 2YBPA 4EE2A 3DCQA 4B7JA 3LEMA 1P8JA 2ZJCA 4NHKA 4Q5OA 3V0AB 1A14N 3GZEA 3N9LA 4CDXC 3B93A 4DO0A 1EY2A 1TME1 3O1MA 3ZKUA 2CGPA 2JX9A 1VBE3 1HRV3 3AZWA 3ZFEA 2B7YA 1CJDA 5FIXA 3VBOA 5B2CA 3K3NA 3H50A 3GJAA 3LCPA 4DXSA 3B94A 2QQPA 4RHV3 1F8CA 1OQEA 3IDBB 1XNCA 2K9ZA 2XL9A 1VBC2 1CONA 2R041 2ZX1A 1WW4A 2B39A 1X9PA 2ATFA 4AHWA 4HIZA 1NNCA 1XU1A 2GAUA 1E8VA 1PVC1 5JIAA 4FVVA 3AP6A 1PIV3 2DF7A 4DEVA 5CKNA 4A6OA 3DUIA 4GD4A 4CA9A 2CAUA 5D21A 3DEMA 3AXEA 1NCBN 2PHTA 1B9VA 3MW2A 1SPPB 2PLV2 2QQWA 2TNFA 3PU8A 2ZEXA 3JQXA 4Q27A 2F12A 2JG8B 2W9XA 2QJVA 5FYTA 4AZZA 2YMZA 2V73A 4NE9A 5I0RA 2GH8A 5L7OC 1V6LA 4EN9B 3J8F3 3B02A 2A6XA 2D44A 4FPJA 5FZEA 1ASJ2 3PVNA 5JI9A 3CHXA 3LEGA 2HBUA 1KEXA 3GYDA 4V2VA 3MIFA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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