4XJAA

Crystal structure of the nanb sialidase from streptococcus pneumoniae in complex with 5-acetamido-2,3-difluoro-3-hydroxy-6-[1,2,3-trihydroxypropyl]oxane-2-carboxylic acid
Total Genus 196
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
196
sequence length
658
structure length
658
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYGIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title `The Hunt for Serendipitous Allosteric Sites: Discovery of a novel allosteric inhibitor of the bacterial sialidase NanB
rcsb
molecule keywords Sialidase B
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae tigr4
total genus 196
structure length 658
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2015-01-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4xjaA03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4xjaA01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4xjaA02
2DV9A 2ZGRA 2PHUA 3WUDA 2D6PA 1MS3A 2CWSA 3QCWA 1SLTA 5CBLA 2CNAA 4X6KA 4KS4A 4XHBA 4Y22A 3MEPA 1LULA 2HU0A 1DFQA 1BYHA 3USUA 2D3SA 3TIBA 4GALA 5GZEA 1D2SA 4LBNA 1INYA 1F8BA 1BXHA 2R0FA 1CESA 4XE9A 4BOWA 4YG0A 5IK4A 4R9BA 1ULGA 4K1HA 2A3XA 4H52A 4YZ2A 2CY6A 2HTYA 1U0AA 1LOCA 3SH5A 1V3DA 2WT0A 4CPLA 3D6EA 1INWA 1WBFA 2ENRA 4XJ9A 2H0BA 1QU0A 1VALA 4MWXA 4B7NA 2QWAA 1RIRA 5CB7A 2WT2A 1KJRA 1EURA 4MWRA 3H71A 4GA9A 1LOFA 1NXD1 5GLVA 4FPHA 4OZXA 3MW2A 2WT1A 4ZXKA 2NMNA 4AWDA 4DPNA 1G86A 3PMEA 2ZGPA 3GALA 3O0WA 1YXWA 3HR9A 3UJOA 2A6VA 4K1YA 4UW4A 4YZ1A 4Y22B 2DWRA 4M3CF 3VV1A 1G9BA 4PQ9A 2DUOA 3WHTA 1VCUA 1FYUA 1ZM1A 1WLCA 1IS6A 2YV8A 4GDJA 3FUQA 3NV3A 4HZYA 1QMJA 1AX2A 1A4QA 1QF3A 5JOZA 4FZHA 2GALA 1YYNA 1WLDA 4WV8A 1F9KA 3GNEA 1G9DA 5JOXA 2GNMA 2W20A 4H55A 1NSDA 4FVVA 1DBNA 1WCQA 3N3HA 1VAMA 3JU9A 2YA5A 2D6KA 1UKGA 1SLBA 3VKFC 2LTNA 1G9AA 4WZFA 3AP7A 3AZXA 4U2AA 3NN9A 4Y26A 1A4GA 2YA7A 2YDPA 4C1XA 1GKBA 2HU4A 1LHWA 3LSEA 1UZYA 3ATGA 2VVZA 1S0GA 1LGBA 1W6PA 1WLWA 3M1HA 3K36A 1USRA 3UK9A 1W6NB 2R49A 4NO4A 1Z0HA 1LU1A 2AEQA 4BM8A 2D3PA 1GYKA 2BATA 1V3BA 5HUGA 5GLTA 4AVSA 5T5OA 3ZYPA 3SH4A 3I8TA 5JLVA 1SLCA 5B2CA 4WA3A 3RMXA 4LBJA 1NCBN 3OYWA 1MR5A 1S0CA 1AXYA 2D6OX 3R4SA 3HMYA 5DG1A 3T1LA 5IUQA 2D6LX 1A3KA 4M3CE 1JUIA 2EXHA 1N1SA 4AVTA 2VK5A 1L7GA 2E51A 1MZ5A 3AJZA 2ZHNA 3D11A 1QOTA 4YZ4A 5JMCA 5M1ZA 5SV8A 1IS4A 3AZZA 2NP0A 3JU4A 4R9AA 3T1EA 1W6OB 2W5NA 3WVJA 1KDMA 4GZPA 2NMOA 5T5PA 4K1KA 3WG3A 1G9CA 1MS5A 1W0OA 2GDFA 2AH2A 5JVVA 4YG6A 2ZGOA 1WBLA 3SILA 2AYHA 1F8DA 3KQRA 2CWMA 3WUCA 4Q8LA 6NN9A 3R05A 1NN2A 2HT7A 2WSVA 4YW4A 2F25A 2F26A 2ZHMA 4BMBA 1I1EA 1CONA 1B9SA 2ZMNA 1V0FA 4MWWA 1DZQA 2WNEA 1W6PB 1LOAA 5DZFA 3BEQA 1RITA 2A75A 3O9KA 2QWHA 1PZ7A 1INFA 3RQ0A 3MW4A 2AREA 2QWIA 4Y1VA 3WCSA 2I2SA 4XJRA 2XG3A 4BMEA 3B3QE 4Q27A 4CRQA 4XXPA 5H9SA 4ISQA 1CN1A 1W0PA 5EYYA 1W6QA 3VKLA 4IQPA 3OYWB 2OUJA 1S0IA 1QNYA 4FP3A 1GNHA 1AJKA 5JYYA 4UW3A 2V73A 3U4XA 3OGGA 1KDKA 4K1IA 3A4UA 1DIMA 5L73A 2GMMA 5GJ6A 1RINA 1O4ZA 1LODA 1V6NA 2ZMKA 1URXA 3K38A 1NSBA 2CL2A 2OW4A 4Y1XA 4XXAA 1E8TA 1V6OA 3TB0A 2DTYA 4GKXA 3ILFA 3WDXA 3INBA 1SFYA 1S0DA 1UMZA 3AYAA 4GKYA 2D3RA 4QN3A 4MWVA 4YM1A 2Z42A 1INGA 1AF9A 1LTEA 3AFKA 3IMNA 2X9MA 5E89A 4CPYA 1UZZA 4CTEA 3VKOA 4BLIA 1CQ9A 3WG2A 5HCAA 1NCCN 2YXSA 3D5OA 2W39A 3AK0A 1MS8A 5T54A 2C5DA 1DYPA 1SBEA 4GDIA 2CTVA 3AZYA 3POSA 1ZA4A 3IPVB 4PBPA 2P34A 4M4VA 5FRAA 2ZMLA 3AXDA 4I00A 4XDQA 1SBDA 5DUVA 1TEIA 3ZPYA 1SO7A 3D4KA 2RHPA 2HT5A 2SIMA 4PBOA 4XTPA 5GLUA 1GZWA 1SACA 1IVCA 1LOGA 2PHFA 1V3EA 2P3KA 3TI5A 1AX1A 3V0BB 4M01A 1W6QB 5KXCA 5EYXA 3ZXEA 3GVJA 4X47A 1CJPA 5AVAA 1W1XA 1VAVA 5LK5A 2NN8A 4FPFA 2NZ9A 2PHTA 4HZWA 1V6KA 2F0ZA 3RSJA 3ILNA 4XTMA 2DURA 1GICA 2OUHA 1YI7A 3CNAA 1QOSA 3O5SA 2A5ZA 1O4YA 3V0AA 1EUTA 1V3CA 4MJUA 4UW5A 2ARXA 3AYCA 2YROA 1HDKA 1W8NA 3N36A 1Q8OA 2EF6A 1Z78A 2PHXA 4RL7A 5BYNA 3B69A 4MWLA 4BQ1A 4U36A 3WHUA 1NLSA 3QLQA 4MWUA 2AEPA 1X50A 3BODA 1V0EA 4BPZA 1Q8SA 3GVKA 3ALWA 1BZWA 4XMAA 3SNMA 3WCRA 2A6ZA 2F28A 4YGBA 2RKCA 4M3MA 3CL0A 1YO8A 1W8OA 2D44A 2ZGLA 1IS3A 2HTQA 2D6NA 1WW6A 1MWEA 1SCRA 2F10A 1NMBN 4X4AA 4WVVA 3VKMA 5T5LA 4HZVA 1SLLA 2XZJA 3FUOA 4B7QA 1N1YA 4FVKA 4F83A 5IK5A 5E88A 5KXBA 2W52A 2ZA9A 1NNAA 4XIOA 1G8WA 2VSMA 1AJOA 4H53A 2QWKA 3USUB 2VH9A 1EUUA 2ZGSA 4YZ3A 2SILA 5DZGA 4ISRA 2ZGMA 1DQ1A 3ENRA 5GZDA 4GJTA 2A3WA 4B7MA 1NCAN 5IK7A 3B00A 1VCJA 2ARBA 2B8HA 1Z50A 1DHKB 1KITA 2YDTA 4P14A 2HTUA 1DQ2A 1Z4WA 2GNBA 4AGRA 3KM5A 1E8VA 2F11A 1LEMA 1INHA 2DVAA 5NN9A 4FPEA 1LHOA 3D12A 1S1AA 1F8EA 3SLIA 4GWNA 1ULFA 1V00A 4XJWA 1BKZA 2UU8A 4LBQD 2EXJA 1GLHA 2ZABA 2JE9A 1GZ9A 4K1ZA 3A71A 4ITCA 3HN1A 3UJQA 2VK6A 2A6XA 4Y1YA 1NMAN 3AP5A 4XILA 4UF7A 2WKKA 4QN6A 2VUAA 3SALA 1FX5A 2GN7A 1DQ0A 4XYXA 4JC1A 5DUXA 4SLIA 3B9CA 4UW6A 1AVBA 5FREA 1S0FA 4FPYA 5HX0A 2JDZA 1LOFC 4YFWA 1MVQA 3N35A 5IK8A 2PHRA 2E53A 1QKQA 2ZB6A 2A6WA 4AGGA 5JDBA 2E7QA 5EWSA 4YZ5A 2E7TA 1PZ9A 2A7AA 1GSLA 4DRRA 3H73A 3H6JA 1BJIA 4XJAA 2KM2A 4AYUA 3FBYA 1VLNA 4LBOA 1LOEA 5DZEA 3MPPG 4FPKA 1LESA 2Q5TA 4DQAA 1V6IA 3M3QA 1SCSA 3POYA 4GZOA 4HZZA 4GZWA 4K1JA 2ZBJA 1DLLA 4LBKA 3TIAA 3ZSJA 2JKBA 4RA0A 5HUMA 1ULEA 1IKQA 4Q26A 1KRIA 1XQNA 2VU9A 3ZSKA 2CYFA 2AENA 4NN9A 1QGLA 1W21A 5GLZA 3WLUA 3CKZA 1OKQA 3I4IA 3K39A 1JBCA 4Y1UA 3FLPA 4Y24A 3VUOA 4FP2A 3O0VA 1HQWA 1ULCA 2PHWA 2OVUA 1NMCA 4HL0A 4YM0A 3W59A 3AYEA 4GXLA 3ZYRA 5EXOA 2TEPA 4AVVA 4ATEA 4LBLA 5T52A 2JECA 4P9XA 5T50A 4YM3A 4DS0A 4M3CA 3OY8A 3O9JA 1G9FA 1LECA 4CPMA 4CPOA 2VY0A 3T1MA 2QWGA 5HCFA 2F27A 3A0KA 4WA5A 3ZXFA 2HTVA 2ES3A 2D43A 1A14N 1MACA 2XCYA 1Y7BA 1C1FA 2NYYA 2WQZC 4FOQA 3SH3A 4CPZA 3M3CA 1FNYA 2DUQA 1UAIA 4ASMB 3ZXJA 2YA8A 4FPCA 3A0NA 5HUKA 3RRDA 3RMYA 1F5FA 1AX0A 2ZGNA 1UPSA 3WDVA 1JW6A 3TI4A 1N3QA 4MWJA 1Q8PA 2CMLA 1S0EA 3IM0A 3O12A 1FV2A 3B7EA 3H72A 2FMDA 3K37A 1DIWA 1QNWA 3FFZA 2DUPA 2C9AA 3NV2A 4TYSA 1ULDA 1D0HA 3INAA 2GN3A 4MX0A 2ZZJA 5DUWA 3ZXKA 3AZWA 1OFSA 4P9YA 1VIWB 1YIFA 1LENA 1B9VA 1N3OA 2R1BA 4Z8BA 4FPLA 3ALXA 1HQLA 3CYEA 2E6VA 1NCDN 5H9QA 2JE7A 4FPGA 4WA4A 2HYKA 4YW3A 3N7JA 2QWFA 3PVEA 4AGVA 3JUUA 3WV6A 4PF5A 4YM2A 1SLIA 1B09A 1C4RA 2AR6A 4R9DA 1W6MA 1C57A 1JN2P 4I30A 1IVBA 4NCSA 4Q1PA 3BOPA 4XMIA 1LGNA 2W38A 1V6MA 2BERA 1Q56A 1GANA 2QWCA 2GNDA 5F9TA 4XJZA 4MJVA 1DQ6A 1IS5A 4KS5A 4MZAA 3VKNA 3LSDA 1W20A 4KS3A 4MWQA 2R16A 2QWEA 4FOWA 4YGDA 5GALA 1UL9A 1GV9A 1MVEA 4GEZA 1NNCA 2ZGKA 4FPOB 5GLWA 2D7FA 4Q6KA 2UURA 1WW4A 3OBRA 3AJYA 2QWDA 2DU0A 3AXEA 1H9WA 2DVBA 3POWA 2NM1A 1WCSA 3WG4A 1INVA 1JOJA 4Y1ZA 1JXNA 3SISA 1J1TA 2DVGA 4DGRA 4YLZA 1ENSA 1WUVA 4BBWA 1AXZA 1DQ5A 2EALA 1WW5A 3L2YA 3UL2A 1USXA 1IVDA 4QNPA 1LCLA 4Y20A 1IVGA 2WSUA 2AUYA 4D8SA 3OBTA 4FQ4A 2ZGQA 4K20A 1DYKA 2QWBA 3ZXLA 4DRVA 4Q2FA 4FOYA 4YW5A 3TAYA 2EXIA 1GZWB 1QDOA 4M4UA 3O0XA 2P2KA 5H9RA 1W6NA 4KBBA 3NSSA 1A8DA 4W65A 1W6MB 3ZVXA 3GVLA 1GBGA 1LHUA 1WD4A 1G7YA 5GM0A 3DGTA 4C1WA 1MS0A 4XJUA 3FLRA 2WLQA 3BTAA 4XBLA 3TI3A 4YW2A 3T2TA 3OPZA 2GMEA 3WDTA 1E8UA 1N1TA 3V0AB 1ENRA 1FAYA 2BQPA 2ERFA 1CR7A 2V5YA 4ZKTB 2ZGUA 2VWDA 2SLIA 3DUIA 2ZGTA 3M3EA 1BQPA 4CZSA 1MS9A 3WG1A 4JF7A 3AP4A 3SANA 1EPWA 1W6OA 3ZSLA 4TZDA 4XZPA 1AZDA 5KXEA 2A6YA 3WOGA 5HCBA 2DVFA 2P3JA 1ENQA 2UWAA 4Y20B 2C4AA 2YZ4A 3AX4A 1A78A 4YFZA 4KS2A 1NNBA 3AZVA 1FATA 1Z4YA 4MWYA 1N1VA 1HLCA 5E8AA 3AP9A 2GMPA 2ZHKA 2UWBA 2JD4A 3LCPA 2DU1A 1YRZA 1V6JA 4NC5A 7NN9A 4M4NA 1SBFA 5CAZA 2VW2A 1BJQA 2G4IA 3BIWE 4YW1A 3OJBA 4XHXA 5T5JA 2YA4A 2ZACA 3FLTA 5IT6A 2PELA 4QN5A 2P3IA 5H9PA 1Z4XA 1C1LA 5JOYA 4HANA 1WW7A 1MS4A 1MZ6A 4ATFA 2EXKA 4MZEA 1GZCA 1LHVA 4FOVA 4K21A 3ZSMA 1JYIA 2AGSA 3C2UA 4DFSA 4HIZA 1F8CA 3ASIA 1IVEA 1MS1A 1SLAA 1UN1A 1V6LA 1XOGA 5DXDA 2A70A 3NWKA 2ZKNA 4JCKA 2DTWA 3WDWA 1V0ZA 3TICA 1L7FA 3TI8A 4MYEA 4FQZA 1H30A 1CIWA 4NOTA 2B7YA 2EIGA 2SBAA 1QOOA 4JRAA 1LHNA 2XZKA 2VXRA 3Q9OA 2F24A 1AXKA 3AP6A 5KXDA 4GZXA 3M3OA 4YG3A 1DILA 1LOBA 2ZAAA 2HT8A 1HKDA 4YGCA 3WDYA 2GNTA 3W09A 2LALA 2A3YA 1UX6A 3NV4A 1IVFA 1WD3A 2ZHLA 1GNZA 2F29A 2W08A 1DQ4A 5T55A 4XJQA 3APBA 2QWJA 2D6MA 4K3YA 5DG2A 1CPMA 4MC7A 4M00A 1KJLA 4GWMA 2W5OA 3IPVA 3V65A 4WVWA 3AYDA 3ILRA 4P9WA 4LBQA 3B01A 5DUUA 4XJ8A 3N7KA 4KS1A 4GZSA 1I3HA 4LBMA 3WDUA 1V2IA 1S0BA 5CNAA 2YA6A 3RS6A 4YGEA 1NSCA 1OQ1A 1KQRA 1S0JA 3R4UA 3NV1A 2ZB5A 4GZQA 4B7JA 3V0BA 3K3AA 4XBNA 4Q8KA 1QDCA 1INXA 1L7HA 1ONAA 1SNTA 1DGLA 3PJQA 2VW1A 1N3PA 1LJ7A 3WNXA 2UWCA 1CVNA 3N7MA 3V64A 4WEGA 2C4LA 1IKPA 2XB6C 4PCRA 1FNZA 4GZTA 3PVOA 1PZ8A 2VSKA 2HTWA 3MW3A 5CA6A 1JHNA 1LGCA 1Q8QA 1B9TA 3IKWA 4QN7A 3PVNA 4QN4A 3W58A 5GZCA 2FHRA 2F13A 2YMZA 5JOWA 2EAKA 2YY1A 3M2MA 4D69A 1FV3A 3N7LA 1Q8VA 1Z4VA 2R0HA 1JYCA 3CL2A 4GB1A 1H9PA 2A71A 1APNA 2VK7A 4B7RA 4FPJA 1XOEA 2P37A 4X49A 2DYCA 2WJSA 3IN9A 5B2DA 4HZXA 1LU2A 3RG0A 3H0OA 3SITA 4WEFA 4BLJA 1EUSA 3WZ1A 4CPNA 4XOGA 1LEDA 5HUNA 1CPNA 4J9TA 1N47A 4XIKA 4FJ6A 4LBQB 2R1DA 3A72A 1F31A 4XBQA 2W68A 1R1ZA 3TI6A 1Z4ZA 2BF6A 2BZDA 4M3CB 4R9CA 3OY8B 2XZIA 1IOAA 4Q1RA 5GZFA 2DVDA 2F12A 5F5QA 2VW0A 5GZGA 2HTRA 4L8QA 2JJ6A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4EZ4A 2DV9A 2Q8EA 2P3YA 4JRLA 2QQMA 4FTEA 4UFHA 4S2HA 2ZGRA 2EVXA 2V09A 4JGYC 1IUBA 1XNCA 2PHUA 3WUDA 5GKAC 2D6PA 2WFF3 4L7BA 1MS3A 3J8F3 4AQSA 4E27A 2CWSA 1ASJ1 2YC0A 3IT8A 5BPXA 1VB4A 3QCWA 1ALYA 1SLTA 4KWUA 4W8JA 1T2XA 5LBEA 5FPUA 1QEXA 2FPBA 1YJLA 1YI9A 5CBLA 1XPWA 2PLV1 2CNAA 4X6KA 4M4RA 1B35B 3VB9A 4MGTA 4KS4A 4O9GA 4HN0A 1K32A 4LO7A 3H9AA 4BH9A 4UOUA 2WN3A 5CKMA 4XHBA 4Y22A 1J83A 2WFPA 1W3XA 2BJSA 3LF7A 3MEPA 1LULA 3T09A 2JG8A 2LRPA 2HU0A 3WNKA 3SMHA 1DFQA 5C71A 3IAQA 1K12A 3MUY1 4L0PA 2DYHA 4CHBA 2ZX4A 1BYHA 2ADEA 5LBFA 3USUA 5B4NA 3O1SA 1NCRB 3CL1A 2WWJA 1HJFA 2D3SA 4BQWA 2HWB2 4P5HA 3TIBA 2OS2A 4GALA 5GZEA 5LRSA 5H47A 4ZZ5A 2XWJB 1D2SA 4IEZA 3PJYA 2EIBA 5CVRA 5FZHA 4BB3A 3FE5A 1OF3A 4DB5A 2V72A 3V64C 4LBNA 1INYA 2F17A 2VMGA 1F8BA 1KS4A 1BXHA 2R0FA 4QQHA 3ACIA 1CESA 4XE9A 4BOWA 4KWKA 5C8WA 1O91A 3NKGA 4UOJA 4YY8A 2WO3A 4CCNA 2DBNA 5C5TA 4YG0A 4QKBA 4XZUG 1UMIA 3EMRA 4LJHA 5D9DA 3POBA 5FUNA 5IK4A 4R9BA 4CPBA 1ULGA 1CAXA 1PVC2 1W8TA 3K4ZA 3FHAA 1NAEA 4B7KA 4MGKE 5L19A 4K1HA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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