4XJAA

Crystal structure of the nanb sialidase from streptococcus pneumoniae in complex with 5-acetamido-2,3-difluoro-3-hydroxy-6-[1,2,3-trihydroxypropyl]oxane-2-carboxylic acid
Total Genus 196
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
196
sequence length
658
structure length
658
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYGIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Hydrolase
molecule keywords Sialidase B
publication title `The Hunt for Serendipitous Allosteric Sites: Discovery of a novel allosteric inhibitor of the bacterial sialidase NanB
rcsb
source organism Streptococcus pneumoniae tigr4
total genus 196
structure length 658
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2015-01-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4xjaA03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4xjaA01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4xjaA02
4Q2FA 4WVWA 3UL2A 1APNA 2P3KA 2Q5TA 2DU1A 2DVFA 4FP2A 1V3CA 2ZMNA 2EXHA 4BPZA 5GZGA 1RITA 3FLPA 1NCAN 4M3CB 3AP5A 1NCCN 3ZXFA 5HUMA 1LHOA 3PMEA 4Q1PA 3DUIA 1LOFC 3AZZA 3FUQA 1C1FA 3UJOA 1H9WA 3MW2A 4X4AA 1Z78A 3K38A 2A3WA 1QF3A 1KRIA 3VKFC 2CMLA 4GJTA 4X6KA 1IVEA 4CPZA 3WG4A 2SLIA 1YXWA 1ZM1A 1FX5A 2Z42A 2UU8A 3WCRA 4HZXA 1Z0HA 1LENA 4HZYA 5L73A 4AYUA 2E51A 5JOWA 5LK5A 3M3CA 3VKMA 3WVJA 4OZXA 3AYDA 1LESA 2ZGTA 3OGGA 2ZACA 1S1AA 2CWMA 4QN3A 2RKCA 4B7QA 4PCRA 1V6IA 1IVCA 5T5OA 1Q8PA 3GVKA 1INVA 1FNZA 4LBQA 2C9AA 1IVGA 4MYEA 3R05A 1VLNA 2NZ9A 2AEQA 4B7NA 4GZQA 3T1MA 4YW1A 2ZGLA 1W6QA 2D3SA 3TI8A 2QWDA 1YYNA 3N35A 1G9DA 1KJRA 2BF6A 2AEPA 4FPOB 4K20A 3GNEA 5AVAA 4GZSA 1LULA 4M4UA 2YDPA 5GLVA 4M3MA 3B69A 3WDVA 5H9SA 3NV1A 4GWMA 1Z4ZA 3SNMA 3KQRA 4YW2A 1N1TA 3AZXA 1V3DA 4LBJA 4YFZA 1LU2A 1V2IA 4U2AA 1ULDA 3PJQA 4XMIA 1NXD1 4YW5A 3SH5A 1ULEA 1GZWB 3D5OA 3AK0A 1NNBA 3IM0A 1AXZA 1CQ9A 4XTMA 4ZKTB 3N7MA 3LSEA 2ENRA 5HUNA 2P3IA 2CWSA 4FOYA 3O5SA 1QGLA 4Q8KA 2HTUA 2WT1A 1WBLA 4YG6A 3OPZA 1NNAA 5EYYA 1NSCA 1QOSA 2HU4A 3BODA 2D6NA 4Y1UA 1ULFA 4YGBA 1WLWA 4XJRA 3ZXKA 1BQPA 1PZ7A 3JU9A 1R1ZA 3VKLA 1B9TA 1ENQA 2VSKA 1X50A 4XYXA 3N7LA 4P9WA 4WA4A 1B9VA 3N36A 3WHUA 3TIAA 2CY6A 5T5LA 1A4GA 1CPMA 2ZGUA 1LGCA 3IKWA 5T5JA 5CNAA 1WW4A 5JOXA 3WZ1A 1NMBN 4WVVA 4BMEA 1CPNA 3V0BB 1DGLA 3GVLA 1E8TA 3PVOA 4CPYA 2ZZJA 1YIFA 3WCSA 1QNWA 2NM1A 1MS8A 3POYA 4DGRA 3RRDA 2NMNA 2A3XA 2D7FA 4KS1A 3AJZA 2WT0A 1BZWA 2F29A 4H53A 1W6PA 1VALA 5F9TA 3PVNA 5KXBA 1MS5A 2A71A 4YG3A 4PF5A 3TI3A 4FP3A 3WG1A 1V3EA 2GMEA 2D43A 2E53A 2DUQA 2WT2A 4YZ3A 2ZHKA 1AVBA 2KM2A 1Q8OA 3R4UA 2D6KA 3O9KA 1FV2A 3O0WA 1DQ4A 4AWDA 3MPPG 2ARBA 1HKDA 2E6VA 1I1EA 2AENA 1XOGA 3WUCA 2YA7A 4ATEA 4M3CA 3W09A 2WNEA 3K39A 1CR7A 3DGTA 5T5PA 5GALA 2DTYA 4YZ5A 1O4ZA 4XBQA 4L8QA 2R16A 3TAYA 3SANA 2ZGPA 4XHBA 4QN4A 1LOFA 3ZYRA 1IVBA 1QNYA 1F5FA 2OVUA 1NN2A 3NSSA 2VXRA 2QWBA 4XILA 1LOCA 3USUB 1EUSA 3SALA 3R4SA 1GSLA 1DQ0A 1F8BA 3WOGA 2D6PA 4DRVA 2F0ZA 2BERA 1SLCA 1PZ9A 1N3PA 3WDUA 6NN9A 4YW3A 3ZPYA 1HQLA 4FVVA 2DURA 4XJZA 1G9AA 4JRAA 3AP9A 4ATFA 1H9PA 4I00A 5F5QA 5GLWA 2PHXA 4HZVA 2R1BA 2A6XA 1SLIA 4AGRA 4XOGA 1LEMA 5KXCA 3HR9A 4LBQD 4M4NA 1Z4WA 2PHRA 1DZQA 4JF7A 2YZ4A 4FPHA 2DTWA 1AF9A 1SO7A 2ZGMA 1SBEA 4NOTA 3ZSMA 1JOJA 4FOWA 3TI6A 4PBPA 2VK7A 3OBRA 1INXA 3K36A 3V0AB 1SLAA 4C1WA 2D6OX 1F31A 1WW6A 2HTRA 3ILRA 5HCAA 5E89A 2WKKA 4C1XA 3AZWA 1USXA 2E7QA 5KXEA 2AYHA 1MZ5A 2GNMA 3C2UA 4XMAA 1E8VA 4MWWA 2GN7A 4WZFA 3AFKA 1XOEA 1NSDA 3ZSJA 1JBCA 4Q6KA 3IPVB 4Q8LA 4AVTA 5JVVA 4Z8BA 2W5NA 2BQPA 1WW7A 3L2YA 1S0EA 3AZVA 2HT5A 1UX6A 4YM0A 3AX4A 1AJKA 1LOEA 2XB6C 4GEZA 5IK5A 5DUVA 3ZXEA 4AGVA 3WV6A 2PHWA 3V64A 2ZGRA 2GDFA 3AYCA 4M00A 5GZDA 1G9FA 5H9RA 4FPYA 1W6NB 3B3QE 2QWJA 1SLLA 3VUOA 3ZSKA 4R9DA 4YM3A 2A6YA 1OQ1A 1LOGA 3T2TA 4KBBA 3HMYA 1GBGA 2YV8A 1A4QA 4XJQA 4FPKA 3ASIA 2UWBA 2F13A 2ZA9A 3SITA 2OW4A 1YRZA 1IOAA 4BMBA 4AGGA 2ES3A 2XG3A 5T52A 5JOYA 4Y20B 3AZYA 4Y24A 1V3BA 1UPSA 2CTVA 3AYEA 2ZABA 1V6OA 2GALA 3ZSLA 4Y1XA 5KXDA 1YI7A 3NV3A 5HUGA 4Y22B 4P9XA 5IK4A 4M3CF 2I2SA 1DYKA 4QN7A 2F10A 1JHNA 1URXA 3M1HA 4MWXA 1WUVA 4K1KA 2AH2A 4I30A 2R0HA 3N7JA 4MWJA 2HTYA 1DIMA 3OY8A 1G8WA 5HCBA 1BKZA 4XTPA 3AXEA 2B8HA 4MWRA 4GA9A 1DYPA 3GALA 1LHVA 4K3YA 3B00A 2F11A 4IQPA 1S0GA 3I4IA 4ISRA 4ASMB 5B2DA 4K1IA 4XXAA 1LODA 2BZDA 1LJ7A 2JDZA 4XJWA 1C57A 3MEPA 4LBOA 1G7YA 2JE9A 3RMYA 2B7YA 2NYYA 3POWA 2QWHA 4GZOA 1MZ6A 2FHRA 1IS6A 4K1YA 2NMOA 1RINA 2EXKA 2ZB5A 1UAIA 5IK8A 3M3OA 1DHKB 1QDOA 1HLCA 2PELA 4MWVA 2JD4A 4R9CA 1B09A 2A70A 1WD4A 3AP6A 1INHA 3KM5A 3A0KA 4GALA 4KS5A 2A5ZA 1V0FA 3O9JA 2QWFA 4MZEA 3RG0A 1AXYA 2JKBA 3GVJA 5IT6A 3RQ0A 4XZPA 5CAZA 3ENRA 5DZEA 1IS5A 4YG0A 3SH4A 1SCSA 1GZCA 5FREA 1LU1A 2PHTA 4WV8A 2ZGOA 1S0JA 1O4YA 1BJIA 1WCSA 5DG1A 4Y26A 2QWCA 3SH3A 4M01A 4UW3A 2NP0A 1S0CA 5BYNA 4B7RA 1INWA 3CKZA 2UWCA 2EIGA 3AXDA 4NC5A 2YY1A 1W6MB 4TYSA 4W65A 3ZVXA 5GLTA 5GLUA 1NCBN 1V0EA 2SBAA 5JDBA 1VCUA 4KS3A 4XIOA 1W6OA 2WQZC 1KDKA 1BXHA 4CPOA 1L7HA 2F26A 2OUHA 3B01A 1G86A 1V6MA 1F9KA 3IPVA 3WDTA 3ZXJA 4ISQA 4KS2A 5GM0A 3ALWA 3AP4A 5HX0A 2C4AA 5E8AA 2AUYA 2HT7A 1N1SA 4YGDA 4J9TA 7NN9A 1ENSA 3FFZA 3TB0A 3OYWA 3CNAA 2X9MA 4P14A 1WW5A 1QOOA 2DV9A 1A14N 4FPFA 3QCWA 1DQ2A 4LBKA 2RHPA 3K37A 3MW3A 2ZMKA 4MWLA 3CL0A 1XQNA 4XE9A 4CPNA 1IS3A 2VSMA 2PHUA 2JJ6A 3RS6A 1NNCA 1VAMA 4CPMA 1EUTA 2W08A 5SV8A 1MS9A 4MWQA 4KS4A 1TEIA 2EXIA 2F25A 2YMZA 1ENRA 4YZ1A 1W6QB 3WLUA 3FUOA 1DQ5A 3BOPA 3T1EA 5DG2A 1D2SA 1W1XA 3IN9A 3WG3A 4GZTA 1C4RA 2JE7A 2ZAAA 4Y22A 2A3YA 2VH9A 2D6LX 4U36A 5DUWA 1SLTA 2V5YA 4YGCA 2VK5A 1MVEA 2ZHNA 1BJQA 2BATA 3B7EA 3HN1A 4K21A 2LALA 1IKQA 4X47A 1GKBA 4XDQA 3W59A 1D0HA 4R9AA 2F27A 2ZB6A 2ERFA 3OJBA 2HTVA 3AP7A 4FQZA 2CYFA 1I3HA 1SNTA 3JU4A 3D6EA 1UZYA 5GZCA 2GN3A 3O0VA 1MACA 4H55A 2HU0A 3H6JA 3VV1A 3V65A 1KDMA 2VWDA 3WDWA 1S0IA 4FOVA 4FPJA 4XJUA 1LTEA 4XJ8A 3NN9A 4CZSA 1LCLA 4QN6A 1N47A 3A72A 2ZGKA 1GZ9A 5CB7A 1CESA 1VIWB 3M2MA 2UWAA 2W20A 4UW4A 1F8DA 4FPGA 4YFWA 1UMZA 1S0DA 1DQ6A 1Z4XA 2A75A 4LBLA 1GZWA 5DXDA 2TEPA 5GLZA 1MS3A 2DVBA 4MC7A 4XIKA 1YO8A 4UW6A 1MWEA 4GZXA 4HANA 4D8SA 2OUJA 4K1HA 4FJ6A 4RA0A 1L7FA 2ZKNA 3SILA 2C5DA 2DYCA 1JN2P 1LHNA 1GANA 4YW4A 1QDCA 2A6VA 4CTEA 2EAKA 3H72A 2C4LA 1ONAA 2UURA 2DWRA 1NLSA 1Z4YA 2SIMA 3D12A 1ULGA 1QOTA 4JCKA 2QWEA 2DU0A 2HT8A 1W6PB 2EXJA 3Q9OA 4WEGA 2DUPA 3M3QA 2VY0A 2DUOA 2A7AA 1BYHA 1J1TA 1G9CA 1W6MA 1LOAA 2YA6A 4BQ1A 4K1JA 1IS4A 3ILFA 4FOQA 1KQRA 1E8UA 1FATA 1W20A 1Z50A 3V0BA 1F8CA 3FBYA 3WG2A 1OFSA 1IVFA 4PBOA 2V73A 1N1YA 1MS1A 2P34A 2W68A 5FRAA 4DPNA 1Q8QA 1VAVA 4UF7A 1V6KA 4WA3A 1DIWA 5T54A 1CIWA 4BBWA 2HTWA 4FPCA 4DRRA 2R1DA 1NCDN 1HQWA 3ZYPA 4DFSA 3NV4A 4FVKA 1W0OA 2F28A 3A4UA 2G4IA 5DUUA 2ZGNA 2XZIA 2HYKA 2AGSA 3BIWE 1S0BA 4F83A 2A6ZA 4D69A 3AYAA 3H73A 3CL2A 3INBA 1Q8SA 2GNBA 5JMCA 2ZGSA 4R9BA 4Y1VA 5IK7A 3T1LA 4XBNA 1JW6A 1LOBA 2ZBJA 4Q26A 1W21A 1G9BA 2D3PA 1WLCA 2R49A 1JYIA 3UK9A 1JYCA 1OKQA 3D11A 4NO4A 3RMXA 1DFQA 2VW2A 3UJQA 4MJVA 1GNZA 4WA5A 2DVGA 3USUA 1CONA 4HIZA 4PQ9A 1N3QA 1IKPA 2ARXA 5H9QA 1AX2A 2GNDA 5EWSA 1ZA4A 4HZWA 1LEDA 3A71A 1L7GA 3M3EA 3VKOA 1A8DA 4FZHA 1H30A 1A3KA 3N3HA 4YM1A 4QN5A 1LECA 1UKGA 5IUQA 2YA8A 1SLBA 4Y1YA 4YZ4A 4GKYA 1VCJA 1PZ8A 4Y1ZA 1W8NA 1UZZA 5GZFA 3H0OA 3NWKA 3INAA 3ZXLA 3CYEA 3ALXA 1EUUA 3O12A 2YDTA 2D3RA 1KJLA 4GB1A 1JUIA 5JOZA 3WNXA 5H9PA 1QU0A 2QWGA 1AJOA 5T55A 2PHFA 2NN8A 4CPLA 4BOWA 3VKNA 4BLJA 4FPLA 4MWYA 4XXPA 3V0AA 1GLHA 3U4XA 4LBMA 4YGEA 1DLLA 3RSJA 3ILNA 2GMMA 2SILA 4AVSA 3BTAA 4Q1RA 1USRA 1QMJA 2W52A 4TZDA 4GWNA 3AJYA 2VK6A 5GZEA 4XJAA 2P2KA 4FQ4A 2ZHMA 2EALA 3H71A 4DQAA 1NMAN 1W8OA 5E88A 2A6WA 1GV9A 1UN1A 1CN1A 3B9CA 2W5OA 1NSBA 1V6NA 1MR5A 1FYUA 1CJPA 2WSVA 2R0FA 1EPWA 4XJ9A 1DQ1A 3MW4A 1Q8VA 1WCQA 2YROA 2AREA 4FPEA 4YM2A 2F12A 5EYXA 4BLIA 1W6NA 1GICA 3OY8B 4HZZA 3A0NA 1W0PA 4NN9A 1LGNA 1AZDA 1Q56A 2XZJA 3WHTA 1WLDA 1SBFA 2VUAA 4P9YA 1SBDA 4LBQB 2ZHLA 1V6LA 1CVNA 1LHWA 2HTQA 2EF6A 1V0ZA 4HL0A 4WEFA 2XZKA 1N3OA 3LSDA 3PVEA 5EXOA 4M4VA 1FAYA 3I8TA 5DZGA 2LTNA 4MWUA 5JYYA 4GZWA 4MZAA 1QKQA 4Y20A 3SISA 3TICA 1U0AA 4ZXKA 5B2CA 1SFYA 2CL2A 3OBTA 2P3JA 4GDIA 4LBNA 4XBLA 4QNPA 1A78A 1MS0A 2W39A 1Z4VA 4UW5A 3K3AA 2WJSA 1MVQA 2VVZA 1N1VA 4M3CE 2D44A 2VW0A 3TI4A 4BM8A 4YZ2A 3QLQA 2XCYA 4DS0A 2QWKA 1B9SA 1WBFA 1FNYA 3NV2A 3D4KA 1DILA 5NN9A 2YA4A 2DVDA 4GKXA 2H0BA 2P37A 5JLVA 1MS4A 4ITCA 1V00A 1HDKA 2YA5A 4JC1A 5M1ZA 2FMDA 1AXKA 1INYA 2F24A 2VU9A 4B7JA 3SLIA 1Y7BA 4CRQA 1INFA 2QWIA 2JECA 2DVAA 1DBNA 1WD3A 3IMNA 2E7TA 3ATGA 3POSA 4XHXA 1FV3A 1EURA 3O0XA 3N7KA 4H52A 4GDJA 4AVVA 4MJUA 4NCSA 1V6JA 1SCRA 1LHUA 4K1ZA 1AX0A 2W38A 1AX1A 3WDXA 2CNAA 1F8EA 3WDYA 1S0FA 5GJ6A 5CA6A 1GYKA 5DZFA 3FLRA 1NMCA 5CBLA 1JXNA 2AR6A 5HCFA 4RL7A 3FLTA 1RIRA 4YLZA 1W6OB 4MX0A 3APBA 1ULCA 1INGA 3W58A 5T50A 4B7MA 2ZMLA 1KITA 1SACA 2GNTA 4Q27A 2QWAA 4SLIA 1C1LA 1LGBA 3BEQA 5DUXA 3LCPA 3TIBA 2GMPA 3JUUA 4GZPA 2WLQA 3TI5A 2YXSA 3OYWB 4GXLA 1UL9A 4X49A 2ZGQA 2VW1A 3WUDA 5HUKA 1GNHA 2D6MA 2WSUA 1IVDA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1RUD1 5JXGA 4UF7A 1KXGA 4Q2FA 2IXCA 1MZEA 1OOPC 4WVWA 4JQTA 1J3QA 3UL2A 1APNA 2P3KA 4C0HA 1S2KA 4GMP3 4FFIA 4NIAA 2K9ZA 4GN7A 2Q5TA 2DU1A 5L7OC 1EV12 3KLSA 4XETA 3UKTA 2DVFA 4FP2A 1V3CA 1JOPA 2ZMNA 4L2NA 2EXHA 2XVGA 5CVRA 3UGHA 1S18A 3JQXA 2GC0A 4BPZA 3Q6KA 5GZGA 1RITA 2VZ1A 3J8F1 2F17A 4P9LA 3WDZA 4COVA 5JSRA 1F4HA 5BNNA 3RNSA 1ASJ2 4IE4A 5CB7A 4EV0A 3FLPA 5I0RA 1QJY3 1NCAN 4M3CB 3CZUA 1RGSA 5LB6A 1BK1A 3AP5A 1NCCN 5FMCA 2WZPP 3VDCA 3ZXFA 3CIHA 1LHOA 3PMEA 2JIJA 3VD3A 5HUMA 2Q8EA 4Q1PA 2ORXA 3DUIA 3H1WA 1LOFC 3AZZA 3B5LB 5HV4A 4WVZA 3PUSA 3TYJA 3FUQA 1C1FA 1W05A 3UJOA 3ACGA 1H9WA 3MW2A 1VMFA 2Q1ZB 4UFJA 4X4AA 5FUIA 3VBRC 1Z78A 2VGDA 1AYN3 1AR73 3K38A 2A3WA 3LIGA 1QF3A 1ZI0A 2WWJA 5BPXA 4H14A 1KRIA 2VCCA 4Q4X3 3VKFC 5A32A 3RJRA 5CYYA 2FP9A 2CMLA 4GJTA 4X6KA 5A7PA 1IVEA 3NJVA 1PIV3 5A3LA 4XF1A 3WG4A 4CPZA 4HXCA 2SLIA 3ZKYA 1DZRA 1YXWA 1ZM1A 3H3LA 2GP3A 1FX5A 2Z42A 5FR3A 1UOGA 2UU8A 1RJ7A 3WCRA 3N9PA 4HZXA 3VBUC 2WZR1 2XKPA 1Z0HA 1PGW1 4JAAA 4K9SA 5D8AB 4RD7A 2DG1A 2QQUA 4RHV1 1LENA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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