4XJUA

Crystal structure of the nanb sialidase from streptococcus pneumoniae in complex with 4-acetamido-2-fluoro-3-hydroxy-6-[1,2-dihydroxyethyl]-7,8-dioxabicyclo[3.2.1]octane-1-carboxylic acid
Total Genus 197
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
197
sequence length
658
structure length
658
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYGIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title `The Hunt for Serendipitous Allosteric Sites: Discovery of a novel allosteric inhibitor of the bacterial sialidase NanB
rcsb
molecule keywords Sialidase B
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae serotype 4 (strain atcc baa-334 / tigr4)
total genus 197
structure length 658
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2015-01-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4xjuA03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4xjuA01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4xjuA02
1BKZA 1XOEA 3VKFC 2V73A 3N7LA 1NMCA 1X50A 1G7YA 4X47A 2EXJA 2PELA 4W65A 2AH2A 1OFSA 1AXYA 1GBGA 3B01A 1UZZA 4M3CE 4YW4A 1H9WA 1MS9A 4WZFA 4BMEA 4Q2FA 1VALA 2WT0A 2EXIA 4FPYA 4AVVA 3AYCA 4WVVA 1IS3A 4DRVA 5GZCA 2WT2A 3GALA 2D44A 1F8BA 5GLUA 3DUIA 3O9KA 1A14N 4MZEA 3MEPA 2DWRA 1INWA 1LTEA 1O4ZA 2C4LA 4XIKA 1GICA 1YI7A 2ERFA 2ZGLA 4K1ZA 1NXD1 2XB6C 5CA6A 1LGBA 3CL0A 4GDJA 2EIGA 4OZXA 5GLWA 3OBTA 3WNXA 1EPWA 2F13A 1WW5A 5AVAA 3M1HA 4ASMB 1INYA 3RSJA 3WCSA 2DUOA 3RQ0A 3K36A 3MW4A 4XYXA 4YGDA 1VAVA 4C1WA 4Q6KA 4MJVA 2ZGPA 2YA7A 4JRAA 4YG0A 2R0FA 3TICA 2ZGMA 3D5OA 3WG4A 1CR7A 1B9TA 2QWKA 1LHNA 3SLIA 2D3SA 2CL2A 4MC7A 2QWJA 2CWSA 4DPNA 1IKQA 4MWUA 4YM2A 3PVEA 1UKGA 4KS3A 1FYUA 5T5OA 4XIOA 5HCFA 1DYKA 1Z4XA 1AX0A 3ZSLA 4JCKA 3B00A 1NSBA 4XBNA 1ULDA 3H73A 2W38A 1AX2A 4NO4A 1G9BA 4WEGA 2DV9A 1INFA 3D4KA 2SLIA 2P37A 4Y1VA 2EXKA 1LOGA 2UWBA 5DZGA 3ZYPA 1ENQA 3ALWA 3WG2A 1JOJA 2AEPA 2E51A 4D69A 2ZHNA 3BEQA 2OW4A 1LOEA 2ZABA 2GNTA 4NCSA 3QCWA 4QN5A 4YZ3A 1ZM1A 3WDUA 2QWFA 1G8WA 4CTEA 2DVGA 3NV3A 4QN7A 1E8TA 1LEMA 4HZVA 1W6NA 4YW5A 1QNWA 4FJ6A 2JD4A 2XCYA 2VSKA 3ZXEA 1V6MA 4FQZA 1SLAA 3PVOA 2W39A 1KJLA 1V6JA 1G9CA 4GZQA 1MS8A 3IPVA 4CPYA 4CRQA 3D6EA 4AGRA 4YZ1A 3NV1A 4XTPA 1N1TA 2E7QA 4U36A 4WVWA 4K20A 5CAZA 3WDVA 5NN9A 4Y22A 4YGCA 4GZTA 3AP6A 3I8TA 1UMZA 1V6OA 4Q8LA 1EUUA 1JBCA 4PQ9A 2A3WA 4ISQA 5DZEA 1IVGA 5JOYA 3KM5A 4XXAA 4FOQA 4C1XA 3AZVA 3OJBA 3FBYA 4B7QA 5T5LA 4FP2A 3RMXA 2C9AA 2YZ4A 2VY0A 5EWSA 4GDIA 4K1KA 4PBOA 3FUOA 1N1VA 5KXEA 4HIZA 2F24A 2ZGRA 2AUYA 4M4VA 4UW6A 2FHRA 2Q5TA 1UN1A 1Z78A 1FX5A 4FOWA 5GLZA 2SBAA 2QWIA 2P34A 1AVBA 4KS5A 4FP3A 1UPSA 2D6MA 1SO7A 3K37A 1IOAA 1R1ZA 3VKNA 2D3RA 1SLLA 2UWAA 4FPGA 2P3JA 1LU2A 3ALXA 3N3HA 4GJTA 5JOXA 3AK0A 3LCPA 3Q9OA 1S0BA 2PHWA 4LBNA 2NMOA 3SNMA 1N1SA 1JN2P 1G9DA 2GMPA 3JU9A 1WD4A 2VK5A 2WNEA 2F12A 1LHVA 1WW4A 1MS3A 3HN1A 4FPOB 4FPKA 4JC1A 4NOTA 1QNYA 4KS1A 4BM8A 2GNDA 4GALA 1UAIA 1NLSA 2ARBA 3HR9A 3SISA 2E6VA 3ATGA 1LESA 4Q8KA 1NCBN 1YYNA 3WUCA 1SLBA 3TI6A 1USXA 4XOGA 3H6JA 1QF3A 1MVEA 4JF7A 4YFZA 4MZAA 2QWCA 5EXOA 1U0AA 3TB0A 3TIBA 3CYEA 1SNTA 1INVA 2PHTA 2YMZA 4QN3A 1QU0A 3POSA 4X49A 4PBPA 4LBMA 2VK7A 1G9FA 1F8EA 1IS5A 3CL2A 1F9KA 2F10A 4BOWA 3UJOA 4MWXA 5CNAA 4L8QA 1LOAA 5E88A 1Z4WA 4DRRA 1HQWA 3USUB 4X4AA 3WLUA 3GVJA 1WLCA 1VCJA 3PVNA 4XHBA 1LGCA 3POWA 1KRIA 5EYXA 2ZGUA 5DZFA 5HX0A 3AZZA 4Q1PA 1HQLA 5IK7A 1NSDA 3N7KA 3WV6A 3ZXKA 2QWEA 2RKCA 1SFYA 1C1LA 2GN3A 5JVVA 1IVEA 3NV4A 5GZFA 4MWRA 1V3DA 2XZIA 1WBFA 3V64A 3WG1A 3T1MA 2WKKA 2ENRA 1KJRA 5KXCA 2VXRA 1B9VA 4BMBA 2BF6A 1XOGA 3V65A 2DYCA 3A0NA 2ZMKA 2XZKA 4PF5A 2VW1A 4B7MA 1V3CA 2YA5A 2NN8A 4MYEA 4GWMA 1W8OA 5FREA 4Y26A 1LULA 1J1TA 1LHOA 4QNPA 2A6XA 3WCRA 2ZACA 3ILRA 3K38A 3OGGA 1DQ4A 4WEFA 1H30A 2F27A 5KXDA 2ZHKA 5B2DA 1GKBA 4Y1XA 3CKZA 1HDKA 4FPEA 2EALA 2HTVA 2NP0A 2PHFA 5JMCA 3IN9A 4XMIA 3OPZA 2GDFA 5GLTA 3AFKA 1Z4YA 2HTYA 3AYDA 2B7YA 4GKYA 3AXDA 2JE9A 1Q56A 4CPZA 4GZWA 1MZ5A 1LOFC 2DTWA 1SLTA 2YDPA 2JECA 1V3EA 5GLVA 4HZXA 1W20A 3AP4A 1BXHA 4FVKA 1DILA 1FNZA 1W0PA 4XILA 1B09A 4CPNA 4P14A 2A71A 3GVLA 1Q8OA 3W58A 2W5OA 1W6PB 1DLLA 4XJ8A 2CY6A 3AX4A 5IK5A 5HUNA 3ZXFA 3NV2A 3UK9A 5HCAA 4CPLA 1MS0A 1RIRA 4YW2A 1S0FA 2DU1A 1LGNA 2X9MA 1ZA4A 4YZ2A 1FV3A 1LCLA 1CIWA 1CVNA 1L7GA 2ZGNA 4FPCA 3O5SA 2AREA 3PMEA 2A3YA 3B69A 1G86A 1A4GA 3RS6A 2YROA 2PHUA 5JOZA 3TI3A 1DQ1A 1V0ZA 1H9PA 2YDTA 3WG3A 2D43A 1JHNA 1I3HA 5JDBA 1MACA 2GMEA 3SITA 3O0XA 3O0WA 1LECA 3GNEA 2F28A 1F5FA 3APBA 2HT8A 4GKXA 4YGBA 3OYWB 4B7NA 2HU0A 1IVCA 3BTAA 2A6VA 2AGSA 3K3AA 1JW6A 1NCDN 3D12A 4HZWA 1LENA 5E8AA 3INAA 5DUUA 3ZPYA 4GEZA 2CNAA 4LBQB 2DVFA 5GALA 1VIWB 4FPHA 2HT7A 3M3QA 1INGA 3R4SA 3FFZA 4HL0A 4XJAA 1DQ2A 3IMNA 3FUQA 2UU8A 5GM0A 1KITA 7NN9A 4AVSA 5HCBA 4GXLA 2UURA 2D6OX 1D2SA 1L7HA 1Z50A 2DU0A 2DURA 1LEDA 2DVBA 1V00A 1W1XA 4H52A 4QN4A 5H9RA 2HTRA 5JLVA 5T5JA 1CQ9A 2DVAA 3VKMA 4Q27A 4XHXA 3A72A 1W6OB 1APNA 2CMLA 2A70A 3TI4A 1AXKA 4B7RA 1N1YA 2F25A 3ZSKA 1QKQA 1WD3A 1SBDA 1FATA 1GZWB 3M2MA 4CPMA 1ENRA 1LU1A 1NNBA 2A75A 1GV9A 3OY8B 2JKBA 1KDMA 4X6KA 2EAKA 4WV8A 2R49A 1BJQA 2WSVA 1IS6A 3W59A 3AP9A 1NMBN 4Y20A 3WDTA 1JYCA 1S0GA 3B3QE 2DVDA 1MWEA 2YA6A 4Y1UA 4GZOA 1BYHA 4ISRA 1PZ9A 2V5YA 1G9AA 3ZXLA 3VV1A 5H9QA 2VSMA 3ZVXA 2R1BA 5DUXA 1URXA 3VKLA 3V0BA 3BOPA 5T55A 1Z4VA 4MX0A 4ATFA 4Y1YA 4YG3A 1XQNA 3I4IA 4KBBA 2AYHA 3C2UA 2P3KA 2GNBA 2D6LX 2OUHA 3SH3A 3TIAA 5B2CA 4P9YA 1E8VA 4UW3A 4ATEA 4FOYA 1A3KA 2W5NA 4XZPA 2HYKA 4YGEA 2F0ZA 1AX1A 4Q1RA 2VUAA 1GSLA 4GA9A 1S0JA 1GNHA 4R9BA 4TYSA 3SH4A 5HUGA 3QLQA 1AJOA 3KQRA 4MWWA 2F29A 3ILNA 4FVVA 1S0EA 4FOVA 4R9AA 2D3PA 2ZAAA 3R05A 4P9XA 3AP7A 2YA8A 1YRZA 2QWHA 2PHXA 1TEIA 3CNAA 4NN9A 3N7MA 4M3CB 1JXNA 1DIWA 2B8HA 2R1DA 3A0KA 1A4QA 3W09A 2HU4A 2OVUA 2P2KA 4J9TA 1W6QB 3V0AB 1WBLA 4DFSA 2HTWA 1LOCA 2ZHLA 4DS0A 1W8NA 1DQ0A 1SLIA 4YW1A 4LBKA 3WHUA 4K1YA 2ZGTA 3RMYA 2F11A 1AJKA 2EF6A 4FPFA 2UWCA 3AZXA 2VW0A 1NNAA 1Q8VA 1CJPA 2VU9A 3BIWE 3GVKA 2A7AA 3NSSA 4AYUA 2VH9A 5CB7A 1MS5A 3FLTA 3SILA 3A4UA 1UX6A 1I1EA 4CZSA 2VWDA 5F5QA 4MWJA 1JUIA 1CN1A 1W6PA 1L7FA 2QWBA 1Q8PA 1SBEA 4GZXA 3ENRA 4K1HA 4YW3A 2BZDA 2EXHA 4M01A 4GZPA 3VKOA 2G4IA 2A6WA 4ZKTB 1SCRA 4BQ1A 4YM3A 5GZEA 3IKWA 2VVZA 1V6LA 1RINA 2C4AA 4XDQA 1GYKA 3UJQA 3AXEA 4K1IA 1BZWA 2HT5A 3H71A 1QDCA 3SALA 1V6IA 1VAMA 2NM1A 1N47A 3H72A 1UL9A 5M1ZA 4ZXKA 1GNZA 1DBNA 4I30A 4FPLA 1DQ6A 3ILFA 1FAYA 4M4NA 2ZZJA 4YFWA 4YZ5A 5GZGA 2DUQA 4XJUA 5H9PA 2AR6A 4AGGA 3OYWA 1ULGA 4M3CF 2BERA 1E8UA 2FMDA 4GZSA 1V6NA 4LBQA 3FLRA 3LSEA 4XJRA 4R9DA 3WUDA 1F8CA 1C1FA 4GWNA 4KS2A 1DQ5A 1RITA 1NCAN 2AENA 1D0HA 1CPNA 3ZSJA 3JU4A 3WDYA 2ZBJA 3RRDA 1SBFA 2E53A 5GJ6A 3HMYA 5BYNA 2QWDA 4HZZA 3WOGA 3IM0A 1W6MB 1IKPA 4XXPA 5DUWA 2NMNA 1W6OA 4FZHA 1WW6A 2QWAA 1W21A 5IUQA 1B9SA 3O12A 4RL7A 1DFQA 2A6YA 2I2SA 1GZWA 3SH5A 5HUMA 2AEQA 5LK5A 1ENSA 4IQPA 3LSDA 3OY8A 1S0DA 2ZGOA 5JYYA 4H55A 5EYYA 4BBWA 4MJUA 4YG6A 1EUSA 2W68A 3WDWA 1MS4A 1FV2A 2WQZC 4PCRA 4FPJA 1N3QA 4AGVA 1SCSA 1INHA 2BQPA 1S0IA 1V0FA 2D6KA 2F26A 4B7JA 4SLIA 1Z4ZA 1CESA 2LALA 4XJ9A 4Z8BA 4BLIA 2SIMA 3MPPG 5DUVA 1UZYA 1QGLA 2TEPA 4R9CA 2YV8A 4Y24A 1ULEA 4UW4A 4MWLA 2VW2A 5IK4A 4Y1ZA 3M3CA 3AJZA 3DGTA 1MR5A 1WUVA 4BLJA 4YZ4A 5H9SA 1EURA 5HUKA 1CPMA 2QWGA 2R16A 5JOWA 5E89A 1MVQA 4XJZA 4WA5A 1A78A 1INXA 1BJIA 1FNYA 2W52A 1MZ6A 1N3OA 3U4XA 1EUTA 4BPZA 2VK6A 1BQPA 3M3OA 1V0EA 1KDKA 2H0BA 5SV8A 3UL2A 3M3EA 3POYA 4HANA 1AF9A 1CONA 1C57A 1S1AA 3AYAA 4XTMA 1F31A 2WSUA 1NMAN 3WHTA 3VUOA 4ITCA 2D7FA 3BODA 3TAYA 4D8SA 4M3MA 3A71A 4KS4A 1QOOA 1OQ1A 2KM2A 1WLDA 5CBLA 2XG3A 3NWKA 1IVBA 1LOBA 1IVFA 2ZGSA 4XMAA 2WT1A 2A6ZA 4M3CA 4GB1A 4MWVA 3SANA 4K1JA 1QOTA 2W20A 2SILA 4LBOA 5IK8A 1KQRA 1W6QA 3V0AA 4Q26A 1GLHA 2GNMA 4FQ4A 4WA4A 1LHWA 3MW2A 2ZKNA 1Q8SA 5F9TA 4RA0A 4XJQA 1Z0HA 5FRAA 1SACA 1QOSA 1YIFA 3AZWA 1LOFA 1W0OA 1SLCA 2CTVA 1WCQA 2DUPA 1DZQA 3ZSMA 1AZDA 5DXDA 3JUUA 4LBQD 3ZYRA 1DGLA 4YM0A 5T50A 2ARXA 2PHRA 3USUA 2XZJA 3OBRA 5T5PA 4XBLA 1AXZA 1O4YA 2ES3A 3RG0A 3PJQA 1WW7A 2NZ9A 3MW3A 4MWQA 3TI5A 1LHUA 2JJ6A 1S0CA 3T1EA 2WLQA 4AVTA 3AZYA 1DHKB 1VLNA 2D6PA 2ZGKA 1ULFA 4WA3A 4M00A 6NN9A 4MWYA 2WJSA 1C4RA 3WDXA 4QN6A 5KXBA 1GZ9A 2Z42A 1F8DA 2ZB6A 1QMJA 1A8DA 3B9CA 2JE7A 4HZYA 1PZ8A 3R4UA 4CPOA 2ZA9A 4UF7A 4XBQA 1QDOA 3L2YA 1W6NB 2A3XA 2DTYA 3D11A 4U2AA 2CWMA 4YM1A 4LBLA 1YXWA 1LODA 3ZXJA 3NN9A 4UW5A 1LJ7A 1V6KA 1NNCA 1PZ7A 1ONAA 3O9JA 2W08A 5DG1A 3IPVB 4DGRA 1NSCA 4H53A 3ASIA 2R0HA 3INBA 4XJWA 1OKQA 3AP5A 1N3PA 4XE9A 1NCCN 2ZMNA 3AJYA 3N35A 4K21A 4Y22B 3TI8A 1DIMA 3WVJA 4Y20B 5DG2A 1USRA 4NC5A 3T1LA 3N7JA 1WLWA 1ULCA 2GALA 3T2TA 1WCSA 3FLPA 3B7EA 4I00A 2ZHMA 1VCUA 2P3IA 5IT6A 2ZB5A 3V0BB 2GMMA 1JYIA 5L73A 2BATA 2ZGQA 4M4UA 1IS4A 1MS1A 2C5DA 1V3BA 3AYEA 1W6MA 2RHPA 4K3YA 2JDZA 2OUJA 1HKDA 1Q8QA 2LTNA 5GZDA 1Y7BA 3O0VA 5T54A 2HTUA 1YO8A 2HTQA 2ZMLA 1GANA 4P9WA 1IVDA 1HLCA 3N36A 2E7TA 2YA4A 1NN2A 2CYFA 2GN7A 5T52A 4TZDA 2D6NA 4AWDA 2YXSA 2YY1A 3K39A 4DQAA 1DYPA 2NYYA 4F83A 3H0OA 4YLZA 3WZ1A 1V2IA 4LBJA 1GZCA 2A5ZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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