4XJUA

Crystal structure of the nanb sialidase from streptococcus pneumoniae in complex with 4-acetamido-2-fluoro-3-hydroxy-6-[1,2-dihydroxyethyl]-7,8-dioxabicyclo[3.2.1]octane-1-carboxylic acid
Total Genus 197
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
197
sequence length
658
structure length
658
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYGIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title `The Hunt for Serendipitous Allosteric Sites: Discovery of a novel allosteric inhibitor of the bacterial sialidase NanB
rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae serotype 4 (strain atcc baa-334 / tigr4)
molecule keywords Sialidase B
total genus 197
structure length 658
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2015-01-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4xjuA03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4xjuA01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4xjuA02
4WEFA 2HTYA 2HTWA 1LGCA 1F8EA 1NMAN 1AF9A 3FLRA 1MVEA 1N3QA 5JLVA 3QCWA 4XJUA 2YA7A 3W59A 1ULGA 2HYKA 2YROA 3BEQA 4FJ6A 3U4XA 2WJSA 1IKQA 2VSKA 2AGSA 4K1IA 4YG3A 2R1BA 2A3WA 1LHNA 4MYEA 1SBEA 4D69A 1AJKA 5GZDA 2VW2A 5M1ZA 4FPYA 4YZ2A 4FOWA 2BZDA 1GZCA 1G9FA 2CMLA 3A0NA 2W38A 2UU8A 2QWEA 1AX0A 3AP6A 1ULFA 3KQRA 1QMJA 7NN9A 4GZQA 2QWAA 4XJAA 3H71A 3UJOA 3K37A 4YFWA 4Q1RA 4GB1A 1GBGA 3NN9A 3ILNA 4MX0A 4UW6A 1HKDA 4GZWA 1OFSA 1USXA 1CR7A 1N47A 1W6NB 1ENRA 2EXIA 1S0GA 1DFQA 1UPSA 3LSDA 4Z8BA 2ZMKA 3M1HA 4FP3A 2W08A 1DQ1A 4MZEA 2QWFA 3CNAA 2NP0A 4GKYA 2JE7A 4R9DA 2QWBA 2H0BA 1G8WA 1MZ6A 1AZDA 4X6KA 2DUOA 4HIZA 1BJQA 1JYIA 1BQPA 1WBLA 3TIBA 1QNWA 5FREA 4H52A 5HUNA 4GKXA 1A78A 4WA3A 4BMEA 2DTWA 2ZGSA 2QWGA 1LOFA 2E6VA 5GLUA 4FPFA 1ZA4A 1DYPA 3BIWE 3NV2A 4LBMA 1YXWA 5DUVA 5H9QA 3GVLA 3MW3A 1V6NA 4AGGA 1SCRA 2WQZC 2W5NA 4FPEA 3AX4A 4PF5A 1CESA 3VKNA 1GNHA 2DTYA 3ENRA 3FUOA 5HUGA 4FPKA 1LOFC 1PZ9A 1DIMA 1WCQA 3GALA 4NOTA 5IT6A 2DVFA 5DXDA 1QKQA 3DUIA 2AYHA 1MVQA 1QOOA 1FNYA 3ZXLA 1V0FA 1QGLA 1QU0A 1BJIA 1QDOA 1W6MB 1EPWA 2QWJA 5AVAA 5DUUA 2YDTA 2XZJA 1KRIA 3SNMA 2F29A 3WHUA 2D6MA 3B00A 2JECA 1HQWA 4K1ZA 1Z4XA 3USUB 5GZFA 3WOGA 3ZSJA 5T50A 2VK7A 4YW3A 4XXAA 4Y1UA 2F11A 3B7EA 4GZTA 3RMXA 2E51A 2AREA 4TYSA 1SLLA 1IVBA 3MW4A 4YW5A 5T5JA 4M4VA 2R0HA 1OKQA 3O0WA 3Q9OA 1W1XA 5HCAA 1IKPA 3TI3A 2A6XA 3OPZA 4Y20B 1I1EA 3D11A 4CPZA 1OQ1A 3POYA 1GKBA 3ZPYA 4YZ1A 4DQAA 2YV8A 2F28A 1GZWA 4ZKTB 3OYWB 1CJPA 1HQLA 2D6OX 2ZACA 4MJVA 4IQPA 1UAIA 3RSJA 1W6OA 1WCSA 4NCSA 1IS4A 3WCRA 3AZZA 2ZGRA 1GSLA 3ZVXA 1V3BA 4K20A 1VCUA 2PHWA 3WDYA 3I8TA 2GNTA 5EYXA 4AVTA 2DU0A 4ISRA 1FV2A 4W65A 2XZKA 4GDJA 1SFYA 1VAMA 5GJ6A 3WV6A 1W6QB 2DVBA 2D6KA 1JOJA 5T5PA 4B7JA 4MWXA 1LECA 3VV1A 2XB6C 4I00A 2R0FA 2DURA 1YYNA 2A7AA 1L7HA 3N7JA 3ZSLA 3M2MA 4Q2FA 2A6ZA 3POSA 2WNEA 3TIAA 4XJZA 1WD4A 4WVWA 1MS1A 1F5FA 1GLHA 3N7LA 1QDCA 1DBNA 3JU9A 3IPVA 2Z42A 1Z4YA 2EXHA 3FFZA 2ZA9A 3VKMA 3WDVA 1CPMA 4YM3A 3V0BA 1WW6A 2OW4A 5H9PA 1LOBA 3AJYA 3ZXKA 1H30A 2ES3A 1KITA 2A75A 1U0AA 1LTEA 1LGNA 1B9TA 1ULCA 5B2CA 2VK6A 4P9XA 1LHOA 4HZYA 5DZGA 2YMZA 3ASIA 1N1SA 1R1ZA 1GYKA 4CPLA 3WDXA 1DQ6A 2W39A 1EUUA 2AR6A 1E8TA 5JOZA 1SACA 1S0CA 2GDFA 3VUOA 1V0ZA 3SILA 4MJUA 3OBRA 1YO8A 1F8BA 4B7MA 4CPOA 5KXDA 5H9SA 1UX6A 2X9MA 1WLCA 3PJQA 1SLAA 1KDKA 4Y1ZA 5F5QA 3AYAA 4MWJA 1RIRA 1AXYA 5E88A 2ZMNA 4AGRA 1WLDA 3OJBA 4PBPA 1A14N 1JXNA 1BXHA 1S0IA 1C1FA 5GZEA 2VW0A 1A8DA 3WG1A 3WLUA 1AXKA 2AUYA 4FPOB 2JDZA 5HUKA 3GVJA 2HTRA 1WBFA 4M3MA 3FBYA 4YGDA 2CYFA 2OUJA 1N1VA 2A6WA 2ZMLA 4ATEA 5NN9A 2DUPA 2ZGMA 1PZ7A 5HCFA 4GZPA 1LOAA 2QWDA 4P9YA 4GWNA 5KXCA 1WW4A 1MZ5A 1SLBA 2YDPA 3TICA 1UN1A 1LOCA 2NMNA 3IKWA 2D6NA 4DGRA 3T1MA 2V5YA 4UF7A 1VLNA 4Y1VA 3GVKA 3ATGA 5JDBA 4FQ4A 2ERFA 3VKFC 1A4QA 5EWSA 5T5OA 1S0BA 4U2AA 1V6IA 4XJWA 2DVGA 1MS4A 1SO7A 4DPNA 1AX1A 1Z4VA 1YRZA 1QF3A 3N35A 1C1LA 2QWCA 1E8VA 2E7TA 4AWDA 3D6EA 1WW7A 3ZXEA 4K3YA 1LJ7A 3SLIA 1V3EA 2DYCA 4I30A 4XJRA 2SBAA 5CAZA 1LHVA 2JJ6A 5GLZA 1LOEA 2EIGA 1GICA 1DQ2A 2D6PA 3ILFA 3BOPA 1ULDA 3M3EA 3SITA 1NCAN 2HTUA 1GNZA 3OY8A 1E8UA 1VCJA 1Z4ZA 2AEPA 2GALA 5DZEA 1W8NA 4XHXA 4B7NA 3SH3A 1URXA 4GWMA 5CNAA 2UWCA 2HT8A 3V0AA 1ULEA 2ZAAA 3AFKA 4PCRA 1H9PA 4XILA 2RHPA 1DGLA 2AENA 3WDUA 4YM2A 1EUSA 3INAA 2BERA 2D3SA 2SILA 4D8SA 1DZQA 3HMYA 1BKZA 2C5DA 3AJZA 3B3QE 1JYCA 1RITA 1LEMA 1GV9A 4M3CB 3PVEA 3M3CA 1D0HA 1LU2A 2KM2A 3AZXA 3ZYRA 2ZGKA 1W6PA 1JUIA 2WKKA 1EURA 3WDWA 2EF6A 4QN3A 2V73A 2CTVA 5EYYA 1V3CA 1ONAA 4LBQB 4AVSA 2FMDA 1FX5A 1VIWB 4QN4A 3B69A 1V6LA 4K1JA 1MR5A 2D43A 2QWKA 3LCPA 1IVDA 4Q6KA 2ARXA 2EXJA 3WG4A 1AJOA 1NSBA 3OBTA 5IK7A 3M3OA 3ALWA 4C1XA 4KS1A 4R9CA 1VAVA 1LESA 3AXDA 1QNYA 4GXLA 2ZBJA 4YG6A 3MEPA 4BOWA 4PQ9A 1V2IA 4GA9A 1N1YA 4Y22A 5GM0A 4ZXKA 3TI5A 2VUAA 4YG0A 1V6JA 1XOEA 3R05A 2Q5TA 4HZWA 3ALXA 4XBQA 1APNA 5IK5A 2YZ4A 1SLTA 1N3PA 1Q8OA 2I2SA 3KM5A 2JD4A 2VU9A 3IM0A 4DS0A 3RQ0A 4LBJA 1IS3A 4MWQA 4AVVA 2CL2A 2GMPA 1Q8PA 3WG2A 1Z78A 5HCBA 3NV3A 1I3HA 2XZIA 3K36A 1B09A 1AX2A 2E53A 3N36A 1CN1A 3ZYPA 4XZPA 1V3DA 3R4UA 4XMIA 1QOSA 1Z0HA 4XHBA 2A6YA 4K1YA 4HZZA 1JHNA 2ENRA 4R9AA 2HTVA 1IVFA 2QWIA 3AK0A 2ZHNA 5JOYA 2AH2A 1INHA 2XG3A 5JMCA 4MC7A 4M4UA 2DVAA 1KJLA 3T1LA 2DV9A 1USRA 4JCKA 3MW2A 5JOWA 2FHRA 1XQNA 4LBOA 1JN2P 4XTPA 5DG1A 4XBLA 4RL7A 2F12A 4GZSA 2WSUA 4XJ9A 4P9WA 4BLJA 4FOYA 2JKBA 1GZ9A 1JW6A 4B7RA 3WZ1A 3AZVA 1CIWA 5DUWA 1NN2A 2DU1A 4WVVA 2R1DA 2WT0A 1BYHA 4CRQA 2XCYA 4ISQA 1SBDA 1SLCA 4B7QA 4MWYA 5LK5A 5EXOA 3TI4A 5E8AA 4YM1A 5L73A 2VY0A 1DYKA 2GNDA 4MWRA 3NV1A 1SLIA 1NSDA 3K38A 3AXEA 5HUMA 3O12A 5IK8A 3CL2A 2D44A 3SALA 4ITCA 2P3IA 5IUQA 1UZYA 2NN8A 2BATA 2P3KA 4YLZA 2E7QA 4XOGA 2F13A 4GZXA 2GN3A 1W6NA 1FV3A 4XE9A 2C4LA 3APBA 1Z4WA 4FPCA 1G9AA 4YZ4A 2P34A 5FRAA 1J1TA 2YA4A 4WZFA 1SBFA 5HX0A 1S1AA 2EALA 3AP9A 2ZGQA 1CQ9A 2BF6A 2OUHA 4BQ1A 2F0ZA 4KS2A 1RINA 4WV8A 2HTQA 1IVEA 5DZFA 1INXA 4LBLA 3HR9A 4WA5A 5T55A 3IMNA 2GNMA 1S0JA 3AP5A 4M3CE 4YGBA 4MWVA 4XMAA 4OZXA 3LSEA 2F26A 1KJRA 3UL2A 2AEQA 3H6JA 4GJTA 1NMBN 3RS6A 2PHTA 1FAYA 3WNXA 3NV4A 3TAYA 4XJQA 1LODA 2ZZJA 4GALA 3SH4A 1FATA 3OGGA 1INFA 4GEZA 4WEGA 3VKOA 3PVOA 5DG2A 2G4IA 5BYNA 3ZXFA 1X50A 2HU0A 1W0PA 2GMMA 1XOGA 5KXBA 2W5OA 2A3YA 2YXSA 2GNBA 4R9BA 1GZWB 4FZHA 3CKZA 4XBNA 4C1WA 2HT7A 3AP7A 1V0EA 3TI6A 5JOXA 3INBA 5B2DA 2A71A 3T2TA 1W6OB 3RRDA 2P3JA 1NCCN 4K1HA 4ATFA 2W20A 4K21A 4CPMA 4QNPA 1IS5A 5CB7A 4J9TA 1VALA 4CZSA 4Q1PA 3ZXJA 4CTEA 5GZCA 1SNTA 1NLSA 5T52A 1C57A 1W6MA 2QWHA 1JBCA 3K3AA 2VW1A 2C4AA 4GZOA 4RA0A 1G86A 3W09A 2ZGUA 4YW2A 3USUA 4UW4A 4BPZA 3WUCA 2HU4A 3R4SA 1NSCA 1Q56A 4JC1A 3A4UA 1MS9A 4NC5A 2LTNA 2ZHMA 4X47A 4FPHA 4BLIA 4NN9A 4BM8A 1UMZA 4Y20A 2ZB5A 4DFSA 2SIMA 4M01A 4YFZA 3DGTA 4CPYA 2UWBA 3IPVB 1UL9A 2ZABA 2DWRA 4XYXA 2ARBA 1GANA 2ZHLA 4AYUA 2B8HA 3OYWA 4FQZA 4KBBA 3ZSKA 3V0BB 1V00A 4WA4A 3UK9A 2ZGOA 2VWDA 1DIWA 1IVCA 2ZB6A 3POWA 6NN9A 1D2SA 1WW5A 2OVUA 3PVNA 2VK5A 2PHFA 1B9VA 3UJQA 1A4GA 4YGCA 1ENQA 1WUVA 3VKLA 4HZVA 1KQRA 4ASMB 2C9AA 2VSMA 1W6QA 3O9KA 4YGEA 2P2KA 1N3OA 2PHUA 2R49A 3TI8A 5GZGA 4Y24A 1LOGA 1FYUA 1G7YA 3MPPG 1Q8SA 1V6KA 3K39A 3IN9A 4UW5A 4X49A 3WHTA 4Q27A 5KXEA 4HZXA 2DVDA 3V64A 4KS3A 2ZGTA 3WVJA 1A3KA 3NSSA 3CYEA 3GNEA 3AYDA 1INGA 1DHKB 2SLIA 1BZWA 1INYA 1C4RA 1IVGA 3SH5A 1V6MA 2WT1A 3PMEA 2UURA 2TEPA 4TZDA 2A3XA 5CA6A 4XXPA 2UWAA 4Q8KA 1AVBA 2YY1A 2D6LX 4FVVA 4FOQA 2A5ZA 3C2UA 3O0XA 3AZWA 1Q8VA 3BODA 2CWMA 1MWEA 4M3CF 1DQ4A 3FUQA 3W58A 4HL0A 3RG0A 1CONA 2EXKA 2ZHKA 4BMBA 4FP2A 1L7GA 3CL0A 2LALA 1MS5A 2PHRA 4X4AA 4F83A 3O0VA 2F24A 1LENA 4U36A 4LBQD 2VXRA 3AZYA 4XTMA 1HDKA 1IOAA 4LBKA 1F9KA 1YIFA 4XIKA 2WLQA 1DQ5A 2ZGLA 4YW1A 1S0DA 1ENSA 2F10A 3H0OA 3WCSA 4M4NA 4Q8LA 2ZGPA 1MS8A 3B9CA 2D7FA 4DRVA 2F27A 2VH9A 4YM0A 1NCDN 3ILRA 1NMCA 2CNAA 1W20A 4JRAA 4SLIA 3WUDA 1LCLA 1INVA 2YA8A 2CWSA 4UW3A 1TEIA 1EUTA 1G9DA 1NNBA 5T5LA 2JE9A 1CPNA 1LGBA 2F25A 4K1KA 5GLVA 3OY8B 4M00A 1F31A 5JVVA 1PZ8A 2W68A 3ZSMA 1NXD1 4MWWA 4Y1YA 1O4ZA 2DUQA 3T1EA 3V0AB 1NCBN 1G9CA 2D3PA 2BQPA 3D12A 1CVNA 3H72A 1MACA 4CPNA 4LBNA 4QN5A 3SANA 3NWKA 2NMOA 5E89A 1NNCA 3V65A 5GLWA 3QLQA 2PELA 3I4IA 1LU1A 4KS4A 2YA6A 1Q8QA 4YZ5A 1LEDA 2RKCA 1W6PB 5SV8A 1LHUA 3AYEA 5F9TA 2B7YA 1G9BA 4DRRA 3D4KA 3JUUA 1WD3A 4Q26A 1S0EA 2VVZA 3WG3A 3AYCA 4MWUA 4BBWA 4YW4A 3FLTA 4FPJA 4Y26A 2NZ9A 5JYYA 3M3QA 1LHWA 2CY6A 1IS6A 1B9SA 3SISA 3AP4A 1WLWA 2PHXA 2YA5A 1MS0A 1W8OA 1W21A 5DUXA 2GN7A 1DQ0A 1H9WA 1W0OA 1Y7BA 1S0FA 4QN7A 3TB0A 3N7MA 4MWLA 2A6VA 4MZAA 1V6OA 4Y22B 1O4YA 4FPLA 4FVKA 1DILA 1LULA 3A0KA 5IK4A 2WT2A 3N7KA 4KS5A 4GDIA 3A72A 3L2YA 3HN1A 2W52A 4AGVA 4L8QA 3RMYA 2EAKA 1KDMA 3WDTA 4YZ3A 1FNZA 1NNAA 4H55A 4Y1XA 1UZZA 4M3CA 1N1TA 2D3RA 4FPGA 4P14A 1INWA 3O9JA 1F8DA 1F8CA 4H53A 1UKGA 1YI7A 2GMEA 2NM1A 2ZKNA 5CBLA 5T54A 4NO4A 3A71A 1QOTA 1MS3A 3D5OA 4LBQA 5GLTA 4XJ8A 4JF7A 3N3HA 4QN6A 1AXZA 4FOVA 4HANA 1DLLA 4PBOA 1Z50A 1SCSA 3O5SA 2WSVA 5GALA 4XIOA 5H9RA 2A70A 2HT5A 3B01A 3JU4A 2NYYA 1HLCA 2ZGNA 2P37A 3FLPA 1L7FA 2R16A 3H73A 1ZM1A 3BTAA 4XDQA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2WNUA 3OB8A 4WEFA 2HTYA 1QH7A 2HTWA 1LGCA 4EN6B 1GQGA 5B2GB 5FXZA 4K6BA 1F8EA 1NMAN 1AF9A 3FLRA 1MVEA 5FMOL 1R092 3OEBA 5KHKA 1N3QA 5JLVA 3V56A 2VMDA 1GNYA 5DPNA 3D8CA 4ZY9A 3ACFA 2BU9A 3E5UA 2ADEA 3QCWA 4RGGA 4RHV2 2QE3A 4XJUA 2YA7A 1RUD1 1CVMA 3FX3A 5TSWA 5IFPA 2W87A 3W59A 1ULGA 2HYKA 2ZWAA 5A6YA 4XCBA 1PMHX 3ZYIB 3GGLA 1T2XA 2YROA 4CUAA 2V09A 2D97A 2B9UA 3BEQA 3IDCB 5LA9A 1TG7A 3USSA 2HH9A 2ORZA 2VMIA 5I0RA 1UZVA 4FJ6A 3U4XA 2WJSA 1IKQA 3KV9A 1PO12 4A7YA 2VBDA 5LRRA 2VSKA 2AGSA 2OQ6A 4MHUA 4K1IA 1RUI1 4YG3A 3S30A 2R1BA 5FCCA 3VBOB 2A3WA 1LHNA 5A6QA 3THCA 5F2SA 5CADA 1ZZ8A 4MYEA 3FN9A 4DUVA 1SBEA 1OQDA 1Q5OA 4K9SA 4D69A 1XE7A 1AJKA 1P8JA 5AFBA 1R093 5GZDA 4M4RA 4MGYE 2RDQA 2VZRA 5A7OA 2TUNA 3H8OA 2VW2A 5M1ZA 4FPYA 3EB7A 3P3PA 4QQHA 5EJZB 4RHV3 2WNUC 3ZMNA 4YZ2A 3DASA 1W8HA 5K8SA 1XU1A 3WD5A 4FOWA 1TMF2 2BZDA 4KI5M 3RWKX 1GZCA 1G9FA 2B4KA 4XF3A 1RUG1 2W94A 4B1LA 1O3TA 3KT7A 5JPNB 4NRMA 3JCIA 1NT0A 2ZW9A 1QJFA 1SQ4A 1S4CA 2CMLA 3A0NA 2W38A 4FT8A 1HN1A 2UU8A 4N9HA 3MBWA 3BIEA 3VBUA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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