4XJUA

Crystal structure of the nanb sialidase from streptococcus pneumoniae in complex with 4-acetamido-2-fluoro-3-hydroxy-6-[1,2-dihydroxyethyl]-7,8-dioxabicyclo[3.2.1]octane-1-carboxylic acid
Total Genus 197
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
197
sequence length
658
structure length
658
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYGIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Hydrolase
molecule keywords Sialidase B
publication title `The Hunt for Serendipitous Allosteric Sites: Discovery of a novel allosteric inhibitor of the bacterial sialidase NanB
rcsb
source organism Streptococcus pneumoniae serotype 4 (strain atcc baa-334 / tigr4)
total genus 197
structure length 658
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2015-01-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4xjuA03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4xjuA01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4xjuA02
1MVQA 4BOWA 1H30A 1QU0A 1W6OB 2QWEA 3ILRA 3WV6A 1UAIA 1YRZA 1QOTA 3R4UA 5FREA 2ZABA 1F9KA 1W21A 3POSA 4WA4A 1E8UA 2ZGTA 4Y24A 5JOZA 4XJAA 4B7MA 5CNAA 5CA6A 3RQ0A 3V0BA 3RG0A 2A3WA 1QKQA 4Y22A 1AX1A 2QWGA 5DZEA 2WKKA 2YROA 2ZHLA 3LCPA 4Q2FA 1EUTA 3ZXEA 3VKMA 4LBQB 5DG2A 1G9FA 4ATFA 1VALA 3WUDA 5HCAA 1UMZA 2CYFA 2GDFA 2PHFA 2R49A 2ZB5A 1YIFA 1MZ6A 4NOTA 1MACA 2DUOA 1W8NA 3POWA 4JRAA 4QN7A 2ZGKA 3APBA 1B9VA 1A78A 1SNTA 4FPOB 1BXHA 1LESA 4XXAA 4ASMB 2XCYA 4K21A 4R9CA 1NCBN 5GZEA 4XJWA 4D69A 1W6NA 1B9SA 4YGDA 3B9CA 3ZXJA 3FUQA 3VKNA 1DBNA 3TIAA 3UK9A 1UZYA 4MJUA 3JU9A 1ENRA 1GANA 1QDOA 4GZQA 2D6PA 1W1XA 4XDQA 4FPJA 3N35A 2E53A 2CY6A 2WSUA 1LOCA 4GXLA 1W20A 1KDKA 3V65A 2A3YA 2V5YA 4YGEA 2B8HA 3WG4A 1AX0A 1LECA 2WSVA 3U4XA 3O0XA 3FBYA 4GWMA 3ZXFA 2ZGOA 4Q8KA 3RSJA 1LOEA 2R0FA 4DRVA 5M1ZA 1N1SA 3MEPA 1AXKA 3GVKA 3WHTA 2PELA 1V6IA 2D6LX 1BQPA 4K1YA 1RINA 1HLCA 3AX4A 1W6PA 2ZBJA 3QLQA 1CR7A 1E8TA 2A5ZA 4CPZA 2ZGQA 4KS1A 1SLLA 1LENA 5JDBA 3AZYA 2QWFA 2FHRA 2F11A 4K20A 2GNBA 2HT5A 1WLCA 5T5LA 4YM3A 4Q6KA 1LOBA 1WD3A 3JU4A 3CYEA 2JDZA 2WNEA 4OZXA 3RS6A 5JLVA 1LGNA 5HCFA 3HN1A 1EPWA 1YI7A 1MZ5A 4ITCA 3AZWA 1GLHA 4KS4A 2EXKA 2DVGA 1F8BA 2W39A 5GZDA 1Q8QA 4Y26A 4DFSA 4Y22B 1IVDA 4M4UA 4AGRA 1LODA 2A6ZA 4M3MA 1N1VA 1BYHA 1IS5A 1X50A 2YV8A 3IN9A 2HYKA 1IKQA 5JVVA 3VKLA 2CNAA 4RA0A 1OFSA 3OYWB 4GKXA 3WZ1A 3OPZA 4XMIA 4QN5A 2V73A 1V6MA 4M3CE 1V6NA 4MWQA 4YFZA 1V2IA 1ULCA 4ISQA 3I8TA 2DVFA 4X4AA 4UF7A 2SILA 2D43A 3NV2A 5KXDA 1LHVA 2NN8A 2XG3A 4GWNA 5DUWA 1G7YA 4M3CA 4YFWA 2VK5A 4GZPA 1L7GA 1JN2P 1S0JA 2P3IA 4MWLA 3POYA 2PHWA 1H9WA 5KXEA 3GVLA 2YY1A 1LCLA 3CKZA 1VCUA 1Z4XA 1W6OA 3ILFA 4HZVA 2DURA 1FYUA 4RL7A 2P34A 4MC7A 4FOQA 1GSLA 5F5QA 3IMNA 3CL0A 2BATA 1B09A 4B7QA 3IPVA 1LU1A 1USXA 4PBPA 1SLCA 3AP6A 4GALA 4HZXA 2DVAA 3AXEA 4MWJA 1SCRA 2LALA 2NMNA 2GMMA 1HKDA 1A4GA 3GVJA 1S0CA 1ZA4A 2ZHKA 4GZWA 3OY8B 5KXBA 2R16A 1W6PB 3NV1A 2QWBA 4JCKA 1IVBA 3SH3A 1AX2A 1S1AA 2UWBA 2GNMA 4LBQA 4P9XA 1JXNA 1INVA 2HTUA 3SILA 3BODA 4XHXA 3D5OA 3SISA 5DXDA 1WW6A 3HR9A 1RIRA 2BERA 1MWEA 2VSKA 3O0WA 3UL2A 2F28A 3H71A 4AVTA 4WEGA 4UW6A 1W6QA 2VW1A 3D4KA 1V3DA 4MWWA 3O0VA 4WA3A 3MW2A 4CPYA 2ZGSA 1J1TA 3AFKA 5H9PA 3K38A 4BM8A 1DQ6A 3KQRA 5EYYA 4YW2A 2ZGRA 2F0ZA 4K3YA 1LOFA 4BMEA 4XILA 5JMCA 4FPYA 3TI4A 3INBA 1AJOA 3B69A 2DU0A 1H9PA 3HMYA 1V0EA 4IQPA 4YW1A 3AJZA 1G9BA 1JUIA 2UWCA 1VIWB 1D0HA 2DUQA 4ISRA 2DVBA 4MWYA 3GNEA 1C4RA 2RKCA 1N47A 5B2DA 5DUXA 1L7HA 4FOVA 3H73A 1DZQA 2CTVA 1INXA 3WDVA 4FPGA 1FATA 4CPLA 4I00A 1D2SA 2JKBA 1QOSA 1KJLA 1N3PA 2QWHA 1NNCA 1DQ1A 4R9AA 3B7EA 1S0BA 3A71A 2B7YA 4YG3A 1INWA 3T1EA 4FP3A 2WQZC 2F25A 4K1HA 2OUHA 2P37A 3ILNA 3W58A 4JF7A 1DQ2A 4YG0A 4QNPA 1URXA 4P9WA 3A0NA 2GNDA 1AF9A 2VXRA 1JOJA 2ZA9A 3IPVB 2ZACA 4QN4A 3K37A 3T1LA 4Z8BA 2R0HA 1INYA 2ZGPA 3NWKA 2P2KA 1EUSA 4YZ4A 1R1ZA 2W5NA 4XOGA 2JJ6A 2NP0A 2VK7A 2ZMLA 3SH4A 4FOYA 3OYWA 4FVKA 4QN3A 2C5DA 3WHUA 1Q8VA 4AGVA 4K1IA 1A4QA 2NYYA 2OUJA 1W6MA 2W5OA 1CPNA 5HUNA 3ALWA 1V6OA 3FUOA 2A71A 2ZB6A 1G9CA 1W6QB 3ZVXA 3FLPA 2A6WA 2EAKA 5FRAA 4XJZA 5GLTA 3WDWA 3BTAA 3DUIA 4NO4A 4MWUA 2F27A 3WDXA 2AUYA 5CAZA 3WOGA 4MZAA 3AYAA 4XIKA 4MWXA 1SLAA 2DYCA 3BIWE 3W09A 1UZZA 1OQ1A 3TI6A 2FMDA 2EXJA 5GLWA 1GBGA 2RHPA 5T55A 1HQWA 1HQLA 4HZZA 3NN9A 5KXCA 1YXWA 1GYKA 3PJQA 4YLZA 1BZWA 4YGBA 1IS3A 2PHUA 2ZHNA 3SALA 1WLDA 4FP2A 1N3OA 1F8EA 3OY8A 1AXZA 4Y1YA 2F12A 3WDUA 2I2SA 1IVGA 3K36A 1IOAA 2GNTA 4FPLA 2W38A 4BLJA 1DILA 1I1EA 1NMAN 4M01A 4CPOA 3CL2A 1SBFA 1GZWB 4GA9A 2HT7A 2D6NA 1DHKB 2OVUA 5HUGA 4JC1A 1Z4VA 4DRRA 2E7QA 3FLTA 4WV8A 5JOXA 2EXIA 4BLIA 2D7FA 4BQ1A 1WUVA 1MVEA 4UW5A 1CVNA 2ZGNA 1NCDN 1OKQA 3QCWA 1QNYA 1IKPA 5IT6A 4Q1RA 5EXOA 3N3HA 1IVFA 2R1BA 3TICA 1QNWA 4X6KA 4YM2A 2NMOA 1GNHA 1O4ZA 4WZFA 1VAMA 5IK7A 4FPKA 1GZCA 2F13A 3NV3A 4BMBA 1IS6A 1FV3A 2JE9A 1S0IA 2YA7A 1W6MB 1NMCA 4XIOA 1V3CA 1ENQA 4UW4A 1BKZA 4X49A 5HUKA 3ATGA 2GALA 1V0FA 4FQ4A 1UX6A 1A8DA 1DQ0A 4B7NA 1WW4A 2D3SA 3FLRA 2G4IA 4Q26A 2EIGA 3MW4A 3SANA 3ZPYA 3MW3A 3AP7A 2WLQA 4XBNA 2GMEA 1GZ9A 5E88A 3IKWA 5T54A 3O9JA 3ZSLA 4M4VA 1CONA 1MS0A 3IM0A 3TIBA 1JYCA 5HX0A 1SBDA 2ERFA 1PZ8A 3PMEA 4GEZA 3NV4A 1E8VA 2AR6A 4K1ZA 4YM1A 5DUVA 3K39A 1CIWA 4CRQA 3K3AA 2SLIA 2EF6A 4BBWA 4HIZA 3SNMA 3AYDA 1VCJA 2AYHA 1G9AA 1MS4A 4HZWA 4LBOA 2AH2A 1NXD1 4Y1VA 1JHNA 3B3QE 1F8DA 1UKGA 2ZGLA 2ES3A 4NC5A 1QF3A 1KJRA 2D6KA 1Z4YA 4GZSA 2YA6A 3D12A 1JBCA 2VY0A 5IUQA 3AYEA 2PHTA 2ZZJA 1A14N 2YDPA 3PVEA 1JYIA 4XMAA 4YGCA 4DS0A 2P3JA 2CWMA 3WCRA 2ZAAA 3B01A 3JUUA 5JOYA 2ZGMA 3OGGA 2HTQA 3USUB 5JOWA 1S0EA 3AYCA 5HUMA 2WT1A 4LBNA 4GZTA 1ONAA 2VVZA 3TAYA 4PF5A 4Y1XA 3AZXA 1FNYA 5AVAA 4R9DA 4KS2A 4FPCA 3NSSA 2VU9A 4C1WA 2HT8A 4WVVA 1I3HA 4FPHA 4J9TA 4MX0A 2F24A 3TB0A 5T5OA 2WT0A 2VW2A 5DZGA 2D6MA 2GN7A 1Z4WA 2ZMKA 2JECA 4AYUA 1WCSA 1USRA 4FOWA 1CN1A 1DYKA 4XZPA 4YZ2A 1SACA 4MWVA 4CTEA 1AJKA 5JYYA 3TI8A 2DUPA 2YDTA 4K1KA 4I30A 5E8AA 3Q9OA 5T5PA 1UPSA 3VKOA 4U2AA 1LGCA 5DG1A 1QOOA 2OW4A 1Y7BA 1EURA 4XBQA 1LEMA 3O12A 4Q8LA 1NNAA 1AXYA 3H72A 4MWRA 4HANA 2BZDA 4GZOA 2GMPA 2QWKA 3WLUA 2DU1A 3WG3A 3N7KA 4XJ8A 1N1YA 3M3QA 2X9MA 1QDCA 4B7JA 3WNXA 2Z42A 1LHWA 1UN1A 2QWIA 5IK4A 1MR5A 3AP4A 5H9SA 1TEIA 2JE7A 3N36A 4B7RA 1FAYA 1GZWA 4FPFA 2SBAA 3VV1A 1F5FA 1WW5A 1APNA 4AGGA 1DIMA 1W0OA 2AENA 1NCCN 1DFQA 1C57A 4X47A 5L73A 1VAVA 2UWAA 4Y1ZA 4YZ5A 3VUOA 2VUAA 4CPMA 1F31A 1LJ7A 2ZGUA 3TI3A 4K1JA 3AK0A 1AZDA 1SFYA 2HTRA 1Z0HA 5GZFA 1NLSA 1KITA 3BEQA 4GJTA 1FV2A 1O4YA 3M3CA 2A6XA 1WD4A 2XZIA 3RRDA 4KBBA 5GZCA 5H9RA 5NN9A 3WVJA 1LEDA 4GDIA 3AJYA 2VW0A 1KDMA 2HTYA 3A72A 1GNZA 3WCSA 1V6LA 4TYSA 1LULA 3LSEA 4YZ3A 5T5JA 4YW5A 1LTEA 1CESA 4XYXA 4FQZA 3V64A 4AWDA 4DQAA 1CQ9A 5EYXA 2D44A 4LBKA 3WG2A 1XOEA 2YA8A 3O9KA 5DUUA 1MS8A 4UW3A 1MS9A 1VLNA 1PZ7A 1KQRA 1LHNA 1C1FA 4ZXKA 4XJRA 2WT2A 4GB1A 1LGBA 2DTYA 5GJ6A 3WDTA 5HCBA 1XOGA 2BF6A 2YXSA 1ULGA 2E6VA 2DVDA 3PVOA 4XHBA 1FNZA 4WVWA 2R1DA 5EWSA 3AP9A 2C4LA 3SLIA 2GN3A 1NCAN 4KS3A 4Y20A 1V6JA 1BJQA 1G9DA 1W0PA 1KRIA 4LBMA 2HU0A 3I4IA 2EXHA 5SV8A 1DYPA 5DZFA 2WJSA 2XZJA 1DGLA 2W52A 3TI5A 1EUUA 4PBOA 4MYEA 3PVNA 2VWDA 3B00A 4LBJA 3AXDA 3WDYA 2TEPA 3BOPA 2E51A 2YMZA 3CNAA 3A4UA 5CB7A 1S0GA 1UL9A 3N7MA 2ARXA 1XQNA 1WW7A 2EALA 3AZZA 3LSDA 2W08A 2HTWA 3WUCA 3VKFC 1LHUA 4F83A 1IS4A 2BQPA 1WBLA 3USUA 4MZEA 3V0AB 2XB6C 1DLLA 4R9BA 3D6EA 1YO8A 1NSCA 1INFA 1S0DA 3ZXKA 3H0OA 2A6YA 1WCQA 1N3QA 3M3OA 5CBLA 4YM0A 3D11A 3DGTA 6NN9A 4P14A 1INHA 3ZSKA 4FPEA 2D3PA 3OBTA 1AVBA 3V0BB 1DQ4A 2ZMNA 3AP5A 3ZSMA 4KS5A 4XJ9A 4LBQD 1SLIA 4MJVA 1SLTA 1N1TA 4YG6A 2HU4A 2UU8A 4C1XA 4TZDA 1Z50A 4DGRA 3MPPG 2E7TA 1IVEA 7NN9A 2NZ9A 2NM1A 4GDJA 3M1HA 1NMBN 4BPZA 3W59A 3ZXLA 1V3EA 2A75A 1V0ZA 2DTWA 4CZSA 1QGLA 5BYNA 2PHRA 2A7AA 3T2TA 5GZGA 1V3BA 3ENRA 3H6JA 3ASIA 3OJBA 5GALA 1LOGA 2H0BA 1F8CA 4Y1UA 1WBFA 3ZSJA 1JW6A 1LOAA 3O5SA 2D6OX 4L8QA 1W8OA 1W6NB 4M00A 1GKBA 4H55A 3INAA 1NSBA 1MS1A 4YW3A 1Z78A 2PHXA 2YA4A 3N7JA 4GKYA 4PQ9A 1BJIA 4W65A 4HL0A 3RMXA 1NNBA 1GV9A 1CPMA 5LK5A 1FX5A 3AZVA 2YA5A 2QWCA 1PZ9A 4Y20B 2HTVA 3A0KA 2A6VA 4NCSA 2C9AA 4XBLA 1ULDA 4PCRA 2AGSA 4U36A 1WLWA 1HDKA 3T1MA 2VH9A 3ZYRA 1ULEA 3C2UA 3UJQA 4WEFA 4YZ1A 3SITA 5E89A 3N7LA 4CPNA 1GICA 2D3RA 4XXPA 1ULFA 5IK8A 5B2CA 1L7FA 2QWJA 3RMYA 2QWDA 4ATEA 1IVCA 3KM5A 4Q27A 5T52A 2ARBA 3OBRA 1CJPA 1INGA 3R4SA 2F10A 1V00A 1MS5A 1Q8SA 1SBEA 3R05A 2UURA 1LHOA 3UJOA 4DPNA 2AEQA 5GLVA 2C4AA 2CL2A 2YZ4A 4WA5A 3ZYPA 5GLUA 1A3KA 1RITA 4FJ6A 1YYNA 4XTPA 2CWSA 4HZYA 2W20A 2W68A 4XJQA 4XTMA 1U0AA 2LTNA 3SH5A 2Q5TA 2KM2A 1Q56A 4D8SA 4FZHA 2SIMA 4AVSA 3M3EA 1ZM1A 2CMLA 2F29A 1NSDA 1G8WA 2VK6A 4YW4A 1ENSA 1B9TA 2XZKA 1NN2A 4P9YA 2ENRA 3FFZA 5GLZA 5F9TA 4GZXA 1DQ5A 3M2MA 4M3CF 1LU2A 4XJUA 2VSMA 2F26A 2JD4A 1Z4ZA 1DIWA 4Q1PA 4QN6A 4SLIA 5GM0A 4AVVA 4H53A 1MS3A 4M4NA 1SO7A 2ZHMA 3L2YA 3ALXA 4NN9A 5H9QA 3WG1A 4ZKTB 2P3KA 3GALA 4LBLA 2QWAA 1Q8OA 4M3CB 1V6KA 1S0FA 1G86A 5T50A 1LOFC 1Q8PA 2A70A 2A3XA 1QMJA 1SCSA 2AEPA 2AREA 5IK5A 4FVVA 1SLBA 2DWRA 3V0AA 4H52A 2DV9A 2ZKNA 1C1LA 4XE9A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1OBNA 4L9BA 4YVSC 1WGPA 5FZOA 1MVQA 3MF6A 1XYPA 4BOWA 1H30A 4AZZA 1QU0A 4BQ3A 1YFUA 2Q1MA 1H6YA 5E16A 3H8RA 1W6OB 2QWEA 4L0PA 2XKOA 4BISA 1EV12 3VZLA 3ILRA 3WV6A 1HB2A 1UAIA 3RWNA 1W9SA 3ES1A 1YRZA 1QOTA 3D82A 3R4UA 5FREA 3IWZA 2DSOA 2ZABA 4AK3A 5C7GA 1MQTB 1F9KA 4EN8B 2AACA 5EZWA 1W21A 3POSA 4H2AA 3OPTA 4WA4A 1E8UA 1IQAA 2BVVA 2Z79A 2OPWA 2ZGTA 3OUIA 5FP7A 4HK8A 1UNBA 2OS2A 4AVCA 1UW8A 3LA7A 1QWRA 4Y24A 5JOZA 1MZEA 4XJAA 5J48A 1D7PM 4Z82A 5FP8A 4O5TA 1R1A1 4B7MA 3MUY1 5CNAA 5CA6A 1C3HA 4MGYE 3RQ0A 3VHPA 2WFF3 1DP0A 3GXUA 2W5FA 3V0BA 1R093 2WN3A 3RG0A 1BK0A 1S2BA 2JE8A 1RVF3 3NJZA 2A3WA 3ZFGB 5C8CA 2O14A 2WYSA 2XUEA 5GX1A 1QKQA 4QPWA 3POBA 2IZWA 2VO5A 4Y22A 4AI0A 5D9BA 4EE2A 2VMCA 1AR61 3NJYA 1HRI3 1AX1A 5FY0A 1KGYA 2QWGA 1HXS3 2W9XA 5FV3A 3NRUA 4W4ZA 2G8SA 5DZEA 2DBNA 1AR72 3PMSA 2VGDA 2WKKA 1DCSA 3WP5A 2P6CA 2RV9A 5FYBA 2YROA 1CVMA 2XHKA 4AW7A 4EQVA 4XW3A 3PUHA 3O1UA 2ZHLA 3LCPA 4UYBA 4Q2FA 4MX3A 3LWCA 5J37A 1EUTA 4I3GA 2PA7A 2GZWA 3ZXEA 3VKMA 4P5HA 4LBQB 5DG2A 3NNJA 3BPSA 1G9FA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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