4XJWA

Crystal structure of the nanb sialidase from streptococcus pneumoniae in complex with optactin at ph 7.4 in pbs with dmso as the cryoprotectant
Total Genus 200
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
200
sequence length
658
structure length
658
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYGIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title `The Hunt for Serendipitous Allosteric Sites: Discovery of a novel allosteric inhibitor of the bacterial sialidase NanB
rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae serotype 4 (strain atcc baa-334 / tigr4)
molecule keywords Sialidase B
total genus 200
structure length 658
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2015-01-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4xjwA03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4xjwA01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4xjwA02
1KDMA 2OUJA 1DIMA 2ZHKA 5DG1A 1Z4YA 4GB1A 1F5FA 1S0GA 3ASIA 3MEPA 2ZGLA 2DURA 3WCSA 2XG3A 4Y24A 3WDWA 4LBOA 1RIRA 1YO8A 4FOVA 1ULDA 1LECA 5JOWA 4XJZA 2QWGA 1Q56A 3N7LA 1A4QA 2AENA 3TIAA 5JMCA 1BJQA 1BYHA 4PQ9A 2ERFA 1JW6A 4WA4A 4GWNA 2C4AA 2F29A 1LOGA 1LOBA 1LODA 5GZEA 5IK7A 2DU1A 1KRIA 2DTWA 3OGGA 1VAMA 4XBNA 2UURA 3SILA 5JOYA 4F83A 2QWIA 5KXBA 3DUIA 3ZPYA 3VKLA 3N7KA 2AYHA 4Y1XA 2ES3A 1DQ4A 1WLCA 4X47A 3IPVA 3SALA 1SACA 4MWXA 3ZXEA 2DUPA 4YW3A 2A3YA 2F0ZA 3A0KA 3B00A 4GZWA 2VK7A 5GALA 4GWMA 3IMNA 1CPMA 4YG3A 1NXD1 3OPZA 3TI6A 4FPEA 4YGCA 4BPZA 1USXA 1QKQA 1A14N 3TIBA 5E89A 3N7JA 3BOPA 1SCSA 1TEIA 1ENSA 3PVOA 3V0BB 2EIGA 3OY8B 1N1TA 2OW4A 2ZB5A 4QN6A 1MS9A 5DUUA 3BTAA 1SLAA 2A6ZA 4D69A 4XXPA 1DQ1A 4HIZA 2DVFA 1IVCA 1IS5A 2VK6A 2QWHA 2NYYA 4MJVA 4LBJA 1CONA 4WA5A 5HUGA 4XILA 1J1TA 1CESA 3W59A 2GNDA 1SLIA 3VKFC 4QN5A 2QWKA 3T1EA 1F8CA 4FVVA 1LENA 1SLTA 1Q8PA 2YY1A 2HTQA 1B9VA 1WCQA 1YI7A 4MYEA 1ULFA 4I00A 1LHNA 3WDTA 4ASMB 2AH2A 2JDZA 4YW2A 3AP9A 1URXA 5CBLA 2GNTA 1Z50A 4FOYA 1SFYA 2ZGMA 4XHBA 2ZGTA 4Q1RA 3K38A 1V2IA 1W8OA 4X49A 2YROA 4XE9A 2P34A 2A3WA 4YG0A 4K1KA 1LOFA 1W6PA 2P37A 2BERA 4R9CA 3PVNA 1GZCA 3NWKA 3SH3A 1LOFC 1I1EA 3IN9A 1FX5A 5JLVA 1A8DA 4XJWA 2D7FA 3AP4A 1EPWA 1QOOA 1Q8VA 2P3IA 4Y22B 1UZZA 1LOEA 3OBTA 1DQ0A 2GNBA 2ZGQA 4MZEA 2CTVA 4WEFA 1V6JA 4Y20B 1W21A 2VVZA 1WBLA 3N35A 4CTEA 3A0NA 4R9DA 1AZDA 4M01A 4XXAA 3B9CA 3ENRA 2ZHNA 1ZM1A 4XTPA 2D6OX 1E8TA 3AXDA 4GKYA 3POWA 5KXDA 3GVJA 2E7QA 4GZTA 1WD3A 5H9PA 3ZXJA 2XCYA 1VALA 3SISA 1BKZA 2CNAA 4K1JA 2A6YA 4HZVA 2JJ6A 3VKOA 5B2DA 1PZ8A 2RKCA 1MS8A 4XZPA 4UF7A 1IVDA 1EUUA 3ZSJA 5NN9A 4SLIA 3K37A 5HCBA 4C1XA 3U4XA 2HT5A 4AGVA 3WG2A 2CMLA 3V0BA 2PELA 4ATEA 3GVKA 3NV1A 3OY8A 4UW6A 1L7HA 1X50A 4PCRA 5JOZA 4YGEA 5HCFA 4DPNA 3WG4A 1LHVA 2JD4A 4FQ4A 2WLQA 3H73A 1W20A 2QWJA 4MWVA 4CPMA 1NCCN 4X6KA 1DILA 1L7FA 4Z8BA 2HU0A 4KS3A 2F26A 4Q8KA 3M3EA 1LHOA 1Q8QA 5JYYA 5DZEA 1SNTA 4Q8LA 1SLBA 2PHXA 4K1IA 3D6EA 4WV8A 1NSBA 1S0DA 1LHWA 1O4YA 4B7RA 1WW6A 3GNEA 4JCKA 2AREA 1N3PA 1LGCA 4FPYA 2A6VA 1HLCA 1QU0A 2PHFA 5HCAA 1OKQA 1MS5A 1G9CA 2OUHA 2PHUA 2C5DA 5T54A 2F28A 1F9KA 2VW0A 2XB6C 2Z42A 5HUKA 2V73A 2HT8A 4BOWA 1ONAA 2F27A 2FMDA 2ZACA 7NN9A 3IPVB 1V0EA 3AK0A 1V6OA 4M4NA 3AYDA 1MS0A 4YZ3A 1SCRA 3UK9A 1LU2A 3M3OA 4Y22A 3Q9OA 1EUSA 2ZB6A 1CJPA 1DIWA 5FRAA 3WVJA 3SH5A 2R1DA 3WG1A 1WBFA 2VY0A 3POYA 3WHUA 1W6QA 5EYXA 2A6WA 1UZYA 1APNA 2D6LX 5CAZA 2R49A 2ZGSA 1AJOA 1WW7A 4YM0A 2DVBA 2JECA 2HTRA 3D11A 3JUUA 3MPPG 2DV9A 1FNYA 2UU8A 4GZXA 3H0OA 1IOAA 1LHUA 4ISRA 3RS6A 4KS5A 1B9TA 2HTYA 1O4ZA 1Q8OA 2A3XA 1UPSA 2PHTA 3ATGA 1LULA 3SH4A 4H55A 2UWBA 4GZSA 4Y1UA 1DGLA 3L2YA 1IS3A 3WV6A 1NCAN 2AEPA 2GMPA 1N1VA 3ZXKA 3PJQA 4QN3A 3K39A 4WVWA 3V64A 1W6PB 3A72A 4OZXA 2NP0A 1ULGA 3DGTA 5LK5A 2R0FA 1GICA 4UW4A 2VH9A 5GLWA 3ZSMA 4BQ1A 5B2CA 2WJSA 4FPLA 3SLIA 1W8NA 1LCLA 3TB0A 1UN1A 3RG0A 5KXEA 5EYYA 4Q27A 2H0BA 3IM0A 1INWA 2P3JA 1OQ1A 2AUYA 3TI8A 4LBLA 2CWMA 2QWEA 1JOJA 4QN7A 1GNZA 4NO4A 3AXEA 4GJTA 3GALA 3FBYA 2RHPA 2NMOA 1GLHA 3RSJA 4CPNA 1N47A 1S1AA 2LALA 1BZWA 4M3CB 2C9AA 2LTNA 4BMEA 1L7GA 4M3CF 1MS3A 2F12A 2ZGOA 3O0VA 4XBQA 3ZXLA 3ILFA 1FATA 4M3CE 1C1FA 4DGRA 4TYSA 3AZZA 1S0EA 4FPGA 3ZSKA 1QGLA 4YG6A 1U0AA 4K20A 4MWLA 3BEQA 2Q5TA 2VUAA 2R1BA 1INHA 1E8VA 4MZAA 1DBNA 1V0FA 4MWJA 4DFSA 3HMYA 1INFA 5L73A 4HL0A 5T55A 3VKNA 3AFKA 1SLLA 3AZXA 4AGGA 1WW4A 4JC1A 3ILRA 3T1MA 2ARBA 2PHRA 2ZGKA 1S0CA 1AXKA 4WVVA 5GM0A 2W08A 1H9PA 1LOCA 2VWDA 3AYAA 1G8WA 4CPZA 4YFWA 2NZ9A 5GZFA 5H9SA 2DVAA 1NMAN 1FAYA 3N7MA 3IKWA 2BQPA 5JVVA 3RQ0A 2JE7A 3VV1A 2HTUA 3T2TA 1KDKA 1JYIA 4Q6KA 4XYXA 2WQZC 1MACA 4I30A 4ATFA 4QN4A 3FLRA 3B69A 2BATA 1R1ZA 4KS4A 3LSEA 1SO7A 1AX1A 4B7MA 1EUTA 3B01A 1GYKA 1QOTA 1MS1A 3KQRA 1W6OA 2ARXA 1NN2A 1F31A 4XMIA 2W68A 2UWCA 4GDJA 1DQ5A 2A75A 1N1YA 4UW5A 2ZGNA 4K1HA 4TZDA 4GDIA 3NN9A 5HUMA 4B7JA 1DZQA 3CNAA 3O9KA 4YW1A 1QNYA 1SBFA 2VXRA 3VUOA 4FPJA 4HZXA 1IVEA 5SV8A 4KS2A 1MVQA 2WT1A 5DXDA 1DQ2A 3AP5A 3V65A 4WEGA 3M3QA 4MC7A 4NC5A 1HQLA 3CKZA 3ZVXA 1W6QB 1B9SA 2QWBA 4GKXA 4R9AA 4MWRA 4D8SA 1KJRA 2G4IA 2SLIA 4J9TA 4MWQA 1GSLA 2DWRA 1JBCA 3SNMA 4M3CA 1CN1A 4H53A 4YZ2A 4FPOB 1V0ZA 4XDQA 5M1ZA 1CIWA 4PBOA 2VW1A 3M1HA 1MR5A 2D3SA 4M3MA 2HT7A 2EF6A 1V3EA 1ENQA 4LBMA 2ZHLA 2ZMLA 2KM2A 2DVGA 3ILNA 3VKMA 4YZ5A 4L8QA 1MVEA 3JU9A 4M4UA 2P3KA 3O0XA 1W6NA 1W6MA 1WUVA 4GZOA 1ULEA 5AVAA 2JKBA 2YV8A 4YZ4A 1DLLA 4PBPA 4HZYA 2EXHA 1DYKA 1AXYA 4U2AA 5T5LA 3INBA 1RITA 1SBEA 1NSCA 3WCRA 3RRDA 1N3OA 3AZYA 5IK5A 5E8AA 4LBQD 3WDXA 5GZGA 3R4UA 1YRZA 3CL2A 1USRA 2BF6A 3K36A 2YXSA 3T1LA 1LTEA 3PMEA 2D6MA 2E6VA 1NNBA 1DHKB 4XJAA 2W38A 3C2UA 3I4IA 1JHNA 2WSUA 4M00A 5H9QA 3ZYRA 1QMJA 2DUOA 4DRVA 2R0HA 2ZBJA 4MWYA 3B7EA 1WCSA 3POSA 1LEMA 2X9MA 1BXHA 1S0FA 3WDUA 2FHRA 2YDTA 1HKDA 5BYNA 2B8HA 3USUA 2D3PA 2D43A 2YDPA 1DFQA 4GZPA 5GZDA 2NM1A 2DYCA 3R4SA 1GZWA 1W0OA 2GMEA 5KXCA 1S0JA 1INYA 3TI5A 5DUVA 2YA7A 2SBAA 3QLQA 1MWEA 1NMCA 2CY6A 1NNCA 4AVTA 4XJRA 3JU4A 3AX4A 3N36A 1EURA 2D6NA 5DZGA 3WOGA 3FLTA 2F24A 1IKQA 1MS4A 1LU1A 2XZKA 3SANA 1ZA4A 1ENRA 1IKPA 5DG2A 4FOQA 1VCUA 2A71A 5E88A 1Z4WA 1V3CA 1F8BA 3CL0A 1JN2P 3SITA 1YXWA 4DQAA 1H9WA 1S0BA 2ZHMA 2DUQA 3LCPA 3MW4A 1IVFA 3MW3A 4BM8A 2F13A 1LGBA 2YA6A 2CYFA 4YGBA 2AR6A 1Z78A 3WUDA 4AGRA 4FPKA 1GNHA 5IT6A 3W09A 3OYWA 4K21A 4YW5A 4U36A 4MWWA 4AYUA 2P2KA 4BMBA 2ZMNA 1W6OB 2GN3A 4BLJA 1IS6A 3H72A 2I2SA 1INGA 4YGDA 3ZXFA 2ZMKA 5GZCA 1NCDN 2A70A 1S0IA 3KM5A 4K3YA 4P14A 1XOEA 2EAKA 4P9WA 2A7AA 4FPCA 3WNXA 1V6MA 4CZSA 2WKKA 1GANA 4KBBA 1V6KA 4CPLA 3TI4A 2QWCA 1NNAA 5IK8A 5GLUA 1NSDA 3WDVA 1E8UA 3AJYA 4Q2FA 1KQRA 4AWDA 4LBNA 4Q1PA 3W58A 2TEPA 4QNPA 4XJ9A 1A3KA 2E7TA 2YA4A 1QNWA 2NN8A 5CNAA 2V5YA 1AX2A 4XTMA 3MW2A 1KITA 1INVA 1D2SA 4X4AA 4YFZA 3AZWA 1I3HA 3AJZA 2SIMA 1F8EA 3B3QE 2YA5A 4HZWA 1WD4A 3QCWA 5GLVA 2E51A 1C4RA 4CPOA 1LESA 4FQZA 2C4LA 1KJLA 2D6KA 4LBQA 5T5JA 2EXIA 4YLZA 4YW4A 4GZQA 3WDYA 1W6NB 2VW2A 1W6MB 2HYKA 1Z4VA 3TAYA 3V0AA 2DVDA 5T5OA 1VIWB 4B7QA 3OBRA 2EXKA 2NMNA 3AP7A 3I8TA 2A5ZA 1AJKA 3ALXA 1G86A 4XJUA 1FNZA 1V6IA 1G9DA 1UMZA 4AVSA 2PHWA 3CYEA 4Y1ZA 1G7YA 4XIOA 4FP2A 3K3AA 5HX0A 1D0HA 1MZ5A 3WG3A 5H9RA 2W39A 1WLDA 2YMZA 1FV2A 1V3DA 4NN9A 1V00A 3PVEA 1SLCA 4FVKA 1Z4ZA 3WUCA 1JXNA 3NV2A 2GN7A 2AGSA 1IS4A 5DUWA 4KS1A 2WSVA 1RINA 2F10A 4PF5A 1YIFA 5CA6A 1G9AA 2ZGRA 5DZFA 3WLUA 3WHTA 1JYCA 2XZIA 2VSKA 4GEZA 2F11A 3USUB 1VCJA 2W5NA 2UWAA 2HTWA 3BIWE 4NOTA 2DTYA 2R16A 2YZ4A 2ZKNA 1FYUA 1GZWB 3A71A 1QDOA 3H71A 3HN1A 5EWSA 1YYNA 1FV3A 4C1WA 1UL9A 4MJUA 1C57A 2ZGUA 5GLTA 1MZ6A 4R9BA 5EXOA 5GJ6A 1H30A 1B09A 4BLIA 4UW3A 1PZ9A 1NLSA 3HR9A 3APBA 3O5SA 4P9YA 2ZZJA 2D6PA 1HDKA 1N1SA 3NV4A 2HU4A 1AX0A 2JE9A 1BQPA 2W20A 1Q8SA 4Y26A 2AEQA 1VLNA 3ALWA 3M2MA 4FJ6A 1G9FA 2W52A 4Y1YA 5GLZA 1NCBN 4JRAA 1LJ7A 4FZHA 2GNMA 4BBWA 3UJQA 2ENRA 1XOGA 2DU0A 4GALA 4CPYA 4WA3A 4FPFA 3AYEA 1G9BA 3OYWB 3FLPA 1W0PA 1QF3A 1AF9A 2CWSA 4YM2A 1IVGA 1V6LA 4YZ1A 1IVBA 2VU9A 4DRRA 3FUQA 2GALA 1V6NA 1CR7A 4ZXKA 1INXA 1LEDA 4DS0A 2QWAA 1JUIA 4XJ8A 1NMBN 2GMMA 2B7YA 1Z4XA 2OVUA 5FREA 1DYPA 3D12A 1BJIA 1LOAA 2ZABA 3FFZA 3O0WA 4XHXA 4B7NA 3M3CA 5JDBA 2WT0A 2YA8A 3H6JA 4MX0A 1Z0HA 4XMAA 4NCSA 5F5QA 3AP6A 4GA9A 2ZA9A 1UX6A 3NV3A 2GDFA 5IUQA 4YM3A 3TI3A 2EALA 1SBDA 1VAVA 4IQPA 1OFSA 4WZFA 3LSDA 1AXZA 4XBLA 2XZJA 2ZGPA 4XJQA 3GVLA 4Y1VA 4Q26A 3BODA 3AYCA 1CQ9A 2BZDA 2QWFA 5T5PA 2VK5A 4YM1A 4AVVA 2QWDA 4RL7A 2WT2A 4ZKTB 4MWUA 5IK4A 3RMXA 4XOGA 2SILA 1W1XA 3N3HA 2D3RA 2VSMA 1CVNA 4LBQB 1AVBA 1XQNA 4HANA 2CL2A 3WZ1A 4GXLA 3TICA 4HZZA 3V0AB 5JOXA 2WNEA 5T50A 1WLWA 1UAIA 1QOSA 3FUOA 3ZYPA 1C1LA 1Y7BA 3RMYA 1CPNA 1GBGA 2F25A 5HUNA 5T52A 1A78A 4W65A 4Y20A 4RA0A 4CRQA 4XIKA 1N3QA 3AZVA 4M4VA 4JF7A 2A6XA 4FOWA 3R05A 2W5OA 3INAA 3NSSA 3O12A 1V3BA 4H52A 2EXJA 2D44A 3D4KA 4LBKA 4ISQA 3UJOA 3A4UA 4ITCA 1PZ7A 3D5OA 6NN9A 1WW5A 5CB7A 1HQWA 1GKBA 2E53A 4FP3A 1ULCA 2ZAAA 3O9JA 3OJBA 4K1YA 5F9TA 3UL2A 4P9XA 2HTVA 1GZ9A 4FPHA 1LGNA 4K1ZA 1DQ6A 1QDCA 1F8DA 1GV9A 1UKGA 5DUXA 1A4GA 3ZSLA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1LB2A 1KDMA 2OUJA 2ZCWA 4DZGA 1DIMA 4OZOA 4NHKA 2ZHKA 3NNGA 5DG1A 3UESA 2EIEA 1PO22 2D5FA 1Z4YA 3O4PA 1MEC2 1FOD2 2R7EB 1NOVA 4LKEA 5FZGA 1IZ3A 4D6SA 4GB1A 4JGYA 2RS13 3D0JA 1F5FA 1GOHA 1S0GA 3CZUA 2HWE2 3TNQA 3ASIA 5FOBB 3MEPA 1VBD2 2P1BA 2ZGLA 2HWB2 5FZDA 4P02B 1POOA 1OH4A 4B4PA 3ZYFA 5JCTA 5KWRA 3V64C 2DURA 3WCSA 3SOQA 2XG3A 4Y24A 3WDWA 5KHGA 5FXWA 3SRGA 2W87A 3KQ4B 3K51A 5C8CA 4MHUA 5FLJA 4L7DA 1XSRA 5FP9A 2YFUA 1RUF2 1QQP1 1VB2A 4LBOA 5GX2A 1NPEA 4X8PA 4LIUA 1RIRA 5C8CC 5A7SA 4MX3A 2VAUA 2WNUA 3OGVA 1YO8A 4FOVA 4C0BA 2HWF3 1NT0A 1ULDA 1LECA 1U6DX 2VCBA 1PGL2 5JOWA 2WL1A 4XJZA 2QWGA 1Q56A 2WNUC 3N7LA 1A4QA 2J1SA 1JU4A 2HWC2 4UWDA 3LA3A 3X29B 2VL4A 1MEC1 5JI7A 1R64A 2LRPA 4FI9A 2V5DA 3I49A 5FY7A 2TBVA 1ODNA 1OQDA 2AENA 3TIAA 1AHSA 5JMCA 1BJQA 2HWE1 3FBMA 5E1RA 1B35B 1BYHA 2C1FA 2VZOA 2ZX0A 2ERFA 4PQ9A 3S6PA 3VBSB 1JW6A 5AFBA 3LZZA 2QQPA 1UMHA 4HBNA 4XUOA 4WA4A 4CPBA 4QKFA 3WF4A 4GWNA 5I0SA 3UGFA 3AM2A 2C4AA 2VVEA 2F29A 1LOGA 1LOBA 1LODA 2Y60A 3LKJA 5GZEA 5IK7A 4KG8A 5A3WA 2JWPA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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