4XJWA

Crystal structure of the nanb sialidase from streptococcus pneumoniae in complex with optactin at ph 7.4 in pbs with dmso as the cryoprotectant
Total Genus 200
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
200
sequence length
658
structure length
658
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYGIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Sialidase B
publication title `The Hunt for Serendipitous Allosteric Sites: Discovery of a novel allosteric inhibitor of the bacterial sialidase NanB
rcsb
source organism Streptococcus pneumoniae serotype 4 (strain atcc baa-334 / tigr4)
total genus 200
structure length 658
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2015-01-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4xjwA03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4xjwA01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4xjwA02
4PBPA 2NMOA 5GZCA 4MWVA 1XOGA 5GZDA 4WA4A 4XMAA 2A75A 1JBCA 1WW5A 1G8WA 1Z0HA 5M1ZA 2A70A 2HYKA 4GKYA 4HANA 4XJ8A 4QN5A 3ATGA 3VKMA 3NSSA 4KS3A 1W6PA 4X49A 2R0HA 1AXKA 1WW6A 3OPZA 3ZXKA 1XOEA 5KXCA 1MS4A 1LOGA 2HTRA 1NNBA 1QNYA 1FV2A 1H9PA 4YGCA 1FATA 1B9TA 2D6NA 4BLJA 3A71A 3PVEA 3O0VA 1SCRA 2JD4A 1SLTA 2WKKA 1URXA 4M3CE 2B8HA 4HZXA 5DG1A 2CYFA 4QN6A 1ENSA 3L2YA 2NMNA 1CVNA 3VKLA 2D3PA 4YM3A 3R05A 3ENRA 1N1TA 2ZZJA 3TI5A 3AFKA 4JCKA 5AVAA 1LOBA 1INHA 1LENA 4M3MA 3ZXFA 2ZGMA 4UW3A 4UW5A 5H9RA 3AP7A 2A5ZA 2W08A 2YY1A 5DZEA 1CPMA 2RHPA 4X4AA 1WBLA 2CY6A 2NN8A 1AX1A 1N1VA 2R0FA 1I3HA 1LJ7A 1WCSA 1SO7A 1MS5A 2W68A 2PHWA 3W09A 1JOJA 1O4ZA 3N7LA 4M4NA 3A72A 1VLNA 4ATEA 1N1YA 1GKBA 4WEFA 1KJLA 2EALA 5JYYA 4YW4A 2HTYA 4MYEA 2NM1A 1S0DA 3ZSKA 4Y26A 5HUKA 1LESA 1VCUA 1DIWA 1SLBA 4PQ9A 3OBTA 1G9FA 4FJ6A 3WV6A 3BTAA 3HMYA 4GA9A 3WDTA 3INAA 1D0HA 2Z42A 1KRIA 1IS6A 2ERFA 4M4VA 2DYCA 3WZ1A 3SISA 2AH2A 3WDWA 1H9WA 3ZSLA 3WLUA 1RIRA 1W6QB 4P14A 1JN2P 3TB0A 4NN9A 3AJYA 4H53A 4QN3A 4XHBA 3SILA 4Y1VA 5T5PA 1NSBA 3UL2A 4YGBA 2ZA9A 3W59A 2GNDA 4MWYA 3RMYA 3AP9A 1F8EA 2W39A 1V3DA 3KQRA 2A7AA 4GZOA 4U36A 5GZFA 2W20A 4YGEA 4XXAA 3SALA 1B09A 3N7KA 3JU9A 1GNZA 4HZZA 3AYCA 3DGTA 2ZACA 2WQZC 1LODA 5GLVA 2YV8A 1O4YA 1GLHA 1W8OA 1QMJA 3V0AA 1HLCA 1G9DA 1FNZA 3CKZA 5NN9A 1Q8SA 2A6WA 5HCAA 4MWLA 4YLZA 1W0PA 3ZYRA 1MS0A 1WW7A 3OJBA 3FLRA 2SIMA 4YW3A 4LBLA 1EUUA 4MWJA 2GN3A 4YZ2A 1HQWA 1S0GA 2GDFA 3M3EA 4GZPA 1EUTA 1Z78A 1AXYA 1NCDN 2DVDA 2C9AA 2AUYA 4FPGA 5BYNA 3TAYA 2A6ZA 4BM8A 5GZGA 1E8VA 4YM0A 1DQ5A 1QGLA 1A4QA 1LHNA 3AXDA 3AZYA 1IVEA 2GMEA 1MS9A 4L8QA 3GNEA 1A78A 4LBOA 1E8TA 1X50A 3AYDA 4Y1XA 3B00A 1CJPA 4Q8LA 5JOYA 3SANA 5DZFA 1L7FA 1FAYA 1Q56A 3T1EA 4AGVA 2XZKA 3WG4A 5EWSA 3CL2A 1DFQA 4YW1A 2YA8A 1MACA 1WLDA 1WBFA 2DTYA 2E51A 2F11A 2QWHA 1PZ9A 2E6VA 1MR5A 3VKFC 3AZWA 4XJQA 4H52A 3RSJA 2DUPA 3IMNA 4XOGA 4DFSA 2ZMNA 2VK6A 2DUOA 1GNHA 1LU1A 2F12A 3TIAA 2GMMA 1QOSA 4GZQA 3O9JA 1YI7A 3AYAA 3B7EA 5JLVA 1MS8A 1NCBN 3WNXA 3SNMA 1F31A 3TI4A 1C4RA 1DQ4A 1DGLA 4Q1RA 1AF9A 5GZEA 1S0IA 2ZHLA 1G86A 1ULCA 1Q8OA 1INXA 1XQNA 4FP3A 2XB6C 5JOXA 5EXOA 4MJUA 4PF5A 2AR6A 3AXEA 3O9KA 4Z8BA 1UPSA 3SLIA 3H71A 1DQ6A 5EYXA 2F13A 3PVNA 1V6MA 1CPNA 2G4IA 2DU0A 3HR9A 1ENQA 2YA6A 2A3WA 4M4UA 4GXLA 1W6MA 4FVVA 4DGRA 4DRVA 3AK0A 2P3JA 2D3SA 2P34A 4KBBA 4HZWA 4GALA 4YG6A 1ZA4A 3AZVA 1A3KA 3WUCA 4AGRA 2I2SA 2JDZA 3VV1A 2C4AA 4XDQA 1INVA 2HTQA 2JJ6A 4FP2A 4GDIA 2DUQA 4NO4A 2ZGTA 5GLTA 4K1KA 5JOWA 3VKOA 3FFZA 3A0NA 1V6NA 3T1MA 2EXHA 1LHOA 4P9WA 1DQ1A 1Q8VA 2R49A 2YMZA 1AX2A 2AEPA 2D6MA 1W21A 5GJ6A 1VIWB 2VW2A 3D5OA 2VY0A 1INFA 4DQAA 2YROA 4LBQA 3K36A 4HZVA 4MX0A 1Y7BA 3TI3A 2ZHNA 2A6VA 1APNA 3WDXA 1G9CA 1Z4WA 1SACA 4XTMA 4UW6A 3NV1A 4Y20A 2UU8A 5GM0A 4TZDA 5F9TA 5T52A 3AP5A 4KS4A 3U4XA 1QDCA 2QWJA 3CNAA 4P9XA 2PELA 4DPNA 2ZGUA 1AXZA 4D8SA 1LHWA 3FUQA 4FPOB 5JDBA 4YG3A 1BJIA 4XBNA 1UN1A 4WA5A 1W6NB 3LSDA 3WCSA 4FOWA 3AX4A 4M3CB 3LCPA 3GVKA 2SLIA 5DG2A 4X47A 2ZGPA 1GZWA 1NMAN 4WEGA 4I30A 2VK7A 2ZMLA 2ZGQA 4SLIA 1Z4ZA 5DUWA 1V0EA 1YXWA 4MWWA 2F0ZA 2HU0A 1A14N 4XXPA 4AYUA 4K21A 3Q9OA 4Q8KA 2QWKA 4BLIA 1J1TA 3IPVB 1CQ9A 2C5DA 3POYA 1GV9A 4KS5A 3DUIA 3V64A 2R16A 1UZYA 4YFZA 4NCSA 1DZQA 2ZGRA 4FQZA 2DVAA 5JOZA 5T5LA 4KS2A 1UZZA 2W5NA 3B3QE 2VVZA 2YA5A 2ZBJA 1V6IA 1S0BA 2GMPA 2F28A 4XZPA 5FREA 2E7QA 2ZAAA 4Y20B 3WG2A 1LOFA 2UURA 3K38A 1S0JA 2QWDA 1GANA 4FOYA 4C1WA 5DZGA 1NSDA 1W6PB 3SITA 5HUGA 2P2KA 3OYWA 4JRAA 3SH5A 2EXKA 3QCWA 4M01A 1DHKB 3D4KA 5E8AA 2CWMA 3MW3A 2DWRA 3UJOA 1WD3A 1CR7A 2VW0A 1QKQA 4GEZA 2ARBA 2HT5A 1LHVA 2BZDA 5HCFA 4K1HA 2AGSA 2P3KA 4UW4A 1SLCA 1JUIA 1V3EA 4QNPA 3R4SA 2A71A 2ZB5A 1FX5A 1NMBN 2BERA 4AVVA 4XBQA 1B9SA 4ZXKA 2V73A 1IVBA 2WNEA 4CRQA 4K1YA 1OKQA 2UWCA 5IK4A 2D3RA 3C2UA 2FHRA 3MW4A 1GZ9A 3AP6A 5IUQA 2A6YA 4CPZA 4RA0A 3NWKA 4Y1ZA 1BJQA 3OY8A 4LBMA 3UJQA 3D6EA 3BIWE 5HX0A 2QWIA 1W0OA 3V0BA 1UKGA 4QN7A 1SLAA 1ULFA 5H9QA 1HKDA 3MW2A 3B69A 3ZXLA 3WHUA 1W6OA 4Q2FA 2HTUA 1V0FA 5B2DA 3AZZA 3MPPG 4YZ5A 2BATA 1NCCN 1G9AA 1OQ1A 2UWBA 2JECA 4XBLA 2OUHA 3ZYPA 1AZDA 4GDJA 2VSKA 5T55A 4CPMA 2VW1A 3WVJA 1SBDA 1NN2A 2WJSA 2UWAA 1IVDA 4XIOA 3M3CA 5B2CA 4K1ZA 4BPZA 4W65A 3K39A 1FNYA 3I8TA 4FVKA 3HN1A 2AENA 4FPJA 1A4GA 1H30A 1RITA 4WVWA 3ASIA 4NOTA 1F8CA 4GZTA 4YG0A 1QNWA 4LBQD 5CBLA 3ZSMA 1W20A 2VXRA 2V5YA 4Y22A 4NC5A 1YRZA 3WOGA 1PZ8A 3WDUA 2EF6A 4GB1A 1LGCA 1LGBA 4Q6KA 1BXHA 2CWSA 2VSMA 2DVGA 1SLLA 2D6PA 3USUA 2P3IA 3V0AB 1USRA 2QWCA 2F29A 2GNMA 3M1HA 2PHTA 1W8NA 3ILFA 5CB7A 1QOTA 4BMEA 4HIZA 3VUOA 3OBRA 3AZXA 2SBAA 4MWRA 1GBGA 1DBNA 1F8BA 2P37A 2SILA 1Z4YA 3GVJA 5JMCA 5T5OA 1IVFA 3W58A 2NP0A 2OW4A 2A6XA 4R9CA 4ISRA 2F25A 5T50A 2GN7A 5DUXA 2JE7A 1S0EA 2D43A 1VCJA 5EYYA 1V00A 5KXDA 4QN4A 4XHXA 5SV8A 1MS3A 3NV4A 4BQ1A 1Z4VA 1INGA 3N36A 2ZHMA 4MJVA 2ZABA 3B01A 1IS4A 1MVQA 5IK5A 1L7GA 1IVCA 4KS1A 4J9TA 1WD4A 3I4IA 4D69A 2W38A 1MWEA 1KITA 1N3QA 4CPYA 3K37A 3FLPA 2OVUA 1VALA 3TI6A 2DVFA 3K3AA 1C1LA 1F9KA 2HT8A 2RKCA 1AVBA 1INYA 2YA4A 3TIBA 2DU1A 1IKQA 4FOVA 1UX6A 3WUDA 2BF6A 1HDKA 3RRDA 4XJ9A 2JKBA 3SH4A 1BYHA 2EXIA 1JHNA 2WSVA 1I1EA 1LOAA 4GKXA 5DXDA 3H72A 3TI8A 1V3BA 2XCYA 1MS1A 4Y1YA 2HTWA 1V3CA 1ULGA 4BOWA 1L7HA 2B7YA 4ATFA 1LTEA 1C57A 2CNAA 4DS0A 1MZ5A 5KXBA 3ZXJA 4CZSA 1EURA 2DV9A 2ES3A 4UF7A 3D12A 3WCRA 1GSLA 1FV3A 2R1BA 1S0CA 1LEMA 1ONAA 4ZKTB 1V6KA 1KQRA 3V65A 4XMIA 3IKWA 3WDVA 1IS3A 1UAIA 3TICA 2R1DA 5E88A 5IT6A 2E53A 3CYEA 1G7YA 1NNAA 3VKNA 2VH9A 1LCLA 4X6KA 1LGNA 6NN9A 4K20A 1CONA 1W6MB 2ZGNA 2NYYA 1SFYA 1V0ZA 2XG3A 1S1AA 1IOAA 4PBOA 3AJZA 4WVVA 4XILA 3RS6A 2A3XA 2ZKNA 2YDPA 3FLTA 1VAMA 1SLIA 4FPCA 1HQLA 3FUOA 4FPFA 4GWNA 2NZ9A 1LEDA 2XZIA 2QWFA 1QOOA 3AYEA 5T54A 2C4LA 1DILA 1V2IA 1KJRA 4K3YA 3POWA 1W6QA 1TEIA 1AJKA 1UMZA 1DLLA 3POSA 3N7MA 1ENRA 3N7JA 1F8DA 1N47A 1DIMA 1WW4A 3NV2A 2E7TA 2WT0A 4LBQB 3INBA 2CTVA 4MC7A 1QDOA 4IQPA 4LBKA 4CPOA 4WZFA 4H55A 1WLCA 2VK5A 3GALA 4GZXA 2F24A 3NV3A 3H0OA 4FQ4A 3WDYA 3JUUA 3WG3A 2VWDA 1IVGA 4FPYA 4XTPA 2ZGSA 1V6LA 4R9BA 4Q1PA 4XJWA 5F5QA 3ALXA 1JW6A 4JC1A 2PHFA 1V6JA 4YGDA 3UK9A 4YZ3A 5CAZA 3RG0A 2CL2A 2D6LX 2HTVA 2ZMKA 4Q26A 2QWGA 1CIWA 3FBYA 4B7MA 1ZM1A 4GWMA 2HU4A 4FPEA 1GZWB 3T2TA 3WG1A 1ULEA 4P9YA 2F26A 2DURA 4M3CF 3WHTA 4WV8A 1INWA 2HT7A 2X9MA 4MZAA 3O12A 1VAVA 1UL9A 4CPNA 4BBWA 2F10A 1N1SA 2A3YA 4DRRA 3BEQA 4YM1A 5GALA 4XJUA 1DQ0A 3AP4A 2GNTA 3GVLA 1V6OA 2ZGLA 4JF7A 2GNBA 4AVTA 1SBFA 1MZ6A 2YXSA 1WUVA 2QWBA 2YDTA 3ALWA 1MVEA 4FPLA 2W5OA 2ZGOA 3ILRA 2YZ4A 4TYSA 1IKPA 3ILNA 5HUNA 1WLWA 1AJOA 4B7JA 3N3HA 2PHXA 4XJAA 4AVSA 1BQPA 5KXEA 4WA3A 4XYXA 4XJRA 4GZSA 2JE9A 1OFSA 3O0WA 4AGGA 7NN9A 2WT1A 1NLSA 5IK8A 2D44A 3RQ0A 1NNCA 3OYWB 3KM5A 2FMDA 1WCQA 4CPLA 4AWDA 5CA6A 1YYNA 5DUVA 4K1JA 4Y24A 5E89A 2GALA 5HCBA 3D11A 1KDMA 1YO8A 2QWAA 4B7RA 4C1XA 5T5JA 1G9BA 2ZHKA 3ZXEA 1GYKA 2EAKA 2D6OX 4ASMB 5H9PA 2DVBA 3IN9A 3M3QA 2XZJA 4FPHA 2AEQA 2WSUA 4B7QA 2ZB6A 3OGGA 2ZGKA 3H73A 4R9DA 2LALA 4HZYA 3ZSJA 5GLWA 5FRAA 1CESA 1D2SA 1KDKA 3M3OA 5HUMA 3PMEA 4YZ1A 2QWEA 1R1ZA 3CL0A 4MWQA 4PCRA 2W52A 4K1IA 3PVOA 1NMCA 1USXA 2BQPA 4LBNA 3OY8B 3ZPYA 1N3PA 3T1LA 1CN1A 3A0KA 1JYIA 4B7NA 1RINA 1A8DA 2EXJA 5JVVA 1NCAN 4Q27A 1E8UA 4FOQA 5GLUA 2CMLA 3V0BB 4I00A 1SBEA 1W1XA 2AYHA 3R4UA 1JXNA 1JYCA 1S0FA 3ZVXA 3MEPA 4ITCA 4XE9A 1QU0A 2YA7A 4YW2A 5IK7A 1LHUA 1BZWA 3M2MA 1W6OB 4ISQA 1GZCA 2PHRA 4XJZA 4Y1UA 4RL7A 5LK5A 3SH3A 5GLZA 1LOEA 1LULA 3BOPA 4YM2A 1YIFA 5L73A 3RMXA 4YZ4A 1LOCA 2D6KA 2F27A 2ENRA 4U2AA 3A4UA 1DYKA 1EUSA 3H6JA 2VUAA 2PHUA 1AX0A 2DTWA 2TEPA 3NN9A 2AREA 3BODA 4GJTA 1NXD1 4M00A 1LU2A 1Z50A 4OZXA 2Q5TA 1BKZA 4MZEA 1FYUA 3O5SA 5DUUA 2LTNA 4HL0A 1QF3A 2VU9A 4MWUA 1W6NA 1ULDA 1N3OA 2D7FA 3LSEA 4Y22B 2WLQA 4M3CA 5CNAA 4BMBA 4F83A 3IM0A 2WT2A 4MWXA 4FPKA 2ARXA 3PJQA 1NSCA 1DYPA 4FZHA 3APBA 5H9SA 4GZWA 1DQ2A 1SCSA 3QLQA 1U0AA 1Q8PA 2KM2A 3USUB 4CTEA 1LECA 1IS5A 4YFWA 3JU4A 3B9CA 3O0XA 1C1FA 4YW5A 2OUJA 4XIKA 1F5FA 1Q8QA 1GICA 4LBJA 3IPVA 1PZ7A 3N35A 1Z4XA 2EIGA 1SNTA 2H0BA 1EPWA 4R9AA 1LOFC 1B9VA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1D4M2 4NE9A 4PBPA 4QKFA 1PGL2 3O14A 5BNNA 5JZGA 3QACA 3ZM8A 3S57A 2NMOA 1D2QA 5GZCA 4MWVA 4IXLA 1XOGA 1IG3A 1RUD3 5GZDA 2CDOA 2JG8B 2Q8CA 4XMAA 4WA4A 2A75A 4CP9A 4P00B 4R4ZA 4CCCA 5FYHA 1JBCA 5IFTA 5HV0A 4LE3A 2JG9B 4FFGA 1WW5A 4HVQA 1G8WA 2RDSA 3VBUB 3ZOIA 1OVPA 2H2NA 3B7MA 4BQWA 1Z0HA 3FN9A 4XAEA 3MPBA 2PFWA 5M1ZA 1YJLA 2A70A 4D4UA 2XPJA 2QQKA 1KFUL 1NCQC 3ETPA 4V2WA 2IC1A 4LO6B 1YJKA 1HB2A 1TG7A 2VZRA 3FHIB 1R083 4KL1A 1SPPA 2HYKA 3GBFA 4PF1A 4GKYA 4PLMA 1C5HA 3M7AA 5IAVA 4CDQC 5CFCA 2WFF2 2OX0A 4HANA 4MSVA 1O6UA 4XJ8A 2J1UA 3BYWA 3C3VA 1KS5A 4QN5A 3CJIB 3ATGA 2QQOA 1VRH1 1QJX2 4RSUA 5F3EA 3VKMA 3NSSA 2BOJA 4RHV3 3ZR5A 4KS3A 1XOYA 2XQRA 1W6PA 4X49A 2XL7A 2R0HA 3IDAA 5A32A 4UOUA 1AXKA 2NLRA 1WW6A 3E6DA 3OPZA 3POBA 4PI0A 3ZN4A 2CV6A 2ZZQA 3ZXKA 4N9IA 5J36A 1XOEA 2JXAA 5KXCA 3GBGA 1MS4A 4O5SA 1E5RA 5F72C 3TOJA 1LOGA 4I3GA 5FJHA 1NNBA 1QNYA 1FV2A 2BUKA 3KVBA 2GZWA 1H9PA 1EV11 2BGPA 5A3LA 2VZUA 2IAUA 2IARA 1YLLA 1FATA 4YGCA 5L9RA 2XN4A 4A0PA 1B9TA 2D6NA 1GP5A 3AMSA 5LEKA 1S55A 2JICA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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