4XJZA

Crystal structure of apo nanb sialidase from streptococcus pneumoniae at ph 7.4 in pbs with dmso
Total Genus 196
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
196
sequence length
658
structure length
658
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYGIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title The Hunt for Serendipitous Allosteric Sites: Discovery of a novel allosteric inhibitor of the bacterial sialidase NanB
rcsb
molecule keywords Sialidase B
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae tigr4
total genus 196
structure length 658
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2015-01-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4xjzA03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4xjzA01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4xjzA02
4GJTA 4Z8BA 3MEPA 3UK9A 4Y1YA 1QMJA 2WT2A 1CONA 2PHWA 3AK0A 1SLIA 3OGGA 2D3RA 3B9CA 1FX5A 2A6ZA 1UX6A 1NN2A 5B2CA 4FOVA 2DVAA 5JVVA 3MW2A 3OBTA 3M3EA 2C4AA 1LEDA 1IOAA 5T54A 4CPZA 3INAA 1V6LA 1EURA 5JMCA 2BF6A 1AF9A 4CZSA 4WVWA 1V6NA 2R1DA 2HT7A 1DZQA 4UW5A 1UZYA 1XQNA 2E51A 1W6PB 1S1AA 2KM2A 1AXKA 2LALA 4LBNA 1X50A 5IK5A 1WW4A 3ZSLA 1SO7A 3AJYA 5T5LA 1SNTA 2EXHA 1QOTA 5DG1A 2YA5A 2ZA9A 2D6KA 5CA6A 4BM8A 1IS3A 3IMNA 1N1TA 1VCJA 1Q8QA 1QNWA 4I30A 4YZ3A 2XG3A 3V0BA 2SLIA 6NN9A 2AEPA 2JD4A 1BJQA 1GYKA 3N35A 2FMDA 1LOCA 2DUOA 1DQ5A 3WUCA 3WZ1A 3MW4A 4M3CF 1IVBA 4X4AA 2UWBA 2A3WA 2YA8A 1WD4A 3AZWA 5HUNA 1SLAA 2ZACA 2E7TA 2AYHA 2EXJA 1IS4A 3O5SA 2A75A 5GLVA 2X9MA 2YROA 5DXDA 2W52A 1WD3A 1CJPA 1LHWA 2GALA 4Y26A 4GDIA 4YFZA 3AYAA 1IVEA 4XTPA 1BKZA 4B7QA 1DHKB 3RQ0A 3H72A 3K3AA 3AZZA 2ZAAA 4K20A 4F83A 1J1TA 3V64A 1UKGA 4U36A 3D6EA 1LOBA 2P37A 3PVEA 4QN6A 2VSMA 1V6JA 3AZYA 4B7NA 2OW4A 3NV4A 1W20A 1Z4WA 1USXA 2NP0A 2B8HA 3WG4A 1S0EA 1N1YA 2A3YA 5DUXA 2VK6A 1LGBA 3USUB 1W6MB 2JE7A 3T2TA 2UWAA 1LODA 3TIBA 4YZ5A 4LBKA 3ALXA 1LGNA 1AVBA 1AX2A 3UL2A 4Y22B 1Q8PA 1KRIA 5GZDA 3LSEA 3NSSA 1HDKA 1U0AA 5NN9A 1HQWA 1V6MA 1W0OA 4XMAA 3OYWA 3K36A 2VU9A 4FPOB 1UMZA 4B7MA 2WSUA 3JU4A 4QN5A 1V3BA 2BZDA 4JCKA 2EALA 1V00A 5JLVA 1AZDA 1VCUA 4QN7A 2DTYA 4K1HA 1B9TA 3R4UA 1F31A 5HCBA 3O0VA 2YMZA 1C1LA 1WLCA 3ZXEA 1LU2A 1CQ9A 3N3HA 4R9BA 3V65A 2AREA 5AVAA 2EAKA 4FP3A 2R0FA 2ZMNA 1DQ1A 4KS5A 1WW5A 1V3DA 4YM2A 2QWIA 2PHFA 4XOGA 5JOWA 5EYXA 1GNZA 1D0HA 4FPGA 1WW6A 4M3CA 3B7EA 4JC1A 1BJIA 1W6OB 4L8QA 1W6QA 4XZPA 3I8TA 4CPLA 4YG0A 3W58A 4R9CA 2WT0A 1KQRA 3O0WA 5T50A 1LECA 4B7RA 2ZHLA 1FAYA 4MWYA 4FJ6A 4WEGA 2A6VA 1EPWA 5GLZA 5T5OA 2DWRA 3TIAA 1LHOA 4YGDA 1VLNA 5BYNA 1NCBN 1G9AA 1SLLA 1IVGA 2DV9A 2D44A 5LK5A 2JDZA 1W21A 4YW2A 5T55A 1A4QA 3PVNA 2A3XA 3B00A 2VVZA 4CPYA 2GDFA 2HTYA 4NC5A 4AGRA 1WCSA 1HLCA 1PZ8A 1GZWA 1NNBA 3N7MA 1NLSA 5DZFA 4LBQB 4YW5A 3PMEA 1IKPA 4YZ4A 2ZGOA 1G7YA 4B7JA 5HCAA 2PHXA 4UF7A 2ZHNA 4LBQD 1YRZA 4X6KA 5IK7A 4HZWA 1NCAN 2YA7A 3TI4A 4XHBA 4YM1A 1JOJA 4BBWA 3PVOA 1XOEA 3JUUA 4M4NA 2DU1A 1OKQA 3AZVA 1Z78A 2G4IA 1INYA 4FOWA 2OUHA 2A71A 3TI3A 2B7YA 2HTRA 2ES3A 2R16A 4Q26A 3H71A 5GZEA 4P9YA 5EWSA 1KDMA 3WDYA 1HQLA 4BMEA 3N36A 1YIFA 2ZGMA 4Q6KA 1LJ7A 3WVJA 5DG2A 1F8BA 2NM1A 4P14A 1RITA 2TEPA 3VV1A 4ASMB 2P34A 1FNZA 2YDPA 3OY8A 3NV2A 1Z50A 3QCWA 3ZSMA 2DYCA 3AFKA 3AZXA 1NSBA 2XZIA 1L7FA 2VW1A 5HCFA 2DU0A 1DYPA 2W08A 2ZMKA 1MS0A 3ZXKA 3M1HA 1MVEA 1SCRA 2GNDA 3WG2A 1PZ7A 3U4XA 1LHVA 4QNPA 4YFWA 1LU1A 3FLTA 1LEMA 2F13A 4BPZA 3LCPA 2VH9A 2YXSA 2NYYA 5GJ6A 3D11A 4FPHA 1V3CA 4Q27A 2ZZJA 1NSDA 2P2KA 4WV8A 1W0PA 2A7AA 3M3QA 3WHUA 1D2SA 1GLHA 4WA3A 1LULA 5IT6A 2F11A 2HT5A 1LOFC 2GMEA 2GMPA 1INWA 2QWBA 2XB6C 2HU4A 1G8WA 1EUSA 4KS4A 3SISA 3T1EA 5GZGA 2WKKA 3KQRA 4K1YA 2VY0A 2E53A 2VWDA 3AYEA 2D6MA 2SILA 1INXA 3SANA 3V0BB 5IUQA 2E6VA 4UW6A 4FOYA 3BIWE 2ZHKA 2C5DA 2VXRA 2OUJA 1V3EA 1Z4YA 2A70A 1DQ2A 4JF7A 1DIMA 2CTVA 3WCSA 1NMAN 1CR7A 4NN9A 3WDVA 4FPCA 4KS2A 4WZFA 3AP5A 4MJUA 1GV9A 4Q1RA 2WSVA 1ZM1A 2D3SA 3POYA 1Q56A 3AP7A 3DGTA 4YG6A 7NN9A 5EYYA 4MWWA 1LESA 2ZGKA 1USRA 4ATEA 1Q8OA 3OPZA 3A0KA 3VUOA 1ULFA 1GZCA 4GZTA 4MZAA 3V0AA 4C1WA 3TB0A 4WEFA 2GN3A 1DBNA 4Y24A 2D6LX 4KS1A 4WVVA 1Z4VA 1W6PA 4GDJA 2CNAA 1LOFA 4CRQA 2UWCA 5JOXA 1KJRA 1WLDA 3UJOA 4XJQA 2XCYA 5GLWA 4GKYA 1INVA 3GNEA 3D5OA 1QU0A 4GB1A 1C4RA 1UAIA 3SH5A 4Q1PA 5FREA 2E7QA 2HU0A 3ILRA 1GANA 1KITA 1VAMA 2SBAA 4Y1XA 4M3CE 3K39A 4MWRA 1V6KA 4RA0A 1LOEA 4WA4A 2NMNA 1BXHA 3H6JA 1AXYA 3TI5A 4FVKA 3AP9A 4P9XA 1ENRA 1QGLA 5GM0A 2R1BA 1IS5A 5HUKA 3L2YA 4MC7A 1XOGA 3OJBA 4FVVA 4XXPA 1MZ5A 1S0DA 2ZGNA 2D6PA 2YDTA 1C1FA 3N7KA 2R0HA 1CN1A 3KM5A 4XXAA 3POWA 1G86A 4AVSA 2ERFA 3OYWB 2W38A 2AGSA 4UW3A 1CPMA 3ATGA 4XE9A 3CNAA 1I3HA 2OVUA 1V6OA 1URXA 4CTEA 3WLUA 3RRDA 2QWGA 1AX0A 1FV2A 2BATA 1Q8SA 4FPJA 1QF3A 2VW2A 4Y20B 2CMLA 3POSA 1CIWA 1NNAA 4K1JA 2WNEA 2F12A 3OBRA 3WDTA 4CPMA 1INFA 1SLBA 1SACA 2QWKA 1B09A 1MS9A 2P3IA 4AYUA 4MWJA 4DQAA 3NV1A 2RKCA 3USUA 2W68A 5M1ZA 1WLWA 2HTWA 3GVLA 1E8TA 4MWUA 2WJSA 4R9DA 1L7GA 1UZZA 4XDQA 4HZXA 3VKMA 4ATFA 5T5JA 2YY1A 4UW4A 2QWCA 4Y22A 2QWDA 4K1KA 1AJOA 2ZHMA 1ULGA 2A6XA 3C2UA 2DURA 4AVTA 2QWEA 1PZ9A 4DS0A 4PF5A 1OFSA 2FHRA 2QWHA 2VUAA 1B9SA 2BQPA 4YGCA 2WT1A 3RMXA 3FLPA 2XZKA 4FZHA 1GZWB 1H9WA 5KXCA 3WDWA 2YV8A 3RG0A 1MS5A 4XJZA 1AX1A 5CBLA 3A0NA 3W59A 4WA5A 2ZGRA 4YZ1A 4M00A 3ILFA 4MJVA 3APBA 5HX0A 4PBPA 2BERA 2QWAA 4DPNA 1O4YA 1N3OA 5GZFA 4U2AA 1S0JA 2P3JA 1G9FA 1LENA 1S0BA 4FP2A 5H9RA 3PJQA 2VW0A 2NN8A 5SV8A 1W6NB 4PCRA 2EXIA 1A8DA 3SNMA 4K21A 1IVCA 4YM0A 1LHUA 4MWLA 4XJAA 2F25A 4P9WA 5GALA 5DZGA 4RL7A 3H0OA 1MWEA 1JW6A 1LOAA 3IPVA 5DZEA 2NZ9A 1R1ZA 3FLRA 3FBYA 3WNXA 1YI7A 3B01A 4TZDA 2PELA 1JYCA 2HYKA 4FPKA 1NMBN 1VAVA 1N3PA 4OZXA 2C4LA 4GWMA 5H9QA 4XBLA 2ZGSA 1DLLA 1B9VA 2DUPA 2EF6A 2D43A 1DQ6A 3ZYPA 4MWXA 5H9PA 4BOWA 1NMCA 1C57A 2YA4A 2SIMA 1W8OA 2DVBA 4YZ2A 5JOYA 3HN1A 3WG1A 2I2SA 3ZXFA 1MS8A 2VSKA 4YW1A 3AXDA 1H30A 3JU9A 5E89A 4XJUA 3B69A 2EXKA 3O9KA 3K38A 1QKQA 1DGLA 5GLUA 2CWMA 1UN1A 1RINA 3NN9A 4AVVA 1F9KA 1SLTA 2D7FA 2ZGPA 4LBOA 1NCCN 4ISQA 1Z4ZA 3SLIA 1RIRA 2GMMA 1QOOA 5GLTA 1GICA 4FQZA 4FPLA 3ZXLA 3CL0A 3T1MA 3W09A 2QWFA 3VKNA 5JYYA 4H55A 4DRVA 3B3QE 3AJZA 4K1ZA 2HTVA 4D69A 2WQZC 4Q8LA 1VIWB 3H73A 4MYEA 2W5NA 1G9DA 1BZWA 3WG3A 3ZPYA 4AGVA 3CL2A 4HZZA 3ZVXA 2DVGA 1F8EA 3M3OA 3GALA 1MZ6A 2P3KA 1S0CA 4Q2FA 1F5FA 1V0FA 4XYXA 4YW4A 3UJQA 1SLCA 1NSCA 1AXZA 3TICA 4HIZA 2YA6A 4FOQA 1WUVA 3SH4A 4GZOA 1W8NA 2JJ6A 3QLQA 4X47A 5HUGA 4Q8KA 1GZ9A 1INGA 2VK7A 3O0XA 1Q8VA 1UL9A 3VKLA 3V0AB 4YGBA 4BLJA 3BOPA 2ZB5A 4MWQA 2ZKNA 3WOGA 1JYIA 4M4UA 3BTAA 4LBLA 5DUUA 5CB7A 1Z0HA 1WCQA 3N7LA 1GNHA 2PHUA 1V2IA 2ZGTA 1TEIA 5JDBA 3Q9OA 5IK4A 4ZKTB 2Q5TA 1IS6A 3CYEA 3ILNA 1DYKA 1HKDA 3N7JA 1NCDN 1UPSA 5B2DA 1O4ZA 2GNBA 3VKOA 1BQPA 4FPEA 2F26A 1ULCA 3GVJA 5KXEA 3FFZA 1QDCA 2HTUA 3SH3A 1H9PA 1SCSA 4HL0A 2W5OA 3ZYRA 4KBBA 2JECA 5CNAA 3K37A 1DQ4A 1KDKA 4BMBA 1WBFA 1MR5A 1ZA4A 4GEZA 1MS4A 1F8CA 2F24A 4GZSA 1JBCA 4GKXA 4GXLA 4BQ1A 1E8VA 4ISRA 2V73A 4YLZA 4DGRA 2DVFA 3LSDA 2ARBA 3MPPG 1KJLA 5DUVA 1DILA 4Y1UA 2ZGQA 1ONAA 3WCRA 1SBEA 1SBFA 2CWSA 4M01A 3A72A 2DUQA 3A71A 1FATA 1S0GA 2F28A 1VALA 4I00A 4X49A 1JXNA 2AUYA 3M3CA 3RMYA 3ZSKA 1A4GA 2NMOA 4XBNA 3SILA 4HANA 2JE9A 3IN9A 3NWKA 2V5YA 4TYSA 1CVNA 4GWNA 3D4KA 5HUMA 3SITA 1LOGA 1S0IA 4K3YA 4NOTA 2F10A 2ZB6A 2D3PA 1NXD1 4Y1ZA 4MX0A 1V0ZA 2AEQA 1A78A 1LCLA 1WW7A 4XHXA 1F8DA 4SLIA 2GN7A 2AH2A 2VK5A 3TI6A 3NV3A 4XJ8A 5FRAA 3IM0A 1IVDA 1JN2P 3AYCA 4J9TA 2Z42A 3O12A 1V6IA 2DTWA 3MW3A 1EUUA 1LHNA 4H53A 5DUWA 4PQ9A 4XILA 2ZGUA 1W6MA 2ZMLA 4M3CB 2YZ4A 4HZVA 4NCSA 4XMIA 2GNMA 1W6QB 4XIKA 2XZJA 1V0EA 5F9TA 4GALA 4XTMA 5E8AA 1MS1A 1NNCA 1GKBA 3ALWA 4LBJA 1YO8A 5T5PA 3RSJA 4GZXA 2A6WA 3ZSJA 4MZEA 3TAYA 4D8SA 4CPOA 3A4UA 2QWJA 2PHRA 3R4SA 4Y20A 1APNA 1FV3A 5F5QA 2ZBJA 3AP4A 4QN4A 4XBQA 4AGGA 3INBA 1JHNA 2CL2A 5L73A 4YGEA 3BEQA 5H9SA 2F27A 3VKFC 1YYNA 3AXEA 1EUTA 4GZPA 3WDXA 3AYDA 1QOSA 4M3MA 2UURA 1ENSA 4ITCA 1IVFA 2CYFA 4PBOA 1MVQA 4GZQA 4XJWA 2F0ZA 1BYHA 4DFSA 1CESA 2ZABA 1N1VA 1S0FA 1ENQA 4AWDA 3AP6A 2H0BA 3IKWA 3ASIA 3IPVB 2A5ZA 2HT8A 1DFQA 4YG3A 1W6OA 5T52A 3BODA 4JRAA 4FQ4A 3ZXJA 1FYUA 5EXOA 3M2MA 4GA9A 1N1SA 3R05A 5KXDA 1I1EA 1E8UA 4XJRA 5IK8A 1N3QA 3O9JA 2D6OX 1MACA 2F29A 5E88A 1GSLA 2RHPA 3RS6A 5JOZA 2D6NA 5GZCA 1ULDA 2AENA 4YM3A 1OQ1A 4NO4A 2ARXA 4ZXKA 4W65A 3WV6A 3OY8B 1DQ0A 4BLIA 3HMYA 2DVDA 3D12A 2AR6A 2A6YA 3TI8A 3CKZA 3FUQA 1WBLA 4FPYA 1CPNA 1SFYA 5CAZA 4LBQA 4LBMA 4DRRA 1W6NA 4HZYA 2UU8A 3ENRA 1AJKA 2GNTA 3AX4A 4K1IA 1FNYA 3WUDA 1A3KA 4QN3A 1Z4XA 3I4IA 4GZWA 4R9AA 4C1XA 1GBGA 3GVKA 3WDUA 2CY6A 4FPFA 3SALA 3HR9A 1G9BA 1Y7BA 2R49A 2HTQA 3T1LA 2C9AA 3WHTA 2JKBA 4M4VA 1G9CA 1SBDA 1JUIA 4KS3A 1QDOA 2PHTA 1ULEA 2WLQA 1MS3A 1DIWA 3DUIA 4IQPA 1IKQA 2ZGLA 4Y1VA 1L7HA 2EIGA 4MWVA 1N47A 3FUOA 1QNYA 1W1XA 2W20A 1LGCA 4YW3A 1LTEA 4XIOA 2LTNA 4XJ9A 2ENRA 1A14N 4H52A 1INHA 1YXWA 2W39A 4CPNA 5KXBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1NY71 3GDBA 4ZU4A 3CMGA 4GJTA 4QPIA 4KMQA 4Z8BA 3MEPA 3UK9A 1ASJ2 3I3DA 3ZFGB 3U11A 5FY7A 3HAGA 3VHRA 4CP9B 4FFIA 2XQXA 2GP3A 5JWPA 4Y1YA 4Z2WA 1QMJA 2WT2A 2YGLA 1CONA 2R7EB 2OJHA 4B3NA 4O9GA 2QKDA 5FPLA 2PHWA 2WO3A 4CEYA 3AK0A 5IVBA 1JYNA 1J58A 1SLIA 3KCCA 1NA1A 3OGGA 2D3RA 4ES8A 3B9CA 1FX5A 2A6ZA 3VDCA 3KV4A 2AZ5A 3D82A 2B42B 5FLJA 1UX6A 4KU7A 3A22A 1NN2A 5T3NA 5B2CA 4RR3A 1UY4A 2Y6FA 5LRSA 4NIIA 4CDXA 2RS12 5L7OA 2UYBA 4FOVA 1CD3G 1D0GA 2DVAA 1WA4A 2IZWA 5FYBA 1QLGA 2G9FA 5D8AC 2VZSA 2NLRA 4CXWA 5JVVA 4CSDA 1U5IA 3MW2A 4CCDA 2E9QA 2IFRA 3M3EA 3OBTA 3PMSA 5HBAA 2R6QA 4FTEA 4CA9A 5JPMB 1JYTA 3D3AA 1BMV1 2C4AA 4D8MA 1QJU2 3HRPA 1LEDA 4AI9A 1IOAA 2BFUL 2N7GA 3KGGA 1RMU1 5I8SA 1NG0A 1OOPB 5T54A 3INAA 1ZBA1 4CPZA 1V6LA 1Z7S1 3G6JB 3DECA 5FP4A 5JMCA 1EURA 2WNVC 2BF6A 1AF9A 4HHQA 4CZSA 5K0UC 1AYN3 2JEMA 2QQWA 2VTXJ 4WVWA 5I0SA 3BTXA 1V6NA 2J42A 1ZX5A 1QH7A 2IXCA 2R1DA 1DZQA 3RZMA 2HT7A 1DGWA 2IAUA 4EWAA 4UW5A 1W9WA 4CCMA 3NJVA 3NNFA 3J8F2 1SHWB 1UZYA 1XQNA 3GHMA 2E51A 1HN0A 1W06A 1W6PB 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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