4XMAA

Crystal structure of the k499g mutant of nanb sialidase from streptococcus pneumoniae in complex with optactin
Total Genus 200
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
200
sequence length
658
structure length
658
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALGSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYGIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title `The Hunt for Serendipitous Allosteric Sites: Discovery of a novel allosteric inhibitor of the bacterial sialidase NanB
rcsb
molecule keywords Sialidase B
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae serotype 4 tigr4
total genus 200
structure length 658
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2015-01-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4xmaA03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4xmaA01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4xmaA02
1V6IA 4XHXA 2SLIA 4Q8KA 1WBLA 1PZ9A 4MWQA 4B7NA 1GZWA 3RQ0A 2ZKNA 4K20A 4M4VA 4WA5A 3D11A 2DV9A 1VAMA 4FPEA 4XZPA 4AWDA 1CVNA 2F10A 3POWA 3O0WA 1QF3A 1LOAA 4R9AA 4FOWA 2DYCA 2ZA9A 4GZTA 5H9RA 2VUAA 4KS3A 4QNPA 4XJWA 3FFZA 3CL2A 4BMBA 3AYDA 1EPWA 4OZXA 2QWCA 1DFQA 1Q56A 4GDJA 1VIWB 1FAYA 1W6QB 3FLPA 4XXPA 4MWRA 1GANA 4H53A 3ZYPA 1XOGA 1LEMA 5B2CA 2KM2A 2R1DA 1MACA 2D3SA 4CPZA 3M3CA 4MWVA 1SACA 1A78A 4X49A 2UWAA 1NCBN 2X9MA 2GN7A 2NM1A 1NSBA 4KS4A 5KXCA 5HX0A 2YXSA 2DU1A 1NCDN 2VU9A 3B00A 4KS1A 5DUXA 3N7JA 5T5OA 1PZ7A 5EXOA 3BODA 5IK7A 1UX6A 1LOCA 2UWBA 4MC7A 1IVBA 1HLCA 1DYKA 3ZXFA 2HU0A 2C4LA 5FREA 2E7QA 3NSSA 3W59A 1Q8OA 4GB1A 5JVVA 3K3AA 1W6NB 4YGEA 4HZVA 1NMBN 1Q8QA 5E8AA 2BF6A 1C1FA 1F8DA 2P3IA 1KRIA 2DVFA 2JJ6A 4CRQA 3CNAA 1YYNA 2WKKA 3M3OA 5IK4A 1JXNA 1MS1A 3RMYA 4P14A 5F9TA 4C1XA 3MW2A 3NV3A 4K1YA 1QOTA 1X50A 1WD3A 3SH3A 3B01A 4XHBA 1QKQA 1LCLA 3AP7A 4XMAA 1DQ5A 1MS0A 1ENSA 3O0VA 4ITCA 4QN5A 4YZ5A 2PHWA 4GZOA 4YM1A 2R16A 3DUIA 4YW2A 1DHKB 1LU2A 3PVEA 4XOGA 2GNTA 1V6JA 5GJ6A 1W6OA 3V0BA 1IVFA 2ZACA 1H30A 2ZMLA 5GLZA 1F8CA 5IK8A 1JBCA 1HQLA 2GALA 4YZ3A 1ULGA 4HZZA 1UKGA 4DRRA 1TEIA 3W58A 3GNEA 4FP3A 2AEPA 5CNAA 4Y1ZA 1BXHA 2G4IA 1B9TA 4GZPA 3OPZA 2QWEA 1WD4A 2CY6A 1CN1A 4MWXA 1LOGA 2XB6C 3OGGA 3N7MA 3DGTA 2WSUA 1ENRA 2VWDA 1V6LA 2ZMNA 1Q8VA 4DFSA 1LHWA 1Q8PA 2SILA 4XIKA 4K21A 1I3HA 4FPOB 2F0ZA 4XYXA 4CPLA 1ULEA 3OYWB 3H0OA 1YXWA 1NNAA 3FUQA 2JD4A 5L73A 4FPGA 3BEQA 1DQ4A 1JOJA 2DVDA 4BLJA 1IVEA 1AVBA 1BQPA 3MW3A 2D3PA 1H9WA 2LALA 1SLIA 1NSCA 1F8EA 2QWGA 2NMOA 2FHRA 3MW4A 2OUHA 1NSDA 3SISA 2GMPA 1F5FA 2YROA 4GJTA 1FNZA 3OY8B 1W8OA 2V73A 1MZ6A 4BMEA 5IT6A 1CESA 3FLTA 4BOWA 4CZSA 1IKQA 3K39A 3GVLA 1QGLA 1S0DA 2P2KA 2A6VA 1N1YA 3MPPG 1WBFA 5T54A 3D4KA 5GZFA 4WV8A 1LOFC 4WA4A 4K1IA 5F5QA 3SITA 1WLCA 4LBKA 1W21A 1LHOA 1O4ZA 3OBTA 3O0XA 1NLSA 3NV4A 2OUJA 2CMLA 4Q6KA 4FJ6A 3BTAA 1D2SA 2OVUA 1KITA 1JHNA 1Q8SA 4K1JA 4FPJA 1E8VA 2Z42A 1V3BA 3WHTA 1V0FA 2ZHLA 2YA7A 2VSKA 3HN1A 5T55A 2ZGKA 3WG3A 4J9TA 3MEPA 1Z4XA 3QCWA 2QWHA 4K1HA 3UL2A 4MWUA 1J1TA 1G9FA 3TIAA 1BJQA 1JUIA 2BZDA 4MWJA 3TB0A 4M01A 2W68A 5B2DA 2ZAAA 4FZHA 4AYUA 3BOPA 1G8WA 3TI4A 1AX0A 2P34A 5DZGA 3ZSMA 1INWA 1SCRA 3ASIA 4MWYA 4QN7A 1F8BA 4HZWA 5E88A 1S0CA 2VVZA 3OJBA 3M3QA 4AGGA 2XG3A 2R0FA 4P9WA 2W08A 4I30A 1DQ0A 1W0OA 1GBGA 1KDMA 3AZZA 4FOVA 3W09A 4MWWA 1LU1A 1MS9A 2D6LX 1NN2A 5H9SA 3IM0A 5GLVA 3KQRA 4MX0A 4MZEA 1IS6A 1MWEA 2ZBJA 4K1KA 3POYA 2AUYA 2F12A 1W6MA 2DUOA 2F25A 3WNXA 2EXIA 4KS2A 5GZEA 3A0KA 1NMAN 2P3KA 1DIMA 3AZVA 3FBYA 1GLHA 5CBLA 3WCSA 3HMYA 4WA3A 2A71A 1W8NA 4H55A 3WDWA 1LTEA 5DG1A 4UW6A 3CYEA 4AGRA 3JU9A 4MZAA 4FQZA 4D8SA 1BYHA 1INGA 3FLRA 5HCBA 3SH4A 2A6WA 2D44A 2PHFA 3WOGA 1UN1A 1INVA 2HT5A 1W6QA 3BIWE 2D7FA 1V00A 4Q1RA 3POSA 4GA9A 1KJRA 3JUUA 2DU0A 4XBQA 2OW4A 4XTMA 1USRA 5H9PA 4DQAA 4XXAA 1LULA 5EYXA 4SLIA 3AXEA 2CYFA 4GWMA 2A5ZA 5GLWA 5DG2A 4AVTA 2W5OA 1VCUA 5T5PA 4PBOA 1YO8A 2DUPA 3O9JA 3SANA 2WNEA 3RSJA 4W65A 4YLZA 4XBNA 2D6KA 3AX4A 2YA5A 3L2YA 1Z4YA 3ILNA 2ZABA 1FYUA 1G9AA 2ZGQA 4FP2A 1DILA 4CPYA 2W5NA 1WLWA 5HUKA 1L7GA 3VKMA 4WVVA 2ES3A 4R9CA 1HKDA 1QMJA 2F11A 3IMNA 3WUCA 1XOEA 1GZ9A 4GDIA 1DQ2A 4Y20A 2A3YA 4XILA 5JDBA 4R9BA 3WG4A 1SBDA 2E53A 1B09A 4LBQD 1LOEA 2ZHNA 2W39A 5JYYA 4P9YA 1S0EA 4YM0A 1AJKA 2A6YA 5EWSA 4XDQA 4M3MA 2GDFA 3ZXKA 1GNHA 1W6PB 4BBWA 1NNCA 2D6OX 2VW0A 3B69A 4XJ9A 2JE7A 4XE9A 1UZYA 2YDPA 3APBA 1V3EA 1SFYA 2HT7A 3AFKA 3D5OA 2FMDA 3UJQA 1NCCN 4WEGA 1S0BA 2NP0A 4ISQA 1LECA 4LBJA 1F9KA 1EUUA 4Y1VA 1LHNA 2DWRA 4PCRA 3OBRA 4JCKA 2YA6A 4DGRA 3N35A 3KM5A 2DVBA 2PHTA 2H0BA 3SNMA 4GWNA 1G9BA 4M3CE 5T5LA 4FPFA 3ILRA 4AVSA 3WDVA 3WCRA 1H9PA 1ULFA 1YIFA 2E7TA 1LHVA 3OYWA 1Z78A 2NYYA 4Y22B 4XJZA 1CPNA 5T50A 3IPVB 2ZHKA 1N1SA 4YM3A 1KJLA 3M1HA 2RHPA 3N3HA 1E8TA 2WT1A 1G86A 2BERA 2PHUA 4DS0A 1ULCA 3GALA 4YFZA 1FV2A 3V64A 1CQ9A 5DZFA 2PELA 6NN9A 2A6XA 3NWKA 2VK5A 3OY8A 5BYNA 2A7AA 2HTVA 7NN9A 1XQNA 5LK5A 2D6MA 3ILFA 4UW3A 2ZGRA 4LBLA 3AP9A 1UPSA 3LSEA 3O9KA 1DQ1A 1GSLA 3AZXA 3VKOA 1W6OB 1SO7A 4X47A 3ZXEA 4ATFA 5HUMA 1OKQA 5GZDA 3WZ1A 1USXA 3H73A 4GZQA 5HCFA 3USUB 3IKWA 1MS5A 1GV9A 4NN9A 1INFA 1NCAN 1V6NA 1O4YA 2VY0A 2DTYA 1JW6A 3JU4A 4YM2A 1D0HA 2C5DA 1S0GA 2A70A 5DUVA 2PHXA 2GNBA 1A4QA 4HIZA 1N3PA 2GMEA 3T1LA 3RMXA 2QWAA 4UF7A 2E6VA 1UL9A 4R9DA 1SLBA 1C1LA 1SLTA 1LOBA 2HT8A 2VK7A 1LENA 2VW2A 4TZDA 1UAIA 4GKYA 2GMMA 1CPMA 1WUVA 2SBAA 1LHUA 2CWMA 2ZGNA 3V0AB 1SBEA 2WT2A 5T5JA 3TAYA 3VUOA 1UMZA 4YG6A 1N1TA 2AGSA 2WSVA 2JDZA 5JOZA 4XJ8A 1AX2A 4AGVA 1GYKA 1S0IA 2DURA 1N3OA 2P3JA 3RRDA 3FUOA 4X4AA 5KXDA 1SLLA 3LCPA 3K37A 1SLAA 3ALWA 3H71A 3AYAA 1F31A 5GLUA 4Q8LA 1QNWA 1A4GA 2WQZC 3R4SA 2ERFA 1Z4VA 3WDTA 3AXDA 1QDOA 5H9QA 1V6MA 4XJRA 1A14N 1R1ZA 1FNYA 3D6EA 5JLVA 1Z0HA 2SIMA 3D12A 5CB7A 3AP5A 1RITA 2ZGSA 2VXRA 2UU8A 3WDYA 2F26A 1OQ1A 4YW4A 4YFWA 2I2SA 1SCSA 2D6NA 2ZGMA 1LOFA 4ISRA 1JYIA 4GZWA 4DRVA 1LGBA 3INAA 4HZXA 1IS3A 1WW4A 4FPHA 3ZXLA 4XJQA 5IK5A 1NNBA 2A3WA 4HANA 1LJ7A 4XJUA 4NCSA 2R49A 2QWJA 1WW5A 3RS6A 3AZWA 2HTWA 2HTQA 1G9DA 4AVVA 2JKBA 4WEFA 3HR9A 1U0AA 2W38A 3Q9OA 3LSDA 4Y1YA 1VCJA 1DGLA 3WG1A 4RA0A 4Y26A 2WLQA 2F27A 4FVKA 3NN9A 2DUQA 1QOOA 3PVOA 3UJOA 4YGCA 3AJYA 4M3CB 3GVJA 2C9AA 4CTEA 5HUNA 1QNYA 2ZGPA 2XZKA 4XTPA 2ZB6A 1DIWA 3A71A 1FATA 1CJPA 4Z8BA 4GZSA 3SALA 3O5SA 4Y24A 4U36A 2ZGOA 4LBMA 5JMCA 2HYKA 5GLTA 1RINA 1W1XA 1MS4A 2ARBA 1QDCA 2YMZA 5JOWA 2R1BA 3PJQA 1S0FA 2Q5TA 2HU4A 4JRAA 2NN8A 2ZGUA 4I00A 1FV3A 3I4IA 5CAZA 2CNAA 4YZ2A 2VW1A 2YY1A 2GNDA 1W6MB 1AXKA 3AYEA 1AXYA 4YGBA 3SH5A 4JC1A 4RL7A 3WDUA 3TI8A 1DYPA 4CPOA 1AX1A 5T52A 1APNA 2GN3A 3V65A 4M4UA 1UZZA 5M1ZA 4FVVA 4LBQB 4BPZA 1DLLA 4Y1XA 2W20A 2B7YA 4LBOA 5GZGA 4FPKA 1WLDA 2AYHA 1DQ6A 3PVNA 2TEPA 1V0ZA 4TYSA 2CWSA 2JE9A 2DVAA 1E8UA 3K36A 2XZJA 4CPNA 1WW7A 5DUUA 2DTWA 4B7RA 1HQWA 1NXD1 1W6NA 1W6PA 5IUQA 3UK9A 3AYCA 4HL0A 4Q2FA 1INYA 1GZWB 2EF6A 1SNTA 2NZ9A 3NV2A 1MVQA 2R0HA 5HUGA 4H52A 2ZZJA 1FX5A 4ATEA 1WW6A 2D6PA 2EALA 2CL2A 2VK6A 2ZGLA 2EXJA 2EAKA 1HDKA 3ZSKA 2ARXA 4YZ4A 2E51A 2LTNA 3IN9A 2A6ZA 4NC5A 5KXEA 1Z50A 1LGCA 1IKPA 4D69A 2ZMKA 2QWIA 1C4RA 1LODA 4YG3A 3VV1A 2CTVA 1A3KA 2HTUA 2VH9A 1EURA 3M2MA 1B9VA 1L7HA 2NMNA 4P9XA 1AXZA 1IVDA 4PBPA 1G7YA 4B7QA 1Z4ZA 3WLUA 2GNMA 5SV8A 5FRAA 4KBBA 4GXLA 3K38A 1GKBA 1Y7BA 4YW3A 1INXA 4JF7A 1RIRA 5GALA 4Y22A 2YDTA 3WG2A 3R05A 2UWCA 1V3CA 3IPVA 1QOSA 4Y20B 4DPNA 2A3XA 5GM0A 4BLIA 2AREA 1VAVA 1VLNA 1CR7A 3ALXA 4FOQA 3SILA 2EXHA 4XBLA 3ZPYA 3T1EA 4B7MA 3ZYRA 2AR6A 3TICA 1V0EA 4WZFA 1ZM1A 1JN2P 4XIOA 1MS8A 1LESA 3ATGA 2YA4A 3N7LA 4YW5A 2BQPA 1BKZA 5JOXA 4GKXA 4QN3A 3USUA 2ZGTA 1PZ8A 4M3CF 3U4XA 5DZEA 2YZ4A 1W0PA 3WUDA 2WT0A 1IVCA 4Q27A 4Q1PA 4WVWA 3SLIA 3ENRA 1YI7A 4L8QA 2F28A 3V0BB 1INHA 3RG0A 3ZSJA 3T2TA 1NMCA 4BM8A 1VALA 1WCSA 2C4AA 4XMIA 4ASMB 5EYYA 2EXKA 1WCQA 2JECA 3AZYA 5JOYA 1KDKA 5HCAA 1ULDA 3ZSLA 4NO4A 3V0AA 1JYCA 4GZXA 4Q26A 1ZA4A 3AK0A 2HTYA 3C2UA 3INBA 5KXBA 1V6KA 4ZXKA 3PMEA 2HTRA 1URXA 3AJZA 1N3QA 1SBFA 1EUTA 4ZKTB 1N47A 5NN9A 2YA8A 2UURA 5CA6A 4KS5A 1B9SA 3VKNA 3TI5A 4MJUA 3QLQA 4NOTA 2ENRA 1ENQA 3T1MA 1GICA 1Z4WA 5DUWA 1IOAA 2RKCA 2P37A 1DBNA 3GVKA 4MJVA 1IS5A 4YG0A 2AH2A 4GEZA 2ZB5A 4IQPA 5GZCA 1ONAA 4QN4A 4PQ9A 4CPMA 1CIWA 4YGDA 5AVAA 2ZHMA 1G9CA 5E89A 4PF5A 4LBNA 4YW1A 1I1EA 3TIBA 2D3RA 4B7JA 1OFSA 2B8HA 1N1VA 3ZVXA 4X6KA 3CKZA 2PHRA 1L7FA 3R4UA 4M4NA 4U2AA 1BZWA 2V5YA 1S1AA 4UW4A 4Y1UA 4YZ1A 1IVGA 1V6OA 4FQ4A 1GZCA 1YRZA 2YV8A 4FOYA 3A4UA 4K3YA 2A75A 4FPYA 4GALA 3A72A 4MWLA 3TI3A 3AP6A 2F13A 1MS3A 4M3CA 2VSMA 2QWBA 4BQ1A 2XCYA 1LGNA 3NV1A 3WVJA 3VKLA 2XZIA 1MZ5A 2EIGA 1MVEA 2AENA 2DVGA 3WV6A 1SLCA 2F29A 1DZQA 4QN6A 3H6JA 4FPLA 3WDXA 3WHUA 1AZDA 1LEDA 4F83A 1BJIA 3VKFC 3H72A 4FPCA 1IS4A 3N36A 1V3DA 2QWFA 1A8DA 3M3EA 3TI6A 1CONA 1KQRA 1S0JA 3ZXJA 4HZYA 3O12A 4XJAA 1GNZA 3A0NA 3B3QE 1AJOA 2F24A 2D43A 3AP4A 1C57A 4MYEA 2AEQA 2WJSA 2BATA 1MR5A 3I8TA 4LBQA 1AF9A 2QWKA 1QU0A 2QWDA 3N7KA 1EUSA 3B9CA 1V2IA 2W52A 1W20A 5DXDA 4C1WA 3CL0A 3B7EA 4K1ZA 4UW5A 4M00A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3O1OA 1AR61 4I3PA 4EJRA 1V6IA 4XHXA 1AUYA 2SLIA 3GHMA 5ERLA 4Q8KA 1K5MA 1WBLA 1NUKA 1PZ9A 2IUWA 2OKXA 1TVGA 4MWQA 3S8VA 4FTBA 2XLGA 3AVSA 3LEGA 1GZWA 2HWD1 4B7NA 3QBQA 3RQ0A 3I2DA 2Y0OA 5F3CA 2ZKNA 3I3QA 2BVVA 4K20A 1DDLA 1U5XA 1R1A2 1W9YA 4M4VA 3N9OA 5FYHA 2EVXA 4WA5A 1OI6A 3WF4A 5AC92 4D8MA 3D11A 3LI4A 1DU3D 3NKTA 2QNKA 5DAQA 3ZFFB 5FYVA 3B7MA 5FZLA 5FZJA 2DV9A 2G8SA 5CFCB 5K0UC 1VAMA 2Y34A 1RJ8A 4FPEA 1E5RA 3GBWA 4XZPA 4BE3A 5BNPC 3KVAA 4W4ZA 3LWCA 4MUVA 4GN7A 4AWDA 4YVSB 5FZ4A 1FPN1 5L36A 2HWE1 5LCWL 1CVNA 4CEWC 3VBFA 5A3OA 1VBB3 1AYM1 2F10A 4XQ4A 4LT5A 2ILMA 1H8TA 1QF3A 2ZAHA 3O0WA 3POWA 3FW0A 1LOAA 4KGQA 3FBMA 4IN4A 2XJTA 3Q6KA 1QJU3 2TUNA 1RUI3 4R9AA 3C7EA 3MF6A 4FOWA 1Y9QA 2B9VA 5A80A 3ZLIA 3RZZA 4PF1A 1BBT2 2DYCA 1CAWB 2ZA9A 3MV11 4NHKA 4O65A 1BVVA 3DKQA 4OUEA 4GZTA 4LOTA 2YBSA 3RZLA 2R7EB 3RZGA 5FNQA 2WR9A 5H9RA 2VUAA 1RUF1 3HIFA 3N9MA 1EYBA 4MGIE 5FZ8A 4CCDA 2GVVA 4KS3A 4QNPA 4IW3A 3ZIWA 4MG2A 4XJWA 2YPJA 3FFZA 3CL2A 4BMBA 2V5DA 2JDHA 4XFCA 3K4ZA 4CCKA 4BQ4A 4XABA 2E63A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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